3AA4A

A52v e.coli rnase hi
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAVIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Protein core adaptability: crystal structures of the cavity-filling variants of Escherichia coli RNase HI
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aa4A00
5E41A 1S5JA 1RT2A 2EHGA 1S1WA 4J2DA 2XRIA 4HUGA 4DFMA 4FJXA 1RDAA 3DLEA 1JLBA 1ZBHA 1S9GA 4JLHA 1C0MA 4OGCA 1JL1A 2IGIA 1RT1A 4C8MA 5CYMA 4CK2A 4CHOA 4FLYA 3AVBA 3TAGA 4CHNA 3QEWA 1U4BA 3LZJA 1RT3A 1T8EA 1C1AA 4FJGA 4FJNA 3QO9A 3LAKA 4E7JA 3H08A 1NJXA 3L3UA 2B6AA 1BGXT 4ID1A 1ZBFA 3AO3A 4FJHA 3NFAA 3NF7A 4BDPA 3P5JA 1VSDA 5J1EA 4J2BA 2R7YA 2GBZA 1D5AA 2Z1IA 3VQBA 4XIUA 3OYDA 3HPHA 2DFFA 1TK8A 1WSEA 4J2AA 4ELUA 3DLRA 2KTQA 1RBSA 4W5NA 1S1UA 4YFUA 4BACA 2G8HA 3SV4A 1UOCA 2P5OA 5FRMA 4F2SA 1RBVA 2D0BA 4GVMA 4CEDA 3L2WA 3S3OA 2NUBA 1NJYA 1W9HA 3LP1A 4CJRA 4QCLA 1JL2A 3TAQA 3NF8A 4B9MA 2VG5A 3TARA 1U04A 4W5RA 5I42A 4M45A 3OYGA 3AVHA 4I7FA 4DTUA 1S1TA 4DMNA 1DLOA 2WOMA 3I8DA 3PX6A 1CZBA 4AHRA 2HHTA 4CESA 5KRTA 2ETJA 4CEBA 1NK7A 3HJFA 1VSLA 4KO0A 5SZTA 1U45A 3HO1A 3SUPA 5C24A 4PA1A 3CM5A 3M8SA 1HJRA 1B9DA 3NAEA 4E3SA 4Z4HA 3QNOA 1JXEA 1FK9A 1NK6A 3K57A 4OGEA 1SL0A 1D8YA 3OYHA 4E0DA 2Z1JA 2G8FA 2HMIA 1RNHA 3ZT0A 2EX3A 4BE1A 1JLQA 3ZSOA 4M3XA 5SWMA 3MEDA 3SUNA 4CJ4A 3L3VA 3ALYA 3OYIA 3RMCA 4DLEA 1C1CA 4FM2A 2Y1IA 4OLAA 4JRQA 1RCHA 4CJLA 1S6PA 4FK2A 4KTZA 4C8OA 4Z0UA 4E89A 3NDKA 2IDOA 2RF2A 2B4JA 1WSFA 4KKOA 2FBVA 4MFBA 1JLGA 1JLFA 1J5OA 4DLGA 1MU2A 2IC3A 2BGGA 4EP4A 3O4QA 1BISA 4OJRA 4BDYA 3V4IA 4DTPA 1O1WA 4AH9A 2WONA 1VSIA 1T7PA 3KLEA 5J2PA 3PY8A 4OVLA 3NF6A 3KLHA 3NGIA 4LD0A 4CIEA 4BDZA 1X9MA 4B8AB 3KD1E 2O4IA 4FLWA 2BE2A 3MAQA 1EXQA 3DLGA 4DFKA 3ZT3A 1JLAA 3TABA 2HHXA 2O4GA 3A2FA 1S1VA 3ZSXA 4JRPA 2ATQA 1IKYA 5J2QA 4Z4CA 2P51A 3JYTA 1BQNA 2YHBA 1UA0A 1WAJA 1TL3A 3LAMA 4DF8A 1LWFA 1ZBLA 3THVA 1KSPA 1YTUA 1EETA 2VWKA 3I0RA 4CJUA 4Z4GA 4B9NA 3TR8A 1CXUA 1K6YA 1S1XA 4OKJA 3QNNA 3OVNA 3AVIA 1ZYQA 1Q9XA 2HHUA 2OPPA 1I3AA 3VQCA 1NKBA 3PX0A 3P83D 2OZMA 4FJJA 2OPSA 3SYZA 1NK8A 1LWCA 1VRTA 3HVRA 1Q8IA 3C6TA 4F2RA 1TK0A 2KZMA 1VK0A 4CE9A 4KHWA 1YVUA 1IO2A 3B6PA 4MQ3A 3LPTA 5CYQA 3VQEA 3CFOA 3M8QA 3C6UA 4BE2A 1VSEA 1CZ9A 2ITGA 2HHVA 3RR8A 4KRFA 1UA1A 1KCFA 4CK3A 4DSFA 4CJ3A 1HQUA 4CF8A 2P1JA 3SCXA 4Z4IA 1WNSA 2YNHA 1B9FA 3KLFA 2YNIA 5FROA 2RN2A 3AVCA 4CFAA 1VSMA 4RW6A 3DYAA 5JS2A 1RBUA 3WNFA 5I3UA 4M3TA 2X74A 3KTQA 3OYMA 4HCCA 1EX4A 1HNVA 3QETA 3D45A 4KFBA 3OJUA 5JS1A 5K14A 2HNDA 2OZSA 2G8IA 4KHSA 4CEEA 1GOAA 4FK4A 3CFRA 4FJ7A 3L8BA 3KKRA 1REVA 4H4MA 2HNZA 2X78A 4I9LA 4IG0A 4CJQA 3K59A 2YKNA 3VA3A 4PY5A 4GMJB 4LSNA 1SV5A 5DMRA 4CEQA 4ELVA 1LAWA 1KTQA 1LWEA 2X6SA 3PX4A 4B3OA 1CXQA 1FKOA 3WNGA 1VSKA 2LSNA 2VWJA 4HCBA 3LP0A 4I2PA 4AHVA 3SUQA 2KW4A 3ZCMA 3KK2A 1RDDA 2ZE2A 1IKWA 3E01A 3ITHA 1RTHA 3ZSYA 4B9LA 2W42A 4Q0BA 3NE6A 4CGJA 3DLHA 2FBXA 3SJJA 4N76A 4HUFA 3CQ8A 4K8XA 4E7HA 4LH4A 3VQ7A 3LDSA 1SKSA 4CEOA 1ASVA 4RW7A 3ULDA 2A1SA 4FCYA 3WNEA 3L2QA 1X9SA 1TK5A 1IKVA 1SL2A 3QERA 4AHUA 1VSFA 3QEXA 4DQIA 4CECA 3KK1A 1QE1A 2FC0A 2IOCA 3AVGA 2F8TA 3AVLA 3PO4A 3AVKA 1UAXA 3QEVA 4EP5A 1YTAA 3ISNC 4DFJA 3LWLA 2HHWA 2ZD1A 5D3GA 1KFDA 3PO5A 3RTVA 3DI6A 1ASUA 2IAJA 2QKKA 1TL1A 1ITGA 3DOKA 1A5XA 1YT3A 3P1GA 3VQ8A 3L2VA 3TAFA 4F3OA 3V9UA 3DOLA 3AVMA 1WAFA 4L8RB 2KFZA 4CGIA 4HTUA 1RBTA 3LPUA 4E19A 1HYSA 1NJZA 3M8RA 4DTXA 1XHZA 1S9EA 1J54A 4ICLA 3QINA 4FVMA 4CFCA 4NYFA 4CHYA 1RDBA 4DTJA 1QS4A 3OS0A 3QEIA 3TANA 2PYLA 2YNFA 4IFVA 1HYVA 3OY9A 2XO7A 3HPOA 4FM0A 4CK1A 2GUIA 4DF4A 2KZZA 1D9FA 1IKXA 3U3YA 1X9WA 4CHQA 3NHGA 3TAEA 3V1RA 3HP9A 3AV9A 5HLFA 3QIOA 4FZZA 4OPJA 1R0AA 3RMDA 4RG8A 4CJFA 4KB1A 3VQ5A 4EZ9A 5KTQA 3OYEA 4DTOA 3VQ6A 4DQPA 3HK2A 3FFIA 1L3TA 4DSLA 4OPKA 1QSLA 3CM6A 3RMBA 3OS1A 4B9TA 3VQQA 1X1PA 4CF0A 3HP6A 4N5SA 4HHTA 2YHAA 4DG1A 3V81A 4KB0A 1NJWA 3KLGA 1SKWA 4CJ5A 2VG7A 3AA2A 3IS9A 3L2UA 4CGHA 2G8WA 3IRXA 3L2RA 4CHZA 4CJKA 4N56A 3OS2A 1L3UA 4KTQA 4RW9A 3DRRA 2DY4A 1BI4A 3AVAA 4FLZA 4DTRA 1L3VA 5EU7A 1D9DA 1A5VA 4G1QA 3CFPA 2DFEA 3VQ9A 1HRHA 1I39A 2VG6A 4AILC 2JGUA 4NCBA 2XY6A 3U6FA 4AHTA 4H8KA 2QKBA 2HVIA 2KFNA 3RMAA 4LY7A 3KIOA 1KLNA 3AA5X 4FJMA 3HT3A 1RTIA 5HBMA 1LV5A 1RILA 2GV9A 1BCOA 5C25A 5HRRA 3TAPA 4E7IA 4ELTA 2B5JA 2E6LA 3SV3A 3VQAA 5FDLA 4I9QA 3AO4A 1NOZA 4IFYA 1IH7A 3LANA 3HL8A 1VRUA 3K2PA 1RT4A 3TAMA 5KI6A 4W5OA 2PYJA 4CEZA 1XWLA 1U47A 3OYCA 4CF1A 4W5TA 3O4NA 4O4GA 5CZ2A 4PWDA 5J2NA 1VSJA 2G8KA 3LP2A 1KRPA 3V9XA 1RTJA 1TAQA 2YV0X 4DTMA 1WSIA 4KTWA 4NCAA 1C0UA 2I5JA 5HRPA 3RRHA 1RT5A 3OJSA 3F73A 1JLCA 4M3ZA 1ZBUA 4B9UA 1TKZA 3HSTB 4Y1CA 4CEFA 4CFBA 1LAVA 1WLJA 3DLKA 3ZT4A 1SL1A 4O44A 5HRSA 4FLTA 3TI0A 1TAUA 2QK9A 3NH0A 3OYLA 3SI6A 2F96A 1RDCA 2Q3SA 1JLEA 1RT7A 1KVBA 1TKXA 3MXIA 4FJ8A 4FLUA 2DTUA 4KAZA 1BQMA 1J9AA 2OPRA 5DK5A 3G0ZA 3ZSQA 5HRNA 4FJLA 4DWIA 4CGDA 3AA3A 1NK0A 1CLQA 4DQRA 1TVRA 3DRPA 3HVTA 3NH1A 4M3UA 2HHSA 3QIPA 3JSMA 4CJSA 4HUEA 5HROA 4R5PA 4W5QA 3LWMA 3NH2A 4DS5A 3AO2A 4DQQA 3HXMA 4E7LA 1G15A 3ASMA 3V9WA 1ZBIA 3BGRA 1EKEA 3RWUA 3NBPA 1JXBA 1IG9A 3AVJA 4YNQA 5HP1A 3SZ2A 3CYMA 5CY4A 4FJIA 1FXXA 3NGYA 1SKRA 2D0CA 4CGFA 4FLXA 1WN7A 3SQ0A 2KQ2A 3PV8A 4KV8A 1XI1A 4B8CA 1Y97A 3OYNA 4KREA 2YKMA 4FK0A 3VA0A 3QEPA 4Y1DA 2OPQA 3U3GA 4CIGA 2X6NA 4PUOA 2FBYA 4PQUA 3RR7A 2F8SA 1LW2A 3C94A 1RT6A 4O0JA 4CGGA 1U49A 4I2QA 3K5OA 4FM1A 4CCHA 4FYDA 2XHBA 1C0TA 2JLEA 4FW2A 4Q5VA 4DFPA 4B9VA 4F8RA 1BI4B 4BWJA 4K8ZA 1HYZA 1ASWA 3LP3A 3V9SA 3MXJA 1Q9YA 3DMJA 1NOYA 1WSHA 2D0AA 3EZ5A 3SUOA 4WE1A 5T7BA 2HNYA 3OYFA 3V6DA 3F9KA 3ZSVA 1HQEA 2Y1JA 3HYFA 2AJQA 1KVCA 3UIQA 4AHCA 1DTTA 2D5RA 5KRSA 2A1RA 3ZSRA 4CERA 4CJWA 4IKFA 3VQ4A 3HPGA 3SQ2A 4DSEA 4O55A 1NKCA 1QTMA 4UQGA 4FJ5A 1WSJA 3WNHA 4TSXA 1SUQA 4CIFA 3O3GA 3K5NA 4M3YA 3S9HA 1XC9A 4QAGA 1GOCA 4F4KA 1QHTA 1BL3A 4DSIA 4ID5A 4RW4A 2HHQA 3VN5A 2G8UA 3ZSZA 3HM9A 1N5YA 4ZHRA 5KGXA 3KD5E 4CJEA 3KLIA 4DU1A 4FW1A 4DTSA 3NCIA 4M3RA 3M8PA 3S3NA 4AHSA 4M41A 4FLVA 3AVFA 4IG3A 3B6OA 4J2EA 2HVHA 4CF9A 1JKHA 4OKKA 4M3WA 4KHUA 1Z25A 2BDPA 3AO1A 2RPIA 3QLHA 1HNIA 4M42A 3SQ1A 3DLBA 1DTQA 3DRSA 4Z4FA 3V1OA 1NK5A 4B08A 1F21A 4B9SA 4CJVA 2YNGA 4C8NA 4C8LA 3K58A 1KVAA 1EP4A 3CG7A 4KI6A 1W0HA 4HVJA 3K5MA 2Z1GA 5FRNA 4KHNA 4N47A 4E7KA 1RTDA 4FZXC 1KLMA 1WSGA 3SNNA 4ZTFA 5J2MA 4Z4EA 1T05A 2PY5A 2IS3A 2Z1HA 3V1QA 3ZSWA 4LH5A 4KHYA 3T19A 3BDPA 1NK4A 4IDKA 1KFSA 4JS5A 4DU4A 4F3TA 3TWHA 2ZQBA 1U48A 4OKEA 1XHXA 4C8KA 4FZYA 3IG1A 2QXFA 1A5WA 1RBRA 2XY7A 4NCGA 3IAYA 4OLBA 1TKDA 3AA4A 4JS4A 3MEEA 2DFHA 3O3FA 3D0PA 4DSJA 3ZT1A 1BIZA 1UWBA 3KKSA 4BWMA 3K5LA 4DS4A 2OYQA 3KK3A 3O3HA 4LSLA 5KGWA 1L3SA 2BANA 1TKTA 2XY8A 3C95A 3I0SA 3MXMA 3AO5A 1T03A 1QSYA 2XY5A 1NK9A 4CF2A 2P5GA 1BIUA 3KJVA 2OA8A 3RRGA 3NF9A 3LALA 3T1AA 2E6MA 3EYZA 3LZIA 3OYBA 1HPZA 4E1MA 4DSKA 4ZTJA 4O5BA 4KI4A 1B92A 1LW0A 1TGOA 3VQDA 4O0IA 3NGZA 2PZSA 3DM2A 1BCMA 1C6VA 2RKIA 4FXDA 2HB5A 4CFDA 1QSSA 3AVNA 3MECA 4BE0A 3G10A 3EY1A 3PUFA 1HMVA 1J53A 4E1NA 1L5UA 4N41A 4QOZB 3OYJA 4EZ6A 2E4LA 4GW6A 4IBNA 2HW3A 1BHLA 4H4OA 4DU3A 2FBTA 3SQ4A 3OYKA 1VSHA 4DQSA 4CJPA 4FJKA 4KHQA 1N6QA 4CEAA 3T3FA 3OYAA 1FKPA 3VQPA 3ZT2A 3QESA 4KPYA 4FJ9A 2G8VA 1TV6A 4CJTA 4CHPA 5C42A 3SPYA 1S6QA 3S3MA 1Z26A 1C1BA 3MEGA 1NKEA 1QQCA 5CZ1A 4RW8A 4NYNA 4DTNA 3SPZA 1GOBA 3V9ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IXCA 1RT2A 2P9KB 4C1NI 1S1WA 2QWNA 3DXKB 1HKCA 4JLHA 3EKSA 5AR0A 2IGIA 1RT1A 4CJ7A 2HMPA 4BRKA 3QEWA 3LZJA 5EVZA 4FJGA 5LMNK 4LF6K 4HWIA 1NJXA 2B6AA 3CJ9A 4ID1A 3VGLA 4FJHA 5JICA 2A6AA 1VSDA 3D2EA 4FWQA 5IT9O 5AQWA 3HPHA 4ILHA 2DFFA 4GKKK 2KTQA 2G8HA 1YI2N 2YCHA 4F2SA 1RBVA 4GVMA 3L2WA 3S3OA 2NUBA 1NJYA 3IKMA 3LP1A 4OPAA 3TAQA 3VEVA 4BRGA 1S1TA 2PAVA 4EHTA 4DV5K 1VQ8N 1I94K 5SZTA 4JK7A 4JN4A 2P9LB 3G4SN 4Z4HA 4E3SA 1SQKA 1KXPA 4OGEA 3A0IX 2G8FA 1T3VA 1YJNN 3ZSOA 3M3ZA 5SWMA 5CE3A 3RMCA 3SAHA 4FPBA 4OLAA 2E8AA 3DXMA 4JRQA 4IEEA 4CJLA 4CBUA 3NDKA 4IFEA 2Q31A 2IC3A 4EP4A 4YHHK 4BDYA 4DTPA 1O1WA 2WONA 4YY3K 2O8FB 5J2PA 3Q7BA 4OVLA 5H1SQ 4IWVA 4B8AB 3CI5A 3E9OA 2BE2A 3CCRN 3J7ZO 4NXNK 1KAXA 1S1VA 3O4WA 2OTJN 1BQNA 1Q82O 1WAJA 1LWFA 2VWKA 3T1HK 3HRGA 3I0RA 3ATUA 2O8EA 4H5VA 1S1XA 4OKJA 3AVIA 4JI4K 4A59A 1Q9XA 4Y0WA 3B8AX 5BRDA 3MN9A 1NKBA 3PX0A 3P83D 2OZMA 2J4RA 3HVRA 4F2RA 1Q8IA 4CE9A 4KHWA 1IO2A 3VQEA 3C65A 4MQ3A 2ASOA 3F9MA 1N8RO 1HR0K 4C1NK 3O6WA 3BUZB 4KRFA 2UUBK 3ZX0A 3WXKA 3WQUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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