3AVAA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avaA00
3P5JA 2VG5A 3I0RA 1S9EA 3ISNC 4CK3A 2KZMA 2OZMA 4J2DA 4CECA 2BE2A 1GOBA 5CYMA 1QTMA 2E6MA 5E41A 4B9MA 4B9UA 4CIEA 3KLHA 3C6UA 2FBXA 4C8OA 3ZSZA 1RTDA 3DLHA 3ZSXA 1RBSA 3HSTB 3QETA 3DLKA 1QHTA 2YKMA 1BIUA 3DYAA 4N5SA 1RT3A 4FJJA 3KIOA 1ZBHA 2HHWA 2GBZA 3VQEA 4AILC 2HNYA 2X6SA 3QIOA 3C95A 1HQUA 3SCXA 1IKWA 3SUPA 1KVBA 2D0CA 4YNQA 4CHNA 3QEVA 4ZTJA 3IAYA 3OYMA 4FJ9A 1VRUA 1YTUA 4CEAA 4QOZB 2YNIA 5J1EA 5FRNA 1TKDA 4FZYA 3KK1A 3KLIA 4E3SA 1U45A 2P51A 3SQ1A 4CF1A 4MFBA 3HP9A 3WNEA 3TWHA 4E7KA 3ASMA 4JS5A 4EP5A 4BDZA 5HRPA 4F3OA 3L2WA 4DSKA 3SQ4A 1KCFA 2O4IA 1J54A 4FJHA 4IDKA 4B8CA 3KKSA 3MXJA 4RW9A 4HCCA 2E4LA 4PUOA 3HVRA 3VQ7A 4PY5A 2NUBA 3SUNA 4FK4A 3LDSA 3CFOA 2Z1GA 3LP3A 2KW4A 4J2EA 5SWMA 4W5TA 1SUQA 5FDLA 1BIZA 3QO9A 4IFYA 2IDOA 3AVIA 3NDKA 4FJNA 4RW6A 3QNNA 1DTQA 1S5JA 4O4GA 4M3TA 4EZ6A 4HUFA 4IFVA 3OYIA 3A2FA 1C0MA 5I3UA 2OPRA 1R0AA 5FROA 3G10A 4IBNA 5CZ1A 1EX4A 1BI4A 3IS9A 3WNFA 3NGZA 4CFCA 3HL8A 5HRSA 4FLYA 2XY5A 1HPZA 1XHZA 1RILA 4CHOA 3AVCA 1UA1A 1WSHA 1RDCA 1WSJA 4CCHA 1UAXA 3CG7A 3NGIA 4BE2A 3OYNA 4OJRA 4DTJA 4W5QA 1IKXA 1BI4B 2ATQA 4FZXC 1WSFA 1U04A 1TGOA 3TR8A 1Z26A 2Z1IA 2G8HA 1D5AA 1HYVA 2GUIA 1NKEA 4Q5VA 4CJRA 4LD0A 4LH5A 3O3HA 4HHTA 4Q0BA 5HROA 4ELUA 1DTTA 1YVUA 4LSLA 4FM0A 4FJGA 1KLMA 3DRRA 4CEQA 1G15A 2DFEA 3TAQA 4KHQA 4C8LA 4H4OA 3L3VA 2WOMA 2IC3A 3DLEA 5HRNA 2XO7A 1RDAA 4O0IA 2HNZA 1QQCA 1NK5A 4GW6A 4I9LA 1S9GA 1RT7A 3MECA 3JSMA 1NJXA 2OPPA 1XI1A 4FK2A 3TAFA 1TKXA 3L2VA 2QK9A 3M8QA 4B3OA 1EXQA 1S1WA 1RT2A 1NK7A 3OYDA 3RTVA 1BHLA 3AVNA 3TAEA 4CFDA 3QIPA 1BQNA 4M3ZA 4QAGA 3SJJA 4O5BA 3VQ6A 2B6AA 1ASWA 4CFBA 3JYTA 4CGJA 3SUOA 4N76A 1RNHA 3RR7A 4IKFA 1C0UA 4HCBA 2G8WA 4KHUA 1QS4A 1VSEA 4DU1A 3B6PA 1U49A 3VQDA 1SKSA 1Z25A 2YNGA 3V9SA 1J53A 4AH9A 1TVRA 3CM5A 1F21A 4CERA 3AO3A 4CJQA 2IOCA 3PX0A 1TK5A 4KTQA 4FW2A 2Q3SA 1NJWA 4MQ3A 3OS2A 1NK4A 2RF2A 5HBMA 4AHSA 4CHPA 4E1MA 4KHYA 1TV6A 4DU3A 1I3AA 4CGFA 4E7LA 1J5OA 4CK1A 3EZ5A 4DTOA 3T3FA 3S3MA 2F8TA 1VSMA 4C8NA 5EU7A 1TKTA 4CHQA 4HVJA 4CEZA 2VWJA 3QERA 1HRHA 1A5XA 1D8YA 1MU2A 2XY8A 4Y1CA 4DSLA 4HTUA 1JLEA 5J2QA 3HPGA 1VSKA 3KD1E 3CQ8A 3F9KA 5C25A 4EZ9A 3RMAA 2F8SA 3WNHA 4DQIA 3M8PA 3ZCMA 4KHNA 4DTPA 3OY9A 3L2QA 4HUEA 1S1XA 3ZT2A 5JS1A 3K5MA 3AA5X 3LP2A 3VQBA 4DTMA 4N41A 2OPQA 3NF7A 1C1CA 2YNFA 4AHUA 4UQGA 5J2MA 4CJSA 3VQ9A 2P1JA 1C6VA 1X1PA 3LP1A 2HHXA 3NE6A 3KTQA 3LAMA 4AHTA 3ZSYA 1B9FA 1EP4A 3NCIA 1KFSA 1VSLA 2VWKA 2KQ2A 3QINA 1RDDA 2FC0A 4E7JA 3HJFA 2BANA 3OJUA 4I2QA 3HO1A 3AVMA 4B9NA 1JL2A 3FFIA 3PY8A 4KB1A 2HHSA 3OS1A 1SV5A 4CEBA 4CJLA 4BACA 1NOYA 3NBPA 3AO4A 4KO0A 4CEDA 3OS0A 4BE0A 4CF8A 3LAKA 2Z1JA 1WNSA 1C1BA 1XWLA 3K5OA 3K57A 1WSGA 1WAFA 4HUGA 2Y1JA 4Z4GA 4DTRA 4I2PA 2P5GA 2FBTA 3O4QA 1VSJA 3KLGA 4KB0A 5FRMA 1RCHA 4N56A 2ITGA 4J2BA 5JS2A 3S3NA 1RBUA 3EY1A 2AJQA 3U6FA 5HP1A 4KV8A 4JRQA 4FLTA 4KHWA 1ZBUA 3NH0A 4DTNA 2G8KA 1L3TA 1FKPA 3V1OA 4Z4HA 1D9FA 4NCGA 4FCYA 3V4IA 3NFAA 4BDPA 1WSEA 4YFUA 2HW3A 3DOLA 4FLXA 5KGXA 4CJTA 3TI0A 4DTUA 1TAQA 1UA0A 4Z0UA 3KK3A 4DWIA 4CJ3A 2DY4A 4I7FA 2G8FA 4CGIA 4H4MA 3CFPA 4RG8A 2DTUA 3AO5A 1TL1A 4H8KA 1LWEA 3SUQA 3KKRA 4R5PA 2YHAA 4AHRA 1SL2A 4BE1A 4E1NA 4FLWA 2Y1IA 4K8ZA 1IO2A 3HXMA 3DM2A 3VN5A 4FLUA 3UIQA 1CXQA 4ID1A 3O3GA 3PUFA 1SKWA 3RMBA 3E01A 4C8MA 1ASUA 4OKJA 4RW7A 4CK2A 4DFMA 1LAWA 3B6OA 1S1VA 3SPZA 4Z4IA 1X9SA 4FJ5A 1NOZA 4M41A 4AHVA 2F96A 3ZT3A 4CEEA 1ZBLA 3D45A 1SL0A 4CGHA 4OVLA 2GV9A 4Y1DA 2PYJA 4ELVA 1LWCA 3OYLA 2D0BA 4WE1A 3C6TA 1BGXT 4OKEA 4JLHA 3AVHA 3SV4A 2HB5A 4NCBA 4PWDA 1QE1A 3KLFA 2JLEA 2JGUA 1L3VA 4XIUA 2X6NA 3VQPA 2XRIA 2OYQA 4BWMA 4FW1A 4DQSA 4O0JA 4K8XA 4NYNA 2X74A 4CF2A 2Z1HA 4LH4A 3ZT4A 1FKOA 2PYLA 4F2RA 1EETA 3TARA 4KHSA 4M45A 3HT3A 1BQMA 4DSFA 3D0PA 3VQCA 1KTQA 4DQQA 1NJYA 3K59A 3TAMA 4CF0A 3OVNA 3L2RA 1XC9A 3PO4A 2HHUA 3HK2A 3NGYA 3VQ8A 3ZSVA 2ZE2A 3I8DA 3QEIA 2A1RA 4CIGA 1U4BA 1TK8A 3V9WA 3AVGA 5T7BA 1ZBFA 5J2NA 1QSLA 1NK6A 1QSSA 2QXFA 1JXBA 1LV5A 1U48A 4F4KA 3BGRA 4NYFA 4FLVA 1TK0A 3H08A 4RW4A 4Z4CA 3EYZA 1RBRA 3AVFA 4CHYA 1VSDA 1VRTA 3F73A 3L3UA 2P5OA 3V9XA 5DK5A 1DLOA 4DLGA 3LWMA 3QNOA 3SI6A 3NAEA 1U47A 1NKCA 2ZQBA 4GVMA 1X9WA 4G1QA 1B9DA 5CYQA 3TAPA 1ZBIA 1VSHA 3ITHA 3G0ZA 4CGGA 3OYAA 3ZSOA 1WAJA 2X78A 3OJSA 1RBTA 4IG3A 5CZ2A 5KRSA 3OYHA 4DTXA 4DFKA 5K14A 3NHGA 4M42A 2HHQA 2VG6A 1RTJA 2O4GA 1UOCA 4ID5A 1YTAA 4M3RA 3VQQA 1JLBA 1L3SA 4M3UA 2KFZA 4ICLA 3VQAA 3NF6A 3AO2A 4RW8A 3VQ4A 2W42A 4DFPA 3O4NA 4B08A 1NK9A 3AVKA 3ZT0A 3L8BA 4KPYA 3V1RA 4M3YA 2RKIA 5D3GA 3V81A 1WLJA 1WSIA 3NF8A 4PA1A 4B8AB 4M3XA 4LY7A 1RDBA 2ETJA 1VK0A 3V6DA 3V9ZA 4DU4A 4CJUA 4CIFA 3QEXA 1LW0A 4N47A 1FXXA 4CGDA 2DFHA 4FLZA 1JLAA 3P1GA 4CJVA 3AA2A 2B4JA 4CJEA 4Z4EA 4KKOA 4KTWA 4CE9A 4OLAA 1L5UA 4QCLA 3RMDA 2G8UA 2I5JA 1T8EA 3PO5A 1JXEA 4DS4A 4FK0A 4E89A 1GOAA 3AVLA 1KSPA 4CFAA 3KLEA 1TKZA 1JLFA 4LSNA 4CJWA 4FJKA 2KFNA 3LWLA 2G8VA 4DMNA 2HHTA 1W0HA 3M8RA 2EHGA 3CYMA 3RR8A 1Q9XA 1BCOA 1A5VA 3RRHA 3QESA 2A1SA 3IRXA 2D0AA 1JLGA 5KRTA 3AA4A 2HNDA 4BDYA 4DSEA 1IH7A 3KK2A 4E7IA 4DQPA 2YHBA 4KAZA 3DLRA 3C94A 3HM9A 3AVAA 4BWJA 2KTQA 1K6YA 1IKVA 4E7HA 5J2PA 3PV8A 2IGIA 3I0SA 1NJZA 4Z4FA 1HYZA 1B92A 1C0TA 4F3TA 2HHVA 4NCAA 1LWFA 4KTZA 4CJFA 3U3GA 2XY6A 4OGCA 3QEPA 3SQ0A 4KI4A 3AVJA 1RT4A 2BDPA 4M3WA 4J2AA 1VSIA 1HYSA 5SZTA 3AV9A 5KI6A 1QSYA 5I42A 5C24A 2EX3A 3OYKA 3LPTA 3SV3A 1NK8A 3THVA 1SKRA 3TABA 1N5YA 3DLBA 4FXDA 1RBVA 3NH2A 3S9HA 2KZZA 5HLFA 2RN2A 4CJ5A 1CXUA 2D5RA 3NH1A 4OPJA 3ZT1A 4DTSA 2PZSA 3RRGA 1HNVA 1T7PA 4CJ4A 3ZSWA 1BL3A 1X9MA 4KRFA 2YV0X 2G8IA 4PQUA 3HYFA 1HMVA 4B9LA 1C1AA 4OLBA 3MXIA 1IG9A 2HMIA 1CZ9A 3HPOA 1SL1A 4FM1A 4B9SA 3DLGA 4CESA 4DF8A 2OA8A 2WONA 3VA0A 1REVA 4KI6A 3LP0A 1RTIA 4F2SA 1WN7A 1UWBA 4CEOA 1RTHA 1O1WA 4CJPA 2PY5A 2OPSA 3S3OA 4IG0A 4W5NA 3ZSRA 5C42A 3ZSQA 1ITGA 1TAUA 4DSIA 1BCMA 2IS3A 1KRPA 4OGEA 4FJXA 3LANA 2QKKA 4CHZA 1IKYA 3DRPA 4DF4A 2HVIA 3PX4A 4E0DA 1YT3A 3V9UA 1LW2A 1KVAA 3MEGA 4B9TA 4EP4A 1JLQA 1JL1A 1L3UA 1VSFA 3OYGA 4DLEA 1RT5A 3K5LA 1CLQA 4DG1A 4DQRA 2OZSA 4OKKA 4B9VA 4JS4A 1HQEA 4KFBA 1CZBA 4W5OA 2HVHA 3LZJA 1RT1A 4CF9A 4FJLA 1TL3A 1EKEA 2ZD1A 3M8SA 3U3YA 3TAGA 4FJ7A 3OYEA 4AHCA 2XHBA 3MEDA 3MAQA 3ALYA 1JLCA 3K58A 1S1UA 4GMJB 1W9HA 1S6PA 1KVCA 3WNGA 2R7YA 4ZTFA 3SZ2A 1N6QA 4OPKA 4I9QA 1XHXA 2YNHA 3SNNA 1BISA 3KD5E 3HVTA 4DSJA 3DMJA 3HPHA 3SQ2A 1S1TA 2E6LA 4CEFA 3O3FA 3OYCA 4FYDA 4O55A 1Q8IA 3T1AA 1HNIA 3VA3A 1NK0A 3MXMA 1KFDA 4FJIA 2BGGA 4DFJA 4KREA 1Y97A 1S6QA 2RPIA 2IAJA 5DMRA 3TANA 4FJMA 4L8RB 3SYZA 4FVMA 1A5WA 3KJVA 3QEWA 1Q9YA 1I39A 3AA3A 1RT6A 2FBVA 3SPYA 3AVBA 3CM6A 4DS5A 3DOKA 3AO1A 3DI6A 4FZZA 3VQ5A 4W5RA 3L2UA 2YKNA 5HRRA 1JKHA 1HJRA 3V1QA 2LSNA 3K5NA 1GOCA 4FJ8A 3K2PA 3ULDA 4ELTA 3CFRA 4F8RA 1ASVA 3DRSA 4CJKA 3LZIA 5KTQA 3HP6A 5CY4A 1FK9A 4O44A 4E19A 3MEEA 3OYJA 2VG7A 4C8KA 3OYFA 4ZHRA 1ZYQA 1D9DA 2B5JA 3T19A 3LALA 4JRPA 3LPUA 1LAVA 3IG1A 1T05A 1KLNA 3NF9A 1T03A 3P83D 3RWUA 2QKBA 1J9AA 5KGWA 4FM2A 2DFFA 3QLHA 2XY7A 3PX6A 2FBYA 3OYBA 1NKBA 4TSXA 3BDPA 3RMCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I0RA 1S9EA 4J2DA 4CECA 1GOBA 4C23A 3MK6A 2E6MA 4JNEA 5E41A 3ZSZA 3CCLN 3DWLA 3ZSXA 3QETA 5M1FA 1MA9B 2YKMA 3TSUA 4N5SA 4X65K 1RT3A 4BG9A 3WT0A 3KIOA 2HHWA 4JI5K 2GBZA 1SZ2A 4AILC 3J7AP 3SCXA 1KVBA 2D0CA 2P9IB 4CHNA 4JEPA 4CEAA 4QOZB 4HWIA 5TKWA 1U45A 5GINA 4E3SA 1QVFM 1HJOA 1NM1A 3HP9A 5C2FA 1HNWK 4F3OA 4BDZA 5HRPA 2GTDA 3CCEN 4DSKA 3TSPA 4FPBA 1J54A 4B8CA 3KKSA 3MXJA 4RW9A 4PUOA 4FK4A 3LDSA 5JLFA 3CFOA 3GOIA 5SWMA 4W5TA 1SUQA 2NLXA 5HL7L 4RW6A 3QNNA 1DTQA 2W6KA 4RTFD 4HUFA 1BA1A 4WYBA 4JI3K 2OPRA 5FROA 3VETA 5CZ1A 4FJMA 2XY5A 1HPZA 3C7NA 4A57A 3G6EN 2GWJA 4CCHA 2IVOA 1IJJA 2YX6A 5BR8K 3FZMA 1U04A 2P9KB 1OH6A 2YHYA 1D5AA 1HYVA 4Q5VA 4LH5A 4BR5A 5HROA 3MWTA 1DTTA 1YVUA 1KLMA 1YITN 3DRRA 1G15A 2DFEA 1IG8A 3OBWA 4C8LA 3L3VA 3AGRA 2QWPA 2XO7A 2FSNA 1QQCA 1S9GA 1ZXOA 4LF8K 3R8EA 1IBLK 1RT2A 1NK7A 2UXCK 4M3ZA 2NRZA 1YIJN 4O5BA 3ATVA 3JYTA 4N76A 4CGJA 3SUOA 3RR7A 1DKGD 4C1NI 4IKFA 1NGDA 2G8WA 1QS4A 3WXJA 4U67L 3B6PA 4AH9A 2HHHK 1YHQN 4FW2A 4X62K 3HM8A 3OS2A 3ENHA 5HBMA 4E1MA 1NJIO 5F0XA 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 3VGK A;  1WB9 A;  1RTH A;  4CJP A;  2PY5 A;  2OPS A;  1ITG A;  1KRP A;  3P39 A;  4NLC A;  1IKY A;  3DRP A;  3J8A A;  4DR5 K;  1YT3 A;  1LW2 A;  3F9M A;  3P31 A;  4B9T A;  4EP4 A;  1L3U A;  1VSF A;  4DLE A;  1GLB G;  3K5L A;  4JI6 K;  2OZS A;  1HQE A;  4MDB A;  4PKI A;  3WQU A;  4BRH A;  3LZJ A;  3MN9 A;  2ZD1 A;  4BRL A;  3MAQ A;  3U9Z A;  3ALY A;  4GMJ B;  1KVC A;  4OPK A;  3SNN A;  3HVT A;  3AAQ A;  3OW2 M;  2WBN A;  2YJF A;  4CBX A;  3L4Q A;  5DMR A;  4FVM A;  5BRH A;  1A5W A;  4WF9 L;  5LMN K;  3THX B;  1NG9 A;  5KPT A;  2P9P B;  2FF3 B;  4BC4 A;  1VQM N;  3SPY A;  3CM6 A;  3CME N;  3DI6 A;  3L2U A;  4ISE A;  1JKH A;  1HJR A;  3IUC A;  4M7Y A;  4JKH A;  1GOC A;  3JS6 A;  3K2P A;  4F8R A;  2ASO A;  4MLH A;  3LZI A;  5KTQ A;  4WCE L;  3G4S N;  4RCH A;  5E26 A;  2B5J A;  4JRP A;  4CD1 A;  4A61 A;  3VOV A;  2FBY A;  3OYB A;  3VEX A;  4TSX A;  3RMC A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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