3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
4W5RA 4B9NA 1TAQA 2D0AA 4E0DA 1T03A 3DI6A 1ZBHA 2X6SA 4H4OA 4KB1A 4DWIA 1GOCA 1WSJA 3AA4A 3LALA 4CJQA 3TAQA 5KRTA 2NUBA 3M8QA 4TSXA 4Y1DA 4R5PA 3RMCA 4AHTA 2G8WA 4AH9A 4DQSA 1WSHA 1HPZA 1I3AA 1RT7A 2I5JA 2VWJA 4IFYA 5HRPA 2WOMA 4FJ7A 4IFVA 1VSMA 1DTQA 5SZTA 3EYZA 1G15A 3L3UA 3SV4A 3QIPA 4Z4IA 3C6TA 1YTAA 2OYQA 4O0JA 2OZMA 2HNYA 3ITHA 4FZXC 3QEIA 4CJLA 3ZSVA 4MFBA 3DOLA 3IS9A 1J5OA 1T8EA 2YNGA 1F21A 4L8RB 4JS4A 3RRHA 1ZBFA 3NGYA 1A5VA 4AHVA 1RDAA 4CEFA 3SYZA 3V9ZA 4NYNA 4E7IA 4DQQA 4CGFA 1RT2A 3KD5E 1BGXT 2WONA 1WN7A 3PO5A 3QERA 4N76A 1KTQA 4O44A 4JRQA 1RBSA 1J54A 3BGRA 4E89A 1NJZA 3RWUA 1RBRA 5C42A 3AVAA 3DLHA 4C8NA 1BI4B 4M3ZA 3L2WA 1RDBA 1TK0A 4DTNA 2XY8A 4CEAA 1JLGA 1HYZA 4E3SA 2OPQA 1SKSA 3VQ9A 4LD0A 4B9LA 1TV6A 4M3WA 3OJUA 3OYBA 1QTMA 2FBVA 3NAEA 5E41A 3JYTA 2KZMA 3AVLA 3CG7A 4CJWA 1X9WA 1YVUA 1L3VA 3NF7A 3WNGA 4B9TA 1JLEA 4CFBA 4CF8A 4E19A 4CJ4A 3VA3A 3TI0A 1HRHA 3U3GA 4H4MA 1JLQA 4ICLA 5DK5A 4CFCA 4CF2A 1IH7A 3KLHA 3HT3A 4I2QA 4GMJB 2IDOA 4DS4A 3RMDA 2A1SA 4DFJA 3TAGA 1WSFA 3ASMA 2YHAA 3AVNA 4CGGA 3O3GA 3VQ6A 4H8KA 3OYGA 3KLFA 4PUOA 1BIUA 4Z4HA 3T3FA 4RW8A 3HK2A 3NF9A 1S5JA 2XO7A 2HNDA 4F3TA 4B8AB 1HMVA 1C0UA 4FZYA 3QO9A 3ZSXA 3DRRA 3H08A 2P5GA 4CJ3A 4FLZA 3OYCA 3PX0A 1SUQA 4LH5A 3T19A 1S6QA 2G8UA 1U49A 4KHSA 4OKEA 4CEBA 1VSKA 2B6AA 2VWKA 3HSTB 4FW1A 2HHWA 3ZSQA 4I9LA 3VQ8A 1HYSA 3MXIA 1TKDA 1T7PA 3AVKA 3CFRA 4DU4A 1ZYQA 4FK2A 2XRIA 3HPOA 3V9SA 4QAGA 2EX3A 4LSNA 4E7KA 4E7LA 2HHXA 2QKBA 1B9FA 3KLEA 1O1WA 4J2BA 3LP2A 2XHBA 3M8RA 4F4KA 1TKZA 1S6PA 2OZSA 2ZE2A 1VK0A 3FFIA 3LANA 1GOAA 1JLBA 3ZCMA 1N6QA 4AHRA 4FK0A 2BGGA 1KLNA 2YV0X 3HVTA 2DFFA 3O3FA 1RT5A 5FDLA 1LW2A 2BE2A 5HRRA 3WNFA 4YNQA 4HUGA 1RTDA 3BDPA 2QXFA 1VSFA 3NBPA 3K58A 3IG1A 4CJVA 5D3GA 3G10A 1IO2A 3AO5A 1RNHA 4C8KA 4J2DA 1L3UA 3QEVA 2D0BA 1W0HA 3KKRA 3CM5A 4DU3A 1ZBIA 3HXMA 4YFUA 3TANA 3AVCA 2FBXA 2RF2A 3DMJA 3NFAA 4OPKA 1LW0A 2G8HA 3RR8A 3TABA 2HMIA 3K5LA 3VN5A 4NCAA 1SL2A 1KFDA 4FJLA 4B8CA 4CJUA 1TKTA 3RMBA 4BE1A 1REVA 4M41A 3KK1A 1WSGA 3K5MA 3DRPA 1FKOA 1VSLA 2YNIA 4O5BA 1JLCA 1D9DA 3TARA 1KRPA 1BHLA 4CHYA 1HYVA 3MECA 2RPIA 2YKNA 4FJ8A 5I42A 1A5XA 1RT6A 4KTZA 2YKMA 4HUEA 2P5OA 1FK9A 3AVBA 4CJ5A 2VG7A 1WAJA 4W5TA 1K6YA 3DLKA 4DG1A 3TAPA 2DY4A 3K5OA 4I2PA 3MAQA 3SQ2A 1CZ9A 4PA1A 4DU1A 5JS2A 2IS3A 4CJFA 3P83D 4MQ3A 2HVHA 1X9SA 2KFNA 1KSPA 1JXBA 4CJTA 2E6MA 4DTOA 1B9DA 1BL3A 4ID1A 1HQEA 3WNEA 3OVNA 4ELVA 4FJGA 1ZBLA 3V1OA 5DMRA 3HPHA 4G1QA 3HVRA 1VSHA 1XC9A 1QHTA 4EP5A 4DSJA 4KHUA 5FRMA 2YNFA 4IBNA 4N41A 4CGIA 1RDCA 3AA3A 5C24A 5FROA 4OPJA 4BWMA 3MEGA 4C8MA 3KLGA 1Q9YA 4C8LA 1I39A 4CGJA 4CFDA 4PWDA 4AHCA 4CIEA 4E1MA 4FM1A 3OYFA 3U3YA 3V4IA 4CCHA 3MEEA 1LAVA 3LWLA 3HP6A 2OPPA 2GBZA 3VQDA 1U04A 4CEDA 2HVIA 5CZ1A 4BDZA 1FKPA 3O4QA 1S1UA 4KHWA 2F96A 4KTWA 4FM2A 3CYMA 3DRSA 3LWMA 1NJYA 1XHXA 4UQGA 4DFPA 5J2MA 1L3TA 1TAUA 2DFEA 5HP1A 1U47A 3B6PA 1RT3A 1SKWA 4HHTA 1QSYA 1NK9A 1RBVA 3E01A 4W5OA 3D0PA 3OYKA 4Q5VA 4XIUA 1KVAA 3C95A 4W5QA 2HW3A 4W5NA 3S3NA 1HNVA 4KHYA 1D9FA 1UA1A 3KD1E 3LP0A 3SV3A 5KRSA 3K59A 3ULDA 1W9HA 1C6VA 3SZ2A 1RDDA 3NH2A 3ALYA 3L3VA 1C0MA 4BACA 1ASWA 1XWLA 1BCOA 3OYJA 1DTTA 5CZ2A 2FBYA 3SQ4A 1T05A 2G8IA 4QOZB 4CHOA 1JLAA 2DFHA 3V6DA 1S9GA 1S1VA 1LWFA 1WSEA 3NH1A 3OS2A 3HO1A 3AVJA 1TKXA 1IG9A 3IAYA 4DTMA 2R7YA 4HUFA 1NOZA 3KIOA 3PUFA 4FLWA 1IKWA 3VQEA 1TL1A 1Z26A 4DSKA 3SPZA 2XY5A 1NK5A 2RKIA 4K8XA 1MU2A 3AA5X 1IKVA 5I3UA 3KTQA 3QETA 5J1EA 4NYFA 1Z25A 4JLHA 3MXMA 4AHUA 3SUOA 2KZZA 3HL8A 2HHQA 1VRTA 3SCXA 1S1XA 1SL1A 1D8YA 3ISNC 4CIFA 3OYHA 1BI4A 3VA0A 2Z1GA 3AVIA 4RW4A 1EKEA 4DS5A 4DTXA 2KFZA 1RTHA 3HYFA 5CY4A 2X78A 3JSMA 3QEXA 3SUNA 3S3OA 4J2AA 1Y97A 4ZTJA 1U45A 3I8DA 4Z4FA 3QEPA 3LPUA 4GVMA 4CJSA 4F2RA 2Z1JA 3ZSYA 3KK3A 1WLJA 3K5NA 3V81A 3THVA 3OYIA 4OJRA 1EXQA 2G8VA 4AILC 2E4LA 1LWEA 1KVCA 1RCHA 1RTJA 1ASVA 3CQ8A 4FCYA 4DTUA 1R0AA 1TK5A 4CE9A 3DLGA 3SQ1A 2IOCA 1CXQA 4J2EA 4CJKA 2HHVA 1S1TA 4CIGA 4F2SA 4KRFA 5J2PA 3OYDA 2BANA 5HROA 1JXEA 4CF1A 1C1AA 1YT3A 2EHGA 4KB0A 4E1NA 3NDKA 2D0CA 4FJIA 3LZIA 3IRXA 4Z0UA 1DLOA 3C94A 1QS4A 3AA2A 3I0SA 4OKJA 4CERA 5KGWA 4CJEA 3P5JA 4F3OA 2KQ2A 4B9MA 3T1AA 4OVLA 3DLRA 3HP9A 2LSNA 4OKKA 3U6FA 1ZBUA 4HVJA 1C1BA 4C8OA 4OLBA 4OGEA 1C0TA 2ATQA 3LAKA 1JKHA 2X6NA 1UAXA 3DLBA 3PO4A 1NK8A 2W42A 4CEQA 4EZ6A 1BCMA 2X74A 3PX4A 4CK2A 3C6UA 1ASUA 2Q3SA 3NE6A 4BE0A 3SUQA 3QINA 3ZT4A 4DMNA 1RBTA 4BE2A 2AJQA 4B9SA 4AHSA 4EP4A 3V9WA 1N5YA 3AV9A 1RBUA 4CK3A 1J53A 5T7BA 3QESA 1SL0A 4LY7A 4RW9A 1BQNA 2PZSA 4FXDA 3PY8A 3AO3A 1U48A 4NCBA 4Q0BA 4CFAA 2HHTA 4ELTA 3ZT2A 3NCIA 1NK0A 1Q9XA 4FJ9A 1CZBA 1UOCA 1VSJA 1VSEA 4FZZA 4FK4A 3HJFA 4CEZA 4DFMA 4DTJA 4CHPA 3EY1A 2ITGA 3HM9A 4K8ZA 4KHQA 3M8PA 3LP3A 2PYJA 4FJXA 1S1WA 1WSIA 3D45A 3NF6A 3VQ4A 3TWHA 4DLGA 1SV5A 2HB5A 4KFBA 2O4IA 3UIQA 1TK8A 3O4NA 4DTRA 1NJWA 2HHSA 4N56A 4DQRA 1EX4A 3CFPA 4CF9A 1XI1A 3ZSOA 4KHNA 3NF8A 2ETJA 5J2QA 1D5AA 3VQCA 3TAFA 2OA8A 1RTIA 3LPTA 3DOKA 5HRNA 3KK2A 3VQ5A 4BDYA 3L2RA 3AVGA 5HBMA 3V1RA 1RT1A 3VQQA 4EZ9A 4CHNA 3F73A 4DTSA 3SI6A 4CHQA 1X9MA 3VQBA 4CF0A 4M3RA 4CESA 2DTUA 3ZT3A 3AVMA 3S3MA 4PY5A 1VSIA 4IDKA 2Z1IA 5C25A 4M45A 3OYMA 2F8SA 1BISA 2FC0A 3OYNA 3NGIA 4B3OA 3RMAA 2XY6A 2OPRA 3I0RA 5J2NA 3KLIA 4ELUA 1ITGA 1C1CA 1SKRA 4HCBA 2QKKA 4M42A 4FW2A 1NKCA 3AVHA 3WNHA 3OYAA 2Y1IA 2GUIA 4N5SA 1NK7A 4KTQA 3V1QA 2KW4A 4KV8A 4Y1CA 4KI4A 3KKSA 4CEOA 2JLEA 4O55A 1U4BA 4LSLA 1JL1A 4IG3A 1IKYA 3SPYA 4LH4A 4KPYA 3AO2A 3L2UA 4KI6A 3CM6A 4ID5A 4DLEA 3VQAA 3QIOA 4DTPA 1IKXA 1B92A 1LAWA 3LAMA 3TAEA 4DSIA 4FJHA 3AVFA 5SWMA 1BQMA 4BWJA 4DSLA 1UWBA 3TAMA 4DF4A 2IAJA 1NKEA 2QK9A 1QQCA 3G0ZA 1NOYA 3TR8A 1LWCA 2Y1JA 3NGZA 4KKOA 4DSFA 1NKBA 2G8FA 3NH0A 4DQIA 2IGIA 4F8RA 4HTUA 5CYMA 2HNZA 2OPSA 3K2PA 3SUPA 4OLAA 2P1JA 2XY7A 2P51A 3ZSZA 1CXUA 3F9KA 3L2QA 4I9QA 5HRSA 4CGHA 2YNHA 4WE1A 1YTUA 1JL2A 4M3UA 2PY5A 1TL3A 4B08A 1L3SA 4FJ5A 3V9UA 3OYEA 1KLMA 4ZHRA 1NK4A 1VRUA 4RW6A 2ZQBA 1HJRA 4CECA 4DF8A 1EETA 1BIZA 3ZT1A 4E7JA 3VQPA 3M8SA 3SNNA 2HHUA 3EZ5A 1J9AA 3AO1A 5K14A 2D5RA 1RT4A 2IC3A 1WAFA 2VG5A 4CK1A 3S9HA 1TVRA 4B9UA 3V9XA 1FXXA 4NCGA 4FLXA 4FLUA 1JLFA 2GV9A 5FRNA 1KVBA 3OS1A 5EU7A 3DLEA 2B5JA 3DM2A 3L8BA 1KFSA 2RN2A 4Z4EA 1L5UA 1QSLA 1TGOA 3A2FA 3LP1A 3AO4A 4OGCA 3L2VA 1A5WA 4ZTFA 2G8KA 5KTQA 4O0IA 1Q8IA 4DSEA 4BDPA 1VSDA 1NJXA 4FYDA 4FLTA 4FJKA 1KCFA 3PV8A 1HQUA 2B4JA 3VQ7A 4IKFA 3RTVA 4PQUA 3ZSRA 3ZT0A 4FVMA 4KAZA 4HCCA 3K57A 3P1GA 4FJMA 2F8TA 3MEDA 4KREA 1RILA 1NK6A 4I7FA 2FBTA 4JRPA 4FJNA 4CJRA 2Z1HA 3B6OA 3OS0A 3OJSA 2A1RA 2KTQA 4DQPA 1WNSA 3MXJA 4O4GA 3ZSWA 4N47A 4CGDA 2PYLA 3NHGA 4CEEA 4CJPA 4Z4CA 5HLFA 3DYAA 1QSSA 4CHZA 4GW6A 4RW7A 4B9VA 5JS1A 3LDSA 4M3XA 5KI6A 1XHZA 1CLQA 3RR7A 1S9EA 4Z4GA 2JGUA 5KGXA 4JS5A 2BDPA 4M3YA 4IG0A 3OY9A 3KJVA 3SJJA 3QLHA 4DFKA 4M3TA 1X1PA 3PX6A 3LZJA 1GOBA 2ZD1A 4RG8A 5CYQA 3QEWA 3HPGA 4FLVA 3QNOA 1EP4A 1UA0A 1QE1A 4QCLA 3SQ0A 2E6LA 4E7HA 3O3HA 3RRGA 3QNNA 2VG6A 4FLYA 3OYLA 2O4GA 3CFOA 1HNIA 4KO0A 1LV5A 2YHBA 4FM0A 4FJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W5RA 3SMPA 1ZBHA 2ASOA 1GOCA 3E66A 4H5TA 1YJNN 3RMCA 3UKRB 3CPEA 4JKDA 4PKIA 2VWJA 4IFYA 3CCJN 5SZTA 3QFUA 1G15A 4BREA 2OYQA 4FZXC 4CJLA 3DOLA 2P9NA 1ZBFA 3UE5A 1A5VA 3SYZA 4DKWA 3C7NA 1RT2A 4FWNA 3KD5E 3PO5A 3QERA 2ZWHA 4WQ5C 3BZCA 4H0YB 4O44A 5HOOA 4YOUA 1J6ZA 4FWOA 4E89A 3RWUA 2AP1A 4WFAL 4BR4A 3L2WA 3SAFA 1HYZA 4JK9A 3VQ9A 4B9LA 3F5TA 2D0OA 1TV6A 4M3WA 3OJUA 2ASPA 3T1YK 2AA4A 5AFUH 1XUPO 2ASMA 5C0YA 4B9TA 4E19A 2J4RA 1XQSC 4DV4K 3TI0A 4H4MA 4FWQA 3RR7A 4CF2A 3HT3A 4A5BA 4DS4A 4I2QA 4GMJB 4BROA 3AVNA 4BRFA 4IO9L 4PUOA 4JKAA 2ZJQL 1VHXA 3MK6A 4BY9C 2HNDA 3QO9A 1GLJO 1IV0A 1SUQA 4LH5A 2UU9K 2G8UA 4OKEA 4LF4K 5BN9A 2A6AA 5AJ3K 1HYSA 4MLHA 5FPEA 4DU4A 1ZYQA 3C6HA 4FOEA 4J8FA 4E7LA 4J2BA 3WQTA 1NMDA 4BGAA 4F4KA 1GOAA 2UUAK 5AZJB 3B8AX 2F9WA 3VEOA 2YV0X 3HVTA 1QVFM 3AY9A 3WNFA 4YNQA 1FW6A 3TTDA 3NBPA 3K58A 4CJVA 4J2DA 1L3UA 5JVGL 3TANA 3AVCA 2FBXA 3CERA 3MN7A 3RR8A 3TABA 3VN5A 4NCAA 1BA1A 4CJUA 1TKTA 1REVA 4CW7B 3KK1A 1WSGA 3K5MA 4BC4A 2YNIA 1T3VA 4PL7A 4LF6K 2RPIA 4GY2B 3J80O 2O8EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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