3ZT4A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt4A00
2HHWA 3ZSZA 4CK1A 4CHQA 3P5JA 3C6UA 5C42A 4FJLA 4EZ9A 4O4GA 4HUFA 1QSSA 2ZD1A 2HHQA 1D9DA 4KHSA 1UWBA 3DLRA 4H4MA 4O44A 2Z1IA 1TVRA 1FKOA 1WAJA 4E3SA 3S3NA 4CGGA 4OJRA 4MQ3A 3NDKA 1TK5A 4E1MA 4ZTJA 4KB0A 1J5OA 4BDZA 1VSMA 1BIZA 2ETJA 2XY8A 3AA3A 4AHSA 3TARA 3AA2A 1RCHA 1LW2A 1S1XA 4YNQA 3T1AA 2R7YA 2NUBA 3ASMA 3TI0A 3RMCA 3NF9A 1RDCA 4CGDA 1IKXA 1S9EA 3VA0A 4FK0A 2DY4A 4CFDA 2P51A 1BQNA 4FLVA 3PV8A 1ZYQA 2YNIA 3OYIA 2Y1IA 4PA1A 3KLIA 3ZT0A 1RT1A 3HVTA 4DTOA 3NF6A 3V9ZA 3LZJA 3KKRA 4GVMA 4FCYA 4AHTA 4FLXA 3KKSA 3AVJA 2D0BA 4FYDA 1GOCA 3C95A 3LANA 4LH5A 2G8FA 1D5AA 1Q9YA 3HO1A 1XC9A 1FK9A 2PYLA 2A1RA 5DK5A 5CYQA 1JLCA 3I0RA 4DQQA 2PY5A 4CGHA 1EP4A 3RMBA 1IKWA 4QAGA 4XIUA 1TKDA 1NK5A 1J53A 4O5BA 4CIFA 3SNNA 1TL1A 4B8AB 4N76A 2O4GA 2F8TA 2OPRA 1VSDA 1RBRA 4AH9A 3TAPA 4KO0A 3NGYA 1BI4B 4M45A 1I3AA 1LAWA 2GUIA 2IAJA 4CEBA 4F3OA 3KLEA 2XY7A 1C0UA 4AHCA 1REVA 4CGFA 3QEXA 3V9UA 3NGIA 1X9WA 3DLKA 3OY9A 4CEOA 5J1EA 3K2PA 4FJ9A 4DU3A 3OS0A 4CJKA 1DLOA 1LWEA 4J2AA 2OPPA 3NGZA 3SV3A 3NH2A 2X74A 4BE1A 1VSEA 3S9HA 3VQ9A 4DFPA 4JS5A 4DFKA 1YTUA 4CJQA 2Z1HA 2G8VA 4ELVA 4HUGA 1LAVA 3MEDA 4IFYA 4CEDA 3LPTA 3LDSA 1L5UA 1BCOA 3V9SA 4FXDA 4ZHRA 1FKPA 1WSIA 4N5SA 4M3YA 3ITHA 4DTPA 4M3TA 1CXUA 3O4NA 2QKBA 3CYMA 1KFDA 4KAZA 1S1UA 3RRHA 1BI4A 4C8NA 4B9NA 4DQIA 1HPZA 3HPHA 4CGJA 3HJFA 1ASWA 4OLBA 3K5NA 3QETA 1B9DA 3QEWA 4Z4EA 5EU7A 1NJZA 1WLJA 4FJJA 1JKHA 4CCHA 3L2RA 1ASUA 1QE1A 4CJPA 1Y97A 3RMDA 4DQPA 4DMNA 4CF1A 1I39A 3DLGA 3O4QA 3M8SA 4DFMA 3VQCA 4ZTFA 2P5GA 3CQ8A 3QINA 4CFBA 5E41A 2VG6A 3E01A 5CZ2A 3LZIA 4QCLA 3MXJA 1NKBA 3VQEA 4PUOA 3HL8A 3JYTA 4J2EA 4KRFA 3IRXA 1HJRA 4FJMA 3V1OA 3FFIA 1RBUA 2FBYA 1J9AA 3PUFA 3IAYA 4HCCA 3SQ0A 4FJKA 1U45A 2DFHA 2I5JA 1K6YA 3F9KA 1QTMA 4M3WA 3VQ4A 3ULDA 5HRRA 1WSEA 4FJGA 2KTQA 3VQ5A 1QQCA 3DOLA 4CFAA 4E19A 1DTQA 3SZ2A 4KTQA 4FW1A 3NCIA 1IG9A 1KRPA 3ZSQA 4J2BA 1JLAA 1VRTA 1CZ9A 1WSGA 1X1PA 2YHAA 4CF2A 4CK3A 3AO5A 1SKRA 2QKKA 3HSTB 3M8RA 4OLAA 3HPOA 4CFCA 2W42A 3HK2A 2BE2A 2FBTA 4CJUA 1VSIA 4ID1A 3ZCMA 3KLHA 4DTRA 1L3VA 3VQPA 4IG0A 2DFEA 1HQEA 4DG1A 4BE0A 1ZBLA 1WAFA 4KHYA 1NJWA 4E7HA 4RW9A 3SQ2A 1RDBA 1YT3A 2ITGA 3AVGA 1Z26A 4KV8A 1IKVA 3DI6A 3TAEA 4FJIA 1RTHA 2OZMA 3H08A 4FK2A 4FM1A 1F21A 4PQUA 2IGIA 3D45A 4LSNA 3I8DA 1KSPA 3PY8A 3S3OA 3ZSVA 3HPGA 4CHZA 3KLGA 4Z4FA 1EKEA 2B5JA 4Z4GA 1ITGA 2VG7A 3DLBA 1YVUA 2LSNA 5CYMA 4DS5A 3UIQA 3QNNA 2HB5A 4DTMA 3OVNA 3AV9A 5FRMA 4QOZB 1KVAA 5J2MA 2D0CA 3QEVA 4RW6A 3LAMA 4KI6A 1B92A 1NJXA 2HNYA 1RT7A 3JSMA 1KVCA 1GOBA 3D0PA 4Z4HA 3CM5A 3RMAA 5FRNA 1RT4A 1TK0A 1SL0A 1Q9XA 4FJXA 1W0HA 3U6FA 1CZBA 3AO2A 3QO9A 2X6SA 3L2UA 4BDPA 1TKTA 3ZT1A 2BANA 3ZSOA 3C6TA 5FROA 1KCFA 4CEAA 1S9GA 1SL2A 4E89A 3O3HA 3ZT2A 4FLUA 4H8KA 4CEZA 1QS4A 1NK6A 1VSJA 4R5PA 1TAQA 4JS4A 4DWIA 2KW4A 3AVNA 3K5OA 4CJLA 4DU4A 3OS2A 4FJ8A 1RBVA 2P1JA 2WOMA 3QEIA 2DTUA 3AO1A 1XI1A 3G10A 4NCBA 3KK3A 1VSLA 3AVIA 2FBVA 1RDAA 3OJSA 3I0SA 3OYMA 4BE2A 5CZ1A 4FK4A 1N6QA 2E4LA 4DLGA 3MXIA 3AVMA 2IDOA 1U49A 3OYCA 4DF8A 4DTSA 1JLEA 4DS4A 2P5OA 5HLFA 1ASVA 1LV5A 2HHXA 3BGRA 2VWKA 1XHZA 3DRSA 3HM9A 1JL1A 3CFRA 3TAFA 1RTJA 4BWJA 1ZBHA 3NAEA 1JL2A 4N47A 2YNFA 3K5MA 3SJJA 4O55A 1VSFA 4HVJA 1GOAA 1O1WA 4C8MA 2Q3SA 1HRHA 3TABA 4CECA 4EP5A 3PX6A 4HCBA 1NKEA 1RBTA 3TWHA 3P1GA 1HNIA 2RPIA 3MECA 2HHUA 3LP1A 3AA5X 4BDYA 4NYNA 4DSFA 1JXEA 4OPJA 1NOYA 2HHTA 2IS3A 2YNGA 4F2SA 1IKYA 4F4KA 2HHSA 4WE1A 1C1BA 1XHXA 4CJ3A 5DMRA 3OYAA 1TGOA 4DFJA 1NOZA 3V81A 1RT6A 2WONA 2KQ2A 3VQAA 4DSEA 3TANA 4UQGA 4B9MA 4K8XA 1JLQA 1TKXA 3KK1A 3L8BA 4CERA 1U4BA 1L3SA 3NF7A 3SUQA 1BIUA 1EETA 3IS9A 4KFBA 4IFVA 2YNHA 3SV4A 1TV6A 1X9MA 3LP0A 1A5VA 4GMJB 4H4OA 4DTJA 2OA8A 2D5RA 4B9SA 3KD1E 2HHVA 1NK0A 1QHTA 2PYJA 3EY1A 4FZYA 1FXXA 3DLHA 3AO4A 2VWJA 1QSLA 3AVFA 2VG5A 4CJWA 4DF4A 4CJ4A 3HYFA 3OYEA 1SL1A 1KLNA 4B3OA 3K57A 1IO2A 1RBSA 1W9HA 5KGWA 4DSLA 4Q0BA 3QEPA 5J2PA 3B6OA 4LH4A 3SQ1A 3AO3A 3LAKA 4C8LA 3AVAA 3DMJA 4OKJA 4CJTA 3NH0A 3PX0A 5HROA 1HNVA 1RT2A 1A5XA 3OYNA 3ISNC 3O3FA 1U47A 3A2FA 4IDKA 1IH7A 4KHUA 3OJUA 3WNFA 5I42A 1EX4A 3S3MA 4I2PA 3L2WA 1WSFA 4FLWA 3PO4A 4KI4A 3L2QA 4KTZA 2OPQA 1UAXA 2XY5A 3QNOA 3B6PA 3NH1A 4B8CA 2KFZA 4CF8A 1S6PA 4M3RA 1KVBA 2IC3A 5J2NA 3ZSWA 4N41A 1ZBIA 3TAQA 1TAUA 3OYJA 3KK2A 3MEEA 1WSHA 3NFAA 4OGCA 4DQRA 4I9QA 2FBXA 3V9WA 1DTTA 4G1QA 2GV9A 3RR8A 4PY5A 1RT5A 1CLQA 1R0AA 3RRGA 2YHBA 3ZSYA 3SQ4A 1U48A 4O0JA 3EYZA 1UA1A 3V1RA 1NK9A 5KGXA 3SYZA 5J2QA 3OYFA 2G8HA 1LWFA 1X9SA 4FVMA 4NCGA 1RTDA 3WNHA 3LP2A 3LPUA 3L2VA 4I7FA 1NK4A 4C8OA 1CXQA 4OKKA 3NBPA 1BCMA 1S1VA 3DRRA 4EP4A 4DLEA 4FLYA 4FLTA 3TAGA 4DQSA 4PWDA 1LW0A 3VQBA 4CGIA 3NHGA 1C1CA 4HHTA 4FJNA 3M8PA 4FJHA 3AVBA 3HP9A 4CJ5A 2XO7A 2HMIA 3SPZA 3HXMA 4E7KA 2E6LA 3WNGA 4E7JA 3CM6A 1TL3A 3V1QA 1SV5A 2YKNA 1T8EA 4M3UA 3RWUA 3BDPA 4KHWA 4E0DA 1T05A 2FC0A 1BISA 3VQ8A 4W5RA 2X6NA 1VK0A 4CHNA 3CFPA 3MXMA 5HBMA 1JLGA 1C0TA 1RT3A 3OYDA 1TK8A 4JRPA 4I9LA 2B6AA 1S5JA 4KTWA 4BWMA 1L3TA 4DSJA 4FJ7A 4IBNA 3SUOA 2EX3A 2QXFA 3KD5E 4Q5VA 1L3UA 4M3ZA 3K5LA 4CEFA 4ELTA 1VRUA 5KRSA 4KREA 3AVLA 4RW7A 2G8WA 3K58A 2KFNA 3K59A 3WNEA 1HYSA 4OVLA 4FM2A 3LP3A 1RNHA 4CHYA 1D8YA 2YV0X 1KTQA 1JLBA 3OS1A 4FJ5A 4Z4CA 1N5YA 3SUPA 4HUEA 4B9UA 3AVKA 3V4IA 5SWMA 3KTQA 3T19A 1EXQA 3TAMA 4AHRA 4EZ6A 4F8RA 2A1SA 3CFOA 1KLMA 4LSLA 4FLZA 4DTXA 1RILA 2BDPA 4LD0A 3RR7A 1MU2A 5FDLA 1HYZA 1WSJA 3EZ5A 4DU1A 2F8SA 1VSHA 2O4IA 1VSKA 3DLEA 3QIPA 5HP1A 2GBZA 4W5OA 3AVHA 4E7IA 4CJVA 3RTVA 1NK8A 4N56A 4OPKA 1A5WA 4E7LA 1SKSA 3OYLA 3LWLA 1B9FA 4DSKA 2RKIA 4RG8A 4E1NA 1SUQA 1XWLA 2X78A 3M8QA 5CY4A 4CEEA 4CJEA 3U3GA 4CJFA 4JRQA 3ZSXA 4DTNA 1NK7A 4HTUA 4NYFA 2RF2A 3ZT4A 3V9XA 1J54A 3OYKA 3MEGA 5HRNA 4B9LA 4F3TA 2DFFA 1LWCA 3V6DA 3CG7A 1U04A 1G15A 2EHGA 4MFBA 4BACA 2OPSA 3G0ZA 4AILC 3VA3A 2JLEA 3NF8A 4Z4IA 3P83D 4DSIA 2ZQBA 3HVRA 2G8IA 3VQ7A 2JGUA 4ICLA 4KKOA 3LALA 2IOCA 4FZZA 4Z0UA 4L8RB 2AJQA 4W5NA 3F73A 2G8UA 1UOCA 5JS1A 3L3UA 3OYHA 1WNSA 3PO5A 5I3UA 5SZTA 4B08A 1BGXT 2OZSA 3ZSRA 1BQMA 4RW8A 3ZT3A 3C94A 1D9FA 2B4JA 3VQDA 1UA0A 2G8KA 4ELUA 1JXBA 4CJSA 1S1TA 4FW2A 2KZZA 2Z1GA 4CHPA 1S1WA 2Y1JA 1KFSA 1C0MA 5C24A 5C25A 2XHBA 1BL3A 3IG1A 4J2DA 1HMVA 1RTIA 4CHOA 3OYGA 3KLFA 3VN5A 5KI6A 4W5QA 3L3VA 4KPYA 5HRSA 1C1AA 3DYAA 3VQQA 1QSYA 2PZSA 4IKFA 4B9VA 2HVHA 1BHLA 4M41A 1HYVA 3LWMA 1Z25A 3T3FA 4B9TA 3PX4A 3SUNA 4KHNA 2ZE2A 5JS2A 3THVA 1ZBFA 4IG3A 3KIOA 4CE9A 2XY6A 3ALYA 3HT3A 2BGGA 1HQUA 3QLHA 3U3YA 2HNDA 4CF0A 3QIOA 3HP6A 2D0AA 4W5TA 1NJYA 2KZMA 1Q8IA 3DRPA 4RW4A 4CESA 5T7BA 4M3XA 4TSXA 2HNZA 3OYBA 1SKWA 4FZXC 3NE6A 1T7PA 4NCAA 1WN7A 2HW3A 1ZBUA 4CJRA 1S6QA 1JLFA 3DM2A 4KHQA 4AHUA 1YTAA 3AA4A 5HRPA 4O0IA 4CF9A 4KB1A 3DOKA 2ATQA 5KRTA 3SPYA 4K8ZA 2HVIA 2OYQA 4FM0A 1C6VA 4YFUA 4Y1DA 4Y1CA 4LY7A 4OKEA 3SCXA 1NKCA 2QK9A 3QESA 5KTQA 3KJVA 2XRIA 3VQ6A 5K14A 4AHVA 4ID5A 1TKZA 3MAQA 2YKMA 4OGEA 4GW6A 1RDDA 4I2QA 3TR8A 4CIEA 3SI6A 5D3GA 2RN2A 4CEQA 3QERA 1T03A 2E6MA 4CIGA 2F96A 4M42A 4DTUA 4C8KA 4F2RA 3AVCA 2Z1JA 4CK2A 3O3GA 4JLHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSZA 2O8BA 4WQ5A 5C42A 5AQWA 3UKRA 3C0BA 5JICA 1UWBA 3WQTA 4O44A 3S3NA 1NLVA 1O13A 3NDKA 4E1MA 3CJ1A 1VSMA 1BIZA 4AHSA 3AA2A 2R7YA 3HOTA 4YNQA 2DY4A 3D2FA 2P51A 3EE8A 3A0IX 3KLIA 5BPMA 3NF6A 3V9ZA 3KKRA 4AHTA 3KKSA 1J5EK 4JK7A 3LANA 4CZFA 2G8FA 3O4WA 3HO1A 1IG8A 2HF4A 4MDAA 5DK5A 1JLCA 4MO4A 3RMBA 1EP4A 4QAGA 4XIUA 1J53A 4O5BA 1HNXK 4N76A 2YHXA 2GUIA 2IAJA 2FXUA 3CCEN 5C2FA 1REVA 4CEOA 5J1EA 4CJKA 1DLOA 4Y0WA 3E9OA 2OPPA 3NGZA 4BC4A 3S9HA 4BRNA 1KC8O 4DFPA 3EEQA 1YTUA 2Z1HA 3LPTA 4H0YB 1L5UA 1BCOA 2QXLA 1FKPA 3E1YA 4LF6K 4YY3K 1KFDA 4B1XB 2HBLA 1N34K 1S1UA 1NWKA 1HPZA 3HPHA 1B9DA 3O9SA 5EU7A 1HKBA 4CCHA 2I7PA 2O8DA 4JKFA 4CF1A 1I39A 3K9JA 3O4QA 3M8SA 2UXBK 5E41A 4EIAA 2VG6A 3ZX3A 3LZIA 1YIJN 3O80A 4H0OA 3T1HK 4DR3K 5C10A 3JYTA 1HJRA 4ILHA 3FFIA 3EL2A 1K8KB 1RBUA 2FBYA 2P9PB 4M3WA 4AF1A 1EWQA 4FJGA 4KTQA 1T6DA 4FW1A 1IG9A 4YDUC 3TSQA 5IT9O 5KPRA 1WSGA 1X1PA 4CF2A 4DV6K 3AO5A 5LMUK 4OLAA 2W42A 2FBTA 4CJUA 3ZCMA 4DTRA 3A5NC 4DV5K 3HI0A 5HL7L 4B3RK 3CI5A 4E7HA 1NU0A 5C2DA 2NLXA 2P9IB 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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