3ZX2A

Ntpdase1 in complex with decavanadate
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
406
structure length
396
Chain Sequence
NVKYGIVLDAGSSHTNLYIYKWPAEKENVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGSSTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNNSHCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
total genus 123
structure length 396
sequence length 406
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx2A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx2A02
1U2VA 4H0XB 5BRHA 3R9PA 3WXKA 4QS9A 2FF6A 2AA4A 1RGIA 3IMXA 3M6GA 3MMVA 3ZX3A 1GLEG 3HSCA 4A62A 1XC3A 1YVNA 1NGAA 1GLAG 3UE5A 4WYBA 3ENOA 4B1WB 3BF3A 1TUUA 4B1VA 4B1XB 2I7PA 3FZMA 4KBOA 3MN7A 3D2EA 4CZMA 3LM9A 2FSJA 5AQLA 2Q2RA 4A61A 4E1JA 1MDUB 3JS6A 1H1VA 4XH4A 2QWRA 5BN8A 1HPMA 2HF4A 4CI6A 5FPEA 2W40A 3A5OC 4HTLA 1HKGA 2Q1NA 4AM7A 4DHYA 3UKUB 5F1XA 1ZC6A 1DKGD 3O08A 4WQ4A 4BQZA 1ZXOA 2D1KA 4FWRA 4IO8A 3CIPA 3H45C 1NBWA 1QQNA 1NMDA 4CJ7A 2BTFA 4FWQA 4RCHA 3P4IA 3HBTA 3FZLA 3ULEA 3W0LA 4CZFA 3JXUA 3A8YA 4BG9A 3CJ1A 2P9IA 1E4FT 1BA1A 1T6CA 1NGHA 1SZ2A 3WXJA 2QM1A 2A5XA 4PKGA 4H0VB 3VEWA 5FPNA 4FWPA 2QWPA 1E4GT 4BR4A 5ELZA 3IUCA 3ZETB 2P9SB 3O4WA 3VESA 2GWJA 5EVZA 3W3DA 2GELA 1HKBA 3ATVA 3QICA 3UKRB 4B1YB 1BG3A 3FZKA 4CZGA 3BF1A 1HKCA 4H5NA 4BRMA 4DCHA 2ASPA 3I33A 5EXWA 5FPMA 5EOYA 2P9UA 4FPAA 4F9OA 2YI1A 1MA9B 5AZIB 2A40A 1IJJA 2P9SA 3ZETA 1X3MA 4EIAA 1NGDA 4BC3A 4BRCA 4BRPA 1JCGA 2YJEA 3UKRA 1J6ZA 2DPNA 5E84A 4H0OA 3WEEB 3VEOA 2GWKA 1HX1A 3U9ZA 3MDQA 4QS7A 5TKYA 1G99A 4BGAA 4MO4A 3ZX2A 3IDHA 5AQMA 3CJBA 2E20A 3FLCO 5JMVA 3LDLA 2A42A 4M7YA 1BU6O 5AZIA 1NGCA 2GEMA 4FWNA 3FR0A 4B9QA 4CZKA 1KXPA 5AQPA 4DQ8A 5KPTA 4CZEA 3MN6A 2E2OA 3ZEUA 3UB5A 3ENHA 2P9KB 4QS8A 3CQXA 4FSVA 2GUPA 1C0GA 3QDKA 4JN4A 4FO0A 3O80A 5AZJB 4PKHA 2Q0UA 1GLFO 2FXUA 4ISEA 1HLUA 3AAPA 5EX5A 4FL9A 3VEZA 4EHTA 5AQXA 3QFUA 4BG8A 4BGBA 3TPQA 3M3ZA 2PBDA 5AFUH 3WQTA 5AFUA 4O8KA 2P9KA 4M7XA 3EKUA 2IVPA 5AQSA 5BPMA 2D0PA 3TU5A 1WOQA 5CE3A 3U8XA 3AY9A 3C0BA 4CZHA 5AQTA 4IJAA 4ISFA 3HZ6A 1P8ZA 3FZFA 4HWIA 2VWBA 3A5MC 4FWMA 3MN5A 2QWQA 5AQIA 1CZAN 3F9MA 1KAYA 3EO3A 1YAGA 1DEJA 4LC9B 3VEVA 1EQYA 1NGJA 2V52B 4BRNA 5BR9A 5KPRA 5BPNA 2A41A 2IVNA 4BRHA 2HMPA 2P9PB 3H6EA 4Z94A 1KAZA 4CZIA 2CGJA 3WUHA 4WQ5C 3LDPA 3LDOA 2FF3B 3UKUA 5AQQA 3C7NB 1T44A 3U4LA 2E2QA 2AP1A 4FPBA 4I6MB 1XQSC 2Q0RA 5LJWA 1HJOA 1GLDG 3WT0A 5ADXH 2ITMA 4PL7A 3H3OB 3I8BA 2YCHA 3M1FA 5B8HA 4JNEA 1GLBG 3VF6A 3CI5A 3BUZB 3D7EO 3ATUA 4BQLA 4MLEA 1BA0A 3VGMA 2P9NB 2YHYA 5AQJA 1TYQB 4IZ9A 1NM1A 2YHWA 2QW9A 5BREA 4PKIA 1QHAA 3ZX0A 5F0XA 4YDUC 1D4XA 1SQKA 1ATRA 3DXMB 2Q97A 3C7NA 2F9WA 3DWLA 4I6MA 2OANA 1MWKA 4BR0A 3S41A 4NB4A 4BVPA 2WUSA 1BWFO 1TUYA 5AQYA 4PL8A 4BRIA 3CQYA 2CGKA 1TYQA 3O5BA 4C23A 2FSNA 5EY4A 1JCFA 1BO5O 2E2PA 4FWLA 5AQGA 3SJHA 2IIRA 1BDGA 3L0QA 3DAWA 3IFRA 1NGEA 2HF3A 5FPDA 4H5VA 1MWMA 4WQ5A 4RWTA 3DXMA 3MCPA 5AQFA 1IG8A 3LL3A 2A3ZA 4B1ZA 3HI0A 3GDQA 3EN9A 3J8AA 4EHUA 4ISGA 2YHXA 3VPZA 4K41A 5BN9A 4RTFD 1DGKN 2NLXA 4L3QA 2D4WA 3G25A 5E26A 1S22A 1T6DA 4FWOA 4MO5A 4BRFA 4BR2A 5AQZA 3WEEA 3A5LC 5BRFA 1V4TA 3VGLA 3FGUA 4XH1A 2VYPA 5JICA 1U2VB 4YDUA 3VETA 4K43A 4BRGA 5KPZA 3QMLA 1Y64A 1XUPO 2QWOA 4BR7A 4CBXA 1ATNA 4JAXA 2V7ZA 4BREA 4CBUA 4FWKA 2H3GX 1GLCG 4WQ4C 4BRKA 4BC4A 1ESVA 1QZ6A 5LY3A 4BC2A 1YXQA 4CD1A 3D2EB 4BVOA 1RDWX 3H1QA 2QWMA 4IJNA 1GLJO 3FE1A 3H46O 3R6MA 3CJ7A 3LDQA 2NRHA 2E1YA 3A5NC 1R59O 3O8MA 4BR5A 5AZJA 2E8AA 2I7NA 3A0IX 1K8KB 2CGLA 1HUXA 3QFPA 3SMPA 1C0FA 3CJCA 3MK6A 2IVOA 3O1WA 3CHWA 3VOVA 5AQVA 1X3NA 4EAHD 4M63C 1LCUA 3WXLA 4BR9A 3LM2A 4AM6A 4BRDA 1Z05A 1Q18A 4BRQA 4CD3A 4FWSA 3HM8A 2QWNA 2YJFA 4BRLA 3ULEB 1NGBA 2F9TA 1SAZA 2CH5A 1JCEA 4Y0WA 2NZTA 2P9IB 1WUAA 3SLCA 3VEYA 5LJVA 1K8KA 4H5WA 5KQ8A 3B8AX 1NGGA 3ID8A 2QWLA 5ADXA 3QBWA 4O5FA 4H0TB 2E88A 3KZBA 2UYTA 4H5RA 3KVGA 4BROA 5JLFA 1ZBSA 2Q31A 2BUPA 2V51B 2P9LB 4JD2B 2P9PA 4K42A 3CETA 3QBXA 2ZF5O 3D2FB 4B1UB 1ATSA 4J8FA 3DJCA 2ZWHA 5AQKA 3EL2A 2P9UB 3L4IA 4DB3A 4FOIA 4XH5A 3VENA 2J4RA 1NGFA 5AQOA 1NWKA 5AR0A 2KHOA 1Z6RA 2V7YA 3CERA 3VF4A 5JLHA 3AAQA 2P9NA 2ASOA 3VEXA 2E1ZA 3H3NO 2P9LA 2Q36A 3CJ9A 4JD2A 4JHDB 4BC5A 4XEIA 4CBWA 3OHRA 4GY2B 3D2FA 4EFHA 3GE1A 4CZJA 3GBTA 4A2AA 2FSKA 3AARA 3KHYA 3MN9A 3GOIA 1QQOA 1NGIA 3EZWA 1S3XA 3GL1A 3BEXA 2FLOA 3LDNA 3WQUA 4BRAA 3VERA 5BRDA 3RSEB 1KAXA 1OKJA 2VCPA 3H1VX 4H0PA 3GG4A 4K25A 1GLLO 2EWSA 4H03B 4JHDA 1LOTB 3O6WA 5AQRA 3ZEUB 2PAVA 5AQNA 4H0YB 1NLVA 1BUPA 2ZGZA 2CH6A 4NO7A 2HOEA 3EKSA 3DXKB 3VF2A 3L6QA 3WXIA 5F2RA 2D0OA 3SMSA 4IWVA 1QQMA 3QB0A 3VGKA 1V4SA 1BOTO 3O1BA 2A6AA 5I9EB 1U6ZA 4A2BA 4CZLA 5KQDA 4FOEA 5AQWA 4GNIA 1RFQA 3FZHA 5AQHA 3RSEA 1X9JA 4IXCA 3FFKB 3CJAA 3R8EA 2QXLA 1QZ5A 2ZGYA 3BP8A 1YUWA 3U9DA 2E2NA 2GTDA 5AQUA 2W41A 4MLHA 5BPLA 4H5TA 2ASMA 3HTVA 3DXKA 3SK3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJNA 3CPEA 4H0XB 3R9PA 3WXKA 4DV0K 3OS0A 4DKWA 1K6YA 4CK3A 1YVNA 1NGAA 4M45A 1WB9A 2G8UA 4WYBA 4B1WB 4OX9K 2Y1JA 3C6TA 3C65A 4OKEA 4ELVA 4DS5A 2D0CA 1KCFA 4CZMA 2FSJA 5AQLA 1YITN 4DUYK 4PA1A 3O9SA 4FK2A 2W42A 5BN8A 5SWMA 1BIZA 1HPMA 4JKDA 4M3TA 2HF4A 5FPEA 4AM7A 4DR4K 3NAEA 3S3MA 4IDHA 1ZC6A 5MLCQ 1TK5A 3RWUA 4GV3A 4AH9A 4CGFA 2NRZA 4DR2K 4J2EA 4IOCL 1SKRA 5C2FA 1O13A 4FWQA 3U6FA 3SQ1A 2RHKA 1KRPA 4JKEA 3ULEA 5KRTA 1RTDA 3VQ5A 1XNRK 1NGHA 1C0TA 3HXMA 4PKGA 1GOAA 1W0HA 1E4GT 3AO3A 3OYGA 3IUCA 4DF8A 2P9SB 3HPGA 3VESA 4C8KA 1WBDA 5JS1A 1VQLN 2YX6A 2NRVA 3THWA 3CD6N 3ATVA 1UAXA 3UKRB 3R1XA 4OGEA 1HPZA 4X66K 1W9HA 3ZT3A 4C8MA 1RDBA 4FPAA 4GVMA 4F9OA 4A5BA 4WFAL 1NOYA 1TL1A 4JI4K 4IKFA 4ID1A 2A40A 2P9SA 2HBLA 4BWJA 3HP9A 1IG9A 3RMCA 3KK3A 3CFOA 3UKRA 1J6ZA 3V9WA 5FDLA 3U9ZA 4B9SA 2IC3A 5TKYA 4M3RA 2B6AA 3IDHA 1QHTA 3CJBA 4HVJA 3TAEA 4CIGA 5EU7A 4M7YA 1JXBA 1BU6O 1DTTA 1I3AA 4CEBA 4B8CA 3SAFA 2UUBK 3J80O 1ZBUA 3L2RA 2HHWA 1JKHA 3MN6A 3QEVA 2E2OA 2P9KB 4FSVA 3ZT4A 3CCUN 3SZ2A 4AILC 4O8UA 2G8IA 1C0GA 2YV0X 3QDKA 4H4OA 5DM6L 4ID5A 3O80A 1QVFM 1GLFO 1Q8IA 3V9ZA 4O55A 4CJLA 4CHOA 1KC8O 3PV8A 4IG3A 5HRRA 4B9UA 3AAPA 5AQXA 4IEIA 2HBMA 3AVLA 1W2BM 1KQSM 3TPQA 3ZT1A 3O9QA 4CVNE 1HJRA 2ATQA 2P9KA 5C15A 3V4IA 1RT2A 2IVPA 5BPMA 3JSMA 4M3UA 3CC2N 3G0ZA 1KFDA 1YVUA 5CE3A 4DV1K 4DQSA 3LALA 3BZCA 3VQCA 3C0BA 4PHTX 2KQ2A 4F8RA 4JKGA 3FZFA 4J2DA 4LF8K 1IKXA 4YOUA 3EE8A 2YNFA 4JV5K 3PY8A 3O9TA 4HUFA 1UA0A 4B9VA 5KPRA 2A41A 4BRHA 2P9PB 4DR5K 4Z94A 4GMJB 3OYMA 3NH1A 2FF3B 3UKUA 4JK8A 1U04A 4KTZA 2E2QA 5KGWA 5M1KA 1VQ9N 1XQSC 4FVUA 5BR8K 3E9OA 2ITMA 4WCEL 3G6EN 5B8HA 4CGGA 1GLBG 3DYAA 3ULDA 3D7EO 4UY8O 1N8RO 3QEXA 3SUQA 4OO1J 3VGMA 4B3RK 3AVGA 4W5TA 3SJJA 1C1AA 3N4PA 2YHWA 5BREA 3ZX0A 4DV4K 5F0XA 1IKYA 4CIFA 1D4XA 1SQKA 1ATRA 3HK2A 2Q97A 1XHXA 2HNDA 2E6LA 4FLUA 4NB4A 4BVPA 2WUSA 4EP5A 1BWFO 2WFBA 1TUYA 4CK2A 4NCAA 3CQYA 1TKXA 3V1RA 2ZM6K 3NBPA 5AQGA 1JCFA 1FK9A 2E2PA 3SJHA 2PZSA 4DUZK 1NGEA 5FPDA 5M1QA 4UQGA 4B3SK 3DLKA 1MWMA 1RT6A 2VG7A 3J7YP 4B1ZA 3AO2A 1QSLA 3HI0A 4EHUA 1REVA 1GOBA 4B3MK 1VQ4N 5BN9A 2IOCA 4DLGA 4DF4A 1ASUA 2RKIA 4JI3K 1IKWA 2D4WA 3G25A 3T19A 1S22A 1T6DA 3OY9A 4V19S 3NF9A 4DR6K 4KO0A 1U47A 3O3FA 3CCSN 2DFFA 3DM2A 5FRMA 3ID6A 4A57A 1RDCA 1S6PA 1DTQA 2NNWA 2D0BA 3E1YA 4CBXA 4BREA 4FWKA 1K9MO 1GLCG 4F3TA 2BANA 4JKHA 1ESVA 1QZ6A 2WTUA 2F8TA 3DLRA 1S1TA 3OJSA 4KHUA 1J9AA 4FJMA 1RDWX 3MCAB 2QWMA 3QLHA 1KLNA 4IJNA 1A5VA 3K0SA 3FE1A 3VQPA 3LDQA 2YNIA 1P90A 4N76A 3A5NC 1R59O 4HUEA 1XWLA 1WSHA 2XY8A 4DSIA 4JI7K 3RRHA 3I55N 1K8KB 3K59A 2UUAK 3MEDA 1HUXA 2NRRA 4FJ9A 2IVOA 3CHWA 4OPJA 4EAHD 1D5AA 4DR1K 2QTDA 4JS4A 1DT9A 3CQ8A 4CD3A 4JI8K 4BRLA 3PO5A 1SAZA 5CYMA 4FK4A 4FJXA 1WUAA 3O9UA 3VEYA 5LJVA 4KI4A 1K8KA 1U49A 4YOTA 2KFZA 1TL3A 1VSKA 3U3GA 4O5FA 4H5RA 2E88A 3F5TA 3KVGA 2Q3SA 4FJ7A 4BROA 4CCHA 5JLFA 2Q31A 4RW4A 3S9HA 2P9LB 4M41A 4JD2B 1EKEA 2ZWHA 3HYFA 4FOIA 1SKSA 2B5JA 5KTQA 5AQOA 5AR0A 3ZSVA 3BDPA 1Z6RA 3CERA 2VWJA 4FJKA 2P9LA 4JD2A 1D8YA 1L5UA 4CEFA 4IOXA 3G4SN 3OYAA 4EFHA 3ZSXA 3F73A 3OYCA 2FSKA 1RBRA 3GOIA 2JWLA 1NGIA 3OYBA 1HQEA 4IFYA 3LZJA 3TSUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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