3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
1KLNA 3SQ0A 4FCYA 4FJIA 2E6LA 2X6SA 1IH7A 1C0UA 3LP2A 3T3FA 1DLOA 3MXIA 1NOZA 1QSLA 3IAYA 1TAUA 5FDLA 1RT3A 1VSJA 4B9NA 2DY4A 1J5OA 1LW2A 3L3UA 1NKEA 2HW3A 2FBVA 3CFPA 4CJTA 5HROA 1Q9XA 3V1QA 4Z0UA 2PYLA 2HMIA 1U48A 5HRPA 5I42A 3SJJA 2ZD1A 4Z4HA 4FM1A 3SPYA 3KTQA 4RW4A 2LSNA 2OPSA 3I0SA 4DTNA 3G0ZA 2DFFA 1K6YA 3MEDA 3KLHA 4Z4FA 1HRHA 5KGXA 5C42A 4W5NA 3QESA 4M3TA 3NDKA 4H4MA 5FROA 3DOLA 4CJQA 4JRPA 3JYTA 4CHPA 1S1WA 1RT1A 2RF2A 3TWHA 4FLXA 1XC9A 2BDPA 5C25A 3VQDA 3SUNA 2OPPA 1YTUA 5KGWA 4FK0A 3VQ9A 4E0DA 5KRSA 4FZXC 1WSJA 4C8LA 4TSXA 3O3FA 4DQRA 3NGZA 2YNHA 3K5MA 3TANA 5SWMA 4HUFA 3LWLA 3CFRA 3NGIA 3OYDA 3CQ8A 3VN5A 1J9AA 2HHTA 5JS2A 4E3SA 1UAXA 4O5BA 1JLGA 3CFOA 4DLEA 3TAQA 1B9FA 3AVHA 4ELVA 4LH5A 3S3OA 1Z25A 1QSSA 3KKSA 4CCHA 5HRSA 4N76A 3VQ8A 3LWMA 2B4JA 3SV4A 4CJPA 2G8VA 3AVMA 2YNFA 3HVRA 1YT3A 3AVJA 3K57A 1GOBA 3OYAA 3TABA 3RTVA 1JL1A 1RBRA 2Q3SA 4DSEA 1FK9A 4Y1CA 4CF0A 4Z4IA 2O4GA 3E01A 3ZSVA 3LP3A 1L3UA 2F8SA 1D9FA 2OYQA 1D5AA 2F8TA 1S1UA 3VQ6A 4F3OA 3KD5E 3OYBA 4DS5A 1BCMA 3DRSA 3NF7A 1NK9A 2VWKA 4E19A 1HNIA 1RNHA 1XHXA 3IRXA 3TAEA 4M3UA 3PX4A 3I8DA 3HL8A 3OYFA 3HXMA 3U3GA 3OS0A 4CF8A 4DQIA 1EETA 2GV9A 2ZQBA 4KTQA 1JKHA 2YKNA 4ZHRA 5HRRA 1A5WA 1LWCA 4JLHA 1RBSA 1RTIA 2IS3A 4Z4GA 4Y1DA 5CYQA 2E4LA 1JXBA 2RN2A 3ZSXA 2GUIA 3K5NA 1ZYQA 3THVA 4JS5A 1KRPA 4G1QA 3SUPA 3TI0A 4FXDA 3ZSZA 1WAJA 4DSLA 3DOKA 4EP5A 4DFJA 3HK2A 1JLBA 4O4GA 2G8UA 3LALA 1SL2A 2HVHA 1C0TA 1RDDA 4O0JA 4DSFA 3VQ7A 1DTQA 4IG0A 3VQQA 4UQGA 1L3SA 4CJ5A 2B5JA 1IKXA 1DTTA 3PV8A 5J2MA 4KHYA 3CM6A 3L2RA 4K8ZA 2YHBA 1TKXA 1QHTA 4JRQA 1WLJA 3WNHA 4CJKA 2A1SA 5KTQA 1TKZA 1KVAA 1SKWA 4CF2A 3L2UA 4PWDA 4HTUA 4L8RB 4RW9A 3S3NA 3C6TA 4N56A 1U4BA 3EY1A 4OKEA 1LWEA 1LV5A 5DMRA 1QS4A 4IFVA 1IKYA 4E89A 1XHZA 1RDBA 4FJHA 4IBNA 3NH1A 2HHXA 2BE2A 1I3AA 2NUBA 1U04A 4J2BA 4OLBA 3VQ5A 4B8CA 1UOCA 3L3VA 1LWFA 4OVLA 1VSEA 5D3GA 3RMAA 4PY5A 3V1RA 1RDAA 1TV6A 4O44A 5EU7A 1T05A 1BQMA 2G8FA 3LDSA 4IKFA 3TR8A 4B9VA 2D5RA 3AVGA 3L2WA 2HNYA 4FJ9A 4DFPA 1TAQA 3OJUA 1Q9YA 4NYNA 3KLIA 3WNGA 3ULDA 4C8MA 3DLHA 4F8RA 1WNSA 1VSMA 4AHSA 4CGDA 5JS1A 1REVA 1LAWA 3G10A 4CJEA 4HCCA 3QO9A 1SUQA 3VQPA 3OYNA 5HLFA 5J2PA 4CIGA 1HYVA 4KB0A 1VSKA 1I39A 4ID1A 1UWBA 3P5JA 3OS1A 4PA1A 4FLWA 3SUQA 1T7PA 1IKWA 1C1BA 2XY7A 3SI6A 4CGFA 4ZTJA 1MU2A 2G8WA 1UA1A 4PUOA 1VK0A 5CYMA 4OKJA 2P5OA 3QERA 3CG7A 1ZBFA 4CJWA 3TARA 4FYDA 4DU4A 5FRMA 1VRTA 1NKBA 3ALYA 4NCAA 4CHYA 1HNVA 4I9LA 4DQPA 5FRNA 3LPTA 4KFBA 4R5PA 4C8OA 4FJ5A 3HO1A 1NJZA 1QTMA 4YNQA 3U3YA 2QKKA 1G15A 1KCFA 3NF9A 3QIOA 3ISNC 3SUOA 4QAGA 4CFBA 3NE6A 3SYZA 4DSKA 3A2FA 3HPOA 4O55A 2Y1IA 3OYIA 4KRFA 3ZT1A 3HM9A 4BACA 4E7LA 5HP1A 1S1VA 4QOZB 4CGHA 3SCXA 4F2RA 1SKSA 3DM2A 1CLQA 2OPRA 4RW7A 4ID5A 4W5QA 2YKMA 1LW0A 2G8KA 2Z1HA 1VSHA 1SL0A 4I2PA 2OZMA 4CFCA 2ITGA 3L2QA 4CE9A 3LP1A 3KIOA 3LZJA 3TAFA 3PX0A 2P51A 3AVLA 1A5XA 4M42A 3BDPA 5CZ2A 4DTRA 1HJRA 4HVJA 4FLYA 4FJ7A 2X78A 3DI6A 4CF1A 4CGJA 1A5VA 2HNZA 2VG5A 1TK8A 2R7YA 3ZSOA 2A1RA 4GMJB 5HRNA 2FBXA 1R0AA 3V4IA 4ZTFA 1WSEA 3ASMA 4CGIA 3PO4A 4EZ9A 3AVFA 2G8IA 3P83D 4DLGA 3K5LA 2O4IA 1KFSA 1C1CA 4B8AB 1ASUA 1S9EA 1LAVA 5K14A 1D8YA 3ZSWA 1UA0A 4RG8A 1JLCA 2JGUA 3V6DA 3QINA 4FZZA 1ASVA 4BE0A 3DLBA 4KB1A 3PX6A 2KTQA 1BGXT 1SKRA 4CEFA 2XY6A 4FLVA 1C6VA 4KHWA 3L2VA 2ATQA 3AVBA 1JXEA 4O0IA 1RT4A 3M8QA 1KFDA 2HNDA 3C6UA 4CEQA 3K58A 2ZE2A 1BI4B 2HHWA 3AVIA 1ZBIA 1JLAA 3MXJA 1GOCA 2Z1GA 4AHVA 2F96A 3AO4A 5SZTA 1SL1A 4KHSA 2QXFA 4CEZA 3DLEA 3KJVA 3SV3A 3SNNA 4M3RA 3KK3A 2G8HA 3KLEA 1BIUA 2DFHA 2XY8A 3NCIA 3L8BA 1VSLA 4FLUA 4CK1A 1NK0A 2P5GA 1HQEA 1L3VA 4LSNA 1L5UA 3V9UA 4KAZA 2IDOA 2QK9A 1EP4A 4GVMA 3K2PA 3P1GA 5KRTA 3VA0A 1KLMA 2X74A 2PZSA 3MECA 4B3OA 2XHBA 3I0RA 4IFYA 2RKIA 4DTOA 4GW6A 3F73A 2D0CA 1BI4A 1SV5A 3NGYA 2VG7A 3AVNA 3OYJA 5C24A 4DTPA 1NK4A 4W5RA 3NF8A 4ELTA 2OPQA 2YNIA 4J2AA 5E41A 4DTXA 4CFAA 3HT3A 2HVIA 1X9MA 4AHTA 2Y1JA 2OZSA 1YTAA 4I2QA 4ICLA 4CJSA 1CXQA 2EX3A 4J2EA 1C0MA 2PY5A 2KZMA 4NCBA 3OYGA 4CEDA 2HHSA 1ZBUA 3AO3A 4LY7A 3MEGA 3V9WA 1WN7A 4M3XA 3PO5A 3V1OA 3PUFA 4KO0A 4AILC 1RBVA 4BDPA 1FKOA 3AVAA 4XIUA 4N47A 1RTJA 1T03A 1RDCA 3AVCA 2W42A 3MXMA 2PYJA 2E6MA 2HHUA 4JS4A 3AA2A 3HJFA 1BIZA 1RCHA 3RRGA 4RW8A 4AHRA 3TAMA 3T19A 3ZSRA 4CJLA 1J54A 3O3GA 2XO7A 4BE2A 4DTSA 4BWMA 3HP9A 3QEVA 3KK2A 3RMBA 3UIQA 5I3UA 3S3MA 1RBUA 2IGIA 4IDKA 1KSPA 4CERA 3DYAA 3PY8A 2Z1JA 4CIEA 2WOMA 4MFBA 4CEOA 2KQ2A 3F9KA 4E1NA 1NK8A 1T8EA 3K59A 4CHZA 4FK4A 4KTZA 2I5JA 3VA3A 1N5YA 4J2DA 1J53A 4W5OA 4FW1A 1HMVA 1JLFA 5DK5A 1RILA 4CF9A 4CEEA 1RT6A 3OYCA 3NH0A 3OS2A 2IOCA 4DFMA 1TKTA 4CK2A 2EHGA 1JLEA 5T7BA 3H08A 1GOAA 4DF4A 1WSHA 2VG6A 4MQ3A 3M8PA 3C94A 1CZBA 1TVRA 1TL1A 4CEAA 4W5TA 5J2NA 2DFEA 3O4QA 1RT7A 4FW2A 3U6FA 1VRUA 3LPUA 4QCLA 2HB5A 3M8RA 2FBTA 4OLAA 3ZT0A 3QIPA 3OYEA 3B6OA 2D0AA 1C1AA 1S6QA 3ZT2A 4AH9A 3BGRA 4FJJA 4DSJA 3DRPA 1FXXA 1S6PA 4CJ4A 4C8KA 4B9SA 3DRRA 3EZ5A 3DMJA 1HQUA 1BISA 2B6AA 3OVNA 3V9ZA 4E7JA 3LANA 4HCBA 4FJKA 3AA4A 2QKBA 1ASWA 3NF6A 4OPKA 3D0PA 3HVTA 4CIFA 1BCOA 3CYMA 4ELUA 1TK0A 1QE1A 1S1TA 1NJWA 3WNEA 3KLFA 4OGCA 1XWLA 4KI6A 1IO2A 1IG9A 1BHLA 3CM5A 3VQ4A 4FM0A 4IG3A 3V81A 4KHNA 2YHAA 4Q5VA 1EXQA 3WNFA 1Z26A 3C95A 3SQ2A 4F2SA 4AHUA 1U47A 2YV0X 3KLGA 4HHTA 2D0BA 4OKKA 4DQSA 3SZ2A 1NJXA 2HHQA 1WAFA 4B9TA 1W0HA 3NBPA 3RR8A 3ZCMA 4DSIA 4CGGA 3KKRA 4CJUA 4OPJA 1Q8IA 3VQAA 3HPGA 4CHQA 3OYHA 3LZIA 4DFKA 4YFUA 3QEXA 1HYZA 4CK3A 4KPYA 3DLKA 2FC0A 4I7FA 2XRIA 4LH4A 4AHCA 4KHQA 4CFDA 4CJVA 3M8SA 1RTHA 4FJNA 1KTQA 4BE1A 3SQ4A 2WONA 3SQ1A 4B9LA 2OA8A 4KREA 1W9HA 1FKPA 4I9QA 1CZ9A 4C8NA 5CZ1A 1TKDA 4HUGA 4LD0A 3ZSYA 3QETA 3D45A 4BDYA 3QEIA 3TAGA 4DWIA 3V9SA 4FZYA 3AV9A 4KHUA 3AO5A 3RWUA 4M3ZA 2DTUA 4EP4A 5CY4A 3OYMA 2RPIA 3JSMA 5J2QA 1B9DA 4FLZA 4FVMA 3NFAA 4CECA 2KFNA 1XI1A 1O1WA 3IS9A 3AVKA 3NAEA 1NOYA 1X9SA 1S9GA 3OY9A 2P1JA 2IAJA 3ZT4A 2BANA 1QSYA 4CHOA 3O3HA 4HUEA 1EKEA 4FJGA 4FJMA 4PQUA 4F4KA 1X1PA 1D9DA 4FJLA 3AO2A 3OYLA 3MAQA 1NKCA 1Y97A 3ITHA 4CJ3A 1S1XA 4OGEA 1JL2A 1BQNA 4Z4CA 3O4NA 3VQCA 4DMNA 1WSIA 1F21A 1N6QA 1U49A 3LAMA 3HPHA 4DQQA 4FK2A 1TK5A 1HYSA 1WSFA 3RMDA 1BL3A 3T1AA 4CJFA 3LAKA 3QEPA 2XY5A 1TL3A 4KV8A 4RW6A 3HSTB 3ZT3A 4BWJA 3V9XA 1HPZA 2ETJA 4E7HA 4FJ8A 2VWJA 3AA5X 4DTMA 3FFIA 4NYFA 3K5OA 3VQBA 1CXUA 3VQEA 4E7KA 4LSLA 4FLTA 1TGOA 4CHNA 4CESA 2JLEA 3S9HA 3RMCA 1IKVA 3QNOA 3HP6A 4E7IA 3DLRA 4M45A 4DS4A 4B9MA 2HHVA 3ZSQA 2FBYA 3LP0A 3QNNA 1QQCA 1WSGA 4KI4A 4WE1A 4EZ6A 2AJQA 1NK6A 4DG1A 3IG1A 4E1MA 5J1EA 1NK7A 1ITGA 5KI6A 3OYKA 1EX4A 3QEWA 1S5JA 4CEBA 1NK5A 1RT5A 3KD1E 4M41A 2KZZA 4Q0BA 1B92A 2IC3A 5HBMA 4H4OA 3OJSA 4N41A 4KKOA 1RT2A 4OJRA 1L3TA 3AA3A 3AO1A 3RRHA 3B6PA 1VSIA 4DTJA 1VSFA 3KK1A 4FM2A 4DTUA 3TAPA 1RTDA 3NH2A 4B9UA 4Z4EA 2BGGA 1X9WA 4M3WA 4DU3A 1JLQA 2YNGA 3SPZA 1RBTA 4N5SA 4F3TA 4M3YA 4KTWA 1KVCA 4CJRA 1ZBHA 1VSDA 3EYZA 4DF8A 4NCGA 2GBZA 4H8KA 2Z1IA 1YVUA 4K8XA 2KFZA 3MEEA 4DU1A 3HYFA 4B08A 1U45A 4FJXA 2KW4A 3NHGA 1ZBLA 2X6NA 3DLGA 1NJYA 4BDZA 3RR7A 3QLHA 1KVBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KLNA 4FJIA 2E6LA 2X6SA 1IH7A 3MXIA 4LC9B 4B1ZA 1TAUA 2VWBA 2DY4A 3R3LA 3NMUA 3CFPA 4CJTA 3G25A 2AP1A 2HMIA 3KTQA 4FM1A 1K6YA 4U67L 3ULEA 3NDKA 4H4MA 4WYBA 3JYTA 2RF2A 4FL9A 3TWHA 1XC9A 5HOOA 2ZJQL 5KPRA 3A5NC 2UXCK 4FZXC 1JCEA 1WSJA 1BA1A 4A5AA 4TSXA 4CZLA 4BREA 3NGZA 2YNHA 3HSCA 4EIAA 3T1YK 3NGIA 3CC7N 3VOVA 3O1WA 1UAXA 1JLGA 4DLEA 1B9FA 3QB0A 4ELVA 4LH5A 1U6ZA 2Q0UA 1Z25A 1MWKA 4KH4A 2V7ZA 3NVMA 2G8VA 3AVMA 2ASMA 3AVJA 3OW2M 3OYAA 3RTVA 1RBRA 2GELA 4Y1CA 4CF0A 3E01A 2F8SA 4GV9A 2OYQA 1S1UA 3VQ6A 4DR3K 3U9DA 4DS5A 4X65K 1LOTB 1WUAA 1NK9A 2VWKA 5LMUK 3PX4A 3HL8A 3JXUA 3U3GA 1GLEG 3ATVA 1JKHA 1LWCA 1YUWA 4JLHA 1RTIA 2IS3A 3D2EB 4YHHK 5CYQA 4BQZA 1JXBA 2RN2A 2GUIA 3K5NA 3THVA 1NBWA 4DSLA 3HK2A 4O4GA 1XUPO 4WFNL 5JMVA 2NRZA 1P8ZA 3VQ7A 3UKUB 1DTQA 4UQGA 4CJ5A 1IKXA 5J2MA 4OPAA 2E8AA 4JRQA 3M6GA 4BY9C 1WLJA 3P38A 1J5EK 1BDGA 5KTQA 4BR7A 1SKWA 1KAYA 4L8RB 1U4BA 3EY1A 4OKEA 4DR7K 1LWEA 3VGLA 3TSPA 4E89A 1XHZA 2BE2A 3CCMN 2NUBA 1U04A 3UKRB 4B8CA 4OLBA 1VSEA 2Q36A 3V1RA 1TV6A 2FXUA 3TR8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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