3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
3PUFA 3RWUA 1LWFA 4CJFA 3DLRA 1DLOA 3O4QA 3V1RA 4B08A 1QSLA 1BCMA 3V1OA 4JRQA 3AVHA 3QEVA 4B3OA 4I9LA 4AHTA 1LW2A 4DTMA 2OZSA 3A2FA 4CEDA 1RTIA 1NK5A 3RMCA 4N41A 3MEEA 4DFMA 1UAXA 4W5NA 1EKEA 4PA1A 4OKEA 1U4BA 2ETJA 1W0HA 3ISNC 4L8RB 2DFFA 3BGRA 3T19A 4CGGA 4TSXA 3HP6A 3TI0A 4HHTA 3SPYA 4FJIA 3M8PA 3IAYA 4PUOA 3HO1A 3NH1A 1ASWA 4OVLA 4NYFA 3LZJA 2OPPA 3VQ8A 3LP1A 2LSNA 3AVAA 4E19A 1S1WA 1YVUA 1VSDA 1R0AA 4FJXA 1CXQA 2IS3A 3AO3A 4B9SA 3MXMA 3P83D 4QCLA 1Q8IA 3SUNA 3RRGA 4IKFA 4NCAA 4DS5A 1S6PA 4DU1A 4KHYA 4M42A 1S5JA 4CK2A 1XC9A 3LPTA 3C95A 4CGHA 3ZSXA 3KLEA 3DLKA 4FZXC 2YHAA 4KTQA 3V9XA 5JS1A 1TL3A 1B92A 1VK0A 1ZBLA 3C94A 1L3TA 3NGYA 3KJVA 3ZT2A 4FJ9A 2FC0A 1WAJA 1BQNA 1S1VA 4CEOA 4E1NA 3KD1E 3ZSOA 1FXXA 2VG7A 1L3VA 4J2BA 4OKKA 1HNVA 2ZE2A 3HK2A 1RT4A 3AVIA 1NOZA 1JLFA 3K59A 3C6TA 4H4MA 4CGIA 3B6PA 4NCBA 5C24A 1U47A 3HP9A 3S3MA 3KKRA 2YNIA 3VQ9A 4BE2A 5HLFA 2O4IA 1WNSA 4ICLA 5KRTA 1HQEA 3DM2A 2Z1IA 2B4JA 4G1QA 1TKZA 4DSEA 3SI6A 1KRPA 1T7PA 3DRPA 3EZ5A 4FM1A 1S9GA 1ZBUA 2IGIA 4Q0BA 3NAEA 3SQ4A 1VRTA 4KHUA 1BCOA 1JLAA 4E3SA 4GW6A 4KKOA 2P5OA 4M3UA 4IFVA 2YNGA 1RDAA 1I39A 3AVJA 4AHUA 1TK8A 1NKEA 4JS4A 1BI4B 4O4GA 4HVJA 3RMDA 2KW4A 4IDKA 1YTUA 4ID1A 1KVBA 2OPRA 3M8RA 4UQGA 1J5OA 4CK1A 3ITHA 3PV8A 4KPYA 1TAUA 3C6UA 1RTJA 1SV5A 3TAEA 3QEWA 2Y1JA 1A5VA 4FJJA 4DSFA 2RPIA 2QKBA 1D9DA 1JXBA 3SQ2A 1QS4A 3DOLA 1RDCA 4CHPA 4CIEA 4FLYA 1SUQA 3V6DA 2XHBA 4FJ5A 3OYJA 2B6AA 5CY4A 4DTXA 4JS5A 4W5QA 1TKDA 1HNIA 1X9MA 4KB1A 1TAQA 4FLZA 4ELVA 1NOYA 4FLWA 4FJKA 4MFBA 1J54A 4RW4A 5SWMA 5CYQA 5FRMA 2JGUA 4FLTA 4K8XA 4CJRA 3DRRA 4K8ZA 3P5JA 1IKWA 3LPUA 4FYDA 1Y97A 3KD5E 1RTHA 1S1TA 4DQQA 3L2UA 4F2RA 3PO4A 2HVHA 2F96A 1RBRA 4CGFA 3TAMA 4CEAA 1JLCA 4Q5VA 4FLUA 3VA3A 4M3WA 1UA1A 3SPZA 2Z1GA 4ZTJA 5SZTA 3RR8A 2VG5A 4KV8A 5CZ2A 3I0RA 3OS0A 4CJQA 5I3UA 1N5YA 3ZSYA 3MXJA 4CFDA 3DLEA 3OS1A 3THVA 4FZZA 3ULDA 1LAVA 1RT3A 1NJYA 4FCYA 3HPOA 1U04A 4LD0A 1TKTA 5JS2A 4CIGA 3SZ2A 1LAWA 3DOKA 4B9MA 4HCBA 4C8NA 1C0UA 3VQAA 3HVRA 1KLNA 4B8CA 3LANA 1D5AA 4E7JA 1FKPA 4ELTA 4FJNA 1IKYA 5K14A 4DTPA 1B9FA 4KB0A 4KFBA 1RT7A 1VSLA 4N5SA 1YT3A 3AVFA 1WSEA 2KQ2A 3CYMA 1HYSA 2RKIA 5J1EA 2P51A 3RTVA 3CM6A 3OYEA 3L2WA 3SQ1A 3VQ7A 4C8OA 2YKMA 3F9KA 3BDPA 3ZT1A 3AVCA 4MQ3A 4EZ9A 3OYCA 2HHQA 4O0JA 1JXEA 2OZMA 3ZT4A 4CEFA 3CFPA 2G8KA 2OA8A 2HHWA 4BWMA 1S1UA 4FXDA 1WN7A 4BE1A 5C25A 3KK1A 1SL1A 4N76A 5HBMA 3VQPA 3ZSWA 1VSMA 4DTNA 4GMJB 3LAMA 4CHQA 3TAPA 2E4LA 2HHXA 3LP2A 3VQ6A 2YHBA 4FZYA 3AA2A 4KHQA 4KI4A 4FJGA 1YTAA 3U3GA 3T1AA 4HUEA 3QIPA 2XY5A 3SNNA 1XWLA 1W9HA 1LWCA 3HXMA 1UOCA 3QEPA 3TR8A 3K5MA 3HM9A 4AHRA 2FBVA 2EX3A 3V9WA 4CF0A 2GUIA 2E6MA 1VSJA 3QIOA 4QOZB 1FKOA 3NCIA 2X6NA 3KLIA 3KLFA 4DLGA 2FBTA 1EETA 3G0ZA 3OYDA 1QSSA 4KHSA 4F4KA 5T7BA 4DTSA 3HSTB 3SQ0A 1NJWA 4CK3A 1X1PA 4DF4A 4B8AB 3E01A 2A1RA 4I2QA 3T3FA 4IFYA 1S9EA 2R7YA 4E89A 5FDLA 3NDKA 5CYMA 1RBVA 1WSHA 4Y1CA 3CFOA 4CJTA 2DFHA 3HVTA 2QK9A 4FM2A 1F21A 4HUFA 2D5RA 4OGEA 4W5OA 1EXQA 4Z4IA 3JSMA 1HPZA 3I8DA 2G8HA 4AILC 4N56A 1KVCA 4CECA 4CJ4A 1HYZA 2PYLA 2F8SA 1X9WA 1BIUA 3OYNA 3L3UA 1DTTA 3QNOA 4QAGA 4J2DA 1C1CA 1L3UA 1VSHA 3LZIA 1N6QA 1RT6A 1ASUA 1SKSA 3WNFA 1LW0A 3VQEA 1HMVA 3F73A 4HTUA 4CJ5A 2OYQA 3S3OA 3ZSRA 4DQRA 3L3VA 4CF2A 4E7IA 2RN2A 4CJVA 2Z1HA 3NHGA 3MEGA 5KTQA 2HHTA 4IBNA 1XHXA 4RW9A 4CFAA 4KAZA 4FM0A 3VQ4A 3ZCMA 2IDOA 1DTQA 3V9SA 2XO7A 3V1QA 4BACA 2XY6A 2HHUA 4PWDA 1G15A 1C1AA 4HUGA 1SL0A 2BANA 4KRFA 3I0SA 2HW3A 4FW2A 1O1WA 4DU3A 3AO4A 4O44A 4F8RA 2G8UA 2ITGA 1C6VA 3AVGA 1A5WA 4EP4A 4KREA 4DFPA 1HRHA 1BISA 3K58A 3KK3A 4DSIA 1BGXT 3SUOA 4O55A 4B9VA 3OYAA 2YNFA 4PY5A 2X74A 3QLHA 2HNDA 4W5RA 4WE1A 1JL2A 4I2PA 4CJLA 3O4NA 4RW7A 4OPJA 1LV5A 3ZSQA 1SL2A 4NCGA 1JLQA 3TAGA 1L5UA 4FJ7A 4CFBA 4KI6A 2KZMA 4AHSA 4M41A 3OYIA 1XI1A 4YNQA 3SYZA 4FK4A 2DY4A 4CJSA 1HJRA 5HRRA 4Z4EA 2Q3SA 4CJWA 4CHNA 4CGDA 3IS9A 3L2RA 4DWIA 4B9NA 5KRSA 1B9DA 2HNYA 4M3TA 4E7HA 3HPGA 3KTQA 2NUBA 4DTUA 4DSKA 4CF8A 2ZQBA 3LALA 4JLHA 3AVLA 3LDSA 1U49A 4Z4FA 4IG3A 3SV4A 3D45A 1TL1A 3OYGA 2XRIA 1TKXA 1VSFA 3O3FA 5DMRA 3VQ5A 3LWMA 2A1SA 3O3HA 5KI6A 1NJZA 4FJHA 2D0BA 2DFEA 3S3NA 2XY8A 4HCCA 2X78A 3AA3A 1MU2A 4CEQA 2PYJA 4B9LA 4LH4A 3OS2A 2FBYA 5DK5A 2OPSA 1BIZA 3DYAA 2F8TA 1EX4A 4BE0A 2Z1JA 1REVA 3L2VA 4ZTFA 3VA0A 4IG0A 5KGXA 3PX0A 1RT2A 1WSFA 3OYFA 4F3OA 2O4GA 4CJPA 1VSEA 5HRSA 3OJSA 1QE1A 1WAFA 3WNGA 4J2AA 2AJQA 4GVMA 4CHOA 4FJLA 3ZT0A 4DMNA 2XY7A 3MECA 3NF8A 3OJUA 2RF2A 2VWKA 4LH5A 5FROA 3JYTA 4OLBA 3S9HA 4I7FA 3L8BA 1ITGA 3K2PA 4FLVA 3QETA 4CE9A 1S6QA 1IG9A 3AV9A 5EU7A 4CJEA 2G8IA 1BL3A 4CEEA 4E7LA 3SUQA 3RR7A 3ZT3A 1VRUA 1QTMA 3AO5A 1RILA 4OPKA 4BDZA 3PY8A 4M3YA 1GOAA 3IG1A 1WSIA 2E6LA 1NK9A 1KLMA 3HYFA 4NYNA 2BDPA 4YFUA 4BDPA 4CCHA 3HJFA 4J2EA 3L2QA 1D8YA 1QSYA 4ID5A 2IAJA 3QERA 2QXFA 3NF9A 3ZSZA 3KLGA 2G8VA 3SCXA 3TANA 1KFSA 1RNHA 2YV0X 1SKRA 1CZBA 3LAKA 4CF1A 4CHYA 4Z4GA 5FRNA 3KK2A 4CF9A 3SV3A 4Z0UA 3QEXA 1L3SA 2HMIA 1EP4A 2HHSA 1QQCA 4XIUA 4EP5A 3HL8A 4DU4A 2KFZA 4KTZA 4E7KA 1C1BA 4PQUA 3TARA 3NH0A 1T03A 1I3AA 2GBZA 2WONA 3AVKA 1BHLA 4DFKA 1KVAA 4Z4HA 3OYMA 3OYLA 3FFIA 3DLGA 3SUPA 4OLAA 3VN5A 1QHTA 4LSLA 4DTJA 4F3TA 4CEZA 2EHGA 4DS4A 3KKSA 1C0MA 4M45A 1NK8A 4OKJA 4OGCA 3NF6A 4KTWA 2HB5A 4DF8A 3V9UA 1NK0A 3OVNA 4M3ZA 1D9FA 4FK2A 3OYHA 5HROA 1HQUA 2HNZA 1CZ9A 1JLEA 2BGGA 4Y1DA 1RDDA 3TWHA 4C8KA 1WSGA 4E1MA 3KLHA 3NE6A 4DQSA 1Q9XA 3MAQA 3CM5A 3ZSVA 3AO1A 4B9UA 3DMJA 4M3XA 3KIOA 4DFJA 4C8MA 3RMBA 3DLBA 2WOMA 4FLXA 4BWJA 4CJKA 1JL1A 1U45A 2HVIA 4DQIA 2P5GA 1JLGA 2B5JA 3B6OA 1NK7A 3M8QA 3LWLA 3OYKA 1KSPA 2GV9A 2ATQA 1NJXA 3MEDA 4AHCA 4FJ8A 4CJUA 3RRHA 2KZZA 3K5OA 4W5TA 3D0PA 1JKHA 3SJJA 1FK9A 2IC3A 1WSJA 3H08A 1RDBA 4AHVA 4JRPA 2KTQA 2G8FA 3NBPA 5J2PA 4ELUA 1XHZA 4FJMA 5HRNA 3QO9A 4LY7A 2HHVA 4OJRA 4CJ3A 4EZ6A 3ALYA 5HRPA 1Z26A 1J9AA 4DQPA 2JLEA 2FBXA 3AA4A 4FW1A 4H4OA 3PX4A 3TABA 1RT1A 1K6YA 3LP3A 5J2MA 3V81A 1VSKA 4C8LA 3V9ZA 4CERA 1SKWA 4BDYA 3NGZA 3QESA 5D3GA 1ASVA 1J53A 1RT5A 3AVMA 2KFNA 3VQQA 4DSLA 1IKVA 1NK6A 1RCHA 2D0CA 3NF7A 2YNHA 1HYVA 3WNEA 4CESA 3EYZA 4CHZA 3K57A 2BE2A 3AVNA 3MXIA 2X6SA 1X9SA 1T8EA 1TV6A 3VQDA 1RTDA 1KCFA 3WNHA 5C42A 1IKXA 1Z25A 3OY9A 3AA5X 5J2NA 3K5NA 1WLJA 4CIFA 4R5PA 1ZYQA 4KHWA 3LP0A 4E0DA 1Q9YA 4DTRA 1NKBA 2PZSA 2P1JA 3HPHA 3VQCA 4KHNA 4I9QA 4H8KA 1ZBHA 2D0AA 1UA0A 3UIQA 1RBTA 1NKCA 3PO5A 2QKKA 3CG7A 3IRXA 1GOBA 1JLBA 2VG6A 3DI6A 4O0IA 1T05A 1BQMA 2VWJA 4B9TA 1C0TA 2OPQA 4F2SA 2IOCA 3G10A 3NFAA 4DG1A 4O5BA 3K5LA 5I42A 4KO0A 5KGWA 4FVMA 4RW6A 5J2QA 3NGIA 1KFDA 4AH9A 3NH2A 5HP1A 3O3GA 1LWEA 2DTUA 2Y1IA 1GOCA 1RBUA 2YKNA 1BI4A 2ZD1A 4DTOA 4CEBA 3QINA 4CGJA 3V4IA 1CXUA 3AO2A 4RW8A 4LSNA 4RG8A 1KTQA 5E41A 3PX6A 3RMAA 1TK0A 3OYBA 1S1XA 3TAFA 3AVBA 4N47A 1IO2A 2PY5A 1CLQA 3CFRA 3QEIA 3VQBA 1NK4A 3CQ8A 1A5XA 3TAQA 3U3YA 3ASMA 4Z4CA 3EY1A 1ZBFA 4CFCA 4DLEA 2G8WA 4DSJA 3HT3A 1VSIA 1TGOA 4ZHRA 3QNNA 3U6FA 3DLHA 1ZBIA 3DRSA 1IH7A 3P1GA 1RBSA 1TK5A 3M8SA 1TVRA 1UWBA 2I5JA 2W42A 4FK0A 5CZ1A 1U48A 4M3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PUFA 4BY9C 3I55N 1DLOA 4B3TK 4JRQA 3V1OA 3QEVA 3A2FA 3BZCA 3THXA 3RMCA 3MN6A 2Q1NA 1UAXA 2WTUA 1IBMK 2QWRA 3BGRA 3TI0A 4PUOA 5AQWA 4OVLA 4DV5K 1QVFM 4IEEA 4E19A 1RDUA 3AO3A 2KLAA 5AQPA 4CZEA 3CPWM 4NCAA 1S6PA 5AQOA 3CCEN 5C10A 1S5JA 4CK2A 1XC9A 3KLEA 4FZXC 4LF6K 3LDNA 4WQ4A 4LF4K 5EVZA 4CZGA 4A2AA 1L3TA 4CD3A 1MWKA 4JI1K 3FZFA 3KJVA 1WAJA 1BQNA 4E1NA 3ZSOA 2NRZA 4J2BA 3RSEA 4FWNA 1J6ZA 1HNVA 2YX6A 3DWLA 1JJ2M 2P9PA 4H4MA 2ZWHA 4DV3K 4IOAL 3AY9A 3S3MA 3KKRA 5HLFA 4G9ZA 3EE8A 4ICLA 3RRGA 2KHOA 2B4JA 1KRPA 4DSEA 4K41A 3EZ5A 1S9GA 2PAVA 4KHUA 2O8DB 1BCOA 1JLAA 3CJAA 4GW6A 4FWQA 4M3UA 3AVJA 1TK8A 1NKEA 2A3ZA 2YJFA 4DCHA 1YTUA 4UQGA 1J5OA 4CK1A 3ITHA 1DEJA 4MO4A 1TAUA 3QEWA 2RPIA 2QKBA 1T6CA 3SQ2A 3DOLA 2O8EA 4CIEA 3V6DA 2XHBA 1NGBA 1X9MA 4ELVA 1NOYA 4MFBA 5CYQA 5FRMA 1VQMN 3DRRA 4A2BA 1S1TA 4F2RA 2P9IA 1NNEA 3TAMA 1JLCA 2JWKA 5AZJB 5CR4A 1YITN 2W40A 4DV1K 3CCSN 3SPZA 2ASMA 4KV8A 3OS0A 5I3UA 4KH5A 4CFDA 3O80A 5E84A 2E2NA 1LAVA 4CIGA 1TKTA 1NMDA 5JLHA 4C8NA 3VEOA 4FJNA 3LANA 1D5AA 4WQ4C 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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