3ZSYA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsyA00
1HYZA 1REVA 3HT3A 3DOKA 4KO0A 1U49A 1SL1A 2FBVA 5K14A 3ZSYA 4N76A 1RDBA 4OGEA 4KHUA 1QE1A 3ZSVA 1A5WA 5KTQA 4N5SA 4FLWA 1ZYQA 4KHSA 4OLAA 3ZSXA 4CF1A 4W5RA 4E19A 4FJGA 1CZ9A 1S9GA 3B6OA 3E01A 4KTZA 2QXFA 2G8WA 3DRSA 1JL1A 2G8VA 1WSHA 3PY8A 1FXXA 4CJWA 1NJXA 4E7IA 4YNQA 3K59A 3O3GA 1ZBLA 3LANA 3ISNC 1TKZA 2X78A 3SQ2A 2BE2A 2D5RA 1B92A 3AV9A 1IKVA 1C0MA 1D5AA 4DSKA 2FBXA 3RR7A 2HHTA 2KQ2A 1RT4A 4RW7A 4DTUA 1RTIA 2XRIA 3QESA 4CGFA 1KSPA 4I9QA 5FRNA 4FJ7A 3SV4A 1EXQA 4B9NA 3DLKA 2KFNA 3KLFA 3TANA 3NF7A 1BQNA 5I42A 4ZHRA 1IKYA 4IG0A 4E89A 2AJQA 1LW0A 3SPZA 4FJ8A 2HNZA 2QKBA 4I7FA 4FXDA 4CJ3A 2PY5A 5C25A 4CK1A 4FLVA 4DSIA 1S1UA 3RMDA 1DTQA 4FW2A 1JLCA 1LW2A 3AO1A 3T3FA 4BDZA 2R7YA 4W5QA 4HVJA 4KRFA 3HL8A 3WNHA 4R5PA 2HHWA 1F21A 1QS4A 5EU7A 3OVNA 4RW6A 3OS0A 1IG9A 3P1GA 3KTQA 1Q8IA 3JSMA 2OPRA 1D9FA 2PZSA 2OZMA 3CQ8A 2BANA 3EYZA 4FJHA 3KK2A 1JLQA 3A2FA 3C94A 3HVRA 3LZJA 2YNFA 1TL1A 4RW9A 4FLXA 1W9HA 4CIGA 5C42A 4RG8A 4GVMA 4AHVA 3ASMA 3M8QA 4FK0A 2HNYA 4EP4A 3NHGA 4BDYA 3QEWA 4B9SA 4FK2A 3AO2A 3VQAA 1BQMA 3CG7A 4I2PA 4E7JA 1N6QA 4KB0A 4KHNA 1C6VA 2F8SA 1GOBA 1SKRA 1QSLA 1I3AA 2ITGA 1WAFA 4ID1A 1B9FA 1NKEA 4C8LA 1VSEA 4B8CA 4QAGA 3OYKA 4IKFA 4NYNA 4E0DA 3G0ZA 4IFVA 3RWUA 1VSFA 1S1VA 4CESA 1HRHA 4HHTA 3C95A 1VSJA 3VN5A 3AVLA 3RMBA 2GBZA 5HRNA 1SL2A 1J5OA 5C24A 3NF9A 4OKJA 4OVLA 5KRSA 4O0IA 2HHUA 1ASVA 3NGIA 4FJIA 4CECA 3QIOA 2VWKA 4CJSA 4CJLA 4UQGA 4J2AA 1TKXA 1J9AA 2DFEA 1TV6A 1K6YA 3DYAA 2XY5A 1S9EA 4CE9A 4KI6A 1HJRA 3DLEA 4OPKA 4JRQA 3QEVA 4NCGA 1BIUA 1KVCA 1HYSA 1VSDA 1LWFA 3OYNA 3PO4A 3AVAA 4LH5A 4AHRA 2G8HA 4FYDA 1BL3A 3KD1E 3IG1A 1SKSA 4DTRA 3HP6A 2YNIA 2BGGA 2G8IA 4CJRA 4TSXA 4J2BA 3L2UA 4AILC 3NGYA 3NH0A 1XC9A 1VSHA 3HPHA 1TL3A 1Z26A 3V1RA 4FJXA 1EETA 4DQRA 3TAPA 4RW8A 1BHLA 3OYDA 3NAEA 4KAZA 1S1WA 4LSNA 3P83D 3SI6A 1SV5A 1LWCA 3MEGA 3OYJA 4DLGA 4CF9A 2E4LA 4OGCA 1VRUA 4DMNA 4GMJB 2YKNA 3G10A 3NGZA 3O3HA 2JGUA 3IS9A 3V81A 2X6SA 4W5TA 1JXBA 3QEIA 4CGHA 3F73A 3HYFA 4CGJA 3DRPA 3NH2A 1WSGA 5DK5A 4DF4A 3QEPA 4KREA 1CZBA 1WSJA 4CGDA 3V9SA 1YTUA 4E7LA 2DFFA 3ZT1A 3OYBA 2HHVA 3OYCA 2KZZA 2EX3A 1HPZA 4DU3A 2E6MA 4OJRA 1NJYA 4ZTFA 3KKSA 4C8NA 3IRXA 4IBNA 1TK0A 4AHCA 1KFDA 4RW4A 3EY1A 1QQCA 3K2PA 3PX0A 2JLEA 4NYFA 4JS5A 4CEDA 4CERA 4M42A 3CFPA 2KFZA 2GV9A 4H4OA 2O4GA 1T03A 3VQBA 4I2QA 3OYAA 3HJFA 4W5NA 4OLBA 1EX4A 3LZIA 3ZCMA 3VQPA 2X74A 3OYFA 1LV5A 1RBVA 4G1QA 4KKOA 4Q0BA 3V6DA 4FZZA 4CEFA 1X9MA 4CCHA 1T7PA 3RR8A 4DTJA 3AA3A 3O4QA 3HP9A 3PV8A 1WNSA 1BISA 4LH4A 3VQDA 3L8BA 2OA8A 4KHYA 4ELTA 5CZ2A 4EZ6A 1RBUA 4Z4FA 1NK5A 4DQIA 1RBTA 2FBYA 3NBPA 4CEAA 1NK4A 1J53A 2WONA 4H4MA 4M3RA 1U04A 4FCYA 2G8UA 4NCAA 4DTOA 1BI4A 1UOCA 4CJEA 4DSEA 5I3UA 4CJ5A 2DFHA 3H08A 5J2PA 3LAMA 4L8RB 3QEXA 3AA2A 4Y1CA 1JL2A 3AVNA 4OPJA 3LP2A 2VWJA 5HP1A 4O55A 1RTHA 1NK6A 4CF0A 4DFKA 2VG5A 3QNNA 3SUPA 1L3UA 3NH1A 4FJJA 4K8ZA 3LP0A 5T7BA 1N5YA 4PQUA 3AVKA 3SYZA 3SUNA 4J2EA 4Z4EA 1ZBFA 2D0AA 4ID5A 4CEOA 3K5OA 3OYEA 3L2QA 2IOCA 3DLGA 5KGXA 4FM2A 2I5JA 1VSMA 2IC3A 1D8YA 3S3MA 3PO5A 4B9UA 2HHXA 1VSKA 3DRRA 1QSYA 1MU2A 1TAQA 4IG3A 4FJKA 1FKPA 3OY9A 4AHTA 5HRRA 3K5NA 3RTVA 4C8MA 2PYLA 4B8AB 2Z1IA 4JLHA 4QOZB 2YNGA 3ZT0A 2RKIA 3QNOA 4DFMA 1S1TA 4PUOA 4CJPA 2ZD1A 4M3UA 2IDOA 4MFBA 3TAFA 4KTQA 4FJLA 2IAJA 3TAMA 3SQ1A 1C1BA 3K5MA 3U6FA 3OYHA 4KTWA 4BWJA 4HUGA 3PX4A 1XHZA 1S6PA 1LAVA 1RT3A 3S3NA 1QSSA 1O1WA 2G8KA 3KK1A 4DFPA 1JKHA 2HNDA 2Y1IA 3V1QA 1BIZA 4CEBA 3MECA 4WE1A 5HRPA 2B4JA 3TAGA 1G15A 4FJNA 4M3YA 1NK9A 1NOZA 4O0JA 1HMVA 4CHNA 3KLIA 3VA3A 4FK4A 4YFUA 4Z4GA 1HNVA 4FM0A 3SQ0A 4F8RA 3VQ8A 4M3TA 3QLHA 1RT2A 2P51A 1LAWA 2IGIA 4EZ9A 4B3OA 3T1AA 1JXEA 5FRMA 2HW3A 4CEZA 3KLEA 1L3TA 3UIQA 1JLBA 1DLOA 2Z1GA 4DU1A 4PWDA 2P5OA 3QO9A 3TAQA 3NF6A 3TWHA 3MXJA 3VQ4A 3V9XA 5D3GA 1C1CA 1RT6A 3HSTB 4CHZA 3KK3A 2HB5A 1VRTA 1A5XA 3SCXA 3ZT4A 4E7HA 1TKTA 4AH9A 4CEEA 2OYQA 1J54A 1LWEA 2OPSA 4FLUA 3HPOA 3MXMA 2YHBA 3MAQA 2ATQA 1JLAA 4B9MA 4FJ5A 4CJQA 4QCLA 3TARA 4B9VA 1UA0A 1ZBUA 1TKDA 3AVCA 4CHQA 3M8SA 3KLHA 3FFIA 3DLHA 3KD5E 3LP1A 4PA1A 4FVMA 4H8KA 3MXIA 4NCBA 1VSIA 4FM1A 3K5LA 3L2WA 3CYMA 3OYIA 2A1SA 3F9KA 4M3XA 4CFDA 1TK8A 5DMRA 2XHBA 4E3SA 4KV8A 1WSFA 2KW4A 3ZSZA 3HXMA 3VQ5A 3TABA 4Y1DA 2HVHA 1CLQA 4FLTA 2XY8A 3MEDA 4FLZA 1Q9XA 3ZSWA 1L3SA 3SV3A 2RF2A 5HBMA 3QETA 1L5UA 3AA4A 1W0HA 4N47A 3RRGA 4CFBA 3SPYA 1QTMA 3CM6A 1TAUA 2DTUA 2IS3A 2O4IA 2DY4A 3AO5A 3OYGA 3SJJA 1IH7A 5J2NA 1RTDA 3ITHA 5KI6A 3LP3A 3WNGA 1XI1A 3L3VA 3OS2A 3S3OA 1S6QA 3QINA 4AHUA 4BE0A 3C6TA 1WSIA 3DM2A 4CGIA 4CJUA 4FZYA 1U47A 1IKXA 4CK2A 3OS1A 4KHQA 2X6NA 3ZSOA 4FJMA 2WOMA 4C8OA 3MEEA 4DG1A 3LWMA 3VQEA 4DLEA 1RT1A 1KLNA 4CJ4A 4OKKA 1Y97A 3TAEA 3DLRA 2PYJA 1D9DA 4C8KA 4KI4A 4DU4A 4CIEA 3M8PA 2G8FA 3LWLA 2XY6A 3DI6A 1WSEA 4CIFA 1ITGA 3IAYA 3HVTA 4Z4HA 3AVBA 2Y1JA 1BCOA 4K8XA 1SUQA 1WN7A 4E7KA 2HHQA 1ASUA 4LY7A 4E1MA 1YVUA 5CY4A 1XHXA 5CYMA 4CJTA 4DF8A 1S1XA 3PX6A 1U45A 4OKEA 4HUFA 1IKWA 1L3VA 4B08A 4F3OA 2P1JA 2EHGA 1ASWA 4CJKA 4FJ9A 1Q9YA 4DQQA 1RILA 3NCIA 1ZBIA 4ZTJA 4GW6A 2FC0A 3TR8A 1GOCA 4CF8A 4FZXC 3BDPA 3AVHA 4HTUA 4DTPA 4Z0UA 3SNNA 1HQUA 1BI4B 1KRPA 2QK9A 2B6AA 4ELUA 4HUEA 1NJZA 4J2DA 3L2RA 2YNHA 1GOAA 2RPIA 1CXQA 2Q3SA 2Z1JA 5CYQA 3ZSRA 3U3GA 4E1NA 1RDCA 3AVIA 3ZT2A 4AHSA 4CFCA 1DTTA 2FBTA 3U3YA 1R0AA 4PY5A 3ZSQA 4CHYA 4O5BA 3KLGA 3DOLA 2HHSA 3DMJA 3KIOA 1FKOA 2ZQBA 2ETJA 3V4IA 3L3UA 3I8DA 1U48A 4DTXA 4CF2A 3THVA 4O44A 1T05A 1NJWA 1EKEA 1NKCA 3M8RA 4HCCA 3ALYA 3O4NA 4F2SA 1YTAA 1SL0A 4KB1A 3AVJA 3ZT3A 3KKRA 2HMIA 1Z25A 4M3WA 5FDLA 1RBSA 3T19A 3AVMA 1C1AA 1KFSA 4BE1A 4Z4IA 4W5OA 1KVAA 3V9UA 3AVFA 3BGRA 4M3ZA 2YV0X 3LPUA 3QERA 3OJSA 1UAXA 2D0CA 2P5GA 4DFJA 3K57A 4BE2A 4Q5VA 4CHPA 3AO4A 4Z4CA 1HNIA 2LSNA 5KRTA 2W42A 1TK5A 4CJFA 1C0UA 4DS5A 3QIPA 1RT7A 1X1PA 4N56A 1VK0A 3OYMA 3HO1A 5JS1A 4M45A 4CEQA 4DS4A 1NKBA 3AO3A 3AVGA 2VG7A 2QKKA 2F96A 3LAKA 4CGGA 1KTQA 4DSFA 1S5JA 3D0PA 3V9WA 3CFOA 3HPGA 5KGWA 3L2VA 2XO7A 4ELVA 3VQ7A 5J2QA 2KTQA 2D0BA 4DSLA 3C6UA 1NK8A 3WNFA 3SZ2A 4DQPA 1UWBA 3LDSA 1JLGA 1VSLA 4MQ3A 4LD0A 4M41A 4EP5A 3S9HA 4B9TA 2OZSA 3NF8A 3RRHA 3I0RA 1C0TA 4O4GA 4CJVA 5HRSA 4DTNA 2GUIA 4IFYA 4CK3A 3EZ5A 1RDDA 1A5VA 4F2RA 1BGXT 2E6LA 5SWMA 4KFBA 3LALA 1KVBA 4IDKA 1I39A 3CFRA 3VQQA 1UA1A 5FROA 1NK7A 3WNEA 3OYLA 3VQCA 1QHTA 3P5JA 2RN2A 3NDKA 1EP4A 4BACA 3NE6A 2F8TA 1WAJA 4CHOA 4F4KA 1IO2A 3VA0A 5HROA 1FK9A 4ICLA 1BCMA 1X9WA 1RBRA 4F3TA 4FW1A 2BDPA 2KZMA 5SZTA 5JS2A 4BWMA 3RMAA 3LPTA 3OJUA 4DTMA 2VG6A 2YKMA 4LSLA 3V9ZA 4BDPA 2NUBA 2OPPA 3SUOA 1B9DA 5J1EA 1U4BA 1T8EA 4I9LA 1RTJA 3I0SA 1ZBHA 4JRPA 4HCBA 1TGOA 3B6PA 3HM9A 5J2MA 1HYVA 3SQ4A 1YT3A 4DSJA 1WLJA 4XIUA 3CM5A 1RNHA 2Z1HA 5HLFA 4KHWA 3HK2A 3V1OA 3JYTA 3NFAA 4N41A 2XY7A 2HVIA 3VQ6A 1RT5A 1NOYA 3D45A 4JS4A 3TI0A 2B5JA 4DQSA 3PUFA 3ULDA 4KPYA 1CXUA 1JLFA 4DWIA 2OPQA 3KJVA 3RMCA 2YHAA 3AA5X 4DTSA 1KLMA 4CFAA 2A1RA 1X9SA 1TVRA 3O3FA 5E41A 1SKWA 1NK0A 4B9LA 1KCFA 1RDAA 1RCHA 5CZ1A 1HQEA 3VQ9A 4FLYA 3DLBA 1XWLA 2ZE2A 3SUQA 1JLEA 3K58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DOKA 4KO0A 4N76A 1RDBA 4FLWA 4KHSA 2V52B 1NGBA 5AQWA 4J2AA 1S9GA 3EKUA 3B6OA 4KTZA 1JL1A 4E7IA 4YNQA 1K8KB 3LANA 3ISNC 2X78A 3OW2M 1XNQK 3M3ZA 3CJ9A 3RSEA 1HKGA 3O08A 4C23A 1RT4A 3O9QA 3FZKA 5FRNA 4FJ7A 1EXQA 4B9NA 2KFNA 2E20A 1BQNA 3CCSN 4IG0A 1LW0A 5M1FA 4FJ8A 2QKBA 5BPNA 5C25A 2VQFK 4DR7K 2KLAA 4XH4A 1JLCA 4BDZA 1XNRK 4W5QA 2HHWA 3HL8A 1F21A 5EU7A 3SK3A 3WQUA 1W97L 3OS0A 1NG9A 1D9FA 2OZMA 2BANA 4FJHA 1JLQA 4KH5A 4PHTX 1YI2N 1GLCG 1IBMK 4HTLA 4IOXA 2IVPA 1BG3A 3LZJA 1JCGA 4RW9A 4FLXA 3EN9A 4RG8A 1EQYA 4GVMA 2QWNA 1C0FA 3SBTA 3M8QA 2D0OA 3T69A 3O9UA 2HNYA 3WXIA 4LF6K 3VF6A 4E7JA 3ID8A 1WBDA 1C6VA 4KHNA 4DR3K 2ITGA 1O13A 1WAFA 4ID1A 3ZYYX 4X62K 4IKFA 3W0LA 4NYNA 3G0ZA 1VSFA 1HUXA 2YCHA 3VTIA 3G71N 4HHTA 4YDUA 1NNEA 5HRNA 4H5NA 3NF9A 5C24A 2HHUA 1ASVA 4PL8A 1XC3A 4CJLA 1TV6A 2HOEA 4R79A 4OPKA 4JI7K 3QEVA 1OKJA 1VSDA 4CZEA 4LH5A 4AHRA 1IV0A 1SKSA 4K41A 2G8IA 1OH8A 4B1UB 3HRGA 2DPNA 4JYAK 1EETA 3VPZA 2O8CA 1MWKA 4RW8A 1QQNA 3SI6A 1SV5A 3OYJA 1T6CA 3V81A 1J6ZA 4GMJB 4DSIA 3IS9A 4W5TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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