3ZSW | Genus

Total Genus 57

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	57
sequence length	153
structure length	149
Chain Sequence	SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__123431131651684__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__123431131651684__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZSW/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__123431131651684__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"123431131651684","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/3ZSW/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__123431131651684__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Human immunodeficiency virus
publication title	Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INTEGRASE
total genus	57
structure length	149
sequence length	153
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.-:
pdb deposition date	2011-07-01

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	3zswA00

3QEPA 2F8SA 5JS2A 4E0DA 4CESA 4UQGA 1A5XA 2FBTA 2VG5A 3WNHA 4CEDA 4J2EA 2E6LA 1UAXA 5KRSA 3LZJA 5CZ2A 5HRSA 3HM9A 4DQRA 3S3MA 1T03A 1RT7A 3ISNC 3TAGA 3V9SA 4CJWA 3VQBA 3V4IA 3OS1A 3NF7A 3RMBA 5EU7A 4OKKA 3KLEA 2G8FA 4FZYA 4I7FA 4O44A 2BGGA 4CF0A 4C8KA 1BI4A 4FLXA 4RW8A 2VG6A 4AILC 1X9WA 2RKIA 2DTUA 1BL3A 4DTMA 4I9QA 1ZYQA 4M3XA 2QKBA 5FRNA 1EX4A 4M3TA 4FCYA 1JL2A 1CXUA 1TL1A 1JLBA 3HT3A 3AO5A 2HHXA 1RNHA 1NJXA 3KD5E 3G10A 3LZIA 3SZ2A 1NKEA 4J2DA 4CF9A 3PV8A 5CYQA 4FM0A 4O55A 3NGYA 1RDBA 3LPUA 4BWMA 3K5MA 2G8VA 3PY8A 2P5OA 1L3TA 1KVCA 2Q3SA 1D5AA 4KB0A 1RDAA 1SV5A 5KI6A 3ULDA 4G1QA 1QSLA 3VQ6A 4KRFA 1FKPA 1RBVA 1RDDA 4C8NA 4CJSA 2X78A 3K5LA 4DSFA 3SUQA 1Q9XA 2YHBA 2XO7A 3K5NA 4HUEA 4DU3A 3DLHA 3SV3A 1ZBIA 3C6UA 4YFUA 4DQSA 4BE2A 1NJWA 1X9MA 2XHBA 4DFPA 1NKCA 4B9UA 1D9DA 3SQ0A 1HQEA 1R0AA 4ZHRA 4KB1A 3QNOA 3SPZA 3IRXA 4CHOA 5J2PA 3ZSXA 3PX0A 4HUGA 3QESA 3AVMA 4E1MA 5SWMA 4DLEA 2DY4A 3V1QA 2XY7A 3VQ8A 3NH2A 3NE6A 4E7LA 3TAEA 1NK0A 3OY9A 5CYMA 4FLTA 3OYNA 1KSPA 3PO4A 3OYFA 4CF1A 3FFIA 4C8LA 3TAFA 1QSSA 4O0JA 4GW6A 3LALA 1DTQA 1IKYA 1VSHA 1FKOA 4DSEA 1C0UA 1SKRA 2KZZA 2ETJA 3CM5A 3RR8A 5KGXA 3O3HA 3HPOA 4DSIA 3TAPA 4LY7A 1CZ9A 3M8SA 4OLBA 2NUBA 1EP4A 3HPHA 4IG3A 4CF8A 4YNQA 1RTIA 4QCLA 4CERA 1ZBFA 4EP4A 2KFNA 1D9FA 1U48A 4E7HA 2OZSA 1QE1A 1TK8A 2F96A 5CY4A 3HVRA 3NAEA 3U6FA 1IKXA 1ASUA 1HYVA 4CECA 1U45A 2X6SA 3NF6A 3AVNA 4Y1CA 2YKMA 3LP0A 2RN2A 4ELTA 2HHQA 4H8KA 3VA0A 3CQ8A 3EYZA 3KLHA 5T7BA 2GV9A 1YTAA 2JGUA 3CYMA 1BI4B 3K57A 5J2QA 1YVUA 1TK0A 1W0HA 3MEEA 3KLGA 3M8PA 4BACA 4CJPA 3C6TA 3QO9A 4FZZA 1GOAA 4KHYA 3SJJA 4LSLA 3I0SA 4C8OA 3PX6A 1RBRA 1RBTA 3AA3A 3ZSQA 1REVA 2GUIA 3QLHA 3LWMA 1L3UA 3ZCMA 4F3TA 3VN5A 4FJNA 3IG1A 5C42A 2Y1IA 2KQ2A 4QAGA 5HBMA 3U3YA 3S3NA 4Z4FA 3RR7A 3C94A 1LAWA 3HPGA 3P5JA 4Y1DA 3T1AA 1RT5A 3NDKA 4DTNA 4KHWA 4FK4A 3M8QA 4CGHA 1W9HA 2QKKA 3KIOA 3F73A 4FK2A 3H08A 3AVAA 3KLFA 1ZBUA 2OPSA 1J5OA 1WSHA 5D3GA 3L2UA 2G8HA 4DTJA 4M3ZA 2D0CA 3B6OA 1D8YA 1KVAA 3VQDA 3C95A 1LW2A 2OYQA 1HYZA 3AV9A 4CJFA 4DSKA 1RT4A 4B8AB 3L3VA 1NK9A 3ZT3A 1TGOA 3AVIA 4JS5A 4CJEA 4KKOA 2BDPA 2OZMA 4KPYA 4O5BA 1S1WA 3ZT4A 3OJSA 3NH1A 1NK8A 1BQMA 3AO3A 4FJ9A 3SCXA 3TR8A 2QXFA 2IAJA 2EX3A 1FK9A 1RT2A 1VSIA 2XY6A 2YNGA 4CF2A 3ALYA 5C24A 2R7YA 3A2FA 5CZ1A 4R5PA 5I42A 3IAYA 3RWUA 1TKZA 4RW4A 1GOBA 3DM2A 2LSNA 1JL1A 3AVCA 3DRPA 3QEWA 5HLFA 4DTUA 2YV0X 3NFAA 3QIPA 3KD1E 2RPIA 4KHQA 4CHPA 2OPPA 4LD0A 4CJ4A 1ZBLA 2D5RA 4HHTA 3RMCA 1I3AA 3OYDA 4Z4IA 4CHQA 4DG1A 1TKDA 4IKFA 4CFBA 2E4LA 4DTOA 2HHSA 4GVMA 4PQUA 1BCMA 1S9EA 2WONA 3MXJA 4DQPA 1ZBHA 4FJXA 3K59A 4CCHA 4O0IA 4FLVA 2VWKA 1MU2A 3HP6A 1L3VA 1UA0A 4DF8A 2O4IA 4FM2A 4M3WA 3ITHA 4JRQA 2Z1HA 3QETA 2D0AA 2I5JA 1A5WA 4KHUA 4KI6A 3HP9A 5KGWA 3TWHA 4DTSA 3SQ1A 4JS4A 2A1RA 1TKTA 1L5UA 4KTQA 1J53A 3LANA 4AHRA 4KHNA 4FJ8A 1C0MA 4DTPA 4AHSA 4WE1A 3CFRA 1SUQA 1B92A 3CM6A 2KTQA 3AA2A 4E1NA 4CGFA 3L2WA 3KK3A 1KLNA 2PYJA 3RTVA 4W5QA 2HW3A 4PUOA 4N56A 1NJZA 2HVHA 1RBSA 1B9DA 3L2VA 3LP1A 2G8IA 4FJLA 4B8CA 3DOKA 3AVFA 3OVNA 1KFDA 4OKEA 1VSEA 4CHZA 2E6MA 3HL8A 1JLCA 1IO2A 1N6QA 4IDKA 1RT6A 4OVLA 4CEBA 3D0PA 3T19A 1C1CA 2GBZA 4I2QA 1Z26A 4CJRA 1GOCA 4CJ3A 3NHGA 3AVBA 1QSYA 4Z4GA 1NKBA 1VSJA 4E89A 3AA5X 3OYLA 3BDPA 3QINA 1HYSA 3V81A 4OJRA 1S1XA 4CIGA 3HVTA 5FRMA 4FZXC 3KLIA 4DS5A 4FJKA 3SNNA 4NYFA 3IS9A 2DFEA 3V1RA 3ZSRA 1JLAA 2F8TA 4KHSA 1VSKA 3DLEA 3AA4A 4ELUA 3NF8A 1HQUA 1WN7A 3OYMA 4F2SA 3AVKA 5E41A 2IC3A 2XY8A 1S1UA 4IFYA 4DFMA 5HROA 4W5NA 1S1VA 3MXMA 1KTQA 2IOCA 4FLUA 4BDYA 1I39A 1S6PA 3RRHA 4E7JA 5JS1A 3QIOA 4KFBA 2G8UA 4FJIA 5FROA 3KK1A 4CJLA 4DFKA 1NK6A 3HYFA 3RMDA 4AHTA 4FJ5A 2D0BA 4CFCA 4M3YA 3HXMA 1BQNA 4E7KA 1KCFA 2FBXA 2OPQA 3V9UA 4CEQA 2VWJA 1HJRA 1VSDA 4CFDA 1X1PA 3S3OA 1SL2A 4DWIA 1DTTA 3AVHA 4IFVA 1JLEA 3VQ9A 3M8RA 4PWDA 1ITGA 4W5RA 4DFJA 4B9SA 4CJQA 4CK2A 4N76A 4ZTJA 2O4GA 2WOMA 1LWEA 1BISA 1WAJA 4PA1A 4Z0UA 3SUPA 3AO2A 3K2PA 2B4JA 1HNVA 1O1WA 3MEDA 4M45A 3SI6A 3ZSYA 4NCBA 1HPZA 4QOZB 1BIZA 3HSTB 3AVJA 3EZ5A 1NK7A 1BCOA 4FYDA 1T8EA 4B08A 2HHTA 3PO5A 1T7PA 1LAVA 4ID1A 4NCAA 5FDLA 3VQQA 4KTZA 2X74A 4DTXA 4DF4A 3LPTA 5SZTA 3NCIA 3THVA 1TL3A 4F4KA 3ZT2A 3L2QA 3EY1A 3SQ2A 2B6AA 1KLMA 3B6PA 1VRUA 4GMJB 2YHAA 3QEIA 4K8ZA 2HHVA 4DLGA 2VG7A 4CFAA 3I0RA 1C0TA 1RILA 4FW2A 4Q5VA 3TAQA 3S9HA 1J9AA 3V9WA 1U47A 1LWCA 4CK3A 3V6DA 3AVGA 3O4QA 4AHUA 3OYJA 4CHYA 4M41A 4DS4A 3WNEA 4F2RA 4CK1A 3UIQA 2HHWA 3ZT1A 1S9GA 4CJ5A 1UOCA 3DOLA 1WSEA 3DLKA 2HNDA 2KFZA 4AHCA 2PZSA 3HO1A 2DFHA 2HMIA 4CEEA 3O3FA 1RCHA 4KAZA 4KO0A 2FBYA 3NH0A 3OS0A 1LW0A 1U04A 4RG8A 2HVIA 4NYNA 3ZSZA 2Z1JA 1ASVA 4JLHA 4CE9A 4NCGA 1J54A 3NGIA 2YKNA 2HHUA 1SL1A 1NOYA 1N5YA 1S5JA 3AVLA 4DQQA 1RT1A 4DTRA 4AHVA 4OKJA 4O4GA 3CFOA 3NBPA 3OYHA 4BDZA 4DSJA 1WSJA 1S6QA 4IG0A 4Z4HA 3V9ZA 2YNIA 4HCBA 3KJVA 4JRPA 1JKHA 2Z1IA 5DMRA 4FJ7A 2PY5A 2YNHA 1U4BA 3RRGA 3VQAA 2KW4A 3OYEA 3PUFA 4DU4A 4FJJA 4ICLA 3ASMA 4CIEA 3QEXA 1KFSA 3SUNA 1RBUA 3MAQA 3WNFA 2XY5A 2X6NA 4M42A 1XHXA 3NGZA 5HRPA 5HRNA 4DQIA 4KV8A 3TI0A 4ID5A 4CHNA 1B9FA 1HRHA 4E7IA 1BIUA 1WAFA 5J2NA 4W5TA 4FJGA 3VQCA 4HCCA 4RW9A 4K8XA 3VQ4A 1XWLA 4CGIA 4CEOA 3O3GA 3NF9A 3SQ4A 3SUOA 4PY5A 2IDOA 4FJMA 3U3GA 4CJKA 4OPJA 1KRPA 4BWJA 4FK0A 1QQCA 1BHLA 1EKEA 2XRIA 3DI6A 4B9NA 3ZT0A 3TARA 3L8BA 1JXBA 1UA1A 1U49A 3L3UA 4KI4A 3D45A 1RTDA 4CJUA 2FC0A 4MFBA 2ATQA 3DRSA 4CGDA 3MXIA 1A5VA 1QHTA 3MEGA 4CGGA 4CEZA 3V9XA 3KTQA 1HMVA 4CGJA 2HB5A 4ELVA 3JYTA 3ZSVA 5DK5A 2ZQBA 2Y1JA 1WSGA 3AO4A 1G15A 4Z4CA 1NJYA 4CJTA 2IGIA 3P83D 1DLOA 4TSXA 4CJVA 4HTUA 1JLFA 1TK5A 4FLWA 1CZBA 2P51A 2QK9A 4OGCA 2HNZA 4H4MA 3VQPA 3QNNA 4L8RB 2P1JA 4KREA 4AH9A 4N5SA 3DRRA 1K6YA 4MQ3A 4W5OA 5HRRA 3TAMA 4DMNA 1SKSA 4IBNA 4B9TA 2FBVA 1ASWA 3KKSA 4FW1A 3TABA 1X9SA 3K58A 4B9LA 2AJQA 4H4OA 1C6VA 3LWLA 3VQ5A 3HJFA 4LH4A 4CIFA 4EP5A 1TKXA 3P1GA 5K14A 4C8MA 5J2MA 3CG7A 1WSFA 3HK2A 4DSLA 1Z25A 1WLJA 2P5GA 1C1BA 1YTUA 4OGEA 4EZ9A 4Z4EA 4Q0BA 4FM1A 1RDCA 1IH7A 1TVRA 4OPKA 2EHGA 3LAMA 4M3UA 1EETA 3DYAA 4CEFA 4RW6A 2ZE2A 3DLRA 1EXQA 4FLYA 4N41A 3OYKA 1XHZA 4B3OA 3DMJA 2ZD1A 1IKVA 2DFFA 4CEAA 3QERA 3KK2A 1NK4A 3ZSWA 1T05A 1HNIA 1IG9A 4M3RA 3VQEA 3SV4A 1TAUA 3KKRA 1LWFA 1F21A 4I2PA 3DLGA 1TAQA 3DLBA 4B9VA 2G8WA 3CFPA 1XI1A 1CXQA 3T3FA 4BDPA 4FVMA 1SKWA 4EZ6A 3E01A 2OPRA 3RMAA 3K5OA 3QEVA 4ZTFA 1VRTA 1FXXA 2ITGA 2JLEA 3VA3A 5KTQA 2B5JA 1RTJA 3F9KA 4F3OA 3LDSA 4F8RA 3VQ7A 4E3SA 3MECA 3LAKA 1BGXT 1TV6A 1LV5A 3OYAA 1QTMA 1YT3A 2YNFA 4DU1A 1XC9A 5KRTA 1RT3A 1VSFA 4I9LA 1SL0A 5J1EA 5I3UA 1VSMA 4OLAA 3OYGA 1QS4A 1IKWA 1Y97A 1JLQA 3AO1A 1JXEA 2G8KA 4LH5A 4BE1A 1KVBA 2HNYA 1L3SA 5HP1A 3LP2A 4FJHA 4N47A 2W42A 4J2AA 2PYLA 4RW7A 4B9MA 3LP3A 4HUFA 5C25A 3SYZA 1NK5A 1Q8IA 1CLQA 3BGRA 3OYIA 3I8DA 4J2BA 2KZMA 4FLZA 2A1SA 2RF2A 3G0ZA 1VK0A 1C1AA 3O4NA 1VSLA 2Z1GA 3V1OA 4HVJA 1WSIA 2BE2A 4KTWA 4E19A 4BE0A 1WNSA 1NOZA 3WNGA 3ZSOA 3JSMA 1S1TA 2BANA 3OYBA 1Q9YA 3OS2A 3OJUA 2OA8A 4FXDA 4LSNA 4XIUA 1RTHA 3PX4A 3SPYA 2IS3A 1JLGA 3L2RA 3OYCA 3TANA 1UWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QEP A;  4PHT X;  1K8A O;  4E0D A;  3CC2 N;  3WNH A;  3TSQ A;  5KRS A;  2FSN A;  3EO3 A;  4DQR A;  1HKB A;  1NJI O;  3TAG A;  3V9S A;  2Q2R A;  1WBB A;  4DR2 K;  4K41 A;  5EX5 A;  3RMB A;  1XUP O;  1NU0 A;  3MDQ A;  4FLX A;  2VG6 A;  1X9W A;  5AQI A;  3ID6 A;  1EX4 A;  4R79 A;  3FE1 A;  1JL2 A;  1TL1 A;  4XEI A;  3SBT A;  2HHX A;  4DQ8 A;  4LF5 K;  1RNH A;  1Q81 O;  1NKE A;  4HTL A;  5CYQ A;  1NGG A;  3EE9 A;  2RE2 A;  3PY8 A;  3TTF A;  4KB0 A;  4G1Q A;  3C7N A;  3VQ6 A;  4KRF A;  3LL3 A;  2X78 A;  4B1Y B;  1VQ4 N;  3P39 A;  5AQY A;  3K5N A;  2QTD A;  3UE5 A;  3SK3 A;  1NJW A;  2QWN A;  2XHB A;  4LF6 K;  3SQ0 A;  3G71 N;  4ZHR A;  3IRX A;  4CHO A;  5J2P A;  2VQE K;  1ZC6 A;  4HUG A;  3AVM A;  5SWM A;  2DY4 A;  4MLH A;  4E7L A;  3TAE A;  3OY9 A;  4DCH A;  1KSP A;  3FFI A;  4FPA A;  1VSH A;  1DTQ A;  1IKY A;  1FKO A;  1C0U A;  3T7Z A;  3HPO A;  3H3O B;  3M8S A;  2Q97 A;  3HPH A;  4QCL A;  1NGF A;  4YHH K;  3M5R A;  4CER A;  4K0K K;  1U48 A;  4E7H A;  1J5E K;  1TK8 A;  2OZS A;  2F96 A;  3NAE A; 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3ZSWA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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