3AVGA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Recombination/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avgA00
3OYHA 2XY6A 4MFBA 1T05A 1REVA 4C8KA 2KW4A 1S1UA 4E19A 4ID1A 4IKFA 4FJNA 4KHUA 2BANA 2YKNA 2KFZA 4CHOA 4GW6A 2ZE2A 1NKBA 1JL2A 1C1AA 4ZHRA 5HRSA 4EZ9A 1HQEA 4DLEA 1KFSA 3CM5A 1YVUA 3AO1A 5KRTA 3SUPA 2YHAA 3SI6A 4F8RA 3L2QA 3OYBA 1VSLA 4RW4A 2LSNA 3SCXA 4OVLA 5C25A 5HRRA 4DS4A 2VWKA 3L2RA 1C0TA 4OGCA 4W5RA 4DTSA 3THVA 1BL3A 3KJVA 2ITGA 3TARA 4L8RB 4CK2A 4IG0A 2KZZA 3AO4A 3B6PA 1LWEA 3CFOA 1RNHA 4N47A 3TAPA 2HHXA 3IG1A 3CYMA 1WSIA 4E7LA 1VSFA 3ULDA 3DRRA 4FK0A 2VG5A 3V9XA 1U49A 3K5OA 3K57A 2AJQA 1NOZA 4O44A 3VQCA 4PWDA 4CJFA 2Z1HA 3O4NA 4LSNA 1JL1A 3P5JA 3HT3A 4BDYA 4AHCA 3MXIA 4E3SA 1ZBUA 4Z4IA 1CXUA 4JRQA 4CHZA 5SZTA 2OA8A 3PUFA 5J2NA 3WNHA 3QINA 4CEAA 3AVHA 1TKDA 4CEEA 4CESA 3U6FA 3BGRA 2FBVA 3KLEA 4HVJA 1BQNA 1JKHA 2FBYA 4KB0A 3L8BA 4DU4A 3G10A 4KPYA 1L3TA 2NUBA 3NGIA 3DM2A 3TANA 5E41A 1D9FA 2F8SA 3E01A 2XY7A 3SYZA 2VWJA 3JYTA 2JGUA 2OPQA 2X6SA 3AVAA 3ZCMA 3HPHA 3M8PA 2R7YA 3RRHA 1VSKA 1UA0A 1T8EA 2G8FA 2HVIA 2FC0A 3AA5X 1NKEA 3OYFA 3DOLA 1RILA 5KGXA 3LDSA 4C8MA 3KIOA 1S6QA 4CFAA 1B9DA 2YHBA 4BE0A 3RWUA 3VQ5A 4CHPA 4CCHA 4E1NA 3SNNA 4FJ9A 1JLQA 1U4BA 1SL0A 1VRUA 1WSFA 4E7JA 4CJVA 1TKZA 4DQPA 2PYLA 1UA1A 3NAEA 1WSGA 4C8NA 4CJWA 2D0CA 1N5YA 2EX3A 3HXMA 5FDLA 4CGGA 1NJYA 4ID5A 4CIEA 4KHWA 4M3ZA 3HP9A 3D45A 3KLFA 1LWCA 2YKMA 1LAVA 4B9VA 1Q9XA 3QIPA 3NH0A 4O0JA 1BI4A 1WSEA 3NGYA 4CJSA 3TAMA 1D8YA 4PA1A 2IDOA 1TL3A 4NCGA 3QNOA 4FJLA 1GOBA 3CM6A 3HVTA 4KTQA 4O55A 3NF9A 4DMNA 1EXQA 3V1QA 3C6TA 1S1WA 3CFRA 3NH2A 4DQIA 4J2AA 2XY8A 2OPRA 4DTOA 1WSHA 1S5JA 4Y1DA 4B9UA 2OZMA 3QETA 4N41A 4ELTA 5FRNA 4K8XA 3RMAA 1VSEA 2ETJA 4CHQA 4KAZA 1L3SA 1ASVA 1RTHA 3AV9A 3AA4A 1CZBA 4EP4A 3L2UA 1NJWA 4PQUA 1VK0A 3L2VA 4CJTA 1VSJA 4FLXA 1BI4B 1RT4A 1UWBA 3H08A 4DU3A 1WAJA 1KVAA 3M8QA 3BDPA 2BGGA 1JLGA 3VQ9A 1BQMA 1G15A 4DSEA 3HYFA 2DFFA 3TR8A 4CJKA 1ZBIA 1W9HA 1NJXA 1C6VA 5DMRA 1QHTA 1MU2A 2VG6A 1IH7A 5SWMA 4NYNA 4AHTA 3LPTA 4CEBA 3DLGA 4DQSA 2HNDA 3CG7A 3RTVA 2GV9A 4FJXA 2ATQA 3TAGA 1T7PA 3LWLA 3DLBA 1HRHA 3VA3A 4FJHA 1RDCA 4DQQA 3TWHA 3SPZA 5J2PA 4GVMA 4LD0A 4FLVA 3SJJA 5HRPA 4N56A 4DTJA 3T1AA 2DTUA 3DLRA 4CHYA 1B9FA 5HROA 4FZXC 4F3TA 3TI0A 1KRPA 3CQ8A 4J2EA 1NK4A 4EZ6A 4OJRA 3OYCA 1FK9A 1TKXA 4DSFA 3PX0A 1QSYA 3LWMA 4W5NA 1QS4A 4CJLA 1BHLA 4CIFA 3KKSA 5HP1A 4C8OA 2O4IA 2D5RA 4GMJB 3DMJA 3OS2A 4OPJA 1KCFA 4CF2A 5C24A 1BCMA 3ZSZA 5J2MA 4QCLA 3HPGA 1KFDA 4FZYA 1IKWA 3AO5A 2Z1JA 4N76A 4IG3A 3VA0A 4B3OA 1EP4A 2RN2A 5HRNA 3I8DA 4LH5A 3L3VA 4I9LA 4CEOA 1A5XA 1D5AA 4DFJA 4BE2A 1TV6A 4IDKA 4Z4HA 3K5NA 4DF4A 3NBPA 2XRIA 2HMIA 3PO5A 3KKRA 1EETA 4HTUA 2QK9A 2F8TA 1RT7A 3LANA 4HCCA 4CEQA 3OYEA 4KREA 4B8CA 1DLOA 1QQCA 1HPZA 4DQRA 3QIOA 3OJSA 2XO7A 1NOYA 2PYJA 4KHNA 4F2SA 4C8LA 3F73A 3HO1A 4DFPA 3TAFA 2Y1IA 2G8WA 4DSJA 4FZZA 3MAQA 1Z25A 1L3VA 3M8RA 3I0SA 3SV4A 3CFPA 3K5LA 3ZT1A 4M41A 2F96A 4OKKA 1JXBA 4E7IA 3S9HA 1XC9A 3NF6A 5JS2A 1NK8A 4FYDA 4M3UA 3QERA 1BCOA 1LAWA 4ELUA 1C0MA 4DG1A 3SUNA 4KKOA 4HHTA 5I3UA 1S9GA 4W5QA 1RBVA 2HW3A 3LP1A 1WN7A 1WAFA 1NJZA 2P5GA 3KD1E 4FXDA 2JLEA 1BGXT 2P51A 3LZJA 2PY5A 4F2RA 4I9QA 4FW1A 4KFBA 1CXQA 5EU7A 1RBTA 3KTQA 1X9MA 1HYZA 3AVGA 4W5OA 5FRMA 3NFAA 4JLHA 3V9UA 3OYJA 3VQQA 1CLQA 4BWMA 1C0UA 4M3YA 2HNYA 1RDAA 1KVCA 3ZSYA 4B9TA 2FBTA 3QEPA 5I42A 2HHVA 4Y1CA 4FJGA 1U04A 3HM9A 2O4GA 2E4LA 2RKIA 2Z1IA 4DSLA 1TVRA 3HJFA 2ZD1A 4KI4A 4CJRA 4O5BA 1J5OA 4E7KA 3QEIA 3RMDA 1NK6A 4CERA 3VQ6A 3LALA 2IGIA 2I5JA 3KLHA 1LW0A 2IS3A 3KK3A 4OPKA 2A1SA 1GOAA 1S1VA 2XHBA 3M8SA 3T3FA 1KVBA 1GOCA 4CJ3A 1Y97A 4BDPA 1HJRA 4DTMA 1NK7A 2HVHA 1FKOA 1YT3A 3DLHA 3DLKA 4FJ7A 3SQ4A 3AVIA 3S3NA 4K8ZA 3OYKA 2OZSA 4NCBA 1J53A 4EP5A 3OYIA 4WE1A 1TK0A 4HUFA 4CJEA 1DTQA 1RT2A 3HSTB 1C1CA 3DLEA 1SL2A 3MECA 4DTNA 3ZT3A 3OS1A 1Q8IA 4DTXA 3S3MA 4AILC 4CHNA 4RW6A 3OYMA 2D0AA 3PY8A 5D3GA 3VQDA 1JLCA 4HCBA 5J1EA 4M3RA 1IKYA 1DTTA 1ZBFA 1XHZA 3K59A 1TK5A 3S3OA 1VSDA 3AVKA 4Z0UA 5CYMA 3NE6A 4OKJA 2FBXA 1HQUA 2QKKA 1ITGA 4I2PA 1SUQA 3FFIA 1NK9A 4DWIA 1FKPA 3V9SA 1O1WA 3ZT4A 4B9MA 4DS5A 4CF9A 2A1RA 4H4OA 5CZ1A 3AO3A 3TABA 4M42A 4KV8A 1TKTA 1VSHA 3OYNA 2G8KA 3SQ2A 1EKEA 2DFHA 4AH9A 3VQPA 1I3AA 4JS4A 2BE2A 3MXMA 4N5SA 4HUEA 1R0AA 1TAQA 3KLIA 1J9AA 1EX4A 1TL1A 2HB5A 3ZT0A 5CY4A 3ZSVA 1W0HA 3L2WA 2BDPA 1TK8A 3OYLA 5FROA 4F3OA 1RTJA 4FLUA 4CGHA 4M3WA 3WNFA 4CK3A 3ZT2A 4QOZB 4TSXA 4FLZA 2KZMA 1RBUA 1KSPA 3OYAA 2YNGA 1XWLA 3O3HA 5T7BA 4B9NA 1JLFA 3SQ1A 3K2PA 1ASWA 5HLFA 3HPOA 4H4MA 3T19A 3VN5A 4I7FA 3SZ2A 4DTUA 1X9SA 3ZSXA 3K58A 3C95A 2ZQBA 1IO2A 3V4IA 2DY4A 3AVNA 4I2QA 3AVCA 3IS9A 4XIUA 1SKWA 3MEEA 4OGEA 1HYVA 4CEDA 1RDBA 4Z4FA 3JSMA 4J2DA 4CFCA 4KHYA 4PY5A 3AVLA 4ELVA 1BIUA 3EYZA 3B6OA 4CIGA 4DF8A 4FCYA 4CF8A 4E7HA 1RT3A 1LWFA 2Z1GA 3ITHA 2OYQA 4KB1A 1QE1A 4OKEA 4KRFA 2HNZA 4OLBA 1SV5A 1Q9YA 3QO9A 5HBMA 3ZSQA 1SKRA 1FXXA 1QSLA 1C1BA 1X9WA 3VQ8A 1SKSA 2P5OA 3I0RA 4RG8A 2QXFA 1Z26A 3DOKA 4O4GA 1K6YA 3OS0A 4KTZA 3V9ZA 1NK5A 3AVJA 1LV5A 4E89A 4ZTJA 4CGJA 2RF2A 3OY9A 3HK2A 4JRPA 4KTWA 2E6MA 2X74A 2KTQA 1ZYQA 1U45A 1HYSA 1F21A 3EY1A 4BE1A 2HHTA 3OYGA 4JS5A 4CE9A 1T03A 3L3UA 1IKXA 4QAGA 3AO2A 3V81A 4E0DA 4DU1A 1KTQA 3LPUA 4KHQA 2G8UA 3TAEA 2X6NA 3V1RA 1CZ9A 3UIQA 2HHSA 4FLYA 2YNIA 1JXEA 5KTQA 4FLTA 4FJJA 2WOMA 3LP2A 1WSJA 3ISNC 4ICLA 4FJ5A 1RT6A 1XI1A 3PO4A 4FJKA 4FK4A 4AHRA 4AHSA 4FLWA 4KHSA 1I39A 2OPPA 4Q0BA 2YNHA 4NCAA 3WNEA 1QSSA 2PZSA 1WNSA 1RDDA 4FM1A 2B4JA 4CGIA 3DI6A 5KGWA 3IRXA 4W5TA 1UAXA 3EZ5A 2X78A 4Q5VA 4ZTFA 1IKVA 1HNIA 3V1OA 4Z4GA 3TAQA 4H8KA 4CEZA 1L5UA 3MEGA 4IFVA 4R5PA 4KI6A 2RPIA 3QEWA 3HVRA 3G0ZA 3VQBA 3LZIA 3O4QA 4CJQA 4B8AB 4DFKA 4CJ5A 3KK1A 3SPYA 3NCIA 1LW2A 4PUOA 3NH1A 4MQ3A 1VSMA 3MXJA 4BDZA 3VQ4A 2W42A 4YFUA 4DSIA 2DFEA 4FM2A 3V9WA 5JS1A 4CF0A 3MEDA 3O3GA 2KFNA 1S6PA 3QNNA 1A5VA 1ASUA 3OVNA 3RR7A 1WLJA 3F9KA 1QTMA 1JLAA 4G1QA 1TGOA 3V6DA 1BIZA 3U3GA 3SUOA 1A5WA 5K14A 3QEVA 2G8HA 2YNFA 3AVBA 3P1GA 1HNVA 3DRSA 3LAKA 3LAMA 4J2BA 4BWJA 3RR8A 3SQ0A 3U3YA 5CYQA 3NGZA 1X1PA 4FK2A 2P1JA 2QKBA 3A2FA 1RT5A 4M45A 2EHGA 3K5MA 2HHQA 3NDKA 2GUIA 3ZSRA 3C94A 2VG7A 4CECA 3HP6A 3D0PA 2Y1JA 4RW9A 3DRPA 3LP3A 4DTRA 4IFYA 1U48A 4DLGA 3AVFA 2IC3A 1B92A 3WNGA 4AHUA 1L3UA 1SL1A 1KLMA 4E1MA 3PV8A 1KLNA 4LY7A 3ALYA 3VQAA 3VQEA 4OLAA 2IOCA 2HHUA 1YTUA 1RTDA 1RCHA 4Z4EA 1VRTA 2Q3SA 4CF1A 1RBRA 4CFDA 1J54A 2D0BA 3AVMA 3DYAA 3PX6A 2B6AA 5KI6A 4RW7A 4NYFA 1JLBA 1RT1A 1UOCA 5DK5A 3OYDA 3RMBA 4F4KA 3ASMA 2OPSA 4KO0A 3KK2A 3C6UA 3SUQA 4LH4A 1NK0A 3AA3A 3QESA 4FJMA 1VSIA 4CK1A 2G8IA 4IBNA 2GBZA 4FW2A 3ZSWA 2WONA 4UQGA 4DFMA 3NF8A 4CJUA 3SV3A 2XY5A 4B9SA 4AHVA 1D9DA 3P83D 4M3TA 3LP0A 3NF7A 4CJ4A 1RTIA 1RBSA 4CFBA 3KLGA 1NKCA 3QEXA 5CZ2A 2B5JA 5C42A 1BISA 4FVMA 2YV0X 4BACA 4DSKA 4M3XA 4CJPA 4CGDA 4HUGA 1XHXA 3O3FA 1JLEA 2G8VA 4B9LA 3KD5E 3AA2A 4FJIA 1S1XA 1TAUA 3HL8A 5J2QA 1N6QA 2HHWA 5KRSA 4Z4CA 3PX4A 3QLHA 2E6LA 3RMCA 1ZBHA 4RW8A 3VQ7A 3RRGA 4CEFA 1S1TA 4YNQA 3ZSOA 4FM0A 1U47A 1YTAA 3OJUA 4O0IA 1ZBLA 4B08A 4CGFA 3NHGA 4DTPA 4LSLA 1IG9A 1HMVA 3IAYA 2KQ2A 1S9EA 2IAJA 4FJ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5B8HA 3OYHA 1T05A 4E19A 4FJNA 3GBTA 3M5RA 2BANA 2ZE2A 3R6MA 1NKBA 3CPEA 1C1AA 5HRSA 1KFSA 2FSKA 2VQFK 4B9QA 1XMOK 2D4WA 4OVLA 5HRRA 4DS4A 1M90O 4OGCA 3THVA 3KHYA 4CK2A 2KZZA 3L6QA 4U67L 3AO4A 1LWEA 4N47A 1RNHA 1EWQA 4YOTA 4FK0A 1QZ5A 3V9XA 3DXKB 3K5OA 3WXJA 2YCHA 2AJQA 3VQCA 3MX2A 3H46O 4JHDA 3FZKA 3P5JA 4BDYA 4AHCA 3WXKA 4E3SA 4Z4IA 5J2NA 4CEEA 4IJNA 3SAHA 4BG9A 3KLEA 2UXCK 4KB0A 4DU4A 1NG9A 3EKSA 3DM2A 2ASPA 3E9OA 2VWJA 2OPQA 3HPHA 3D2EB 3CF5L 1IG8A 2Q31A 3OYFA 4MO5A 1WBBA 5KGXA 2ITMA 4CFAA 3VF4A 1U4BA 1Q82O 1VRUA 3NAEA 1WSGA 4C8NA 2D0CA 5FDLA 4XH5A 1HLUA 4KHWA 3D45A 1HNXK 1LAVA 5GAEP 4B9VA 3FZFA 4FWNA 1Q9XA 3QIPA 5GIOA 3NGYA 4IOAL 2ASOA 1YXQA 4IJAA 2IDOA 3O5BA 4PA1A 3QNOA 3CM6A 3LDPA 3HVTA 1VAZA 3ZLJA 4A5AA 1BO5O 3OHRA 4DQIA 4DV4K 2W6KA 4JKFA 3VOVA 4H5RA 4Y1DA 2E1YA 3QETA 4N41A 3T1HK 4JKDA 2ETJA 4CHQA 1RTHA 1GLFO 3CJCA 1CZBA 4B1VA 1RT4A 2VYPA 3QFUA 1WAJA 2P9SB 4DSEA 3HYFA 1BDGA 2YI1A 5TKYA 3DWLA 4WCEL 3K9KA 1V4SA 3TAGA 3GDQA 1HRHA 3DLBA 4DQQA 1ZBSA 4KH6A 3SJJA 2WBNA 1GLCG 2DTUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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