3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
1DKGD 4BR4A 2QWLA 3MN9A 2A41A 1P8ZA 5AQLA 2Q31A 3HBTA 4QS7A 4YDUA 1U6ZA 4A61A 1D4XA 3HI0A 4PKIA 3ZX2A 5KQDA 2Q97A 3O08A 3QICA 1T44A 1Q18A 3QB0A 2P9KB 3GG4A 1Y64A 4BVOA 4H03B 2BTFA 4CZMA 4DCHA 2A40A 5AQGA 1C0FA 2YHWA 3FGUA 3EL2A 4B1XB 1E4GT 2WUSA 3ENOA 1QHAA 4F9OA 3UKUB 2J4RA 1NGDA 2GWKA 4B9QA 3MN5A 2IVPA 4FWRA 2VYPA 4PL8A 4BRPA 2HOEA 5F2RA 4H0PA 5TKYA 4MO5A 3A5MC 4NO7A 3QBWA 5AFUA 5AQVA 2QWRA 4ISGA 3O1BA 1YVNA 1T6DA 2QW9A 3D2EA 3VPZA 3B8AX 2GTDA 1QQOA 3R8EA 3F9MA 4MO4A 3A5LC 1BG3A 4K25A 4FWSA 5BN9A 3AY9A 2P9NB 5AQFA 4HTLA 3FR0A 2A6AA 2E88A 3MCPA 3VF6A 1XUPO 4XH1A 3U9ZA 4JN4A 5E84A 4BQZA 1IG8A 1XQSC 3VEYA 4FWPA 3VEOA 3FE1A 3VGLA 3H1QA 5AZIB 4FPBA 5AQWA 2QM1A 4BRDA 4YDUC 1J6ZA 3S41A 2FSKA 1SAZA 1DGKN 3FZFA 4CBUA 1NGFA 1S3XA 4MLHA 1KAYA 4O5FA 1BO5O 3MN6A 4BGAA 4I6MB 1Z05A 3QMLA 1U2VA 3J8AA 5FPEA 4BR2A 4QS9A 5FPDA 2YI1A 4BC4A 5BR9A 4JD2B 4LC9B 2A42A 2HMPA 1Z6RA 2KHOA 3L6QA 3OHRA 1RFQA 4CZEA 2QXLA 3BP8A 4IO8A 2A5XA 3EKUA 1G99A 2P9PB 3FLCO 2ASMA 2QWPA 3LDLA 3SK3A 3TU5A 3VEVA 2QWQA 3CJAA 2YHXA 5JICA 2I7PA 2P9IA 2V7YA 3UB5A 4QS8A 1JCFA 2D0PA 3P4IA 3U4LA 3C7NA 3HM8A 5AQHA 3UKRA 2GEMA 3CJ1A 2VWBA 1NGGA 5FPMA 3RSEB 1QZ5A 4A2AA 4B1YB 4H0OA 4EFHA 5F0XA 4EHUA 1YAGA 1GLFO 2P9UA 1MWKA 3ULEB 2E1ZA 4H5TA 4BRCA 3ZETB 1GLCG 2H3GX 4K43A 1NGJA 3FZLA 4FOEA 2FLOA 4BC3A 4CBWA 1BDGA 1T6CA 2D0OA 1NMDA 4RWTA 4PL7A 1JCEA 2GELA 3M6GA 4E1JA 3CQXA 3DXKA 1BA1A 4JHDA 3WT0A 3ATUA 1YUWA 1GLDG 3CJCA 5LJWA 3QDKA 4ISEA 2NRHA 3WUHA 5AQMA 4FWMA 1MDUB 3GBTA 1EQYA 3CQYA 1QQMA 3DXMB 3KHYA 3AAQA 1X9JA 3IFRA 5AQNA 3VGMA 3D2FB 1TYQB 3MMVA 5AQUA 4EAHD 2P9LA 4IWVA 3VEXA 2P9KA 5BRHA 2PBDA 1NBWA 3ENHA 4B1WB 1GLJO 3O5BA 4Y0WA 3TPQA 4M63C 4BRQA 4FWOA 3UKUA 2IIRA 3VETA 4BRIA 4H0TB 3D7EO 3VENA 2OANA 5FPNA 1ESVA 4BQLA 3BEXA 3VERA 3SMPA 2ZF5O 2QWMA 2CH5A 3VOVA 4BG9A 3KZBA 5B8HA 2FF6A 1LCUA 3H1VX 4CZLA 4IXCA 2Q36A 2I7NA 3ZX3A 2QWOA 1X3MA 4HWIA 3EKSA 5KQ8A 4Z94A 2EWSA 3ZX0A 2IVOA 2F9TA 2YJFA 3D2EB 3R9PA 3ATVA 1X3NA 4A62A 2V52B 3LDOA 3HTVA 1HKCA 2E2QA 5KPTA 3WXJA 1HKGA 5AZIA 1R59O 2FSJA 3ID8A 4BROA 4XH5A 3CI5A 4AM7A 1K8KA 3O4WA 5AQXA 4H0VB 4PKGA 3IUCA 5AQJA 3CETA 4EIAA 5AZJA 3VEZA 4I6MA 1MWMA 2GWJA 2YHYA 4K41A 4IZ9A 5I9EB 5JLFA 1C0GA 1BOTO 4JD2A 4BR0A 4BRKA 4KBOA 5JMVA 1XC3A 3CJ9A 1ATSA 4FWNA 3FZHA 4BG8A 4BC2A 1KXPA 1RDWX 1E4FT 1U2VB 1HX1A 3A5OC 3O6WA 4M7XA 4CD1A 3WQUA 1WOQA 3DWLA 5ELZA 3UE5A 1V4TA 2A3ZA 3BF3A 3CIPA 4BC5A 1HPMA 1YXQA 4GY2B 3BUZB 5F1XA 3ZEUA 1HUXA 5KPZA 3WEEA 5BPLA 3A8YA 4CZFA 4CZKA 3RSEA 2E2NA 4M7YA 1KAXA 4B1ZA 4H0XB 5BREA 3MN7A 3CHWA 5ADXH 4IJAA 4CZHA 2D1KA 1SQKA 1ATNA 2E1YA 3QBXA 4BRGA 2CH6A 3LM9A 3C7NB 2NLXA 3UKRB 1NWKA 3DJCA 1ZXOA 1NGEA 1NM1A 1GLAG 3W0LA 2VCPA 4DB3A 3DAWA 5JLHA 3H3NO 5AQRA 4CZIA 2P9UB 3CERA 4BRNA 5AQQA 3GL1A 1TUYA 4O8KA 4XH4A 2FXUA 3WQTA 2P9SB 1KAZA 5AQKA 4B1UB 1QQNA 4FPAA 3GOIA 3SJHA 4DHYA 5AQIA 4WQ4A 3VGKA 2ZWHA 2IVNA 5E26A 5AR0A 2Q1NA 5EVZA 2QWNA 3DXKB 3WXIA 4BRHA 5CE3A 1LOTB 1ZC6A 3JXUA 3A0IX 3WXLA 1ZBSA 4H0YB 5AQYA 1S22A 3R6MA 3QFPA 1H1VA 2ITMA 5EY4A 3FZMA 4BR7A 4RTFD 1MA9B 3U8XA 1IJJA 2P9LB 3U9DA 5LJVA 1HLUA 3GDQA 3HZ6A 4BR9A 1WUAA 1BA0A 4H5RA 2CGJA 3G25A 4FOIA 1BWFO 1HKBA 2E2PA 4GNIA 3AARA 4FO0A 1NGAA 1CZAN 2P9NA 4CD3A 2CGKA 1V4SA 3O80A 3BF1A 2E20A 4BREA 1HJOA 3W3DA 2DPNA 5EXWA 5BRDA 4C23A 3IMXA 4FWLA 4CZGA 1TUUA 2YCHA 3H6EA 4WQ4C 2PAVA 4CBXA 1NLVA 4WQ5A 3KVGA 3CJBA 3HSCA 3MK6A 1GLEG 3M3ZA 3FZKA 1BUPA 1BU6O 3FFKB 5EOYA 1DEJA 3A5NC 4NB4A 4FWQA 4BVPA 2V51B 1NGIA 4H5VA 4BRMA 1OKJA 3O8MA 4BR5A 1NGBA 4XEIA 4RCHA 2FF3B 5AQSA 3VF4A 4ISFA 2D4WA 1JCGA 3GE1A 1K8KB 3H45C 2V7ZA 2ZGYA 3QFUA 2ZGZA 4H5WA 4CZJA 2CGLA 5AZJB 2Q2RA 1GLLO 5AQPA 3C0BA 3IDHA 5EX5A 2P9PA 1NGHA 3WXKA 2GUPA 3M1FA 5BPNA 5BN8A 4K42A 3L4IA 2Q0UA 4FSVA 4WYBA 4IJNA 1GLBG 2YJEA 3EO3A 3L0QA 2HF3A 3I8BA 4J8FA 3SLCA 3EN9A 5AQTA 3MDQA 4BGBA 3I33A 2Q0RA 5AQZA 2W40A 2E2OA 3EZWA 3VESA 3ULEA 2W41A 2F9WA 4JNEA 4CI6A 1RGIA 2P9IB 2ASPA 3ZETA 3VF2A 4JAXA 4WQ5C 3VEWA 5BRFA 3ZEUB 2AA4A 4DQ8A 5KPRA 3WEEB 4EHTA 3LDQA 4PKHA 3LDPA 3LDNA 2FSNA 4B1VA 2E8AA 2HF4A 3H3OB 4AM6A 2BUPA 3LL3A 5LY3A 2P9SA 4FL9A 4BRAA 4A2BA 4FWKA 3LM2A 2NZTA 3O1WA 1QZ6A 4BRFA 3H46O 4CJ7A 1SZ2A 1ATRA 2UYTA 5AQOA 4MLEA 4H5NA 1NGCA 3CJ7A 3DXMA 5AFUH 3SMSA 2ASOA 5BPMA 3AAPA 3D2FA 1TYQA 4JHDB 3JS6A 4BRLA 4L3QA 2AP1A 5ADXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1N34K 3SCXA 4KV8A 2QWLA 4B8CA 4C1NI 2PYJA 1RTIA 2Q31A 4B9TA 4QS7A 1C1AA 1L3SA 3TTCA 4CF8A 2HVIA 3GG4A 4BVOA 2BTFA 2A40A 2FBXA 2KZMA 1VQ4N 1TKDA 3NF6A 2RPIA 3EL2A 2O8FA 1KCFA 1P90A 4YORA 4F9OA 3D0PA 2J4RA 1VRTA 4JI8K 3ZCMA 3MN5A 5F2RA 2YNGA 3QEIA 3QBWA 1RDAA 1CZBA 3O1BA 1YVNA 2KLAA 4CJKA 3KLGA 1WB9A 3M5RA 1SL2A 1QQOA 4MO4A 4KB1A 2KTQA 4DR4K 3A5LC 2PYLA 3L8BA 1N5YA 3OYFA 3AY9A 4R5PA 1QTMA 2A6AA 2YV0X 3VQ7A 3WXMB 2G8WA 4FJHA 1OH6A 4BQZA 1SUQA 1XQSC 3VEYA 4FWPA 3VEOA 3VGLA 3H1QA 3CYMA 3KJVA 4FPBA 4JK7A 5JS2A 4CGJA 4BRDA 4CEDA 1J6ZA 3SV4A 4JK9A 2G8IA 1TK0A 4CBUA 3QIPA 3SPZA 4C8LA 1NGFA 3HVTA 1DTQA 4O5FA 1BO5O 1HNWK 4KAZA 2LSNA 4I2QA 1R0AA 1U2VA 3OYKA 1VQON 1HMVA 5FPDA 2YI1A 4BC4A 4I7FA 4LF6K 4OJRA 2HHQA 2A42A 4A5BA 5GAGP 2KHOA 3T69A 4M3ZA 3G0ZA 4CZEA 4CFAA 2QXLA 4IO8A 1TKXA 1G99A 3AO1A 3AA5X 2QWPA 4W5QA 5HRSA 4JV5K 3CMEN 3CJAA 5JICA 3LAKA 1K8AO 2P9IA 3V1QA 4Q0BA 1JLBA 4DTSA 1K73O 4J2AA 3V9ZA 2Y1IA 5JVHL 1QZ5A 1MU2A 4H0OA 3QINA 3CC4N 4OPKA 4DSIA 3AVMA 3KKRA 4C8OA 4BWJA 2FLOA 1DTTA 4CBWA 2D0OA 2HBKA 4DTRA 1NMDA 5I3UA 3O3HA 4RWTA 4LFCK 1S6QA 4FYDA 2ZQBA 1S6PA 1BIUA 4E3SA 3ZSYA 4DV4K 4JHDA 4KHNA 3WT0A 1RTJA 3ATUA 1YUWA 1GLDG 1VSMA 4X64K 1JLEA 3ZSRA 3SQ2A 3QNOA 1RTHA 3GBTA 3VQBA 3DXMB 3KHYA 2XHBA 3AAQA 3IFRA 1TYQB 4DV2K 1LAWA 4EAHD 2P9LA 4IWVA 3PSIA 1NK4A 1N6QA 2PBDA 2F8TA 4M45A 4JRQA 3HT3A 4Y0WA 3RMDA 3NFAA 1NJWA 3QNNA 4BRQA 4FWOA 2XY8A 1FK9A 1NK7A 1S5JA 4H0TB 3HJFA 3VENA 3PX0A 1QVGM 3RMCA 3T19A 5KRTA 1BI4B 3LDSA 4JKGB 5B8HA 2A1SA 5C2DA 4IXCA 4DTMA 3LP0A 2PFUA 3MEGA 3WNFA 4C1NK 3DLBA 1BHLA 4DV7K 1L3UA 4CF1A 5EU7A 3VQCA 3OYGA 3ZX0A 2F9TA 3JYTA 4NLBA 2YJFA 1KFSA 1DLOA 1X3NA 3VQ8A 4DF8A 3VQDA 3WXJA 1RTDA 1VHXA 4IFEA 3PLAA 4EP4A 3ZSWA 2XRIA 4CJUA 4LSLA 5C2FA 4GVMA 4DMNA 4PKGA 3IUCA 4M3XA 3CETA 1Q81O 1NMNA 3ASMA 1VQ7N 2YHYA 4KI6A 1RBVA 4BR0A 2BH1A 3U6FA 1K9MO 1LWFA 1XC3A 5LMUK 4DTUA 3M8SA 4CJFA 4B3OA 3S3MA 1KXPA 4DTNA 4O8UA 4E89A 3THXA 1QVFM 2ZM6K 3MEEA 4E7LA 1HPMA 3THWB 1C0MA 3CG7A 3SI6A 1YXQA 3WEEA 3NVKA 1ASVA 3A8YA 4NCBA 4M7YA 4B1ZA 5BREA 2VWJA 3MN7A 3CHWA 4FJNA 2G8FA 1VRUA 4H4MA 2WOMA 4FK2A 1S1XA 3TAEA 1W97L 2GUIA 4NXNK 3UKRB 4OO1J 1NWKA 3PX4A 4DS4A 3EZ5A 4DB3A 4DV6K 3H3NO 4B9UA 3SPYA 5HLFA 5DMRA 3WQTA 1KAZA 5AQKA 3K5LA 1J54A 5J2MA 2HHXA 2ETJA 3P83D 4U7BA 1JLAA 4JI5K 4HCBA 3J7ZO 4WQ4A 4DSLA 3TABA 2G8UA 2ZWHA 2IVNA 4FJ7A 5E26A 5AR0A 5EVZA 4MFBA 1BQNA 3WXIA 5CE3A 1A5XA 5FRNA 3LPUA 4Z4CA 4B3TK 4KHSA 2IAJA 4H0YB 1S22A 4BDZA 3K9KA 3R6MA 5GIOA 4DSFA 4KHUA 4GV3A 3U9DA 5J2QA 4I2PA 3HZ6A 3OJSA 2O8FB 4J2BA 4CEFA 1WUAA 4DUZK 3G25A 3HRGA 4Y1DA 1BWFO 3HYFA 5KTQA 2O4IA 1IBMK 2ZJRL 4GNIA 3M8RA 2KW4A 2OPSA 4CJRA 1TAUA 3VTHA 2E20A 1VSIA 5IT9O 4JEPA 1EKEA 2ZD1A 1HJOA 4KH4A 3RRGA 5BRDA 4IG3A 5A2QO 3OW2M 4YHHK 3PO5A 4CK1A 1ZBLA 2YHAA 2YCHA 1RT7A 4WQ4C 4CBXA 4DU4A 3CJBA 1JLQA 3HM9A 4FJ5A 1BUPA 1IG9A 3A5NC 3SJJA 4NB4A 3VA0A 4DTPA 3VQEA 3CF5L 2WONA 2XO7A 5LMNK 4XEIA 1TK8A 4DQQA 1IBLK 2NRVA 4DR3K 4ZTJA 1KC8O 4ISFA 4RW6A 1LWCA 2VG5A 3SQ4A 4H5WA 3NMUA 1I94K 4M3WA 1GOBA 3C0BA 3IDHA 3OYMA 3VN5A 1NGHA 3ITHA 1U49A 1S72N 3ZT0A 4GKKK 4J8FA 3L2WA 3TTDA 3CCQN 3EN9A 2EHGA 3DLHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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