3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
3QEPA 3ZT0A 1JXEA 1Z26A 1UOCA 3ITHA 4OGCA 3TAEA 2X6SA 2PY5A 4HUGA 4C8MA 3QIOA 4M3YA 4KHSA 2NUBA 3KJVA 3S9HA 1U49A 4C8LA 3VQAA 1ZBUA 4W5OA 2YHAA 1BGXT 4HVJA 1L3VA 3TAMA 2G8FA 1BCMA 2Z1JA 1I39A 4LH4A 4E7JA 4DSIA 5SWMA 4CEAA 1S9GA 4BWJA 4FLWA 4DU4A 3NFAA 4I7FA 1VSHA 3AVAA 4FJ5A 3O4NA 3F9KA 3SI6A 3LPUA 1LW2A 3NF8A 3RR8A 1N6QA 4WE1A 4CIGA 2HHQA 3AV9A 1RT4A 4B9UA 5CYQA 4KHWA 4CHOA 3LP3A 4RW7A 4B9MA 4CHNA 1NJXA 1RBUA 5HRPA 3V1OA 1S1TA 2F96A 3B6PA 4BE2A 2ZD1A 1Q9YA 4CK3A 2GBZA 4FLXA 3SNNA 1N5YA 4LY7A 4ELTA 4Y1CA 1BQNA 3MXJA 4FCYA 3SYZA 1NJWA 5KGXA 4OLBA 4CFBA 4CK1A 4OJRA 4XIUA 3NDKA 4FJMA 1F21A 3LP0A 1U48A 3C94A 4ICLA 4CJPA 1VRUA 1RDBA 4J2EA 1VSFA 3ZSOA 3OY9A 1NK8A 3ULDA 1XI1A 2KFNA 3TABA 3THVA 4B8CA 1JLFA 2OA8A 1TL3A 1TK0A 4EZ9A 2ZQBA 4Z4GA 4DFKA 4FLVA 4B9TA 3SPYA 3L2RA 4RW8A 4QCLA 3V6DA 1BISA 1TKDA 3DLBA 2KTQA 4BDYA 2WOMA 5CY4A 3ZT3A 4DFPA 3TAGA 4PUOA 4AILC 1HRHA 2X74A 4FM2A 4QAGA 4CESA 4E19A 4CJ3A 2D0CA 1SL2A 3NH0A 5D3GA 1TV6A 1SL1A 4IFVA 1LWFA 2IDOA 1HMVA 1BL3A 2E6MA 4N47A 4M3TA 2VG5A 4KV8A 1SKWA 1J53A 1RBVA 4FM0A 3PO5A 1ZYQA 4FJJA 3HPGA 4DTRA 4Y1DA 1FKPA 3PUFA 3SQ1A 1B9DA 1U04A 2YKNA 4I2PA 4CHYA 1BHLA 4KRFA 4GVMA 2E6LA 4CF8A 3VQCA 1WLJA 1RDCA 1W9HA 3P83D 4HTUA 1NK5A 1EXQA 3QEWA 1LWCA 4BE0A 3AO4A 3O3FA 4FLUA 3NGYA 1WSGA 4CERA 4F4KA 1KVAA 1S1VA 1O1WA 1WNSA 3I0SA 1J9AA 1UAXA 4KKOA 4NYFA 5DK5A 2IOCA 4CGGA 4CJEA 3HJFA 4UQGA 1ASUA 1RILA 3VQQA 3NH2A 4E7LA 2HHTA 3OJUA 2YV0X 1VSLA 1WAFA 1IH7A 1LAVA 2FBYA 4K8ZA 4C8OA 3V4IA 1KLMA 1Q9XA 4IG3A 1L3SA 3RR7A 4ID5A 1LV5A 1QSLA 3RMAA 1CZ9A 4F3OA 1UWBA 1KFDA 3ZSWA 3EYZA 3KTQA 4KTQA 3VQBA 3V9SA 4CJFA 1JL1A 2BE2A 1VSMA 3AVKA 5CZ1A 5CYMA 2OPSA 2BANA 2ZE2A 4I2QA 4KHUA 3AVBA 2OPQA 1REVA 4DQSA 1NOZA 1WN7A 3V9WA 3M8QA 4MQ3A 4Z4HA 4ZTJA 3ZT1A 3VQ5A 1S1XA 1KVBA 3AA2A 3QNOA 2Y1JA 3NHGA 1VK0A 1HJRA 1T05A 1RTJA 1I3AA 4KTWA 1A5WA 2A1RA 5SZTA 3I8DA 1YTUA 3LWMA 4JRPA 4CJQA 1JLQA 1IKWA 2HNDA 1TK5A 2ETJA 2RPIA 4HCBA 1EP4A 1JLCA 5FRMA 1BI4B 5C24A 4CEOA 4OKKA 4EP5A 2OZSA 4NCBA 3VQ9A 3HP6A 1S1WA 1WSFA 1NK0A 3C95A 1D9FA 4FK0A 4FK4A 3QINA 1QS4A 3L2VA 3L2UA 3S3MA 2BGGA 5J2QA 4E0DA 3PX4A 3MEEA 3LZJA 4H8KA 1QSYA 4FLYA 1HYSA 3WNGA 3KK2A 4B9NA 1RT2A 3AA4A 2DY4A 3H08A 3TI0A 1MU2A 4NYNA 5DMRA 5K14A 3SV4A 3SUNA 1X9SA 5I3UA 4IFYA 4J2BA 3K5LA 1LW0A 1RT6A 4DS5A 1RTIA 4W5QA 4YNQA 1ZBLA 2DTUA 3CM5A 4E89A 3K59A 1NKBA 2P5OA 4KHQA 4J2DA 1WSJA 4E1NA 3CG7A 1RBTA 1GOAA 3AO5A 3OYAA 4B9SA 2HVHA 2HW3A 3O3HA 3IRXA 1R0AA 1BIZA 4RW4A 1SV5A 1NJYA 1ASWA 1NK9A 3C6TA 4CF2A 3M8SA 4KI6A 3SV3A 3LP2A 4M3RA 4W5RA 3DLKA 4Z0UA 3SJJA 3NBPA 3DMJA 4Q5VA 3AVHA 1X9MA 5HP1A 5FDLA 1CXUA 1U4BA 4RW9A 3WNFA 4CHZA 2XY5A 2G8VA 1ZBHA 3U3GA 3DM2A 3TAFA 4FJLA 2P51A 1VSJA 1A5VA 4KB0A 3L8BA 2ITGA 3SQ2A 3E01A 2HNYA 3V81A 4QOZB 2HMIA 4B8AB 1VSKA 4DTPA 4AHCA 1D9DA 4N76A 3V1QA 2HHVA 4CJLA 3F73A 2E4LA 4F8RA 1BIUA 5KRSA 1C0TA 4IG0A 4CIFA 4DLEA 4Z4CA 1XHZA 3LANA 2QKKA 4MFBA 1KCFA 1B9FA 5I42A 4HCCA 2JGUA 4KO0A 4C8KA 4FJKA 1RBSA 1VSDA 4CJUA 4KHNA 2QKBA 2XY7A 4GMJB 4PQUA 2Y1IA 4DWIA 4FJIA 4CEEA 2VWKA 4CHPA 2YNGA 4YFUA 4ZTFA 1FK9A 4LSLA 1C0MA 2ATQA 1RDAA 3MXMA 1EETA 3AVGA 4N41A 4FJ8A 4OLAA 3AO1A 3HT3A 2XRIA 3DLEA 3HP9A 3CM6A 1DLOA 3MECA 4CJKA 4FM1A 1T8EA 4FYDA 5E41A 4CJ5A 1T7PA 4N56A 4ID1A 3HXMA 3TWHA 3WNHA 5HRNA 3IS9A 2Q3SA 4CGHA 3SQ0A 2W42A 3EZ5A 2O4GA 2WONA 4PA1A 3M8PA 1RT5A 4LD0A 3PY8A 4DTJA 1U45A 4FZXC 1TAUA 4KTZA 3LZIA 1NOYA 2PYLA 2DFEA 3QEXA 4HUFA 1X9WA 1EKEA 3FFIA 4DTSA 3KLGA 4AHTA 2KW4A 3SZ2A 3D45A 2XO7A 3L2QA 4JRQA 4CJSA 1XWLA 5J1EA 3VA3A 3RMBA 1SKRA 1IG9A 3EY1A 3KD5E 3L3VA 4PY5A 3HVRA 5CZ2A 4FLZA 3BDPA 3OYDA 2YNFA 3PX6A 2RF2A 3AVFA 1DTQA 1Y97A 3PX0A 2Z1GA 3HSTB 3QLHA 4CE9A 3OYIA 4DMNA 3RRGA 5HLFA 3KK1A 2HB5A 3AVMA 3KKSA 3OS1A 2OYQA 4FJ9A 3VQDA 1ITGA 3ZCMA 3TR8A 1C1AA 3TARA 4CK2A 4FLTA 1QE1A 4M3WA 2D0AA 3OJSA 1JLAA 4LH5A 1L3UA 4CEFA 1KLNA 3P1GA 3ALYA 3P5JA 1CLQA 1RDDA 1RTHA 2FC0A 3JYTA 3ISNC 1NK6A 4FJNA 1WSEA 1D5AA 4FW2A 1ZBFA 3ZSQA 4DTUA 1BI4A 4AHUA 2VG7A 2VWJA 2FBVA 5C25A 2D0BA 3ZSYA 1CZBA 1FXXA 1S1UA 3LALA 4O0JA 4KAZA 5JS2A 5KTQA 3OYFA 4DTOA 1TK8A 4IKFA 2B4JA 3T1AA 1KRPA 4M41A 4CEBA 4W5TA 2G8IA 2A1SA 1C6VA 2R7YA 2RKIA 4DTNA 2G8UA 3NCIA 3CYMA 3RRHA 4DQIA 4AHSA 1K6YA 4M3ZA 1XC9A 5C42A 4JS4A 4O44A 4HUEA 1QQCA 1EX4A 3QO9A 3KLEA 3QEIA 1T03A 2KZMA 3AA3A 2XY6A 3OYEA 3IG1A 4KB1A 3A2FA 4O55A 3L2WA 4DSEA 5FROA 4I9LA 1UA0A 1ASVA 1YT3A 4CHQA 4FW1A 4CCHA 3ZSXA 4E7IA 4R5PA 4O0IA 1QHTA 1VRTA 4CEDA 5HBMA 3K5MA 1NKCA 3CFPA 3OYNA 4FJXA 4DQPA 2YKMA 4B9LA 1LWEA 4FJGA 1C1BA 3HPHA 4FVMA 3V9XA 3SUOA 3AO3A 3OYGA 4LSNA 1WSIA 3IAYA 4FK2A 3HVTA 3NF7A 2B5JA 3V1RA 4AHVA 2DFHA 3BGRA 3AVJA 2EHGA 2QXFA 4TSXA 3NE6A 1HNIA 4M3XA 1VSIA 1KSPA 3KKRA 4CECA 3RTVA 3DOLA 4O4GA 1HQUA 3KD1E 4W5NA 3K5OA 3ZT4A 3ZSVA 3NF9A 1XHXA 3OYLA 1JL2A 4AH9A 1QSSA 3S3OA 3AO2A 4E1MA 1BCOA 2LSNA 4CF1A 3OYHA 3AVCA 4JLHA 3CFRA 4BE1A 3QETA 3SQ4A 4Z4IA 3DLHA 3UIQA 4FZYA 1RCHA 4DF8A 4E7HA 3LAKA 3G10A 4H4MA 1C1CA 3QERA 1U47A 4ZHRA 4EP4A 4HHTA 1IO2A 2IS3A 4CIEA 3SUQA 3MEDA 1UA1A 4IDKA 2YHBA 3WNEA 1RTDA 3DRPA 1NKEA 1FKOA 4G1QA 4RW6A 3LWLA 3TANA 2XY8A 3VQ7A 3NGIA 3K58A 1D8YA 4DSFA 3T19A 3NH1A 3OYMA 4I9QA 3OYCA 1J54A 3SUPA 3ZSRA 3HPOA 3I0RA 2HHWA 1WAJA 3QESA 3LAMA 3C6UA 4CGDA 3CQ8A 2IC3A 1QTMA 4DFMA 4OVLA 1WSHA 2B6AA 3AVIA 4KFBA 4O5BA 5T7BA 4FZZA 5J2PA 2O4IA 2FBTA 4KPYA 1X1PA 2VG6A 3DYAA 3K2PA 3D0PA 1S9EA 4DU1A 3DI6A 4KI4A 2X78A 1KTQA 2P5GA 4CFDA 4CJWA 3PV8A 4FXDA 3DRSA 3MEGA 1GOCA 2D5RA 4JS5A 4NCGA 4OGEA 4DG1A 2AJQA 1HYZA 3ZSZA 4F2SA 3VQEA 4GW6A 1TKXA 2Z1IA 4B08A 2GUIA 1C0UA 1Z25A 4CJTA 4IBNA 4CJ4A 3LDSA 4DFJA 1JXBA 3AVNA 4CJRA 1IKVA 1HNVA 1IKYA 3VQPA 1RT7A 2HVIA 4EZ6A 1TL1A 1RT1A 5HRRA 4CFAA 3DOKA 1BQMA 4DTMA 3AA5X 3KLHA 1NJZA 2OPPA 1LAWA 1W0HA 4ELVA 5J2NA 3SCXA 4DSKA 1SKSA 2HHUA 1VSEA 3K5NA 3K57A 4DU3A 2P1JA 3MXIA 2QK9A 3V9UA 3B6OA 3OS2A 2F8SA 4B3OA 4OPKA 5EU7A 4CGIA 4KHYA 4BWMA 1SL0A 1ZBIA 4PWDA 1JLBA 1GOBA 4OKEA 4CEQA 3KLFA 2KQ2A 2JLEA 3S3NA 4FJ7A 3VQ4A 4CFCA 4OPJA 4CGJA 3VA0A 1HPZA 4H4OA 4E3SA 2X6NA 3MAQA 4KREA 3G0ZA 3U3YA 4BDZA 1HQEA 4NCAA 3DRRA 4RG8A 3NGZA 4BACA 4CGFA 3PO4A 1JKHA 2EX3A 3RMCA 1JLEA 2HHXA 1S5JA 3ZT2A 1DTTA 5HRSA 4CF0A 3VQ8A 4J2AA 1JLGA 2OZMA 1NK4A 1IKXA 2XHBA 4Q0BA 1SUQA 1B92A 5KI6A 1L5UA 3LPTA 2RN2A 4Z4EA 4Z4FA 5KRTA 3VQ6A 4BDPA 1S6PA 3CFOA 3DLGA 1KFSA 3NAEA 3NF6A 1S6QA 3LP1A 5J2MA 1HYVA 4F3TA 2GV9A 3ASMA 1TKZA 4M45A 2OPRA 2PYJA 3L3UA 4C8NA 2YNIA 1TKTA 3V9ZA 3U6FA 4K8XA 4L8RB 3RMDA 2HNZA 2F8TA 3KK3A 4DSJA 2KFZA 5FRNA 4AHRA 1G15A 3O4QA 4E7KA 3HM9A 3KIOA 3T3FA 4CEZA 4DSLA 4N5SA 3O3GA 3HL8A 2IGIA 1NK7A 2G8WA 3HK2A 3AVLA 3QNNA 4CJVA 5KGWA 1Q8IA 1CXQA 4OKJA 1RNHA 3OVNA 1KVCA 2I5JA 2IAJA 3DLRA 3TAQA 4M42A 1YVUA 2YNHA 4CF9A 1YTAA 3QEVA 2PZSA 1TAQA 3VN5A 4F2RA 5JS1A 2KZZA 1TVRA 3JSMA 1L3TA 2G8HA 2DFFA 3HO1A 4B9VA 3SPZA 3RWUA 4FJHA 3TAPA 3OYKA 3HYFA 4DF4A 3OS0A 4DS4A 2HHSA 4DLGA 2FBXA 2BDPA 5HROA 4ELUA 3OYJA 3OYBA 1RT3A 3M8RA 1J5OA 2Z1HA 1RBRA 1A5XA 1TGOA 2G8KA 4M3UA 4DQQA 4DQRA 3QIPA 3KLIA 4DTXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C65A 3ITHA 2X6SA 4C8MA 3QIOA 3O9RA 2A42A 3S9HA 1U49A 4C8LA 4K0KK 3VQAA 4YOYA 2YHAA 1BGXT 2OCEA 1YUWA 4HVJA 2G8FA 1CZAN 2Z1JA 3CMAN 4GKKK 4DSIA 4DU4A 4CEAA 4FLWA 4I7FA 5ADXH 3EKUA 4CIGA 4B9UA 4RW7A 4M7XA 3D2FA 4BRHA 4FLXA 1NJWA 5AQJA 3CQXA 1F21A 3WXIA 1S72N 1K8KA 4J2EA 3HSCA 3ULDA 3TABA 1TL3A 4EZ9A 2ZQBA 4Z4GA 4FLVA 4RW8A 3CIPA 3DLBA 4BDYA 4DFPA 4PUOA 3TAGA 3ZETB 4E19A 3F5TA 4BRDA 3NH0A 2IDOA 4M3TA 4N47A 2VG5A 4FM0A 1YIJN 3O5BA 4DTRA 1JCGA 1B9DA 5BR9A 4CD3A 4CHYA 2E6LA 3VQCA 1WLJA 3P83D 1NK5A 1EXQA 3ID8A 2IIRA 3SAHA 1WSGA 1KVAA 4FOIA 3O9TA 4DV1K 5DK5A 3VQQA 4E7LA 2HHTA 3OJUA 1VSLA 1NMDA 1Q9XA 3RR7A 1LV5A 3RMAA 1WOQA 1T6DA 1KAZA 5FPNA 4CZIA 3VQBA 3V9SA 1C0FA 3CC7N 1VSMA 4ILGB 5BN8A 4FWOA 1OH5A 5AQWA 2P9NA 2W6LA 2ZE2A 2OPQA 4IEEA 1NOZA 1WN7A 3F9MA 3M8QA 3V9WA 4DQSA 1IG8A 3ULEB 1T05A 3WQTA 1RTJA 4KTWA 1YTUA 3HOSA 3O08A 4A5AA 3LWMA 2JWKA 3GOIA 4NLBA 2ETJA 2RPIA 3CC4N 4HCBA 2PAVA 1BI4B 5C24A 4CEOA 4OKKA 4B3MK 3VQ9A 4C1NI 1WSFA 3S3MA 1QS4A 3U4LA 3PX4A 4KH4A 3LZJA 4FLYA 4DQ8A 1MU2A 2V52B 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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