3AVCA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avcA00
1I3AA 1Q8IA 4AHUA 4KV8A 3OS0A 3ZSWA 4B9TA 3QIPA 3VQQA 3TAQA 4I7FA 3C95A 3P5JA 5FROA 2GBZA 4CECA 4N41A 1JXBA 3P83D 4CHPA 4UQGA 3SJJA 2P1JA 3AVAA 2YHAA 4FLZA 1KVCA 3V6DA 4DWIA 2YKNA 3KD1E 4W5QA 1G15A 1KLMA 3AO5A 2A1RA 4KAZA 2HVIA 3HT3A 4DTJA 3RWUA 3C6UA 5C24A 1C1BA 3QERA 4CFAA 2E4LA 3TANA 1CZ9A 1SKRA 1J53A 2FBVA 3RR8A 3VQ4A 4O0IA 3DI6A 4J2DA 4M3TA 1TAQA 4OJRA 3NGZA 3V1QA 4AHTA 5CZ1A 2DY4A 3AO1A 3HVRA 4E7LA 3O4NA 3V9ZA 4DFKA 3PY8A 4OVLA 3WNEA 3O3HA 2PYJA 2OZSA 1SL2A 1WNSA 4FJNA 3ZSOA 4O5BA 3G10A 4E1NA 4FJHA 4E7HA 2DFEA 2B6AA 1KCFA 1RDAA 1X1PA 4DSFA 4N56A 2XY6A 2YV0X 1NK0A 2OYQA 2E6LA 4BE0A 1U45A 3DYAA 3V81A 2ITGA 3SPZA 2IOCA 3VQBA 1N5YA 4C8MA 4DSKA 2KTQA 4OPKA 4F2SA 1ZBIA 3SYZA 5KTQA 4IG0A 3I8DA 1BCOA 3ZT0A 3VQ9A 4CGFA 1RDDA 4KTZA 4CIGA 1T05A 1TKDA 3OJSA 3MXMA 4DSIA 1S1VA 1TKZA 4LSNA 4DS5A 4FK2A 3U6FA 3VN5A 3LZJA 4DTNA 3PO4A 4OGCA 1NK8A 1BL3A 2F8TA 3NH0A 1S1XA 1JLGA 2YNHA 1VSEA 2DTUA 1UAXA 1DLOA 2VG7A 3V9XA 2R7YA 3NAEA 4TSXA 3VA3A 2AJQA 1RBUA 4LH5A 4B9NA 2OZMA 1S9GA 4E7IA 1WSFA 1LV5A 3L2VA 2VG6A 4EP5A 3LWLA 4K8XA 4M3UA 4NCBA 4FZZA 1LWEA 2D5RA 4H4MA 2O4GA 5SZTA 5I3UA 3IAYA 1TAUA 1FK9A 4CCHA 3T19A 3OYFA 4JS5A 3U3GA 3HM9A 3SQ2A 2YHBA 2QK9A 1T7PA 1JLCA 1EXQA 5I42A 4FXDA 1C1AA 1LWCA 3HO1A 4J2EA 3LZIA 4FLVA 5CY4A 3V9WA 3I0SA 3U3YA 3MAQA 1J5OA 4CGGA 1JL2A 3LP3A 3K5MA 3HPGA 2HNZA 3P1GA 3CQ8A 1BQNA 3OYCA 3PX0A 1S6QA 3CFOA 4CESA 1CXUA 3LANA 3OYHA 3TAPA 3IG1A 4CIEA 1D9FA 1TK8A 4HCCA 2Z1HA 2W42A 3T3FA 1ITGA 1YT3A 4OKJA 3QESA 5HROA 4L8RB 3KKSA 3DLGA 4PWDA 3PUFA 3ITHA 2IC3A 3M8SA 4IBNA 5CYQA 1NK9A 3V4IA 1D8YA 2HHQA 4E7KA 4E3SA 2ZE2A 1IKXA 3CM5A 4CJFA 4DTSA 3OYDA 1B9DA 1CZBA 4AHRA 3OJUA 2QXFA 4BE1A 4E1MA 1L3SA 3QETA 3NCIA 1NJXA 1C1CA 2KFZA 3NBPA 3VQDA 3ZT1A 4F4KA 1HYZA 3QNOA 5KI6A 4CHNA 3QEXA 3TARA 4ID5A 1IG9A 4IG3A 4QAGA 4CEDA 4J2BA 4RW9A 3LPTA 4B3OA 4QOZB 2JLEA 2G8FA 2P5GA 1NK4A 4B9MA 3QEWA 2G8KA 2G8WA 3DM2A 3SUOA 1A5VA 1WSEA 3MXIA 3ZT2A 2F96A 3LALA 1JLQA 1Z26A 4O55A 3KK3A 3OYJA 4ZTFA 1QSSA 5JS2A 4XIUA 2RKIA 1RILA 1QSYA 4KHNA 2BE2A 3DOLA 3O3GA 4BDZA 4NYNA 5HLFA 1RBRA 2KZZA 4EZ9A 3NGIA 2Z1IA 3TWHA 4FLWA 1FKPA 3RTVA 4O4GA 2O4IA 4JRQA 2ATQA 1VSLA 3PX6A 3LP1A 4YFUA 3SQ4A 4DQIA 4CJEA 4CHZA 3A2FA 3TAMA 4ZTJA 4DSLA 1ZBFA 4W5NA 4FVMA 3TAEA 3RMAA 3NFAA 4FLYA 3KD5E 4HCBA 3AVBA 2B4JA 5J2MA 4FJMA 4PUOA 3AVJA 1DTTA 3TABA 3NF6A 3TAFA 5K14A 1YTUA 2X6SA 2YNGA 3L2RA 3RR7A 3RRGA 3LDSA 2KW4A 5JS1A 4Z4EA 4DMNA 1KSPA 3H08A 3HSTB 4C8LA 4NYFA 4E19A 1KVBA 2XY5A 3EYZA 1FXXA 1RT3A 4HHTA 4B8CA 4CJSA 4DQRA 1HMVA 2IAJA 4CJ4A 1BCMA 3OYBA 3L2UA 4AHVA 2KZMA 1A5XA 2HHWA 4IFVA 3SQ1A 1NKCA 4M3RA 2B5JA 3RMCA 4E0DA 3RMDA 3C6TA 4FZXC 2KFNA 1RTHA 1RTIA 4DF8A 3UIQA 1UOCA 4OGEA 4BWJA 5J2NA 2Z1GA 3DMJA 3TR8A 5D3GA 4CF9A 4DTRA 4FK0A 4O0JA 2ZD1A 3F73A 1S9EA 3AVMA 4IKFA 4I2QA 5HBMA 1J54A 2X74A 3HXMA 1RDBA 4HUEA 1HNVA 5CYMA 4CGIA 3VQCA 5C42A 4HVJA 2HNDA 4FM1A 4FZYA 1C0UA 1HNIA 1TL1A 1BI4A 4B9UA 1Y97A 3AVHA 2DFFA 5J2PA 4KTWA 2P5OA 4I2PA 3OYKA 4W5OA 3WNHA 1QE1A 5HRSA 3M8PA 3LWMA 5HP1A 2D0AA 3QLHA 4ICLA 4FCYA 2YKMA 4DTOA 4CFBA 1I39A 4IFYA 4KHYA 1L3UA 1TKTA 4DLEA 1VSIA 1WSIA 1VSJA 1YTAA 3CG7A 1BISA 4G1QA 4CJPA 3TI0A 1L3TA 4CIFA 3K5LA 4FJXA 4CF1A 2Z1JA 3WNFA 3QEVA 4CHQA 2HMIA 3VA0A 1NK6A 1ZBHA 4FYDA 1RBVA 3ZT4A 1TV6A 2OPSA 3DLHA 2HVHA 3K59A 4DFMA 2I5JA 3AO3A 3D45A 4M3WA 4RG8A 1IH7A 1VSFA 2BANA 4W5TA 4FM2A 1EKEA 4YNQA 3THVA 4I9QA 3L8BA 3HP6A 2BGGA 2FBXA 1FKOA 1QQCA 2XY8A 5J1EA 5C25A 2QKBA 3SZ2A 3QEIA 3PX4A 3VQ5A 1SV5A 2XY7A 4LD0A 4Z4FA 1NOYA 3O4QA 1IKWA 1W0HA 3KJVA 3V9UA 3QIOA 5EU7A 3LPUA 1GOAA 1WSGA 3ZT3A 4F3TA 1XWLA 4C8NA 2PY5A 1RT7A 3HVTA 4Z4IA 3O3FA 1RT4A 3NF7A 5KGXA 3KLEA 1TGOA 3K5NA 4DTPA 2HHTA 1SKSA 3V1OA 3OS1A 4HUGA 1R0AA 4RW8A 4F3OA 3B6PA 3M8QA 4ID1A 3E01A 3FFIA 4O44A 3SUPA 4DSEA 1KFDA 4Z4HA 5KRSA 4N5SA 4DFJA 1QHTA 4KHQA 4CJ3A 4KREA 1XI1A 1U47A 4RW6A 3SV4A 3VQEA 1WN7A 3ASMA 1U48A 4CJRA 3NF9A 4DFPA 4GW6A 4B9VA 1W9HA 4AILC 4CJQA 4N76A 4GVMA 3ZSQA 2KQ2A 2NUBA 3OVNA 2HW3A 4KFBA 3M8RA 2OPPA 1HQEA 4BWMA 4CFDA 2Y1JA 1BQMA 4EZ6A 4PQUA 4CJKA 3OYNA 3AA5X 4RW4A 4DU4A 2HHSA 3MECA 4CJWA 3DLRA 1LW0A 1DTQA 1JLFA 1BGXT 4KKOA 3VQ8A 1RTDA 4FJ8A 4KHUA 2X78A 4OLAA 3AV9A 4FJKA 4MFBA 5FRMA 1NKBA 3IS9A 3SQ0A 4CEZA 3F9KA 1VK0A 1KTQA 2JGUA 1LWFA 5E41A 3OYAA 4DTUA 1QSLA 4CEAA 4FJGA 3QINA 4Z0UA 4JS4A 4ZHRA 4Q5VA 1F21A 4PA1A 3SNNA 4ELTA 1Q9XA 1C0MA 4JLHA 3HPOA 4DTMA 4CEOA 3AVFA 1UA1A 4C8OA 4KI4A 2F8SA 3CFRA 2OPQA 3WNGA 2RN2A 3KLHA 2XHBA 2RPIA 2D0BA 3HJFA 1A5WA 2XRIA 5DMRA 4AHSA 3AVKA 4CGDA 3NDKA 3OY9A 1X9WA 3KTQA 3NE6A 1EP4A 1ZYQA 4JRPA 1ASVA 3K58A 4CJLA 3CFPA 4OPJA 2X6NA 2IS3A 3HYFA 4PY5A 1QS4A 4CJVA 1TK5A 3VQPA 2HHXA 1NJYA 4CFCA 1VSKA 3C94A 3KLFA 4FJLA 2Y1IA 1T8EA 4E89A 1JL1A 1RT2A 4KB1A 1QTMA 1TL3A 4FLTA 4F2RA 1S1UA 3SV3A 3QEPA 2QKKA 3NHGA 4DLGA 2G8IA 3AO4A 4IDKA 2Q3SA 1RTJA 4BDYA 3VQ7A 1JLEA 2P51A 3OYMA 1EETA 3CYMA 3JSMA 4CEEA 4CEBA 3OYEA 3DRPA 1C6VA 4DG1A 3K57A 1EX4A 3ZSXA 3DLEA 1S5JA 4Y1CA 3DLBA 4KRFA 4CJUA 2FC0A 1K6YA 4KTQA 1WSJA 3LP2A 1CXQA 4RW7A 3SPYA 4I9LA 4FW1A 3HPHA 4F8RA 2OPRA 1XHZA 1UWBA 4CERA 2EX3A 1C0TA 4AH9A 4E7JA 4FW2A 1VRUA 3SUQA 3S3NA 1YVUA 3IRXA 2GV9A 3VQAA 4Z4CA 4J2AA 1RT6A 3CM6A 3DRRA 4B8AB 1TVRA 3DOKA 1RNHA 3RMBA 3D0PA 1KRPA 1L5UA 4CK2A 2OA8A 4K8ZA 4CEFA 1IO2A 3MEDA 1WSHA 3PV8A 3QNNA 3HK2A 4DSJA 3HL8A 3KKRA 1CLQA 5HRPA 4BDPA 4WE1A 4DS4A 5SWMA 2G8UA 1L3VA 1VSMA 4CF0A 1TK0A 4OKKA 3L2WA 4FLUA 3SI6A 3KLGA 2HB5A 4KHWA 2VWJA 3BGRA 1NOZA 4BE2A 2FBYA 4CJTA 3LP0A 3MEEA 4DU1A 3BDPA 4MQ3A 1UA0A 4KHSA 3L3UA 3OYIA 1WLJA 3S3MA 4CF2A 3ZCMA 1XC9A 4Q0BA 1HPZA 4FJ5A 4H4OA 1J9AA 3NH2A 4DU3A 1KFSA 1B92A 3ISNC 2XO7A 4Z4GA 3PO5A 4LSLA 1VSDA 1S6PA 4FM0A 4DTXA 1NJWA 1JLBA 4DQPA 3S3OA 3AVIA 4M45A 2FBTA 2PZSA 1VRTA 2G8VA 1BIUA 1T03A 3DRSA 1RT5A 2RF2A 1IKYA 1VSHA 4M3XA 1NJZA 4BACA 3KIOA 3AA3A 1S1TA 5FDLA 1O1WA 4KO0A 4M42A 3OYGA 4QCLA 3JYTA 3ULDA 3AVCA 1ASUA 3L3VA 4CHYA 4NCAA 1NKEA 2LSNA 3MXJA 1SL1A 2EHGA 1BIZA 4NCGA 4R5PA 5KRTA 4LH4A 1ZBLA 1RCHA 1Q9YA 4Y1DA 4H8KA 3LAMA 1HRHA 3V1RA 4CF8A 3HP9A 5KGWA 1LAVA 3NH1A 3VQ6A 1KVAA 2VWKA 3DLKA 3K2PA 3OYLA 2HHVA 2HNYA 5DK5A 4FK4A 4OKEA 5HRNA 2ETJA 1S1WA 1REVA 3KLIA 4CJ5A 2D0CA 4GMJB 4FJIA 3EY1A 5T7BA 1LAWA 4AHCA 3ZSYA 1RBTA 4DQSA 1HYVA 1U04A 2VG5A 3I0RA 3SCXA 1SKWA 1U4BA 3G0ZA 5FRNA 1SL0A 4LY7A 3MEGA 4DQQA 3SUNA 2IDOA 2A1SA 5CZ2A 4CGJA 3ZSZA 4ELVA 4KI6A 3AA2A 2YNIA 3V9SA 4CK3A 3B6OA 4CHOA 2HHUA 3L2QA 1X9SA 2PYLA 2IGIA 4KPYA 4M3ZA 2G8HA 1MU2A 1Z25A 4CK1A 4HTUA 1RDCA 3T1AA 2E6MA 4DF4A 4HUFA 4N47A 1N6QA 1BI4B 3TAGA 4B08A 4ELUA 1JLAA 1ASWA 3KK2A 1TKXA 1U49A 1RT1A 2YNFA 3LAKA 3NGYA 1HYSA 3S9HA 1RBSA 3AVNA 1D9DA 1KLNA 4W5RA 4M3YA 4B9LA 4CE9A 3ZSVA 5HRRA 4EP4A 1GOCA 5J2QA 1SUQA 1JKHA 1HJRA 2DFHA 3OS2A 3KK1A 3ALYA 1X9MA 1GOBA 1NK5A 2GUIA 1D5AA 4M41A 3ZSRA 4KB0A 1WAJA 1XHXA 1WAFA 1IKVA 3QO9A 1NK7A 3K5OA 3AVLA 1B9FA 3AA4A 4OLBA 4FJ7A 4FJJA 1LW2A 4B9SA 3RRHA 3NF8A 2ZQBA 3AVGA 2WOMA 3AO2A 4FLXA 4C8KA 4CEQA 4FJ9A 4CGHA 1HQUA 2BDPA 1ZBUA 1BHLA 2WONA 3EZ5A 1JXEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQ8A 3BEXA 3THYB 1FW6A 3WXJA 4CECA 4YOWA 3P83D 4A61A 4DV6K 4FLZA 4DWIA 1KLMA 2A1RA 4MLEA 4DTJA 1IV0A 3QERA 4CFAA 3VERA 3DI6A 4K41A 1RGIA 1KAZA 4O8UA 3V9ZA 2P9IA 4FPBA 3VOVA 1KXPA 1FJGK 1X3NA 4O5BA 3O1BA 2DFEA 3LDNA 4JKGB 2IOCA 2KTQA 4OPKA 2YX6A 5KTQA 4YDUA 3H46O 3VQ9A 3SAGA 1RDDA 3OJSA 1IG8A 2HOEA 3AGRA 4JK7A 4BRPA 2UUAK 3PO4A 1S1XA 3UE5A 4HTLA 1EO1A 4TSXA 3VA3A 1BOTO 1HNZK 4YHHK 4MLHA 4FZZA 4DUYK 2D5RA 2CH5A 3IAYA 5SZTA 2O8CA 3C7NB 3HM9A 2QK9A 1JLCA 3KWGA 4FXDA 5AQQA 2UUCK 1LWCA 3HO1A 1J5OA 5BRDA 3MAQA 3QFUA 2UUBK 4MDAA 4CZJA 1JL2A 3LP3A 4BROA 3CJ9A 3CQ8A 3CFOA 3TAPA 3KZBA 1D9FA 4B1ZA 3T3FA 4L8RB 3PUFA 1TUUA 2HHQA 4IBNA 3V4IA 2ZE2A 1IKXA 3ULEB 3FZHA 3M1FA 4BE1A 1HR0K 2HBLA 3VEOA 3NCIA 1NJXA 1C1CA 2KFZA 3NBPA 5LJVA 4F4KA 5ADXA 4IEIA 3QNOA 2P9IB 3THXB 3QEXA 1IG9A 4RW9A 4FOEA 4B3OA 3ENOA 4QOZB 3QEWA 2G8WA 2FF3B 4YY3K 1HJOA 2F96A 1Z26A 4BR4A 5E26A 1QSSA 3SJHA 2HBKA 1QSYA 2BE2A 1VQ4N 3O3GA 4BDZA 3M6GA 2QWLA 4NYNA 1RBRA 5F1XA 3R9PA 1M90O 3TWHA 3RTVA 1WUAA 2O4IA 2KHOA 3AARA 4GV9A 4LC9B 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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