3ZX2A

Ntpdase1 in complex with decavanadate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
406
structure length
396
Chain Sequence
NVKYGIVLDAGSSHTNLYIYKWPAEKENVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNNSHCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 123
structure length 396
sequence length 406
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx2A02
4BRGA 4A2AA 4NO7A 1KXPA 2E88A 5BPLA 3VERA 2E2OA 1WUAA 2QXLA 3U9DA 1MWMA 1NGEA 4ISGA 4CD3A 2GUPA 5BPNA 1DEJA 4JAXA 1Z05A 4QS8A 4BR0A 1OKJA 2V7YA 5BPMA 5AQOA 3EN9A 5JICA 1NMDA 2A6AA 2D0PA 3DXMA 3OHRA 4H5WA 5LJVA 3AAQA 3O8MA 4PKIA 3ZEUB 1QQMA 4BRLA 3IUCA 1JCGA 4CD1A 2P9KB 2QWLA 2P9UA 5E26A 3SK3A 1T6CA 1TYQB 5BRHA 1BG3A 3D7EO 3A5OC 1WOQA 1NGGA 4FPBA 1K8KB 3WXJA 1BUPA 3QBXA 3WT0A 3D2EB 4K42A 4JNEA 1BWFO 1U6ZA 3F9MA 1D4XA 5AQPA 5AQTA 2Q36A 4Z94A 1NGFA 2EWSA 3H1QA 1GLBG 2CGKA 1G99A 3C7NA 3ATVA 4XH4A 3MN7A 5AZIB 4CZKA 4M7XA 2P9IA 5AFUH 3WXIA 1GLFO 2E8AA 2ZWHA 1BO5O 3GDQA 4H0PA 3H46O 1TUYA 3ZETA 1QHAA 3TPQA 2YCHA 1MWKA 4BRPA 5LY3A 2P9NA 2YI1A 3IMXA 1C0GA 3O5BA 2KHOA 4F9OA 4BRDA 1SAZA 3I33A 4H5NA 1H1VA 1X9JA 3VEVA 2A42A 2FSJA 4CZIA 1XC3A 4IJAA 3CJAA 4CBUA 4BROA 4AM7A 5KPTA 1JCFA 3VPZA 2P9LA 5F2RA 4BRQA 4CZFA 3A0IX 3KVGA 3UKRB 3O1WA 5ELZA 3LM2A 3DXKA 5AQYA 4CZLA 3M6GA 3W3DA 5AQSA 5FPMA 1NGJA 5AQIA 1C0FA 4EIAA 5BN8A 3ULEA 3VOVA 3UKUB 2P9PA 3BF1A 5TKYA 3D2FB 3VEYA 3B8AX 1MA9B 2FXUA 4BQZA 3L6QA 2A5XA 3CIPA 3A8YA 1U2VB 4BGAA 3VEWA 1S22A 4YDUC 3CJ1A 5JLFA 2W41A 4BR5A 3H1VX 5F0XA 3ZX0A 3QDKA 3FE1A 3EO3A 5LJWA 2D0OA 2A40A 1NGAA 3MN6A 1V4SA 3G25A 3R8EA 3RSEB 1NGDA 3FR0A 4JHDB 3S41A 2E2PA 4GY2B 3HZ6A 4BVOA 2VWBA 4RTFD 2QM1A 1GLJO 4B1ZA 5EOYA 1RGIA 2QWMA 4IJNA 3WXKA 3C0BA 3FZFA 3CJCA 1QZ6A 2QW9A 3ZX3A 2YJFA 5AZJB 2ITMA 2A3ZA 4FPAA 3JS6A 2HF4A 3LDQA 4A62A 3BF3A 3MN9A 3TU5A 1KAZA 2D1KA 3CJBA 4CBWA 3CQYA 1XUPO 3SJHA 1MDUB 1HJOA 1Q18A 2GEMA 3CQXA 1YXQA 1NGBA 2HF3A 5BN9A 3KHYA 4QS7A 3AAPA 5KPRA 3KZBA 3HSCA 4CI6A 2W40A 1ZBSA 2P9KA 2YJEA 1SQKA 2F9TA 3HTVA 1BA0A 3BEXA 3WXLA 1Y64A 3MDQA 2CGJA 1GLCG 5CE3A 3WUHA 3U8XA 2P9SB 4IXCA 2Q97A 3WEEA 3D2EA 2IVOA 2ZGYA 5EX5A 3FZLA 2P9UB 1DKGD 3LDPA 4FWQA 4WQ4C 1QQNA 4M63C 3VGMA 4BR2A 4BRNA 3FGUA 4XH1A 1NGIA 2ASMA 4BRAA 2VYPA 3MMVA 4H0VB 5AQWA 1ATNA 3SLCA 4WQ4A 4FWPA 5ADXA 3FFKB 2I7PA 4EHTA 4BR9A 3H3OB 4FWNA 5AQFA 5AQLA 1LOTB 5KQDA 5I9EB 4CZGA 2CGLA 4BG8A 4I6MA 3O4WA 5AQHA 4L3QA 3M1FA 3O1BA 3ZETB 1V4TA 2ASPA 4M7YA 1QQOA 3VF4A 4JD2A 1E4FT 1E4GT 5AR0A 2CH6A 3AY9A 4H0TB 3VGKA 5E84A 1S3XA 4BR4A 2E20A 3CERA 2HMPA 3DWLA 4FL9A 3H3NO 4KBOA 3UE5A 3R6MA 4O8KA 5FPDA 1HKCA 3IFRA 1Z6RA 4Y0WA 4RCHA 3LM9A 2IVPA 5B8HA 4FO0A 1EQYA 2GTDA 5AQGA 4FSVA 2YHXA 1BDGA 4MLEA 4BG9A 2F9WA 2NZTA 1X3NA 3UKUA 1HKBA 4CZEA 4BRIA 4EAHD 4BGBA 5BREA 3EKUA 2ZF5O 1T6DA 2BTFA 2AP1A 3DXKB 1U2VA 5F1XA 1NGCA 3ULEB 3U9ZA 1CZAN 4BRHA 5JLHA 4A61A 1HUXA 2E2NA 2IVNA 4YDUA 2QWOA 3RSEA 2NRHA 4E1JA 4BREA 3VEXA 3AARA 3ZX2A 1HPMA 3O80A 4AM6A 4B1YB 3A5LC 3FZKA 4PKHA 4K41A 5AQMA 4ISFA 2J4RA 5AQKA 3VETA 4PKGA 2GWJA 1IG8A 2E1YA 3HI0A 2Q1NA 3ATUA 2FF3B 3FLCO 5AZJA 3L4IA 3QFPA 2GELA 3CI5A 5AQJA 2QWNA 3W0LA 4FWKA 2A41A 4BVPA 3H6EA 1RFQA 1BU6O 5AQXA 2YHWA 3SMPA 3A5MC 3ID8A 3WQTA 3I8BA 2V7ZA 3O6WA 2HOEA 3CJ9A 3ZEUA 4BRKA 3CETA 5EXWA 4BR7A 4RWTA 2QWPA 3GOIA 3QICA 1GLEG 2FSKA 3U4LA 1TYQA 3P4IA 3VESA 3DXMB 1J6ZA 5BRDA 1YAGA 4HTLA 1K8KA 3ENHA 2ZGZA 4B1XB 1ESVA 2ASOA 3MCPA 3HBTA 4FWOA 4EFHA 1NLVA 2P9SA 1R59O 3JXUA 4MO5A 4B9QA 4A2BA 5AQUA 2NLXA 2FLOA 1ZC6A 2BUPA 3VF2A 3GL1A 3GBTA 1XQSC 5AZIA 2Q0UA 4H03B 3VGLA 4CZMA 4PL8A 4NB4A 3VENA 2WUSA 4BC3A 3VEOA 4H5RA 4FOEA 3WEEB 4HWIA 3CHWA 4WQ5C 3C7NB 1ZXOA 3LL3A 3J8AA 2PAVA 1QZ5A 2CH5A 4QS9A 4C23A 5KQ8A 4EHUA 2P9IB 5BR9A 3GE1A 4DB3A 1P8ZA 2OANA 1GLLO 2I7NA 1HKGA 4CZHA 4WQ5A 2FSNA 4B1UB 2QWQA 4CBXA 3H45C 4H5VA 5KPZA 3FZMA 2H3GX 3O08A 2P9NB 1YUWA 3QB0A 3HM8A 4DHYA 5JMVA 5AQRA 4I6MB 4XEIA 1BOTO 4GNIA 3DAWA 4XH5A 1ATRA 1HX1A 1YVNA 3LDLA 2V51B 4H0XB 4FWRA 4JN4A 4B1VA 1SZ2A 3FZHA 3QBWA 4IO8A 4BC2A 3UKRA 2DPNA 1NBWA 3GG4A 4H0OA 4JD2B 1NM1A 4BQLA 3EL2A 4CJ7A 2AA4A 3WQUA 4BRFA 2E2QA 3EZWA 4BC5A 3UB5A 4DQ8A 3ENOA 1T44A 4BRCA 1HLUA 1NWKA 4FWMA 4MLHA 2Q31A 3M3ZA 5AQVA 3D2FA 2P9LB 2VCPA 2YHYA 4H5TA 2QWRA 1RDWX 2D4WA 2E1ZA 4BC4A 2GWKA 4LC9B 3EKSA 2FF6A 2P9PB 5FPNA 4IWVA 5BRFA 2V52B 1LCUA 3QFUA 4K25A 1X3MA 1KAYA 2PBDA 5AQNA 4B1WB 4IZ9A 4FWSA 4WYBA 3VF6A 4FWLA 4H0YB 4K43A 2Q0RA 4JHDA 3VEZA 5AFUA 1KAXA 3BP8A 3QMLA 3DJCA 1ATSA 4CZJA 1TUUA 4PL7A 5EVZA 3CJ7A 1JCEA 3BUZB 4MO4A 5AQQA 3SMSA 5FPEA 1GLAG 1DGKN 3LDOA 2Q2RA 5ADXH 1IJJA 4O5FA 4BRMA 2IIRA 4FOIA 4DCHA 1GLDG 3IDHA 3MN5A 4ISEA 5EY4A 3L0QA 3LDNA 3MK6A 4J8FA 3R9PA 2UYTA 5AQZA 3A5NC 1BA1A 1NGHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHSA 3L2WA 5BPLA 4RW8A 4IOXA 2E2OA 1W7AA 4GW6A 5C25A 1MWMA 1ZBUA 5BPNA 3V1OA 4JAXA 4CHOA 3OW2M 4BR0A 2KZZA 3DI6A 3V81A 5AQOA 1K8AO 2Q3SA 4KFBA 3ZSXA 1NMDA 4OVLA 4CIFA 4DQIA 3AVNA 5LJVA 3AAQA 3V1QA 3O8MA 3THWA 4CJ5A 1TL1A 1VQ8N 2QWLA 2G8IA 3QEIA 2A1SA 2RF2A 1CLQA 4YHHK 1L3TA 1WOQA 1NGGA 2F8TA 1SL2A 4Z4EA 4A59A 1UWBA 2HW3A 1TAUA 1WSHA 1C1CA 1D4XA 2OPPA 4DG1A 3C65A 3UIQA 1NGFA 1O13A 3M8RA 1GLBG 2CGKA 4FLZA 3C7NA 4CZKA 2QTDA 3ZSWA 1VQ6N 2P9IA 3PY8A 1GLFO 4OLAA 1A5WA 4CCHA 3QEXA 5I3UA 2E8AA 4KH4A 2P51A 3TPQA 4JS5A 1YT3A 4BRPA 3O9RA 5LY3A 3M8QA 1BQNA 2P9NA 4M3RA 3TAMA 1SAZA 1X9JA 3SQ1A 1XMQK 4Z0UA 5SZTA 4LSNA 5KPTA 3CPEA 5F2RA 3KVGA 2EX3A 3UKRB 2WFBA 5AQYA 5C24A 4CZLA 3T3FA 4F2SA 4DS5A 5AQIA 4EIAA 2I5JA 5BN8A 3QEWA 3VOVA 4GVEA 2P9PA 2NRWA 4E89A 1LW0A 3OYFA 2OTJN 3HK2A 3F5TA 4J2AA 1NJYA 1HNXK 1S22A 1JLQA 4CGJA 3CJ1A 3VQ6A 2W41A 2QKBA 2P1JA 5TKWA 2YX6A 5DK5A 4O0JA 3A2FA 3EO3A 4FLXA 2D0OA 4CIGA 2YNGA 2WC9A 1HNIA 1YF5L 3QIOA 1Q81O 4FM2A 3S41A 2E2PA 3MEDA 4CERA 1L3SA 3CCMN 3HZ6A 4JK9A 1GLJO 1KVAA 3VQCA 1VAZA 2FC0A 4H4OA 5EOYA 3OYCA 3OYAA 2VGNA 1VSJA 2YJFA 1G15A 4FPAA 3JS6A 3ZSOA 4H8KA 2HF4A 3LDQA 4TSXA 4A62A 3O9UA 2ATQA 4FJ5A 4CBWA 2NRTA 5A2QO 1WAJA 3CQYA 2XO7A 3LWMA 2HSTA 1U49A 4ILHA 3CQXA 3CYMA 1SV5A 5BN9A 4QS7A 5HRPA 3CCQN 4DWIA 3MXJA 4FW2A 1M90O 2OPRA 1ASVA 3HSCA 4LH4A 4CI6A 1RT1A 3CQ8A 2P9KA 1SQKA 2F9TA 3HTVA 3BEXA 3KLIA 2RN2A 1HNWK 2CGJA 3S3NA 1XNQK 1S1UA 1GLCG 3D6RA 3G0ZA 4JKEA 4F4KA 1RBRA 3L4QA 3U8XA 5HOOA 3K5MA 4IXCA 3K5NA 3THWB 2Q97A 3THVA 3D2EA 2IVOA 2ZGYA 1C0UA 3BGRA 5EX5A 4CGIA 4GVMA 2UUAK 1QQNA 4JI1K 3NGIA 3OS1A 3OBYA 4XH1A 3OS0A 4BRAA 3EE8A 4DSEA 4YOXA 3KJVA 1NKBA 4WQ4A 4FWPA 4LF5K 3J7AP 4HUFA 4ELVA 4DR2K 2ZM6K 4IG0A 2D5RA 3K9KA 1NU0A 1WBBA 5SWMA 3M5RA 4DSKA 3AA5X 4BG8A 5LMUK 3AO3A 5J2NA 4I9QA 2XY7A 2B6AA 3AVCA 5FDLA 5GINA 4M7YA 1QQOA 4DUZK 4JD2A 5EU7A 1NK0A 3AY9A 4H0TB 5E84A 5JVGL 4BR4A 3HSTB 4OKEA 3AVIA 3DWLA 1QTMA 5FPDA 1Z6RA 4Y0WA 2IC3A 3LM9A 1B9DA 2IVPA 1FKOA 3OYBA 4HCBA 3AA4A 2UXCK 1EQYA 5AQGA 4FVUA 3VA3A 2YHXA 4DTRA 1BDGA 4JKCA 1NK4A 1Q7YO 2NZTA 1RILA 3KKSA 1YJ9N 1HKBA 4EAHD 1IKYA 1RDBA 5BREA 3EKUA 2ZF5O 5I42A 1T6DA 2BTFA 2B4JA 3K9JA 4U7BA 3KTQA 1JLBA 1WSFA 4DMNA 5JLHA 3RVCA 4M3WA 3R1XA 2GBZA 3DRPA 3QETA 4YDUA 4ELTA 3RSEA 4GV3A 4E1JA 4DFPA 2ZJRL 1KSPA 4B1YB 4KTWA 2X78A 3SUQA 1CXQA 4KAZA 4WCEL 1Q8IA 4R79A 4J2EA 4FYDA 3W0LA 3BZKA 1XMOK 4G9ZA 2A41A 3ID8A 2PFUA 1K9MO 4KH5A 3CXCM 2VQFK 3HM9A 3I0RA 3LP1A 3CCLN 3QICA 3U4LA 2PYJA 2FSKA 3VESA 1Z26A 4KH6A 1FK9A 3ENHA 2ZGZA 1ESVA 1RT5A 3HBTA 3TWHA 1N33K 4EFHA 1NLVA 2P9SA 4DTNA 4DV5K 4MO5A 3KK1A 3HOTA 1N5YA 1XQSC 5AZIA 4CJSA 4MDAA 5GIOA 3VGLA 4QOZB 3VENA 2WUSA 4FLWA 1X9WA 1K73O 1Z25A 1VSKA 3F73A 4B3OA 4DQRA 1EETA 4HWIA 3AO4A 3K5OA 1JLCA 3NAEA 1S6QA 4QS9A 4E3SA 4C23A 5KQ8A 3SV3A 3R3LA 3OBWA 1NMNA 4FCYA 4EP5A 2D0BA 4C1NK 4IDHA 4CZHA 1FXXA 2FSNA 4CHNA 4B1UB 1HMVA 1A5XA 5KPZA 1ZBIA 3CFOA 1WSEA 3M8PA 3O08A 3HM8A 1KCFA 4Z4HA 4M3TA 4XEIA 1QSLA 1ATRA 3OJUA 2E6LA 4B1VA 4FJLA 4M3ZA 3QBWA 2HVHA 3SI6A 1NBWA 1L3UA 4JD2B 4BQLA 4B8AB 3EZWA 3ENOA 3DLBA 1NWKA 3HPHA 3M3ZA 4CFBA 2P9LB 4DS4A 3TI0A 2IS3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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