3ZT1A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt1A00
2XY8A 1YT3A 3DLGA 4OLAA 1Q8IA 4PQUA 1TAQA 1J9AA 3ASMA 1RT4A 1Z25A 3K2PA 4M3RA 4B8CA 4FLXA 4CGDA 4Y1DA 3H08A 1RDAA 3VQAA 3ULDA 3CG7A 1VSEA 4AHRA 2B6AA 1LAVA 3PX6A 3HK2A 4DG1A 5C42A 3KLGA 4DS4A 5FRNA 4CIEA 3DLEA 3AO4A 4CESA 3CQ8A 2IS3A 3OYDA 1VSDA 3AA5X 3LANA 4FM0A 3TARA 1KLMA 1RCHA 1KVBA 4HUEA 4FJKA 5DK5A 4CEQA 2P5GA 4FLWA 2X6SA 4F3OA 4K8ZA 4M41A 1A5WA 4NYNA 2G8WA 1NK0A 1LW0A 3HP9A 4HUFA 1S1WA 3NF7A 4LH5A 4HHTA 4FK2A 3VA0A 1VSJA 5CYMA 3HM9A 1I39A 1VSMA 3RR8A 3RTVA 2HNDA 4FM1A 4OKJA 5J2MA 3MXMA 1GOAA 3ZSYA 2LSNA 4M45A 5K14A 4W5QA 4M3ZA 4OLBA 1BIZA 4CFAA 4DLGA 3SZ2A 3WNHA 1SUQA 4DQQA 4FXDA 3QEPA 5KGWA 3PV8A 3VQ4A 3OYKA 4DTMA 4B8AB 3M8QA 3NCIA 3QESA 1RTDA 1Q9YA 4NCBA 1CXQA 4QOZB 1CLQA 3SQ2A 4E7JA 2DFHA 4O5BA 1S1XA 3HPGA 1QSSA 1RT2A 3OYHA 3G10A 1NKCA 1ZBHA 4BDPA 3CM6A 2G8FA 4FCYA 3SV4A 1ASVA 3NBPA 2ATQA 1YVUA 4CJTA 1QSLA 4H4MA 3SV3A 2QK9A 3NGZA 4DTXA 4DQPA 3U3YA 3B6OA 5D3GA 2RF2A 1JLFA 2F96A 3K5NA 3RRGA 1JL1A 1TVRA 2XRIA 3NH0A 3HO1A 4CJQA 3UIQA 1JXBA 4W5OA 4Z4IA 3DRPA 3ZSQA 3AVGA 1A5VA 1FKOA 4AILC 1VK0A 2VG5A 3QNOA 2X74A 3MEGA 4DF8A 4DQIA 4HCBA 4GVMA 2PZSA 4RW8A 1ASWA 3L2QA 1RDCA 4E3SA 3L2WA 4CEOA 1HRHA 3CFPA 3AVCA 3VQ5A 4DTNA 1HJRA 3QINA 1HYSA 1B92A 4H4OA 3OYGA 3V1RA 1EKEA 4FJGA 5HRPA 4N5SA 4C8MA 4B9LA 4MQ3A 2G8IA 3IG1A 5E41A 4CHPA 3HP6A 3AO2A 3O4NA 1BGXT 3VQ6A 1DLOA 1CXUA 2R7YA 1DTQA 1IKYA 3TAMA 1KCFA 3MEEA 4OJRA 4KI4A 4DTPA 3RR7A 3F9KA 1XC9A 1WNSA 5JS2A 5I3UA 1WAJA 4CJ4A 1D8YA 1S6QA 4L8RB 4FJNA 2IC3A 4B08A 3AVIA 4AHCA 1FKPA 3NE6A 1N6QA 4PUOA 1HNVA 3QERA 3D0PA 3V9ZA 1U49A 2HHQA 4HUGA 2AJQA 2YNFA 4RW6A 4OPKA 1RTJA 1U4BA 2ETJA 3BGRA 3NH1A 1W9HA 4CFDA 1DTTA 3WNEA 4CEDA 1J54A 1HQEA 3DI6A 3G0ZA 5C24A 4CGFA 2GUIA 2OYQA 4PY5A 1B9DA 1Y97A 1A5XA 3DOKA 3LP0A 3S3NA 1JLEA 4BWMA 3PY8A 2HB5A 3C6TA 2BE2A 4CJPA 1F21A 2E6MA 1QTMA 3ZSWA 4HVJA 4ELUA 2YHBA 4AHUA 3L2RA 4DS5A 3K58A 5CY4A 4B9MA 3VQPA 4DSIA 4LSNA 3OJSA 2D0AA 3NH2A 4E7KA 3SNNA 1ITGA 1KTQA 3SI6A 3HPOA 2I5JA 1QS4A 3V6DA 2Q3SA 3DOLA 4CIGA 4CHNA 2OPSA 3U3GA 2PYJA 2OPRA 1JKHA 3QEVA 3V4IA 2YV0X 1HYZA 3HPHA 4YNQA 2X6NA 3M8SA 3HSTB 3VQDA 1SKWA 1BHLA 4CF2A 4EZ6A 3M8PA 4W5TA 4BDYA 3AVJA 3PO4A 4F4KA 1K6YA 4ZHRA 2XHBA 3ISNC 2KTQA 4ICLA 1NOZA 1WSGA 3QIOA 4KO0A 4LD0A 1JLQA 3VQ9A 4IDKA 1RT7A 2YKNA 3OYFA 4N41A 3LP2A 4IFVA 1EETA 1SL0A 3IS9A 3QO9A 2WONA 4DTSA 2D5RA 3THVA 3VQQA 1N5YA 4J2DA 3RMDA 1JLCA 2WOMA 2KZZA 4OGCA 2RN2A 1FXXA 4CK2A 3OS0A 1JLAA 4FJHA 3L2VA 2IDOA 3V9SA 3PX4A 4JS4A 4FLYA 2G8UA 3TABA 4B9SA 3IAYA 4FJ8A 1GOBA 1QHTA 2IGIA 4OKKA 4CEBA 3S3MA 3D45A 3NHGA 2DY4A 1C1BA 3HVRA 3SUQA 1KFSA 3LDSA 2VWKA 3K5OA 3NAEA 3LALA 1C0MA 3SPYA 3TAQA 2IAJA 1BCOA 3OYBA 3DRSA 3L2UA 4BDZA 3LWLA 1C0UA 4IFYA 3RMAA 1BCMA 4RG8A 4CF1A 2E6LA 3EYZA 4Z4HA 1SL1A 3OY9A 4CF8A 1JXEA 5KGXA 5J2QA 3ZSXA 4FK4A 3SPZA 2HHWA 3AO5A 4E7LA 1SL2A 2BANA 3VQ8A 4B9VA 3LZJA 4QCLA 4YFUA 2KZMA 3VQEA 1BISA 1XHXA 1ASUA 4FJJA 2HHVA 1LWEA 1HYVA 3K5LA 1S9GA 4DSFA 5I42A 2JLEA 1U04A 5HRRA 1IKVA 2FBYA 3NDKA 1S9EA 2O4GA 1ZBUA 1KFDA 3ZT1A 2Z1HA 3ZSVA 1BL3A 4DU3A 3QETA 4KREA 1LAWA 3L3UA 3OYAA 2ITGA 2VG7A 4W5RA 4FLUA 1RBSA 3SQ0A 3V1QA 4E7IA 3AVFA 1L3VA 1L3UA 4FZZA 3MXJA 4CJWA 1ZYQA 2XY7A 1NJZA 3ZSZA 1RILA 1IH7A 1W0HA 3ZSRA 3L8BA 1VSFA 2FBXA 3SCXA 3JYTA 4DQSA 1REVA 4AHVA 1TKZA 3NF9A 3QLHA 1RT6A 3MAQA 1JLGA 3ALYA 3V81A 3EZ5A 4ID5A 4KFBA 2RPIA 2VWJA 3KD5E 1EXQA 1S6PA 4KHQA 3V1OA 3AVKA 4N47A 4KHYA 3LPUA 4Z4GA 4EP4A 3MECA 5EU7A 4IG3A 5J2PA 1NK7A 2DTUA 2BDPA 1LWCA 1S1TA 2HMIA 2HHXA 1WSEA 2Z1IA 4CJ5A 4KHUA 4CJFA 5KTQA 4ZTFA 3LWMA 2D0CA 5FROA 4AHTA 3ZT2A 1TL1A 3C95A 1TV6A 3HT3A 3U6FA 2YNHA 4DU1A 1TK0A 1TKDA 5CZ2A 4FM2A 4GW6A 1G15A 3BDPA 4K8XA 2IOCA 3OYJA 1L3TA 3B6PA 4FW2A 4I2PA 1TGOA 3K5MA 3QEXA 4M42A 4B9UA 4Z4CA 1QSYA 3RMCA 4CJ3A 4DFPA 4CGGA 4M3XA 2ZE2A 3RRHA 2F8SA 1SV5A 1WN7A 4DU4A 5FDLA 1JLBA 4CEAA 3K59A 2G8HA 1LV5A 4R5PA 4KTWA 2HHSA 4CJRA 3DMJA 2HVIA 2ZQBA 1U45A 3I0SA 4FLVA 1TL3A 3T19A 3DRRA 2KQ2A 3LPTA 4O44A 2P5OA 4FYDA 1JL2A 3I0RA 3RMBA 3KTQA 4Q0BA 1NK5A 2B5JA 2HHTA 4RW9A 4OKEA 4CIFA 1R0AA 2HNZA 3ZT3A 1BIUA 4F2RA 1FK9A 4JS5A 4XIUA 3LP3A 3T3FA 3TAFA 5JS1A 5FRMA 4FLZA 4M3UA 1RBRA 1NJXA 1VSIA 3RWUA 4Z0UA 4KHNA 2RKIA 1TK8A 1L3SA 4AHSA 3V9XA 1RDBA 1WLJA 5KRTA 2Z1JA 3OS2A 3AVAA 1VSLA 4I2QA 3O3GA 4O0JA 4C8KA 1RT3A 1GOCA 5HRSA 3V9UA 3ZT4A 4DQRA 1NK8A 1XI1A 3KLEA 2QKKA 4DSEA 4DWIA 3AV9A 4UQGA 4FVMA 2XO7A 2OZMA 3CFRA 3QEWA 4DFMA 1EX4A 1J5OA 3VA3A 4C8OA 4N76A 1BI4A 4CEFA 2QKBA 3TANA 3TAPA 1WSFA 3DLKA 2XY6A 4ELTA 3PUFA 1SKSA 4CFCA 4CJEA 4DTUA 3F73A 2G8KA 3HVTA 3SUOA 3KK1A 2O4IA 1UWBA 3EY1A 1NKBA 1RBTA 4KB1A 2YNIA 4Z4FA 1D9DA 3KLFA 2HNYA 4Z4EA 1WAFA 2VG6A 3KKSA 1IKXA 4DLEA 1T03A 4I9QA 3K57A 4FJLA 1X9WA 1UA0A 4CK1A 1QQCA 3OVNA 5DMRA 4CF0A 3OS1A 1NK4A 2NUBA 3FFIA 3LP1A 4MFBA 4CCHA 3DLHA 2A1SA 2GV9A 2KFNA 4FZYA 4DFJA 4Y1CA 3SJJA 2Y1JA 3AVHA 5CYQA 2PYLA 4FZXC 4PWDA 4KHWA 4JRPA 1HMVA 3KLIA 3CM5A 4IG0A 4NCGA 1EP4A 5HBMA 3OYIA 4KV8A 3HXMA 3AA4A 1C1AA 4CGHA 4CF9A 1RBVA 3S3OA 1XHZA 4FJXA 2OPQA 3LAKA 5KRSA 4BE0A 2YHAA 3MXIA 1KVAA 1O1WA 1RDDA 3WNFA 4KAZA 4E19A 1T05A 4LY7A 4GMJB 4KTZA 3T1AA 3AO1A 3CYMA 4NYFA 3AA2A 4OVLA 4CJVA 3MEDA 4FLTA 1Q9XA 2P1JA 1LW2A 4ELVA 3M8RA 3VQ7A 3HL8A 1YTAA 4BE1A 4KHSA 1B9FA 3LZIA 4DMNA 3OYNA 4O0IA 4BACA 1HPZA 3NF8A 4KRFA 1Z26A 3KD1E 3SYZA 1UAXA 5HRNA 4DTRA 3E01A 2DFFA 2E4LA 4CHZA 3JSMA 4O55A 2YNGA 3C6UA 4CECA 4CK3A 3O3HA 3NGIA 4BE2A 4EZ9A 4KB0A 3CFOA 1NKEA 1X1PA 1S1UA 5CZ1A 4CGIA 2YKMA 3O4QA 2P51A 2OA8A 4H8KA 4KTQA 1UA1A 4CJUA 4JLHA 3A2FA 3ZSOA 3V9WA 3PX0A 4KPYA 4DF4A 4CHQA 4C8LA 4E0DA 1VRUA 4W5NA 3HYFA 3TAGA 1YTUA 2D0BA 4AH9A 4IBNA 3OJUA 3S9HA 2W42A 1KLNA 1VSHA 1SKRA 1T7PA 2OZSA 4TSXA 4FJ9A 1NJWA 1KSPA 1KVCA 4J2AA 5HLFA 4E1NA 3C94A 4Q5VA 1LWFA 1NK9A 4E7HA 2EHGA 3AO3A 3QEIA 4NCAA 3KK3A 1TKXA 2G8VA 2FBTA 4E1MA 1RTHA 3SQ1A 4BWJA 4LSLA 1NJYA 1T8EA 4OPJA 3PO5A 1S1VA 1RT5A 3QIPA 4IKFA 4QAGA 3OYLA 2X78A 4F3TA 1QE1A 3SUPA 3AVMA 5HROA 4CJSA 1IG9A 4FJIA 1D9FA 1TK5A 3P83D 4CEZA 1TAUA 2FC0A 4FW1A 4I7FA 4PA1A 1D5AA 2DFEA 1HQUA 4O4GA 3VN5A 1I3AA 4CHYA 4ID1A 3WNGA 4DSJA 2KW4A 4KKOA 4CFBA 1MU2A 4DTOA 1X9MA 2XY5A 3AVBA 3LAMA 2HW3A 1ZBIA 4HTUA 1J53A 3DYAA 4RW7A 4F2SA 3VQBA 4FJ7A 3OYMA 1RNHA 4CEEA 1WSHA 3ZT0A 4CJKA 1U48A 3IRXA 1NK6A 4J2EA 2F8TA 1C1CA 3VQCA 5J1EA 3KKRA 3TWHA 4B9NA 1U47A 4CJLA 5HP1A 2Y1IA 4FJ5A 3KK2A 2JGUA 3P1GA 2HHUA 1VSKA 5T7BA 4WE1A 3ITHA 3AVLA 4CE9A 3DLBA 4CHOA 1L5UA 1X9SA 3P5JA 4E89A 3ZCMA 5J2NA 1HNIA 1RT1A 5KI6A 1CZ9A 4DSLA 3HJFA 1IO2A 3O3FA 4OGEA 1WSIA 1RBUA 2OPPA 1C0TA 2QXFA 3QNNA 3TI0A 3TAEA 4LH4A 1WSJA 4M3TA 3KLHA 1BQNA 4DFKA 3L3VA 2Z1GA 3KIOA 1C6VA 4EP5A 2FBVA 2ZD1A 2A1RA 4FJMA 3AVNA 3SUNA 4C8NA 4HCCA 4I9LA 4KI6A 2BGGA 1RTIA 1UOCA 4B3OA 1BQMA 1NOYA 4FK0A 4F8RA 4ZTJA 3NF6A 2HVHA 1ZBFA 1TKTA 3DM2A 3KJVA 4DTJA 2PY5A 4J2BA 1CZBA 3OYEA 1IKWA 3I8DA 4G1QA 3SQ4A 2GBZA 3TR8A 5SWMA 4RW4A 3OYCA 4JRQA 1ZBLA 3AA3A 4N56A 4CGJA 1KRPA 4M3YA 2KFZA 4DSKA 2B4JA 5SZTA 1XWLA 1BI4B 1S5JA 1VRTA 3NFAA 5C25A 4M3WA 4B9TA 2EX3A 3NGYA 3DLRA 4CERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QA4N 1YT3A 4CVNE 4BRFA 1DT9A 1Z25A 3MK6A 2NNWA 4CGDA 4B9QA 4FWMA 4FPBA 3VQAA 3CG7A 4MLHA 1LAVA 1NGIA 3PX6A 5C42A 3KLGA 1XMOK 2ASOA 4CIEA 4G9ZA 3HZ6A 4DV3K 4FJKA 1VQ4N 3CPWM 5DK5A 1WOQA 1Q7YO 2X6SA 3MDQA 3PSFA 2G8WA 3HP9A 4HHTA 3VA0A 1MWKA 1VSJA 1VSMA 3RTVA 4FM1A 4OKJA 5J2MA 3MXMA 4M3ZA 4Y0WA 4B1VA 1IV0A 5KGWA 3O1BA 1VQ5N 4BRHA 2BTFA 5LJWA 2O8CB 4O5BA 1QSSA 4JKDA 1NKCA 1ZBHA 4BDPA 3E9LA 4H0PA 1ASVA 4K41A 3SBGA 4CJTA 5EY4A 1NM1A 3SV3A 4DQPA 3U3YA 5AR0A 2F96A 3K5NA 3HO1A 1TVRA 2XRIA 4L3QA 4BROA 4Z4IA 5KPRA 1FKOA 3GL1A 1NGHA 4JKFA 3MEGA 3WXKA 2NRVA 4GVMA 5AQUA 1Q81O 4RW8A 3L2QA 4BG8A 4DV5K 4DTNA 3QINA 3VPZA 4MQ3A 2G8IA 3IG1A 3AO2A 3VQ6A 4A5AA 1DLOA 4JD2A 4NXMK 2PBDA 3TAMA 1KCFA 3BZCA 4DTPA 1BOTO 3F9KA 3SAGA 5JS2A 2CGKA 1D8YA 4L8RB 3AVIA 3FLCO 3HM8A 5AQQA 2QWMA 1HNVA 3V9ZA 4IEEA 4BVPA 1U4BA 4CFDA 3KLHA 5AQTA 2OYQA 1B9DA 4XEIA 3LP0A 3OBWA 4CJPA 3MWPA 2E6MA 1QTMA 2FLOA 3LL3A 4FSVA 5CY4A 4B9MA 4DSIA 4GY2B 4E7KA 4U7BA 4DV7K 3CIPA 2OTJN 5GAHP 1TUYA 3V4IA 3VETA 4YNQA 4WCEL 4AM6A 1NGEA 4CF2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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