3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
1C1AA 3VQPA 4E19A 2YV0X 4HHTA 1T7PA 1JL1A 3C94A 3ZT3A 1VRTA 5FRNA 1NKEA 3NAEA 3TAFA 2G8FA 1RDAA 1TKXA 3JYTA 3DLBA 3DLHA 3HVTA 4CEQA 3RRHA 4H8KA 4AHTA 4LH5A 2VG6A 3L2WA 3QNOA 3QETA 2G8UA 2JLEA 4KREA 2Y1JA 3MXIA 3LP3A 4Y1CA 4CJLA 1LWFA 3NH0A 2Z1IA 1B92A 4B3OA 3AVHA 4OPKA 4CFCA 1S6PA 5K14A 2OZSA 1GOCA 2E6MA 3AVFA 3DOKA 4FLWA 3KLHA 3QERA 4KI6A 4DSJA 1JLCA 2ETJA 4FJMA 2KFNA 1C6VA 4HUFA 1YTAA 3NBPA 3TR8A 3VQ4A 4JLHA 2BE2A 3QESA 4ELTA 3V9ZA 1BIUA 1JKHA 3ZSXA 3RMDA 4DG1A 4JS5A 4DU4A 3PO5A 1ZBIA 3SPYA 1U45A 3KIOA 1VSLA 1S5JA 4M3YA 4NCGA 4I7FA 1I39A 1BQNA 2KW4A 1HQUA 4AHSA 3RTVA 3AVAA 4DF4A 3SCXA 1TAQA 3UIQA 3U6FA 4M45A 2IC3A 1T03A 4J2DA 3LAKA 4ID5A 1KVBA 3PUFA 4CJKA 1VSHA 1C0UA 3OYGA 1NOYA 1VSMA 3KLIA 3MEGA 4CJ3A 3K58A 4B9VA 4ELVA 3HPGA 4QOZB 1NJYA 3SNNA 4H4MA 3DLRA 4EP5A 4RW6A 2WONA 1ZBUA 3FFIA 1IKWA 4M3RA 1NJZA 4PA1A 4B9LA 4B8AB 4Z4IA 1S1TA 3AVIA 3F9KA 3S9HA 1TKTA 5D3GA 1VSKA 2FBVA 3AA5X 4JS4A 1O1WA 4FLZA 1L3TA 1JLQA 3SV4A 2D0AA 4CGHA 3F73A 1KLNA 2A1SA 3V1RA 4FJHA 1QQCA 3IAYA 3SQ2A 2YKNA 2X6NA 1BISA 1Y97A 3NGYA 3L8BA 1RDDA 3MXMA 3NCIA 3CQ8A 2G8KA 4CEBA 3CM5A 1CXQA 4W5QA 1VSDA 3DI6A 3NFAA 2G8IA 4IDKA 3ZT4A 4FLVA 1HQEA 3VQQA 3WNGA 4PWDA 3ZSQA 5CY4A 2O4IA 1B9FA 3NHGA 1TKZA 4DQRA 3TI0A 2HHQA 3V1OA 4DS4A 5HP1A 5KGWA 4F2SA 1ZBHA 4DTOA 4DSEA 4KHWA 1YTUA 3NDKA 3C6UA 3P1GA 4YNQA 3G10A 4DU3A 4MFBA 4DTXA 5HRPA 1T8EA 2D0BA 4O0JA 4PQUA 1D9FA 4KKOA 3ZSVA 4FJIA 3K2PA 2HW3A 4KV8A 4KTZA 4B8CA 2G8HA 2XO7A 2ZQBA 3M8QA 4CHOA 5HBMA 4AHUA 2XY7A 1TK8A 3LPTA 4RW9A 2HVHA 3M8SA 1CXUA 1SL0A 3OYAA 5FROA 2F8TA 3THVA 4AHCA 2FBYA 1ASUA 3DLEA 4E1MA 1YT3A 1EXQA 1TVRA 5JS2A 2XY6A 4Z4GA 1FKPA 4CIEA 3VQ8A 2BDPA 2NUBA 1XHZA 1KVAA 5KTQA 3S3OA 3EZ5A 4Y1DA 1BGXT 1TL1A 2OPSA 3K5MA 4N76A 2OZMA 3ZT2A 3ZSOA 3L2VA 1KLMA 1W9HA 4B9MA 5FRMA 1KFSA 3MXJA 3M8PA 1HMVA 4C8KA 4IG0A 3ITHA 4CHQA 3O4NA 3TAGA 4HCCA 3VN5A 1RBUA 5HLFA 4CJWA 1JLEA 3LANA 1YVUA 4OGCA 2G8WA 3HP9A 1HYZA 2HHVA 4EZ9A 4CGGA 3OYKA 2A1RA 3JSMA 2BGGA 1X9MA 2E4LA 4XIUA 4HCBA 3HVRA 4E3SA 4DU1A 1WNSA 4FLUA 4LD0A 3QEIA 4M41A 1XHXA 3HSTB 3I8DA 1NK8A 4W5OA 2HHUA 4KAZA 3IRXA 4OKKA 4KB0A 1REVA 1WN7A 4I2QA 3K5NA 3U3GA 1S1UA 4E7LA 3NH2A 1D9DA 4KTWA 1L3VA 1FK9A 4FJ5A 4ELUA 1J53A 4N5SA 3SZ2A 3S3MA 4DTSA 1NOZA 1RT3A 3KK1A 3V9XA 4B9UA 3HYFA 4K8XA 1QHTA 4FK4A 3VQAA 1EX4A 3QNNA 2OA8A 4F3OA 1QTMA 4E89A 1R0AA 3OVNA 4B9TA 3ZSRA 1HPZA 1S1VA 1XWLA 4CECA 4CHNA 1N6QA 4NYNA 1GOAA 3KKSA 1RBRA 2YNIA 3EYZA 2PY5A 4OLBA 3KD1E 2X74A 3AA2A 3DRRA 4BDPA 1KVCA 3C6TA 4CERA 3KK3A 3VQEA 3IG1A 2E6LA 1TK5A 1WAJA 4KHQA 1LAWA 3OYFA 2HHTA 5CYQA 3AVJA 4FVMA 1L3UA 2XHBA 2RPIA 3KJVA 3ZSWA 3SUOA 1TL3A 3IS9A 1VK0A 4CCHA 3ZCMA 1NK9A 2KTQA 2HNDA 2RKIA 4CJTA 4NCAA 1LW0A 3OYCA 1L3SA 4M3WA 4M3TA 1NK6A 2QK9A 3AO3A 4O0IA 3TAPA 3LP2A 4QCLA 2GV9A 4OLAA 1JL2A 4KHNA 4AILC 3SUQA 4CK2A 2B6AA 3L3UA 3QEWA 1UAXA 3AVMA 1Z26A 1LWEA 4K8ZA 1BQMA 1S9GA 5KI6A 3LZIA 2BANA 4F8RA 1J54A 2JGUA 1ITGA 3QEXA 4BDZA 1S1XA 4CK1A 4I2PA 2XRIA 1RBTA 1D5AA 3DOLA 1IKYA 1TV6A 3ULDA 4IG3A 4CEAA 3SI6A 1FXXA 1GOBA 4CJ4A 4CGDA 3O3FA 3CFPA 1KRPA 4OKJA 5C25A 4CJFA 1NK0A 2X6SA 3K5LA 1RDCA 4BE2A 2FC0A 4DMNA 3OYDA 4BWJA 1SL1A 3HPOA 1Q9XA 1B9DA 1U4BA 1RILA 4HTUA 1XC9A 3HL8A 3DLKA 4DQIA 1MU2A 3VQ5A 1CZ9A 4RW4A 3RR8A 2GBZA 1RTHA 4DTUA 3QINA 3H08A 1HYVA 2KZMA 3LP0A 4E1NA 4J2AA 2XY5A 4FJXA 3RMBA 3AO2A 3PX6A 1NJXA 1Q8IA 3KKRA 2B5JA 3E01A 4FM0A 3NF8A 3B6OA 4OVLA 3WNFA 1NK4A 3AA3A 1QSSA 4CESA 3SQ4A 4DSKA 4M3UA 2DFEA 4RG8A 3VQCA 4DS5A 3OY9A 4CEOA 4AHVA 4TSXA 2IGIA 4W5NA 3L2UA 1ZBFA 2EX3A 4W5TA 1QSYA 3LDSA 5J2QA 4E7HA 4E0DA 1C0TA 4RW7A 5J2PA 3V9UA 3TAEA 5SWMA 2IOCA 4CGIA 1IKXA 4BWMA 3G0ZA 4E7KA 4LSLA 4CJUA 4DF8A 2B4JA 4G1QA 3L2QA 2D0CA 1S1WA 1IH7A 4CF9A 1C0MA 3DLGA 5I3UA 4FYDA 3K5OA 2XY8A 3K57A 1BL3A 4B9SA 1RT4A 2O4GA 4BE0A 4DQQA 2VWJA 3PX0A 3RMCA 3SJJA 2Z1JA 4LSNA 5DK5A 3SPZA 1ZBLA 2DY4A 4FJGA 1UA1A 4I9QA 4Z0UA 2P5OA 3LPUA 3L2RA 4KHSA 2ZD1A 3KD5E 3AVGA 1C1BA 5DMRA 3SUPA 1EP4A 3RR7A 5CZ1A 3WNEA 5E41A 1TAUA 4IKFA 4DLGA 3KLEA 3AVNA 4J2BA 2QXFA 2RF2A 4CJEA 1VSIA 2DFHA 4E7JA 4KO0A 5HRNA 3VA0A 2P5GA 4FK2A 3OS2A 2HHXA 1WSFA 4FLYA 1RNHA 3OYJA 4W5RA 3V9SA 3DYAA 1JXBA 2RN2A 3ISNC 4O44A 3D0PA 1C1CA 3CFRA 1A5VA 3SQ1A 4DFJA 2F96A 4R5PA 1HJRA 4DTJA 3AVCA 4FW1A 1L5UA 4DSLA 1WSIA 3CFOA 1X9WA 1TGOA 1X1PA 3MAQA 2ATQA 5CZ2A 2Q3SA 4DTRA 4FCYA 4CJVA 4O55A 4CGFA 4DSFA 5CYMA 4ZHRA 1ZYQA 1KSPA 3PO4A 4FZXC 4M3ZA 3HM9A 3MEEA 2YHBA 1HRHA 4IBNA 5KRTA 3AA4A 5J2NA 2GUIA 3I0RA 3HPHA 1DLOA 3DRPA 4F4KA 4FJ9A 2P1JA 3AV9A 1TKDA 3HO1A 4Q0BA 1RT1A 1U04A 1RCHA 1EETA 3I0SA 4GVMA 3OS0A 3V1QA 2PYJA 3TARA 1QE1A 4PY5A 3CYMA 2Y1IA 2Z1HA 4CJQA 4CGJA 4CIFA 1S9EA 3OYIA 4CIGA 2OPRA 2R7YA 3DMJA 4HUEA 3TWHA 4KFBA 4LH4A 4Q5VA 3CG7A 4DTPA 5FDLA 4CEDA 3K59A 2YNFA 4H4OA 4CK3A 5KGXA 4AH9A 2OPPA 3OS1A 4BDYA 1LV5A 4B08A 4FLTA 4EZ6A 3KK2A 3NF9A 1I3AA 3LWMA 1J9AA 1J5OA 4FJKA 1SKSA 3SUNA 3MEDA 4WE1A 1JLBA 1WSJA 4N41A 4DQPA 4RW8A 3O3HA 2HVIA 4CF1A 3V81A 2X78A 4EP4A 1SKRA 1KFDA 4FK0A 4PUOA 4ZTFA 1A5WA 2VG7A 3LALA 3T1AA 4FJ7A 3P83D 1T05A 2YHAA 4FJLA 3A2FA 1EKEA 4CFDA 2G8VA 3ALYA 4FM1A 5J1EA 4YFUA 1U48A 4HUGA 2YKMA 1NKBA 1RT2A 4CFBA 4CJRA 4DQSA 1WSEA 2IDOA 4Z4CA 3ZT1A 3KLFA 4KHYA 4ZTJA 4Z4HA 1RT6A 1QS4A 4OJRA 2ZE2A 1VSJA 4I9LA 1FKOA 4M3XA 1HYSA 1NK5A 4Z4EA 1SKWA 4FZYA 4GW6A 2AJQA 4HVJA 4FJNA 2YNGA 1ASVA 4OKEA 4CHYA 2DFFA 3MECA 3QIOA 4CHPA 5HRSA 5EU7A 3V9WA 4MQ3A 1SUQA 4CEFA 3OJUA 3VA3A 1BCMA 1D8YA 2VG5A 1RT7A 4DTMA 2OPQA 3LWLA 1ASWA 1S6QA 2Z1GA 4KPYA 1KCFA 1CZBA 1RTIA 1UOCA 3VQBA 4ID1A 4C8LA 4M42A 3OJSA 2VWKA 3QLHA 3TAQA 1JLGA 2LSNA 1WLJA 4CF8A 1IG9A 3OYNA 1VRUA 3AVKA 1N5YA 4FZZA 4F3TA 1K6YA 2HNZA 2IS3A 1WSGA 3LP1A 1LWCA 1RDBA 3NF6A 4GMJB 4NYFA 3O3GA 4DWIA 4KI4A 3SYZA 3SV3A 2DTUA 1WSHA 2IAJA 4N56A 5J2MA 3RWUA 1LW2A 2YNHA 3AO1A 3DRSA 2PZSA 1A5XA 4FXDA 2OYQA 1IO2A 1KTQA 3C95A 5T7BA 3QO9A 4JRPA 3RMAA 3L3VA 1W0HA 4CEZA 4UQGA 3QEVA 3ZSYA 3NE6A 1VSFA 3HT3A 1JLFA 3KLGA 3PX4A 3RRGA 3D45A 5KRSA 4Z4FA 3VQ7A 3HK2A 4KRFA 2P51A 3HP6A 4FM2A 3OYEA 3M8RA 4OGEA 4DFPA 1JXEA 2HNYA 1XI1A 1HNVA 3WNHA 3OYHA 3V6DA 2HHWA 5C42A 3TABA 4CE9A 1X9SA 5JS1A 1BI4B 3CM6A 2HHSA 3HXMA 3LAMA 4IFYA 4FJ8A 2FBTA 3HJFA 3AO5A 1LAVA 4DTNA 1BI4A 2PYLA 3T3FA 1IKVA 4CJ5A 4CEEA 1CLQA 3O4QA 4C8NA 3SQ0A 1RTJA 1WAFA 2D5RA 4LY7A 3PV8A 2QKKA 3KTQA 4KB1A 2KQ2A 3AVLA 3VQ9A 1DTTA 3QEPA 4J2EA 1G15A 1RBSA 1Z25A 3QIPA 4KHUA 4ICLA 4IFVA 3OYMA 1BCOA 1BIZA 5I42A 4BACA 5C24A 4KTQA 3B6PA 3AO4A 3T19A 3P5JA 4FW2A 4L8RB 1RT5A 1HNIA 3ZSZA 4CJSA 3NH1A 3EY1A 4DLEA 1F21A 3PY8A 2F8SA 3DM2A 3TANA 4DSIA 1BHLA 3S3NA 2WOMA 3BDPA 4E7IA 1NK7A 3AVBA 1UWBA 2ITGA 4AHRA 1UA0A 4JRQA 1RTDA 3ZT0A 4QAGA 3OYBA 2KFZA 3TAMA 3NGIA 1RBVA 4O4GA 4DFMA 5HROA 3OYLA 4C8MA 3NGZA 5HRRA 1TK0A 4B9NA 4CJPA 1NKCA 4FJJA 4CF0A 3V4IA 1SV5A 3VQDA 4OPJA 4DFKA 2FBXA 2W42A 4F2RA 1DTQA 3NF7A 2I5JA 1QSLA 3BGRA 4CHZA 4FLXA 4C8OA 4O5BA 1U47A 2HMIA 4CF2A 1JLAA 1VSEA 3LZJA 3U3YA 2QKBA 1Q9YA 2KZZA 2EHGA 4CFAA 3ASMA 1U49A 2HB5A 4N47A 4BE1A 1SL2A 4NCBA 1NJWA 5SZTA 3VQ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ATRA 3VQPA 1T7PA 2V52B 4JI7K 3DLBA 4CEQA 3RRHA 3QNOA 3L2WA 2G8UA 3MXIA 3P31A 3LP3A 3NH0A 1B92A 4B3OA 3U4LA 4H0PA 5DM7L 3AVHA 1BOTO 1S6PA 3DOKA 3QERA 3D7EO 4FJMA 4HUFA 3VQ4A 2QXLA 4ELTA 1IJJA 4DU4A 1ZBIA 3SPYA 1J5EK 2IIRA 4IJAA 2E2NA 4DF4A 5M1NA 1TAQA 1K8AO 2IC3A 5AQFA 3LAKA 3PUFA 4NXNK 1VSHA 3OYGA 2ZM6K 5LJWA 4ELVA 3MEGA 3K58A 5BRFA 4RW6A 1IKWA 4BVPA 4DB3A 4PA1A 1NG9A 4KHPK 4Z4IA 4U67L 1NWKA 4K41A 1NGHA 2FBVA 4LF8K 2D0AA 1MWKA 3F73A 4DV2K 2A1SA 1NGIA 3T7ZA 4OO1J 4K25A 4DV0K 3CM5A 4FWLA 4BY9C 5AQZA 4WF9L 3O4WA 2G8IA 3WNGA 5CY4A 4JKCA 3ATVA 4BRAA 4DQRA 2HHQA 3TTCA 4JI0K 5KGWA 1ZBHA 2E8AA 4DSEA 4KHWA 1YTUA 4H5NA 4BRMA 3CCMN 3NDKA 2NRTA 3TTDA 4B1VA 4CJ7A 4BC5A 1T8EA 4JKGB 4O0JA 4NXMK 4KKOA 3ZSVA 4B8CA 4PKGA 2G8HA 2XO7A 4LFCK 3M8QA 5HBMA 1QZ6A 3LPTA 3HSCA 1SL0A 3T1YK 4CZJA 2QWPA 2CGJA 4AHCA 2ZJQL 4BRGA 1EXQA 1TVRA 2XY6A 3UE5A 2UUCK 4CIEA 2BDPA 1KVAA 4JYAK 3S3OA 4Y1DA 1YXQA 1T3VA 2CH6A 3WT0A 2OZMA 3L2VA 3ZSOA 1NMDA 4B3TK 4IG0A 4CHQA 3O4NA 4EFHA 4U7BA 4HCCA 3VN5A 4CJWA 1QQOA 1VQLN 4OPHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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