3ZT4A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 57
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt4A00
4CFAA 3DOKA 4XIUA 4CERA 5FRNA 2ITGA 4NCBA 3KLEA 1L3UA 1B9FA 3HPGA 3TI0A 3C94A 2QKKA 3FFIA 4MFBA 3A2FA 4CGFA 3DRRA 4HVJA 4ICLA 1JLEA 3ASMA 3V9UA 1S5JA 2Q3SA 3KKRA 4E3SA 4DQIA 1D9FA 1JLCA 3KLIA 4M3ZA 4NCGA 1QS4A 4KREA 4FZYA 3S3OA 2HVIA 2GV9A 3PY8A 4J2EA 3LZIA 4ELUA 4DMNA 3AO1A 4KKOA 4FK4A 4FJ8A 5HRRA 1S6QA 2HHUA 4CF8A 3HP6A 2W42A 1L5UA 3C95A 4DFKA 4AHVA 3CQ8A 4RW7A 4AILC 4NCAA 1D8YA 1HNVA 1A5XA 4E7JA 4FJLA 2IC3A 2D5RA 1LAVA 3I0SA 1QSSA 3SQ4A 1VK0A 1BISA 5HP1A 2DY4A 3MEEA 3OYIA 4N41A 3HJFA 4F3OA 3V9XA 2NUBA 3HVTA 1KTQA 4FYDA 2XRIA 4E0DA 3TAMA 5SWMA 1TL3A 1TKTA 3OYGA 4C8LA 4CHQA 2X78A 2KQ2A 3HPHA 2OYQA 3NH0A 2P1JA 2IDOA 4C8MA 4CFDA 1Z26A 3V4IA 1BI4B 3SQ0A 3NGZA 1JLQA 2G8KA 4I9QA 3OYDA 1NOZA 2YNIA 4CF0A 3KLHA 4KFBA 3SNNA 4Q0BA 2KZMA 3CM5A 4DSKA 2D0CA 4KO0A 3M8QA 4IG3A 2PY5A 4L8RB 4W5NA 4BACA 1JLBA 1S1TA 1RT1A 4RG8A 4CIFA 2PZSA 1Y97A 3KLGA 5CYQA 1Q9XA 1CXUA 4CJFA 3AA5X 4FXDA 2YKMA 4R5PA 5C42A 3K5LA 2XY6A 4FW2A 2Z1GA 1RT6A 4M3RA 1VSMA 1TVRA 1IKXA 3U3GA 1LW0A 1XHXA 1C0MA 1W9HA 1ZBFA 4IDKA 4RW8A 4C8NA 3OYHA 3AVCA 1LV5A 2PYLA 3RWUA 1RDBA 3AVIA 1RDDA 3TR8A 3VA3A 1ITGA 3MECA 1KVCA 5J1EA 2OZMA 4KI6A 3D0PA 3K5MA 3LZJA 3O3GA 1IKVA 3T3FA 3QETA 1HYVA 4DSIA 1C1CA 1CZ9A 4E7HA 2QKBA 3QNNA 3P5JA 2G8UA 1A5VA 3KIOA 4FJHA 5E41A 2G8FA 3P1GA 5KGXA 4Z4CA 3NHGA 3B6PA 3HT3A 3AV9A 3RTVA 4BDZA 4EP4A 1RT4A 1WSHA 2B6AA 2F96A 1ZBLA 1JXEA 3KK1A 5T7BA 3VQ9A 1C0TA 1WSJA 4AHCA 3V9WA 4DSJA 4FZXC 5HBMA 5KRSA 2BGGA 4FJ7A 4PUOA 4W5QA 3QLHA 3AVNA 3O3HA 4CIEA 5C24A 3KK2A 3DLHA 4DWIA 5DK5A 3HXMA 1ZYQA 3NH1A 1TV6A 4DSFA 3SUOA 2RF2A 2HHXA 5KI6A 4FW1A 2HW3A 4DFJA 1D9DA 2X6SA 4M3XA 4IFYA 3DLBA 1C1BA 3RMDA 3HO1A 3CM6A 4Y1DA 1U47A 2HB5A 3EYZA 2G8WA 4HCCA 2HHWA 3OYKA 1UA0A 3LPTA 3V6DA 1KRPA 5I3UA 3DLRA 3HPOA 4DF4A 4F2RA 4KHSA 1REVA 3LP1A 4OVLA 4M45A 3UIQA 5J2NA 3ZSXA 5JS2A 2XY5A 4I2PA 4FJGA 1LAWA 3LP3A 3V1QA 4OPKA 1JXBA 4CF1A 1UWBA 3L3VA 4O0JA 3K5NA 1U48A 4KAZA 1XI1A 1WAJA 4CK3A 4CF2A 3DRSA 1XC9A 2E4LA 2HNZA 4GW6A 2VG6A 1BL3A 4OGEA 2YHBA 3ZT1A 4CEZA 3LWLA 4KHUA 3AVLA 1X9SA 3VQ6A 4FJ5A 2VWJA 3AA2A 4Z4IA 4DG1A 3KTQA 1YVUA 4ID1A 4CJWA 4YNQA 4JRPA 1UOCA 3ZT2A 1MU2A 4CEEA 4AH9A 4B3OA 3AO4A 4LD0A 2BE2A 1BGXT 2Z1IA 3VA0A 3SI6A 1T8EA 3B6OA 3PO5A 4FVMA 1IO2A 3SCXA 1VRTA 1VSEA 4K8XA 4N76A 2HHVA 4O4GA 1XHZA 2JGUA 1ZBIA 2IOCA 2FBXA 1XWLA 4H4OA 4O44A 4EP5A 3OJSA 3QNOA 4B9VA 2RKIA 3P83D 3L2WA 4HHTA 4FK0A 5D3GA 4CFBA 3HM9A 4CJVA 3C6TA 4FLVA 4W5RA 3RR8A 2E6LA 4OLBA 1Q8IA 4GMJB 4JRQA 3DI6A 4DTOA 1RDAA 1R0AA 4H8KA 1EETA 3JYTA 3IAYA 4FCYA 1EKEA 4CJRA 3NAEA 1BI4A 1U45A 2VG5A 4WE1A 4E7LA 3DOLA 5DMRA 3V1OA 2HHQA 1BQMA 1U4BA 4CJ4A 1LW2A 4DFPA 3O4QA 4M3TA 1SKSA 4NYNA 4CEQA 3ZSVA 2PYJA 1LWCA 3NCIA 1VSFA 3M8PA 1WSEA 3DLGA 1TAUA 1WN7A 1LWEA 1Z25A 2GBZA 2HNYA 4CHOA 4CEAA 2WOMA 1L3TA 4C8KA 4FLWA 1S1UA 3RMBA 1WLJA 4LH5A 1NOYA 4FJMA 3TANA 3SPYA 3QO9A 5SZTA 1QQCA 2OZSA 4CECA 3NGIA 4FLYA 3LAKA 1HJRA 4E7IA 1Q9YA 2OPPA 4FK2A 4DFMA 1RBTA 1ASVA 1FKOA 2BANA 4CJUA 1QSLA 4B9TA 4I9LA 3ULDA 4ELVA 4E19A 2FBVA 2F8SA 4RW6A 1RBVA 3T1AA 4CE9A 3TARA 3SZ2A 2P5GA 3OY9A 3ISNC 3OJUA 2ATQA 3AA3A 2XHBA 3IS9A 4ZTFA 4B9NA 1L3SA 1C6VA 1RCHA 3M8RA 3MXMA 4CEDA 1NK0A 3OYNA 4CK1A 3VQ4A 1BCMA 4DSEA 4FM2A 4M41A 5I42A 1KVBA 4Y1CA 3KK3A 3LDSA 1IKWA 1DLOA 1FXXA 4FJ9A 2Z1HA 3SYZA 1JKHA 2OPRA 4IKFA 1WAFA 3VQEA 1BCOA 4CEFA 1J9AA 3TWHA 2HHTA 3AVHA 3LWMA 3VQAA 2Z1JA 3AO2A 5FDLA 3OS2A 5J2PA 3PV8A 1QE1A 4KPYA 3IRXA 5J2MA 1N5YA 4Z4HA 2QXFA 3LP2A 1GOAA 3VQ8A 2DFHA 4M3YA 1C1AA 3WNEA 4AHTA 1VSKA 1FKPA 4DU1A 4JS5A 2GUIA 4AHUA 4ID5A 1NJZA 3BGRA 4EZ9A 4AHRA 2HNDA 3TAFA 1J54A 3NF9A 3OYJA 1RBSA 1S6PA 4RW4A 1TAQA 3V81A 1SKWA 4F2SA 4FJNA 3CFRA 2E6MA 4GVMA 3ZSWA 5CZ2A 1X9MA 3V9ZA 4MQ3A 4Z4FA 1VSIA 1KCFA 4CEBA 4CJPA 1NK8A 1KFDA 1RDCA 1ASUA 4CGJA 3L2QA 2ZQBA 1GOCA 3RR7A 4CK2A 4BDPA 3QIPA 3HK2A 4M42A 4DF8A 1B92A 1RILA 2B4JA 1RT5A 1N6QA 1WNSA 4B9SA 3DRPA 4CGDA 2AJQA 3MEDA 3OVNA 2IGIA 2XO7A 1T05A 1L3VA 1TKXA 3U6FA 1BQNA 1C0UA 1IH7A 4Z4EA 1D5AA 3O4NA 2G8IA 2X6NA 4M3UA 1I3AA 1QHTA 4FLUA 1SV5A 3SQ2A 4EZ6A 2JLEA 3TAGA 1RTHA 3LAMA 3MEGA 4DS4A 5CY4A 2G8VA 3RMCA 4FJXA 3S3NA 4K8ZA 1F21A 5K14A 1HQUA 1TK0A 3HL8A 1WSIA 3DYAA 3NF7A 1W0HA 3LP0A 3WNGA 1FK9A 1ZBUA 4DQRA 4ZTJA 4HTUA 1S1WA 4C8OA 1WSFA 3PUFA 3OYFA 3S3MA 5HLFA 4O0IA 4F3TA 3ZT3A 4FM0A 1SUQA 1HPZA 1JL2A 5J2QA 3VQCA 3VQQA 4KB0A 2KFNA 5CZ1A 3KD1E 4CHNA 4E7KA 1VSDA 5HRSA 3HSTB 1YT3A 2LSNA 4LSLA 3PX4A 4Z4GA 3L3UA 4G1QA 3NH2A 4B8CA 4KHYA 1WSGA 3K2PA 1SL2A 4CJ5A 4OKEA 3SV3A 1YTAA 4DLGA 3L8BA 3SJJA 2DTUA 4DS5A 1KLMA 1X9WA 3BDPA 3V9SA 3THVA 1J53A 4PA1A 1S9GA 4AHSA 4I7FA 3EZ5A 2FBTA 1NJWA 1VRUA 4KHWA 1TGOA 4DTXA 3JSMA 1EX4A 3QEXA 3PX6A 3ZT4A 3PO4A 3RRGA 2Y1IA 4O5BA 4UQGA 4DTNA 1GOBA 3VQDA 3ZCMA 3EY1A 3QINA 2P5OA 3VN5A 3OYLA 1VSHA 1TL1A 3AVGA 1LWFA 4CJLA 1DTTA 2A1SA 4CIGA 3QEIA 3NF6A 4CJQA 1VSLA 3O3FA 4O55A 3I8DA 1RT2A 1O1WA 5HRNA 2HHSA 3NF8A 3RRHA 1JLGA 1X1PA 4HUFA 4LH4A 4CHYA 1VSJA 5KGWA 3L2UA 4FLTA 3SUQA 1G15A 3HYFA 1T7PA 3T19A 5JS1A 2D0AA 3SPZA 3OYEA 3VQ5A 3AA4A 3WNFA 1JLFA 1HYZA 2YKNA 1NJYA 4OLAA 4PY5A 4KI4A 3AVKA 4JS4A 3NBPA 3ZSQA 1IKYA 4N56A 1ZBHA 4BE2A 3K59A 4B9MA 1U04A 5FROA 1EXQA 3HP9A 1NJXA 4KB1A 4J2BA 4W5OA 4IG0A 4PWDA 1B9DA 1NK9A 4CEOA 3NFAA 3SV4A 1HMVA 2HVHA 1JLAA 4E89A 3RMAA 4DSLA 4QOZB 4QCLA 4IBNA 3OYAA 3VQ7A 1NK5A 4TSXA 4M3WA 4B8AB 3HVRA 3TAQA 3SUPA 1SL0A 1JL1A 4B9LA 2D0BA 2QK9A 1RBRA 3G10A 4DTRA 2ZD1A 1HQEA 2XY7A 5FRMA 3I0RA 3VQBA 4ELTA 2G8HA 3ALYA 4LSNA 4DTMA 3PX0A 3L2RA 2KFZA 4CGHA 1BIZA 2IS3A 4HCBA 4OKKA 3SQ1A 4IFVA 4RW9A 4KHNA 1NK7A 4DTUA 1ASWA 1RT3A 4N47A 4CESA 1RNHA 2RPIA 3NDKA 3OYMA 2OPQA 2EHGA 3ZSOA 4DTSA 3QEVA 1A5WA 4KHQA 4BWJA 2O4IA 4Z0UA 2YNGA 2IAJA 3OS1A 3D45A 4KV8A 3QIOA 4W5TA 3CYMA 4CHZA 1NKEA 2F8TA 3H08A 5EU7A 4ZHRA 4CJEA 3AVMA 2KW4A 3DLEA 4OPJA 3TAEA 5KTQA 3MXJA 4DQSA 1IG9A 1KVAA 2DFEA 3ZSYA 3KJVA 1RTDA 5C25A 2YHAA 5HRPA 4BDYA 4DQQA 4PQUA 1S1XA 5HROA 1HNIA 4CF9A 2A1RA 1TK8A 1S1VA 2KZZA 4CFCA 2VWKA 3ZSRA 1HYSA 3TAPA 3QEPA 4KTQA 1BHLA 2OPSA 3DMJA 2DFFA 3QERA 1KLNA 1RTJA 4FZZA 3KD5E 4E1MA 3OYBA 4E1NA 3DLKA 4NYFA 4CHPA 4KRFA 2B5JA 1S9EA 4HUEA 4OGCA 1TKZA 3KLFA 3QEWA 1SL1A 4DQPA 4J2DA 4QAGA 4B08A 3F9KA 1QSYA 1K6YA 5CYMA 1TKDA 2X74A 4KTZA 3AVJA 4CJKA 4I2QA 4FLXA 1KSPA 2EX3A 3CFPA 3ITHA 4CJTA 1NK6A 2YNHA 2HMIA 2FC0A 2WONA 4BE0A 1T03A 1U49A 3CG7A 4KTWA 4H4MA 4DLEA 3AVBA 3G0ZA 4CGIA 3K5OA 1BIUA 2BDPA 1UAXA 3LPUA 1CZBA 3C6UA 4CGGA 3MXIA 1SKRA 1CLQA 1CXQA 1QTMA 3NGYA 3ZSZA 1I39A 2ETJA 4YFUA 4J2AA 3WNHA 4DU4A 3AO5A 1HRHA 3M8SA 4FLZA 3SUNA 3ZT0A 1TK5A 2P51A 4HUGA 2OA8A 4DU3A 4B9UA 5KRTA 4DTJA 3QESA 4FJKA 4FM1A 4DTPA 3AVAA 4BWMA 4LY7A 4CCHA 4CJSA 3OS0A 4F8RA 3DM2A 3VQPA 3NE6A 2RN2A 1KFSA 3F73A 3KKSA 4JLHA 3AO3A 4OKJA 3V1RA 2YV0X 3MAQA 1UA1A 4F4KA 3OYCA 3E01A 3AVFA 4BE1A 4Q5VA 2R7YA 4FJIA 2O4GA 4CJ3A 1YTUA 3CFOA 3IG1A 3TABA 2FBYA 4FJJA 2Y1JA 3K57A 3U3YA 1NKBA 3LANA 3S9HA 2KTQA 2XY8A 3LALA 3K58A 2YNFA 1EP4A 1NKCA 1RT7A 1NK4A 4OJRA 1RTIA 4N5SA 3L2VA 1RBUA 2VG7A 2I5JA 1J5OA 2ZE2A 1DTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OTOK 2F7TA 4CFAA 3DOKA 4CERA 3C7NB 3VEVA 1L3UA 4CZIA 3TI0A 3C94A 1OH5A 4K43A 2P9KA 3O6WA 4MFBA 3DRRA 4ICLA 3WXJA 3ASMA 3W3DA 3KKRA 4DQIA 1QS4A 4FZYA 2GV9A 3AO1A 5HRRA 3ZLJA 1IBLK 5AQVA 4BROA 1L5UA 3CQ8A 4AILC 4JN4A 1HNVA 3L6QA 3MWTA 1BISA 5HP1A 3OYIA 4FVUA 4B1WB 5BR9A 2NUBA 3VERA 4FYDA 4E0DA 3FZHA 2X78A 3HPHA 1HJOA 5AQRA 3O08A 1Z26A 4DV1K 3TSQA 1BI4B 3SQ0A 2NLXA 3OYDA 3KLHA 4Q0BA 4KO0A 3R1XA 1NGFA 3SMSA 1JLBA 4CIFA 4B9QA 1Q9XA 4CJFA 3AA5X 4FXDA 1O13A 4JI7K 5CE3A 1D4XA 4DCHA 4K42A 4M3RA 1IKXA 1LW0A 3AVCA 1LV5A 3TR8A 1OVQA 4KI6A 3LDPA 5AQTA 5GAEP 1HYVA 4DSIA 3P5JA 3KIOA 5E41A 2G8FA 3AV9A 4WQ4C 4AM6A 4BDZA 2GELA 4LF5K 2B6AA 1JXEA 3VQ9A 4FZXC 4W5QA 3QLHA 5FPMA 3J7ZO 3E9OA 5DK5A 4BRHA 4XEIA 4DSFA 4BG8A 4FW1A 2HW3A 2X6SA 3DLBA 3HO1A 3CM6A 1XC3A 4DKWA 4H0VB 3EYZA 3V6DA 1W2BM 3BF3A 1XUPO 3HPOA 4KHSA 3UIQA 2UYTA 5J2NA 3ZSXA 4H03B 2XY5A 4I2PA 4FJGA 1S3XA 1S22A 4IJNA 1VQON 4O0JA 4CK3A 3RVCA 1XC9A 4RTFD 1BL3A 3EE8A 3ZT1A 4CEZA 1SAZA 1X9SA 4FJ5A 3AA2A 2E2QA 3DWLA 4DV4K 4AH9A 4B3OA 3M1FA 1T8EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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