3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
4BR2A 1SAZA 2P9PA 4HTLA 3GL1A 4MO4A 1EQYA 1BWFO 2P9LA 1JCFA 3FZMA 4AM6A 3DXMA 4BR7A 4YDUA 5AQYA 4CBWA 4BROA 4QS8A 4NO7A 1QZ5A 4BREA 1K8KB 4CZIA 4M63C 1MDUB 3C7NB 3IMXA 4WQ5A 1RDWX 4IXCA 2IVPA 4CJ7A 3TPQA 4BQZA 1XUPO 3DXKA 4I6MB 3ATVA 3UKUA 3FLCO 2YJEA 4JAXA 3CJ1A 3UKRB 2PAVA 2HMPA 5AQTA 3ULEA 3VF4A 3AARA 3WEEB 2D0OA 2P9KB 3CJ7A 5LY3A 4H03B 4PL8A 4B1VA 4IZ9A 2D1KA 4B1WB 2F9TA 1TYQA 2QW9A 4MLHA 2A6AA 2HOEA 1V4SA 3U9DA 1TUYA 4XH4A 2E1ZA 3M3ZA 1HPMA 3CJCA 3RSEA 2FSNA 5E26A 4JD2A 4EFHA 4PL7A 1NGGA 1QHAA 1WUAA 2VCPA 4GY2B 4EAHD 2BUPA 2KHOA 2FXUA 4H5TA 1Y64A 5AQPA 3QBWA 3ZEUA 2UYTA 3AAQA 2Q97A 5FPNA 3H46O 3CI5A 3W3DA 5AR0A 1MWMA 4XEIA 3CERA 4WQ4A 3H1QA 4BRCA 5AQGA 3U4LA 3D7EO 5F1XA 2NLXA 3WXLA 1MWKA 4BGBA 3D2EA 3B8AX 4BRFA 1TUUA 3L4IA 2E2QA 4M7XA 4H5VA 1U6ZA 1S3XA 3U9ZA 4B1ZA 3LDOA 1HLUA 4CZKA 1NGDA 5ELZA 1GLJO 4BRIA 2E8AA 2E2PA 3LL3A 4H5NA 3SMPA 3MCPA 1DEJA 5AQRA 2GEMA 2E1YA 5AQZA 1KXPA 2DPNA 2Q31A 3I8BA 3VENA 4PKGA 4IJNA 3CJBA 3C0BA 3JXUA 1HKCA 4CI6A 4H0TB 3O5BA 4K42A 5KQ8A 4CD1A 5AQMA 5AQIA 1Z6RA 4CZJA 1ESVA 3ENHA 3FZKA 3SJHA 1E4GT 2CGKA 2V51B 4RTFD 3SMSA 4BRLA 4C23A 4BG9A 4XH5A 2P9NB 3ZX3A 3VESA 2P9IB 1KAXA 4L3QA 3VF2A 5AQKA 2FSKA 2Q0RA 4IO8A 1IJJA 3CETA 3F9MA 4FL9A 5AQWA 1X9JA 1NBWA 2A3ZA 2QWMA 5JLFA 3D2FB 5I9EB 4M7YA 4BC2A 3DAWA 4BVOA 4YDUC 4BVPA 4MLEA 2IVNA 4IWVA 2F9WA 1BA1A 1QZ6A 4RCHA 1KAZA 2J4RA 5BPLA 2QWOA 3JS6A 3QICA 4EHUA 3VGLA 3LDQA 1NWKA 3UE5A 2Q0UA 1CZAN 1BU6O 1BA0A 2GELA 1DKGD 4RWTA 1HX1A 3H3OB 4FOEA 5AQOA 4FWRA 5F2RA 3EL2A 3FGUA 3FZFA 1GLCG 3GDQA 3L0QA 2ASOA 4K25A 4BRQA 2NZTA 1U2VB 3HTVA 2ITMA 3VEWA 4EIAA 5AZJB 2QWPA 2ZF5O 5KPZA 4DHYA 4BRPA 3ZEUB 1H1VA 3LM9A 1D4XA 4JHDA 2CH6A 3QMLA 2HF3A 4FO0A 5B8HA 2E20A 4BRDA 3VETA 3ZX0A 2GWJA 3BEXA 5FPEA 3AAPA 4DB3A 5JLHA 3VOVA 2V7ZA 4JNEA 5AZIB 5JMVA 1LOTB 1GLEG 3IUCA 1GLFO 3EZWA 4WQ4C 2Q36A 3VEZA 3WQTA 3GBTA 1KAYA 3O1BA 4O5FA 3CJ9A 1Z05A 4HWIA 2FF3B 2VWBA 4BR9A 3VEXA 2OANA 1V4TA 3MN5A 2AA4A 3FZHA 1C0GA 2CGLA 4H5RA 3C7NA 4MO5A 3H3NO 4FSVA 4BG8A 2P9UB 1NGBA 1E4FT 1YVNA 4O8KA 4I6MA 5LJWA 3GG4A 2QWLA 2ZGYA 3O08A 1BO5O 4AM7A 2QWRA 1SQKA 3A5MC 3UKRA 4BC3A 3IFRA 3CIPA 3MN9A 5AQJA 3O6WA 4K43A 3WEEA 2W41A 3LDLA 2P9KA 4FWQA 4BRMA 3WUHA 1YUWA 3SLCA 1YAGA 2V52B 2E2OA 4CZFA 3VEVA 1ZXOA 3KZBA 3HI0A 1QQNA 5EXWA 2Q1NA 5AQSA 3A5NC 4A2BA 4PKIA 1NGCA 1IG8A 4H5WA 1P8ZA 3BF1A 1XC3A 2GUPA 4FWNA 1ATRA 3EKUA 1HJOA 1QQMA 4CZGA 4ISEA 1Q18A 4CZEA 1SZ2A 5BREA 2P9PB 4BC4A 4CZHA 3QB0A 4Y0WA 2P9LB 3TU5A 3ZETA 1ZBSA 3DXMB 4FWKA 2GTDA 4B1UB 2YHYA 3QBXA 4H0XB 4PKHA 3O1WA 5F0XA 3M6GA 3HBTA 3QFPA 5AQNA 2QXLA 4J8FA 3WQUA 4BRAA 3IDHA 3ENOA 3UB5A 1NGIA 3BUZB 4B1XB 4JN4A 3DXKB 2A42A 4FPBA 2AP1A 2A5XA 3H1VX 3EKSA 3UKUB 3L6QA 1C0FA 3MK6A 3DJCA 4ISFA 3A0IX 4WQ5C 3ULEB 5BPNA 4FWSA 1ZC6A 2QWQA 3VGKA 2P9SA 4A61A 4B9QA 4ISGA 2FLOA 3CQXA 5EVZA 1RFQA 1MA9B 1TYQB 3VERA 1GLLO 3CJAA 5EX5A 5TKYA 5KQDA 1JCGA 2D0PA 3BP8A 2BTFA 5LJVA 3RSEB 2E2NA 3VEOA 2E88A 1NGAA 2CGJA 4BRKA 1OKJA 2P9NA 4JD2B 2P9IA 2YI1A 2A41A 4BR0A 1RGIA 2QM1A 5BN8A 4H0OA 1ATNA 3LDNA 3EO3A 3A5OC 4DCHA 3LDPA 4EHTA 3O80A 3D2FA 4CD3A 1XQSC 1BUPA 3W0LA 3FE1A 5ADXA 5AFUH 1X3NA 3HSCA 3MN7A 2PBDA 3QDKA 3D2EB 5AQQA 1GLDG 4F9OA 4B1YB 4H0PA 3I33A 1BOTO 3EN9A 1NGHA 1HUXA 3A5LC 3WXIA 5KPRA 4BGAA 2IIRA 5KPTA 4FOIA 3HM8A 3ID8A 2H3GX 4LC9B 4A62A 2EWSA 1BDGA 3QFUA 3GOIA 1T6CA 1WOQA 1K8KA 5BN9A 2YHWA 3O8MA 1BG3A 3ATUA 5BRHA 1NLVA 3ZX2A 4BR5A 1R59O 3R6MA 3BF3A 5AQHA 3AY9A 3HZ6A 3FZLA 3KVGA 1U2VA 4K41A 4NB4A 4CBXA 5AZJA 2ZWHA 3R9PA 5EOYA 4CZLA 4XH1A 4E1JA 3U8XA 3FFKB 5ADXH 2NRHA 2V7YA 3VEYA 4BRGA 1T6DA 1T44A 1G99A 5JICA 3GE1A 3H6EA 4QS7A 5AQFA 4FWPA 2GWKA 2I7PA 3M1FA 4FWOA 5EY4A 1HKGA 3OHRA 3WXJA 3ZETB 4FWMA 5E84A 5FPMA 4KBOA 5BPMA 5AQUA 1LCUA 3VF6A 2QWNA 4BQLA 1JCEA 5AZIA 4WYBA 2I7NA 3VGMA 2HF4A 4H0YB 3WT0A 3KHYA 1HKBA 3WXKA 4BRHA 1DGKN 2WUSA 2YHXA 5AQVA 4H0VB 2ASMA 1NGFA 1J6ZA 1NM1A 5CE3A 4FPAA 3MMVA 4GNIA 5FPDA 2FSJA 2W40A 4A2AA 1GLBG 2P9UA 1S22A 2YCHA 3SK3A 3MDQA 3S41A 4Z94A 2FF6A 3MN6A 4FWLA 1QQOA 2P9SB 3H45C 3A8YA 4IJAA 3VPZA 4DQ8A 3J8AA 2CH5A 4QS9A 4BR4A 1NGEA 5AQLA 5BR9A 2ZGZA 2Q2RA 1ATSA 1X3MA 5AQXA 4BRNA 2YJFA 3CHWA 3CQYA 2A40A 2ASPA 2VYPA 1YXQA 3DWLA 3R8EA 1GLAG 2D4WA 4CZMA 5AFUA 3G25A 3O4WA 4CBUA 2IVOA 4JHDB 3P4IA 4BC5A 5BRFA 3FR0A 1NGJA 5BRDA 1NMDA 3LM2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8IA 1SAZA 1O1WA 1EQYA 4OVLA 1BWFO 4J2BA 3KK3A 4IG3A 4OKKA 4OPJA 3EE8A 4BR7A 2HHXA 1WSEA 3K5OA 5HOOA 4CBWA 4OPKA 4BROA 4BDZA 2E6MA 5HBMA 3CCMN 1EWRA 3CPEA 4DSEA 1MDUB 1J5OA 4OGCA 1RDWX 3HM9A 1HYZA 1XUPO 3DXKA 5LMNK 1RBVA 4CHNA 4JK8A 3HVTA 4FVMA 2PAVA 3MXJA 3AARA 3WEEB 3V1OA 2XHBA 4QOZB 3DMJA 1ZBUA 4H03B 4GV9A 4LFCK 2D1KA 3AA5X 2F9TA 3KKRA 1TUYA 4XH4A 2VWKA 2OPRA 1UA1A 2YX6A 1L3TA 4Z4EA 4FLYA 1HQEA 4W5OA 1TVRA 4CJWA 2IAJA 1IO2A 4IOAL 4JD2A 3I55N 4FVUA 2O8DA 3OBYA 4AHCA 3E1YA 4EAHD 2KHOA 4DQRA 3RMBA 3QBWA 3RMAA 3W3DA 1I39A 1JJ2M 2PY5A 3NVMA 4JKGA 3CERA 5JVHL 5AQGA 3U4LA 3SYZA 1N36K 4ZTFA 3O9UA 1KTQA 3D2EA 4BRFA 4CEEA 4EP4A 1U04A 5K14A 4CEAA 4H5VA 3TR8A 3U9ZA 4ELUA 3LDOA 1RCHA 4CZKA 3VQ9A 3QERA 1NGDA 5HRSA 1B9DA 3SMPA 5CYMA 3AVFA 3AVHA 1DEJA 3AV9A 3C6TA 5AQRA 4GKKK 2GEMA 2Q31A 4KFBA 4IJNA 3R3LA 3C0BA 3DLKA 3WNGA 4EP5A 2HVHA 1RDCA 3KTQA 1QVGM 2DFEA 4CD1A 3BZCA 5AQIA 2HB5A 3HPGA 4CZJA 3DOLA 4BRLA 1E4GT 3OBWA 5DMRA 3SMSA 4KHQA 4C23A 4AHVA 3NGZA 1VQ4N 1JLGA 4X65K 4E89A 4BG9A 4LSNA 1T3VA 4AILC 4A57A 2P9IB 1KAXA 2FSKA 4CE9A 3ZCMA 1IJJA 4IDHA 1D9FA 4FLVA 3WXMB 3V9UA 5I9EB 3RMCA 5GINA 4MLEA 3ZT3A 2HSTA 4IWVA 4TSXA 1BA1A 1QZ6A 1KAZA 2J4RA 2ZJPL 4GVEA 3JS6A 5J2MA 2VQEK 3LDQA 3NFAA 1UA0A 1BU6O 3QEWA 1BA0A 1DKGD 4RWTA 1VQ9N 1WBDA 4M3XA 5KI6A 4GV6A 4AHUA 3GDQA 2ASOA 3OYMA 4BRQA 1U48A 1HMVA 1NK6A 1RBRA 3HTVA 1EO1A 2VG6A 2O8DB 2QWPA 5KPZA 4DHYA 4OLAA 3RVCA 3VTHA 4C8MA 3HPOA 1D4XA 2JWKA 3R1XA 4JHDA 4AQYK 4BRDA 4X62K 5CR4A 3TSPA 4FK4A 5C24A 5KGWA 3AAPA 4OGEA 5JLHA 3VOVA 4QAGA 4ID1A 3G10A 2V7ZA 1UOCA 4CGDA 1P90A 4JKBA 1REVA 2HW3A 1LAVA 3IUCA 4WQ4C 3OYFA 1LW2A 3WQTA 3GBTA 3OTOK 3CJ9A 1Z05A 3J7YP 4BR9A 3M8RA 2OANA 3MN5A 3MECA 4KHSA 2CGLA 3C7NA 4FSVA 1NGBA 1XMQK 3OYDA 2QWLA 2ZGYA 3NH0A 3TABA 5EU7A 1DTTA 2PYJA 4KB1A 4BC3A 1NOYA 3MN9A 2W41A 2P9KA 1C0UA 3U3YA 3TAEA 1YUWA 1IKVA 4O5BA 1HPZA 3TAFA 1Z26A 1TV6A 3AVMA 3LANA 4IFEA 5EXWA 2P5OA 3A5NC 2F96A 1XHZA 4H5WA 4O55A 4DV2K 3MXMA 1ATRA 3EKUA 5C2DA 4DV6K 1QQMA 1XI1A 4FLZA 1Q18A 2RKIA 4CZEA 2HBKA 4CFBA 3AA3A 5M1PA 3J7ZO 2I5JA 4KHPK 5KRTA 1Q86O 1KVAA 1ZBSA 2A1SA 3DXMB 3KWIA 2YHYA 3QBXA 4H0XB 2HHTA 3PV8A 2GUIA 2YNIA 4FJLA 4FLUA 3E9PA 3UB5A 4CESA 3ID6A 2XY7A 1NGIA 3BUZB 2XY5A 4C8NA 2ETJA 4NLCA 3L6QA 3DJCA 4ISFA 1GOCA 4WQ5C 3ULEB 5BPNA 3THWA 3HK2A 3O4NA 4RG8A 2QWQA 1K8AO 4A61A 1C1BA 1K6YA 3CCEN 4KHUA 4CJEA 4DR3K 5TKYA 1RTDA 3HT3A 2D0PA 4FJKA 3BP8A 1S9GA 1KSPA 5C2FA 2YNFA 3SBTA 2P9NA 1FKPA 4CFDA 1HQUA 2A41A 4BDPA 5BN8A 4W5TA 3PUFA 4A5AA 4PUOA 4H0OA 3HP6A 1W7AA 4WCEL 3EO3A 1RT3A 4FZYA 4CGGA 3V1RA 4CD3A 3IS9A 1XQSC 4KI6A 3E9OA 3P31A 4UQGA 1S5JA 4DR7K 1MU2A 4F9OA 3I0SA 5M1QA 2O8BA 1RDAA 3A5LC 1TAUA 5KPRA 4I2QA 3ID8A 2UUCK 2VQFK 2G8HA 1BDGA 3DRRA 3KLGA 4CJUA 1C1AA 1VSKA 3O9SA 1LWEA 1T8EA 4IFYA 4B9NA 5BN9A 4OPAA 2QK9A 3OYEA 2HHSA 4Z4FA 5LL6Z 4BR5A 3BF3A 2W6LA 5AQHA 3RRHA 3FZLA 4I9QA 2KZZA 4K41A 5AZJA 4DFJA 3R9PA 4CHQA 3PY8A 1CXQA 3U8XA 3FFKB 4DLGA 4DV0K 2NRHA 2V7YA 4DU3A 3D0PA 2YKNA 5JICA 2DTUA 4JKHA 4M3YA 1IG9A 4FWPA 2GWKA 3M1FA 3IG1A 4FWOA 5EY4A 3G6EN 2UU9K 3WXJA 2PZSA 2IOCA 3VQQA 3TAQA 5E84A 3SJJA 5AQUA 1LCUA 2QWNA 4BQLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1C0F A;  1YI2 N;  1N32 K;  3A0I X;  5T7B A;  4FWS A;  1SL2 A;  1ASV A;  3VGK A;  5BR8 K;  1OH8 A;  5M1N A;  4DR4 K;  5EVZ A;  4ZHR A;  1T7P A;  4AHR A;  1TYQ B;  1WSJ A;  3VER A;  5EX5 A;  5CHI A;  4F4K A;  3SPY A;  1IH7 A;  1OH5 A;  1RIL A;  3RR7 A;  4Z4G A;  3RSE B;  2E2N A;  3VEO A;  1NGA A;  1IKY A;  4BRK A;  1BIZ A;  1NJI O;  3VQ7 A;  4BE1 A;  2G8K A;  4BR0 A;  1RGI A;  2UXC K;  3LWM A;  1SKW A;  4KHY A;  3D2F A;  1RBU A;  1VQN N;  3W0L A;  2QA4 N;  2F7T A;  4OPH A;  5ADX A;  5AFU H;  3CQ8 A;  5C10 A;  3CCR N;  3HSC A;  3MN7 A;  3OYL A;  4PQU A;  3THX A;  4DQP A;  4FJ9 A;  3QNN A;  1UWB A;  1RBS A;  3ITH A;  3WXI A;  4CF2 A;  2IIR A;  1Q9Y A;  4FOI A;  3HM8 A;  2H3G X;  1WBB A;  4B9M A;  2KFZ A;  2EWS A;  3SUQ A;  3GOI A;  1T6C A;  4LD0 A;  1HNX K;  2YNG A;  4IDK A;  1NK9 A;  4M45 A;  1BG3 A;  4BWJ A;  1W0H A;  5BRH A;  1NLV A;  4B8C A;  1A5X A;  4LF7 K;  2O8C A;  2ZWH A;  4Z4H A;  4CZL A;  4BRG A;  3VEY A;  4FM1 A;  1G99 A;  3PX4 A;  3H6E A;  1HNZ K;  4CED A;  3O9Q A;  4FJ5 A;  4QS7 A;  3U3G A;  3L4Q A;  4YHH K;  3HXM A;  2KKZ A;  4KH5 A;  2I7P A;  3CCV N;  4DR2 K;  4IO9 L;  4FWM A;  5FPM A;  1BIU A;  2FBX A;  1G15 A;  4DTS A;  1JCE A;  3CFO A;  5AZI A;  2VG5 A;  3VGM A;  4H0Y B;  3ULD A;  3WT0 A;  3LWL A;  3WXK A;  4BRH A;  3AVI A;  2ZJQ L;  3F5T A;  4OJR A;  4H0V B;  1NKB A;  5CE3 A;  4M3W A;  3RRG A;  3MEG A;  1DLO A;  4M3R A;  1GLB G;  3OYN A;  3T19 A;  2YCH A;  3Q7B A;  3MDQ A;  5M1O A;  4Z94 A;  3OYB A;  3CC4 N;  2FF6 A;  4FWL A;  1A5V A;  4CIG A;  3A8Y A;  3M8P A;  3CME N;  3VA3 A;  1VQ8 N;  1TL3 A;  3AVK A;  3JYT A;  3J8A A;  4ZTJ A;  4BR4 A;  1NGE A;  5BR9 A;  4GW6 A;  4B3O A;  1TGO A;  1UAX A;  4BRN A;  2A40 A;  5GAE P;  4C8L A;  2VYP A;  3THY B;  2F8T A;  1XWL A;  3MX5 A;  3ZSQ A;  4JI6 K;  4CZM A;  3G25 A;  1SUQ A;  4CBU A;  4HUE A;  3ASM A;  4BC5 A;  1TKX A;  5BRF A;  3M8S A;  2G8W A;  5C42 A;  1KD1 O;  1TK5 A;  1NMD A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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