3ZEUB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer bound to atpgammas
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
total genus 123
structure length 337
sequence length 337
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 2.3.1.234: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase.
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zeuB01
2ZF5O 2V7ZA 3H46O 1GLLO 1GLCG 1MA9B 2P9PA 4B1UB 4BRIA 3BEXA 4CZMA 4GNIA 4B1ZA 3CQYA 4H0TB 3GL1A 5BN9A 3A5MC 3WEEB 3WQUA 1GLBG 5AQVA 2QWRA 1T6DA 1NWKA 2HF3A 2NZTA 3VEXA 4DB3A 4B1VA 1KAYA 1HKCA 2CH6A 3IDHA 4ISGA 4CBXA 5I9EB 1TUUA 1E4GT 1KXPA 3VOVA 4BC5A 1U2VA 5KPTA 1S3XA 3IMXA 3M6GA 5E84A 4BRFA 2YHWA 3H45C 4JAXA 2WUSA 1DKGD 1ATSA 5ELZA 1NLVA 3VGLA 3WEEA 5F1XA 2UYTA 2FLOA 3MN5A 4QS8A 3VGKA 4H0PA 2FSNA 4FWSA 3HI0A 3FZHA 1BDGA 5AQMA 3O5BA 1WUAA 2CH5A 3VEOA 4EAHD 3AY9A 5AQSA 3VETA 2YCHA 2P9UB 5LJWA 1NGAA 4CZLA 3O1BA 3L6QA 4BREA 3O4WA 4FWPA 3IUCA 4FL9A 2QWLA 3ID8A 5AZIB 1BA1A 4FWNA 1MWMA 2P9NB 4WQ5C 4CI6A 4DHYA 2F9TA 5AQXA 2W41A 3VENA 3DAWA 4B1YB 4BRMA 4EHTA 1NGFA 3WQTA 3LL3A 1ZC6A 2NRHA 4BRQA 1KAXA 4BRGA 3O80A 3LM9A 4JNEA 1IG8A 3SMPA 4MLHA 3ULEB 2P9UA 2KHOA 4XH1A 5LY3A 2FSKA 5FPDA 3MN6A 1SZ2A 5AQUA 2H3GX 4O8KA 4BRNA 5JMVA 1QZ5A 2IVPA 1WOQA 2P9LB 4AM7A 3R6MA 5AQPA 5AQKA 5KPRA 5AZIA 4K25A 4BGAA 2P9NA 1JCEA 4PKIA 3C7NB 1ZBSA 5E26A 1HPMA 1NMDA 3MN9A 4F9OA 4FPAA 2Q0RA 3FFKB 2E2PA 3EL2A 2QXLA 1X3MA 4BVOA 4EIAA 2FF3B 4I6MA 4MO4A 5EOYA 5BPLA 4LC9B 4BG8A 4A2BA 1SQKA 3O08A 3MN7A 1GLJO 4K41A 5EVZA 2E2OA 5AQLA 3ULEA 3ZX3A 4IZ9A 3VEWA 1OKJA 2NLXA 4BQZA 2P9LA 3UB5A 2GEMA 3CERA 1JCGA 4CZIA 2ZGZA 1TUYA 3CJ7A 5AQRA 4BR9A 5JICA 3B8AX 1QQNA 4NO7A 2YI1A 4B9QA 2V52B 1YUWA 3C7NA 5KQDA 3LDPA 4H03B 3MMVA 3UKUB 4BR4A 2Q31A 5F2RA 2QM1A 4MO5A 1P8ZA 3C0BA 3W3DA 4A61A 3A5LC 4IXCA 1KAZA 2A40A 3FZFA 3VEVA 4JHDB 3CETA 3GOIA 2VCPA 4CJ7A 4PKGA 3W0LA 2A3ZA 5AQNA 4A2AA 2F9WA 3VEYA 1R59O 4C23A 4E1JA 2E2QA 2E88A 2VYPA 3QBWA 3ZX0A 4JN4A 3JS6A 3UKUA 1YVNA 2A41A 1JCFA 3IFRA 5JLFA 4WQ5A 1NBWA 1YAGA 5AQIA 1ATRA 2IVNA 5AQWA 4IJNA 4KBOA 3GG4A 4JHDA 3FZLA 1QQMA 3P4IA 2Q97A 5KQ8A 2QWOA 4K42A 2GWJA 2W40A 5AQHA 1Y64A 4BRPA 1XQSC 1C0FA 2GELA 3VF6A 4BGBA 1C0GA 3LDLA 1BOTO 1EQYA 3A8YA 3MK6A 2E1ZA 4B1WB 1LCUA 4H0OA 4YDUC 5BN8A 3H3NO 2IVOA 3MCPA 3OHRA 2I7NA 3VPZA 3VF2A 2E8AA 1QZ6A 2ASMA 3QFPA 5BRDA 3FZKA 4RCHA 4A62A 3QFUA 4CZFA 2D0PA 1HLUA 1YXQA 2QWPA 5BRHA 2EWSA 4WQ4C 3AAQA 1K8KA 3HTVA 5BPNA 3KZBA 1IJJA 2Q1NA 3D2FB 3EZWA 2D1KA 4I6MB 1H1VA 1RDWX 4BRCA 4DCHA 2A42A 4HTLA 5BR9A 4IJAA 2ASPA 2P9SB 5AQQA 2AA4A 5FPMA 4CBUA 5EY4A 3AAPA 2OANA 4BC2A 3FR0A 3D7EO 3VEZA 4BG9A 4CZHA 4BRLA 1X9JA 4H5WA 1Z05A 3DXKB 4BR5A 3CQXA 4BC3A 2J4RA 3A0IX 3O6WA 2P9IB 2QWQA 2ZWHA 1S22A 3WXKA 3R9PA 5BPMA 4J8FA 3WXJA 4BRHA 3VERA 3QDKA 4BR0A 3D2FA 3ZEUB 4FWKA 2YHXA 2YHYA 3F9MA 1U6ZA 2P9SA 4FSVA 4XH5A 1HKBA 3JXUA 3LM2A 3RSEB 3SJHA 1BA0A 5AZJA 1HKGA 4BC4A 4FWOA 3CJ1A 4CZJA 4MLEA 3UE5A 4NB4A 2CGKA 3U9DA 5JLHA 3DXKA 5AQZA 1BG3A 2P9IA 4M7XA 2D4WA 4FOEA 3LDQA 5AQGA 2E1YA 4Y0WA 4WYBA 3ZEUA 5FPEA 3D2EB 3ZETB 4ISEA 2IIRA 3EO3A 2PAVA 4H0VB 3WXLA 4DQ8A 1NGDA 1V4SA 5EXWA 3M3ZA 3VGMA 4YDUA 1T44A 3BF3A 4CD3A 2V51B 3RSEA 3QB0A 2D0OA 2YJFA 2E2NA 4L3QA 4IWVA 2QWNA 1XC3A 3CJAA 3WT0A 3CHWA 3ATVA 1CZAN 1NGHA 1ATNA 3CJBA 1Z6RA 4WQ4A 5AFUA 1TYQB 4HWIA 5B8HA 3ENHA 4XEIA 3UKRB 3D2EA 3I8BA 3ZETA 1NGGA 3J8AA 3SLCA 3H1QA 2VWBA 4CZGA 5AFUH 3BP8A 2FSJA 3QMLA 2DPNA 2PBDA 4H0XB 1K8KB 3ZX2A 1QHAA 1Q18A 5TKYA 3FLCO 3LDOA 3BUZB 3A5OC 2A6AA 3L4IA 4FWLA 5CE3A 1HJOA 2BTFA 4GY2B 4H5VA 5ADXA 3CI5A 5F0XA 4RWTA 2GUPA 4M7YA 1MWKA 3H6EA 1HX1A 3KHYA 1X3NA 1TYQA 3WUHA 2ZGYA 3HZ6A 3AARA 5ADXH 5BREA 3UKRA 3EKSA 1HUXA 1QQOA 5EX5A 3U9ZA 5FPNA 4IO8A 4H5NA 1RFQA 4Z94A 3HSCA 1D4XA 5AQYA 4EHUA 1GLAG 3EKUA 4FWQA 1T6CA 1NGEA 3ENOA 4CD1A 4JD2B 5AQFA 4FWRA 1GLDG 2A5XA 1RGIA 3DWLA 2AP1A 3DXMB 2YJEA 4H0YB 2FF6A 1LOTB 2CGJA 2CGLA 4QS9A 2HMPA 4BROA 3VF4A 4FOIA 4M63C 3CIPA 1BUPA 1MDUB 1NGJA 4BR7A 3LDNA 2Q0UA 3HM8A 2FXUA 4PKHA 5AZJB 3TU5A 1NGCA 2GWKA 2Q36A 1BWFO 3BF1A 2GTDA 4H5RA 4H5TA 1NM1A 2HOEA 4ISFA 3G25A 4BQLA 1V4TA 3I33A 3H1VX 2Q2RA 3U4LA 4JD2A 4BRAA 2BUPA 3SK3A 3EN9A 3GDQA 3DXMA 1BU6O 3QICA 1XUPO 1GLFO 2QWMA 3O8MA 4B1XB 1ESVA 3MDQA 3VESA 5BRFA 4QS7A 5AR0A 4CZKA 4BR2A 1G99A 4PL8A 3CJCA 4AM6A 2QW9A 4CZEA 3QBXA 1J6ZA 3DJCA 4XH4A 2P9KB 3R8EA 2V7YA 5AQOA 3FE1A 1NGIA 1SAZA 2ITMA 1DEJA 3WXIA 4BVPA 3GBTA 4BRKA 3SMSA 4FWMA 2P9PB 3ATUA 1NGBA 3FGUA 4FO0A 1GLEG 5KPZA 3L0QA 4EFHA 3GE1A 2HF4A 3M1FA 5LJVA 1DGKN 3CJ9A 4BRDA 2I7PA 1ZXOA 4PL7A 5AQTA 1BO5O 1E4FT 2ASOA 3O1WA 4RTFD 3H3OB 4O5FA 2P9KA 3HBTA 5AQJA 3FZMA 3S41A 2E20A 3U8XA 3A5NC 4FPBA 3TPQA 4CBWA 3KVGA 1U2VB 4K43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCAB 4LSNA 1XHZA 2HHHK 3OVNA 1C6VA 2HNYA 3TAQA 4GNIA 3RWUA 4M3RA 4CJEA 4H0TB 1N34K 4A57A 1IBMK 4IOXA 3CCJN 3PO4A 5M1QA 4FLYA 2P5OA 2R7YA 1HKCA 2CH6A 5I9EB 4CBXA 3L3VA 5J2MA 3SV4A 4CEAA 1E4GT 1NK7A 4KI4A 5KPTA 5E84A 2O8CB 2IOCA 4Z4IA 2KZZA 1I3AA 1DKGD 1ATSA 4JKAA 1OVQA 2UYTA 4QS8A 3PIOL 4FWSA 1BIUA 5AQMA 3O5BA 4DUZK 3V1QA 4H4OA 2YCHA 4CF0A 1R0AA 3RRHA 3L6QA 4KH4A 4IOAL 4BREA 2O8CA 4KHSA 5AZIB 4YOWA 2YNIA 3O3FA 2NRXA 3DYAA 4CJ3A 1QVFM 4OO1J 2F9TA 1QE1A 3VENA 4B9UA 4ZTJA 4CHYA 4JI0K 4L8RB 2PZSA 2HNZA 4GV9A 4FXDA 1C0UA 1RNHA 1OH6A 4FJ5A 3ULEB 4XH1A 2FSKA 1X9SA 3MN6A 3TTDA 1SZ2A 4X64K 2H3GX 4O8KA 4DMNA 4BRNA 2P9LB 3CMAN 3OYFA 3QEIA 5KPRA 1Q9YA 5AZIA 4FM2A 4K25A 2FBYA 3K57A 3OBWA 3C7NB 1ZBSA 4O55A 1HPMA 3MN9A 3P31A 3FFKB 2YKNA 2E2PA 3EL2A 2QXLA 1NK9A 4FJ8A 4CHOA 3DLRA 2FF3B 2I5JA 5EOYA 2Q3SA 4LC9B 4N47A 1GLJO 2E2OA 3ULEA 3PUFA 4IZ9A 3ZX3A 3SCXA 1K8AO 2VQEK 4BQZA 1KRPA 2P9LA 4KI6A 5CZ2A 2HHXA 2UUCK 4CZIA 3CQ8A 4BR9A 4DSEA 4CJ4A 4FJKA 3NF6A 3C7NA 4FJXA 3KD1E 5KQDA 4H03B 4O5BA 3UKUB 3CCEN 2QM1A 4MO5A 4DFJA 4NLCA 4IXCA 1SKRA 5E41A 3FZFA 4DTNA 1SV5A 3HL8A 4DWIA 1VQPN 2VCPA 2GBZA 3HSTB 4A2AA 2HVHA 1HNZK 5CR4A 4F8RA 1CZ9A 2KLAA 4DV0K 4E1JA 1DLOA 2JLEA 4JN4A 1RDBA 3JS6A 3UKUA 1YVNA 2A41A 1JCFA 3PSIA 4FVMA 4C1NK 3CXCM 1ATRA 4CJFA 4DR3K 4DTXA 2KW4A 2OPRA 3QIOA 2W40A 4E1NA 4CJRA 4BRPA 1UWBA 3SAHA 2GELA 2JWKA 4CFCA 1BGXT 4LFBK 3O9SA 3MECA 5HBMA 3DLGA 2E8AA 1QZ6A 4JKFA 3P5JA 3BY5A 1T03A 4OPHA 2Z1HA 1OH8A 3SV3A 5BRHA 3AAQA 4NCGA 1ILYA 2FBVA 3HTVA 5BPNA 4I2PA 3KZBA 4KPYA 4JYAK 1EWRA 1IJJA 2Q1NA 3D2FB 4I6MB 4ILJA 5C24A 4CEEA 4CHPA 1H1VA 2OPPA 1TK8A 2OTLN 4JKBA 4DCHA 5SWMA 4CJSA 4FLVA 4DR5K 5AQQA 1LWEA 3E66A 4DTUA 2XY6A 4FLTA 4C8OA 3FR0A 2KQ2A 4YOVA 3KLFA 3D7EO 1F21A 1XMOK 1QVGM 4IKFA 1WLJA 3Q7BA 2UXDK 3DXKB 4CGJA 1KFDA 3O6WA 3S9HA 1S22A 3R9PA 1RDCA 2HHVA 3WXJA 3D2FA 4PUOA 1BI4B 1VK0A 3C6AA 4DV4K 4JLHA 3LANA 1TGOA 4CEOA 1VHXA 3V9XA 1NK6A 3RR7A 3OYDA 1VQLN 1HKBA 5DM7L 1RTIA 4A59A 4FWOA 4CZJA 4MLEA 4AHRA 4KTZA 3THXB 3CPEA 3U9DA 4EZ9A 3DXKA 4G1QA 4M3YA 4YY3K 4LD0A 1BG3A 2XY5A 3LDQA 2YNGA 5AQGA 4Y0WA 5DK5A 5FPEA 3TWHA 1EO1A 1BI4A 4DQ8A 1TAUA 3WXLA 4M41A 4WE1A 1IKYA 5EXWA 3M3ZA 3K9JA 4JV5K 4C1NI 4DLEA 2V51B 5KTQA 2D0OA 2YJFA 2QWNA 3F73A 3OJSA 4QAGA 3THXA 2ZE2A 3ATVA 4DUYK 1XI1A 3CMEN 3CJBA 2HHTA 1TYQB 3DOLA 4Q0BA 5B8HA 4XEIA 3AO2A 4ID5A 5IT9O 3UKRB 1NGGA 3J8AA 3SLCA 2P51A 1WSGA 2VWBA 5AFUH 4NLBA 2DPNA 3ZX2A 3OYKA 3FLCO 3QESA 3ZSXA 4ELUA 1HRHA 3O3GA 3DLBA 1X9MA 1U04A 4FM0A 2UUBK 4DV5K 4DF8A 3CI5A 4JK7A 5F0XA 2GUPA 1VQ4N 2G8UA 5LMUK 3CC4N 3AVAA 4AHCA 3VA3A 1TYQA 2ZGYA 3AARA 1CLQA 3UKRA 1OVYA 2YV0X 4M3UA 4PY5A 4H5NA 3CFOA 1VRUA 1RFQA 3LWLA 1VSDA 3AVMA 4EHUA 1IG9A 4DU4A 1T6CA 3ENOA 3BGRA 2QXFA 1JLQA 4OGCA 4JD2B 4FWRA 4E7HA 5FROA 3QERA 2FF6A 1NNEA 3T69A 1LOTB 2CGLA 1WSEA 5FRMA 4PHTX 2HMPA 1VSLA 4CFAA 3SJJA 4AH9A 1BUPA 4E89A 1MDUB 4CJWA 1Q8IA 3AVBA 4JI7K 2F7TA 4KTWA 3CFPA 5D3GA 2FXUA 4I7FA 1KTQA 4CIGA 1BWFO 4CEQA 3L2RA 4CESA 4H5RA 2G8WA 2AJQA 4ISFA 4NCAA 1V4TA 3AA4A 3H1VX 1A5WA 4LFCK 3U4LA 4JD2A 1FXXA 1NK0A 1KD1O 4B9TA 3VQBA 3GDQA 1B92A 3QICA 3AGKA 4DFMA 3MX5A 1RDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZF5 O;  2V7Z A;  3H46 O;  1GLL O;  1GLC G;  1MA9 B;  2P9P A;  4B1U B;  4BRI A;  3BEX A;  4CZM A;  4GNI A;  4B1Z A;  3CQY A;  4H0T B;  3GL1 A;  5BN9 A;  3A5M C;  3WEE B;  3WQU A;  1GLB G;  5AQV A;  2QWR A;  1T6D A;  1NWK A;  2HF3 A;  2NZT A;  3VEX A;  4DB3 A;  4B1V A;  1KAY A;  1HKC A;  2CH6 A;  3IDH A;  4ISG A;  4CBX A;  5I9E B;  1TUU A;  1E4G T;  1KXP A;  3VOV A;  4BC5 A;  1U2V A;  5KPT A;  1S3X A;  3IMX A;  3M6G A;  5E84 A;  4BRF A;  2YHW A;  3H45 C;  4JAX A;  2WUS A;  1DKG D;  1ATS A;  5ELZ A;  1NLV A;  3VGL A;  3WEE A;  5F1X A;  2UYT A;  2FLO A;  3MN5 A;  4QS8 A;  3VGK A;  4H0P A;  2FSN A;  4FWS A;  3HI0 A;  3FZH A;  1BDG A;  5AQM A;  3O5B A;  1WUA A;  2CH5 A;  3VEO A;  4EAH D;  3AY9 A;  5AQS A;  3VET A;  2YCH A;  2P9U B;  5LJW A;  1NGA A;  4CZL A;  3O1B A;  3L6Q A;  4BRE A;  3O4W A;  4FWP A;  3IUC A;  4FL9 A;  2QWL A;  3ID8 A;  5AZI B;  1BA1 A;  4FWN A;  1MWM A;  2P9N B;  4WQ5 C;  4CI6 A;  4DHY A;  2F9T A;  5AQX A;  2W41 A;  3VEN A;  3DAW A;  4B1Y B;  4BRM A;  4EHT A;  1NGF A;  3WQT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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