3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
3EKSA 4H5VA 4WQ5A 3WQUA 4B1WB 1RFQA 2OANA 2QWRA 2V7ZA 4CZEA 1QZ6A 4Y0WA 4BRLA 3VERA 2GEMA 4GY2B 2I7NA 4H03B 1XQSC 1QQOA 3EN9A 5JLFA 2CGKA 5AQVA 3LDLA 5KQ8A 3QICA 1EQYA 3A5LC 2E20A 1NGGA 2P9IA 4JD2B 5FPDA 1C0GA 4H0OA 3FZFA 4FWKA 4WQ4C 3VESA 4C23A 4AM7A 4ISEA 2ZWHA 3WT0A 1KAXA 4DCHA 3D2EB 4O5FA 3A5MC 4CD3A 3EKUA 5AQWA 3AAQA 1GLLO 1SZ2A 4CZLA 2YHXA 1XUPO 4J8FA 4BVPA 3AAPA 5BR9A 4DB3A 2HMPA 3CJAA 1XC3A 4BR9A 5EX5A 3IFRA 4HTLA 1HKCA 4CD1A 2P9NA 5AQUA 3KVGA 4BR4A 3ZX0A 2A5XA 4A62A 5F1XA 4EAHD 3D2FA 3FLCO 1D4XA 2AP1A 3AY9A 4XH4A 4L3QA 3MN6A 2P9UA 5AZJA 1NM1A 3ZX2A 3VETA 4E1JA 2E1YA 5AQFA 5LJVA 4FOIA 3MCPA 1S22A 5E84A 1WOQA 2VYPA 2QWLA 1NGBA 2ITMA 4CI6A 1G99A 2NZTA 1R59O 3FZKA 4BR5A 4KBOA 2QWMA 4BRMA 2E2QA 1BOTO 5BN8A 1HLUA 2E88A 3LL3A 1K8KA 1BUPA 4BROA 3O1BA 2J4RA 5AQXA 3CJ9A 3WXJA 5AZIB 3VEVA 3UKUA 5AFUA 3ZEUA 3SMSA 5AQOA 3W0LA 1H1VA 3VEOA 4B1XB 2IVOA 1HX1A 5BN9A 5LY3A 5AQIA 4BC3A 4HWIA 4BRHA 1ZC6A 4DHYA 4BVOA 1BDGA 5B8HA 3M1FA 1DKGD 3H6EA 3QBWA 2HF4A 4BR7A 4RWTA 4AM6A 1YAGA 4YDUA 4H5WA 5AQGA 3ZETB 4K43A 1QQMA 4FPBA 5TKYA 2NRHA 3R6MA 5AQTA 5AQQA 1TYQB 4EHTA 1MA9B 3DXKB 3QFPA 4FWNA 2Q36A 4WQ5C 1NGDA 4B1UB 3ATVA 1RDWX 3H1VX 2F9WA 2GWKA 3H3NO 3DXMA 4MO4A 4BRKA 1TUUA 2D4WA 4CBXA 1GLAG 3H45C 2D0OA 4XEIA 1BO5O 2BUPA 2Q31A 4XH5A 3TPQA 4BGBA 1NGJA 3R9PA 4K42A 4BQLA 4ISFA 3H46O 1U2VB 3CJCA 4JHDB 4H0PA 3GOIA 2Q0RA 4CZJA 3ID8A 2CH6A 2GWJA 2E1ZA 2Q1NA 3F9MA 3S41A 3VPZA 4XH1A 3DWLA 1YVNA 2WUSA 2W41A 3O1WA 2V51B 1T6DA 5CE3A 3UKRA 1Z6RA 4GNIA 3FZHA 3CQXA 4JN4A 5AQYA 5JMVA 3EZWA 3SK3A 5AQSA 3VENA 4B1VA 3EL2A 3ULEB 3BUZB 3SJHA 3GG4A 2P9KB 1CZAN 1WUAA 3FZMA 1JCFA 1GLDG 4H5NA 2KHOA 4I6MA 4FWOA 4BRAA 5AFUH 2V7YA 1NMDA 4K25A 3O08A 1P8ZA 3L0QA 1Q18A 5AQMA 2HOEA 4ISGA 1NLVA 4EFHA 4BG9A 2FSKA 3RSEB 2NLXA 3C7NB 2EWSA 4FWRA 4Z94A 2A41A 2P9PB 2YHYA 4A2BA 5AQNA 2E2OA 4PKIA 1X9JA 3VGKA 4H0YB 3LDNA 4PL7A 5KPRA 3MN9A 1NGCA 3O4WA 4FOEA 4IJNA 5BPNA 3QBXA 3VEWA 4M7XA 4FWLA 4DQ8A 3DXKA 3MMVA 2YHWA 3BP8A 5AQHA 3VGMA 4QS8A 2Q0UA 3WEEA 1HPMA 1NGAA 3W3DA 1SAZA 4B9QA 4BRIA 3B8AX 1SQKA 3D7EO 3LM2A 4RTFD 3QDKA 5EOYA 1DGKN 3SLCA 5BRFA 1NBWA 1MDUB 3VF6A 5KPTA 3U8XA 2A42A 1U6ZA 3VOVA 2V52B 4CBWA 4CZIA 1KAYA 4QS9A 4BR2A 5ADXA 1ATRA 2P9IB 4FO0A 2W40A 2QWPA 4RCHA 1LCUA 4YDUC 5FPNA 3IDHA 2YCHA 3ATUA 1GLCG 5BRDA 1BG3A 1X3NA 3MDQA 3EO3A 3QB0A 3CIPA 4M7YA 4IJAA 1KAZA 3VEZA 1OKJA 1X3MA 2CGLA 1QHAA 5BRHA 4F9OA 4FPAA 4K41A 2YI1A 2P9LB 4JD2A 3CJ1A 2ZGYA 4H5TA 4FSVA 3ENOA 4BR0A 4EIAA 4FWQA 3CERA 4CBUA 2P9NB 2VCPA 5AQJA 3CQYA 1JCGA 3D2EA 4PKGA 2PBDA 3CHWA 3D2FB 4CZKA 3U4LA 2ZGZA 2QM1A 1GLBG 3FZLA 3C0BA 3DAWA 1GLEG 2ASPA 5EY4A 2P9UB 5AZJB 2F9TA 4PKHA 1HKBA 2IVNA 2E2PA 3I8BA 3WXLA 5BPLA 2FXUA 1NGEA 5EVZA 1GLJO 5ELZA 3GE1A 4IXCA 5AQLA 4M63C 3TU5A 1Z05A 3RSEA 3WXIA 3JS6A 3MK6A 2HF3A 1NWKA 3VEXA 1K8KB 4IWVA 1KXPA 4A2AA 1MWMA 5BPMA 2ZF5O 3UKUB 1JCEA 1QQNA 3ZEUB 2AA4A 4WYBA 3JXUA 2VWBA 3M3ZA 4FWPA 3LDQA 3DJCA 4BRGA 4BRPA 4CZMA 5FPEA 1C0FA 1YXQA 4A61A 2IIRA 3BF3A 4IZ9A 4FWMA 1HUXA 3FGUA 3G25A 4QS7A 2FF6A 5AQKA 4MLEA 2P9SB 3A5NC 4BG8A 2D1KA 3HSCA 4H0TB 1HKGA 5FPMA 5AZIA 1J6ZA 3P4IA 3HBTA 3A8YA 1ESVA 5ADXH 3IUCA 4LC9B 1YUWA 1BA1A 2IVPA 3VF4A 3H3OB 5EXWA 3CI5A 2QWQA 3KZBA 2QXLA 3M6GA 4FL9A 5AQPA 3R8EA 1T6CA 3BF1A 1ZXOA 4B1YB 4CJ7A 5KPZA 3CETA 1ZBSA 2ASMA 1E4FT 4BREA 3GDQA 4FWSA 3DXMB 2CH5A 3UB5A 1LOTB 4WQ4A 5JLHA 2P9LA 1E4GT 3ZETA 1ATNA 2QWOA 3LDOA 4O8KA 2A40A 4B1ZA 4EHUA 2YJEA 4BRDA 1TYQA 3LDPA 4BC4A 3L4IA 4JAXA 4NO7A 3J8AA 5AQZA 3QMLA 3BEXA 3H1QA 1NGIA 3FFKB 3MN7A 3QFUA 3MN5A 3U9ZA 3WXKA 4BRCA 1NGFA 2PAVA 4H0VB 4BC2A 3ENHA 1NGHA 2FF3B 1BU6O 4NB4A 2GUPA 2Q97A 2D0PA 5KQDA 3GBTA 5I9EB 1Y64A 3IMXA 2QW9A 4BC5A 1IG8A 3O6WA 1ATSA 3FE1A 3UKRB 1U2VA 3HM8A 5AQRA 4JHDA 4BRFA 2GELA 3LM9A 4IO8A 2BTFA 3O8MA 3WQTA 1BWFO 1DEJA 1T44A 1GLFO 2A6AA 4H5RA 2DPNA 3VGLA 2YJFA 2E2NA 4JNEA 1QZ5A 3HI0A 1RGIA 3VF2A 4H0XB 2CGJA 4I6MB 5AR0A 5BREA 3HZ6A 2GTDA 4PL8A 3GL1A 5JICA 3KHYA 2H3GX 4BQZA 4BRNA 4MO5A 2FLOA 2ASOA 3L6QA 3O80A 3OHRA 5F2RA 2Q2RA 2E8AA 3O5BA 1S3XA 3ULEA 2P9SA 4MLHA 3FR0A 1IJJA 1V4TA 2P9KA 1HJOA 4BRQA 2FSNA 3I33A 3SMPA 3U9DA 1V4SA 2A3ZA 2UYTA 4CZHA 4CZFA 1TUYA 1MWKA 2QWNA 4BGAA 3CJ7A 3C7NA 3WEEB 2I7PA 5LJWA 5F0XA 2P9PA 3AARA 3VEYA 1BA0A 4CZGA 3CJBA 3A0IX 3A5OC 3WUHA 3HTVA 5E26A 2FSJA 3UE5A 3ZX3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ATQA 4BDYA 4DR6K 4KHSA 4B1WB 4JLHA 2V7ZA 3HRGA 4Y0WA 2UUAK 2NRRA 4RG8A 2O8CB 3PIOL 2GEMA 2HB5A 4GY2B 3N4QA 3JYTA 3EN9A 3JAMO 4OPHA 2IAJA 1X9WA 1ASWA 3NFAA 4FJJA 3LPUA 5KQ8A 3LZJA 1EQYA 2E20A 3HPGA 4CEBA 1NGGA 1WAJA 4MDBA 3FZFA 2EX3A 4WQ4C 3VESA 4ISEA 2ZWHA 3WT0A 1EP4A 3OJSA 3D6RA 4ELUA 3EKUA 5AQWA 5KTQA 1VRUA 4FLWA 3K5LA 2YHXA 3KTQA 1W2BM 2Y1IA 1RTDA 4BVPA 4PY5A 4IOCL 4DB3A 1XNQK 2WOMA 4DV1K 5EX5A 1U48A 3H08A 3IFRA 3AA2A 3LP0A 4CF0A 3TAEA 4KPYA 1RNHA 3KVGA 5F1XA 2A5XA 4A62A 4EAHD 3SNNA 1UWBA 3O9QA 2NRZA 5CHIA 5HP1A 5AZJA 1VQ4N 1NM1A 3ZX2A 4W5RA 4BDPA 4E1MA 5E84A 4YY3K 1JXEA 2VYPA 2QWLA 3ZSVA 2ITMA 2O4GA 3TTFA 3ULDA 3BY5A 4DSJA 4BRMA 3O4QA 1YITN 3S3NA 1HLUA 1K8KA 1BUPA 4BROA 3HJFA 3HXMA 3J7AP 3OYLA 4I9LA 4BY9C 1W0HA 3ZT2A 1L3VA 4LSLA 5LY3A 4FJIA 4OKKA 4BC3A 3KWGA 4QOZB 3M1FA 4NYNA 1E3MA 4DR2K 3H6EA 2HF4A 1S6QA 4N47A 3K5MA 4JRQA 4BDZA 5GAEP 1C6VA 2VGNA 4CK1A 3S3MA 2O8BA 4JKDA 4EHTA 1MA9B 4YOVA 1KC8O 2Q36A 4DFPA 4X64K 2F9WA 2GWKA 1REVA 4MO4A 4CBXA 1GLAG 1HJRA 4FM2A 4UQGA 4CECA 3CCUN 4XEIA 4C1NI 4B9SA 4FJ8A 4XH5A 4O0JA 4FVMA 1RBSA 4NLCA 4JI4K 4BGBA 4WFAL 3R9PA 2B6AA 4ISFA 3U3YA 3ZSYA 3THXA 5KI6A 3CJCA 3EZ5A 3G71N 3CCMN 1T3VA 2CH6A 4FLUA 3B6OA 2QTDA 3KWIA 3P31A 5HRSA 2Y1JA 2HHWA 4CF1A 3CC4N 1YVNA 3TAGA 4CEZA 3SCXA 3EZWA 4ILGB 3NGIA 3L8BA 3SK3A 3OS1A 4FXDA 2RF2A 3VENA 3BUZB 3SYZA 3TARA 1HR0K 4JKBA 4FWOA 1WNSA 2V7YA 4CEEA 4B9UA 4K25A 4F8RA 4B3OA 1Q18A 4KTQA 2HOEA 1NLVA 1TK8A 4FJ7A 1S6PA 3L2VA 3RSEB 1FJGK 2EWSA 4FWRA 3HM9A 3MXIA 4X65K 2P9PB 4A2BA 3OYFA 4H0YB 3M8SA 3MN9A 1HNXK 1KTQA 4I2PA 3QBXA 4FWLA 1Q82O 3DXKA 3MMVA 3BP8A 2I5JA 4QS8A 2Q0UA 3HOSA 3WEEA 1WSHA 1LWFA 1NGAA 4OGEA 2P5OA 4B9QA 4BRIA 1RT6A 3B8AX 5J1EA 4CGDA 4C8OA 4DLGA 4CJUA 4K0KK 1NNEA 5KPTA 4CZIA 3S9HA 2DFFA 1KAYA 4QS9A 4BR2A 5ADXA 3TTCA 4Q0BA 3NDKA 4MFBA 4FO0A 3M8QA 2NRXA 4RCHA 4YDUC 3IDHA 1GLCG 5BRDA 1X3NA 3QB0A 2VG7A 4AH9A 4OO1J 2IGIA 4FW1A 4IJAA 1KAZA 4M7YA 3VEZA 3VQ5A 3JSMA 1VQNN 3SQ1A 1K8AO 2JLEA 1NG9A 1QHAA 2UUBK 3CMEN 3TANA 4FPAA 3LAKA 4LSNA 1KLMA 3MWTA 1YIJN 1RT3A 4A5BA 4JKFA 4BACA 2PBDA 3PO4A 4NCGA 4CJPA 4KB0A 3U4LA 2ZGZA 3AVMA 3C0BA 1GLEG 3TAQA 3SAHA 1KRPA 2F9TA 3P38A 2E2PA 1VSFA 3WXLA 1C0TA 5CYMA 4TSXA 1VK0A 4CJFA 3KLIA 4DSFA 3TU5A 1Z05A 4DWIA 1MU2A 3MX5A 4LF7K 2UXCK 2QXFA 1NJIO 1NWKA 4B08A 4A2AA 4DQPA 3OS0A 2ZF5O 2P5GA 2HBKA 3UKUB 2W42A 5DK5A 2P1JA 4AF1A 3EY1A 2VWBA 3M3ZA 3KK7A 5GIOA 1ILYA 3WNHA 3AVCA 4IZ9A 3G25A 3TWHA 3SBTA 3CCRN 3HK2A 3HYFA 2P9SB 1XHZA 1HKGA 3SQ4A 1NOZA 4CJQA 4CJ4A 1J6ZA 1Q7YO 1VRTA 3L3VA 5ADXH 3HPOA 3VF4A 3AVBA 1M90O 1YTAA 3KZBA 1U45A 4CHZA 5AQPA 1T6CA 2FBXA 4IEEA 1ZXOA 4CHPA 4KI6A 5KPZA 1WSGA 4DR3K 1WAFA 1OH5A 3DXMB 2FBTA 3VA3A 4HUFA 4B1ZA 3OYKA 4WF9L 4CGGA 3KKRA 3QLHA 5J2MA 3THYB 4K8XA 4I2QA 2PY5A 3OA9A 3CC2N 1Q9YA 4YOXA 2FBYA 1YTUA 3WXKA 1X9MA 3AO2A 2O8DB 1DLOA 3WNGA 3RMBA 2KTQA 4B3RK 2FF3B 2Z1GA 1BU6O 4NB4A 2RPIA 1U49A 5KQDA 3VQPA 1Y64A 4O4GA 1QVGM 2G8KA 1Q81O 4GVEA 3MWPA 3HM8A 4BRFA 3LM9A 3WXMB 2KZZA 1YJ9N 1BWFO 2VGMA 4IEIA 1M1KO 1DEJA 3RRGA 1GLFO 1DT9A 1ZBIA 2E6LA 2DPNA 4JNEA 4Z4HA 4M3UA 4CK3A 1RGIA 3SV4A 2CGJA 4I6MB 2KLAA 3AVNA 1L3UA 3HL8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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