3AO2A

Fragment-based approach to the design of ligands targeting a novel site on hiv-1 integrase
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
153
structure length
138
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Fragment-based design of ligands targeting a novel site on the integrase enzyme of human immunodeficiency virus 1
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Viral protein/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 138
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ao2A00
5FDLA 4E1NA 1IKVA 5JS2A 1KLNA 4I9LA 3BDPA 2KZZA 3V9ZA 4ELTA 4FVMA 3AVKA 3HVRA 3S3OA 1L3SA 2FBVA 1CXUA 3HP6A 4B9VA 1X9SA 1W0HA 3G0ZA 4CFAA 4Z0UA 2OPRA 3M8PA 3OYEA 2Z1IA 1VSEA 4DTMA 4BWJA 4QAGA 3KLHA 4FLVA 1QTMA 4BDPA 1VSFA 3LALA 2IDOA 5K14A 4OLBA 2F8TA 2FC0A 4AHSA 4HUGA 5HP1A 1S9GA 3SUQA 1A5WA 5FROA 1W9HA 4DTRA 1JLQA 4B9LA 2HVHA 2YNGA 3O4NA 2G8UA 2E6MA 2VG7A 2KZMA 4DU4A 1ZBUA 1RDAA 3NGIA 4ZHRA 2Q3SA 3HP9A 3QNOA 4ZTFA 4B9SA 3HPGA 4XIUA 2B5JA 4J2BA 1LAVA 3V9WA 2W42A 4FJ5A 4F2SA 1VSLA 3RWUA 4FJ7A 1KVBA 3L2RA 1IKYA 1RBRA 2G8HA 4Z4FA 1X1PA 4EP5A 2P5GA 4F8RA 4DU3A 1BIUA 4E7KA 1ZBLA 2HHXA 4FJIA 3SQ4A 4OKJA 1HNIA 3AA4A 4CEFA 2HB5A 3PV8A 2YNIA 4YFUA 3V81A 4H4OA 1JLCA 4DF8A 3MXJA 1L3UA 2X6SA 4CHZA 4RW4A 3LAKA 5KGXA 3OYGA 1L3VA 4CFCA 2R7YA 3ZSXA 1CZ9A 4BACA 4DTXA 3RMDA 3K58A 1RBTA 3NH1A 1U45A 3OYLA 1L3TA 3EYZA 2PYLA 2JLEA 1VSDA 3QIPA 4RW7A 4CFDA 3MAQA 2Y1IA 3OYCA 3VQCA 3DRSA 4B9UA 3SI6A 3HSTB 3QIOA 4CEZA 4N76A 4O44A 4PUOA 3SUOA 4DSKA 4DLEA 4CGIA 5J1EA 4FZZA 1WSEA 5T7BA 4KB1A 4BE1A 1EXQA 4G1QA 4W5RA 1WAFA 3AO2A 1HYZA 3L2QA 4DF4A 3NHGA 1HMVA 4O0IA 3U6FA 4QOZB 1S6PA 4CJLA 4CJUA 3OJUA 5CZ1A 3S3NA 1KCFA 4W5TA 3OYAA 4Y1CA 3KLIA 3TAQA 1HPZA 2G8IA 4DFKA 4AHCA 4FZXC 4QCLA 3LWLA 1TL1A 3TARA 3THVA 1LWCA 2PY5A 4ELUA 3K5NA 3O3HA 1D9DA 4FK0A 2X78A 1IO2A 3SPYA 3LZIA 1CXQA 3D0PA 4C8NA 3L3UA 5KTQA 3KLFA 4K8ZA 3VQ8A 2GUIA 3CFPA 1WNSA 4UQGA 5J2QA 1FK9A 2DFHA 3I0RA 4DSJA 3QESA 4IKFA 1SL1A 4CIFA 1NJYA 1YT3A 1GOBA 2XO7A 1EETA 4NYFA 4J2EA 3ISNC 2RN2A 3VQ7A 4DSLA 1JLAA 4E89A 3EZ5A 3OYMA 4E19A 1XHXA 1X9MA 1D8YA 4PA1A 2HHWA 1VRUA 3KLEA 4CEOA 4FM1A 1TAUA 1K6YA 4GMJB 2A1SA 3DLGA 3P83D 1JL1A 3QO9A 3NF7A 1S1VA 4BWMA 4CHOA 4CHYA 1LWFA 3T19A 3OYBA 3QEWA 1BIZA 4KAZA 3TAPA 3OYHA 3NBPA 4DG1A 2FBYA 4DTOA 4CGDA 5KRSA 3SJJA 1RTDA 3AVMA 4FLZA 1X9WA 4ELVA 1JLFA 1RT5A 2ETJA 3VQBA 3OS0A 5HLFA 1WSJA 3NF9A 2HHTA 4Z4GA 3VQ9A 2YHBA 1JXBA 3CG7A 4ICLA 3ASMA 4KFBA 4CF1A 3RR8A 4DSIA 3PX6A 1NOZA 3LP0A 4AHVA 1YTAA 4B9TA 4HCBA 4KHSA 4DMNA 4NYNA 3RTVA 2QXFA 3ZSWA 3K59A 1RTHA 1EP4A 2IOCA 4CEQA 1RBSA 2YKMA 3DLKA 3M8QA 3HJFA 4KO0A 3QNNA 4HUEA 3ZT0A 3ALYA 4CJRA 4BDYA 1Q8IA 4I7FA 3UIQA 1HRHA 1C6VA 4AILC 3SUNA 4FJ9A 1XHZA 3KK3A 3KJVA 3RMBA 3AO5A 4RG8A 3U3GA 3AVNA 3V1QA 1NK7A 1TK0A 2DFFA 2XY8A 2P51A 2X6NA 4ID1A 3VN5A 2IC3A 3TR8A 1RT4A 3KK2A 4RW6A 4CJEA 2LSNA 1SL0A 1D9FA 4FJHA 3O4QA 4KKOA 3P1GA 1SV5A 3VQEA 5D3GA 4CHQA 2D0AA 2KTQA 1LAWA 1UWBA 4I2PA 1S5JA 3ZT4A 1JLBA 4MQ3A 4WE1A 4NCAA 2ITGA 2HW3A 3LPUA 2DY4A 1T05A 4CJQA 4KTWA 3NH2A 3OYDA 3TAFA 4O4GA 3FFIA 2EHGA 4DQQA 3QEVA 1C0MA 1J54A 4YNQA 4FYDA 1BQMA 3AVGA 3NE6A 1WSIA 1BISA 3QETA 1REVA 3NFAA 1N5YA 4DQRA 1J9AA 2FBXA 3AVCA 1QSYA 4FJKA 2QK9A 4H4MA 5HRSA 3IG1A 4KB0A 4KV8A 4M45A 1L5UA 3HPHA 4DS4A 4KRFA 3ZSYA 4CK3A 1O1WA 3VQ4A 2VG5A 2PYJA 4OGCA 4Q5VA 2XY6A 3HO1A 4CJSA 4H8KA 3C6UA 4B9MA 3K5LA 4DQIA 2IGIA 2BGGA 3KIOA 4CJ3A 3ZT1A 4DS5A 3SNNA 4C8MA 1TKDA 4IBNA 1RDDA 1WSGA 2ZE2A 2DFEA 2YV0X 2GBZA 1N6QA 4R5PA 4CJVA 1BI4A 5CY4A 4DU1A 1U48A 2OPPA 4N41A 1HNVA 1TGOA 2OA8A 1RT2A 3T3FA 3AVJA 3LAMA 2QKBA 2OZSA 1R0AA 4DWIA 1BI4B 3VQDA 3U3YA 3QEXA 4DQSA 3DRPA 1WLJA 4FLYA 1NJZA 3QINA 1VSIA 1KSPA 4DTNA 1C1AA 3MXIA 1XC9A 3D45A 1QSLA 5J2PA 3NH0A 1TV6A 2HMIA 1Y97A 4I2QA 1HYSA 3TANA 4KREA 2A1RA 5DMRA 4Z4IA 3SQ1A 1ZBFA 3AO3A 3IS9A 4OKEA 4DQPA 4JLHA 2KFNA 4F3OA 1HJRA 4FLTA 3PY8A 3VA0A 3PO5A 3AVIA 3M8SA 5C24A 3HPOA 1NJWA 4FCYA 1T8EA 4PWDA 1NK5A 1JL2A 3K2PA 1JLGA 2HNYA 3ZCMA 3RMCA 3VA3A 3RR7A 3VQPA 4B9NA 4FK2A 2HHQA 3LP1A 1TAQA 1UOCA 1VSJA 4CJTA 3LWMA 3DLHA 1ASVA 1UA1A 4AHTA 1NK9A 4C8OA 4HUFA 4E0DA 4E7JA 3AV9A 4FJJA 2YHAA 4F3TA 1RT7A 2YKNA 5EU7A 3SPZA 2G8KA 1QS4A 3CM5A 1NK8A 4C8KA 3H08A 1BQNA 3OYIA 4AHRA 1UA0A 3NGYA 4J2AA 1TVRA 4CGJA 3DI6A 4FJGA 5HRRA 1Q9XA 2HHVA 2RF2A 1EX4A 4IFYA 2QKKA 3S9HA 3PO4A 3KD1E 4FJXA 4B08A 1RILA 1GOAA 3DMJA 1CLQA 3JSMA 2BE2A 4LY7A 1TKXA 2ZD1A 1GOCA 4FM2A 1SUQA 4OJRA 1ITGA 1VRTA 4N5SA 3WNHA 4M3TA 2RKIA 1KTQA 1S1TA 1A5XA 3M8RA 1DLOA 4CHNA 3B6PA 3AVAA 1LW2A 3VQAA 1ASUA 3TAGA 3ZSVA 4CK1A 1JXEA 1BCOA 3AO1A 3MEEA 3TI0A 1NKEA 4CJ4A 4F4KA 3LPTA 1Q9YA 4CF2A 4KTQA 2XY7A 2KFZA 1SKWA 1FKOA 3HK2A 1NK4A 4DTSA 4AHUA 1QE1A 2YNHA 3OVNA 3K57A 3OYJA 3K5MA 4JS5A 1NK0A 2VWJA 2HHSA 3BGRA 4DTPA 1RTIA 4LSLA 2E4LA 3OYNA 4M3XA 1S6QA 5SWMA 1UAXA 4KHYA 3SZ2A 2P1JA 3CM6A 3RRGA 5HRPA 3SYZA 4DLGA 4B3OA 2FBTA 2ZQBA 3TABA 3ZSZA 3MXMA 4LD0A 3L2UA 5DK5A 4IG3A 4CJKA 2F8SA 4CFBA 3SV4A 3CFRA 3S3MA 5HROA 4W5OA 2IS3A 5C25A 3IAYA 3VQQA 1C0UA 4FLXA 1U49A 4FW1A 1RNHA 3DRRA 4JRPA 2O4GA 3HYFA 4DTJA 2OZMA 1DTQA 4KI6A 3DLBA 4CECA 4CJ5A 4FXDA 2AJQA 3HVTA 3AA5X 5KRTA 5E41A 1RTJA 4O55A 1RCHA 1S1WA 3AVFA 1DTTA 3OYKA 3RMAA 1BHLA 4DSFA 1ZBIA 1TK5A 5FRNA 1ZYQA 2PZSA 2D0CA 2X74A 4OKKA 4J2DA 5I42A 1IG9A 1HQEA 1T03A 1QQCA 1VK0A 1SKRA 3DOLA 3SUPA 4IG0A 1KRPA 4PQUA 1TKZA 4M3WA 4I9QA 4L8RB 3AVHA 2HNZA 3ZT3A 3I8DA 4Z4EA 2D5RA 4CGHA 3QEIA 3PX0A 1YVUA 4EP4A 3I0SA 3EY1A 4M3YA 1VSMA 2Z1JA 4CGGA 4M41A 3AA2A 4Z4HA 3C94A 3SV3A 3KKSA 4FJ8A 1T7PA 4IFVA 1WSFA 4HTUA 1MU2A 3G10A 3LP3A 4ID5A 4MFBA 4Z4CA 4FJLA 3ITHA 2D0BA 4N56A 1NJXA 2Z1HA 4BDZA 2Z1GA 1S9EA 3VQ5A 1D5AA 4O5BA 3DYAA 3LP2A 2XRIA 3KD5E 1LWEA 4KI4A 3LDSA 4E7LA 4CF0A 4B8CA 4CEEA 4E7IA 2WOMA 3F9KA 4LH5A 3DLRA 4K8XA 2IAJA 2VWKA 1VSHA 3F73A 1U04A 3V9SA 4FZYA 4KTZA 1HQUA 2E6LA 4CEBA 4BE2A 4NCGA 5CYMA 4EZ6A 4FJMA 3L2WA 1TL3A 1S1UA 3VQ6A 3QERA 4CJFA 4F2RA 2DTUA 3LANA 3MECA 1BGXT 3WNGA 1C1CA 1J53A 4E3SA 3WNEA 4PY5A 3T1AA 4RW8A 4LSNA 4KHNA 1IKXA 4CJWA 2O4IA 3ZT2A 5KI6A 1Z26A 1HYVA 2EX3A 2XHBA 5J2NA 2KQ2A 1J5OA 4OGEA 2G8WA 4CK2A 1CZBA 4NCBA 1KVCA 1JLEA 4Y1DA 3L3VA 3O3GA 3NCIA 1QSSA 4W5NA 3ZSRA 4FLWA 1VSKA 3HXMA 3IRXA 1QHTA 3L2VA 1FKPA 1C1BA 1FXXA 4M3ZA 4AH9A 2I5JA 4CIGA 3OJSA 3NGZA 4OVLA 3NF6A 3AA3A 4O0JA 2OPQA 3E01A 3ZSOA 4CESA 3V9UA 3TAEA 4DFPA 1RT3A 3OY9A 3KTQA 5KGWA 3OS1A 3L8BA 3QLHA 1XI1A 3TAMA 1U47A 3OYFA 1RDBA 3ZSQA 4KHWA 1TK8A 5FRMA 4DTUA 3KKRA 4CERA 1Z25A 3NDKA 4KHQA 4CIEA 1IH7A 2HNDA 3CFOA 3RRHA 1NK6A 5HBMA 4N47A 2XY5A 4M3UA 4HHTA 4TSXA 3HL8A 3SQ2A 3AO4A 3TWHA 1JKHA 2HVIA 4HCCA 4KPYA 2KW4A 5JS1A 3AVBA 4OPKA 4C8LA 1RT6A 1RDCA 2BANA 2B4JA 4M3RA 1RBVA 1NKCA 1S1XA 3WNFA 1WN7A 1F21A 5CZ2A 3QEPA 4FK4A 1A5VA 3KK1A 4BE0A 1C0TA 4OPJA 5J2MA 5I3UA 3NAEA 1IKWA 2ATQA 3MEGA 4CEDA 5C42A 4FM0A 4DFMA 2Y1JA 3CQ8A 3SCXA 2VG6A 3SQ0A 4RW9A 4JS4A 1NKBA 3P5JA 3MEDA 4GVMA 3O3FA 3NF8A 1NOYA 1WAJA 4FJNA 3CYMA 4FLUA 3JYTA 3PUFA 2G8FA 2YNFA 1YTUA 3AVLA 2GV9A 4GW6A 3V1OA 5SZTA 4EZ9A 1WSHA 4IDKA 3C6TA 2BDPA 1BL3A 4CF8A 3DLEA 3HT3A 3PX4A 4LH4A 3V6DA 1LV5A 3ULDA 1RT1A 3KLGA 1SL2A 1ASWA 2WONA 3V9XA 2OPSA 1I3AA 4FW2A 2JGUA 1KLMA 4E7HA 3B6OA 4KHUA 2F96A 2G8VA 3A2FA 2OYQA 1BCMA 2NUBA 3C95A 3OS2A 1B92A 1XWLA 3V1RA 4CHPA 4E1MA 1ZBHA 2RPIA 4Q0BA 1B9DA 1SKSA 1KVAA 5HRNA 3V4IA 4ZTJA 1G15A 1KFDA 1RBUA 4JRQA 4DSEA 5CYQA 4M42A 4CE9A 2B6AA 4CF9A 4B8AB 4HVJA 3K5OA 3HM9A 1U4BA 4DFJA 4CEAA 2P5OA 3LZJA 4CCHA 1LW0A 1TKTA 4OLAA 3DOKA 4CGFA 1B9FA 4CJPA 1KFSA 1EKEA 4W5QA 1I39A 3DM2A 2HHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FDLA 4I9LA 2KZZA 4JI6K 1TYQB 4FVMA 3AVKA 1L3SA 4B1UB 1CXUA 4BVPA 4ILGB 3O4WA 4OPHA 3M8PA 3KLHA 4WQ5A 1N36K 2O8FB 1S9GA 1A5WA 2YI1A 4DTRA 1JLQA 4B9LA 4DR5K 2G8UA 2E6MA 3MN9A 4NB4A 1BG3A 1T6CA 4ZTFA 3THXB 3HPGA 4BGBA 4XIUA 2B5JA 1HX1A 4FJ5A 4KH6A 1VSLA 3RWUA 4FJ7A 3L2RA 4O8KA 1X1PA 4EP5A 3K0SA 4F8RA 2HHXA 4FJIA 2OANA 4AQYK 3C0BA 2HB5A 3V81A 2O8CB 4CZKA 4ISEA 3GOIA 5KGXA 1QQOA 2R7YA 1KAZA 3OYLA 3EYZA 2PYLA 3A5MC 4FPBA 1IG8A 3DRSA 1NMNA 4KB1A 5AZIA 1HYZA 5KPRA 3L2QA 3D7EO 3NHGA 4O0IA 1S6PA 4XEIA 3OJUA 2Q1NA 3S3NA 4LF8K 3RSEB 3ZYYX 3CCLN 3OYAA 1DEJA 4YOVA 4DFKA 3P31A 4JV5K 3U9ZA 4ELUA 3WQUA 1D9DA 4FK0A 1GLBG 2X78A 4NLCA 3OTOK 4H0OA 4C8NA 3KLFA 4K8ZA 3WT0A 1WNSA 1OVYA 4IKFA 2P9UB 1SL1A 4J2EA 3MWTA 2RN2A 3KZBA 3NVKA 4H5WA 4MO5A 3EZ5A 3OYMA 1EWRA 4PA1A 4R79A 2V7ZA 3P83D 1L3VA 1ZXOA 1S1VA 4BRCA 3OYBA 4KAZA 3BF1A 4FVUA 1NGJA 1DGKN 1JLFA 4B3SK 3VQBA 3JS6A 5IWAK 4BR9A 2YHBA 1JXBA 4ICLA 3ASMA 4B1YB 2CGLA 1XMQK 3PX6A 4H0VB 4DSIA 5F1XA 1MDUB 1OKJA 4B9TA 4NYNA 3T1YK 2QXFA 3J7YP 2RHKA 1RTHA 2IOCA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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