3ZSRA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsrA00
4CJ3A 3TARA 1RT1A 4KKOA 4CJPA 4DTPA 1T03A 3C6TA 4O4GA 3T1AA 3HM9A 3RR8A 5JS1A 4RW8A 4ZHRA 3CG7A 3AO4A 3ZT2A 4KHYA 3ZSZA 2FC0A 3QO9A 2Z1HA 3LZJA 3VQCA 1SKWA 4CJSA 1N5YA 1NJWA 2JGUA 4I2PA 4AHTA 4JS5A 1SL2A 4FLWA 4LH5A 4DG1A 5CYQA 1YVUA 1VSFA 2AJQA 4AHSA 4B9SA 3V9ZA 1NK0A 1WSHA 1ZBFA 1B9FA 3K5NA 4E7HA 5J2QA 3RRGA 5FRMA 2QK9A 3OJSA 4LY7A 4IFVA 4CIFA 1YTAA 2PYJA 4M3ZA 2ZD1A 3AVIA 3OJUA 4F2SA 4NCAA 2HHWA 3K5LA 1QE1A 4PUOA 4C8OA 4XIUA 1KCFA 4BDZA 3WNHA 2G8KA 4B9LA 1JXBA 3RWUA 1Q8IA 4RG8A 4RW6A 3VQ5A 1DTTA 2HNDA 4B9VA 2HHSA 1J54A 4DSEA 4PWDA 2D0BA 3G10A 4CERA 4HUEA 3RMAA 3V9XA 4ELTA 4FCYA 4HUFA 4QOZB 3WNEA 3KK2A 3HXMA 4CGDA 4FW1A 3OYFA 4I9QA 4KHQA 2NUBA 3NH2A 4DLEA 5J2PA 3SUQA 3KKSA 4FJXA 4FLVA 3OYMA 3OYEA 3V1OA 2IS3A 3TR8A 3KK3A 1Q9XA 1RILA 3ZSXA 3SQ1A 1RTDA 3KD5E 4FYDA 3ITHA 3U3GA 4CGJA 4KFBA 3TWHA 5HP1A 1U49A 4QAGA 2KTQA 2X6SA 1K6YA 1GOAA 5KRTA 4YNQA 4W5QA 1T8EA 4RW9A 1G15A 3RMBA 2ETJA 1C6VA 3VQEA 3NF8A 3AVBA 1J53A 3L2UA 3ZCMA 2O4IA 3K57A 1NK4A 2HB5A 2HHXA 4O0IA 4CFCA 3SQ4A 2YKNA 1VSJA 3V6DA 4ID5A 4FM1A 1XC9A 3SUPA 4M3RA 3ZT4A 1L3SA 2HMIA 3KLEA 1RTHA 4CJWA 1TK0A 3K59A 1C0MA 4Z4HA 3AA4A 3AA3A 4CJUA 3AA5X 1TKXA 1NJYA 1JLQA 4E89A 3O4NA 3HP9A 4CF0A 5HLFA 2VG7A 1TGOA 4DQIA 4HCBA 3DM2A 3SQ0A 4CJQA 2FBYA 3VA3A 4CHOA 3H08A 3MXMA 4C8MA 4JRQA 2KZMA 4KHWA 3LP1A 3V9UA 1LV5A 3VN5A 2PZSA 3DLBA 4CJLA 1HRHA 3OYBA 1Z26A 1EXQA 1WSGA 1NK7A 1LWFA 4IG3A 3OYJA 1ASVA 3AV9A 1B9DA 2RPIA 1NKCA 4E7IA 4DTUA 4I2QA 1WN7A 2HNZA 4LSNA 1KVCA 2GV9A 3NH0A 2PY5A 3OYCA 4Q0BA 4DSFA 4FLYA 1RDCA 3MEEA 4YFUA 4K8ZA 4DU4A 4LSLA 3ASMA 1ZBHA 1RDBA 3DLRA 4DMNA 3RMDA 1U45A 1BHLA 3NF7A 4OKJA 3IG1A 3KLGA 3NGIA 1ITGA 1RT7A 1C1AA 1TL3A 1VSHA 3TAPA 1KSPA 4FZXC 3CFRA 3LANA 4I9LA 4DTMA 1TKDA 1NKBA 1W0HA 1LAVA 4B9TA 2XY5A 2DFEA 3AVAA 4CGFA 4ELVA 4H4OA 2OPPA 3AVMA 4NCGA 4E1MA 3OYNA 1BI4B 4AHUA 3ZSVA 2IC3A 1VRTA 4CFAA 5CZ1A 3M8RA 4CK1A 3HPHA 4FW2A 4N56A 2W42A 1D9DA 3KLIA 3WNGA 4CHNA 4DSLA 5FDLA 3S9HA 3S3OA 1C1BA 3QIOA 4CHQA 2G8IA 4ZTFA 1X1PA 2HW3A 1CLQA 4N76A 1S1VA 5D3GA 1WSIA 1U48A 4IKFA 1KLNA 3KK1A 4FZYA 1YTUA 1JLGA 4CF2A 2E6LA 4Y1CA 3PX0A 3PO5A 4KRFA 1SL1A 2OYQA 1REVA 1A5WA 5C42A 3RTVA 5K14A 4CJKA 1L5UA 4NCBA 4FJLA 4KHUA 2YKMA 1B92A 4DQRA 2YNFA 3AVCA 5JS2A 3NE6A 3NAEA 4K8XA 4OGCA 3OY9A 3K5MA 2JLEA 3ALYA 3AVKA 1TV6A 4DTSA 3LAKA 3M8PA 3L8BA 2G8HA 3QEWA 2GBZA 3QETA 4FJ9A 2WOMA 1NJXA 4B9NA 2BANA 4IFYA 4B08A 4W5OA 1L3UA 3TAMA 3TAEA 3BGRA 4NYNA 3SQ2A 4M3TA 1D8YA 4DSIA 2G8UA 4FJMA 1JXEA 1ZBUA 1HQUA 2FBXA 4CE9A 1S9GA 4CJFA 2P5GA 4F8RA 1SL0A 1RDAA 2OPQA 4FM0A 1UAXA 4O0JA 1F21A 3M8QA 4CIEA 3V1QA 3MAQA 1ASUA 2A1RA 2XO7A 2HHTA 3VQDA 2HHVA 3OS0A 1HNIA 2BDPA 1KVBA 1SV5A 4HHTA 1SUQA 3NH1A 4AH9A 4BDYA 3LWMA 1VRUA 4CEEA 4F2RA 3B6PA 2G8FA 3RRHA 2Q3SA 2E6MA 1IH7A 1LW2A 1WNSA 1GOBA 1LAWA 2A1SA 2OPSA 3ZT3A 1IKWA 3QERA 4J2BA 3F9KA 4KO0A 4KI6A 3TAQA 1HJRA 4CESA 3RR7A 2KW4A 1BCOA 3I8DA 4PY5A 2EX3A 4E7KA 2WONA 3QIPA 4GMJB 4M45A 4EP4A 3QEIA 3I0RA 4Z4GA 1HQEA 4RW7A 5KRSA 2IDOA 4DTJA 3SV4A 1RBTA 3DMJA 5HRRA 1NKEA 1IO2A 3ZSWA 4CECA 4Z0UA 1ASWA 3OYIA 3OYLA 2RF2A 4O55A 3A2FA 2OZMA 1NK9A 1TL1A 3V1RA 4Q5VA 4FK2A 1KVAA 1HPZA 1BL3A 4B8CA 4AHRA 1SKRA 1I39A 2YHBA 4OKEA 3O3GA 3QEVA 3DRSA 2F96A 3SI6A 3IS9A 5KGWA 1S6QA 1JLAA 3CYMA 4BE0A 3P5JA 3PY8A 2D0AA 2HVIA 3EY1A 2IGIA 3L3VA 1CZ9A 1U47A 3K5OA 3I0SA 3VQ8A 1C1CA 3OYAA 4N5SA 2XHBA 3SYZA 3B6OA 1XHXA 1FKPA 3OYGA 4H4MA 1SKSA 1UA0A 2G8VA 4HVJA 5CYMA 1QSLA 4PQUA 4O5BA 5C24A 1EETA 3CM5A 4W5TA 1CXQA 1T7PA 5KGXA 3VA0A 4BWJA 2QXFA 3QEPA 5T7BA 3AVFA 3DI6A 5I42A 3LWLA 4AHCA 4FJ5A 1VSEA 4M3YA 1JLFA 4FJJA 4KTZA 4BDPA 1EP4A 4F3TA 1RDDA 4Y1DA 1ZBIA 3HPOA 3TAGA 4CJEA 4CEZA 1C0UA 2HVHA 1O1WA 4GVMA 4N47A 4CEDA 4JS4A 3DOKA 3T3FA 4OGEA 5EU7A 4DTRA 4DTNA 3EZ5A 1S6PA 2B6AA 4C8LA 1TK8A 2X78A 3SV3A 2QKBA 1TAUA 3LP0A 2P51A 3QLHA 4KTWA 5FROA 4CHZA 1RT4A 5J2MA 3L2QA 2P1JA 3DLGA 2XY6A 4BACA 1ZBLA 3UIQA 4J2AA 3O3FA 4KHNA 3RMCA 3F73A 3AO1A 4KPYA 3HVRA 1KFSA 2O4GA 3QNNA 5CZ2A 2X6NA 1UA1A 3D45A 3V81A 2IOCA 1BQNA 4CF1A 1XWLA 4M3WA 1RNHA 5HBMA 1QQCA 1ZYQA 2EHGA 4Z4FA 3T19A 2YNGA 2BGGA 1NK5A 2VG6A 4DU1A 2QKKA 3HP6A 2X74A 3O4QA 4CJ4A 4DS4A 5DK5A 1HMVA 3NBPA 4CJRA 3HT3A 5DMRA 3QEXA 1RTJA 1S9EA 2VG5A 1I3AA 3V4IA 3DLHA 4FJ7A 2YHAA 1S1WA 1FXXA 1FK9A 2OPRA 3S3NA 4FLTA 1L3TA 1RBVA 1D9FA 3AA2A 1HNVA 3L3UA 1RBUA 3VQ6A 4CIGA 2D0CA 2Y1IA 1GOCA 3AVJA 2ATQA 4FLXA 1KRPA 4PA1A 1S1XA 1KTQA 4N41A 1JL1A 3M8SA 4KREA 3CM6A 1CZBA 2DFHA 4CEAA 4CF8A 4OJRA 3L2WA 1WLJA 4DTXA 1N6QA 2RKIA 3HO1A 1TAQA 2D5RA 1EX4A 3JYTA 2Z1GA 4HTUA 1J9AA 3KLHA 4FJHA 1BI4A 3LPUA 4E7LA 1NK8A 3O3HA 2Z1IA 1IKVA 3NHGA 4B9MA 3VQ7A 1QTMA 4J2EA 2F8SA 4FK0A 3NF6A 4Z4IA 3SZ2A 3HK2A 4DWIA 4CEBA 2F8TA 3HJFA 1X9WA 1JLCA 2BE2A 2I5JA 3AO2A 4TSXA 4MFBA 4UQGA 4ZTJA 1NK6A 3OS2A 1U4BA 2HHQA 1HYSA 4JLHA 3ZSQA 1JKHA 4FXDA 1J5OA 1RBRA 4DF8A 3IRXA 3HSTB 3VQQA 3AVLA 4CF9A 4KAZA 4W5RA 4NYFA 4MQ3A 1Y97A 4E0DA 3OYDA 3SPYA 1X9MA 3HPGA 3ULDA 4DFKA 1QHTA 4GW6A 5FRNA 4AILC 3MEGA 1TKZA 3WNFA 3OVNA 4E3SA 3FFIA 2YV0X 1IKYA 3NGYA 1S1UA 3KKRA 2B4JA 3CFPA 4CFBA 1T05A 4CCHA 4W5NA 1WAFA 4FZZA 4M3XA 4B9UA 3P1GA 4FLZA 3DYAA 3SCXA 3KJVA 1WSJA 3S3MA 4CK2A 4C8NA 1X9SA 2RN2A 2E4LA 4R5PA 1IG9A 4CGGA 1CXUA 3OS1A 1Z25A 3MECA 4DFPA 1VSLA 4OLAA 2YNHA 4CJVA 4CGHA 3TAFA 1QS4A 3KTQA 2XY7A 1R0AA 4E19A 1BISA 4EZ9A 2ZQBA 4FLUA 1EKEA 4G1QA 2KFNA 1MU2A 2FBTA 3KLFA 4FJ8A 1L3VA 3THVA 1WSFA 5KI6A 3L2RA 3V9WA 3LZIA 4Z4CA 2B5JA 4E1NA 4DQSA 3AO5A 3VQ4A 1HYVA 4FVMA 3MEDA 3HYFA 5J2NA 4FM2A 1TKTA 4DQQA 2ZE2A 1XHZA 4OVLA 1YT3A 5HRPA 5HROA 4HCCA 3IAYA 1JL2A 1TK5A 4DQPA 4KV8A 4FJIA 4CJTA 5SZTA 3ZSYA 3LP2A 1UOCA 4BWMA 2GUIA 4M3UA 2HHUA 4FJGA 3G0ZA 4BE1A 3QESA 1JLBA 4M41A 1RT3A 4OKKA 3DRRA 2G8WA 3C6UA 1LWEA 4OPJA 3NFAA 4CFDA 3L2VA 3PO4A 3LDSA 3AO3A 1RT2A 4LH4A 3EYZA 4CEFA 4OPKA 1BGXT 3D0PA 2Y1JA 3SNNA 2DTUA 3CFOA 2ITGA 1XI1A 3LP3A 4DS5A 2LSNA 4RW4A 4KI4A 5C25A 5J1EA 1KLMA 5CY4A 1UWBA 4CHPA 4HUGA 1QSSA 4C8KA 1BQMA 2Z1JA 4BE2A 4KHSA 2DY4A 4CJ5A 3QINA 1DTQA 1VSDA 1NOYA 4B3OA 2KZZA 1BIZA 3TI0A 3LPTA 4KB0A 1JLEA 1BCMA 1KFDA 4M42A 4QCLA 4DU3A 3VQAA 4KTQA 3DOLA 1A5VA 3NCIA 3ZSOA 4ELUA 3KIOA 4JRPA 1RBSA 3K2PA 2OZSA 1NOZA 3SUOA 4OLBA 1C0TA 4IBNA 4DFMA 3OYKA 1BIUA 3HL8A 3VQPA 4J2DA 3ZSRA 3PX6A 5I3UA 2YNIA 3ZT0A 1WAJA 4CGIA 4EP5A 4FJNA 5HRSA 1TVRA 2KFZA 3U3YA 2P5OA 3ZT1A 3BDPA 4B8AB 1RTIA 3P83D 3JSMA 4DLGA 3TANA 3AVHA 4AHVA 4EZ6A 3QNOA 1W9HA 3PUFA 2R7YA 1RCHA 1WSEA 4ICLA 3VQ9A 3HVTA 3LAMA 4DF4A 3AVGA 3OYHA 3AVNA 3VQBA 4KB1A 4FJKA 3ISNC 2HNYA 3CQ8A 3PV8A 5KTQA 4F4KA 1RT5A 3DLEA 3U6FA 4L8RB 1DLOA 1VSKA 4DTOA 3MXIA 1U04A 4DFJA 3SUNA 2XY8A 4Z4EA 3E01A 2XRIA 3NGZA 2FBVA 2VWJA 1VK0A 4I7FA 3NF9A 1S5JA 1A5XA 2VWKA 3LALA 2IAJA 5SWMA 1VSIA 1S1TA 3DLKA 3PX4A 5E41A 3C94A 3NDKA 4DSKA 3C95A 3MXJA 3V9SA 3DRPA 4ID1A 4IG0A 2PYLA 4CEOA 4O44A 3TABA 3SJJA 4F3OA 1LWCA 4CHYA 1Q9YA 2OA8A 4LD0A 1FKOA 4CK3A 5HRNA 1NJZA 3SPZA 1IKXA 3K58A 4FK4A 4H8KA 4DSJA 2DFFA 4WE1A 1D5AA 4CEQA 2KQ2A 1VSMA 4IDKA 4E7JA 3KD1E 1LW0A 1QSYA 1RT6A 1HYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E1YA 3GBTA 1RT1A 4WFNL 3RR8A 3C6HA 3ZT2A 1NBWA 4FWSA 3VQCA 1XMQK 4CJSA 1N5YA 1WUAA 4I2PA 4JS5A 1DEJA 4GV9A 3MN7A 1WBDA 4K0KK 2AJQA 2P9NB 5J2QA 4E7HA 3TTFA 5FRMA 2QK9A 3OJSA 4CIFA 2PYJA 4F2SA 1OH5A 2HHWA 4EFHA 3K5LA 1QE1A 4LFCK 1KCFA 2UYTA 3RWUA 1Q8IA 2HNDA 2GTDA 4CERA 4HUEA 3V9XA 4BRGA 4FCYA 4HUFA 1IV0A 4PKHA 5AQMA 5GIOA 4FW1A 3SUQA 3THXA 3KK3A 3V1OA 2IS3A 3TR8A 3ZSXA 3SQ1A 1RDUA 3ITHA 4CGJA 5LL6Z 5HP1A 1NG9A 2GWJA 1GOAA 1T8EA 3UKUA 2NLXA 3PIPL 4RW9A 3VGKA 2ETJA 3VQEA 3NF8A 3D6RA 1LOTB 3M1FA 3MK6A 2HB5A 4JK7A 4O0IA 4CFCA 3SQ4A 2YKNA 3MMVA 4ID5A 3ZT4A 1L3SA 4H5VA 2A41A 3ENHA 1TK0A 3CCLN 3K59A 4BQLA 2YI1A 4PL7A 3AA4A 3AA3A 4BRPA 2QW9A 1NJYA 3O4NA 2HSTA 5DM7L 3DM2A 3SQ0A 4CJQA 3MXMA 3MCPA 2ZF5O 2KZMA 2QEXN 2PZSA 4CJLA 3CERA 1WSGA 3K0SA 4ISFA 3E66A 1ESVA 3C6AA 3BUZB 2E1ZA 2PY5A 3OYCA 3ZEUA 5AQJA 4BRLA 1ZBHA 4ILGB 4OKJA 2D0OA 5LJWA 1KSPA 5LMUK 3CFRA 4ISEA 4I9LA 1TKDA 3ZX2A 1VHXA 3KK7A 5CZ1A 3QMLA 5ADXH 3S9HA 2G8IA 5GAEP 1Z05A 1S1VA 5D3GA 3FE1A 5M1NA 3R6MA 1KLNA 4HTLA 4FZYA 1YTUA 1JLGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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