3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
3MEGA 1I3AA 1UWBA 5CY4A 3LZJA 1NKBA 4M3WA 1BISA 1D9FA 4CEQA 3TR8A 4HVJA 2YKNA 1KTQA 3LDSA 3NFAA 3VA3A 4RG8A 1ZBLA 3CG7A 1UA0A 4F4KA 1IKXA 4PWDA 2HHVA 5FROA 5KGXA 2HNDA 4NYFA 3MXMA 1JKHA 4QAGA 3VQ8A 3U3YA 2XY8A 3MEEA 4CJQA 1SKSA 1TAUA 4WE1A 4N47A 1D5AA 1N6QA 4M42A 3G10A 4CESA 4CGHA 5J2QA 5FRNA 1LV5A 3M8RA 3HSTB 3L2RA 2WOMA 4Z4EA 4CJ3A 1RDBA 1QQCA 4CERA 3PX4A 1GOCA 3HM9A 3JYTA 4FJKA 1REVA 2Z1GA 3RWUA 4J2EA 4KV8A 2G8IA 5EU7A 4B9UA 3KLGA 5HLFA 2PYJA 4KHQA 1ZBUA 3CM6A 3KKSA 3QNNA 4EZ6A 1L3UA 1N5YA 2GV9A 3DM2A 3L3UA 4OPJA 4CEDA 3O4QA 4BE1A 3OYDA 3CQ8A 1ZBIA 1J5OA 3AA2A 4CCHA 4FJIA 3AVNA 3OYHA 4OVLA 4FYDA 2HNZA 4CHNA 1D9DA 4LSNA 4CJSA 3KD5E 4R5PA 3AO5A 3V9SA 3SPZA 3I0RA 2XY5A 1RBRA 1T05A 3HJFA 3F73A 3OS0A 1A5XA 4CGDA 2VG5A 2Z1JA 5CZ2A 4E19A 4RW7A 3S3NA 4PQUA 4M3UA 3B6OA 1SKWA 2RPIA 1VSFA 2HHUA 3RMAA 2YHBA 2G8VA 3TARA 4NCAA 3RRGA 2D0AA 3I0SA 3QEVA 4H4MA 3CFPA 2VG7A 4B08A 3SCXA 4DQPA 4EP4A 4KHWA 1TV6A 2X6SA 4GVMA 4ELUA 5HRSA 2ETJA 4HHTA 1NK7A 3SQ1A 1S6PA 1VSLA 2E6LA 2XHBA 1RDAA 1BCMA 1BIZA 5HRRA 2BE2A 4Z4CA 4BE2A 3I8DA 2HVHA 1B92A 1S9GA 4OJRA 4FJJA 4CHYA 2DY4A 1DLOA 3OVNA 4DS4A 2BGGA 3SUPA 3AVHA 1VSIA 2Y1IA 2WONA 2B4JA 4JRPA 4M3YA 3NBPA 4O4GA 3SNNA 1TK8A 2OYQA 1RTHA 1SL1A 3TAGA 5J1EA 1A5VA 5D3GA 2HMIA 3JSMA 2RN2A 5KRTA 1U4BA 5KTQA 1RILA 4N56A 1HNVA 4OLBA 3HK2A 3VQ9A 2YNHA 5DK5A 2XY6A 4FLTA 2NUBA 1C1BA 4CEOA 2O4IA 4N5SA 3AO2A 4I9QA 2DFHA 3AO4A 1L5UA 2OPSA 3WNFA 3NAEA 4OKKA 4M3RA 2FBTA 4M3ZA 3RRHA 4AHTA 3VA0A 4KHYA 1U04A 4FJNA 4L8RB 4FM0A 3OYEA 1T8EA 3KD1E 4DS5A 3NH0A 1CLQA 1BQMA 1FK9A 3AVAA 1KFSA 2IS3A 3VQ6A 1IKYA 3ZT1A 4FLYA 2ZD1A 4Y1CA 3G0ZA 1R0AA 3NGZA 4DSIA 3AVIA 1RTIA 3T1AA 3OYCA 4HUFA 4C8KA 4ELTA 3K57A 4GW6A 4DF4A 4BE0A 2QK9A 1S1TA 3ZSXA 4FXDA 1WSHA 1NOZA 1RTJA 3PUFA 4H4OA 5HRNA 3KKRA 5FDLA 4O5BA 4FJ7A 1CXQA 4FJMA 4CJPA 1ASVA 3HVRA 4DU3A 1SKRA 4FVMA 2KZZA 3KK3A 3ZSWA 2RF2A 1HYZA 1NJWA 3V1QA 3OYLA 4B9MA 4B3OA 1JXEA 2FC0A 3EZ5A 1RT2A 1JLGA 3HL8A 4CIFA 3K59A 1D8YA 4GMJB 3V1RA 4ID1A 1O1WA 1T03A 3E01A 1NJYA 1WNSA 1VK0A 4Z0UA 1CZ9A 3U6FA 1J53A 3P5JA 3AA3A 2YV0X 3V4IA 1CXUA 5JS2A 1EKEA 1NK8A 4KI6A 4KPYA 4KAZA 1VRUA 4DTSA 1NK9A 4QCLA 3ZCMA 4KRFA 2D0CA 4NCBA 2EX3A 1TL1A 2OPPA 3P1GA 4I7FA 4BWMA 1BCOA 3VQDA 4CJLA 3OYAA 1RBSA 1YTAA 3AVBA 3ASMA 4IG0A 3ZT3A 4CHOA 3NHGA 4KTQA 5JS1A 1QSLA 1RTDA 4B9LA 4CK2A 3EYZA 1JLCA 2HHTA 1J9AA 1EXQA 1TK0A 4CHQA 1RBVA 2G8HA 2YNFA 1EETA 4KHNA 3ZSOA 3S3OA 1TKTA 4ID5A 3OYGA 4RW9A 1SL2A 3RTVA 1KRPA 3AVJA 4CF0A 2ZQBA 4DMNA 3O3GA 4CJUA 3LAKA 3AV9A 4I9LA 2D5RA 4H8KA 5HP1A 3TABA 1RDCA 4K8XA 4FK2A 3TAEA 4DTUA 2QKBA 3L2VA 2OPRA 3KLIA 4AHSA 3NF7A 3TANA 4KB0A 4FM1A 3LZIA 1S1VA 3HVTA 1S9EA 2X6NA 1IKWA 4IKFA 4CIEA 2O4GA 4J2BA 3ZT0A 1NK4A 3AA5X 4DFKA 2IDOA 2ITGA 4NYNA 3LP0A 4C8NA 3VQAA 4DU1A 2OA8A 3ZSVA 3PO5A 1CZBA 4C8OA 1QSSA 4E0DA 2JLEA 4JS5A 3LP1A 3T3FA 4EP5A 1JLBA 3KLFA 3TAQA 3MECA 2XY7A 3UIQA 2AJQA 3K5LA 3QERA 2IAJA 3CFOA 1C0MA 3QEIA 3KIOA 1WSIA 3MXIA 2D0BA 2KW4A 4Z4FA 5J2MA 4CJVA 3C6TA 1W9HA 1NOYA 4RW8A 3NF6A 3KK1A 2BDPA 3CM5A 4DQIA 3CFRA 2A1RA 2Q3SA 3LANA 4M45A 1ITGA 2VWJA 4Y1DA 1VSDA 4O0IA 3ULDA 4J2DA 2KTQA 4EZ9A 1YVUA 4KTWA 2FBYA 1LWFA 3LALA 3V9ZA 4DTOA 5J2NA 2HVIA 2KFNA 1C1AA 3DLKA 1GOAA 4OGCA 3U3GA 4CFAA 1TKZA 4IFYA 3O3HA 1ZYQA 3VQEA 3K5NA 3VQ5A 4CJWA 5CZ1A 1W0HA 4CFBA 4CEEA 3PX0A 4E89A 2F96A 2Z1IA 5K14A 1WSEA 1T7PA 1X9SA 3LP2A 3KJVA 1KFDA 3KLEA 1DTTA 4JLHA 5C24A 2KFZA 1ZBHA 1NK6A 4Q0BA 3AVGA 4FLWA 4LSLA 4CJTA 1KLMA 4FM2A 1RT7A 3IS9A 2DFFA 4FK0A 4M41A 4FCYA 1S6QA 2G8KA 1KSPA 4FLXA 1TL3A 1RCHA 2IOCA 3OYJA 1BI4A 4CF2A 4CK3A 4O44A 4FZZA 1ASWA 4ZTJA 3HPHA 3C6UA 4F3TA 4DFJA 3SYZA 2HHXA 3OJSA 1JLEA 3SUNA 4CGJA 1GOBA 4I2QA 4CJ4A 3KLHA 4HCCA 4B9VA 2KZMA 3NH1A 4DTNA 3VQPA 4AHCA 3M8PA 3PY8A 3TAMA 1EP4A 3TWHA 4F2RA 3VQ4A 4ELVA 3F9KA 3THVA 4IFVA 3ZSYA 1L3TA 3SZ2A 2OPQA 4M3TA 3V9XA 2PY5A 1LW0A 3DLRA 3VQQA 1SV5A 2RKIA 3M8QA 4DTJA 1U45A 4FJXA 4AHRA 5T7BA 4N41A 1HQUA 4DSKA 4DWIA 4JS4A 3ZSRA 1F21A 4KKOA 4AH9A 1QS4A 3VQ7A 1X9MA 4CHPA 1RT1A 3DLEA 5I42A 2HHWA 2B6AA 3MEDA 3VQBA 2F8SA 1RT6A 3O4NA 4E7JA 3SJJA 4YFUA 4CEFA 2ATQA 4CE9A 4ZHRA 4DSLA 1HMVA 4G1QA 3WNHA 4DF8A 3HO1A 1L3VA 1TK5A 1LW2A 4CHZA 4DTXA 1A5WA 2VG6A 4DTMA 1LAWA 3TAFA 3SQ4A 2W42A 3WNGA 4CGIA 2OZSA 1XI1A 3ZT2A 4E3SA 4OPKA 1S1XA 1BI4B 4CGFA 5C42A 5SWMA 1J54A 1VSMA 2G8FA 4DTPA 4CF1A 3C95A 3LPTA 4ICLA 4F8RA 1HJRA 1HQEA 1KVBA 1RDDA 1TGOA 2DFEA 2Y1JA 3HYFA 2X74A 3BGRA 3NF9A 4W5QA 4HUGA 4DFPA 2PZSA 3HPGA 4BDPA 4FW1A 1B9FA 1NK0A 3MAQA 2GBZA 5FRMA 3AA4A 3D45A 3NGYA 2QXFA 4CK1A 4DQRA 1YT3A 3K58A 3H08A 1HNIA 4CEBA 3AVFA 1LWCA 1HYSA 2HB5A 4KI4A 5KRSA 4MFBA 3LWMA 2R7YA 4FLUA 2DTUA 3OS2A 5J2PA 3ISNC 1K6YA 4C8MA 4I2PA 4Z4HA 3KTQA 1QE1A 3SPYA 2HHSA 4C8LA 5SZTA 3PV8A 1C1CA 4B9NA 2A1SA 4CJKA 3VN5A 2F8TA 4UQGA 2ZE2A 1VSEA 4CJEA 1X9WA 4PUOA 4BACA 3ZSQA 4CFDA 2X78A 3QLHA 2KQ2A 4XIUA 3VQCA 2YNIA 3DLGA 3HPOA 3S3MA 1NJXA 3RR7A 2VWKA 5HRPA 4LY7A 3AVCA 2FBVA 3DLHA 4E7LA 3OYMA 3KK2A 2EHGA 3AVMA 3QO9A 3DRPA 4FW2A 2XO7A 3AVLA 1IG9A 3OJUA 4O0JA 1FKPA 1C0UA 4OKEA 1C0TA 4B8CA 3L3VA 3SV3A 2E6MA 4QOZB 3TAPA 3QINA 1WSGA 5HROA 3AVKA 4B9SA 3OYFA 4KHSA 4CF8A 1QHTA 4CEZA 1U48A 4ZTFA 4RW4A 3P83D 1UAXA 5E41A 4PA1A 4W5RA 1G15A 4KREA 3IRXA 3C94A 3PX6A 3QIOA 3S9HA 3QEWA 3QESA 2Z1HA 3SQ0A 1WAFA 3NDKA 4DLGA 3HT3A 1WSFA 4W5NA 4HTUA 4J2AA 1TAQA 4FJ8A 1Q9XA 2P5GA 2PYLA 4DSFA 3OYIA 2P51A 4B8AB 3RMDA 1NJZA 1SL0A 4RW6A 3AO1A 4DSEA 1HRHA 1BQNA 3DMJA 1XC9A 2FBXA 4W5TA 1WAJA 3OY9A 3SV4A 2YHAA 4FLZA 3SQ2A 2B5JA 1VSKA 3DOKA 4N76A 5CYQA 5I3UA 4Z4GA 4FJGA 1WN7A 3HP6A 2I5JA 4MQ3A 3L2UA 3EY1A 3RMCA 3OYNA 4IBNA 2BANA 5KGWA 3V81A 1C6VA 1TKXA 1VSHA 4DG1A 2IC3A 3CYMA 4AILC 3TI0A 4PY5A 1RT4A 1LAVA 3QNOA 1NKEA 3HXMA 3QETA 4FZYA 1JLAA 1IKVA 1JLQA 1HYVA 1KVAA 1FKOA 3IG1A 3ITHA 4Q5VA 3SUOA 4K8ZA 4E1MA 4DLEA 2YNGA 3ZT4A 3DRSA 3K5OA 2P1JA 3DRRA 5KI6A 5C25A 1JL1A 3MXJA 3OYKA 1XHZA 1U47A 2E4LA 3QEPA 4KTZA 4M3XA 3FFIA 3L8BA 1QTMA 3V9WA 3T19A 2LSNA 4E7KA 3L2WA 1Z26A 3DYAA 4LH5A 1JLFA 1MU2A 1RNHA 1XHXA 1Y97A 1Z25A 3AO3A 1ZBFA 4KFBA 3NH2A 4TSXA 4DQSA 3OYBA 1ASUA 1FXXA 1BHLA 2GUIA 3O3FA 4CECA 1U49A 1L3SA 4CJRA 4CIGA 1RBTA 3LP3A 4E7HA 4FK4A 4DFMA 3L2QA 3IAYA 4IG3A 1SUQA 1BIUA 1WLJA 1TKDA 4AHUA 3QEXA 2QKKA 4DSJA 1TVRA 3NGIA 4HCBA 3OS1A 4W5OA 1LWEA 2P5OA 1UA1A 4FJLA 4CJFA 1WSJA 3V6DA 3V1OA 3ALYA 5DMRA 3NF8A 4O55A 2HW3A 1S5JA 4FJ5A 4KO0A 1S1WA 1KCFA 4DU4A 1S1UA 2HNYA 3SUQA 3DI6A 4KB1A 4AHVA 4YNQA 3LWLA 4OLAA 2HHQA 4F3OA 1HPZA 4HUEA 1IH7A 2JGUA 4FZXC 3QIPA 3D0PA 4JRQA 1Q9YA 3M8SA 3K5MA 5HBMA 4NCGA 1BL3A 4FLVA 3DLBA 3NE6A 1YTUA 4LD0A 3HP9A 4IDKA 3LPUA 3A2FA 4CF9A 4E7IA 1RT5A 3B6PA 1UOCA 3RMBA 4LH4A 4DTRA 3SI6A 1RBUA 3PO4A 1X1PA 1NK5A 2XRIA 2IGIA 4FJ9A 3RR8A 4OGEA 1NKCA 4BWJA 1BGXT 1JXBA 3LAMA 4B9TA 1IO2A 1KLNA 4FJHA 1Q8IA 4KHUA 4Z4IA 1I39A 1KVCA 4CGGA 4CFCA 3K2PA 1XWLA 3WNEA 4CEAA 3NCIA 1B9DA 5CYMA 1DTQA 4BDZA 3BDPA 2G8UA 4F2SA 1JL2A 1RT3A 4E1NA 1QSYA 1EX4A 3DOLA 4DQQA 4BDYA 4OKJA 4CJ5A 2OZMA 1VRTA 1VSJA 3V9UA 2YKMA 2G8WA 3ZSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MEGA 1UWBA 5CY4A 3HZ6A 3G4SN 1NKBA 1I94K 5LJVA 1D9FA 4ISFA 1KTQA 3ZYYX 3CG7A 5TKWA 3MXMA 1JKHA 4QAGA 3OA9A 4BGAA 2XY8A 3MEEA 4B1YB 4CJQA 4DR2K 3U8XA 3KHYA 1D5AA 4M42A 1LV5A 4X66K 3HSTB 2VYPA 1QQCA 1GOCA 4DV5K 4JI6K 3OBYA 4NLBA 3C7NB 5BN9A 4JYAK 3VGMA 3CCLN 4EZ6A 4CEDA 1ZBIA 3WXLA 3O08A 3AA2A 1QHAA 1BA0A 4DV6K 4CHNA 4LSNA 4CJSA 4FVUA 3AO5A 2UUAK 5EX5A 3OS0A 4ILHA 4A5AA 1N34K 4E19A 4RW7A 4M3UA 1SKWA 2HHUA 2UYTA 2YHBA 3TARA 4CZFA 3I0SA 3WXKA 2NRTA 4H4MA 3SCXA 4DQPA 5BPMA 1S6PA 2E6LA 1HKBA 3LDNA 5ADXA 1BWFO 4DQ8A 4YOVA 2HVHA 3R6MA 1B92A 1DLOA 3OVNA 2BGGA 3SUPA 1VQ9N 1U2VB 2D4WA 2VGNA 3NBPA 4K41A 2O8CB 1RTHA 3R8EA 5LY3A 3TAGA 5J1EA 5GAHP 4LF6K 2RN2A 1HNVA 1V4SA 1NU0A 4OLBA 3DAWA 1YVNA 3VF2A 3NAEA 4JHDA 3RRHA 3VA0A 4FL9A 3VEOA 1VQKN 3OYEA 2P9KA 1T8EA 4DS5A 3KD1E 1VQ7N 1IKYA 1BG3A 3G0ZA 4C8KA 3K57A 2HBLA 4DF4A 5KQ8A 4BE0A 4CD3A 4M7XA 4FXDA 1NOZA 5FDLA 4O5BA 1CXQA 3VETA 1ASVA 3W0LA 3ENOA 3LDLA 2ZJPL 3EE9A 4OPAA 3FE1A 2YHWA 1JXEA 2FC0A 3HL8A 1YXQA 3EKSA 1O1WA 2HOEA 3E01A 3AA3A 5JS2A 4KI6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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