3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
1NGIA 1TYQB 3VOVA 3W0LA 4BVPA 4XH1A 3FZLA 2P9IA 3KHYA 3UB5A 5AQOA 4JHDA 3LDLA 4B1VA 4CBUA 1HKGA 1BWFO 1E4FT 4H0OA 4JN4A 1BOTO 2P9IB 2OANA 3QICA 2QWQA 1LCUA 4RCHA 4BGBA 1DKGD 4JHDB 4B1XB 3VF4A 3VPZA 5F2RA 2GUPA 3I33A 3IMXA 4CZHA 5EY4A 3VF6A 1ZC6A 3CQYA 5BREA 2VCPA 4PL7A 4BC4A 2QWNA 2CGLA 4K42A 3IFRA 3MN5A 3EKSA 4CZEA 2E88A 4H5TA 3QFUA 3U8XA 4FWOA 5AQIA 3QDKA 5KPZA 3H1VX 3MN6A 3D2EA 1V4SA 3C0BA 3LL3A 4FWMA 3MK6A 4BRDA 3LDNA 3CJBA 1NGAA 3EZWA 2V52B 3O5BA 1Z6RA 2GWJA 4H0VB 1NGHA 1NMDA 3HI0A 2GWKA 3QB0A 3SJHA 3C7NA 2A40A 2P9KB 2Q1NA 4BRHA 4IZ9A 4HWIA 2V51B 4F9OA 4IO8A 3BF3A 2E1ZA 4LC9B 1GLBG 1YXQA 3A5LC 2P9LA 3C7NB 4ISFA 3LDPA 2E2OA 2YHXA 2ASPA 2CGJA 4WYBA 2A5XA 2YJEA 3D7EO 5AQSA 4E1JA 1NWKA 5AQGA 5F0XA 1JCEA 3O4WA 3L6QA 5JICA 2FF3B 5AQYA 3ZETB 1IG8A 3CI5A 3H46O 2QWOA 1QZ6A 3AAPA 1X9JA 2NRHA 4B9QA 3H6EA 2V7YA 1NM1A 1BG3A 3B8AX 1P8ZA 1K8KA 2E8AA 3DAWA 4JNEA 1RGIA 2QM1A 1QQNA 3AARA 3IDHA 4B1UB 2NLXA 3JS6A 1K8KB 4HTLA 5FPDA 4BRQA 2ZF5O 4A2AA 4DHYA 1BA1A 3A5NC 4A2BA 4I6MA 1QQOA 2F9TA 1S22A 4FWRA 4CZLA 4DCHA 3GE1A 3RSEA 3WXIA 3VERA 4BR9A 4PKIA 5FPEA 3GG4A 4YDUA 3CETA 2F9WA 3GOIA 4I6MB 3AAQA 4BQLA 2E2NA 4CZFA 3HBTA 4FOEA 3RSEB 3SMPA 5EVZA 1JCFA 3SK3A 1JCGA 5KPRA 3G25A 2UYTA 3U9ZA 2I7PA 5LJWA 3DXMA 3UE5A 1DGKN 3R9PA 3O8MA 3SLCA 2DPNA 1BU6O 3CIPA 5AQUA 2P9NA 2W40A 3WT0A 3QBWA 3GL1A 2P9PA 5BN9A 4FL9A 4BR0A 3DXMB 4PL8A 4A61A 2HF4A 3GBTA 1QQMA 1MWKA 3TU5A 3VGLA 2P9NB 3ZEUA 3H1QA 5ELZA 4PKGA 2P9PB 5JLHA 5EOYA 3SMSA 1OKJA 4XH4A 1H1VA 4BRAA 2QW9A 5I9EB 5KQ8A 4QS9A 4CJ7A 3ZEUB 1NGCA 2FSNA 3BF1A 2ASOA 2E2QA 1Q18A 1HJOA 2Q36A 2QXLA 3WUHA 4BREA 2ITMA 3VEWA 1HX1A 5ADXH 1ZXOA 1WUAA 4AM6A 4GY2B 1NGGA 3M1FA 1ATRA 3U9DA 1HUXA 4EAHD 1U2VB 5JLFA 5E26A 3MN9A 4BRKA 2HF3A 3A5OC 3L4IA 4H0YB 2P9KA 1HLUA 3WXLA 3QMLA 4WQ5A 2D4WA 3WXJA 4BRIA 1R59O 2IVOA 2HMPA 4FO0A 4CD3A 4H0TB 4B1WB 2A42A 4FPBA 4CZGA 1NGJA 3U4LA 3MCPA 4EHTA 3MMVA 5LJVA 1EQYA 3HSCA 1KAZA 3CQXA 1YUWA 2V7ZA 3O08A 4EIAA 1XC3A 4JD2B 4RTFD 3BUZB 4EFHA 3ZETA 3WXKA 4BRGA 1BDGA 2A3ZA 3WQUA 1ATNA 2FF6A 3VGMA 3VEOA 3VEZA 3CJAA 1YVNA 5KPTA 4ISGA 3F9MA 3WEEA 5AQMA 2D0PA 5KQDA 1BA0A 4FWQA 2YHWA 2ZWHA 1NGBA 5FPMA 4AM7A 4RWTA 3M3ZA 3W3DA 4J8FA 4FWLA 4WQ4C 3WEEB 5EX5A 2FLOA 2ZGZA 2CH6A 4PKHA 2AA4A 2BUPA 5BPNA 2GELA 3ULEA 2YCHA 4DB3A 5AQNA 5AFUA 1YAGA 3FLCO 4MO5A 2AP1A 2PAVA 1ZBSA 4CD1A 1T44A 2D0OA 4BR2A 3ULEB 3UKUB 4K43A 3ZX0A 1GLFO 3S41A 5BRDA 3CJCA 3LDOA 3ZX2A 1MWMA 5AQWA 1BO5O 5BR9A 1KAYA 3P4IA 4FWKA 3CJ1A 2KHOA 3JXUA 2I7NA 3FZHA 3FZKA 1GLJO 1T6CA 3KZBA 1V4TA 3A5MC 4Y0WA 5AQPA 4QS7A 4DQ8A 3EL2A 5JMVA 1GLAG 4FSVA 4IJNA 2Q0UA 1GLEG 3FE1A 1QZ5A 5AZJB 3OHRA 4BRPA 3L0QA 5BRFA 4MLEA 4A62A 5AZIA 1C0FA 4O8KA 3VESA 4BR4A 1Z05A 4BRNA 2A6AA 3FZFA 3VGKA 3ATVA 3O80A 1HKCA 2IVPA 5AZIB 4CI6A 1NBWA 2QWMA 4IJAA 2J4RA 5BPLA 3EO3A 3VEYA 4B1ZA 1ESVA 5AQRA 3VEXA 5AR0A 4KBOA 4EHUA 2NZTA 3ENHA 3A8YA 1NGDA 5EXWA 2ZGYA 1KXPA 3TPQA 4CBXA 5AQLA 1HKBA 1NGEA 3ZX3A 1XUPO 2A41A 4FWPA 4WQ4A 4QS8A 1U2VA 1WOQA 4CZJA 1T6DA 3LDQA 4MO4A 3GDQA 3FGUA 1NGFA 4BROA 3M6GA 4BRCA 3MN7A 5AQKA 5AQVA 4H0XB 1LOTB 3R6MA 5F1XA 1DEJA 1E4GT 1TUUA 5AQFA 1RFQA 3DXKA 4BC3A 1KAXA 4IXCA 2YJFA 2E1YA 2E20A 3J8AA 4NO7A 1X3MA 4H5NA 4JD2A 3DXKB 1GLCG 5B8HA 4BGAA 4BG8A 2BTFA 4M7YA 2IVNA 4K25A 5AQXA 4YDUC 1Y64A 3BEXA 5AQQA 2WUSA 3VETA 2QWPA 2FSKA 3QFPA 1SZ2A 3H3OB 4BR5A 5AQZA 4BRFA 3FR0A 3IUCA 1IJJA 3BP8A 3D2EB 3QBXA 1RDWX 3A0IX 2CH5A 2FXUA 1J6ZA 4H5VA 3R8EA 3H3NO 4CZKA 3DJCA 5AQHA 2W41A 4M63C 4O5FA 3LM9A 2CGKA 3FFKB 4XH5A 1S3XA 4M7XA 2VYPA 1U6ZA 5AQJA 4BRMA 4BQZA 5AQTA 1MA9B 5FPNA 2EWSA 4BVOA 3CHWA 1X3NA 1XQSC 4B1YB 3LM2A 4BG9A 3KVGA 2Q0RA 4BC2A 2QWLA 3UKUA 4GNIA 4CBWA 3I8BA 1BUPA 2VWBA 2P9LB 5LY3A 1TUYA 2P9UA 3ID8A 2YI1A 2E2PA 2P9SA 2D1KA 5BRHA 4FWSA 2Q31A 4BC5A 2PBDA 3HM8A 1C0GA 4JAXA 5CE3A 2Q2RA 2P9UB 4H5RA 1SQKA 3UKRA 2P9SB 1QHAA 3FZMA 4FOIA 1GLLO 2HOEA 1SAZA 1HPMA 4MLHA 2Q97A 3VENA 1ATSA 3CERA 3EKUA 3H45C 3O1BA 3UKRB 2GTDA 3CJ9A 1CZAN 3HTVA 3VEVA 5AZJA 2H3GX 3WQTA 2FSJA 5AFUH 4H0PA 3D2FA 4NB4A 4K41A 2YHYA 2GEMA 3DWLA 3CJ7A 4WQ5C 3ENOA 1GLDG 3ATUA 4H03B 5BN8A 3D2FB 1G99A 4FWNA 1MDUB 2IIRA 3O6WA 4BRLA 4FPAA 1D4XA 3VF2A 4C23A 4ISEA 4BR7A 3EN9A 3O1WA 4IWVA 5BPMA 1TYQA 4XEIA 2QWRA 4CZIA 1NLVA 2ASMA 3AY9A 3MDQA 5TKYA 4L3QA 4H5WA 5E84A 4CZMA 4Z94A 3HZ6A 5ADXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MX2A 2XY7A 4DV2K 3W0LA 3ZYYX 4BVPA 1NK7A 1VQON 3FZLA 4JI3K 3KHYA 1KVAA 4W5QA 2HBLA 3TAPA 3LDLA 1SL0A 4CESA 4CBUA 3AVKA 1BWFO 2IC3A 4DTXA 4H0OA 4M42A 2NNWA 2P9IB 4RCHA 4BGBA 1LCUA 3AVGA 2KKZA 3CCEN 3VF4A 4MFBA 4JKEA 4IG0A 3I33A 4DQQA 5EY4A 4J2EA 1U4BA 4BE2A 5BREA 2VCPA 3H08A 1EWRA 3MN5A 3U8XA 4KHUA 3H1VX 3P83D 2ZJQL 3E1YA 4YOXA 3C0BA 3CJBA 4LD0A 5IWAK 3O5BA 2GWJA 1TKZA 4I9QA 4JRPA 1D9FA 4Z4HA 3QB0A 3L8BA 4O44A 3NHGA 1QSSA 4CEDA 5GIOA 4CFCA 3P38A 3KK2A 4IZ9A 4DTPA 4HWIA 2EX3A 2V51B 3MAQA 3QESA 4F9OA 4LC9B 2P9LA 3LANA 4JEPA 2VG7A 4DUYK 1Z25A 1CZ9A 3CCJN 3CFRA 2ASPA 1S6QA 2YJEA 3KKRA 3JAMO 1B92A 5F0XA 3AA5X 3O4WA 2A1SA 3L6QA 3CI5A 4NLCA 1A5WA 4X62K 2AJQA 3QERA 2QKBA 1VSEA 3H6EA 2VG5A 1BG3A 3OS2A 1K8KA 4CJWA 4JS5A 1QQNA 3LP1A 3OYKA 3IDHA 3VQQA 3L4QA 1ZBUA 3JS6A 4FJ5A 4FJXA 4CJUA 1S72N 4A5AA 4HTLA 5FPDA 3CMEN 1IO2A 2ZF5O 3P1GA 4A2AA 4B3OA 2F9TA 4YOTA 3THYB 4DCHA 1IV0A 5FPEA 4GKKK 3AAQA 1QVGM 4CZFA 3HBTA 4FOEA 5EVZA 3N4PA 3CCVN 4U7BA 1K73O 5LJWA 1YIJN 3DRSA 3SLCA 1NOYA 3IAYA 4FZYA 3VQ8A 4FJGA 5BN9A 3NE6A 4PL8A 3LP2A 4JI8K 2HF4A 2LSNA 3O3GA 3OYAA 1QSYA 1MWKA 3H1QA 3BZKA 4DV0K 2JWKA 5JLHA 1VQLN 5EOYA 5KQ8A 2QW9A 1TAUA 3VQ4A 1JLCA 2IDOA 2F4VK 3MX5A 4CJLA 2O8BA 3ZEUB 3V9SA 4CIGA 1G15A 3EE9A 4DSEA 2HHSA 3HM9A 4GKJK 3SPYA 5ADXH 1OVYA 3PX6A 1RILA 3HK2A 4R79A 2WONA 4LF4K 3IKMA 3T69A 2VGNA 3CPEA 4FVUA 4FJ8A 1ATRA 1U2VB 4BDZA 5E26A 4FJHA 4A5BA 4BRKA 3A5OC 4FCYA 4JK8A 5GIPA 2P9KA 3WXLA 5FRNA 2D4WA 2O8DB 4F2RA 1KFDA 4CE9A 1S6PA 2IVOA 3V81A 4CD3A 4KHPK 3SUOA 1W2BM 2DFFA 4EHTA 4E89A 1R0AA 3PIOL 1EQYA 1CXUA 1SKRA 3CQXA 4CIFA 4BE1A 1M1KO 1YUWA 1XC3A 4JD2B 5T7BA 4DLGA 4DQIA 1VK0A 3ZETA 3OYNA 4DV6K 4ZTJA 5EU7A 1BQMA 1RTIA 3VGMA 3M8PA 3CJAA 1YVNA 3VEZA 1QE1A 2X74A 4ISGA 3F9MA 5DMRA 1BA0A 3CPWM 4FW2A 1YJ9N 3K5NA 1NGBA 4FLTA 5FPMA 3C94A 4E3SA 3MCAB 4CFBA 4ZHRA 3DLHA 3MXIA 2FLOA 4J2DA 4JS4A 4PKHA 4CERA 3NMUA 3OS1A 5AQNA 1VSMA 1OH6A 1YAGA 1IG9A 4CECA 3FLCO 1T44A 4AHTA 3ZSXA 5C15A 3NFAA 3ZX2A 3ZCMA 4FM2A 4DS5A 4OKEA 5BR9A 1BCMA 2KLAA 2B6AA 2YNGA 3U6FA 4CJTA 3JXUA 2I7NA 1RDUA 2W42A 4DU3A 1T6CA 1V4TA 3A5MC 3QIOA 3PUFA 1GLAG 3LAMA 4N56A 4O0IA 2PFUA 4TSXA 3FE1A 2G8WA 4BRPA 3L0QA 1SKSA 3ZSWA 5H1SQ 3HOSA 4IDKA 1IBLK 2XY6A 3FZFA 1CLQA 1HKCA 2IVPA 4FYDA 1NBWA 1BIUA 4DUZK 2RE2A 2X6NA 4YFUA 5AQRA 3F2KA 4V19S 4EHUA 3A8YA 5EXWA 2ZGYA 4B9UA 4CK1A 5AQLA 1HQUA 5TKWA 3BDPA 4YOVA 2A41A 2YHBA 1WOQA 4JKCA 1RBSA 4C1NI 1Y97A 3MWPA 1XHZA 3B6OA 4RW7A 5AQKA 4H0XB 1LOTB 3R6MA 5GAHP 3TAQA 3T1HK 4JLHA 3E9OA 3VQBA 4OPJA 1DEJA 5M1QA 4KTWA 2R7YA 5AQFA 4A59A 3SBTA 1Z26A 4MQ3A 1LW2A 1ZBIA 2HHXA 2ZE2A 4CHNA 1U48A 4B9SA 2G8UA 2E1YA 4H5NA 3RMCA 1QHTA 2HNZA 4B8AB 4JI1K 1RDDA 4YDUC 2OZMA 1C1CA 3HPOA 1WNSA 1C0UA 2FSKA 3QFPA 1L3VA 3SAGA 3H3OB 4AHVA 1B9FA 3EZ5A 4CGGA 1IJJA 3DM2A 2D0CA 1YT3A 1J6ZA 2WFBA 4H5VA 3AVLA 2O8EA 5AQHA 1CXQA 1RT2A 3QNNA 1K6YA 2OPRA 5AQJA 4DMNA 3KWGA 1B9DA 4MDBA 1SL2A 2NRRA 3CHWA 3PY8A 1EP4A 2QXFA 1LW0A 3KKSA 3UKUA 4GNIA 1RTDA 1BUPA 3CC2N 2P9LB 4Y1CA 5LY3A 2P9UA 2YI1A 5BR8K 4KH6A 3WNGA 4DR3K 3PO4A 3QEPA 2OZSA 5CE3A 1X9MA 1SQKA 3HJFA 4Z4CA 3C6AA 4R5PA 3DLKA 1QHAA 3CYMA 2Q97A 4DSJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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