3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
3LL3A 5BR9A 2A40A 1Q18A 3WXLA 3WXJA 2P9NB 2BTFA 3SMSA 1E4GT 4EHTA 5AQTA 5AQKA 2ZWHA 4BGAA 3ULEA 3H1VX 4PKGA 1P8ZA 4DHYA 5F2RA 3QBXA 4DQ8A 4EIAA 5FPDA 5AQRA 5I9EB 5AZJA 2D0OA 3VENA 4PKIA 4M7XA 3SMPA 4CZHA 1KXPA 3EKUA 5AQOA 3DWLA 5KPZA 3DXMB 2P9SB 5EVZA 3VEVA 1QQMA 4K43A 2FF6A 5AQZA 1ZXOA 2Q36A 2FSJA 1YXQA 3AY9A 3ENHA 2W40A 2D4WA 1DGKN 4BG8A 4I6MA 4BR7A 3DXKA 5JLHA 3HBTA 4ISFA 3VEXA 4FWMA 3SJHA 4BRFA 3LDOA 3VERA 3VPZA 5F1XA 3D2FB 3UE5A 3MN5A 3MN6A 2NLXA 3O80A 3H46O 4H5VA 3GG4A 1QQOA 3S41A 4H5RA 5E84A 4BROA 3VESA 5AQIA 1RGIA 1GLAG 4FWRA 3GL1A 1TYQB 1YUWA 2QWPA 5KQ8A 3MMVA 1NMDA 2GTDA 1HPMA 3LDPA 3SK3A 5JMVA 3L6QA 3UB5A 3MN7A 3ZX0A 4BR4A 3HI0A 4JHDA 2A6AA 3RSEB 4BREA 4L3QA 4B9QA 4FWSA 5LJVA 1G99A 4IZ9A 5AQMA 4A61A 3VF2A 3CJAA 5AQPA 1KAYA 1YAGA 4H0PA 3FZKA 3BF3A 1BA1A 3WT0A 4CI6A 2BUPA 1H1VA 3O8MA 4HWIA 1J6ZA 1SZ2A 3HM8A 2QWOA 4BQLA 3WEEA 1Z05A 3A5OC 1X9JA 1XC3A 2P9PA 3FZHA 4CJ7A 4JAXA 2IIRA 3EN9A 4MO4A 1CZAN 1R59O 4BRDA 4IJNA 1HLUA 3CQXA 3A5MC 4QS7A 4BRNA 2P9UB 4H5WA 2QWLA 3W3DA 3VEOA 1HKBA 4WQ4C 4MLHA 2E2QA 4FWOA 3C0BA 4H0VB 4NO7A 3ZETA 1T6DA 5TKYA 2W41A 1E4FT 1QZ5A 5F0XA 5BRFA 5BREA 2QWNA 1NBWA 3ZEUA 4O8KA 2CH5A 1U6ZA 2VWBA 2P9KB 2FSKA 4DB3A 5AR0A 5E26A 4BRKA 3H1QA 4IJAA 3OHRA 5JICA 2D0PA 2HOEA 3AARA 4FWNA 1Y64A 3C7NA 3J8AA 2ZGYA 2E1ZA 1ATNA 1C0FA 1MWKA 1S22A 5FPMA 4JD2A 4HTLA 3IDHA 4BRMA 2Q0UA 1LOTB 2VCPA 4H03B 1LCUA 1K8KB 3CJ7A 3P4IA 1NGJA 1NGEA 5KQDA 2YHYA 4LC9B 3ULEB 1RFQA 2ITMA 3VF4A 1S3XA 3CJCA 2IVPA 1TUYA 1HUXA 1D4XA 1BWFO 3BP8A 5AQQA 2FSNA 5LY3A 1GLLO 3AAPA 1NGBA 2DPNA 2HF4A 2NRHA 3IFRA 3VGKA 1NGCA 4BRPA 4O5FA 4QS8A 2GUPA 3EKSA 4CZMA 1NGHA 1HKGA 3DXMA 2P9SA 4EHUA 5BN9A 3DXKB 3U9DA 4FOEA 3F9MA 4BC4A 5KPRA 3GDQA 3CI5A 2KHOA 3WQUA 3JXUA 2I7PA 3LM9A 5ADXA 4WYBA 2V7ZA 3DAWA 4CZEA 2AP1A 2UYTA 4BR9A 4BRHA 3D2FA 5FPEA 3D7EO 3D2EA 4XH1A 2E1YA 1SQKA 4M7YA 4AM7A 1X3MA 3A5NC 3WUHA 3M1FA 2V52B 3CIPA 4FWLA 5EX5A 4RCHA 3M3ZA 3U9ZA 4FSVA 5AQJA 2CGKA 3LDNA 4XH4A 4WQ5A 4H0TB 3UKRB 2A41A 4JHDB 3A0IX 3CJ9A 5AQFA 1NGAA 4YDUA 4B1XB 3GBTA 2PAVA 4A2AA 1EQYA 4CZGA 3UKUB 3QFUA 3I8BA 5B8HA 3HZ6A 1Z6RA 5AQNA 2A3ZA 2VYPA 5BN8A 4H0YB 4BC3A 5AQHA 3RSEA 5BPMA 1NGFA 3KHYA 4BRIA 2Q97A 5BRDA 3ATUA 2F9TA 2J4RA 4XH5A 3VF6A 2OANA 4PKHA 3BEXA 2HF3A 1HKCA 4J8FA 5LJWA 3DJCA 3EZWA 3LM2A 2PBDA 3CJ1A 4IWVA 4GNIA 2ZF5O 1GLJO 5AZIA 2V7YA 3VEWA 1QHAA 3IUCA 3O1WA 1WUAA 4CZKA 4FL9A 4BVOA 3VGLA 3JS6A 1MWMA 2CH6A 5AQVA 3A5LC 4H5NA 3W0LA 2P9LB 3VETA 4CZIA 4IO8A 2CGLA 3GOIA 5AQUA 4BR5A 4E1JA 4B1YB 2Q1NA 1BO5O 4C23A 5KPTA 4B1VA 4BQZA 3FGUA 2E8AA 5ELZA 4JNEA 3KVGA 2YJFA 2P9UA 2ZGZA 3H3NO 3MDQA 4H0XB 3QICA 3ZEUB 2GELA 1T44A 1BOTO 2GWKA 3BF1A 4B1WB 2ASMA 3KZBA 4K25A 2P9IB 4FPBA 2QM1A 1U2VB 2I7NA 1NWKA 4K41A 4FWPA 2YJEA 1NLVA 3MCPA 3EL2A 4BRQA 2P9KA 5AFUA 3HSCA 3B8AX 2YI1A 3ID8A 2YHWA 1NGGA 3O6WA 4JD2B 3R9PA 5BRHA 5CE3A 4Y0WA 1YVNA 5FPNA 1JCFA 3M6GA 5AQSA 2E2NA 4PL8A 4Z94A 4CD1A 2QWMA 3FE1A 3QB0A 2P9NA 4BGBA 4DCHA 5AZJB 3VEYA 1ESVA 4XEIA 3G25A 4RWTA 1K8KA 1GLFO 1OKJA 3H6EA 4IXCA 5AQYA 4NB4A 4AM6A 1XQSC 3A8YA 2E2OA 3QBWA 3IMXA 4FPAA 1HJOA 2FLOA 1DEJA 4RTFD 4ISGA 3HTVA 3H45C 3O1BA 4I6MB 1QQNA 3O08A 5EY4A 3BUZB 1BU6O 3VEZA 1MA9B 3ZX2A 3FZMA 3L0QA 1X3NA 2FF3B 1NGDA 3O4WA 4BC2A 1BG3A 3QMLA 5AFUH 1NGIA 2QWRA 2FXUA 2GWJA 3TPQA 4WQ5C 2ASPA 4BRAA 1GLDG 3WXKA 1TUUA 4YDUC 1BUPA 3O5BA 4H0OA 3GE1A 1C0GA 4KBOA 3LDQA 3WXIA 3D2EB 5AQXA 1MDUB 3ENOA 1BA0A 1KAZA 2CGJA 4CZLA 3AAQA 5AQGA 4A2BA 1TYQA 2A5XA 3ZX3A 1JCGA 4BR2A 4FO0A 3CJBA 3TU5A 4CZFA 5BPNA 4BRGA 1V4SA 4JN4A 3U4LA 4F9OA 4A62A 2NZTA 4CBXA 3CETA 4EFHA 2Q31A 2E20A 4B1ZA 4K42A 5EOYA 1IJJA 2IVOA 1ZBSA 3FZLA 3UKRA 2AA4A 4BG9A 2H3GX 3VGMA 4MLEA 4BRCA 3R8EA 3ATVA 4FWQA 3UKUA 5EXWA 3WEEB 1V4TA 1ZC6A 1KAXA 5ADXH 3CHWA 1GLCG 2QWQA 1JCEA 2E2PA 2P9PB 3I33A 4CBWA 2QXLA 5AZIB 4M63C 5BPLA 2V51B 3R6MA 4FOIA 1HX1A 2ASOA 3CQYA 3FR0A 4ISEA 5AQWA 3MN9A 4PL7A 4CD3A 4BR0A 4FWKA 3WQTA 2HMPA 4CBUA 1XUPO 2GEMA 3SLCA 3ZETB 4CZJA 4BRLA 2Q0RA 3LDLA 1ATSA 1BDGA 2QW9A 2P9LA 2IVNA 3QFPA 2WUSA 2EWSA 5AQLA 1IG8A 1GLBG 1RDWX 5JLFA 3VOVA 3FLCO 2F9WA 4GY2B 3FZFA 1SAZA 3FFKB 3QDKA 3CERA 2A42A 3C7NB 2YCHA 3MK6A 3L4IA 4QS9A 1T6CA 4EAHD 1GLEG 4MO5A 1WOQA 3H3OB 2E88A 1NM1A 1ATRA 2D1KA 1DKGD 2P9IA 4WQ4A 4B1UB 1U2VA 3EO3A 4BC5A 4BVPA 4H5TA 3U8XA 1QZ6A 2Q2RA 2YHXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Y1IA 3VTIA 2A40A 5HBMA 4AHSA 4W5TA 3SMSA 2O8DB 4GKKK 5GADP 4IOXA 2YKMA 4CCHA 4FJIA 4O0IA 4DV7K 3NF8A 4DHYA 3CFOA 4EIAA 3JSMA 3AA2A 5AQRA 3VQ8A 4CJ3A 2D0CA 1KXPA 1W7AA 5AQOA 3U3GA 5KPZA 2G8HA 4JEPA 1YIJN 5SWMA 4J2EA 2UXDK 1IKXA 2YV0X 2BANA 1ZXOA 1SKSA 3DLKA 4O55A 3J7ZO 2W40A 3HOTA 1D9DA 4I6MA 4BR7A 3HBTA 3T1HK 4CHNA 2NNWA 2ZM6K 5GIOA 1IG9A 3LDOA 1RDCA 3VPZA 4LD0A 4C8MA 4NLCA 2P5GA 1Z25A 1TAQA 3MN6A 1BGXT 3O80A 3H46O 1QQOA 4E7KA 3U3YA 1U47A 1S1VA 3KLIA 4AHVA 3OYNA 1RGIA 1GLAG 4FJXA 4JRPA 4YOVA 3GL1A 1TYQB 1YUWA 1NOZA 1Q81O 4DV2K 1OH7A 4B3RK 3UB5A 2OCEA 1VQ6N 3N4PA 4OO1J 1BIZA 1EX4A 4BREA 4L3QA 1RT5A 4B9QA 4C1NK 1OVQA 3RRGA 1JLQA 1A5VA 3CG7A 4JS5A 1G99A 2XY7A 4DSLA 4IZ9A 1JLBA 1VQ8N 3FZKA 3BF3A 3WT0A 3SPZA 3L3VA 1SZ2A 1ZYQA 3NH2A 4NCBA 3J7YP 5TKWA 3SV4A 1Z05A 4CJ7A 1SKWA 1RTIA 4I2PA 3NAEA 1B9FA 1CZAN 2ZD1A 1HLUA 4DV6K 4JKEA 3CQXA 4H5WA 2QWLA 3KLGA 4FLWA 3AVGA 4CEOA 3O4NA 1HKBA 3LAKA 1XI1A 4H8KA 3C0BA 4U67L 4NO7A 1S1WA 4DR1K 5TKYA 1RT3A 1E4FT 4FM0A 3M8RA 2P51A 5BRFA 2W42A 1ILYA 4I2QA 2WTUA 4C8OA 3E9PA 4KB1A 4BRKA 4A5AA 4DTJA 2D0PA 4OKJA 3AARA 2OPRA 1Y64A 1ATNA 4DSFA 1MWKA 5FPMA 4B9LA 1VAZA 2KLAA 1LOTB 1TKDA 1UA0A 4KH4A 4LF7K 4YOXA 3P4IA 2WFBA 4CW7B 4O8UA 1SUQA 5KQDA 4B8AB 4ILGB 1KLNA 3AVAA 2O8DA 1KTQA 1TUYA 1GOBA 1WAFA 1RBUA 4Z4HA 3S9HA 1IBLK 2F8SA 2NRHA 3I0RA 3QEWA 3VGKA 3DOLA 4O5FA 4QS8A 3QEIA 2GUPA 4CZMA 1NGHA 3SQ0A 2KFNA 5KGWA 4W5RA 1CLQA 4A59A 3U9DA 1ZBHA 4I7FA 1C0TA 2KHOA 3WQUA 3L8BA 1NK0A 2GUIA 2HBJA 4B9MA 2HHQA 2I7PA 4Y1DA 3C94A 3THXB 3DAWA 3AVCA 2AP1A 3K5MA 4FVMA 4QCLA 3TSPA 3LDSA 4M3TA 4M7YA 1S1XA 5JS1A 3A5NC 3VQ4A 3WUHA 3M1FA 2V52B 3VQEA 3K0SA 1D8YA 4IDHA 4FLTA 4ILHA 3EYZA 3T1AA 3SBTA 1Q7YO 1O1WA 2F7TA 3A0IX 5AQFA 4JI0K 1NGAA 4YDUA 2IGIA 1T8EA 3QESA 4OLBA 3C6UA 5B8HA 3VTHA 2QK9A 1W97L 1SS6A 4H0YB 4K8ZA 5AQHA 2J4RA 4XH5A 2PZSA 3VF6A 3N4QA 4BDZA 2O4GA 1HKCA 5EU7A 5LJWA 1CXUA 3EZWA 3LM2A 2PBDA 3K5OA 1T03A 3VQ9A 5AZIA 4W5OA 1VK0A 3VEWA 5GAEP 4R79A 3F73A 4EP5A 4BVOA 2HHXA 3JS6A 4FLYA 4C8LA 1L3SA 3A5LC 3R3LA 4JI4K 4FJHA 3TAMA 4BR5A 1BO5O 4KHSA 4C23A 1VQ4N 1XHZA 4Q0BA 4RW6A 2E8AA 4C8KA 4WE1A 3KVGA 4FLXA 1C6VA 3ZEUB 2GELA 4FW1A 2X78A 1BOTO 4B1WB 2QA4N 3NBPA 1X1PA 1ASWA 2I7NA 1NWKA 3TAGA 1YTUA 1NLVA 4FM2A 3P1GA 1BHLA 1YJNN 3NVMA 3LALA 3HSCA 5AFUA 3V9UA 3R9PA 3AVFA 3PX0A 1BISA 3OS2A 4FK0A 4DLGA 4PL8A 4Z94A 3QB0A 4BGBA 3WXMB 4FLUA 4PY5A 3SUPA 2VQFK 4XEIA 1LAWA 4IXCA 1OKJA 3VQCA 5AQYA 3CCSN 3RR7A 4ZHRA 1KC8O 3QBWA 4HTUA 1MU2A 1HJOA 2F4VK 1IKYA 1S1UA 3PX6A 1YVUA 3HTVA 3H45C 1EKEA 3V1RA 4O4GA 1QQNA 1Q86O 3O08A 5DM6L 1FK9A 4M3XA 4KREA 1K6YA 3FZMA 2A1SA 1TGOA 4F2SA 2FF3B 3C6TA 5M1OA 2FXUA 5LMNK 4Z0UA 3RVCA 3WXKA 3V9WA 1RCHA 2ATQA 2YNHA 4H0OA 3NF6A 3QLHA 4CVNE 2OTJN 1QSYA 1VSIA 4KBOA 3CCVN 3M5RA 3C6HA 3V4IA 3ENOA 3ZSVA 2CGJA 4IG3A 1J54A 1QQCA 3THXA 1YJWN 4A2BA 2A5XA 4CJRA 3ZX3A 1D9FA 4BE2A 3CJBA 2KTQA 4JN4A 3U4LA 3K5NA 3CD6N 1W0HA 4C1NI 4B3TK 2NRXA 2E20A 2X6NA 3T7ZA 3FZLA 3KLHA 3AVLA 1NG9A 4BRCA 3ATVA 4FWQA 3OJUA 1C0MA 3BY5A 5EXWA 5HRPA 5C15A 3WEEB 1RDUA 1KAXA 5ADXH 4MDAA 4ELUA 4CEZA 2P9PB 4B08A 2NUBA 1NKCA 4CBWA 1Q9YA 2IAJA 3TSQA 3TABA 4CEEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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