3ZX0A

Ntpdase1 in complex with heptamolybdate
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
404
structure length
385
Chain Sequence
KYGIVLDAGSSHTNLYIYKWVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 117
structure length 385
sequence length 404
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx0A02
3VERA 5AQRA 4K25A 1HUXA 5I9EB 3VF4A 1RFQA 3VESA 3WQUA 5KPRA 4M7XA 4Y0WA 4FWRA 4AM6A 4FO0A 1J6ZA 2P9LB 3L4IA 2QWLA 3O80A 3JXUA 2W40A 2E2OA 4K42A 3RSEA 3WXIA 2QWRA 4BVOA 5E84A 4JAXA 4CZHA 4CZLA 2ASMA 1Q18A 1MWMA 4DCHA 3O6WA 2PAVA 3EZWA 3O4WA 5AR0A 1WOQA 3D2FA 3KHYA 4FWSA 4CBXA 1QZ6A 1HKGA 1HPMA 3CQXA 1TUUA 1D4XA 3EN9A 4BGAA 1GLFO 4FOIA 4I6MB 1YXQA 2AA4A 3CJAA 4FPAA 1KXPA 5BRHA 1U2VA 4BRQA 5AFUA 4CBWA 3HM8A 1BDGA 3ULEB 5BPLA 2P9PA 4H0OA 3M1FA 5AZJA 1NGCA 2WUSA 3M3ZA 5LJWA 3ZETB 1NGDA 3WEEA 1GLCG 3BF3A 5AQFA 3I8BA 1GLLO 2IVOA 4LC9B 5AQWA 2CGLA 1QHAA 1SQKA 3LDQA 3A5NC 4KBOA 1NGIA 2HMPA 4RWTA 3ATVA 3GBTA 2IIRA 3FZLA 1LOTB 2CGJA 4BC5A 3SK3A 3ENHA 3VPZA 1CZAN 3VEOA 3DWLA 3HTVA 1KAZA 1NM1A 3TU5A 4BRCA 3H46O 4H0TB 4K43A 1NBWA 2ASOA 3ID8A 3U8XA 5FPEA 4FL9A 3BF1A 3CJ7A 4WQ5C 3MMVA 4XH4A 1JCGA 2F9TA 4B1YB 2V51B 3MK6A 2QWQA 3AARA 3O5BA 3MN5A 2P9NA 2A42A 3EL2A 3QFUA 1Y64A 3H1QA 3WXLA 2CH6A 2IVNA 2ZGZA 5LJVA 2CH5A 3CHWA 4H5WA 3UKUB 3H3NO 3JS6A 5KPZA 5TKYA 4CJ7A 3A0IX 4QS9A 1HJOA 1QQOA 3O1WA 1TUYA 3CIPA 4ISGA 4CZJA 3R9PA 1U6ZA 4XH1A 2GEMA 2V7YA 4HWIA 1H1VA 1ZC6A 1HKCA 1XC3A 1WUAA 2E20A 3FZFA 2GWJA 3D7EO 5BREA 4J8FA 1BU6O 5ADXH 4BRDA 1V4TA 5AQUA 2HOEA 2FXUA 3ZEUA 2EWSA 1NWKA 2P9KB 5JLHA 5EOYA 3QFPA 5AQIA 4BRPA 3D2EA 3A5OC 4WQ4C 4H5TA 2Q1NA 2E88A 5B8HA 2UYTA 3VEXA 2FSKA 4BR5A 2HF4A 2P9UB 5AQGA 3RSEB 2IVPA 2P9SB 3HSCA 4CZIA 4EHTA 5EVZA 4H0VB 1GLAG 4BGBA 3D2FB 1HKBA 1JCFA 1G99A 4FWKA 1RDWX 3A5LC 3C7NB 5AQLA 4CD1A 1NGJA 3S41A 3H3OB 3VF2A 2YHWA 1RGIA 1LCUA 1U2VB 4FOEA 4GNIA 1NGAA 4NO7A 3LM2A 2VWBA 3P4IA 5F0XA 4M63C 3F9MA 3BUZB 2P9PB 3WXJA 3KVGA 3WUHA 4BRAA 4MLHA 5AZJB 4B9QA 4BRHA 3CJ1A 4BROA 2DPNA 4QS7A 1NGFA 5FPNA 2D0OA 4JD2A 3LDOA 4A2AA 1MWKA 4B1UB 4XH5A 3GG4A 4CBUA 4YDUA 4EAHD 1C0FA 1E4GT 2Q2RA 3AY9A 2Q31A 5KQ8A 1T44A 3VGKA 2Q97A 2F9WA 5LY3A 2FSNA 4IXCA 3CJCA 4O8KA 1YAGA 3C0BA 2H3GX 3O8MA 1YUWA 2QWPA 5BN9A 4BREA 4Z94A 3VGLA 1HX1A 3VEWA 4BRNA 1NGHA 4BG9A 2HF3A 3L0QA 4RCHA 3UKRB 3LL3A 2ASPA 4JHDA 4FWOA 4MO5A 3VENA 5BRDA 1Z6RA 3CQYA 1IG8A 1KAYA 3GDQA 5ELZA 3ZX2A 2YHYA 3HZ6A 1EQYA 5JLFA 4FSVA 4MO4A 3UB5A 3FLCO 3FFKB 4L3QA 4PL8A 4GY2B 2YI1A 1BWFO 2QM1A 2E8AA 4B1ZA 1TYQA 1DEJA 1DGKN 3H6EA 3ZETA 3MDQA 4FWQA 4BRIA 3TPQA 4CZEA 4K41A 3MCPA 3QB0A 4PL7A 2NZTA 4CI6A 1BO5O 2V52B 3ZEUB 4PKHA 2NRHA 1GLBG 2D0PA 3J8AA 1ESVA 2NLXA 3VEVA 5BN8A 4FPBA 2QWMA 2VCPA 3VEZA 2E1YA 3CJ9A 3D2EB 4BRGA 3DXMA 3U4LA 4BVPA 1XQSC 1X3MA 4BQZA 3MN6A 1BA1A 2GUPA 2QW9A 4BC4A 4H0XB 3DXKA 2E2QA 2VYPA 3U9DA 3KZBA 1Z05A 5E26A 5AQYA 3GE1A 2YJEA 2ZGYA 3M6GA 4EHUA 3FZHA 2PBDA 3WQTA 2CGKA 5BPMA 3FR0A 1S22A 4BR0A 2AP1A 5AQOA 3SMSA 3QMLA 4IJAA 1NGBA 4WYBA 2YHXA 3WXKA 1C0GA 1NGEA 5AQKA 4AM7A 3O08A 5FPDA 3EKSA 1K8KA 4WQ5A 5AQVA 2ITMA 5ADXA 3LM9A 5BR9A 4DQ8A 3W0LA 5F1XA 3VOVA 4BRFA 3WT0A 3HI0A 1BOTO 1BUPA 4BC2A 2QWOA 4JD2B 4CD3A 5AZIA 3AAPA 1IJJA 3LDLA 1OKJA 1ZXOA 1X9JA 4BRKA 3IMXA 1QQMA 4CZFA 5JICA 3BEXA 5AQHA 2A40A 1GLDG 3B8AX 5KQDA 2E2PA 3LDNA 3LDPA 2P9KA 3ATUA 3CERA 3WEEB 4BR4A 3H1VX 3FGUA 2P9IA 4H0YB 3AAQA 4CZKA 4BR2A 4QS8A 1ATNA 4ISEA 5EY4A 4B1XB 5AQZA 4JN4A 5AFUH 3ENOA 4H5VA 2P9UA 4JHDB 3MN7A 2FF6A 2GTDA 1R59O 2P9SA 3HBTA 3SMPA 1ATRA 1GLEG 1YVNA 3I33A 2BUPA 3VEYA 2QWNA 4PKIA 2W41A 3C7NA 4WQ4A 2YJFA 1SAZA 1BA0A 2P9LA 5AQMA 3W3DA 1P8ZA 1XUPO 3R8EA 3H45C 3ZX3A 3ZX0A 1HLUA 5AQXA 4A62A 1TYQB 3U9ZA 2J4RA 4HTLA 2P9NB 4BRLA 4C23A 2Q0RA 1MDUB 3FZKA 3FZMA 3BP8A 3GOIA 3IUCA 4RTFD 3G25A 5EX5A 2FSJA 2YCHA 1BG3A 4I6MA 4BG8A 3DJCA 4FWMA 2I7NA 4PKGA 4ISFA 1V4SA 2GWKA 3O1BA 5AQSA 3ULEA 4E1JA 2QXLA 5EXWA 4A2BA 2E1ZA 3CETA 4FWLA 4EIAA 3DXMB 1T6DA 3OHRA 2OANA 5AQPA 3VF6A 5BPNA 2A6AA 5FPMA 1QZ5A 1QQNA 4F9OA 4B1VA 2ZWHA 3DXKB 4BQLA 1MA9B 2BTFA 3QBXA 4NB4A 3UKRA 4H03B 3SLCA 3A8YA 3EKUA 5KPTA 1JCEA 2D1KA 4H5RA 4IWVA 1ZBSA 1NGGA 2D4WA 4FWPA 4XEIA 4BC3A 3FE1A 4BRMA 5F2RA 3EO3A 4IO8A 4CZGA 5JMVA 3L6QA 4BR7A 3QDKA 1T6CA 2FLOA 5AQNA 3MN9A 4DHYA 2KHOA 4BR9A 4DB3A 3QICA 1SZ2A 4IJNA 1K8KB 1NMDA 3IDHA 3VETA 5BRFA 4IZ9A 4MLEA 5AQTA 4M7YA 3CI5A 1KAXA 5AZIB 3DAWA 5AQQA 3A5MC 2A41A 4YDUC 3UKUA 1GLJO 2I7PA 2A3ZA 3CJBA 4B1WB 1X3NA 3QBWA 3R6MA 3VGMA 2Q36A 4A61A 2GELA 4FWNA 4CZMA 4EFHA 2P9IB 4H0PA 5CE3A 1E4FT 4JNEA 2ZF5O 3IFRA 4H5NA 3UE5A 1ATSA 1NLVA 1S3XA 2E2NA 2Q0UA 1DKGD 2FF3B 4O5FA 3GL1A 5AQJA 3SJHA 2A5XA 2V7ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VERA 4DQIA 1HUXA 3VESA 3WQUA 4M7XA 3SCXA 4F2RA 4AM6A 4FJMA 2HMIA 2PYLA 2E6MA 3TAMA 1RDBA 1JLGA 2HBKA 3JXUA 4IFVA 4CFAA 2E2OA 3WXIA 3C6TA 4BVOA 5E84A 4R79A 3L4QA 2NRXA 3THYA 4Z4IA 2PAVA 2ZJRL 3D2FA 4CBXA 4LF6K 1HPMA 2FBXA 4CECA 3CCMN 4OPKA 4RW4A 1TUUA 4FLTA 2AA4A 4DR2K 4BE1A 1BDGA 2P9PA 4JI4K 5AZJA 2QEXN 4B3SK 3THWB 3PLAA 1YJNN 3ITHA 1GLLO 5I3UA 1RBSA 1SQKA 3L2QA 3RTVA 5C12A 4WFBL 1LW0A 3V1RA 4B8CA 3LDSA 4BC5A 2HBLA 2HNDA 3JYTA 1WNSA 1KAZA 2O8FB 1NM1A 3TU5A 3H46O 1C0TA 4K43A 1NBWA 2ASOA 1SKSA 3U8XA 2PYJA 5FPEA 3EY1A 3BF1A 3CPEA 3MMVA 3QO9A 3QIOA 4KFBA 1RBTA 2F9TA 3I0SA 3OS1A 1BGXT 3CFOA 2HHWA 3EL2A 3RMDA 1S72N 3SAGA 2CH6A 3E9LA 3DRRA 4H5WA 3JS6A 1HYSA 2RE2A 5D3GA 1QVGM 1JXBA 4O44A 1KRPA 5HL7L 4DR7K 4ISGA 3PX0A 4DTNA 4XH1A 2V7YA 4HWIA 1HKCA 1XC3A 3SQ1A 4DR5K 1WUAA 3M8PA 3OYFA 3ULDA 4BWMA 4J8FA 4KB1A 1BU6O 2W6KA 4BRDA 1V4TA 2EWSA 3SUOA 3L2UA 3AO2A 5AQIA 4GVMA 4JRPA 3D2EA 3VQ5A 4AHTA 2KKZA 4H5TA 3NHGA 2Q1NA 3DRSA 5B8HA 3VEXA 1Y97A 4OVLA 2O8DB 1S9GA 1SKRA 2P9UB 3CCSN 3RSEB 4OO1J 2F4VK 3HSCA 4CZIA 4EHTA 3IKMA 1L3SA 4EZ6A 3C7NB 4CD1A 3M8RA 1HR0K 1NGJA 3K58A 2OCEA 1W7AA 3DM2A 4ELUA 3DLHA 4DR3K 1LCUA 3T7ZA 1ASWA 4CJWA 4MLHA 4RG8A 4CGJA 4BROA 3FFIA 4YOWA 3KWIA 2P1JA 4DSLA 1WSGA 4A2AA 3CXCM 4B1UB 2G8HA 3V9SA 4YDUA 4X64K 5FRNA 1HPZA 1NJWA 4KHPK 3AY9A 3AA4A 3QNOA 3DLBA 3VGKA 2XRIA 5T7BA 2Q97A 1L3VA 2F9WA 4BDPA 3OYJA 2FSNA 3OYHA 4CJFA 1SL2A 3V9XA 3Q7CA 4DTUA 4B9NA 3VGLA 4BRNA 4OPJA 2HF3A 4E0DA 4O0JA 2QK9A 1ASVA 1QS4A 3LL3A 4JHDA 5J1EA 1IO2A 3VA3A 4DSEA 3CQYA 2VGMA 1O13A 5M1OA 3HZ6A 3J80O 3LP3A 5JLFA 4MO4A 4E7LA 3UB5A 1EO1A 2OPSA 4DKWA 1EWRA 3RR8A 3HVTA 4CJLA 4YOVA 4DTRA 1KQSM 2QM1A 4K8XA 3QETA 4M3TA 1TYQA 3ZETA 4FWQA 1XMQK 3OYBA 3MEGA 1EKEA 2VG7A 4FCYA 4OGCA 5J2QA 5SZTA 4K41A 3RRGA 1RT6A 1RTIA 4JI7K 2KFNA 2O4IA 2V52B 4GKKK 4PKHA 4B9MA 3VEVA 3VEZA 1QQCA 4DLEA 1HQEA 4B3MK 1I3AA 1IV0A 1WSEA 2PZSA 2QW9A 4NYFA 3DXKA 4YFUA 2UUBK 3SUQA 2YJEA 5HBMA 4EHUA 1VQPN 5K14A 3FZHA 1QHTA 3U3YA 2PBDA 3FR0A 4JI6K 4FLXA 3J7AP 1JJ2M 3QMLA 4IJAA 2VQFK 3THXB 4WYBA 3WXKA 3O4NA 1C0GA 1NGEA 5AQKA 5JVGL 1RBRA 4YOUA 1RTDA 4ILJA 4FW1A 5BR9A 3SPYA 3CCLN 5F1XA 4O5BA 3HI0A 3P31A 4Z4FA 3SQ2A 4DQPA 2KFZA 3M8QA 4MQ3A 4CD3A 5AZIA 3OYKA 4BRKA 3IMXA 3MXMA 5GAEP 5KQDA 3CMEN 3KD1E 4BR4A 4DTXA 4FLZA 2HSTA 5FDLA 1DTTA 3LZJA 4W5RA 1N8RO 4CJKA 4DV0K 4FK0A 4LH5A 4I2QA 3MXJA 4FLYA 2O8EA 1LWFA 4N41A 3TABA 4LF4K 1J5EK 4NLBA 4CF0A 3HBTA 1BL3A 1YVNA 3T1AA 2GX9A 3K59A 1C1AA 4IG3A 4CJTA 3CPWM 3OYAA 2A1SA 1FKPA 1BA0A 5FLXO 2OYQA 3W3DA 4CEOA 3H45C 4DV5K 4I7FA 1IG9A 4CF9A 1HLUA 3ID6A 3VQCA 2VWJA 2R7YA 4FYDA 2J4RA 4HTLA 3CYMA 4JKEA 3SBTA 2PY5A 4FJ7A 2Q0RA 3MWPA 1MDUB 2JWKA 3NMUA 3IUCA 4WE1A 1HQUA 4RTFD 3MEDA 3AVMA 1BG3A 5DMRA 5AQSA 3J81O 1YITN 5EXWA 3THWA 5M1PA 1YT3A 2E1ZA 4FWLA 1FW6A 4EIAA 1N34K 4CJ5A 5AQPA 3OYCA 3AA2A 5C42A 3N4QA 4E1NA 4CHPA 4NCAA 1QZ5A 1QQNA 1VQKN 1D9FA 4B1VA 4O55A 4BQLA 1MA9B 5KGXA 2G8IA 3QBXA 4NB4A 1JCEA 1TKZA 2D1KA 3AVCA 4O4GA 1ZBSA 1S1VA 2QXFA 3OVNA 4FWPA 2P51A 5IWAK 4L8RB 4U67L 3S3NA 2YNIA 3EO3A 5JMVA 3L6QA 3MECA 3M5RA 3TAGA 2Z1JA 3QDKA 5AQNA 3MN9A 2O8FA 4DHYA 2KHOA 4BR9A 4DB3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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