3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
4DCHA 1NBWA 2ASMA 4BQZA 1NLVA 4EHTA 1QQNA 2D4WA 1U2VB 2QWPA 3VPZA 1T6CA 3FLCO 3QBWA 3ULEA 1D4XA 3A0IX 2ITMA 2ASOA 4CD1A 3VEVA 3LM9A 1GLJO 3CJ9A 2IVOA 5TKYA 3S41A 1NGHA 3VGMA 2IIRA 5AQUA 3ZEUB 1H1VA 4PL7A 1Q18A 2E88A 2FSKA 2P9KA 3WQUA 3O6WA 4H0TB 4XEIA 1U2VA 4K42A 2YI1A 4MLEA 2HOEA 1MA9B 1G99A 1U6ZA 2E8AA 5EVZA 4A62A 4BC5A 4B1ZA 5BPLA 3KVGA 4I6MB 1QQOA 1BOTO 1NGDA 3GL1A 3ZEUA 3QICA 4WQ5A 3UKRA 2E1YA 2E2NA 3AAQA 2QW9A 4BVOA 2YJEA 4IJAA 5AQYA 1ZBSA 5AQGA 1RFQA 5AQTA 2A41A 1GLFO 1WOQA 2QWRA 4IJNA 3VEOA 3ENHA 4BG8A 5E26A 2GUPA 3FZHA 4WQ5C 4XH4A 3UKUB 5I9EB 4FWKA 3WXKA 4BC2A 2W40A 2J4RA 5AQNA 3VEWA 5BR9A 3CQYA 4EFHA 5FPEA 4PKIA 3VOVA 5EX5A 4BQLA 2F9TA 2V51B 1NMDA 3B8AX 3RSEA 4FO0A 4BRIA 1GLCG 4BR0A 3MDQA 4H0XB 3UKUA 3C7NA 4PKGA 2P9PA 3DWLA 1HLUA 5AZJA 3GOIA 3A5OC 1P8ZA 4PKHA 1T44A 5BRHA 3WUHA 4FWNA 3H45C 1HJOA 4AM7A 3VF4A 4FSVA 4AM6A 1BU6O 4FWPA 5JMVA 5B8HA 3MK6A 5AQRA 1K8KA 4YDUA 4XH1A 5AQSA 3LDOA 3LDLA 4J8FA 3I33A 4M63C 1HKBA 3DJCA 4FWQA 2FF6A 1GLEG 4K43A 4B1YB 1X3NA 5CE3A 4BRKA 3FZKA 4YDUC 5AZIB 5ADXA 2WUSA 3SK3A 1TUYA 3CJCA 1KXPA 2GWKA 3L0QA 4O8KA 4CZJA 2QWNA 3VEZA 3L4IA 3D2FB 4BREA 3A5NC 4NB4A 5AQQA 1XQSC 2Q1NA 1BDGA 1BUPA 4CBUA 5LJVA 2Q31A 4B9QA 2BUPA 2GTDA 5AQIA 3GG4A 4H0VB 4MLHA 4CZHA 5EXWA 5BN8A 4BR5A 1Z05A 2V52B 3IMXA 1BO5O 4HWIA 2BTFA 5JLHA 4L3QA 4Y0WA 2W41A 3I8BA 4CJ7A 2NZTA 5AQOA 3U9ZA 4CBWA 5ADXH 1WUAA 3MN9A 3ULEB 5FPMA 2OANA 1QHAA 2YCHA 2GWJA 3HSCA 1QZ5A 3KZBA 4BC4A 5LY3A 3EKUA 3R9PA 3VEXA 2HF4A 2P9KB 3QFPA 1X3MA 2A6AA 4WQ4A 5ELZA 1NWKA 1HKGA 4JAXA 3M3ZA 3ENOA 3ATVA 3UB5A 2Q2RA 4BR7A 3M6GA 4NO7A 4WQ4C 3VEYA 1NGBA 3G25A 3UKRB 4FL9A 1YUWA 3BF1A 1DGKN 1HKCA 3L6QA 2E2PA 3DAWA 2FF3B 2QM1A 4H03B 4ISFA 3ZX2A 3UE5A 3KHYA 1IJJA 1NGAA 2D0OA 4ISGA 3BF3A 3CJ7A 3LDPA 1QQMA 3BP8A 3MN6A 3WQTA 5BPNA 1NGCA 2HMPA 1XC3A 5AQMA 4E1JA 3RSEB 3DXMA 2CH5A 2VYPA 4FOIA 1ZC6A 5AQKA 3CJ1A 1JCFA 1BWFO 1TYQA 3C7NB 3FE1A 5JICA 2P9PB 4DQ8A 3FFKB 3WT0A 5AZJB 1SAZA 3QMLA 3SJHA 2A40A 4B1VA 4BRNA 1E4GT 1NGFA 4M7XA 4EAHD 3EO3A 4ISEA 5KPRA 3CJBA 2F9WA 3H3NO 4K25A 4B1XB 1RGIA 5F0XA 3H1QA 4H5VA 5AQXA 4FWSA 1S22A 5EOYA 3WEEA 3FZMA 1K8KB 4H0PA 4BRHA 4A2BA 1LOTB 3GDQA 4CZKA 4FPBA 3BUZB 3C0BA 3TU5A 3ZX3A 2D1KA 4BG9A 2YHXA 3JS6A 4H5RA 4BR4A 1C0FA 4FWRA 3H1VX 1NM1A 3H46O 2FSJA 4BRGA 2AA4A 2V7YA 2UYTA 3QB0A 4C23A 3QBXA 3DXKA 2ZF5O 4BR9A 5AQZA 4H5NA 4IZ9A 1C0GA 4K41A 3O1BA 1HUXA 4F9OA 3SMSA 1IG8A 1ZXOA 4IXCA 3TPQA 3EL2A 1NGEA 5AQWA 3O80A 3LM2A 3WXJA 4JD2A 3LDNA 4JHDA 4IWVA 1BA1A 3WXIA 4Z94A 4H0YB 2PAVA 3VETA 3M1FA 3CJAA 2PBDA 4RTFD 4MO5A 3VERA 1HX1A 4BGBA 4BRCA 1SZ2A 3ID8A 5BRFA 4EHUA 1DEJA 1GLAG 3EZWA 3R6MA 3J8AA 1Y64A 3VF6A 4KBOA 5AQVA 1BG3A 2E2QA 1KAZA 2QXLA 2FLOA 2KHOA 3OHRA 4BVPA 1DKGD 1BA0A 4CZFA 1ESVA 3H3OB 1V4SA 1SQKA 4BRDA 2CH6A 4O5FA 4A2AA 5BN9A 4QS9A 3CERA 3MN5A 2E2OA 2VWBA 3QDKA 4M7YA 1GLLO 5AQHA 3HBTA 5AQFA 2AP1A 1T6DA 2P9SB 1KAYA 3U8XA 1S3XA 3LDQA 4H5TA 3MMVA 1EQYA 3D2EA 1ATNA 4BR2A 4CZMA 3DXMB 2FSNA 4H0OA 3HTVA 4HTLA 2QWMA 4BRPA 4H5WA 3R8EA 3JXUA 1TYQB 2P9UA 3CIPA 3W3DA 1RDWX 5AQJA 4B1WB 3VF2A 2NRHA 4BRMA 3P4IA 3CI5A 2CGJA 2P9SA 3H6EA 4FWOA 5AQPA 4FOEA 3VENA 2FXUA 2YJFA 5AQLA 2ASPA 1LCUA 3HI0A 4CZIA 5KQDA 1YAGA 2E1ZA 5KPZA 2GELA 3ZETB 4DB3A 4QS7A 4QS8A 3SLCA 1NGJA 5AR0A 3A8YA 4JN4A 1V4TA 3WEEB 1J6ZA 5FPNA 4FWMA 2D0PA 1TUUA 4BRFA 4CD3A 3EKSA 5F2RA 5F1XA 3O5BA 4GNIA 3SMPA 2A5XA 2ZWHA 1MWMA 4CZEA 4RCHA 3ZETA 3BEXA 2YHYA 3IFRA 5LJWA 5BREA 4CI6A 3MN7A 4I6MA 3DXKB 4FWLA 4DHYA 4GY2B 1JCEA 3W0LA 5BRDA 4BROA 5FPDA 3ZX0A 4MO4A 4WYBA 4BRLA 1YXQA 2NLXA 2Q97A 4PL8A 4LC9B 2QWOA 3FZLA 4IO8A 2A3ZA 2QWLA 2H3GX 2ZGZA 3EN9A 4CZGA 4RWTA 5KPTA 5KQ8A 4BRQA 4B1UB 3CHWA 3U9DA 2IVPA 4JD2B 2CGKA 3HZ6A 4JHDB 3VESA 2I7PA 3HM8A 3D7EO 2P9LB 3AAPA 2YHWA 3VGKA 3O08A 3O8MA 4FPAA 1HPMA 1ATRA 1MWKA 3A5MC 5JLFA 3U4LA 1QZ6A 5EY4A 3O4WA 1GLBG 2V7ZA 3F9MA 1XUPO 3QFUA 2P9LA 3ATUA 3IUCA 4A61A 3GE1A 1X9JA 2HF3A 3A5LC 3GBTA 2P9IB 3O1WA 1ATSA 1E4FT 1MDUB 2Q0RA 3MCPA 3VGLA 4BGAA 1JCGA 3FGUA 2GEMA 3CQXA 2IVNA 2VCPA 5AFUA 2QWQA 1GLDG 2DPNA 5E84A 2CGLA 1Z6RA 1CZAN 4JNEA 2Q36A 2P9IA 1NGGA 3AARA 4XH5A 5BPMA 4BC3A 2P9NB 2E20A 5AZIA 4CBXA 3D2EB 4EIAA 1OKJA 3CETA 3WXLA 3D2FA 2Q0UA 4BRAA 1NGIA 2P9UB 3FR0A 3IDHA 3FZFA 2A42A 4CZLA 2ZGYA 1R59O 5AFUH 3AY9A 2P9NA 2EWSA 2I7NA 1YVNA 1KAXA 3LL3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NBWA 4EHTA 2B4JA 3B6OA 2D4WA 1MU2A 4DQQA 1IV0A 4DFKA 1HMVA 1T6CA 3FLCO 4N41A 3A0IX 3V4IA 2ASOA 2AJQA 3FFIA 3LM9A 1YIJN 4C8KA 2IVOA 3HP9A 3KJVA 5AQUA 4PL7A 1NK6A 5LL6Z 2E88A 2RF2A 3LZJA 2FSKA 5M1PA 4H0TB 3QINA 4C8OA 4CEOA 4CFCA 3AVMA 1ITGA 2YNHA 1G99A 3ZSZA 4BE2A 4BC5A 4I6MB 4N47A 4E7KA 3O9TA 1NKBA 3OS0A 3UKRA 2E2NA 3K5MA 4CEDA 1ZBSA 3SZ2A 3CMEN 1E3MA 4DU1A 2A41A 4IJNA 3VEOA 1ILYA 5E26A 2GUPA 3FZHA 1JLGA 2NRZA 3UKUB 2HHQA 3TSQA 2J4RA 5AQNA 2OTLN 1YT3A 2HBKA 3KLEA 4GVMA 4JV5K 4PKIA 1Z25A 2BH1A 4ELVA 5GAGP 4FO0A 4H8KA 4DQIA 4GKJK 4JK8A 5H1SQ 1YVUA 4DU3A 5CHIA 1GOAA 4JI5K 2KW4A 1UWBA 4IG0A 4JRPA 4YOWA 2QEXN 3A5OC 4BDPA 4JK7A 2JLEA 2YX6A 4N5SA 4HVJA 3O9SA 1VSIA 2NRVA 3NF7A 2O4GA 1QSYA 1S1VA 3K59A 1RNHA 3I0RA 4B9NA 1BU6O 4F2SA 4JKHA 5B8HA 5AQSA 3O3FA 1HNIA 1Y97A 3I0SA 3LDOA 3I33A 4H4MA 4HUGA 4M63C 4FWQA 1HPZA 1GLEG 4K43A 5EU7A 4B1YB 4BRKA 3VQQA 3PO5A 4AF1A 3AV9A 2QWNA 3VEZA 2A1RA 1OH6A 1HNZK 1QVGM 4ID1A 3D2FB 4B8AB 3LP0A 4BREA 4NB4A 2Q1NA 1BUPA 1NG9A 2Q31A 1RT6A 4K0KK 3HYFA 4WE1A 5C24A 4YOUA 5AQIA 4DF4A 2KZMA 4CGGA 4IOCL 3ZT1A 5JLHA 3I8BA 2HHSA 3VTIA 3U9ZA 5AQOA 2UUBK 3MN9A 2YHBA 1QHAA 3P5JA 3OYKA 3HSCA 4Z4GA 4DR4K 3BGRA 5FDLA 3EKUA 1LV5A 3QFPA 1X3MA 4AHRA 4WQ4A 5HBMA 3DOKA 1NWKA 1XMOK 4Z4CA 3M3ZA 2HHXA 3MCAB 2EHGA 4DG1A 4BR7A 2QTDA 2QI2A 4DR1K 4WQ4C 1J53A 1S72N 3G25A 5JVHL 1BCOA 2GV9A 1YUWA 3BF1A 5JVGL 3MECA 3L6QA 4CFBA 3C65A 3NVMA 2FF3B 4H03B 3ZX2A 4IO9L 1B9FA 4ISGA 3J80O 3BF3A 3LDPA 3MN6A 4CF9A 4MDAA 4LF8K 3T1HK 2HMPA 4CJUA 4Z4EA 4FJLA 5AQMA 2O8EB 4E1JA 3RSEB 4FK4A 3I55N 1C1BA 5CYQA 1VQMN 3AA3A 3AVFA 1JCFA 1DTQA 3C7NB 5JICA 3IAYA 2P9PB 5HP1A 4DQ8A 4OKEA 3FFKB 1HQEA 1HNWK 3WT0A 1SAZA 3SJHA 1JL2A 4M7XA 4IDHA 4WCEL 4GV3A 1IKVA 3F2KA 4K25A 4B1XB 1RGIA 5F0XA 1BISA 4H5VA 1TK8A 4X64K 4NXMK 3C6UA 1S22A 2RHKA 3DYAA 5EOYA 4CEQA 3FZMA 1KC8O 2OPSA 1K8KB 3VN5A 3QIPA 4CZKA 3OYMA 4KKOA 3CC2N 4ILGB 4DR2K 3EZ5A 2YHXA 3JS6A 1BQNA 4BY9C 5FLXO 4DTXA 3H1VX 1NM1A 3H46O 2FSJA 4AHCA 2AA4A 2ZQBA 3DRSA 5M1FA 4JI3K 2W42A 3QBXA 1NU0A 1W9HA 3AVCA 3SYZA 3HOSA 1BCMA 4JKBA 5AQZA 4IZ9A 1KD1O 1C0GA 4K41A 4OGEA 3SMSA 3DLKA 3THXB 4KHPK 5HRPA 5MLCQ 3T3FA 5AQWA 1TAUA 1KVAA 4JD2A 3LDNA 4JHDA 3QEWA 3RMCA 3KK7A 3VETA 3VQ4A 4CJRA 2XY7A 5SWMA 1HX1A 4Q5VA 4UQGA 4CHPA 4YHHK 1DEJA 4LFBK 4JKDA 1WNSA 3CYMA 5J2NA 5GADP 4DSIA 1Y64A 4KBOA 3NH2A 1KFSA 3LP3A 2X6SA 4CE9A 4F8RA 2KHOA 4DLEA 3PX4A 4DLGA 5DK5A 3ZYYX 3MEDA 2CH6A 4A2AA 5BN9A 2XRIA 2VWBA 4OO1J 5KRSA 4DV6K 3OYEA 3THYA 4G1QA 2P9SB 4H5TA 4XIUA 1EQYA 2E6LA 3AGKA 1VSMA 3HTVA 5I3UA 4Z4HA 1VQ7N 3R8EA 1TYQB 3W3DA 2OCEA 1J5OA 4CJ3A 2I5JA 3P4IA 2DTUA 2XY6A 1RBVA 5K14A 3OYJA 4I9QA 3VENA 2FXUA 4B9LA 1RT5A 1SL1A 3ZSXA 5AQLA 3HI0A 2O8CB 5KPZA 3ZETB 1YJ9N 4QS8A 5AR0A 1S1XA 1GOBA 2OYQA 3KLHA 1V4TA 3ZSRA 4BACA 4FWMA 4CK3A 1VRTA 1RDBA 3C95A 3H08A 1WAJA 4CW7B 4CJKA 4WFNL 1VQ6N 3LP1A 4IG3A 3CCMN 2HNDA 5FRNA 1DTTA 2DFHA 5M1QA 3W0LA 5BRDA 3VMFB 4E1NA 4DSFA 1CXUA 3ZX0A 1YJWN 4LF5K 3O9RA 4PL8A 2D0BA 4LF7K 2A3ZA 2QWLA 3P38A 1LAWA 3TI0A 5C12A 5DMRA 1XHXA 1TAQA 4DU4A 2I7PA 4E7HA 1XMQK 3NGIA 3D7EO 2P9LB 3L2RA 3O8MA 5GAHP 4B3SK 4KREA 4FPAA 1ATRA 1OVQA 4RW4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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