3ZT0A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt0A00
4FJKA 4NYNA 3QEWA 3V9SA 3CQ8A 1U45A 4OKJA 1IKXA 2HB5A 3AO2A 3B6OA 3C6TA 2P51A 4HTUA 2FBYA 1IO2A 3SZ2A 3IRXA 3OYFA 4F4KA 1KVBA 5KRTA 1HMVA 4FJHA 3MAQA 3OYJA 1Q9XA 4CGJA 4N5SA 4NCBA 5C42A 4CF2A 4DF8A 3M8PA 1FKPA 3VQPA 1VSIA 3MEDA 2RKIA 4CJ5A 4Z4HA 4N56A 3WNGA 3DLHA 4FM0A 4KAZA 1TK0A 4FJ9A 1RDDA 2PZSA 1VRTA 5CYQA 4FZZA 3DMJA 3V1RA 1SL1A 2D0BA 1VSDA 3I0RA 4LY7A 4JS5A 1RTHA 1TVRA 2E6MA 1G15A 1NKCA 4FZXC 1WN7A 1S1VA 3AVMA 4CFCA 4O4GA 3KJVA 3NE6A 1X9MA 4ID1A 2ATQA 3LWLA 2R7YA 4Q0BA 2GBZA 4MFBA 1IKWA 5FROA 3NDKA 3NCIA 4DLGA 1WAFA 1NK4A 4B9VA 1HQEA 3M8RA 4HHTA 3V81A 3MEEA 3DLEA 1HNVA 3SQ0A 4CGHA 1IG9A 2G8HA 4E0DA 4Z4IA 2HHXA 1HQUA 3LALA 3HYFA 5I42A 3DLGA 2KZZA 1RT5A 4FYDA 3BGRA 3BDPA 4RW6A 4BWMA 4KI6A 4M3ZA 3NGZA 3MXJA 3OS1A 2HW3A 5J2MA 4CEZA 2HHSA 3ITHA 1RNHA 3VQ7A 4M42A 4PQUA 2OZMA 2YV0X 4W5QA 4HCCA 4O0JA 4I2QA 1HPZA 1QTMA 3OYMA 2BDPA 3V1QA 4CGDA 2HMIA 1WAJA 4CJUA 4B8AB 2BE2A 3T3FA 1X9SA 1N6QA 1S1WA 3QLHA 1U48A 4M3TA 3OYGA 3JYTA 4B9LA 2DFEA 4RW9A 4KREA 4IG3A 1DTTA 1RT3A 1WSGA 1X1PA 1TKDA 4AHCA 1HYSA 4Q5VA 4DG1A 1FKOA 4BE2A 4B9UA 2HNYA 3AVNA 4H8KA 1BISA 1CZ9A 3P83D 3VQAA 2HHVA 1ASUA 4HVJA 3SJJA 3F73A 1NJYA 1Z26A 3HL8A 2HHUA 4N47A 4HUFA 1DTQA 4CHOA 3OYEA 2W42A 4OKEA 4DQSA 1O1WA 3ZT1A 1LAVA 3OYAA 4E7KA 4C8LA 2G8IA 4K8XA 4OGEA 3WNHA 3RRGA 2X6NA 3I8DA 2HHWA 4B8CA 2RN2A 3RMCA 4KFBA 3VQCA 3ZSRA 3B6PA 5FRMA 3K57A 4FK2A 4CF9A 1J53A 4LH4A 4CHZA 3TAGA 4AHVA 1B92A 3PY8A 4DQPA 5I3UA 4F2RA 4FJ5A 1REVA 3CFRA 3SYZA 4G1QA 1C1CA 4ELVA 4BWJA 2A1RA 1C0TA 4CHPA 1SKRA 4C8OA 5HRSA 3M8SA 4DTUA 3S9HA 1RT7A 1SKSA 1C1BA 3LZJA 1DLOA 3P5JA 4M3YA 1J9AA 2IS3A 1U4BA 2VG5A 3DRPA 1VSKA 1S9GA 3TR8A 3EY1A 2OPQA 5KGXA 4DSIA 1BCOA 3QEIA 3V9ZA 3AVLA 2IC3A 4DQRA 4HCBA 4OLBA 4FLVA 5D3GA 3KK3A 2ITGA 5KRSA 1EKEA 3AA5X 5J2QA 1TK5A 1NK0A 3K5LA 1S6PA 1LAWA 4F8RA 3QIOA 4FJIA 1BGXT 1RT1A 3SQ2A 1WLJA 3O4QA 5HBMA 4XIUA 4NCGA 4FK0A 2KFNA 3C94A 1ASWA 4DQIA 3LWMA 3OYIA 3OY9A 3ALYA 1L3VA 1W9HA 1C0MA 3IG1A 3LP1A 3HPGA 4CFDA 1YTUA 2KZMA 4AILC 3QEXA 5FDLA 4Z0UA 3K59A 4DTNA 3TABA 1N5YA 2X78A 1J54A 3LP3A 4JRPA 3TARA 4J2BA 1JKHA 4H4MA 1A5XA 4RG8A 3QO9A 4CF1A 1I39A 4CJTA 1IKYA 2X74A 3L8BA 1TAUA 1RT2A 4KTQA 4KHYA 2YNIA 5DMRA 2OA8A 2YNFA 4AHRA 1JLBA 2YKNA 4LSLA 3HXMA 3L2VA 4KHSA 1TAQA 2IGIA 5KI6A 3VA3A 4M3WA 1KVCA 1NKEA 3VA0A 3L2QA 3SNNA 3L3VA 3TI0A 3AVJA 4J2AA 3L2UA 3ZT3A 1RT4A 3V6DA 1TL1A 4CFAA 2BGGA 1HYVA 3QERA 1JLAA 3AO5A 4Z4FA 3D0PA 4FLTA 1KLNA 3TWHA 3DLRA 4GVMA 3DYAA 1YTAA 1YVUA 3ULDA 3RMAA 1NJZA 4IFVA 2VWJA 2OPSA 2YNHA 3TAMA 3NGIA 4FLWA 4DTSA 4MQ3A 3KD5E 1HNIA 4BDYA 2F96A 2Z1IA 3NH0A 2XY7A 3HJFA 2X6SA 4B3OA 1VSMA 1W0HA 5HP1A 1KVAA 1RBSA 2P1JA 1T8EA 4YNQA 1EP4A 1S1XA 4IBNA 4BACA 4FM2A 2ZQBA 4DQQA 4O5BA 4FXDA 1VSLA 3ZSWA 3PV8A 3OS0A 4RW7A 3S3NA 3DRSA 2LSNA 3ZSYA 4CHYA 4FW2A 2DY4A 1HYZA 3NBPA 4DSFA 4ZHRA 2BANA 4CECA 2F8TA 3T1AA 1RDAA 2GV9A 3IS9A 3ZSVA 4IDKA 4PA1A 3RRHA 3ZT0A 4O44A 2DFFA 1JLFA 3OYHA 3SI6A 4FCYA 1KRPA 1RBTA 4FJJA 4J2EA 4CJSA 4E89A 4C8MA 4GMJB 1IH7A 2YHBA 1KTQA 1RTIA 2HNDA 3M8QA 4CHQA 4DMNA 2B5JA 4W5NA 4FJ8A 1RT6A 5HRRA 1L3SA 4OJRA 2GUIA 5JS1A 1RBUA 2EHGA 3RMBA 3HP6A 1CLQA 1MU2A 3SQ1A 2Z1HA 1KSPA 4M3XA 2ZE2A 1BI4B 1TKXA 2D5RA 4FJMA 2AJQA 3AO4A 3G10A 1RTJA 4B9NA 2QXFA 4DSKA 2JLEA 2XHBA 3PX6A 1KFSA 4ELTA 3QIPA 4N41A 1TV6A 3NF8A 3AVHA 2XY5A 4CJLA 1NK9A 4Z4CA 5HLFA 3VQ5A 4KB1A 1BIZA 1JXBA 1TKTA 4OPKA 3NH2A 3PUFA 3QNOA 4FJLA 3CYMA 4Y1DA 1SL2A 4NCAA 4Z4EA 1ZBHA 1LWFA 4CEOA 3F9KA 1QSSA 4DS4A 1WSJA 3K5MA 3LAKA 4DSEA 3S3MA 2F8SA 1A5WA 1UA0A 3LZIA 4W5OA 3L2WA 4OKKA 4EZ6A 2WONA 3I0SA 3QETA 4CF0A 4CF8A 4QAGA 3NF6A 1JLEA 5SZTA 3AVGA 1RTDA 3PO4A 4C8NA 3T19A 4L8RB 3AV9A 1Y97A 3K5NA 4DF4A 4KHNA 3FFIA 4CK1A 1NK5A 3KIOA 2OZSA 4FJXA 4CGGA 1S1TA 3O4NA 3QESA 1XI1A 3HM9A 3KKRA 1VSFA 4IKFA 3AVAA 1KLMA 1NOYA 2RF2A 3G0ZA 4CJEA 1JLCA 4E7HA 1C0UA 1WSEA 1HRHA 5C24A 2P5OA 1JLGA 1FK9A 4ZTJA 4DSJA 1D5AA 4JLHA 3KKSA 2RPIA 4EP5A 3TAQA 4KO0A 1L3TA 1JL1A 2FBVA 4CIEA 4C8KA 1NKBA 5EU7A 4F3TA 4DFJA 3WNFA 4BE0A 1XHXA 3AO3A 1QSYA 4KPYA 1NJWA 3LP2A 1LWCA 2HHQA 1XC9A 2FBTA 3QEPA 2VG6A 3HT3A 2HHTA 4I9QA 4CE9A 3V9XA 1ZBFA 2D0CA 3E01A 4PWDA 4CEEA 1L5UA 4JRQA 5HRPA 5KTQA 3EZ5A 3SV4A 4F3OA 3ZCMA 3TAPA 3HVRA 2KQ2A 4FLYA 3SUNA 3U3GA 1BL3A 3DOLA 3KLEA 4CEDA 1S9EA 3DI6A 1CXQA 5E41A 3RTVA 4FJGA 3CM5A 2PYJA 3WNEA 3O3GA 3UIQA 4BDZA 3PX0A 3SUPA 5CY4A 1GOBA 3AVFA 5C25A 1BCMA 4M41A 4NYFA 3VQQA 1D8YA 4DFKA 1C6VA 2FBXA 4CJFA 1VK0A 1VSHA 1VSEA 1S5JA 1SV5A 4HUEA 3L3UA 2DFHA 3ZSXA 1WSFA 4CFBA 1WSHA 4OPJA 4CJWA 3TANA 4HUGA 1I3AA 1C1AA 5FRNA 4ID5A 1UWBA 1NK8A 3AVBA 3OJSA 2Y1JA 4IFYA 1TKZA 1JXEA 4R5PA 1D9FA 5J2NA 1SL0A 4KHUA 2KFZA 4E7IA 1ASVA 3MEGA 3V9UA 2G8VA 1KFDA 2WOMA 3DLKA 3HSTB 4WE1A 3OYBA 1X9WA 3C6UA 1R0AA 3HK2A 1JLQA 1UOCA 4H4OA 3NHGA 3KLFA 4LD0A 1F21A 4E1MA 3S3OA 1UA1A 1QQCA 2OPRA 3HP9A 2E6LA 3EYZA 4KTWA 1XHZA 3U6FA 3C95A 4TSXA 3O3HA 4DTPA 4QOZB 4CESA 5DK5A 3P1GA 4CJ3A 1VRUA 3SPYA 5J2PA 4CCHA 1EXQA 1SKWA 2A1SA 4CEBA 4Y1CA 2G8KA 2VG7A 3HPOA 2Z1GA 3AVIA 1QHTA 2I5JA 4DTOA 3NAEA 3LAMA 2P5GA 1ZBIA 4PUOA 4LH5A 1RBVA 2FC0A 3SUQA 4KRFA 1Q8IA 4CK3A 2D0AA 4W5RA 1T05A 2HVIA 2EX3A 2ETJA 4AHSA 2G8UA 4QCLA 3CM6A 3H08A 4PY5A 3HPHA 4KV8A 3NF9A 1NOZA 4F2SA 1QSLA 1LV5A 3A2FA 3NGYA 4AH9A 1TL3A 4O0IA 1RDBA 2B6AA 2G8FA 3KLIA 3RR8A 4N76A 4E3SA 3KK1A 3PO5A 3ZSQA 4DTJA 4ZTFA 4DU3A 1D9DA 1TGOA 4EP4A 4AHUA 4FM1A 4B9TA 3RWUA 3QINA 3V1OA 4B08A 4CJQA 3SQ4A 5SWMA 4O55A 4DSLA 5CZ1A 3MXMA 1ZYQA 1LWEA 4FLUA 2IDOA 3ZSOA 3HVTA 3LPUA 4IG0A 3VQBA 2QK9A 4CEFA 1VSJA 2YHAA 3SV3A 4DTMA 4CEQA 2O4IA 1RDCA 3DOKA 3K2PA 3OVNA 2IAJA 4CJVA 3KK2A 1CZBA 2HVHA 4CGIA 4CERA 2JGUA 3ZT4A 4FJNA 3NH1A 3VQ9A 3ZT2A 2QKBA 4CEAA 3OYDA 4ICLA 3OYNA 3RR7A 4KB0A 1NK7A 1ITGA 4KTZA 4M45A 4DU4A 4AHTA 1TK8A 4ELUA 1SUQA 3ISNC 3AO1A 1ZBLA 4M3RA 1A5VA 3DRRA 1S6QA 3CFPA 3D45A 3MECA 3KD1E 2DTUA 1QE1A 3LANA 2NUBA 1EX4A 2XY8A 4CHNA 1NK6A 4JS4A 4I2PA 4RW4A 5HRNA 3OS2A 2OYQA 3QEVA 3K58A 3AVKA 4CIGA 3VQEA 3TAEA 2VWKA 2HNZA 2XRIA 3O3FA 4W5TA 3RMDA 3KLHA 3HO1A 3VQDA 4CK2A 4FLXA 2XY6A 2PYLA 4BDPA 3L2RA 1QS4A 1UAXA 2KW4A 3AA3A 4OVLA 4CJRA 1U47A 4KKOA 1J5OA 2PY5A 1KCFA 3V4IA 4CJPA 4UQGA 3VQ6A 4E19A 5CYMA 3SUOA 4KI4A 1BQNA 4CJ4A 4DTXA 2IOCA 4FLZA 2E4LA 2OPPA 5CZ2A 4DS5A 3VQ8A 3U3YA 4CGFA 4M3UA 3VQ4A 1BIUA 4I9LA 3CFOA 3AVCA 3LPTA 3MXIA 3V9WA 4OGCA 3PX4A 4KHWA 3KTQA 2ZD1A 4E7JA 1XWLA 4EZ9A 1Q9YA 3AA4A 3CG7A 2XO7A 1IKVA 3NFAA 4BE1A 3LDSA 4RW8A 4LSNA 5J1EA 1T7PA 5K14A 3K5OA 3VN5A 1BQMA 1GOAA 3LP0A 3OYCA 3OYKA 4DU1A 1NJXA 4DFMA 1RCHA 4FK4A 1JL2A 3JSMA 2YNGA 1K6YA 1LW2A 4DLEA 1RILA 1U04A 3SCXA 2Z1JA 1L3UA 4B9MA 4FW1A 1ZBUA 3THVA 1FXXA 1S1UA 4YFUA 3SPZA 2QKKA 3NF7A 3DLBA 3DM2A 2B4JA 5T7BA 3QNNA 4CJKA 1WSIA 2KTQA 4E1NA 4FZYA 4KHQA 4DWIA 1Z25A 1T03A 4OLAA 4E7LA 1CXUA 3IAYA 1LW0A 3ASMA 5JS2A 2O4GA 3OYLA 4FVMA 1WNSA 4DTRA 1EETA 3TAFA 3OJUA 3ZSZA 1BI4A 4GW6A 4CIFA 4Z4GA 2YKMA 1YT3A 1HJRA 3AA2A 1B9DA 2G8WA 2Y1IA 4B9SA 1BHLA 4J2DA 4DFPA 1RBRA 3KLGA 1U49A 4I7FA 5HROA 1B9FA 1GOCA 2Q3SA 4K8ZA 4FJ7A 5KGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJKA 3QEWA 3CQ8A 1IKXA 1Q18A 3GL1A 4HTUA 1IO2A 4RTFD 2P9KA 3U9ZA 4B1WB 5M1OA 3ENHA 4JV5K 4CI6A 2P9LB 3MEDA 3MX5A 4Z4HA 3WNGA 1GLBG 3R6MA 4FM0A 3H3NO 4BRHA 3D7EO 1TYQA 1SL1A 2D0BA 1SQKA 1VSDA 3I0RA 4FZXC 1RTHA 1TVRA 1GLEG 1WN7A 3AVMA 2P9UB 1ILYA 4O4GA 3KJVA 4ID1A 1YJNN 4B3MK 1U2VB 2GUPA 5BRHA 1HQEA 3MEEA 4JD2B 3SQ0A 1IG9A 2E20A 4JI0K 3BP8A 4M3ZA 5J2MA 4PQUA 4M42A 2OZMA 4H5RA 3UKUB 2YV0X 1HKGA 3OYMA 3VPZA 1EWQA 2CH6A 3V1QA 4CGDA 1BDGA 1XQSC 2BE2A 4B8AB 1S1WA 1T3VA 3JYTA 4KREA 1RT3A 3F2KA 1OVYA 4JAXA 4DG1A 1FKOA 4WFNL 5AQHA 1CZ9A 2HHVA 5AQWA 4FWPA 3AGRA 1Z26A 4BRKA 2BUPA 4N47A 4E1JA 1O1WA 3ZT1A 1LAVA 2G8IA 1NG9A 4OGEA 3RRGA 3VF4A 2RN2A 3ZSRA 3LDQA 4JKBA 2P9PA 3VF6A 4FK2A 4F2RA 4AHVA 1C1CA 2A1RA 1C0TA 3M8SA 3CETA 5GAGP 5JLFA 3IDHA 3VGKA 1U4BA 5KGXA 3G4SN 3QEIA 4DQRA 3QB0A 5D3GA 3VGLA 3KK3A 2ITGA 5LMNK 1LAWA 4FJIA 4R79A 2O8BB 2QWMA 4NCGA 5AQJA 4FK0A 1YJWN 3LM9A 1L3VA 1C0MA 4JKGB 3OHRA 3HPGA 3ZLJA 2NRTA 3TTDA 4B1YB 3K59A 2F7TA 2O8DB 3TARA 4J2BA 4H4MA 4CJTA 1IKYA 4B1UB 4CW7B 1TAUA 2IVPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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