3ZX3A

Crystal structure and domain rotation of ntpdase1 cd39
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
406
structure length
399
Chain Sequence
NVKYGIVLDAGSSHTNLYIYKWPAEKENDTGVVQQLEECQVKGPGISKYAQKTDEIAAYLAECMKMSTERIPASKQHQTPVYLGATAGMRLLRMESKQSADEVLAAVSRSLKSYPFDFQGAKIITGQEEGAYGWITINYLLGRFKGSTFGALDLGGASTQITFVPLNSTLEAPETSLQFRLYGTDYTVYTHSFLCYGKDQALWQKLAQDIQVSSGGILKDPCFYPGYKKVVNVSELYGTPCTKRFEKKLPFNQFQVQGTGDYEQCHQSILKIFNNSHCPYSQCAFNGVFLPPLQGSFGAFSAFYFVMDFFKKMASSQEKMTEITKNFCSKPWEEVKASYPTVKEKYLSEYCFSGTYILSLLLQGYNFTGTSWDQIHFMGKIKDSNAGWTLGYMLNLTNM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Evidence for a Domain Motion in Rat Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolase (Ntpdase) 1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 125
structure length 399
sequence length 406
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2011-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zx3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 3zx3A02
4FWRA 1XUPO 3QBXA 4BGBA 4AM7A 5AFUH 4BRIA 5E26A 3LM9A 4H5VA 1T6CA 4BVPA 4BRPA 4FO0A 1BWFO 1NGEA 3MCPA 4BRAA 4C23A 4IJAA 3L6QA 1BA1A 2V52B 2VWBA 4FWLA 4IZ9A 5AQWA 4H5TA 3R8EA 4QS8A 1SAZA 2YJFA 4IJNA 3VEVA 1MWKA 1GLCG 1SZ2A 4PKGA 4FPBA 3ZEUB 3CJAA 1RDWX 1S22A 3CI5A 3D2EA 5AQOA 2E88A 3GDQA 3VF2A 3FLCO 4CZMA 3H6EA 3TU5A 3U4LA 4BC5A 1Y64A 1YVNA 3EN9A 5AQMA 1E4FT 3O08A 1QQNA 4GY2B 3VGMA 1S3XA 3SLCA 4MLEA 1HUXA 3DJCA 3VERA 4BC2A 3AY9A 3BUZB 4BC4A 3RSEB 3VESA 4CZIA 4BRQA 1IG8A 3DWLA 2Q36A 3WEEB 4JAXA 3DXMA 4K25A 4DCHA 3CJ7A 2NRHA 1QZ6A 4YDUC 2GTDA 3WXJA 3CQYA 5AQGA 4CD3A 2QWMA 2P9IB 2NZTA 4H0PA 2E1YA 3WT0A 3O1BA 2E20A 3ZX3A 5AQUA 1DEJA 3GOIA 4AM6A 4WYBA 4BVOA 3M3ZA 4FL9A 4WQ5A 3EKUA 5KQDA 2ASMA 5EVZA 4CZGA 5CE3A 3O6WA 3BF3A 3O8MA 4O5FA 3UE5A 3MN6A 2FF3B 4K43A 2GWJA 2E2QA 1X3MA 1EQYA 1V4TA 1X9JA 3HSCA 2WUSA 1NGDA 2YJEA 4FWNA 4FOEA 4H0OA 5AQFA 2PAVA 5AQXA 2P9PB 2QW9A 4GNIA 4BRNA 2ZF5O 5AQTA 3CJBA 3R9PA 4BQZA 3FZFA 5AQKA 4H5WA 4BRHA 5JICA 1K8KB 1KXPA 4H0XB 4NB4A 5KQ8A 1X3NA 5KPRA 3H3OB 1TYQA 4EHTA 5LY3A 1CZAN 2I7NA 1KAYA 4XH5A 2Q97A 3J8AA 2YCHA 3MN5A 1MWMA 5E84A 3LDQA 1HKGA 2YHWA 2QWLA 5AQSA 4H03B 3A8YA 4WQ4C 2QWRA 5BPNA 5AZIA 4BG9A 4BR5A 3VENA 2GUPA 2P9LA 2QWQA 2V51B 2YHXA 1QHAA 3H1QA 3U9DA 4DB3A 3ZX0A 4CBXA 4DQ8A 4A2BA 4B1VA 3UKRA 1ZC6A 2QM1A 4BG8A 4JHDA 1NMDA 2IVNA 5AQLA 3TPQA 4XH4A 3HI0A 2D0OA 1NGBA 2P9KB 3KHYA 4K42A 1ATRA 4CZKA 5F2RA 3EKSA 3CQXA 3VEZA 5LJWA 1T6DA 2ZGYA 3H45C 1LOTB 5AQIA 1BDGA 4M7YA 2IVPA 1NM1A 3W3DA 4FSVA 1MA9B 3CJ1A 3HM8A 3A5NC 1HX1A 3S41A 5AQJA 2FXUA 4IWVA 1NGGA 4JNEA 4EHUA 3EO3A 2FSNA 4BR4A 1J6ZA 1ATSA 3VGKA 4PKHA 2CH6A 4BR0A 4O8KA 3IFRA 4BRFA 3A5OC 2H3GX 3BF1A 3WXIA 5BRDA 2E1ZA 3GE1A 3M6GA 4KBOA 4XH1A 2KHOA 1ZBSA 2QXLA 1XQSC 2ITMA 4MLHA 3BEXA 2EWSA 3CETA 5AZJA 3SMSA 1GLAG 2IIRA 2V7ZA 3C7NA 3D2EB 3JXUA 3QBWA 4BGAA 4BRCA 1NWKA 1C0GA 4XEIA 1ZXOA 1KAZA 5AQHA 5EOYA 2QWPA 2GWKA 4B1YB 4PL7A 3C0BA 3ZETA 4RWTA 1T44A 1GLBG 3DXKA 3F9MA 3IUCA 3R6MA 3CERA 1DGKN 5BRFA 1NGCA 4JD2A 4BRLA 2HOEA 2Q0RA 2ZWHA 2P9NB 4CI6A 3VEYA 4ISEA 3DXMB 4FOIA 2A6AA 3A0IX 3MDQA 5AQPA 4FWKA 3JS6A 2J4RA 3FFKB 2P9UA 3DAWA 3EL2A 5JLHA 2E2NA 3ULEA 4B1XB 1GLEG 3AAQA 1SQKA 4BRDA 4BREA 3AARA 3H3NO 3FGUA 1JCEA 3WXLA 4A2AA 4H5RA 3LL3A 4BRGA 4A62A 4HTLA 5JMVA 5JLFA 4BR9A 5EX5A 2VCPA 4H0TB 2CH5A 4PKIA 4EIAA 5TKYA 2GELA 2HMPA 3GBTA 1BO5O 1RFQA 2Q2RA 3O4WA 3D7EO 3WUHA 1NGHA 4I6MA 1KAXA 2FSJA 2A5XA 1TYQB 2P9SB 3G25A 3VEWA 1BG3A 5F0XA 4WQ5C 3QDKA 4FWOA 2ASPA 1TUYA 2HF3A 5AQRA 3CJ9A 1GLFO 3MMVA 3HTVA 1RGIA 4J8FA 1E4GT 3UKUA 1DKGD 4CZHA 3L4IA 4MO5A 2P9LB 3U9ZA 4B1ZA 1NLVA 5BN9A 1OKJA 2ZGZA 3UKRB 4CBUA 3ZX2A 3I33A 3A5MC 4JHDB 5B8HA 4CD1A 3IDHA 4H0VB 3FE1A 1U2VA 2D1KA 1QZ5A 2HF4A 4DHYA 1R59O 4B9QA 2FF6A 1U6ZA 2F9WA 1NGAA 5F1XA 1P8ZA 1Q18A 3SJHA 4MO4A 1BA0A 4CBWA 1GLDG 4F9OA 2PBDA 1HLUA 4K41A 2VYPA 3CIPA 3VGLA 4FWQA 1WOQA 4ISGA 1BU6O 1HJOA 4EFHA 3D2FA 3AAPA 2AP1A 4BR2A 4FWPA 3VEOA 1Z05A 5FPDA 4CZJA 2BTFA 3O1WA 1NGJA 3ENOA 2D4WA 3BP8A 2ASOA 3FR0A 2A42A 5ADXA 1YXQA 4QS7A 5BPMA 2E2PA 4CZLA 2A3ZA 3CHWA 1V4SA 3SK3A 3LDOA 5KPTA 5AZJB 2A40A 2Q1NA 2F9TA 3C7NB 2Q31A 3QB0A 4CZEA 5FPNA 3LM2A 4CZFA 2FLOA 3IMXA 4Z94A 4E1JA 5KPZA 3L0QA 5AQZA 3ZEUA 2CGKA 4YDUA 3ZETB 5AQVA 3DXKB 5I9EB 2CGLA 1LCUA 3QFPA 5BPLA 1NGFA 5ADXH 4JD2B 3UB5A 3ATUA 1Z6RA 3ENHA 3FZKA 3ID8A 3WQTA 5BREA 3FZMA 2E8AA 3FZHA 5BRHA 1HKCA 1YUWA 2P9UB 2V7YA 2YI1A 4PL8A 4CJ7A 2AA4A 3RSEA 3MN7A 4IO8A 3ULEB 5EY4A 2CGJA 1HPMA 3WEEA 2UYTA 1XC3A 1H1VA 1MDUB 2P9NA 3VF4A 4FWSA 3LDLA 1JCFA 3M1FA 3LDNA 4RCHA 4FPAA 4BRKA 2P9IA 3GL1A 1BUPA 2GEMA 1JCGA 3VETA 1YAGA 3VOVA 2FSKA 1C0FA 3H1VX 4B1UB 3H46O 5LJVA 2I7PA 3U8XA 1GLJO 3QICA 2YHYA 5AQQA 4BQLA 2QWOA 4WQ4A 3I8BA 1BOTO 4M63C 4IXCA 5BR9A 4I6MB 3KVGA 1NGIA 4QS9A 2Q0UA 5EXWA 4LC9B 2P9PA 3SMPA 1NBWA 2W41A 4L3QA 4B1WB 5FPEA 4BROA 3MN9A 1QQOA 2W40A 3EZWA 1ATNA 3HBTA 3VF6A 3QFUA 5FPMA 2D0PA 4H5NA 1K8KA 3LDPA 5AZIB 4JN4A 1ESVA 2BUPA 2DPNA 3OHRA 1WUAA 4HWIA 3UKUB 2E2OA 1TUUA 3ATVA 1IJJA 2P9SA 4NO7A 3P4IA 5ELZA 3A5LC 1QQMA 3GG4A 2IVOA 2OANA 3B8AX 1GLLO 5AQYA 3HZ6A 1G99A 3VPZA 4BC3A 2NLXA 3QMLA 3VEXA 3W0LA 4BRMA 1U2VB 4ISFA 3WQUA 4EAHD 4FWMA 5AFUA 4BR7A 4A61A 5AQNA 3MK6A 4RTFD 4Y0WA 3FZLA 3O5BA 1HKBA 5AR0A 1D4XA 2P9KA 2QWNA 4M7XA 3O80A 5BN8A 2A41A 4H0YB 3CJCA 3WXKA 3KZBA 3D2FB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HRRA 4FWRA 1XUPO 4RG8A 1TKXA 1VQNN 1X1PA 4ID5A 2Z1JA 5I3UA 1C1AA 1VK0A 4DLGA 3LM9A 2NRZA 4H5VA 3OS0A 4RW4A 5E41A 1TK0A 4FO0A 3K5MA 3J7AP 5EU7A 2XY6A 4DV6K 2WOMA 2RKIA 4C23A 4G9ZA 1BA1A 4O44A 3R8EA 1SAZA 3THXB 3PX0A 3T1YK 5I42A 1SZ2A 4FPBA 3T1AA 3ZEUB 1RDWX 4DR7K 1KVCA 5AQOA 2YNIA 3VF2A 3LANA 3ASMA 4A5BA 4BC5A 2BE2A 1Y64A 3VGMA 1J9AA 3NBPA 5JVHL 3KLGA 1S3XA 3HSTB 1Y97A 4DV7K 1N36K 1VRUA 3SBGA 3CCJN 4DFMA 4BRQA 1VSMA 1OVYA 3WEEB 4JKHA 1KTQA 4DCHA 2PY5A 3CJ7A 3N4PA 2HSTA 2GTDA 1BIUA 1SKRA 3ZT2A 2FBVA 4FYDA 1I3AA 2P9IB 3SV3A 4CCHA 3WT0A 4MFBA 4CGDA 1OH8A 3CC2N 3F5TA 3QEPA 3HL8A 2GWJA 4B9SA 2E2QA 1X3MA 1BGXT 1NK7A 2QTDA 4FJMA 3TU5A 2NUBA 4FOEA 2WUSA 4Y1CA 4CHYA 5GIOA 1JLGA 4LY7A 4DR1K 2P5OA 1RDDA 1IKVA 4AILC 3K59A 3FZFA 1K8KB 4H0XB 3TSUA 5KQ8A 3HOSA 1M90O 1NK8A 1TYQA 4GV9A 4XH5A 4N41A 2Q97A 2Z1GA 3Q7BA 2XY7A 1T05A 3AVHA 2F4VK 3I0SA 2O8EA 5BPNA 2OCEA 1RTIA 2QEXN 2QWQA 3F2KA 3ID6A 4DR2K 4CEZA 3HOTA 1VSDA 4AHRA 4O0JA 5AQLA 4HCBA 1EWQA 3TARA 2D0OA 3KHYA 1ATRA 4CEAA 4DSEA 3TAPA 1T6DA 3RWUA 4CERA 4EP5A 3SQ2A 2HVIA 5C12A 4DWIA 3VTIA 2UUAK 3MECA 3SCXA 3P1GA 5AQJA 4PY5A 2B5JA 3THYA 1VQ7N 4BR4A 4CFCA 3VGKA 4CESA 4BR0A 4DQIA 2UU9K 3IFRA 3VQQA 2IS3A 4BRFA 3TAEA 2H3GX 4F4KA 3ZSOA 3BF1A 3WXIA 2X78A 5BRDA 2UXDK 4CJFA 1X9MA 2KHOA 2HHUA 3NF9A 3O9QA 1ASWA 3RRGA 1YJNN 4GW6A 3C95A 3AO3A 4MLHA 2EWSA 3CETA 2V7ZA 3C7NA 2O8DA 4M41A 2ITGA 1C0GA 5AQHA 3T1HK 3DLKA 5EOYA 4ZHRA 2GWKA 4B1YB 4DKWA 4C8LA 3ZETA 3PY8A 1NJIO 1TAUA 4JRPA 1NK9A 4W5NA 1K6YA 4LF9K 2GBZA 1S6PA 3NAEA 1NGCA 4JD2A 2YHAA 2D0CA 1IBKK 3MWTA 3DXMB 1YT3A 3V6DA 1N5YA 5AQPA 3EZ5A 3SPYA 3OJUA 4CW7B 3S9HA 4E3SA 1DT9A 4Z4IA 3G6EN 4BRDA 1N32K 1JCEA 1TV6A 3KLHA 1BISA 4EZ6A 4BRGA 1B92A 3LAMA 4B9TA 5JMVA 5EX5A 4DV4K 4H0TB 4NYNA 4EIAA 1RBVA 4DFPA 1BHLA 1BO5O 3AVAA 1JLEA 3O4WA 4O8UA 4BWMA 2A5XA 1N8RO 2KLAA 3G25A 1BI4A 4FLXA 5F0XA 1BQMA 1TUYA 1W97L 4Z0UA 1YVUA 3HTVA 2VGNA 1I39A 5FDLA 4E7JA 3L2WA 1RNHA 2P9LB 3U9ZA 2QI2A 1P90A 1RBTA 5M1OA 4FK0A 1LW0A 1OKJA 1HNWK 3UKRB 4GKKK 2HHTA 1KLMA 4JHDB 2D0AA 4BE0A 4CD1A 3N4QA 4JEPA 4FLVA 3DYAA 1JKHA 4MDAA 1D9FA 5JS1A 4CJRA 3EE8A 3KWGA 1WSIA 1DTTA 2FF6A 3OYIA 1U6ZA 4KI6A 3L2UA 3RMCA 1P8ZA 1NK4A 4JK9A 1ZBIA 1LAWA 4CBWA 2YNHA 1JXEA 1W7AA 2VYPA 1CZBA 4NLCA 2DTUA 4FWQA 1WOQA 4GV3A 4CJVA 4EFHA 3UIQA 4GKJK 4DTRA 2DFEA 2PYLA 4K0KK 3K5NA 2QK9A 4KHYA 4FJ5A 1YXQA 4QS7A 5BPMA 2E2PA 4CF1A 1RCHA 3CHWA 2X6NA 3DOLA 3LDOA 5KPTA 4BACA 1VQ9N 5AZJB 4JI0K 2F9TA 5TKWA 3QB0A 3AO1A 5C42A 4CZFA 3THXA 2FLOA 4LSNA 3RVCA 3AVFA 1A5XA 3CCUN 3ZEUA 2CGKA 3D6RA 5AQVA 3DXKB 3V81A 4KHNA 2F8TA 5BPLA 1NGFA 4FJNA 3M8PA 3LAKA 4GVMA 2OPRA 3ATUA 4YOWA 3FZKA 3ENHA 5BREA 3FZMA 4JKCA 1C0UA 2NNWA 4KH5A 1SKWA 3A2FA 3NVMA 2UUBK 4CHOA 3VQ8A 4IO8A 3QLHA 3ULEB 2CGJA 3WEEA 4O5BA 1BQNA 3SBTA 1MDUB 2P9NA 4FZYA 3ZSWA 2VG6A 3TAFA 2Y1JA 3PO5A 4FWSA 3M1FA 3SQ4A 2P5GA 4FPAA 4Y1DA 4HCCA 1NG9A 2P9IA 3T19A 5GIPA 1LV5A 2GEMA 1JCGA 3VETA 3OYCA 2FSKA 2KZMA 3J7ZO 4B1UB 2I7PA 3U8XA 3TANA 3NH2A 1U47A 1GLJO 3QICA 5AQQA 3AA2A 1UOCA 2QWOA 5CR4A 3I8BA 4YOXA 5BR9A 5IT9O 1OH7A 4QS9A 4LC9B 4CJ3A 2W41A 5FPEA 4B1WB 3D0PA 3U3GA 1BIZA 3MN9A 4JI6K 3ZT1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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