3ZSVA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsvA00
4CJSA 4FZYA 2RF2A 4CJKA 3SZ2A 5FRMA 1RDCA 3VQ9A 2XO7A 4DSLA 4W5NA 4FZXC 4IG0A 1EP4A 1TL3A 3DYAA 3KLIA 4AHVA 4CFAA 1SL0A 3RRGA 4CE9A 4LD0A 3OYCA 1B9DA 3BGRA 4NCGA 2HHVA 5KGWA 1BI4A 3S3NA 2IDOA 1EKEA 3DOLA 3G0ZA 3NBPA 3ZSZA 4JRQA 3A2FA 3NCIA 2OPPA 1S9EA 4QOZB 1JLCA 4DU4A 2XY7A 2O4IA 1QE1A 3SUQA 4KO0A 1IKXA 4CHZA 3SV4A 1SKSA 3LANA 4M3UA 1N6QA 1WSIA 4N56A 3U3GA 1NJZA 2E6MA 4B9VA 2WOMA 4M3XA 4RW8A 2G8IA 2HMIA 1J54A 5CYMA 5CZ1A 3WNFA 4DS5A 3SPYA 4FJKA 3DLKA 1FKPA 1VSEA 4OKEA 4W5QA 1T03A 3QEIA 3ZT2A 3VQCA 3H08A 3SCXA 1NK0A 3VQBA 1FKOA 4CEZA 1XHXA 1HNIA 4W5TA 4DF8A 1YVUA 1VRUA 2YNFA 1YTUA 4JRPA 1QSYA 5FRNA 3D0PA 2F8SA 4FJMA 4B3OA 4FXDA 1SL2A 4KTQA 4FK0A 1LWCA 1BCMA 3LP3A 4Y1DA 5KI6A 5KTQA 1NJXA 2QXFA 3KLEA 4FJ9A 4CF0A 2XRIA 1BISA 3PY8A 1TKZA 2D0AA 3NH2A 4LH5A 2HHSA 4O0IA 4RG8A 2KZMA 4CJFA 1KVCA 4O44A 3IG1A 4ZHRA 3HJFA 1T7PA 4KHQA 3DOKA 4EP5A 4W5RA 2ZQBA 3HK2A 2W42A 4N76A 2Z1IA 2KFZA 4ID5A 3VQPA 4KB0A 1S1WA 4CECA 4FLTA 1J5OA 4Z4CA 3C94A 3OY9A 3L8BA 1CXQA 1R0AA 1Q9XA 1VK0A 4CEBA 2HNYA 4OJRA 1RT3A 1HYZA 1NKBA 4LSNA 3RMCA 4BWMA 1HQUA 1HRHA 4CEQA 1NK7A 3RWUA 3QEVA 2PYLA 2IC3A 1QS4A 4OKJA 3PUFA 3OYMA 4H4OA 1WN7A 4NCBA 1ZBUA 2HHXA 4LY7A 3WNHA 3PX6A 4C8LA 1TKXA 3LP2A 4DSEA 3QESA 1TGOA 1W0HA 3SPZA 4GW6A 3NH1A 3ALYA 1RTHA 4OPJA 4DFMA 5HLFA 3EZ5A 3ULDA 2D5RA 1QTMA 1ZBLA 3MXIA 1TKTA 4E1MA 4KHUA 5D3GA 3DRSA 1TAQA 4YNQA 2YNHA 3AO2A 4B9UA 3HPGA 4DU1A 4PY5A 4CJ3A 3V81A 1BIZA 3TAFA 4CK2A 4I9QA 3TI0A 4RW6A 1WLJA 3RR7A 4FLWA 3ZCMA 3MEEA 3QO9A 1S1XA 1C0UA 1D9FA 1Q9YA 3NFAA 3IRXA 3M8PA 2XY8A 4AILC 1FK9A 1X1PA 2RPIA 1RNHA 4M3WA 4JS4A 3L3UA 3MAQA 3AVAA 4C8OA 4CERA 1DTTA 5DMRA 4E1NA 3HM9A 2OZMA 1UA0A 1NKCA 1EETA 3KD5E 4ELVA 3QINA 4ELUA 3QEPA 3S9HA 1NK6A 4Z4EA 4DTRA 1GOCA 2HVIA 3AVBA 2JGUA 1BGXT 1TKDA 1BCOA 4OGCA 3MXMA 4F3TA 4Z4HA 1WAFA 4ZTFA 3KKSA 3I8DA 4DLEA 1HYSA 3TAGA 5FROA 3M8QA 2XY6A 3AO5A 1RCHA 4KV8A 3MEGA 3OYBA 3G10A 3VN5A 4HTUA 5HROA 3KK3A 2BDPA 1JLQA 1LWFA 3AVKA 1QSLA 3EYZA 3LPUA 1UAXA 3LAMA 2G8HA 1RBVA 4CF8A 3QIOA 2Q3SA 3DRRA 3QETA 4IFYA 2BGGA 4CGJA 3HPHA 2PY5A 1MU2A 3V9UA 1WSJA 4AHUA 4Z0UA 1Y97A 5HRSA 4PQUA 1KFDA 1C0TA 2VG6A 1KSPA 4CK1A 1RILA 1SKWA 4CHNA 4FYDA 4K8XA 4NCAA 3AA4A 3CM6A 4FJNA 4DFPA 2HNZA 4DTPA 3NE6A 3AV9A 3AA2A 1KFSA 2HHQA 1U04A 3AVFA 1X9MA 4C8MA 1TAUA 3P5JA 4KRFA 1YTAA 1D5AA 5CY4A 4KKOA 4B8AB 3KD1E 2FBTA 3V4IA 1JXEA 2B4JA 3DLHA 3M8RA 3L2WA 3CM5A 1DTQA 4BDPA 4B9LA 2X74A 3MXJA 4N47A 3EY1A 1T05A 4DSJA 4CEAA 3OVNA 1X9WA 1NOYA 1U49A 1CXUA 4PA1A 2OA8A 4LH4A 4LSLA 3BDPA 4BE2A 2OYQA 3K5NA 4DQIA 3QNOA 4CFDA 1WSHA 3OJSA 2HHTA 3SNNA 2ETJA 1IH7A 1VRTA 4NYNA 3SQ1A 4N41A 4NYFA 3L2VA 2GV9A 1ASWA 2GBZA 1L3SA 5J2PA 1RTJA 1VSFA 3OS2A 3HXMA 4HHTA 4E7LA 1TVRA 4OVLA 3CFPA 3HPOA 1HJRA 4KPYA 4CGIA 4FVMA 2I5JA 4KHNA 1LAVA 5SWMA 2B5JA 3ISNC 3KIOA 1L5UA 2G8UA 3S3OA 4DFJA 1IKVA 1HNVA 1VSDA 4IBNA 1JLGA 3NDKA 4DFKA 4KI6A 3AA3A 4I9LA 4JLHA 3OYGA 4DTUA 3NF8A 4CGDA 2AJQA 1J9AA 1LWEA 4CEDA 4HUGA 4CHPA 4CEFA 3DI6A 3TANA 4FJGA 4CIGA 2EHGA 3PX0A 4FLVA 1S9GA 2ITGA 3E01A 4O5BA 2X6SA 3SI6A 3MECA 3LALA 4CJLA 3O3GA 1TK0A 2XHBA 4CIFA 4Z4GA 1SKRA 4YFUA 4EZ6A 2F8TA 1XC9A 1FXXA 1I3AA 4HUEA 3SQ0A 3AVCA 4PWDA 2X78A 3VQAA 1RBUA 4M41A 1GOAA 2P51A 3KJVA 3NHGA 3FFIA 1K6YA 1RT6A 3VQEA 3MEDA 5SZTA 3SJJA 4EP4A 1QSSA 3P1GA 2OZSA 4E19A 4FLYA 2KW4A 3QERA 1T8EA 4FK2A 2EX3A 4CFCA 3OYJA 3TWHA 1JXBA 4CJ4A 4BDZA 1B9FA 1CLQA 1U47A 2KZZA 4TSXA 2KQ2A 4KFBA 5DK5A 1XWLA 2JLEA 4J2BA 1HYVA 1U48A 3HL8A 4FW2A 4FJHA 4DWIA 4CJWA 3K5OA 2R7YA 2RN2A 4CK3A 3OYNA 3OYAA 3OYEA 4DQRA 3O3FA 3VA0A 1ZBFA 1U45A 4FJ8A 4CEEA 2DFFA 1SL1A 4KTWA 4FZZA 3VQ6A 4OGEA 3ZSVA 1RDAA 3VQDA 4AHTA 3NH0A 2P1JA 4CESA 2E6LA 4EZ9A 4CF1A 3D45A 2YNGA 2LSNA 5E41A 3NF7A 2QK9A 3K58A 3TAPA 3CYMA 1CZBA 4WE1A 1L3UA 2DY4A 2QKKA 2DTUA 2ZD1A 1C1CA 3WNEA 2ZE2A 4MFBA 5HRNA 1EXQA 4HCCA 2VWJA 4CJ5A 4OLBA 3NGYA 4MQ3A 3PX4A 1RTDA 1HQEA 2D0CA 3QNNA 2OPQA 1SUQA 2XY5A 3K57A 1I39A 4BE1A 3ZSOA 2HW3A 3NGZA 4FJLA 2OPSA 4M3RA 4W5OA 4FLUA 3CFOA 1NOZA 2IGIA 4E89A 2IS3A 3DLRA 4CHYA 4E7IA 2G8VA 2YKNA 3I0SA 5CYQA 3JYTA 4ELTA 3VA3A 1IKYA 3KLFA 2D0BA 2FBXA 3NAEA 4AH9A 4KHWA 1JKHA 4DF4A 3HP6A 4O4GA 5KGXA 4B9TA 3AVLA 3HVTA 3T3FA 1KLMA 5J2NA 4DTSA 1RDDA 2GUIA 2YKMA 3OYHA 2DFEA 3TAQA 3THVA 2G8WA 3V1OA 1KLNA 3SUPA 4DG1A 3WNGA 1IO2A 4IFVA 3OS1A 3C6TA 2Y1IA 4KHYA 4F2RA 1WSEA 1ZBIA 3K59A 4F2SA 3KLHA 5I42A 3ZSRA 1TK5A 2HHWA 3LDSA 1C0MA 2P5OA 1BHLA 3OS0A 3OYDA 1RDBA 4FW1A 4RW9A 4HUFA 1BL3A 1VSMA 3ZSQA 3LZJA 4ZTJA 5T7BA 1Q8IA 1UWBA 2KTQA 4OPKA 1TL1A 1BQNA 3AVMA 3P83D 3QEXA 4KI4A 1A5WA 3KTQA 3ASMA 4B8CA 3OYIA 3RMDA 1LW0A 1ZBHA 4Q5VA 4DTXA 1GOBA 3HO1A 1LV5A 4CGHA 3AVIA 4Q0BA 4B9SA 5KRSA 1VSIA 3AO3A 5HBMA 1S6PA 1WSGA 3HT3A 1HPZA 4CGGA 4B9NA 4HVJA 4R5PA 4FJ7A 1BI4B 2Z1HA 4CJPA 4F8RA 3T1AA 3AO1A 3HP9A 4CJEA 4AHCA 1RBRA 4O0JA 1NK9A 3VQQA 4CGFA 1RBTA 4DSFA 4E7KA 1RBSA 4DS4A 1O1WA 2WONA 3TARA 1BQMA 4CFBA 4DTMA 4F3OA 2HNDA 4CEOA 1Z26A 4FCYA 5I3UA 1KVBA 3O3HA 1ZYQA 1X9SA 1S6QA 2FC0A 3V6DA 4HCBA 4H4MA 4CF9A 5J2MA 3F73A 4FJXA 4M3YA 4DQPA 2YHAA 4C8KA 3UIQA 1TK8A 4E7JA 4CHOA 4FM2A 4IG3A 3AO4A 4M45A 4FJJA 4KREA 1NK5A 4B08A 5C25A 3PO4A 3DM2A 4Z4FA 4J2EA 3V9WA 3IS9A 2Y1JA 3RMBA 3ZSYA 3LP1A 1VSHA 3QIPA 4CJUA 4DTOA 4E3SA 3QLHA 3T19A 5J2QA 4K8ZA 3C95A 3VQ7A 4DLGA 4I2QA 5J1EA 1JL1A 2YHBA 3ZT3A 2A1SA 4G1QA 3NGIA 4FJIA 1S1TA 3B6OA 4ICLA 3O4QA 5EU7A 3LZIA 1ASUA 3B6PA 4RW7A 3V9XA 3SUOA 4DTJA 2QKBA 3KKRA 3O4NA 4H8KA 3RTVA 1A5VA 1J53A 1NK4A 1NK8A 1RT5A 3AVNA 4JS5A 1RT7A 3KLGA 1LW2A 4FM1A 4N5SA 3DMJA 1L3VA 4GVMA 4PUOA 1NJWA 3LP0A 3M8SA 3JSMA 4BE0A 1NJYA 4B9MA 1C1BA 2YNIA 4CJQA 3ZSXA 4QAGA 3OJUA 3NF6A 3SUNA 3RRHA 3ZSWA 1XI1A 4BACA 3PO5A 2P5GA 5KRTA 2G8FA 2Z1GA 1TV6A 3KK2A 4DQQA 4BDYA 5C24A 4AHRA 4E7HA 4Y1CA 4M3ZA 4CF2A 1LAWA 3DLGA 1CZ9A 3SQ2A 2IOCA 3CQ8A 1JLFA 1JLEA 2VWKA 3V1RA 3I0RA 1VSLA 1KRPA 2IAJA 4KTZA 3ZT4A 4CJRA 1IG9A 3RMAA 1JLBA 1W9HA 4BWJA 3VQ5A 3ZT1A 1WSFA 2O4GA 2BE2A 1JL2A 3HVRA 4GMJB 3TAEA 1A5XA 1JLAA 1S5JA 1WAJA 4ID1A 3TR8A 4CCHA 3IAYA 4FJ5A 4KHSA 1REVA 4Z4IA 2VG5A 1KVAA 1QQCA 3U6FA 4QCLA 4FLZA 3F9KA 1NKEA 2ATQA 3HYFA 4I2PA 3TAMA 4FLXA 3OYFA 3DRPA 5HP1A 1EX4A 3K5LA 2PYJA 1F21A 3AVJA 4UQGA 4CHQA 4DTNA 3LAKA 3NF9A 5K14A 1S1UA 5HRRA 1UA1A 2FBVA 2BANA 1G15A 1D9DA 1YT3A 2VG7A 3V9SA 1Z25A 4O55A 1KCFA 1ASVA 3DLEA 4RW4A 4CJVA 3LWLA 3V9ZA 2NUBA 3C6UA 3ZT0A 4CIEA 3CFRA 3SV3A 2PZSA 3L2UA 4F4KA 1C1AA 5C42A 1HMVA 1N5YA 2HB5A 3LWMA 3K5MA 1KTQA 3V1QA 4KAZA 2G8KA 3RR8A 2YV0X 3AA5X 5JS2A 1B92A 1C6VA 3AVGA 4J2AA 4J2DA 2DFHA 1RT2A 2F96A 4M3TA 4OKKA 5CZ2A 3SQ4A 2KFNA 4IKFA 4DSIA 4C8NA 1VSJA 3CG7A 2A1RA 1UOCA 4DSKA 4I7FA 4KB1A 1DLOA 3QEWA 1ITGA 3L3VA 1S1VA 4L8RB 2FBYA 4FK4A 3VQ8A 1RT4A 3VQ4A 4CJTA 4DU3A 4OLAA 1IKWA 1WNSA 3L2RA 3SYZA 1U4BA 2Z1JA 4FM0A 4IDKA 1BIUA 2X6NA 3AVHA 3DLBA 3HSTB 3K2PA 4DQSA 1D8YA 1VSKA 3TABA 4E0DA 5JS1A 2HVHA 2B6AA 2E4LA 4M42A 1XHZA 3LPTA 3ITHA 5FDLA 1RTIA 4DMNA 5HRPA 4AHSA 1RT1A 3OYKA 2HHUA 1L3TA 3OYLA 3U3YA 2OPRA 3KK1A 1QHTA 3S3MA 1SV5A 2RKIA 3L2QA 3PV8A 4XIUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YOVA 3J80O 1RDCA 2XO7A 1DT9A 1OH5A 1TL3A 3DYAA 3KLIA 4CFAA 3RRGA 4LD0A 3OYCA 2D0OA 1EKEA 3DOLA 5BRHA 2GTDA 4CI6A 1S9EA 4DR5K 2XY7A 2O4IA 3SV4A 4M3UA 1N6QA 4N56A 2P9UB 4BRGA 1NJZA 4H5VA 2E6MA 2WOMA 4DS5A 4WFAL 1FKPA 4W5QA 1NMDA 4QS9A 1NK0A 3VQBA 1FKOA 3D2EA 4CEZA 1YTUA 1YVUA 1VRUA 4CBXA 3WT0A 1FJGK 4B3OA 2CGLA 1P90A 4KTQA 4Y1DA 4LH5A 4RG8A 4CJFA 2HBKA 3HJFA 4B3TK 4BG8A 3O80A 4W5RA 1I94K 3HK2A 4ID5A 2ASMA 2W6LA 1S1WA 4FOIA 4CECA 4FLTA 2YI1A 3C94A 4Z4CA 3OY9A 3L8BA 1JJ2M 1R0AA 1VK0A 2E5LK 2HNYA 1U2VB 4K43A 1Q18A 3NVKA 1HRHA 3MWPA 3QEVA 2IC3A 1LCUA 1WN7A 4JHDB 4NCBA 5AQGA 4IEEA 3PX6A 3MN9A 1XMQK 5LJVA 3NH1A 5HLFA 4BRFA 5M1KA 1QTMA 3CC2N 1ZBLA 1XC3A 2ZJRL 5D3GA 5LL6Z 3E1YA 3MN7A 4KH4A 1BIZA 4GKJK 1TYQB 1NGBA 1WLJA 3FE1A 2RHKA 4DQ8A 2OCEA 3NFAA 2P9LB 2XY8A 3K9KA 1X1PA 4K41A 2QI2A 3I56N 3MAQA 3A5NC 3HM9A 4C1NK 1NKCA 3LDPA 4BREA 4DTRA 2HVIA 3AVBA 3GE1A 1TKDA 3U9DA 3BF3A 3KKSA 4DLEA 4IXCA 2RE2A 5FROA 1IJJA 4KV8A 1OH8A 3VN5A 2BDPA 1EWQA 1JLQA 1QSLA 3EYZA 2A5XA 5BPMA 3P38A 4CF8A 2P9IA 4JKFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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