3ZX2A

Ntpdase1 in complex with decavanadate
Total Genus 123
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
406
structure length
396
Chain Sequence
NVKYGIVLDAGSSHTNLYIYKWPAEKENVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNNSHCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
50100150200250300350300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S3 (79-85)TI2 (120-123)EMPTY3H1 (91-94)3H2 (98-100)AH1 (101-115)TI1 (94-97)S4 (125-130)TI3 (121-124)TI4 (187-190)3H5 (299-304)AH3 (142-158)S5 (162-168)S10 (276-279)AH4 (171-186)S11 (286-291)TII2 (283-286)TIV3 (239-242)S6 (209-213)TI5 (214-217)S9 (243-253)TII1 (252-255)S7 (217-222)TVIII1 (224-227)TI'3 (344-347)AH7 (321-330)TVIII2 (229-232)3H4 (232-234)S8 (235-240)AH5 (257-268)S13 (356-360)TIV4 (270-273)TI'2 (273-276)AH6 (292-296)AH8 (361-373)S12 (312-317)AH10 (395-401)AH9 (380-392)AH2 (132-140)S2 (59-68)TIV1 (56-59)3H3 (118-120)TI6 (279-282)TIV5 (339-342)S1 (47-56)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
total genus 123
structure length 396
sequence length 406
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx2A02
5AQGA 2GTDA 5AZJA 4H03B 5AZJB 1SZ2A 1HJOA 3VGLA 1KAYA 4BR7A 4RTFD 5KPRA 3UKRA 3UKRB 3FR0A 2Q36A 1KXPA 4NO7A 2YHYA 4DQ8A 1T44A 4B1ZA 4CBXA 3D7EO 3VEZA 1NGCA 4BR5A 1JCFA 2OANA 2BTFA 3QDKA 3AAPA 4BRAA 2IVOA 3ULEA 3ULEB 4CZMA 4PKHA 1XC3A 3O80A 2D4WA 3W0LA 3VETA 3UB5A 2E8AA 2FSNA 3FZLA 4H5WA 2D0OA 3SJHA 4BGBA 2UYTA 1QHAA 4WYBA 4BGAA 3WXLA 3WEEA 3WEEB 2I7NA 3CQXA 1HKGA 1KAZA 3MN6A 4BQLA 1DKGD 3JS6A 3KZBA 2E20A 3LDOA 4K41A 4LC9B 4WQ4A 1GLEG 1QQMA 3KHYA 3VEWA 2A5XA 4FPAA 3WXJA 4MLEA 5AQZA 5CE3A 4NB4A 3CJ9A 3DJCA 5JICA 5F1XA 3ZX2A 2V52B 3GL1A 4EIAA 2E2QA 4BR2A 4AM6A 4FWQA 4O5FA 4BVOA 1E4GT 3HM8A 4CZJA 4A2BA 4BRNA 5FPMA 1HX1A 5AQOA 3EKUA 5ELZA 3I8BA 1ZXOA 4A61A 4BRLA 2QWNA 3GBTA 3VPZA 2FLOA 3OHRA 2IVNA 1Z6RA 2ZWHA 2HF4A 4WQ5A 3VGMA 3O1WA 4H5VA 2PBDA 4CZKA 3AARA 1DGKN 2CH5A 4IWVA 3MCPA 4CZIA 2KHOA 3A5NC 3UKUA 4M7XA 3UKUB 1BDGA 3CJCA 1U2VA 1U2VB 2BUPA 5E26A 4XH5A 4JN4A 4CZFA 3D2FB 4WQ5C 5EOYA 3ENOA 4BRHA 2QW9A 3A5OC 1DEJA 4K25A 5KPTA 3WXIA 3MMVA 2E1ZA 4CD3A 3O08A 4FWPA 2IIRA 3LL3A 5E84A 3A5MC 1NGAA 2Q2RA 5JLFA 1TYQA 3A5LC 3CERA 1CZAN 1TYQB 1P8ZA 3GE1A 5JLHA 4JD2A 3H3OB 4JD2B 2P9SA 2P9SB 5LJWA 1X9JA 2GELA 2V7YA 5B8HA 4JHDA 1JCGA 4JHDB 2YCHA 1YVNA 4BRQA 4BRFA 3HBTA 1ATSA 3CJAA 3M1FA 3MN5A 2Q0RA 1WUAA 1NGDA 2E2PA 4BC5A 3LM9A 1MA9B 1QZ5A 4Y0WA 2Q0UA 5AFUH 3BP8A 5EX5A 2YHXA 2ASMA 3FZMA 3VF6A 2QWPA 3MK6A 1NGFA 2D1KA 3LDNA 2A40A 2YHWA 1YXQA 3QICA 1ESVA 1Q18A 1LOTB 1QQOA 3VF2A 4JNEA 2H3GX 2VCPA 5FPDA 4ISEA 2Q1NA 1J6ZA 4H5RA 1ATRA 1EQYA 2E2OA 3ENHA 4YDUA 1XQSC 3ZEUA 3ZEUB 3ATUA 1NWKA 1RDWX 4DB3A 1T6DA 4HWIA 5F2RA 4FPBA 2WUSA 4EFHA 3IUCA 5BRHA 3ATVA 1C0GA 5AQNA 1HLUA 1HKCA 3ZX0A 3BUZB 4H0YB 3ID8A 4H0XB 3VEOA 2AP1A 2GWJA 1NM1A 3G25A 3L6QA 3BF1A 3WQTA 3W3DA 3SLCA 4BRKA 4RCHA 5ADXA 1GLBG 4PL8A 2VWBA 1X3MA 1IG8A 4BR4A 2NZTA 4FOIA 3FZFA 5I9EB 3EZWA 1TUYA 3RSEA 2QWLA 3AAQA 3RSEB 3WUHA 3BEXA 2P9LA 3C0BA 1GLCG 2P9LB 4XEIA 4B1UB 4CZGA 2I7PA 4FWKA 4FSVA 3FFKB 3SMSA 2QWMA 3DAWA 3AY9A 4FWRA 3QBXA 4WQ4C 4J8FA 4K43A 3TPQA 4I6MA 5KQDA 3M6GA 4I6MB 3QBWA 3FGUA 1QQNA 3D2EA 4FWNA 2GUPA 3D2EB 4O8KA 1YUWA 1BA1A 5AQRA 3QB0A 4M7YA 2YJFA 4IJAA 4BRPA 1XUPO 3U8XA 4JAXA 3J8AA 4QS7A 3ZX3A 2ZF5O 3TU5A 4Z94A 1GLDG 5F0XA 3QMLA 5KPZA 3U4LA 2FF3B 4FOEA 4FL9A 3D2FA 1NGIA 3VEVA 3KVGA 3H46O 5AZIA 4FWLA 5AZIB 4PKIA 2E88A 2V51B 1NGBA 1G99A 1NGGA 5KQ8A 4C23A 2AA4A 3F9MA 3H3NO 1GLLO 3IFRA 1HPMA 4BC4A 3H45C 4BRDA 2QM1A 1ZC6A 1KAXA 1NBWA 3CJBA 1GLJO 4BVPA 2YI1A 3O1BA 1U6ZA 4IZ9A 3EL2A 1QZ6A 4BREA 2ITMA 5AQYA 3EN9A 3GDQA 3CJ1A 3SK3A 2P9KA 3DXMA 2P9KB 3DXMB 3O4WA 4B9QA 4PL7A 3R8EA 3VF4A 2HOEA 1OKJA 4FWSA 4KBOA 4CZEA 3LDPA 1ZBSA 2P9IA 2P9IB 5AQUA 4CZHA 4CD1A 2FXUA 5AQMA 4BQZA 3HSCA 4MO4A 3A0IX 3L0QA 4ISFA 3GOIA 5BPMA 3GG4A 3VENA 1S3XA 2IVPA 1SQKA 3BF3A 5BN9A 2PAVA 3JXUA 4GY2B 3FE1A 4BC2A 3UE5A 5AFUA 1BA0A 5LJVA 5AQIA 3O8MA 3I33A 3LDLA 3CJ7A 3MN9A 5JMVA 3HZ6A 3H1QA 2E2NA 4FWOA 1BUPA 1NGHA 4H5TA 2P9NA 2P9NB 3CETA 5AQVA 4B1XB 2ASOA 4H0TB 4L3QA 1NGEA 4F9OA 4BRCA 5BPLA 1Z05A 3MDQA 3IDHA 3O5BA 4EHTA 1IJJA 4BR0A 2VYPA 3VERA 4CBUA 1BWFO 2Q31A 2F9TA 4YDUC 4BRGA 4B1WB 1V4TA 1BO5O 1NGJA 4QS8A 1K8KA 1D4XA 1K8KB 1JCEA 4K42A 1S22A 4DHYA 3FLCO 4MO5A 5BPNA 2P9PA 3HTVA 4H5NA 2P9PB 4ISGA 1BU6O 4XH1A 5FPEA 1LCUA 1NMDA 4E1JA 2D0PA 4RWTA 3CIPA 1GLAG 5LY3A 5BREA 5AQJA 1RGIA 2YJEA 5AQLA 1R59O 5ADXH 3VOVA 2HMPA 3L4IA 4BG9A 2ZGZA 5EY4A 3WQUA 5AQHA 5AQKA 5BRDA 2A6AA 3EKSA 3O6WA 3H6EA 5AQWA 4BC3A 4BG8A 2F9WA 3FZHA 5BR9A 3QFPA 4AM7A 5EXWA 3A8YA 2CGLA 1MWKA 5EVZA 3VEXA 1Y64A 2A3ZA 3LM2A 2W40A 3DWLA 2GEMA 4FO0A 2W41A 1SAZA 2ZGYA 2ASPA 3VESA 3P4IA 2GWKA 1E4FT 3CHWA 1V4SA 2CH6A 5AQPA 4IJNA 5BRFA 2Q97A 2A41A 4CZLA 2FF6A 4H0VB 4DCHA 4CBWA 1X3NA 3ZETA 3ZETB 3R6MA 4H0OA 5TKYA 2QWOA 3MN7A 3VEYA 3C7NA 3IMXA 3C7NB 3WXKA 4A2AA 4FWMA 4BRMA 2NRHA 4A62A 2E1YA 4BRIA 5AQXA 2P9UA 3EO3A 2P9UB 4PKGA 5BN8A 1BOTO 3R9PA 5AQSA 1RFQA 1ATNA 2J4RA 3VGKA 2NLXA 3LDQA 4XH4A 2FSKA 4MLHA 4HTLA 2CGKA 4B1YB 3S41A 2FSJA 3CI5A 4IO8A 4H0PA 3U9ZA 2DPNA 5AR0A 3HI0A 1C0FA 1HKBA 1MWMA 5AQQA 4M63C 2A42A 2QWQA 2QXLA 2CGJA 4CJ7A 5AQFA 1T6CA 3SMPA 1YAGA 2QWRA 4GNIA 4B1VA 3WT0A 4IXCA 3B8AX 2EWSA 2V7ZA 3M3ZA 3CQYA 4QS9A 3H1VX 2HF3A 1TUUA 5AQTA 3FZKA 4CI6A 3DXKA 3DXKB 3QFUA 1NLVA 4BROA 1BG3A 1H1VA 4BR9A 1HUXA 4EHUA 1GLFO 3U9DA 1MDUB 1WOQA 5FPNA 4EAHD
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQGA 3TI0A 5AZJA 4H03B 1YHQN 1SZ2A 3QLHA 4R79A 3VGLA 4FJJA 4BR7A 4RTFD 5KPRA 3AVAA 3HXMA 4CF9A 5I42A 1Y97A 2D0AA 2YHYA 1T44A 3WNEA 3O9QA 4N56A 3VEZA 1JCFA 2XY5A 3QDKA 4E7KA 4U67L 1Q86O 3ULEB 4CZMA 5HRPA 4CJTA 2D4WA 4OPKA 3HPGA 3K5MA 4BGBA 2Y1IA 4R5PA 2YHAA 3G6EN 3CCUN 2I7NA 5DM7L 4I9QA 4BQLA 3JS6A 3KZBA 4E19A 3LDOA 4LC9B 4WQ4A 2XRIA 1C6VA 3WXJA 1EWQA 5AQZA 3AA5X 5CE3A 2G8KA 3TAPA 5FROA 3ZX2A 3QNOA 3Q7BA 1XHZA 4B3TK 2E2QA 4O44A 3KK2A 3B6OA 4BR2A 4B9SA 4AF1A 1VSDA 1CZBA 5J1EA 3AVJA 4BRNA 4JI2K 1X9MA 4A61A 1RBRA 1RDUA 2BH1A 2QWNA 4J2EA 4DSLA 2FLOA 3K9KA 5DM6L 4WQ5A 2ATQA 3TSUA 3RTVA 5IT9O 4JK9A 3AARA 3MCPA 4JKBA 4CF0A 2KHOA 1M1KO 3A5NC 2HSTA 1RT1A 2A1SA 3CJCA 1U2VB 3CF5L 1X9SA 1LWCA 2X6NA 1JLEA 4KH5A 4W5RA 4JN4A 4E1MA 3D2FB 5CZ1A 3CXCM 2FBYA 4WQ5C 1JXEA 3ENOA 1TAUA 5KPTA 4NXMK 3WXIA 4AILC 4O0IA 3AO5A 2ZJQL 1N33K 2E1ZA 4EP5A 1RT5A 5JLFA 1JKHA 2Y1JA 4J2BA 1CZAN 1TYQB 5JLHA 4CW7B 4Z4IA 4B8AB 1TKXA 3E01A 1GOBA 1KTQA 2GELA 4JHDA 1VHXA 4LFCK 1YJ9N 5KGWA 1NGDA 4X64K 4BC5A 4B9TA 2WOMA 3KK1A 4CF8A 3DI6A 1JL1A 1HPZA 3BP8A 5AFUH 4FJ7A 1S1VA 4OLAA 2ASMA 3HP6A 4QOZB 1I94K 1RTJA 3VF6A 3NGYA 3MK6A 4FLYA 1NGFA 4FYDA 4CHZA 3EEQA 2UUAK 4KHYA 1WSFA 1UA0A 5CR4A 4DSEA 1J6ZA 1ATRA 2B5JA 4E7HA 3IS9A 1NWKA 1RDWX 1ASUA 2Z1GA 5F2RA 4NYFA 2WUSA 3OYJA 3ATVA 1HNWK 1C0GA 4PQUA 5AQNA 4Z4GA 1S72N 1HLUA 5M1KA 4CHNA 3BUZB 4H0YB 5GAGP 3VEOA 4CEDA 2FC0A 3HYFA 3G25A 3L6QA 1NJXA 3BF1A 5ADXA 3C6AA 3LPUA 1IG8A 1JLGA 1RNHA 3AO3A 3P31A 2W6LA 4IOAL 4MFBA 1Q9XA 1RTHA 2QWLA 3RSEB 3WUHA 2P9LB 3P1GA 4CEEA 3QEVA 3L3UA 3MAQA 4ILGB 3SMSA 1N34K 4FLTA 4FWRA 4V19S 1MU2A 4K43A 3HM9A 2D0CA 4I6MB 3CPEA 4JKCA 5LL6Z 5AQRA 4DWIA 3QB0A 4F3TA 3I8DA 3U8XA 3J8AA 2ZF5O 3TU5A 4Z94A 5F0XA 3V1RA 2UUCK 3QMLA 5KPZA 3OS2A 3VA0A 4JYAK 3E9OA 1RDAA 3D2FA 1IBMK 3AV9A 4KHSA 3H46O 3T1YK 2GUIA 4JKGA 4C1NK 1VSIA 2E88A 1SKWA 2DFEA 2OTJN 1G99A 1NGGA 4WCEL 4KH4A 3H3NO 3AO4A 3OTOK 3PIOL 4DR3K 3H45C 3AVBA 2PYLA 4CERA 3V9SA 1GLJO 3OYLA 1U6ZA 3BZCA 3QNNA 3QIOA 5AQYA 3EN9A 3G71N 3VQDA 2HOEA 1OKJA 2E6LA 1Q9YA 4CGJA 3DRSA 2P9IB 3SPYA 1VSHA 3HSCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AQG A;  3TI0 A;  5AZJ A;  4H03 B;  1YHQ N;  1SZ2 A;  3QLH A;  4R79 A;  3VGL A;  4FJJ A;  4BR7 A;  4RTF D;  5KPR A;  3AVA A;  3HXM A;  4CF9 A;  5I42 A;  1Y97 A;  2D0A A;  2YHY A;  1T44 A;  3WNE A;  3O9Q A;  4N56 A;  3VEZ A;  1JCF A;  2XY5 A;  3QDK A;  4E7K A;  4U67 L;  1Q86 O;  3ULE B;  4CZM A;  5HRP A;  4CJT A;  2D4W A;  4OPK A;  3HPG A;  3K5M A;  4BGB A;  2Y1I A;  4R5P A;  2YHA A;  3G6E N;  3CCU N;  2I7N A;  5DM7 L;  4I9Q A;  4BQL A;  3JS6 A;  3KZB A;  4E19 A;  3LDO A;  4LC9 B;  4WQ4 A;  2XRI A;  1C6V A;  3WXJ A;  1EWQ A;  5AQZ A;  3AA5 X;  5CE3 A;  2G8K A;  3TAP A;  5FRO A;  3ZX2 A;  3QNO A;  3Q7B A;  1XHZ A;  4B3T K;  2E2Q A;  4O44 A;  3KK2 A;  3B6O A;  4BR2 A;  4B9S A;  4AF1 A;  1VSD A;  1CZB A;  5J1E A;  3AVJ A;  4BRN A;  4JI2 K;  1X9M A;  4A61 A;  1RBR A;  1RDU A;  2BH1 A;  2QWN A;  4J2E A;  4DSL A;  2FLO A;  3K9K A;  5DM6 L;  4WQ5 A;  2ATQ A;  3TSU A;  3RTV A;  5IT9 O;  4JK9 A;  3AAR A;  3MCP A;  4JKB A;  4CF0 A;  2KHO A;  1M1K O;  3A5N C;  2HST A;  1RT1 A;  2A1S A;  3CJC A;  1U2V B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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