3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
4BR7A 1RGIA 2QWQA 2V7ZA 3O4WA 1KAXA 4FOIA 3VEYA 5AQNA 5AZJB 1XUPO 1NGIA 4WQ4C 1QQNA 2ZWHA 3VEVA 1CZAN 4QS8A 3A5MC 1NGCA 3FZFA 4PKGA 3HZ6A 5BRFA 1TYQA 5FPMA 4K25A 1S3XA 1JCEA 4HWIA 3BF3A 4FWPA 1XC3A 3ZETB 4JHDA 2YJEA 1OKJA 3VESA 4H03B 2F9WA 4BR5A 5ELZA 2BUPA 3DXMB 4MO4A 4EIAA 3QICA 3EN9A 3RSEB 4WYBA 4EHTA 4A61A 4IO8A 4E1JA 5KPTA 4JNEA 5E26A 1TUYA 2P9SB 2Q36A 3SLCA 4IWVA 2A5XA 5EOYA 1NGEA 2QWLA 3WQTA 3LL3A 3LM9A 3ENHA 2E8AA 2GTDA 3CHWA 2VWBA 3A5NC 3HBTA 3S41A 1NGBA 1DGKN 5AQYA 4A2AA 4CZMA 2P9NA 3HSCA 2J4RA 2AP1A 3EKSA 3ZX0A 4FL9A 5AQPA 1HPMA 3HTVA 4CZJA 4BC3A 1P8ZA 1U2VA 3C0BA 1HUXA 1SZ2A 4CJ7A 4B1UB 4FSVA 4H0XB 5E84A 4BG9A 4CZHA 4I6MB 2HF3A 1ESVA 1E4FT 1T44A 2P9IA 1NGGA 4H0PA 2IVOA 1GLAG 2CH6A 2KHOA 1IJJA 5AQHA 3CJCA 4H5TA 3C7NA 1YUWA 3KZBA 4BGBA 3QB0A 3O1BA 1NGJA 3TPQA 2FSJA 3SK3A 2FF6A 3R6MA 2GELA 1LCUA 2NLXA 4ISGA 5AQMA 4CI6A 4BR2A 3D2FA 3DAWA 4BQLA 5LY3A 2FXUA 4H0OA 1T6CA 4BG8A 4H5WA 3UB5A 5AQKA 1EQYA 3CJ9A 4IJNA 1JCFA 5AR0A 3WEEB 2ITMA 2Q97A 3OHRA 2FLOA 3ATVA 3VERA 4ISFA 1GLDG 4A62A 3UE5A 3VGKA 4BC5A 3SMSA 4FWKA 3H1VX 1GLEG 1NM1A 2HF4A 3LDLA 1MWKA 2IIRA 1NGAA 3LDOA 3WXKA 3FGUA 5AQFA 1XQSC 3A8YA 2ASOA 3FE1A 4BGAA 3GG4A 3WQUA 1J6ZA 2P9PB 5B8HA 4CZFA 3AY9A 4XH5A 1TYQB 2CH5A 2W41A 3VF6A 4BR9A 5AFUA 3D2EB 4B1VA 2GUPA 5ADXA 2NRHA 4YDUA 1Y64A 4JAXA 3QBWA 1BU6O 4JD2A 5AQIA 4JHDB 3EZWA 5AQJA 3H3OB 2P9PA 3F9MA 4RWTA 2YHYA 3O08A 2ZGZA 3D2EA 3GL1A 5BPNA 3CI5A 3FR0A 4CZIA 3FZKA 4BRMA 2IVNA 3VPZA 3UKRA 3KVGA 3ZX3A 4BRQA 4CZGA 2CGLA 5BPLA 3O5BA 2V52B 1HKGA 5BPMA 5JLHA 1YXQA 2QWPA 4DQ8A 2Q1NA 2DPNA 1D4XA 3CERA 5KQ8A 2PBDA 3L0QA 4BREA 4BC4A 3EO3A 4BVPA 4CBXA 1BA0A 4WQ5A 5BN9A 1C0FA 1MDUB 2QM1A 3LDQA 5F2RA 4BRAA 3QMLA 4JN4A 1SQKA 2P9NB 1BUPA 3FZHA 2YHXA 2P9UA 1ATSA 2QXLA 5LJVA 4M7YA 3BP8A 1BA1A 1U2VB 3A5OC 1Z6RA 4BRDA 5AQLA 2EWSA 1ZBSA 4M63C 4BR0A 3A0IX 1HKCA 3LDPA 1BG3A 1X3NA 4YDUC 5AQRA 2F9TA 5AQUA 4IZ9A 4B1YB 2P9IB 2HMPA 1SAZA 4CBUA 3IUCA 2GWJA 2P9KA 5AFUH 2Q0UA 3GE1A 4Z94A 5EVZA 4IJAA 3ZEUA 3AARA 1QZ5A 3C7NB 5AZIA 3U4LA 5JMVA 5KPZA 1QQMA 2E2OA 4H0TB 4MO5A 5AQSA 4AM6A 3JXUA 3MN9A 3EKUA 4H0YB 4BRIA 3VETA 4GNIA 5AQZA 3H6EA 3D2FB 2A3ZA 1K8KA 3JS6A 3MN7A 1ZC6A 1TUUA 4BRFA 3FFKB 1MWMA 2QWNA 3WXLA 2VCPA 4BRLA 2P9LA 1NWKA 4WQ5C 4MLHA 3LDNA 2UYTA 4BRKA 2H3GX 4K41A 4J8FA 2FSNA 3VENA 3HI0A 4PKIA 4RTFD 4XH1A 2A41A 1BDGA 3O1WA 3U8XA 3L6QA 3EL2A 3M6GA 4GY2B 1H1VA 4DHYA 4C23A 1E4GT 2Q31A 2WUSA 4NO7A 2E2QA 4LC9B 1NGFA 2BTFA 4IXCA 5AQVA 3ULEA 4ISEA 3CJ1A 5BRHA 3VOVA 4M7XA 2YCHA 4PL7A 3MN5A 1DEJA 1IG8A 3DXKA 1NMDA 2ASPA 3DWLA 3R9PA 2Q0RA 5FPNA 3AAPA 3IFRA 3SJHA 4JD2B 5FPDA 2D0PA 1NGHA 1NGDA 4PKHA 4BC2A 3ID8A 3D7EO 5LJWA 4FOEA 5FPEA 1GLBG 4FWNA 3CJ7A 3IDHA 4K42A 3O6WA 3UKRB 4QS7A 5KQDA 3QBXA 4CD1A 2QWOA 4BRCA 1KXPA 4B1XB 3UKUA 2YJFA 5EY4A 3CETA 1ATRA 4B1ZA 5AQOA 4H5VA 3VGLA 3BEXA 2V7YA 3I8BA 3H46O 1QQOA 4FPBA 3W0LA 4AM7A 3QFPA 1V4TA 2P9UB 1YAGA 1U6ZA 2I7PA 3CQYA 2Q2RA 4FWQA 5CE3A 3CJBA 2YHWA 5EX5A 3P4IA 3R8EA 5F0XA 3VGMA 2E20A 4H0VB 2A42A 1GLLO 4CD3A 3QFUA 3MCPA 1QZ6A 5AZJA 3QDKA 2QW9A 3A5LC 1JCGA 4FO0A 4FWRA 2P9KB 1NLVA 4A2BA 3VF2A 4CZKA 4RCHA 1T6DA 5TKYA 3ZEUB 5AZIB 1ATNA 1KAZA 1S22A 3KHYA 3TU5A 3I33A 1GLCG 4EHUA 3IMXA 3ENOA 4FWOA 3H3NO 4F9OA 3SMPA 4NB4A 3ZETA 5ADXH 4BVOA 5BN8A 3CIPA 4MLEA 1K8KB 5AQGA 2V51B 1BO5O 2ZF5O 3DXMA 1WUAA 3WUHA 3RSEA 4EFHA 4O8KA 3ZX2A 2P9LB 3GBTA 4BROA 3WXIA 4L3QA 1Z05A 2P9SA 4KBOA 3U9ZA 4H5NA 2GEMA 4BRGA 4CBWA 2ASMA 3VEZA 1RFQA 1G99A 3MN6A 4DB3A 5F1XA 5AQQA 1HLUA 4BRHA 4BRNA 5AQXA 3CQXA 1LOTB 2PAVA 1GLJO 3J8AA 5KPRA 2IVPA 3LM2A 4DCHA 4H5RA 4EAHD 3G25A 5EXWA 2OANA 2YI1A 5BREA 2E1ZA 1HJOA 2D1KA 3VEOA 3AAQA 3H45C 3ULEB 4B9QA 1X3MA 2CGKA 3O80A 3O8MA 1QHAA 1ZXOA 3VEXA 4HTLA 2A40A 1C0GA 2FSKA 5BRDA 3WT0A 3DXKB 5BR9A 2QWMA 3BF1A 1HX1A 2E1YA 3GOIA 5AQTA 4QS9A 4XEIA 4CZLA 1DKGD 1V4SA 1BOTO 3FLCO 2HOEA 3M3ZA 4WQ4A 2AA4A 4I6MA 2E88A 2FF3B 4K43A 3FZMA 3GDQA 1NBWA 4BR4A 2D0OA 5I9EB 3HM8A 3BUZB 4FWLA 2CGJA 1YVNA 2A6AA 3MDQA 3DJCA 4CZEA 4FWSA 4B1WB 3ATUA 1HKBA 3CJAA 3FZLA 3B8AX 1GLFO 2I7NA 3VEWA 4FPAA 1KAYA 4PL8A 4Y0WA 5AQWA 2QWRA 3L4IA 3UKUB 4BQZA 3U9DA 4BRPA 1MA9B 3MK6A 4O5FA 2D4WA 2E2PA 2VYPA 1Q18A 5JLFA 3M1FA 4XH4A 2W40A 3WXJA 2GWKA 4FWMA 2NZTA 1X9JA 5JICA 2ZGYA 3MMVA 1R59O 3VF4A 3WEEA 1WOQA 1BWFO 1RDWX 3W3DA 3H1QA 2E2NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TR8A 4C8LA 4BR7A 3PIPL 3K5OA 3U3GA 2VWKA 5GADP 3KJVA 5HRRA 1EKEA 3FZFA 1NGCA 1RTDA 3HZ6A 4DTJA 1BIUA 5FPMA 4K25A 1TK5A 3LDSA 1ZBHA 4JHDA 3VQCA 3OYDA 4LFBK 4H03B 3VQ4A 3RVCA 3T3FA 3EN9A 3R3LA 4JI7K 3QETA 1JKHA 1KVAA 4EHTA 4IO8A 4KO0A 4EP5A 3HO1A 3F73A 3CFRA 4DFJA 3NF7A 1VQLN 1ASUA 1WSHA 1VQ8N 4KTZA 4GMJB 5CHIA 3LALA 3LL3A 3CG7A 1BISA 3LM9A 4PHTX 4CK1A 1FK9A 3CHWA 1IBLK 3S41A 3VN5A 3D45A 3OS2A 3RMAA 1U49A 4LF5K 4O0JA 4CZMA 3HSCA 5E41A 5I3UA 3EKSA 3QNOA 1HPMA 3HTVA 1DTTA 3SQ0A 4W5RA 4BDYA 4DTUA 4H0XB 5E84A 2B6AA 5JS1A 4F4KA 2P9IA 1N36K 4LSLA 2IVOA 1GLAG 2CH6A 1IO2A 2KHOA 3LWLA 3C7NA 2P1JA 1YUWA 5BR8K 3MAQA 5C25A 4CJ5A 2PZSA 1T03A 1W9HA 4RW8A 2PFUA 3U6FA 3OS1A 2FSJA 1VQNN 3CMEN 1BQNA 4AHRA 2OCEA 4U7BA 2HBJA 4DR1K 2FXUA 4H0OA 1YIJN 1ILYA 4BG8A 1VHXA 4H5WA 4FJ8A 2KW4A 2OZSA 1S6PA 4IJNA 4E1NA 1SKWA 2O8DB 1W7AA 3LPTA 1RBSA 1G15A 3ATVA 4A62A 4KH5A 4CFCA 5M1FA 3UE5A 4BC5A 3SMSA 3CCMN 4MQ3A 4CK3A 3LDLA 2HF4A 1NGAA 3LDOA 4M41A 3NHGA 3HSTB 3PSIA 5JS2A 4K0KK 3HPGA 3FE1A 1OH7A 3S3MA 2G8WA 3RR8A 1QE1A 4DU1A 5AFUA 1P90A 4Z4IA 3D2EB 4B1VA 2NRHA 2G8IA 3LP2A 4JAXA 3QBWA 3QESA 2DFFA 1LWCA 5AQIA 1IBKK 4JHDB 4CJWA 4M42A 5J1EA 3H3OB 3G71N 3AO1A 1NMNA 3VQ6A 3NMUA 3K9JA 3O08A 1NKCA 2X78A 5BPNA 4JS5A 3FR0A 1E3MA 3VPZA 3ZX3A 1BIZA 4RW4A 2IS3A 3WNFA 5BPLA 1HYZA 3CF5L 4I2QA 5GAHP 1YXQA 2QWPA 3CC4N 4DLEA 4E0DA 3CERA 4CGDA 2XRIA 3NBPA 1GOBA 1HYVA 3HYFA 1O13A 4KH4A 4FLUA 4LF9K 3O4NA 2OTLN 2F4VK 2HHTA 3SQ1A 3LDQA 1RT1A 2B5JA 4DTMA 3QMLA 2GUIA 4FZYA 3OYEA 2YHXA 1NK4A 2D0BA 4DTPA 1Z6RA 5CZ2A 4HUEA 3HOSA 4YOYA 3PO5A 3VQAA 1JLFA 1X3NA 4YDUC 5AQRA 4WFNL 3QEVA 4B1YB 2P9IB 3T19A 4M3UA 1VQON 5GIOA 5CYMA 3C7NB 5AZIA 2ZM6K 3V9WA 4HCCA 4NXNK 3ZSOA 3JXUA 3AVNA 1RT7A 5FDLA 4KH6A 2OTJN 3I0RA 3VETA 4GNIA 1WSGA 2A3ZA 5AJ3K 3OVNA 1HNVA 5DM7L 1TUUA 1D5AA 2UXDK 3FFKB 4DFPA 3KLIA 4BRLA 3OYMA 4BRKA 2H3GX 4K41A 4J8FA 2BE2A 3NFAA 5A2QO 2KQ2A 4PKIA 2JWLA 1BDGA 3J81O 4FLWA 5HRSA 4FJXA 3L6QA 4B3RK 4DSIA 3SPZA 1H1VA 3VQPA 4NO7A 2UU9K 4CE9A 2F96A 3VQDA 3WXMB 5BRHA 3K5MA 4J2DA 4KHUA 1S9GA 3AO5A 2YCHA 2NRVA 2FBYA 4FYDA 4DWIA 1NMDA 4B9SA 4BWJA 3R9PA 4CK2A 2JWKA 4W5QA 3AAPA 3V1RA 5FPDA 2F8TA 4M3ZA 1NGHA 4DQQA 2HVIA 3P31A 4CF2A 5M1QA 3OA9A 5LJWA 1VSIA 2NRRA 1VQKN 4FWNA 2GX9A 4CECA 3J7ZO 4C8KA 4GV9A 4AH9A 3CQ8A 1NK8A 4CF8A 3QBXA 4CD1A 3V81A 4BRCA 1L5UA 4B1XB 3UKUA 2YJFA 3O9RA 4GV3A 2ITGA 4IOAL 1ATRA 3HPOA 4H5VA 3VGLA 2ZE2A 3BEXA 2V7YA 2EX3A 3I8BA 4FPBA 3QLHA 4DF8A 3THWA 1V4TA 1VSKA 4M3XA 3L4QA 3S3NA 5EX5A 3P4IA 2E20A 2Z1HA 4Z4GA 3AVAA 3MX2A 2A42A 4CFBA 3QFUA 2YHAA 4PA1A 4YOVA 3MCPA 1VQ5N 4DUZK 1B9FA 2QW9A 3A5LC 3KK1A 1JXBA 1NLVA 3L2RA 2X6NA 4B9LA 4BDPA 5AZIB 3TU5A 2Y1JA 3RWUA 1XHXA 1FXXA 3G0ZA 4FWOA 1VSDA 3H3NO 1VQ9N 4I2PA 1MU2A 5BN8A 4ZTJA 4OKEA 4ZHRA 4JI8K 3DXMA 5C2FA 4N56A 1HNWK 3RSEA 2HNYA 1BQMA 3S3OA 4BROA 3WXIA 5IWAK 4M3TA 2P9SA 4KBOA 4CBWA 4ZTFA 3SAFA 3VEZA 1RFQA 3Q7CA 3THXA 4JK7A 4MDAA 1RDDA 3CQXA 2PAVA 5HRPA 3J8AA 3SV3A 1W97L 3ZT2A 4DTSA 1RTJA 4YHHK 5EXWA 4CJPA 2YI1A 4KHQA 2E1ZA 1HJOA 3VEOA 2QI2A 1J9AA 3AAQA 3H45C 4B9QA 3BY5A 3O80A 1EETA 1UA0A 4Z4EA 1LV5A 5BRDA 1HX1A 2E1YA 2UXCK 4WQ4A 4IBNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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