3AA3A

A52l e. coli rnase hi
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMALIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa3A00
4CGIA 3M8PA 1FK9A 1HPZA 3AVGA 3WNHA 1TAQA 3D45A 1S5JA 1NJWA 3ISNC 3L3UA 3PO4A 3AA4A 1SKRA 3OYLA 3A2FA 3O4NA 4J2DA 3AA5X 2F96A 1QS4A 2QKKA 3T1AA 3HVTA 4CIGA 3SQ1A 4HCCA 2F8TA 4NCGA 4O0JA 1J53A 4W5NA 4CIFA 5KI6A 1N5YA 3HP6A 2E6MA 4AHCA 1UA1A 4PQUA 4HUEA 1T05A 4AILC 4HUGA 4FLUA 1IKYA 1ZBUA 2GV9A 3G0ZA 4XIUA 3NHGA 4FJJA 1LV5A 1VSEA 4DTUA 3MAQA 3VA0A 1SL0A 1GOBA 4I2QA 3K57A 3LWLA 4E7IA 1C1BA 2VWJA 3AVNA 4HHTA 2OYQA 3QEXA 3WNEA 1JXEA 4W5RA 3SCXA 4QAGA 4QOZB 4ZTFA 1R0AA 2KZZA 2XY6A 2O4IA 3H08A 1TAUA 1C1AA 5SZTA 4CEFA 4Z4CA 1JLBA 4FK0A 4DMNA 4ID1A 1RTIA 5J2MA 2FBVA 4CFCA 1CLQA 3EY1A 3SUOA 3CFOA 3O3HA 3SZ2A 1RT3A 2BGGA 3OYCA 1B92A 1Q8IA 3C6UA 1CXUA 2LSNA 1NK8A 1QTMA 2HNDA 4OKKA 3L2VA 4DS4A 3OS0A 1WSIA 1BCOA 4H4OA 1LW2A 2VG6A 4CJSA 5C25A 2Z1HA 4CK3A 1KFSA 4F2SA 1LWCA 2FC0A 4L8RB 4RW9A 4KI6A 2KFNA 2FBXA 3QO9A 3ZSRA 2OA8A 4QCLA 5DMRA 1VRTA 3VQAA 2EX3A 3DMJA 3ZT2A 3U6FA 4PUOA 3SQ0A 4ELVA 1HMVA 1VK0A 3RMBA 3HO1A 4Q5VA 3KKSA 4O5BA 4DQSA 1NK6A 1BI4B 1WSGA 4F8RA 2KFZA 4MQ3A 1JKHA 2XHBA 3KKRA 4KV8A 3K5MA 4KHUA 1Y97A 4FZXC 3ZCMA 3OYKA 3NDKA 1IKWA 4Z4HA 2A1SA 1ZBLA 1S9GA 4DTOA 3HM9A 3ZSXA 1REVA 4CGHA 1VSLA 4KHYA 3CFRA 2EHGA 1A5WA 4DTNA 1KTQA 3V4IA 4BDYA 1HRHA 4MFBA 4Z0UA 4YFUA 4O55A 2QK9A 3U3GA 1U49A 4M3TA 3HK2A 3NF9A 4LH4A 3TANA 3KD5E 1RT4A 2PZSA 4E0DA 3KLFA 4CJ3A 1KCFA 1RBRA 4FCYA 1K6YA 1JLAA 4OGCA 4AHUA 1B9DA 3K5OA 3OS1A 4FLYA 1DTTA 3NGIA 3SPZA 1NK5A 3KTQA 1BIUA 4Y1CA 5K14A 1NJXA 4BDPA 2KZMA 4CFDA 4EZ9A 1S1TA 3HXMA 4E89A 3NE6A 1I3AA 1IO2A 4B9NA 3VQPA 4H4MA 3RMDA 3SNNA 3PY8A 1ZBFA 3VQ7A 2ATQA 1ZYQA 2YNGA 4FJHA 2B4JA 3DM2A 2HHUA 3CG7A 3HP9A 5HBMA 4CJEA 4KHQA 5E41A 4CJWA 1X9WA 3OYIA 1JLEA 5HLFA 2YHAA 3OYFA 4CF1A 3ASMA 4HVJA 3LALA 4UQGA 3VA3A 3QEVA 3LPUA 3T19A 1XHXA 3TAPA 2OPPA 3MECA 2I5JA 3AO4A 2OPRA 4IG3A 4CGJA 1EP4A 4JLHA 4M45A 3MXMA 4DU3A 4N76A 4Z4FA 4Q0BA 2B6AA 4AHVA 1ASVA 3AVHA 3NF8A 1QSLA 2ITGA 3S3NA 3T3FA 4IDKA 3V9UA 1WSHA 4IG0A 3I8DA 3UIQA 4EZ6A 4KTWA 4M3XA 1JXBA 3DLEA 4EP4A 4KI4A 1TGOA 4CE9A 4CJRA 1XHZA 3PO5A 4LD0A 3TAGA 3QERA 4CHQA 1IG9A 4RW4A 2FBYA 4KFBA 1J9AA 4B3OA 1VSHA 1VSIA 2X78A 3K59A 5D3GA 4FJIA 1HQEA 4F4KA 2P51A 3M8QA 3RMCA 1S1WA 2YNFA 3LZJA 3PX6A 3SUQA 1XC9A 1WN7A 3OS2A 1TV6A 3F9KA 4IKFA 3DLHA 3AV9A 4CHNA 4FVMA 2D5RA 4KB1A 4FYDA 3KLHA 2O4GA 1VSKA 1KFDA 2RPIA 4E3SA 2IGIA 1TK8A 1X1PA 1HYVA 4AH9A 4BACA 4DG1A 4CK1A 1D9DA 2GUIA 4B9UA 4FZYA 2YKNA 3V1OA 1WSJA 1VSMA 2KW4A 4FJ7A 4ELTA 4DU1A 4CESA 5JS2A 2OPQA 3SUPA 5I3UA 2D0AA 2Z1GA 3SV4A 2G8KA 4C8LA 3V1RA 3SI6A 5KRSA 3AO1A 3QEPA 2DY4A 4CGGA 4DTPA 1WLJA 2G8VA 4ELUA 4DFJA 4CJVA 3V9WA 1UA0A 1F21A 3TI0A 1WSEA 3OYMA 4CF0A 2E6LA 4FJ5A 1S1UA 2E4LA 4KPYA 2KQ2A 3DRRA 4DF4A 3KK1A 1LWFA 3V9ZA 4C8KA 4FK2A 2YKMA 4NCAA 2HHQA 4CJKA 5HRNA 2NUBA 3CYMA 4LH5A 3I0SA 5FDLA 3NH1A 2W42A 1L3VA 4KTQA 2IC3A 1IKVA 1Q9YA 5SWMA 4N41A 2ZQBA 2FBTA 4DSIA 4N47A 5KRTA 2WOMA 4DU4A 4JS4A 4JRQA 4AHSA 4K8ZA 1SKSA 4M3WA 1S6PA 3C6TA 3NF6A 3ULDA 2G8IA 5EU7A 4YNQA 4OPKA 4N56A 3HT3A 4TSXA 5J2PA 2G8HA 3AA3A 4CIEA 3S3MA 3K58A 1X9MA 1BIZA 1TK0A 1BISA 4WE1A 3NCIA 2JLEA 2X6NA 3D0PA 3V9XA 4DFPA 4PWDA 3SV3A 1XWLA 3F73A 3O4QA 4LSNA 1KRPA 1NK0A 4C8NA 4B9LA 2XY5A 4DTJA 4CFAA 3OY9A 4CK2A 2P5OA 4CFBA 4AHTA 4CHZA 3HVRA 3RTVA 2XO7A 2RKIA 3OYBA 3K5NA 3OVNA 3NGZA 4DQQA 1VSJA 4DSJA 1NKBA 1VSDA 2HVIA 1T8EA 2XY8A 3DLKA 2G8FA 3SUNA 2BE2A 5KTQA 3AA2A 3B6PA 4FXDA 3K2PA 1RT5A 2P5GA 4FLXA 3SJJA 2IS3A 1N6QA 3HL8A 2YV0X 1J54A 5T7BA 3QNNA 3OYHA 1D5AA 3U3YA 5J1EA 4PA1A 1BL3A 4BE2A 4M3UA 1FXXA 4RW7A 1RNHA 3SQ4A 5C42A 1KLNA 2A1RA 1QE1A 4DWIA 4BE1A 4CJFA 2DTUA 5I42A 1FKPA 4HTUA 1NJYA 3VQ4A 2PY5A 2HHXA 4RW6A 1KSPA 3C94A 3LP3A 1LAVA 3P83D 4CEOA 2PYLA 3P1GA 3VQBA 4FM2A 1TK5A 2PYJA 4OLBA 4CHOA 3L8BA 4FLZA 3ITHA 4C8OA 1C6VA 3QIPA 3M8SA 4CERA 1J5OA 4KAZA 1C0MA 1IH7A 3KK2A 4FJGA 4CHPA 4W5QA 2Y1JA 3QEIA 2VG7A 4O4GA 3ZSWA 4CECA 1Q9XA 3B6OA 1RTHA 3LWMA 1YTAA 1U04A 3DOLA 4C8MA 4CEEA 4KREA 1RBTA 2ETJA 1HYZA 1ASUA 1TKDA 4CJTA 3NFAA 4J2AA 1NJZA 1S1XA 3NAEA 1RCHA 1DTQA 4CCHA 4H8KA 4DS5A 4F3OA 4FLWA 3O3GA 3AVMA 4O0IA 1BI4A 4LY7A 4B9VA 4F3TA 1CZBA 3IRXA 4OJRA 5J2QA 1HJRA 4M3ZA 3L2WA 4BWMA 1HYSA 3ZT4A 4CEBA 1EKEA 2BANA 4CJPA 4FM1A 1TL3A 1B9FA 4IFYA 3HYFA 3THVA 1SL2A 4FW1A 3WNGA 2YNIA 2X6SA 4M41A 3BGRA 3E01A 3EZ5A 4KRFA 4Y1DA 1S1VA 3MEEA 4BDZA 1JLCA 1WAJA 4CEAA 1BGXT 1YT3A 4FM0A 2VG5A 2ZE2A 4RW8A 3TAMA 1DLOA 4J2BA 4BE0A 3AVKA 2XRIA 4LSLA 4DTMA 1BQNA 1TL1A 1CZ9A 4I9LA 4G1QA 4B8AB 2IDOA 5C24A 4CEDA 3QLHA 3L2UA 3LANA 1RT2A 1C0TA 3TAEA 2HVHA 4ID5A 1RT7A 1MU2A 5CYQA 3KD1E 4B08A 4W5OA 1RILA 1O1WA 1LWEA 1TKZA 3AO5A 3M8RA 1RBSA 4DF8A 2JGUA 3CFPA 3DRPA 1QHTA 3LPTA 4FLTA 2D0CA 1T03A 1HNIA 3KJVA 4CJUA 2YHBA 4E1NA 3KLGA 4I2PA 1KVAA 4CF9A 4E7KA 2GBZA 3O3FA 1RBVA 3NF7A 4DTXA 5J2NA 2Z1JA 4CJLA 4DFKA 3AVLA 2IOCA 2XY7A 2Z1IA 3HJFA 1NOYA 2QKBA 4PY5A 3VQ6A 5HRRA 1HNVA 1VSFA 4E7JA 1KVBA 4DSLA 3TWHA 3QINA 4I9QA 4KHSA 3OYEA 2AJQA 4B9TA 4CJ4A 4OPJA 3LP1A 4DQRA 4E7HA 1D9FA 3MEDA 3PUFA 4W5TA 3LAMA 2P1JA 4M42A 1NK4A 5JS1A 4IBNA 5FRMA 3AVBA 4EP5A 4DSFA 3NH2A 4HCBA 3ZSYA 3L2QA 2QXFA 3HSTB 4FJMA 2X74A 3CM5A 3HPGA 3IS9A 5KGXA 4DSEA 1NK7A 4GMJB 4FJXA 1RDAA 3KIOA 3EYZA 4IFVA 4ICLA 1RTDA 3IG1A 1LAWA 1Z25A 2DFHA 3AO2A 3DLRA 4E1MA 1HQUA 1U4BA 4F2RA 3RWUA 4FJ8A 2ZD1A 4NYNA 3MXJA 1TKXA 1EX4A 5CZ1A 4KKOA 3RR8A 3OJUA 3FFIA 1U48A 1ITGA 3JYTA 4OVLA 3ZSOA 3K5LA 1U45A 1I39A 1UAXA 4KTZA 3ZSQA 3C95A 3ZT1A 1NKEA 3SPYA 1RDCA 1L3TA 1BQMA 1SUQA 4DSKA 5FROA 3VN5A 1RDBA 4CHYA 3KLEA 3V9SA 5HP1A 1JLQA 4BWJA 3OYAA 2BDPA 4KB0A 4CGDA 3LZIA 1NK9A 4B8CA 3TAFA 3VQDA 4RG8A 4M3RA 3AVFA 4CF8A 3QIOA 1VRUA 4GVMA 4JS5A 4FJ9A 2HNYA 1ZBHA 3AVIA 1NOZA 3HPOA 4B9SA 4DQPA 2OZSA 5FRNA 3G10A 1WAFA 3V1QA 1RTJA 4DTSA 5HRPA 1QSSA 2HW3A 4B9MA 4FZZA 4CF2A 2D0BA 4E19A 3OYJA 4J2EA 3V6DA 4I7FA 3DLBA 1EXQA 1C1CA 1S9EA 3WNFA 4ZTJA 1BCMA 3NH0A 3JSMA 4DLEA 3LP2A 2DFFA 1SL1A 2VWKA 3HPHA 4KO0A 1W9HA 2HHTA 3AO3A 4OLAA 1GOCA 3TR8A 3VQ9A 3QNOA 4FLVA 4ZHRA 4DFMA 3RMAA 2G8WA 3OYDA 4NYFA 1L5UA 1CXQA 1L3SA 4Z4EA 3BDPA 2DFEA 2F8SA 3VQ5A 4CEQA 2HMIA 1UWBA 1S6QA 3SYZA 4FK4A 3DYAA 4OGEA 2Y1IA 1KVCA 1WNSA 3MEGA 5HRSA 3L3VA 2IAJA 2HHVA 5CYMA 5CY4A 3MXIA 3KLIA 1C0UA 3TARA 3QESA 2R7YA 1YVUA 3I0RA 1ZBIA 1RBUA 1A5XA 2Q3SA 2RF2A 4R5PA 2HHWA 3PV8A 3ALYA 1JL2A 1TKTA 1RT1A 1GOAA 5KGWA 4CEZA 1A5VA 1JLGA 3VQEA 3OYGA 4FJLA 3RR7A 3PX0A 1EETA 4FJNA 1SKWA 4AHRA 1X9SA 1LW0A 4GW6A 4O44A 1XI1A 1D8YA 2OZMA 2B5JA 5DK5A 3ZT0A 3ZSZA 1YTUA 4CJQA 1W0HA 3RRHA 1RT6A 1ASWA 1QSYA 2G8UA 4Z4GA 1FKOA 2HNZA 4OKJA 4N5SA 3OJSA 3CM6A 3VQCA 3S9HA 4E7LA 4DLGA 1JL1A 3ZT3A 1NKCA 3DI6A 1KLMA 1G15A 4CJ5A 3S3OA 1WSFA 1U47A 3NBPA 3AVAA 4DQIA 3LAKA 1QQCA 4Z4IA 3AVCA 3RRGA 2OPSA 3V81A 4NCBA 1L3UA 3VQQA 1IKXA 3AVJA 2HB5A 4FW2A 1SV5A 3L2RA 3PX4A 1TVRA 3TAQA 1Z26A 5HROA 1T7PA 3IAYA 3SQ2A 3QETA 3OYNA 4HUFA 1RDDA 2WONA 4OKEA 3KK3A 3TABA 2RN2A 3QEWA 3DLGA 4KHNA 4M3YA 4CGFA 3NGYA 3LDSA 4FJKA 4DTRA 1UOCA 1BHLA 2KTQA 4K8XA 3DRSA 3LP0A 1JLFA 5CZ2A 3VQ8A 3ZSVA 4KHWA 3CQ8A 3P5JA 2HHSA 2YNHA 3DOKA 4JRPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MN7A 3EEQA 1HPZA 1HNXK 1V4TA 3AA4A 1SKRA 3OYLA 3R9PA 4NB4A 3AA5X 2F96A 1QS4A 2QKKA 4CIFA 3HP6A 4AHCA 3G0ZA 2GV9A 4XIUA 3NHGA 1LV5A 3F5TA 4E7IA 2QEXN 1N36K 4FWQA 5CHIA 4ZTFA 1OVYA 5AQQA 4H03B 2KZZA 4X62K 3H08A 3ZETB 3HBTA 1C1AA 4CEFA 4FK0A 1JLBA 1Y64A 4JNEA 4CFCA 3CFOA 3CJ9A 4ILHA 1B92A 1CXUA 2PAVA 2ZJQL 1NK8A 4AQYK 2O8EB 5C25A 2IIRA 2Z1HA 4L8RB 1OH8A 2KFNA 5BRDA 4DV5K 4A2BA 2OA8A 4QCLA 3WXMB 2NRWA 3U6FA 4K0KK 3I55N 3SQ0A 4ELVA 5AQOA 3PIOL 2KFZA 2WFBA 3SMPA 3KKRA 4CZGA 4FZXC 4JN4A 1S9GA 4KH5A 1VQ9N 1VSLA 2O8CA 4KHYA 2A6AA 3CCVN 4IWVA 3W0LA 4YOYA 1BOTO 3JXUA 4O55A 2QK9A 3U3GA 1U49A 3SAHA 1RBRA 1JLAA 4CZFA 4LC9B 3CJAA 4EZ9A 4GV3A 3SNNA 2P9KB 3VQ7A 1ZYQA 1HJOA 2YNGA 2B4JA 4H0TB 5F1XA 5LY3A 1NG9A 5E41A 1NGGA 4CF1A 3VTIA 4HVJA 3LALA 4UQGA 3CD6N 3TAPA 4B3RK 4B9QA 3FFKB 3A8YA 4DU3A 4Q0BA 3R1XA 1T6CA 1ASVA 3NF8A 5DM7L 5EX5A 4RWTA 1QSLA 3J7AP 4IDKA 3I8DA 2P9LA 3DXKA 1LCUA 3HM8A 3GDQA 4KTWA 1JXBA 4CE9A 2E8AA 3TAGA 4RW4A 2FBYA 1X9JA 4KFBA 4B3OA 5KPRA 4IXCA 4DV4K 5D3GA 2YNFA 3PX6A 3OS2A 4K25A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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