3AVFA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avfA00
5HP1A 1Q9YA 3U3YA 2OPRA 1KTQA 1ASWA 3SQ4A 4BE0A 1ZBLA 4I7FA 3G0ZA 3OS2A 3NDKA 3V9ZA 3RR8A 5DK5A 3VN5A 1KCFA 2FBTA 3AVNA 1RBSA 1CZBA 3ZSZA 3ZSVA 1IO2A 1TL3A 5SWMA 3PUFA 1S1XA 2YNFA 1QQCA 4DFPA 3PO5A 2D5RA 1XWLA 5KGXA 4CK3A 1EX4A 2Z1JA 1C6VA 4CF9A 4CGJA 1BQNA 1K6YA 4L8RB 4CJ5A 3DRSA 4IDKA 4FLVA 4FJHA 4N41A 4OLAA 4E0DA 4CJPA 2JLEA 1IKYA 3QEWA 5E41A 4Z4IA 4W5NA 2OPSA 2RN2A 1UAXA 3K5OA 1NK7A 4B8AB 4DG1A 4O0JA 4Y1CA 4IKFA 1QSSA 4FXDA 5KRSA 1MU2A 3SV3A 1N5YA 1G15A 4HCCA 4H8KA 4ID1A 1ZBFA 5T7BA 1ZBHA 4RG8A 4CFDA 4CIGA 3AVHA 3L2WA 4N47A 3RRGA 2KFNA 4PA1A 4FJJA 1WNSA 4PQUA 1YTAA 4CF1A 3SV4A 1GOBA 3ASMA 4HUFA 4F8RA 3NF8A 3ZT0A 4FLTA 4RW9A 4KV8A 1S5JA 3MAQA 5DMRA 4K8XA 1RNHA 1RILA 1JXEA 4LSNA 1TK8A 2G8HA 4NCGA 4FJ7A 3O4QA 4MQ3A 2HB5A 4Z4HA 3OYLA 2RPIA 3DLRA 2BGGA 4AHTA 2RKIA 3TI0A 4LY7A 3LP2A 1WSEA 3AVLA 2XY5A 2KFZA 3C95A 3QIPA 4DSKA 1IG9A 2P5OA 1S6QA 4I2PA 1CXQA 1BI4A 4AHVA 1BGXT 3VQ9A 3WNGA 4FLWA 4AHSA 3RR7A 3TABA 4F3OA 4RW6A 3SJJA 3K2PA 2IS3A 1SKWA 3K57A 4EP4A 4CFCA 3NAEA 3TAEA 3LPUA 1L3SA 2IDOA 5KRTA 1SKSA 3RMCA 3ISNC 4W5RA 4C8MA 5FRNA 4CEOA 5FRMA 2EHGA 4ZTJA 4KTZA 4DU1A 3OYKA 1VRUA 4FW2A 3NBPA 2WOMA 3MEGA 2Y1IA 1LWFA 5EU7A 2Z1GA 4FJXA 2FBYA 2HHWA 4O44A 2JGUA 4DQQA 3IS9A 4JRQA 4M3XA 2PY5A 4B9UA 2QKBA 3THVA 1S1VA 1NK8A 3WNEA 1RDBA 4RW7A 4FK4A 3HYFA 2BANA 3QESA 3VQ8A 4M3YA 4Z4EA 4Z4CA 3MXMA 2KZZA 3SYZA 3ALYA 4DSFA 1QS4A 4DSJA 3SCXA 1NK0A 1HYZA 4E19A 1RDAA 4B8CA 4DSLA 3OYAA 3VQ5A 3I8DA 3SUNA 2HHTA 2WONA 4KRFA 3RTVA 4CFBA 4OGEA 3LP3A 4CEBA 1B92A 2E6LA 3AVJA 3WNFA 3KLEA 4CESA 3OYHA 2G8KA 1JLCA 4IG3A 1KSPA 2DY4A 2I5JA 4DMNA 4O4GA 3DRPA 3DOLA 2X6SA 1REVA 3AVAA 1UWBA 3V9SA 5J1EA 5CYMA 4E7IA 3AVGA 3CM5A 1WSIA 2IGIA 4BWJA 4CJ4A 3CFPA 4CGIA 4DFKA 2Y1JA 2HHXA 4B9SA 4CGFA 3OYNA 5KI6A 3L2VA 2R7YA 1NKBA 4KREA 4CJLA 3OYEA 3NE6A 2G8WA 3HJFA 3AO1A 4AILC 3VQ7A 1WLJA 1VSHA 1NJXA 4FZXC 3NF9A 4DTMA 1CZ9A 4IG0A 3OJSA 4E7HA 1Q9XA 1JLQA 4ELTA 3AA2A 3IAYA 2ETJA 4DTSA 3PV8A 1XHZA 3RMBA 1JLEA 4NYFA 4KHSA 3AA5X 3CYMA 1C1AA 1ITGA 3SUQA 3OS0A 5D3GA 1F21A 4O5BA 4FM0A 1DLOA 3L8BA 3ZSWA 3OJUA 1O1WA 1WSHA 2OZMA 3HVTA 3QIOA 4HUGA 3VQPA 3P83D 4FJ9A 3SPZA 1X9SA 1A5VA 3AA3A 4GMJB 3CFRA 3AO3A 1VSEA 3O3HA 3NCIA 1UA1A 2ZD1A 1NOZA 4DU3A 4FJ5A 3V1QA 3ZT2A 4CJRA 3M8SA 1GOAA 4BACA 2XRIA 3FFIA 1VSFA 3KK2A 4CGGA 4M3RA 3M8QA 3TWHA 4E1NA 3RRHA 1J9AA 1Q8IA 1ZYQA 2HVIA 3AO4A 3TAMA 1JLFA 1HJRA 4H4OA 4CHZA 3OYBA 2XY6A 2Z1HA 4OKKA 1QSLA 2O4IA 3DLEA 3PY8A 1TAUA 1KFDA 4FYDA 2ZQBA 2G8VA 3DOKA 2B6AA 4CJQA 3DLGA 3V9WA 4FZYA 3T1AA 2DFEA 1X1PA 1TKDA 1VK0A 3KJVA 1KLNA 4DLEA 3T3FA 4CGDA 2E4LA 3O3GA 3OYDA 3OYGA 1C0UA 3L2QA 2OZSA 2QXFA 2B5JA 3VQAA 5CYQA 4FM2A 3AA4A 4KAZA 1D9DA 4M3WA 4Z4GA 4FLYA 2FBXA 2X78A 4CECA 4FK0A 4DQIA 4LH5A 1JXBA 1RTDA 3C6TA 4M3UA 2GBZA 2A1RA 3TAPA 3V9UA 4AHCA 1RT7A 5CZ2A 2VWKA 1S1WA 4OPJA 3QNOA 3NFAA 3QEXA 3VQQA 4UQGA 2ITGA 3VA0A 4IBNA 3QEVA 4DF8A 1ZBUA 3RMDA 1NJZA 2G8UA 1YTUA 2PYJA 2GV9A 4FJIA 4CK2A 3IG1A 4B9MA 2OPPA 4FLZA 1JLGA 4DTXA 3S3NA 4C8NA 3ULDA 5C24A 3CFOA 1WAJA 4CJSA 4KI6A 4F3TA 4CHPA 4CJFA 3CM6A 4CK1A 4B9TA 4KTQA 4KHQA 1LW0A 3HP9A 2DFHA 4NYNA 5SZTA 3LP0A 4KHUA 3OYJA 3V4IA 4PY5A 3D45A 2PZSA 1L3UA 1HNIA 3PX0A 2BDPA 3DI6A 4CJUA 2P1JA 1RBVA 1YVUA 3CQ8A 1HQUA 1T03A 1BCMA 3HK2A 4KPYA 1IKVA 1WAFA 4J2BA 4F4KA 3QINA 3ZT3A 3U6FA 5HLFA 1VSJA 1SV5A 4M42A 1C0TA 4DTJA 4DTNA 4O0IA 4KKOA 3OVNA 3V1RA 4CHQA 3PX4A 4W5QA 2D0AA 4I2QA 3LALA 4KHWA 1TKZA 3ZSYA 3S3MA 5J2MA 2O4GA 5HRRA 3LAKA 4HHTA 4N5SA 1BIUA 4KFBA 1U49A 4CEAA 1T8EA 1TL1A 2F8SA 1QSYA 4JS5A 4FLUA 4J2DA 3AVIA 3NH0A 4M3TA 1VSLA 2FC0A 3BDPA 2W42A 3P5JA 1RT4A 3G10A 3ZT1A 2XO7A 1TV6A 1ASVA 3EY1A 3DYAA 3EYZA 4GVMA 2IC3A 3TR8A 2QKKA 2IAJA 1U47A 4CCHA 3LZJA 3SQ0A 3KKSA 3NF7A 4CGHA 4DTRA 3LWLA 1KVCA 3S3OA 4QOZB 1NK4A 4HVJA 1RT3A 2F96A 5JS2A 2GUIA 3WNHA 4CEFA 3HM9A 1RT5A 5CY4A 3QERA 3PO4A 1SL0A 3HT3A 3D0PA 2XY8A 2XY7A 3C6UA 5K14A 4CEZA 1W9HA 5KGWA 3LDSA 4JRPA 4HUEA 4E7LA 3MXIA 1XI1A 4EZ6A 3NH2A 4M45A 4CJ3A 4QCLA 1DTQA 1JKHA 1QE1A 4H4MA 2OYQA 5J2NA 1R0AA 4BE1A 4DSEA 1Y97A 4KO0A 4OJRA 2YV0X 4CF2A 1T7PA 4LD0A 3VQBA 1DTTA 3KIOA 1U48A 4JS4A 4W5TA 2HNYA 2YKMA 5C25A 4DQSA 1KRPA 4FJLA 1HRHA 1A5XA 3K5LA 5HROA 1CLQA 3LWMA 1KFSA 1RTJA 1JL2A 3V9XA 2EX3A 1SKRA 1TKTA 2PYLA 2ATQA 2YKNA 4G1QA 1JL1A 1TGOA 2YNIA 4DQPA 4N76A 1HMVA 4LSLA 4JLHA 3M8PA 3VQCA 1S6PA 3DLKA 1TAQA 3ZSOA 3F73A 2VWJA 4FJ8A 2RF2A 2G8FA 3VQ6A 1WSFA 4CF8A 1B9FA 4FVMA 1NOYA 1BQMA 3HSTB 3HPHA 3KKRA 1SUQA 4I9LA 3V6DA 4ZTFA 4CIEA 4WE1A 1RBTA 1QTMA 4HTUA 1FKPA 1BI4B 2QK9A 2YNGA 1VRTA 3OS1A 4CEQA 3AVBA 3DM2A 1C1BA 3KLFA 3QO9A 1QHTA 2ZE2A 4PUOA 2HNZA 3T19A 1IH7A 4B08A 3KLHA 3B6OA 3TAQA 4DWIA 4R5PA 2HHQA 4E89A 1U4BA 3MEDA 3QEIA 3KLGA 2XHBA 3LAMA 4DTOA 4OGCA 1J53A 3QETA 1HQEA 2HHSA 3CG7A 3ITHA 4IFYA 3AVKA 4Q5VA 3O4NA 1VSKA 1RTIA 3ZSRA 3SQ1A 2HMIA 2LSNA 1BISA 5J2QA 3M8RA 3SUPA 4CF0A 2IOCA 4CEEA 1HYVA 1TK0A 1LW2A 1X9WA 1L5UA 4DFMA 3O3FA 2VG7A 5J2PA 1SL2A 4J2EA 3NGYA 1KLMA 4AH9A 4FZZA 2X6NA 2VG5A 3ZSQA 4I9QA 4C8KA 4NCAA 2E6MA 1D8YA 1A5WA 1LWCA 4KTWA 4FK2A 3LP1A 1CXUA 4AHRA 4OLBA 1S1TA 3JYTA 4PWDA 3KD5E 4KI4A 2KQ2A 5HRNA 1HNVA 3RMAA 1NJYA 4E7JA 3TAFA 4KB0A 3EZ5A 4FJKA 3I0RA 3TARA 4B9VA 5I3UA 4E3SA 3QEPA 3DLBA 1Z26A 4DSIA 4FJNA 1RT6A 1TK5A 4ID5A 4ELVA 4Y1DA 4BDZA 4M3ZA 2HNDA 1N6QA 1XHXA 3LZIA 5HRSA 2HW3A 3H08A 1EP4A 1VSDA 1C0MA 4Z4FA 2DFFA 1SL1A 3AVFA 3DRRA 4FW1A 3P1GA 4MFBA 5I42A 1ZBIA 1EXQA 2YNHA 4BWMA 3HXMA 3SZ2A 3V81A 2D0BA 2AJQA 3QNNA 4BDPA 3B6PA 3KTQA 4B9LA 3SUOA 4GW6A 3UIQA 1C1CA 1LAVA 3OY9A 3A2FA 1D5AA 4E7KA 3SQ2A 3SNNA 3DMJA 4DS4A 2X74A 3HL8A 1RCHA 1S9GA 4B9NA 1S9EA 3U3GA 3IRXA 5HRPA 1EETA 3SPYA 3E01A 4CFAA 4CIFA 1D9FA 4DF4A 2A1SA 1S1UA 4M41A 4RW8A 1NK5A 4CJWA 1BCOA 4FM1A 1UA0A 1RBRA 1RTHA 3K59A 3AV9A 4LH4A 4CEDA 1W0HA 4F2RA 4J2AA 3DLHA 2FBVA 2G8IA 4OVLA 2KZMA 1NKCA 4YNQA 1IKXA 2YHBA 3MXJA 2YHAA 3VQDA 3HPGA 4CHOA 1KVAA 4AHUA 1YT3A 1L3TA 1LAWA 1RDDA 3AO5A 5C42A 3AVCA 1BHLA 1RT1A 4TSXA 4FJMA 3V1OA 1WSGA 4BE2A 1NK6A 4CJEA 1U45A 3OYFA 3JSMA 1J54A 4ZHRA 3OYIA 3QLHA 4FCYA 4Q0BA 3K58A 3K5NA 1B9DA 4O55A 4KHYA 1FK9A 1VSMA 3L3VA 4CE9A 5CZ1A 1RT2A 1HYSA 1T05A 5FROA 2OA8A 4N56A 3VA3A 1U04A 1HPZA 4NCBA 3PX6A 1FKOA 3AO2A 5FDLA 3ZSXA 3MEEA 4DQRA 4CHYA 4KHNA 3F9KA 3NH1A 1JLAA 2Z1IA 3VQEA 5HBMA 1VSIA 4EZ9A 4KB1A 1Z25A 2HHVA 5JS1A 1BL3A 4DU4A 4ELUA 4K8ZA 1IKWA 1GOCA 3NF6A 1UOCA 4FLXA 1LV5A 4YFUA 3L2UA 1J5OA 3RWUA 4F2SA 3K5MA 1BIZA 3KLIA 4BDYA 3NHGA 1WSJA 1NJWA 3HO1A 2D0CA 3AVMA 4RW4A 4DLGA 4B3OA 3OYMA 3HVRA 4Z0UA 2P5GA 1JLBA 4IFVA 2VG6A 5KTQA 3HPOA 4FJGA 4CJVA 3LPTA 4DTUA 3L2RA 2BE2A 2KW4A 1NK9A 4E1MA 2P51A 2Q3SA 4CJTA 3NGIA 3HP6A 3BGRA 4DTPA 3TAGA 4C8OA 4CERA 3KK1A 2B4JA 1I3AA 4HCBA 1RDCA 1RBUA 3SI6A 3I0SA 3C94A 2NUBA 4EP5A 4DFJA 3ZT4A 1NKEA 2HHUA 4OKJA 4ICLA 1WN7A 4QAGA 4XIUA 3VQ4A 4CJKA 2OPQA 3KD1E 2DTUA 4DS5A 3NGZA 1ASUA 4W5OA 3LANA 3L3UA 1TVRA 1FXXA 1I39A 1LWEA 4OKEA 3ZCMA 4C8LA 3S9HA 2F8TA 1KVBA 1EKEA 3MECA 4CHNA 1TKXA 4OPKA 1XC9A 2KTQA 2HVHA 3TANA 3KK3A 1L3VA 1X9MA 3OYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M7YA 3O08A 1QQMA 3U3YA 2OPRA 1KTQA 1ASWA 3SQ4A 4I7FA 4BRAA 1KCFA 2FBTA 5SWMA 4A2AA 5A2QO 3GDQA 1D4XA 1EX4A 3N4QA 3KVGA 4CF9A 4CGJA 1BQNA 3DRSA 3JAMO 4FLVA 4FJHA 3MX5A 4E0DA 2JLEA 4BR7A 3MDQA 3QEWA 4HWIA 3A5NC 3CC7N 1Q81O 3BUZB 1NK7A 1QSSA 3VEVA 5KRSA 2WTUA 1MU2A 2RE2A 1G15A 2V51B 4H8KA 1ZBFA 4JI5K 4RG8A 1NGAA 3RRGA 3LDNA 3E9PA 4B3MK 1WNSA 2O8BB 1NGBA 3ZT0A 4KV8A 2WC9A 3MAQA 3PLAA 5AQQA 4LSNA 1TK8A 2G8HA 4NCGA 3OYLA 2BGGA 4IDHA 3LP2A 1WSEA 4JI0K 3VPZA 3VETA 1HNWK 4NB4A 1IG9A 2E20A 1YAGA 4BRFA 1E3MA 3WNGA 4AHSA 1QVFM 3CJAA 4EP4A 4BVPA 4QS8A 4IFEA 5KRTA 2UYTA 4CEOA 4ZTJA 4IO8A 1VRUA 2WOMA 3FZMA 2Y1IA 1LWFA 2Z1GA 4FJXA 4XEIA 1BA1A 2JGUA 4DQQA 3IS9A 4B9UA 3THVA 1NK8A 1RDBA 5AQGA 5IWAK 3QESA 1NWKA 2KZZA 1QQNA 2GELA 4DSJA 4JKHA 3G6EN 2CH6A 4DSLA 3OYAA 1X9JA 2ITMA 2NRXA 3VENA 1B92A 4MLEA 4DR6K 3OYHA 1JLCA 4LC9B 1KSPA 3CJ1A 4H0YB 2I5JA 3DRPA 3CCSN 4A61A 2IGIA 3CFPA 4CGIA 4B9SA 3OYNA 4JHDA 4BRQA 5BRDA 1ATRA 3CD6N 4KREA 3OYEA 3HJFA 5BREA 3NE6A 4H5WA 1U6ZA 3NF9A 3WXIA 1S72N 1Q9XA 1VAZA 3IAYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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