3AVAA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 58
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avaA00
1NOYA 4ID5A 4O5BA 4CIGA 1YTAA 3MEDA 1VSIA 3VQBA 4LY7A 1VSHA 3ZT3A 3NHGA 4JRPA 1BL3A 3AA4A 2OYQA 4FM0A 4OLBA 1S6QA 2F96A 5KI6A 3ZSXA 4DG1A 2XO7A 4N76A 1XHZA 3DLHA 4CEFA 1ZBHA 3THVA 1X9MA 4CJ5A 3O4NA 1SL0A 3VQQA 4DTOA 1JLQA 4B9TA 3MECA 1BCMA 2GBZA 3V9ZA 1IKWA 4IDKA 5T7BA 3SUQA 4B9SA 4KREA 1HPZA 3KKSA 3HVTA 3KTQA 1FKPA 3KK3A 3FFIA 4FJNA 3ZSRA 1CZ9A 3QEXA 3EY1A 3SPZA 4KB0A 2X6SA 1RTHA 3VN5A 1TKDA 4JLHA 2XY7A 1TKZA 1BISA 4OKJA 4CGGA 1CZBA 3HP9A 1WAJA 5CY4A 2HHUA 2OA8A 3PO5A 3SI6A 1LV5A 5J2PA 1Z25A 2IOCA 3PV8A 1RBVA 1GOBA 3V9SA 1NJZA 1HQUA 5K14A 4E3SA 2G8UA 1KFDA 1JLCA 4OPKA 2EX3A 4C8OA 3NF6A 1NK0A 4B8CA 4FW2A 2RN2A 4C8KA 2E4LA 4EP5A 4RW6A 2KZMA 3ZSQA 4ELUA 4OGEA 3ZT4A 2G8KA 3LP0A 4CE9A 3KD5E 1RDAA 3VQAA 1HYSA 5HROA 4CF0A 2G8FA 2RPIA 2HHVA 1TK0A 4CFCA 1KRPA 4KHSA 4E89A 1WAFA 2FBTA 3MAQA 1QTMA 4DFPA 3T3FA 2G8IA 2D0CA 1NK8A 3TI0A 3U6FA 2KTQA 5FRNA 2XHBA 3V9UA 2D0BA 4CERA 1S1WA 3RWUA 4DSKA 1WSHA 3MXJA 3S3NA 1C6VA 3L2WA 4DQIA 4KPYA 1WSFA 3ZT2A 4DLGA 1QSSA 4JRQA 3KJVA 3SPYA 3AO2A 5SWMA 3AA3A 5KRTA 1LAVA 4CF1A 3TANA 4NYFA 3QEIA 4B9LA 1MU2A 4LD0A 4OGCA 2GUIA 3WNHA 1VSFA 4FVMA 4G1QA 4O44A 4CHQA 4HUEA 4FJHA 2HHTA 1RT4A 3ASMA 4O0JA 2DFFA 3KKRA 4CEOA 1RBRA 3OYGA 1U04A 1RT5A 4CK1A 3HP6A 1LW2A 2OPQA 3K57A 1KSPA 4M3TA 3HO1A 1SV5A 4RW9A 2OZMA 3QERA 2IGIA 4CESA 3V1OA 3OYMA 1JLEA 3HYFA 4ELVA 4KHUA 1WLJA 1CXQA 4KHWA 2DTUA 3HL8A 1Q8IA 3AO1A 1QHTA 2YNHA 5CYQA 4NCGA 3ZSVA 4AH9A 3VQ8A 4AHCA 4Z4CA 5J2QA 4LSNA 1NOZA 1D9DA 4NCBA 3CFPA 5KGXA 3DM2A 2QKKA 1VSKA 1FKOA 3SNNA 1JLFA 3UIQA 3OYFA 1YVUA 3K5NA 3VQCA 4AILC 4CIEA 1NJWA 1C1AA 4KV8A 1SKRA 1JXEA 1ZBIA 1QQCA 3F9KA 3DLGA 4HHTA 4CJLA 4B9VA 4E1NA 1FXXA 3LAMA 3L8BA 3HXMA 3AO5A 3LANA 1SKWA 1EKEA 3AVFA 1TK8A 4CFAA 2Z1HA 4H4OA 3O3FA 5C24A 1NJYA 2HHQA 2QXFA 1LW0A 4ZHRA 1S6PA 1IO2A 2IDOA 4CFBA 1SL1A 1ZBLA 1X9SA 4EZ9A 3DOLA 4QOZB 4ICLA 3OVNA 3VQ5A 4B08A 3AV9A 4N41A 3LP1A 3HPGA 2JGUA 3NBPA 3ZSZA 3P83D 4DSIA 1RBSA 2QK9A 4CK2A 4W5OA 3MXMA 3QIPA 3SUPA 4DFJA 3IRXA 4CJUA 4ZTFA 1BCOA 1KFSA 4B3OA 3NH1A 4FZXC 2FBVA 3OYKA 4MQ3A 3OJSA 1QSLA 3JYTA 1BHLA 1BI4B 3OS2A 1GOCA 4KKOA 1RCHA 3TAEA 3V1RA 1JLGA 1Z26A 4DU3A 4DTMA 1C0MA 3NH0A 4F8RA 4CJKA 3AVJA 4F2SA 4F2RA 3DRRA 1C1CA 1BGXT 1HYVA 3M8QA 1F21A 3V4IA 3S3MA 1L3VA 3A2FA 4FJIA 4IBNA 4KI6A 4FZZA 2QKBA 2WOMA 4E7HA 4DTRA 3K2PA 4FLWA 3AVGA 1BQMA 1O1WA 4CECA 4FYDA 3LP3A 2OPPA 2Z1GA 4CJEA 4FCYA 3SV3A 4J2EA 2ZQBA 2IS3A 3DYAA 3RRGA 2R7YA 4CHNA 4M45A 1RTIA 5CZ1A 4IKFA 3CG7A 3CYMA 4IFVA 3NH2A 4FJJA 1A5VA 3OYAA 2VG7A 3VA0A 2IC3A 3IG1A 3DLEA 4OJRA 4BWMA 1NKBA 4BE2A 1RTJA 3EYZA 2HVIA 3K5LA 3QIOA 3LALA 2IAJA 4KTZA 3K59A 2BE2A 1KLNA 5J2MA 2B5JA 3CM6A 3ITHA 4FJ8A 3PX0A 3M8RA 4EZ6A 4M42A 2B6AA 2JLEA 4ID1A 1EX4A 4I9QA 4FJGA 1D9FA 3NE6A 2HW3A 3QLHA 1WSJA 1KLMA 3ZSWA 3OYLA 4DFMA 4F3TA 1RDCA 1REVA 4O4GA 4OKKA 3VQ6A 3BGRA 4IFYA 4OVLA 1Y97A 5HRRA 3CQ8A 4CHYA 4YNQA 1NK6A 4QCLA 1BI4A 1RILA 3QEVA 3NF7A 3ZT0A 1IKXA 1J54A 3LAKA 4CJ4A 3TWHA 2W42A 1L3SA 4DLEA 4M3RA 2HHXA 1TK5A 1EP4A 5JS2A 4M3UA 1B92A 1S9EA 4DTNA 4CCHA 4DQQA 4K8XA 4CJVA 4B9NA 2HMIA 1WNSA 1W0HA 1XHXA 4CIFA 4CGDA 3VQ7A 1VSJA 1UWBA 2P51A 4CEAA 3DMJA 4IG0A 2KW4A 3OS1A 4E7KA 2G8WA 3I8DA 1XWLA 2GV9A 4LH5A 4FLTA 3B6OA 3TAMA 3OYIA 4DS5A 3IS9A 4OLAA 3O4QA 3LZIA 3ZSOA 3PUFA 4CF2A 1IKVA 4HUFA 1RDBA 4DQSA 3TAPA 3PY8A 1RNHA 2NUBA 4DTUA 2WONA 1NK4A 3K5OA 1U4BA 1K6YA 3LP2A 4M3ZA 4CHOA 3VQEA 5C25A 3QETA 4HCBA 3RMAA 4J2DA 4FK2A 4Y1DA 3NFAA 4DTJA 4FJKA 3AVMA 2FC0A 2EHGA 1S9GA 3MEGA 1HRHA 4F3OA 1ZYQA 3KK1A 4O0IA 1UA1A 3NGIA 3NF9A 1WSEA 3AVBA 2KFZA 3RRHA 4FJMA 1T03A 3DLBA 3HSTB 4QAGA 4KO0A 3LPUA 3OY9A 3QESA 1J53A 3OYJA 4NCAA 4OPJA 1TL1A 1C1BA 3H08A 5CYMA 4UQGA 1VSLA 4C8MA 3LWMA 1IKYA 1EETA 3SJJA 4Z0UA 4YFUA 3K58A 1R0AA 4AHRA 1C0TA 3CM5A 5KTQA 4HVJA 1HYZA 1SUQA 4E7JA 4CFDA 2Y1JA 4AHVA 2FBYA 3HPOA 4DU4A 3SCXA 4CJSA 4FM1A 4ELTA 2YHBA 2KQ2A 1VRTA 3KLIA 3V81A 4B9UA 2P1JA 3AVLA 1W9HA 5HLFA 1GOAA 5HBMA 3QEPA 2DY4A 3VQDA 3M8PA 4FZYA 1N5YA 3TAQA 4Z4FA 4KTQA 4M3YA 1B9DA 4CGHA 1A5WA 4R5PA 3VQ4A 2A1SA 2Z1IA 1BQNA 4AHTA 1NK5A 3D45A 1TKTA 1ITGA 2O4GA 2XY6A 2VWKA 3HPHA 2DFHA 1NK7A 4Z4EA 4K8ZA 2RF2A 4CJFA 1T05A 1S1VA 1TGOA 1SKSA 1NKCA 4KHNA 3I0RA 4GMJB 4DQRA 1D8YA 3RTVA 4BDZA 4CJTA 4FLZA 1J9AA 3B6PA 5JS1A 3O3GA 3OYNA 3T1AA 3SQ1A 2OPRA 4CJPA 3L2RA 3PX4A 3NF8A 1T7PA 1CLQA 1DTQA 4KTWA 4O55A 2VWJA 3ZSYA 1KTQA 2X78A 4CF9A 4RW8A 5EU7A 4N47A 4HUGA 1TAQA 3D0PA 2ZD1A 2DFEA 4FJLA 1HJRA 1WN7A 4I2PA 4FM2A 4W5RA 2YV0X 3F73A 3OYDA 4CJWA 1YTUA 4KI4A 3CFOA 3RMDA 2PYJA 3TAFA 3AA5X 2KZZA 2D5RA 2Q3SA 2RKIA 3ALYA 3CFRA 4ZTJA 3C94A 4I7FA 4CJQA 4FK0A 2HHWA 3SV4A 4WE1A 3VA3A 1VSEA 3SQ0A 5I3UA 1VSDA 3VQ9A 2BANA 3HT3A 3L2VA 1LWFA 4Z4HA 1RT2A 2HNDA 3KLHA 1NKEA 3C6TA 4FJXA 1J5OA 1CXUA 4E1MA 3AVAA 4EP4A 5HRPA 3L3UA 4BE0A 4KHYA 4FJ9A 3G10A 4CEBA 3L2QA 2YKMA 3C6UA 5J2NA 4AHUA 4F4KA 3AO4A 1ASWA 3KIOA 5FDLA 3U3GA 3EZ5A 5DK5A 4I9LA 2VG5A 4CHZA 4BE1A 3P5JA 4Q0BA 3QNNA 4DU1A 4LH4A 2FBXA 1JL1A 1SL2A 3ZCMA 2G8VA 3KLGA 3LPTA 1RT7A 3NDKA 4J2AA 1S1TA 1HMVA 4J2BA 2HNZA 4CGJA 3PX6A 3S9HA 5FROA 4LSLA 3OJUA 3PO4A 4B9MA 3V9WA 3U3YA 1N6QA 4DFKA 4CJ3A 4BDYA 3QO9A 5HRNA 4DTPA 2E6MA 4L8RB 3SUOA 3DI6A 3KK2A 1IH7A 3NAEA 1HQEA 4FLVA 1XC9A 1T8EA 5CZ2A 2O4IA 3QINA 4XIUA 4PUOA 2I5JA 3V6DA 4PY5A 3LZJA 4CHPA 3KLFA 3KLEA 1ASUA 3QEWA 3L3VA 2PY5A 4DF4A 4KFBA 4DSEA 1HNIA 4CJRA 1WSIA 1FK9A 3JSMA 1XI1A 3RR8A 3ULDA 2YHAA 4KAZA 1BIZA 1RDDA 2ETJA 3AO3A 3ZT1A 4DF8A 5HRSA 4FK4A 3V1QA 3S3OA 2F8TA 3AVHA 1X1PA 3DLKA 2E6LA 3OYEA 1UA0A 4DQPA 5SZTA 1B9FA 2YKNA 3TAGA 4FLXA 3AVNA 5FRMA 1TV6A 1I39A 1S5JA 4KB1A 2HHSA 1DTTA 4N5SA 3SYZA 1KVCA 4W5TA 3VQPA 4PWDA 3QNOA 5KGWA 3OS0A 1RBUA 1BIUA 4DMNA 4HCCA 3LWLA 3OYHA 2Z1JA 3DOKA 4B8AB 1IG9A 4CK3A 4CEQA 1S1XA 4E19A 3I0SA 1C0UA 4NYNA 2HB5A 3G0ZA 4MFBA 1UOCA 4KHQA 3HK2A 1KCFA 3DLRA 4CEEA 3WNFA 4DS4A 3BDPA 4IG3A 1WSGA 3TABA 1VK0A 2ITGA 2YNIA 3E01A 4W5QA 1RT6A 4CF8A 1Q9YA 1L3TA 1RTDA 4Z4GA 2PYLA 1A5XA 4Q5VA 3NGZA 1D5AA 2B4JA 2ATQA 4I2QA 4FLYA 1TKXA 1RT3A 2X74A 4PA1A 1G15A 2LSNA 2XY5A 4TSXA 1U45A 2D0AA 2YNFA 3HM9A 4FJ5A 1TAUA 1RBTA 5C42A 1VSMA 1L5UA 1JKHA 1QSYA 3HVRA 1TVRA 4FLUA 1U47A 4M3WA 4E7IA 2A1RA 4RW4A 3OYCA 4BWJA 1VRUA 3NGYA 1ASVA 1KVBA 3ISNC 3LDSA 4DSJA 4GW6A 2ZE2A 4CEDA 1NJXA 1Q9XA 1LWEA 3DRSA 3TARA 5DMRA 3WNEA 5J1EA 5E41A 2Y1IA 3RMCA 4Z4IA 1HNVA 3RMBA 4C8NA 1JXBA 2X6NA 4AHSA 1LWCA 1ZBFA 1NK9A 2P5OA 1TL3A 1L3UA 4PQUA 3AVIA 4DSFA 1U48A 3WNGA 4M41A 3KD1E 3SZ2A 3OYBA 3AVCA 3RR7A 3L2UA 1LAWA 1EXQA 2YNGA 1QE1A 1JLBA 3AA2A 4GVMA 3M8SA 3K5MA 3TR8A 4DTXA 4C8LA 3IAYA 1X9WA 1KVAA 1UAXA 4Y1CA 2BGGA 2F8SA 2HNYA 4CGIA 5D3GA 4FXDA 3SQ2A 1U49A 2KFNA 2AJQA 4BDPA 2XY8A 4RW7A 4H8KA 4KRFA 3P1GA 4E7LA 2XRIA 1I3AA 1YT3A 4DTSA 3SUNA 3C95A 4M3XA 3AVKA 2BDPA 2OPSA 3O3HA 2G8HA 4H4MA 4BACA 1RT1A 2P5GA 4DSLA 1JLAA 3V9XA 5KRSA 3HJFA 4E0DA 3MEEA 1QS4A 4FW1A 3SQ4A 4JS5A 4HTUA 3MXIA 5HP1A 2VG6A 3DRPA 4JS4A 2OZSA 2PZSA 5I42A 4W5NA 4CGFA 4N56A 4FJ7A 2HVHA 1ZBUA 1DLOA 4RG8A 4OKEA 3T19A 3NCIA 4DWIA 4CEZA 1S1UA 1JL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NOYA 3VTHA 5BRFA 4WYBA 1VQ4N 3NHGA 3ZT3A 3VQBA 1VSHA 1BL3A 2OYQA 4OLBA 5KI6A 2XO7A 4DG1A 1N8RO 4C1NI 4A2AA 1X9MA 3A5NC 3FZFA 1JLQA 3ENBA 3MECA 1BCMA 2GBZA 3U8XA 4IDKA 2O8BB 1E3MA 4M63C 5JICA 1JCGA 3EY1A 3VN5A 4JLHA 3IDHA 1TKZA 5ADXH 1CZBA 1CZAN 1WAJA 2HHUA 3ATUA 3FZKA 3V9SA 1NJZA 5K14A 4MLHA 4IO9L 2EX3A 3UE5A 4C8OA 3C7NA 4B8CA 2RN2A 2E4LA 2Q36A 2E1YA 4CE9A 3KD5E 1HYSA 3IUCA 5IWAK 5HROA 4CF0A 2HHVA 4CFCA 4KHSA 4E89A 1RFQA 1WAFA 3ZYYX 2FBTA 3T3FA 3O9RA 2XHBA 1QQOA 3V9UA 4JNEA 1HUXA 1S1WA 1JJ2M 3MXJA 4KPYA 1WSFA 3BF3A 4JRQA 3M6GA 4RTFD 4H0OA 3QEIA 4B9LA 1MU2A 4CHQA 2GUIA 1VSFA 4BR7A 3G71N 2DFFA 1RBRA 1U04A 3K57A 4M7YA 2OPQA 3HO1A 5AQXA 4CESA 3P38A 2FSJA 2DTUA 4EIAA 1WLJA 4KHWA 4JEPA 3HL8A 1Q8IA 1NKEA 4Z4CA 3ZSVA 4AHCA 5J2QA 1NOZA 3CFPA 3VOVA 4JD2B 1FKOA 5EOYA 2P9IA 1YVUA 4CIEA 4JKEA 1ZBIA 4ILJA 3VF2A 3UKUB 3DLGA 5CHIA 4QS7A 4E1NA 1FXXA 3NVMA 1XMQK 3HXMA 3BY5A 3AVFA 5BPMA 4H4OA 5C24A 1S6PA 5HL7L 1SL1A 4LFAK 4ICLA 5AZJB 3CC2N 3LP1A 2JGUA 1RBSA 3VMFB 3R1XA 3QIPA 4DFJA 4V19S 4DV1K 1KFSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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