3ALYA

Crystal structure of rnase hi from sulfolobus tokodaii with c-terminal deletion
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
MIIGYFDGLCEPKNPGGIATFGFVIYLDNRKIEGYGLAEKPFSINSTNNVAEYSGLICLMETMLRLGISSPIIKGDSQLVIKQMNGEYKVKAKRIIPLYEKAIELKKKLNATLIWVPREENKEADRLSRVAYELVRRGKLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Stabilization by fusion to the C-terminus of hyperthermophile Sulfolobus tokodaii RNase HI: a possibility of protein stabilization tag
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Sulfolobus tokodaii
molecule keywords Putative uncharacterized protein ST0753
total genus 47
structure length 141
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3alyA00
4Z4EA 1W9HA 4FK0A 1LAWA 3K5LA 2JGUA 3VQDA 4HUFA 3L3VA 1SKSA 1TK5A 1TK8A 1RT7A 4FZXC 1WSEA 3DLHA 3RTVA 4DTUA 4M3UA 4FLXA 1LAVA 3KKRA 1BHLA 1QSYA 1CZBA 1S9GA 5CZ1A 2DY4A 3O3FA 3VN5A 1DTTA 2OPQA 3RRHA 4PY5A 1S6PA 3P5JA 3HT3A 2P5OA 4IDKA 4B3OA 3OS2A 1RBRA 1D9DA 1HRHA 2XY6A 3OYIA 2YKNA 2P51A 4GVMA 4DTRA 1IKWA 3VQ4A 1BI4B 3QEVA 1ZYQA 4B9SA 4QAGA 4CHQA 2DFHA 3LPUA 4DTXA 1C0MA 4CF1A 4DSFA 4DTSA 4DSLA 3D45A 1SL0A 3HPOA 2GV9A 4CEQA 1BCMA 4DU1A 1Z25A 5SWMA 1S1UA 3M8PA 2XY7A 3E01A 1G15A 4O0JA 1C1CA 1NK0A 3H08A 2VWJA 1S5JA 2IC3A 3NH1A 4DLGA 4FLVA 1J54A 3PX0A 4DSKA 3NBPA 4CF0A 5KGXA 2OPPA 3AVLA 3KK2A 3P83D 3LWMA 1VRUA 2KZMA 1EETA 4O4GA 1FXXA 3DLEA 4LSNA 3KLHA 4TSXA 2G8VA 4B8AB 3ZT1A 3MXIA 4CECA 4HHTA 1JLCA 2ATQA 1BIZA 3T19A 4CJEA 3OJSA 3TARA 2FC0A 3LPTA 4CJLA 4H8KA 3HM9A 2KQ2A 4E1NA 4N56A 4AHUA 4C8NA 5C25A 3JSMA 1YTUA 3AA4A 3AO1A 3PUFA 1RDCA 4KTWA 3ZSVA 4FYDA 4CJUA 4KAZA 2RN2A 5HBMA 4KB1A 2OZMA 4Z4IA 4KTZA 4DS5A 3MXJA 3S3MA 3V6DA 3CQ8A 3UIQA 2B5JA 3QETA 1SL1A 3IRXA 4FM2A 1T05A 2NUBA 1IKYA 1C1AA 1TV6A 1WLJA 1KLNA 4DQQA 4MFBA 3CFRA 4PQUA 3QLHA 1RT1A 2Q3SA 4N47A 2HHXA 1JLAA 2BANA 4OPKA 3CFOA 3AVMA 2HHTA 2HNDA 4ZHRA 1XHXA 4J2DA 3NGYA 4OGCA 1X9SA 2PY5A 3DRRA 4OLBA 5SZTA 4FCYA 3RMDA 1RBUA 3SPZA 2Z1GA 3NE6A 3KJVA 3SV3A 1RDAA 5J2PA 1YVUA 3SUPA 3RRGA 3ZSXA 3DI6A 4E19A 2O4GA 3SQ0A 1VSMA 1NKCA 3NF9A 3OYLA 4FJGA 1WN7A 2Z1IA 1ZBLA 3QERA 3P1GA 1ASUA 1NKBA 2HHUA 1TAQA 3K59A 4IG3A 4DSJA 4AHCA 1B9DA 4OVLA 1KRPA 4LD0A 4CEZA 1HYZA 2BDPA 2IGIA 4IBNA 1JL2A 4FM0A 1ASVA 3VA3A 5HRSA 4ID5A 3AVHA 4NCBA 4AHRA 3OYFA 5HRPA 4E0DA 4NCAA 4CJFA 3VQ8A 1X9MA 3V9WA 1N5YA 4LSLA 2X78A 1VSLA 3OYMA 4HCBA 2IDOA 1FKOA 3ZSQA 2YNHA 4XIUA 2XHBA 1KFDA 1W0HA 1VSJA 4CF2A 3TANA 4H4OA 3S3NA 2HHWA 4CE9A 4FLZA 3HVTA 1S6QA 2E6MA 4IFYA 1NJZA 4QCLA 5FRNA 1IKXA 2D0BA 3DM2A 4CFCA 4J2AA 3LAKA 2YV0X 3KLEA 2WOMA 4CJ5A 1NK4A 3AVNA 4IG0A 1DLOA 3U6FA 1ITGA 2A1RA 1HQEA 2ETJA 4I9LA 1EKEA 4CIFA 5FDLA 1IG9A 2G8UA 1WSJA 1N6QA 4C8OA 4F8RA 4K8XA 3NAEA 1XC9A 1A5WA 4DF4A 3QO9A 4LY7A 3L2RA 3AA5X 3PY8A 1HPZA 1QSLA 5KTQA 1CZ9A 1LW2A 4CJVA 1R0AA 4FJKA 1KVAA 4ELTA 1Q9YA 2G8KA 4BDPA 1XWLA 4B9VA 1MU2A 3I0RA 3K58A 4PWDA 3LANA 4KV8A 2B6AA 2F96A 4Z0UA 4CGHA 4FLTA 4ZTJA 1Q9XA 4FK2A 4PUOA 4KI4A 1BQMA 3ISNC 3AVBA 1RCHA 4AHVA 2RPIA 1SKWA 2AJQA 4B8CA 3LP1A 4FJ7A 4FK4A 1LWCA 3MEEA 1CXQA 3EZ5A 3L8BA 1KVBA 3O4NA 2G8HA 4OLAA 1D9FA 4BDYA 5J2NA 2Y1IA 3K5MA 2IOCA 2OPRA 3EYZA 4BE1A 3OYKA 1NJWA 3ZT2A 4CEFA 3OYNA 2W42A 2EX3A 4N41A 2X6NA 2HNZA 1J5OA 4KB0A 1U49A 2XO7A 3M8QA 4FJ9A 4CJ4A 4RW8A 2E6LA 5KGWA 1HYVA 3RR8A 3VA0A 4DF8A 1LWEA 3V81A 1Y97A 3DLKA 2WONA 5CYQA 1BI4A 4WE1A 5E41A 5C24A 3OYGA 2KZZA 3SQ4A 3K5OA 3K5NA 4FM1A 4B9TA 4Z4CA 4AH9A 4BWMA 1I3AA 3ZSZA 2KTQA 5KRTA 1GOBA 4ZTFA 4Q5VA 1A5XA 1GOAA 1WNSA 4CHPA 3KD5E 1DTQA 1NJYA 5DMRA 3AO2A 3TAFA 2FBXA 3AO5A 3LDSA 1QE1A 3KD1E 1JLEA 3ULDA 1UOCA 4MQ3A 2DFEA 3MXMA 4QOZB 2X74A 3IS9A 3LALA 1NK8A 4O55A 1I39A 5I3UA 2Z1HA 4B9UA 4W5RA 3HSTB 2P1JA 2PYLA 2LSNA 3TABA 5JS2A 3TWHA 4ELUA 3RWUA 1WAFA 4I2PA 4CHZA 2YNGA 1KCFA 4DFJA 3TI0A 4PA1A 3KK3A 3SNNA 1Z26A 3AO3A 1NK9A 2GUIA 2ZE2A 4EP5A 1JKHA 4FJ8A 1ZBIA 4RW6A 1QHTA 3TAPA 4KHSA 3OY9A 2EHGA 4Y1CA 3TAEA 1RT2A 1WSIA 1FKPA 5J2QA 4IFVA 1CLQA 3NCIA 1HNVA 3QIOA 4CEOA 4KPYA 4M41A 2FBVA 3B6OA 4CHOA 4RW7A 1JXEA 1SUQA 3QNOA 4Z4FA 3G0ZA 4C8MA 4DS4A 3HXMA 1L3SA 4CJ3A 4W5OA 4DTJA 3SJJA 4NCGA 1BIUA 2JLEA 4F2SA 3TAQA 1NOYA 4CGIA 2HB5A 4FLUA 4C8LA 4KO0A 4HVJA 3LWLA 4ID1A 2KFZA 1RBVA 2B4JA 3LP2A 4HUEA 3CYMA 3ZSOA 4JRQA 4O5BA 4B08A 4EZ9A 3VQAA 4CJTA 1WSFA 4G1QA 2Z1JA 3AA3A 4CJKA 4W5QA 4HTUA 1X9WA 2OA8A 3CM5A 3HYFA 4W5TA 4L8RB 1RTHA 3VQEA 3OYJA 2OPSA 3I8DA 3IG1A 4CK3A 2IS3A 4BE0A 3VQQA 4JS5A 3AVAA 4OKJA 1T8EA 4FJXA 4E89A 3NHGA 3HK2A 3SV4A 1RT6A 1SL2A 4DSEA 2G8WA 4CJWA 4KHWA 2VG7A 4CIEA 2VG6A 3F9KA 3V1RA 2YNFA 2D5RA 3V1OA 5J2MA 3FFIA 4DMNA 3WNEA 5J1EA 4O0IA 1HNIA 4JRPA 4OJRA 5HRRA 3OYBA 4AILC 3L3UA 1TK0A 4J2BA 1ZBHA 4CFAA 4BWJA 1FK9A 1RDBA 3LP0A 5C42A 4M3WA 2BGGA 3M8SA 3RMCA 3U3YA 3JYTA 4DU4A 1S1VA 1RBTA 4M45A 3ZT3A 3B6PA 3OYCA 2G8FA 4M42A 1HQUA 3OS1A 3L2VA 1T7PA 4H4MA 3HP9A 4CFBA 3AVJA 3QINA 4DWIA 4KHQA 2VG5A 4JLHA 1D8YA 3NF8A 4LH4A 4BDZA 5CYMA 4EZ6A 4KI6A 2KFNA 4F3OA 3HO1A 3KIOA 3NGZA 1NJXA 1RNHA 4CESA 4DTPA 1U45A 4F2RA 4ICLA 3ZCMA 4CK2A 2XY8A 1L3TA 1X1PA 4CGDA 4FXDA 3L2WA 3MECA 3SQ1A 4OKEA 2ZQBA 1HJRA 4NYNA 3VQ5A 3KLFA 3QEIA 3TAGA 3O3GA 1TKZA 1B92A 3ZSWA 2VWKA 3AVKA 3NGIA 3F73A 1BCOA 4CGJA 5HLFA 2HHQA 3VQ6A 3O4QA 4OGEA 1UA1A 1U48A 3C94A 4UQGA 3CFPA 1C0TA 2A1SA 3BGRA 4FLWA 1NKEA 3DLGA 1IKVA 1WSGA 1O1WA 1LWFA 4W5NA 2QKBA 4F4KA 1BISA 2HVIA 1UA0A 1UWBA 3SQ2A 3M8RA 3MEGA 1EP4A 1TL3A 4E7KA 1ASWA 3SUNA 1VSDA 3DLRA 3NH2A 1JLFA 3KLGA 1S1XA 1LW0A 4CEEA 1Q8IA 4IKFA 4CGFA 3QNNA 3ALYA 3DYAA 2HMIA 1QS4A 3V1QA 3AO4A 3LP3A 4KFBA 5CZ2A 1C6VA 4E1MA 5HP1A 3QEPA 4M3XA 3DOKA 4DSIA 1IH7A 3AV9A 4I7FA 2ZD1A 4CJPA 4FLYA 2OYQA 4C8KA 2HW3A 1JLQA 1A5VA 4E7JA 1IO2A 4E7LA 1RILA 2QK9A 4BACA 4AHTA 1RT5A 1BQNA 1TGOA 3U3GA 4ELVA 3WNGA 4DFKA 2RKIA 3SZ2A 3ASMA 2HHVA 1TAUA 1REVA 3RR7A 3TR8A 3L2UA 1TVRA 4DU3A 3KLIA 4CJQA 3SCXA 3PO5A 3V9XA 4CCHA 4FJMA 3NH0A 4EP4A 1EXQA 1K6YA 2QKKA 2OZSA 1C1BA 1NK7A 1KLMA 3AVGA 3HL8A 1NK5A 2G8IA 3TAMA 1RT4A 3VQCA 3D0PA 3ITHA 4M3RA 4CIGA 3S3OA 4FJNA 3T1AA 4CF8A 1NK6A 2BE2A 2QXFA 1L5UA 4Z4HA 4J2EA 4FW1A 5KRSA 4CEDA 5KI6A 4OPJA 4GW6A 2Y1JA 3C6TA 3OYHA 3K57A 4R5PA 4KHYA 5CY4A 4FVMA 4RW9A 3ZSRA 3IAYA 3ZSYA 1WSHA 3VQBA 3WNHA 2YHBA 3DMJA 4N76A 1EX4A 3OYEA 3DLBA 1S1WA 4JS4A 1RTJA 3V4IA 1D5AA 4OKKA 4DFMA 3NF6A 4N5SA 3SUQA 2PYJA 4CEBA 3AVFA 4DG1A 4YNQA 1QQCA 3SI6A 1T03A 1LV5A 2PZSA 4FZZA 4Q0BA 3AVCA 1JL1A 3CG7A 3HPHA 4I9QA 2D0AA 1C0UA 3OVNA 2HHSA 1U47A 1S9EA 3DOLA 4DLEA 4E7IA 3G10A 1VRTA 1RDDA 2XRIA 3PX4A 3SUOA 1VSIA 1TKXA 4B9NA 2HNYA 4BE2A 3PV8A 4RW4A 1S1TA 3OYAA 3RMAA 1RBSA 3KK1A 3HVRA 4FW2A 1TKTA 4B9LA 3L2QA 1UAXA 5FROA 1VSKA 3OYDA 4AHSA 1HYSA 4DTOA 3NF7A 3CM6A 4RG8A 3I0SA 3HJFA 1TKDA 2DFFA 3AA2A 1RTIA 1VSHA 2E4LA 3DRSA 3VQPA 4HUGA 4FJJA 3ZT4A 3ZT0A 1VK0A 4I2QA 3BDPA 1KTQA 3KTQA 3A2FA 4GMJB 4K8ZA 3MEDA 1XHZA 2FBTA 3C95A 1ZBFA 5DK5A 1U4BA 1BGXT 1RTDA 5I42A 3KKSA 3PO4A 3LAMA 1SV5A 2P5GA 2R7YA 2FBYA 4FJ5A 2F8TA 1KSPA 4O44A 1XI1A 4Y1DA 1L3UA 4KHNA 2KW4A 1VSEA 4E7HA 4CERA 5T7BA 3HPGA 2RF2A 4CEAA 4NYFA 1NOZA 3HP6A 3LZJA 2O4IA 5HRNA 3PX6A 2ITGA 1TL1A 4B9MA 1L3VA 3LZIA 5FRMA 3C6UA 1ZBUA 3SPYA 1SKRA 3VQ7A 4DQRA 3O3HA 4KHUA 1U04A 4DTMA 3QEXA 3QESA 1QTMA 1RT3A 1BL3A 1KFSA 4FJIA 4FJHA 3NDKA 2X6SA 4DQSA 2HVHA 3T3FA 1HMVA 1J53A 1WAJA 1JLBA 2YNIA 5K14A 4FZYA 4FJLA 1J9AA 3NFAA 4CHNA 4CFDA 3K2PA 3QEWA 4CK1A 3OS0A 3THVA 1CXUA 2D0CA 3RMBA 4Z4GA 1VSFA 4CF9A 1KVCA 4KKOA 3V9ZA 4E3SA 1QSSA 4KRFA 4LH5A 4CJRA 4DQPA 2DTUA 4KREA 3OJUA 4HCCA 5HROA 2F8SA 2IAJA 2XY5A 2I5JA 4YFUA 4CGGA 4M3YA 4F3TA 3AVIA 5JS1A 3DRPA 1F21A 4M3ZA 3V9UA 5D3GA 1YTAA 1JXBA 1B9FA 2YKMA 3QIPA 4CHYA 3SYZA 4M3TA 1JLGA 3S9HA 3EY1A 4CJSA 4KTQA 3VQ9A 1GOCA 3WNFA 2GBZA 4DQIA 3V9SA 2YHAA 4DTNA 1YT3A 5EU7A 4DFPA 3MAQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FK0A 5M1OA 1LAWA 3M1FA 3VQDA 2A5XA 3DLHA 3RTVA 1KD1O 2FLOA 3KKRA 3T1YK 3CCUN 4CBUA 3RRHA 4AM7A 3P5JA 4DR5K 3BZCA 1D9DA 2XY6A 5AR0A 2YKNA 5AFUA 3QEVA 3PIPL 3HM8A 4DTSA 1SL0A 3HPOA 3MCAB 5SWMA 2HF3A 3OW2M 3E01A 2XY7A 4O0JA 1C1CA 2VWJA 3NH1A 4FLVA 5JICA 2P9IB 1HKGA 2A3ZA 3AVLA 2KZMA 1EETA 3DLEA 2PAVA 3MXIA 4HHTA 4JK9A 4DR2K 3O8MA 1BIZA 3DXKA 4CJLA 5E26A 1E3MA 4C8NA 3O9RA 3D2FB 3AA4A 4JKHA 4CJUA 4KB1A 3M6GA 3ID8A 2YHXA 1IBMK 3UIQA 1SL1A 4AF1A 4DR3K 2ZWHA 3AARA 1EWQA 1RT1A 2HHXA 5FPDA 4IOAL 3AVMA 3KK7A 3HOTA 1X9SA 3RMDA 3G25A 3NE6A 3RRGA 3SV3A 2BTFA 3T7ZA 3DI6A 1VSMA 4YDUC 3OYLA 2OTLN 2Z1IA 3QERA 4YORA 5GIPA 4IG3A 4WQ5A 4B3SK 2NNWA 1HYZA 2IGIA 1JL2A 4X64K 1ASVA 1OVYA 3AVHA 2V7ZA 3OYFA 2E2OA 4NLBA 1YJ9N 4E0DA 4H03B 3UKUB 2CGJA 3PSFA 4LSLA 3OYMA 1NGIA 3MDQA 4HCBA 2YNHA 3VPZA 3HI0A 4CF2A 3KVGA 3BP8A 1Z6RA 3HVTA 2P9LB 5FRNA 4FPAA 1IKXA 3F2KA 4X66K 4B1UB 2WOMA 4CJ5A 3AVNA 4IG0A 1HQEA 2ETJA 1EKEA 4CIFA 2G8UA 1N6QA 4C8OA 4DF4A 4M3UA 2QWNA 3QO9A 2ITMA 3A5LC 1Q9YA 2G8KA 3LANA 4KV8A 2F96A 4Z0UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FK0 A;  5M1O A;  1LAW A;  3M1F A;  3VQD A;  2A5X A;  3DLH A;  3RTV A;  1KD1 O;  2FLO A;  3KKR A;  3T1Y K;  3CCU N;  4CBU A;  3RRH A;  4AM7 A;  3P5J A;  4DR5 K;  3BZC A;  1D9D A;  2XY6 A;  5AR0 A;  2YKN A;  5AFU A;  3QEV A;  3PIP L;  3HM8 A;  4DTS A;  1SL0 A;  3HPO A;  3MCA B;  5SWM A;  2HF3 A;  3OW2 M;  3E01 A;  2XY7 A;  4O0J A;  1C1C A;  2VWJ A;  3NH1 A;  4FLV A;  5JIC A;  2P9I B;  1HKG A;  2A3Z A;  3AVL A;  2KZM A;  1EET A;  3DLE A;  2PAV A;  3MXI A;  4HHT A;  4JK9 A;  4DR2 K;  3O8M A;  1BIZ A;  3DXK A;  4CJL A;  5E26 A;  1E3M A;  4C8N A;  3O9R A;  3D2F B;  3AA4 A;  4JKH A;  4CJU A;  4KB1 A;  3M6G A;  3ID8 A;  2YHX A;  1IBM K;  3UIQ A;  1SL1 A;  4AF1 A;  4DR3 K;  2ZWH A;  3AAR A;  1EWQ A;  1RT1 A;  2HHX A;  5FPD A;  4IOA L;  3AVM A;  3KK7 A;  3HOT A;  1X9S A;  3RMD A;  3G25 A;  3NE6 A;  3RRG A;  3SV3 A;  2BTF A;  3T7Z A;  3DI6 A;  1VSM A;  4YDU C;  3OYL A;  2OTL N;  2Z1I A;  3QER A;  4YOR A;  5GIP A;  4IG3 A;  4WQ5 A;  4B3S K;  2NNW A;  1HYZ A;  2IGI A;  1JL2 A;  4X64 K;  1ASV A;  1OVY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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