3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
3CQYA 2ASOA 2I7PA 2E8AA 2V51B 4PL8A 5AQVA 4BROA 2GELA 4IJNA 4LC9B 5AQOA 3WQUA 4BRNA 1NBWA 2IIRA 1RGIA 2P9IA 3AAQA 3LDNA 4DB3A 1S22A 1T6DA 3ZEUA 2E2QA 3KHYA 1KAYA 3VEYA 1T6CA 2FSJA 1MDUB 4HWIA 4FL9A 3CI5A 3ZX3A 2BTFA 3TPQA 4CZFA 3HTVA 3UE5A 3BF1A 1GLCG 2NRHA 2ZGYA 1JCFA 3IUCA 3O08A 4QS9A 3VENA 3CIPA 3ULEA 3J8AA 5BRDA 1DKGD 3S41A 2BUPA 2ZF5O 3EZWA 4JD2B 3AY9A 4MO4A 4CI6A 2YJFA 4GY2B 1NLVA 2E88A 3LDQA 2FF3B 4A61A 3MN9A 2QWMA 4M7XA 3BEXA 1TYQA 1ZBSA 4WQ4C 5KPTA 2CGLA 2E2OA 2V7YA 3RSEA 2P9IB 3IDHA 4BRLA 3ZEUB 4B1WB 5JICA 1CZAN 2V7ZA 3GG4A 2F9WA 1XQSC 2YJEA 4H0VB 1QQMA 4QS7A 1NGDA 3VEVA 3LDLA 4IJAA 3DAWA 3OHRA 3ULEB 4A2AA 2E1YA 2Q97A 3R8EA 5BN8A 1DEJA 3WEEA 4ISGA 4PKGA 5KPRA 4MO5A 2P9PA 2ZGZA 2KHOA 1TUUA 2D4WA 3A5LC 1XC3A 2F9TA 4BRFA 3FZFA 1QHAA 1TYQB 3HSCA 5LJVA 3VETA 3D2EA 3WXJA 4FOEA 3RSEB 2H3GX 3O8MA 4XH1A 4DQ8A 4YDUC 4JN4A 2GWKA 1HKCA 4DCHA 3H3NO 3VGMA 3A5NC 5AQJA 3A5MC 4JHDA 4BRMA 4FSVA 2HF4A 5BR9A 3I8BA 1SAZA 4H5RA 5AZJB 5AQHA 5AQUA 3EO3A 4B1VA 3I33A 3FZKA 1WUAA 4O5FA 3WEEB 3FLCO 4H5TA 3EKSA 3GDQA 3VERA 5ELZA 2P9PB 4FWMA 1E4FT 3WQTA 3WXIA 4CBWA 1Y64A 3CERA 1LCUA 3CETA 3D2EB 1QZ5A 1NMDA 5AQFA 4FPBA 4A62A 1BOTO 3U9DA 2HOEA 5ADXA 5TKYA 4FWKA 5AQKA 4JHDB 3W0LA 4BC3A 4GNIA 2P9KA 3CJ1A 2EWSA 2FLOA 4H0XB 1GLLO 4BR4A 2A5XA 3SMPA 5E84A 1SQKA 2A41A 3VEOA 4BRAA 3DXMB 1MA9B 2Q0UA 5FPDA 2A6AA 5JLHA 3SJHA 4MLHA 4H5VA 4CZHA 3M3ZA 3ENHA 3WT0A 1NGCA 5AQSA 4FO0A 5AFUA 1RDWX 5BPNA 2A3ZA 2QW9A 5AQPA 4M7YA 3UKRA 2Q31A 5JLFA 4BVPA 4EHTA 4BG8A 2AP1A 2J4RA 3C0BA 5EX5A 1T44A 4IWVA 4BVOA 1KAXA 3QBXA 3SK3A 3W3DA 5BPLA 2P9KB 4BRCA 2D0PA 3LM9A 1NGJA 3C7NB 3FZLA 2HF3A 2HMPA 3MK6A 5CE3A 1HJOA 4BG9A 1GLAG 1QQNA 3QMLA 1GLEG 4FWNA 2CH6A 3D2FA 3VF4A 4BRPA 5KPZA 1LOTB 3EKUA 2D1KA 3JS6A 1BO5O 4FOIA 4HTLA 2YI1A 4E1JA 1X9JA 3VF2A 2GEMA 2GTDA 2VYPA 4EHUA 5AQRA 4WQ4A 3UKRB 4BQLA 3ATUA 2Q36A 3CJAA 4KBOA 3AARA 3O4WA 5JMVA 4BRQA 4Y0WA 1HKGA 3QICA 1GLDG 1NGBA 5AQLA 1V4SA 1YVNA 4FPAA 4PKIA 4K43A 4RTFD 5EOYA 5AQTA 5F2RA 1BDGA 3QDKA 3GL1A 5BRHA 1BUPA 3GBTA 1E4GT 1QQOA 2QWQA 3D2FB 2Q2RA 1U2VA 3DXKA 4PKHA 1NGGA 2D0OA 3KVGA 4EIAA 2IVNA 2QM1A 5FPNA 3H1VX 1BWFO 1GLFO 1NWKA 1YUWA 3FE1A 4JNEA 3MN7A 4IZ9A 4JAXA 3QFUA 4PL7A 4BRGA 4H5WA 2I7NA 3P4IA 3TU5A 2WUSA 1TUYA 3LDPA 3MMVA 4F9OA 1H1VA 3DJCA 1XUPO 4YDUA 1S3XA 2YHYA 1D4XA 3R6MA 4NB4A 2Q0RA 1NM1A 2P9UA 4BQZA 3A5OC 3HZ6A 3QFPA 5AQGA 2YHWA 3O80A 3ZETA 4BR9A 1P8ZA 3LDOA 3MN5A 2QWNA 3UB5A 3DXKB 4H5NA 1HX1A 4EFHA 3AAPA 3D7EO 3LM2A 3SLCA 3O6WA 1JCGA 2QWLA 1BA0A 1R59O 3CJBA 4CZKA 5AQZA 1U6ZA 4M63C 4XH5A 5AQMA 4ISEA 4BR0A 3ENOA 4AM6A 4Z94A 1MWKA 5LY3A 1RFQA 4CZMA 4WQ5C 5KQ8A 1MWMA 1HKBA 2P9UB 3F9MA 1OKJA 2ZWHA 1ESVA 1J6ZA 1NGFA 4CD1A 4CBXA 4BC2A 2UYTA 3SMSA 3ZETB 3H45C 2E2PA 2ASPA 3QB0A 1ZC6A 2NZTA 1Z05A 4C23A 2A40A 2YHXA 5B8HA 3U8XA 1IG8A 1X3NA 2OANA 1BU6O 1C0GA 4IXCA 4MLEA 4DHYA 2V52B 4I6MA 1KXPA 3VEZA 3VF6A 5AZIA 3CQXA 4CBUA 2E1ZA 3VGKA 4NO7A 3FR0A 3L0QA 1BG3A 1GLJO 3FZMA 5ADXH 2AA4A 1NGAA 2IVPA 2QXLA 3FGUA 2QWOA 3HI0A 4H0TB 4B9QA 1WOQA 3QBWA 3FZHA 4H03B 2DPNA 2E2NA 3MDQA 4BRIA 2PAVA 4H0OA 1YAGA 3VPZA 1V4TA 3A8YA 3DWLA 5BRFA 4RCHA 2P9NA 1C0FA 2A42A 3ZX0A 3O1BA 3VOVA 1NGHA 3BP8A 5I9EB 4BRDA 1K8KA 3GOIA 3CJ7A 2P9SA 4FWQA 1GLBG 3WXKA 4FWPA 3IMXA 5F0XA 4FWLA 4WYBA 1G99A 4I6MB 4BC4A 2Q1NA 3HBTA 5AZIB 5AFUH 3VEXA 4ISFA 4RWTA 2FXUA 4BRHA 1EQYA 1DGKN 3MCPA 5F1XA 3G25A 5BN9A 4EAHD 5LJWA 3UKUA 5AQIA 3H1QA 2FSKA 2E20A 4QS8A 1X3MA 2QWPA 1ATRA 5E26A 3MN6A 1NGIA 2VCPA 4O8KA 2P9NB 1QZ6A 4BR7A 4BR2A 3O1WA 3U9ZA 4BC5A 4K25A 2NLXA 1ATNA 5AQWA 2QWRA 5AZJA 3JXUA 1K8KB 4FWRA 2P9LA 2P9SB 4K42A 3GE1A 3WXLA 2ASMA 3ID8A 4BR5A 3ATVA 4B1XB 1ZXOA 1BA1A 4CZEA 4CZIA 4BREA 4B1YB 1Z6RA 2ITMA 2GWJA 3KZBA 4BRKA 5EVZA 3VEWA 3U4LA 3VESA 2CH5A 3UKUB 3EL2A 1ATSA 3CJCA 2VWBA 1IJJA 5AQXA 2YCHA 3BUZB 3EN9A 5KQDA 5EY4A 3M6GA 5AQNA 2FF6A 4CD3A 1U2VB 3FFKB 3WUHA 1HUXA 4XH4A 2W40A 1Q18A 1SZ2A 4CZGA 3BF3A 2P9LB 4A2BA 3DXMA 4CZLA 2IVOA 3CJ9A 3HM8A 3O5BA 2CGJA 3IFRA 4AM7A 2CGKA 5EXWA 3H46O 5AQYA 1HPMA 2W41A 4FWSA 4CZJA 3L6QA 5AR0A 1HLUA 1JCEA 1YXQA 4FWOA 1KAZA 5AQQA 3ZX2A 5FPMA 4IO8A 4BGBA 5BPMA 3M1FA 2GUPA 3B8AX 4XEIA 4BGAA 4B1UB 3L4IA 2FSNA 4L3QA 3H6EA 5BREA 4H0YB 3VGLA 3H3OB 2PBDA 1NGEA 4WQ5A 4JD2A 3C7NA 3CHWA 3A0IX 4K41A 3LL3A 4H0PA 4B1ZA 4J8FA 3R9PA 5FPEA 4CJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U47A 3LWMA 2V51B 4BROA 2OCEA 4DS4A 2GELA 4IJNA 4LC9B 3WQUA 1SL1A 1NBWA 2IIRA 4KHNA 4KPYA 3AAQA 3HOSA 4PWDA 1S22A 3ZEUA 2E2QA 4DU1A 4CE9A 3KJVA 1MDUB 2O4GA 2G8KA 3AVJA 4CZFA 3UE5A 5FRNA 1GLCG 5JS1A 4E89A 3SBTA 1BHLA 1JLGA 1RNHA 3S3OA 3LWLA 4GW6A 3CM5A 3TAPA 4PQUA 3DOLA 4GY2B 3I0SA 3LDQA 1VSIA 2FF3B 3I8DA 4HUGA 1S1TA 4CJ5A 1WSGA 3SPYA 1VQ5N 3O9UA 2CGLA 2E2OA 2V7YA 3QNOA 1UWBA 5HL7L 3G6EN 3Q7BA 1WSEA 5GAGP 3SV3A 2VWJA 4MQ3A 3GG4A 2YJEA 4H0VB 3V4IA 2O8EA 1VSFA 4QS7A 2GUIA 3VEVA 1KRPA 4GV3A 3LDLA 3WNHA 3DAWA 3ULEB 4A2AA 2E1YA 4FLVA 2KZZA 1DEJA 1NJXA 3J7AP 4ISGA 1VSJA 2KZMA 2KHOA 1TUUA 4AF1A 4M3WA 4NCGA 2O4IA 4BRFA 2KKZA 3VMFB 1QHAA 3HSCA 3G0ZA 3VN5A 3VETA 4KHPK 1C1BA 2D0AA 4FOEA 3RSEB 4LFCK 1RT5A 4Z4HA 4YDUC 4JN4A 1N6QA 1WSFA 3K0SA 3MXIA 4KRFA 4JI5K 2X74A 4FSVA 4CF9A 4O0IA 4KHUA 4DMNA 4B9UA 3CXCM 3L3UA 3AVIA 5IT9O 2HMIA 3NVKA 1LWFA 4CBWA 1HR0K 3KD1E 3KK1A 4DSKA 3CETA 3VQ5A 3D2EB 1QZ5A 1VAZA 4IOAL 3VQDA 4FPBA 1QSYA 1I39A 4DF8A 3R1XA 2RPIA 3HJFA 2YHAA 5TKYA 1WBDA 4ELVA 1HNWK 3VQ8A 1WSJA 1KVAA 3QIOA 3OYAA 4GNIA 1RTDA 2UUAK 4V19S 1GLLO 3SMPA 3LPTA 1SQKA 4BRAA 4KB0A 4JRQA 3SCXA 5K14A 4NXNK 4YOXA 4DKWA 3HOTA 4NYNA 4F2RA 2KW4A 2BGGA 1Q82O 3M3ZA 3ENHA 3CFPA 4HHTA 4CF1A 1W7AA 2X78A 4M7YA 4YHHK 4DSLA 1ZBLA 1S6PA 4IWVA 2D0PA 3T69A 1NGJA 3C7NB 3FZLA 5CE3A 1VQMN 4BG9A 2QXFA 4DTJA 4B3SK 3AO3A 4OGCA 3B6OA 3SQ1A 3CCRN 3TAFA 4I7FA 4IEEA 2VQFK 2VGMA 3C94A 5GINA 3HVTA 5HRSA 4ILJA 3SYZA 4XIUA 4BRPA 5KPZA 4B3RK 4J2AA 3JS6A 1BO5O 4FOIA 4WF9L 4E1JA 1YF5L 1X9JA 3ZSVA 3SUQA 4JI7K 4FLZA 1BIZA 4BQLA 1S5JA 1RT6A 2IOCA 2EHGA 4O8UA 3PUFA 1HKGA 4IBNA 1S9GA 1GLDG 4AHSA 3SUPA 4FPAA 3KLFA 4FM0A 1IKWA 4K43A 2A1RA 4DR6K 4JS5A 5BRHA 1BUPA 2Y1JA 2QWQA 5C25A 2D0CA 2KFNA 3NF8A 3ITHA 1L3VA 3KVGA 5GIPA 1IKVA 3BZCA 1T3VA 1BWFO 1NWKA 4JNEA 3NBPA 3MN7A 4JV5K 3TU5A 2WUSA 3P38A 4CIEA 2HHHK 2HNDA 3M5RA 3K57A 4C1NK 4MDBA 4CEQA 1HMVA 3CFOA 4B3OA 1D4XA 4Z4GA 2RE2A 1EXQA 4NB4A 1MU2A 3O4NA 3DLEA 2P9UA 4BQZA 4CVNE 3OA9A 5AQGA 3SJJA 1VQLN 3O80A 3NMUA 4DQPA 4JI2K 4LFAK 3WXMB 2QWNA 3PSIA 4DQQA 3DXKB 3L4QA 4EFHA 3AAPA 4KHYA 4F2SA 4CJWA 4HUFA 2JWLA 4I9LA 1WNSA 1IO2A 4LH4A 3AA2A 4DV5K 1X9WA 3MX2A 4CGJA 3K59A 4GV6A 3HT3A 4M63C 1XMOK 1BL3A 4YOTA 4ISEA 1W97L 1C0MA 4LD0A 4AM6A 4DFJA 5LL6Z 1VSKA 4JI3K 4KHQA 1HYVA 3AVMA 2O8CB 4CD1A 4CBXA 4BC2A 3ZETB 3QERA 3QB0A 2ASPA 4DF4A 4C23A 4KO0A 1BU6O 4KB1A 2YNHA 1KXPA 2RN2A 4CJRA 3CQXA 4CBUA 3R3LA 3L0QA 2AA4A 1HQUA 1NGAA 1W9HA 4KAZA 3L2QA 3OYJA 2XRIA 3HI0A 3LP3A 4H0TB 4B9QA 3KD5E 4IG3A 3QBWA 4H03B 2E2NA 3MDQA 1YAGA 1HNXK 1VQ8N 3A8YA 5BRFA 1C0FA 3ZX0A 3BP8A 1NU0A 1VQ6N 1K8KA 4HTUA 1ZBIA 3GOIA 4FWQA 4FWPA 1IG9A 4OLAA 5GADP 1S9EA 4FWLA 1G99A 2HVHA 3CCMN 3QLHA 3VEXA 3OTOK 1JL1A 4YORA 4FJ8A 3K58A 4GVMA 4JS4A 2WONA 1XHXA 4U67L 5F1XA 3G25A 5BN9A 4EAHD 5LJWA 4IO9L 1NK6A 4DLEA 3VQ7A 2E4LA 3H1QA 4FJGA 2E20A 1TVRA 5M1QA 3J7YP 5CYQA 4A57A 5E26A 1OH8A 2VCPA 2P9NB 3V1RA 4BR2A 3CMAN 3HP9A 1ATNA 5AQWA 2QWRA 3JXUA 2P9SB 3OVNA 4DV1K 1HPZA 5GAEP 4E1NA 4E1MA 3GE1A 1SKRA 2VG6A 4IG0A 3P1GA 5HRRA 3ATVA 1YT3A 4B1XB 4CGDA 4E7LA 4DTUA 1BA1A 1XNRK 1LAVA 1Y97A 2XY7A 4M3UA 4CZEA 3O9SA 3V1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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