3AVHA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avhA00
2R7YA 2EHGA 3OJSA 3HM9A 3IRXA 4FXDA 3KK2A 5EU7A 3HPHA 2QKKA 2OZSA 4IBNA 2O4GA 4I7FA 3DRRA 3SQ2A 3EZ5A 3ISNC 2YV0X 1MU2A 4XIUA 4B9NA 2G8WA 2X78A 3AO5A 2FC0A 4KKOA 2HHXA 4DLEA 3OYIA 4E19A 3LDSA 4GVMA 3OYDA 3RR7A 1WLJA 1SUQA 1KVAA 4CJWA 1NJZA 3L8BA 3LALA 3HVRA 4KFBA 3NE6A 2GUIA 4BWJA 3RMAA 4E7JA 4DS4A 4F8RA 1JL2A 4IDKA 1TK8A 3D0PA 5CZ2A 1BIZA 4OGCA 4BWMA 1SV5A 1CXUA 4N56A 3NCIA 4FJIA 3O3FA 4N5SA 3HO1A 3SQ1A 1L3UA 1RDBA 1FKPA 4C8LA 2XO7A 4CJ3A 1XC9A 1Y97A 1NK8A 3TAGA 3DLGA 3TR8A 4CJUA 3QNOA 1NJXA 1B92A 4J2DA 3MXJA 4CJSA 1LV5A 3DI6A 2IC3A 3G0ZA 4M42A 4Q0BA 1HJRA 2KQ2A 4FLWA 4HUEA 1KCFA 1D9FA 5HLFA 4DSFA 1IH7A 2IS3A 1LWFA 3ZSXA 1X9MA 3AVHA 5FRNA 4CJ5A 1FK9A 3AO3A 4AHSA 4CF2A 1YTAA 3NF8A 5J2PA 4FJ8A 4BDYA 3TWHA 3SV3A 4H4OA 4KHSA 3AVBA 1QQCA 1TL1A 3KD1E 1BCMA 4DTRA 1WSHA 3HK2A 4CJ4A 4DTJA 3QNNA 1TGOA 4CHPA 1YVUA 4FVMA 4CEAA 4Z4HA 1U4BA 1N6QA 4FLXA 4K8XA 4N76A 1J53A 1G15A 3SJJA 2HVHA 2WONA 3OY9A 3VQDA 3DM2A 1JLGA 3K5LA 4E1MA 4M3WA 3G10A 3U3YA 4CE9A 3PX0A 3MEGA 2IDOA 3KKSA 1HRHA 2OPQA 3SQ0A 1NOYA 2Z1HA 1HNVA 4H8KA 1U48A 3RMDA 3OYHA 4CGDA 2OPPA 1NJYA 1NOZA 1RCHA 3DLRA 1TKXA 4BE2A 1LWCA 2QKBA 3V4IA 4DTUA 4RW7A 4CEDA 2HNYA 3ZSYA 5KRTA 4E7HA 4KREA 2YHBA 1WSIA 1WNSA 1TK5A 1LAWA 1S6QA 4BDZA 5FROA 2G8HA 1KRPA 4OLBA 3OYBA 3JSMA 4M3TA 4AH9A 5FDLA 3ZSOA 5KGXA 4F4KA 1ZBIA 3LPUA 4IG3A 3B6PA 4CJEA 1EETA 3EY1A 3AV9A 4HVJA 3OS0A 1QSSA 4C8OA 4DSIA 1EX4A 3OYCA 1IKWA 1VK0A 4IFVA 4DU1A 3F73A 3L2QA 4HCBA 2RPIA 1LWEA 3V81A 2HNDA 3CQ8A 3K57A 1IKVA 3SUPA 4KHWA 1BHLA 3ZT1A 3TAQA 2HVIA 3V1RA 1HMVA 1RT7A 1RBVA 2ZD1A 2NUBA 3OYMA 1FKOA 3HPGA 4FW1A 4I9LA 3AVNA 4JLHA 4O44A 4OKKA 3WNFA 4CFDA 4E3SA 4ICLA 2XY7A 4FJ9A 3AVAA 3VQQA 5C42A 5SWMA 3SPZA 3PO4A 4DWIA 3V9WA 3DLHA 1BQNA 1KVBA 4DF4A 3LP0A 1ZBHA 3KLFA 2PYLA 3PO5A 4PA1A 1JLAA 4HHTA 1S9EA 1ZBLA 4O4GA 3ZSWA 2DY4A 2DFFA 1TL3A 4DTPA 3K5OA 3LWLA 5I3UA 3L3UA 1QE1A 4B8AB 1T05A 2HHQA 3V1QA 5DMRA 1D8YA 4FJNA 3QIOA 2XHBA 1U04A 4JRQA 1RT3A 4OLAA 4GW6A 2YNHA 1DTQA 3V9ZA 5J1EA 2YHAA 3DOLA 1L3TA 4O0IA 1UOCA 1VSKA 3HT3A 1Z25A 1SKSA 3CFRA 1CZBA 1XI1A 1S1VA 3TANA 4F2RA 4L8RB 1RBTA 2G8IA 1JL1A 4DFJA 4CJTA 1WSGA 1ZBFA 1UA1A 4B3OA 1O1WA 2BDPA 1DTTA 4KHNA 1RNHA 2ZQBA 1NK4A 2HMIA 2PYJA 3V9SA 3HXMA 4H4MA 2BANA 3LP1A 1C1CA 2HHUA 3SCXA 1HQEA 1NK6A 1ZBUA 1VSJA 4DFPA 3SUQA 2VG5A 1A5WA 1EXQA 3IS9A 3NBPA 1RDCA 3ZT3A 1EP4A 3FFIA 1B9FA 4FJXA 4KB1A 4YNQA 1U47A 3PY8A 1YTUA 1L3VA 2HB5A 4FZXC 1X9SA 4DTSA 3ZSRA 1VRTA 2FBVA 5HRRA 1S6PA 1KVCA 1REVA 4DSEA 4I2PA 3ZT2A 4KHYA 5FRMA 3KKRA 3VQ7A 4NCGA 2FBTA 2GV9A 4RW6A 4DQQA 1GOAA 3OS2A 2YNFA 2G8FA 4KHUA 1VSDA 4IG0A 4F2SA 4FJHA 5C24A 3VQAA 5KTQA 1RBUA 4MFBA 1RTHA 3P83D 4E89A 1D9DA 4I9QA 1I3AA 3OJUA 3OYGA 1TAQA 1HPZA 3SUOA 1BL3A 4KO0A 5K14A 1S1WA 4Z4CA 1SL0A 3SUNA 3VQPA 1T03A 2P5OA 2XY6A 3CM6A 3I0SA 1BI4B 2P1JA 1RT4A 4CGJA 4E7IA 3OVNA 5E41A 2F8TA 3QEXA 2OA8A 3DLBA 3QO9A 4DQPA 1TKZA 4CIFA 4FJ7A 1CZ9A 3QEWA 2KW4A 2X6SA 4JS4A 3RMCA 2D0AA 3O3GA 3ZSQA 1NK9A 2VWKA 2XY5A 4W5RA 4KHQA 1A5VA 1QSLA 1IG9A 4FM2A 1Q9XA 1KFDA 3VQ8A 3QINA 1R0AA 1JLFA 1ASVA 3NF9A 2IOCA 4ELTA 1JLQA 3LAMA 4CJPA 1BQMA 4CK3A 3K2PA 4DFMA 3V6DA 4EP5A 3AVMA 2A1RA 2JGUA 2OYQA 1JLBA 3JYTA 1QHTA 3TABA 4QOZB 3VQ5A 1CLQA 1NK0A 4W5TA 3ALYA 4O55A 1X1PA 4CK2A 1SL2A 4W5OA 2RF2A 3ZCMA 1C1BA 4B9UA 4HCCA 1ZYQA 1WSFA 4LSNA 4CF1A 3AVLA 1RTIA 1UWBA 4JS5A 4W5QA 4DTOA 2E6LA 3UIQA 2EX3A 3AVGA 3AA2A 5DK5A 2BGGA 4FLVA 3KLIA 2E4LA 2HHVA 1VSMA 3VQ4A 3QEIA 1C6VA 3ASMA 4RW8A 4FLUA 3LANA 1LW2A 3C94A 4DQRA 3RTVA 3VA3A 3KLEA 4Z0UA 4RG8A 4B9MA 1HYVA 1LW0A 5CYQA 1CXQA 4CEQA 4E7KA 1C0UA 4Y1DA 4KAZA 1YT3A 4NCAA 4AHRA 5SZTA 2KZZA 2YNGA 4B9SA 2P51A 2RN2A 3VQCA 5JS1A 1KTQA 1RT6A 3VQBA 4Z4GA 3OYKA 4EZ9A 2E6MA 4OKJA 1RTJA 4Q5VA 3ZSVA 4HTUA 1JKHA 4Z4EA 4IFYA 1Q8IA 1J9AA 4FJJA 4PUOA 1XHZA 1JXEA 4BDPA 1RBRA 2ZE2A 3OYJA 4M3YA 2KFNA 4DU4A 4CIGA 1WSJA 3CYMA 3PV8A 4FW2A 3WNHA 4CJKA 3NH2A 2ITGA 4HUGA 4CESA 3L2WA 4FK4A 4W5NA 3LWMA 1VSFA 1QS4A 3KJVA 4FJLA 2Q3SA 4FLYA 3QERA 3WNEA 5CZ1A 5KGWA 3QLHA 3RR8A 3AA4A 4ID1A 3HPOA 1C0TA 3M8QA 4CGIA 4NYNA 3TAEA 1T8EA 2HHTA 4O5BA 4AHTA 1NKEA 3IAYA 1TKTA 1ASWA 2D5RA 2XRIA 3K58A 1NKBA 4FK0A 4NCBA 2HHSA 3TARA 4C8NA 3ZSZA 1Q9YA 3L2RA 2O4IA 1VSIA 2KFZA 4CJVA 3CFOA 2DTUA 4B08A 3HSTB 4KV8A 3S9HA 1NK7A 3NGYA 2W42A 3KK1A 4B9VA 2F8SA 2OZMA 3O3HA 2JLEA 3TAMA 2Y1JA 4KI6A 3MAQA 3CG7A 1ITGA 3NGIA 1UA0A 1S1UA 4OJRA 1WN7A 2VG7A 4DQIA 2B4JA 1GOBA 4DFKA 3TAFA 3S3MA 2WOMA 3D45A 4CEFA 2IGIA 3SPYA 4JRPA 4GMJB 4DQSA 3RWUA 3DYAA 3E01A 2PZSA 2YNIA 2FBXA 4E7LA 4J2EA 1LAVA 3O4QA 4DG1A 1S1XA 4IKFA 1UAXA 4CFAA 3MXMA 2KZMA 1J5OA 4DSLA 3M8RA 2Y1IA 3THVA 1RBSA 3DLEA 4CJFA 3L2VA 3K5MA 3PX6A 3SNNA 4B8CA 1A5XA 4OPJA 4F3OA 3MEEA 2QK9A 3NGZA 2KTQA 4AHVA 2X6NA 1RT5A 1W9HA 3VA0A 4M3ZA 4EZ6A 3V1OA 4OVLA 3M8SA 5CY4A 1TKDA 2D0BA 1WSEA 1RILA 3DLKA 1F21A 3MECA 1U49A 2HNZA 4CEEA 2LSNA 4E1NA 2Z1IA 2D0CA 4CHZA 1XWLA 4N41A 3K59A 4PQUA 1BGXT 3KTQA 3AVFA 4CHQA 3KK3A 4KB0A 1IKXA 4ZHRA 5D3GA 3SV4A 1TV6A 2ATQA 4DU3A 1L3SA 4CK1A 4QAGA 5T7BA 4YFUA 1RT1A 3QETA 3HVTA 3P1GA 1I39A 4FM0A 4RW4A 3AO1A 2FBYA 1VSHA 2IAJA 3OYLA 3P5JA 3EYZA 4FLZA 3SI6A 4KTQA 4CEOA 3I8DA 1S9GA 3LPTA 4UQGA 4BE1A 4CGHA 2HW3A 4B9LA 3KLHA 3OYFA 4E0DA 4O0JA 1SKWA 3C95A 4FCYA 5I42A 4DTXA 1XHXA 4R5PA 5KRSA 2B6AA 4M41A 3ULDA 2XY8A 4AHUA 1SL1A 1BIUA 3NDKA 1NJWA 4FJMA 4LY7A 2HHWA 1RT2A 3V9XA 1JLCA 5HRSA 3RRGA 3PX4A 1WAFA 4EP4A 2I5JA 1JXBA 4KTWA 3BGRA 4B9TA 3NF6A 1TK0A 3LZJA 2AJQA 4TSXA 4PY5A 4M3RA 1ASUA 4AILC 3TI0A 4BACA 3VQEA 3NHGA 5HP1A 1L5UA 4Y1CA 2ETJA 3M8PA 1VSEA 3ZT0A 3I0RA 4CJRA 4I2QA 5C25A 2G8KA 2PY5A 4FYDA 4FJ5A 3AA5X 3C6TA 1TVRA 1WAJA 4LH5A 3OYEA 4Z4IA 1BI4A 3NFAA 4CECA 4CERA 3AVJA 4DSKA 3QEVA 4CEZA 3T19A 3KLGA 4ZTFA 4CJLA 1FXXA 4OKEA 2RKIA 4QCLA 1D5AA 1JLEA 3VQ9A 1KLNA 3OYNA 4CHOA 4G1QA 3H08A 2P5GA 3NF7A 3O4NA 4LD0A 4F3TA 3OS1A 2B5JA 1B9DA 1HYZA 2OPRA 3AVIA 4CEBA 2YKMA 3NH1A 1K6YA 4CFBA 5J2NA 3KD5E 4M3UA 3NAEA 4HUFA 3U6FA 3T3FA 3AA3A 3SYZA 3L2UA 3AVCA 1IKYA 1S5JA 2YKNA 4BE0A 3U3GA 2G8UA 4J2BA 1T7PA 4FM1A 4ID5A 4C8MA 3VN5A 1KSPA 3PUFA 4LH4A 5HRPA 1J54A 3S3NA 3DRSA 4NYFA 3HP6A 3QIPA 3ZT4A 4DSJA 1TAUA 1KFSA 3QEPA 4C8KA 4CJQA 4DS5A 3BDPA 1VSLA 2DFEA 3HJFA 4FZZA 4CF8A 3AO2A 3T1AA 2DFHA 3B6OA 4M3XA 1HNIA 4CGFA 1S1TA 5KI6A 1X9WA 2Z1GA 4ELUA 4CGGA 1RTDA 2A1SA 1IO2A 3WNGA 4ELVA 4K8ZA 3DRPA 2BE2A 3TAPA 4FK2A 5HBMA 1DLOA 2OPSA 5HROA 3OYAA 3IG1A 4KRFA 2G8VA 3LP2A 1VRUA 5CYMA 4DLGA 4CCHA 4FZYA 3V9UA 4J2AA 4KTZA 3DMJA 3LAKA 2QXFA 1RDDA 3K5NA 4AHCA 1HQUA 3RMBA 1Z26A 1GOCA 1N5YA 3VQ6A 4Z4FA 2F96A 3C6UA 4RW9A 5JS2A 1QSYA 1BCOA 2X74A 3LP3A 5J2QA 4N47A 3AO4A 3KIOA 4FJGA 4PWDA 1C0MA 4CHNA 3MXIA 3HYFA 3NH0A 3QESA 1U45A 3SQ4A 5HRNA 4LSLA 2Z1JA 3CM5A 4MQ3A 4CF0A 4OPKA 4KPYA 4WE1A 4DF8A 1NK5A 1RDAA 1W0HA 4FLTA 2GBZA 4M45A 4DTMA 1BISA 3AVKA 1EKEA 4OGEA 4DMNA 1QTMA 1HYSA 4CF9A 5J2MA 3RRHA 3F9KA 3HL8A 1KLMA 3HP9A 3SZ2A 2VG6A 3CFPA 4FJKA 3MEDA 4CFCA 2VWJA 4KI4A 3ITHA 4CIEA 3A2FA 4ZTJA 3L3VA 3LZIA 1SKRA 1C1AA 1NKCA 3S3OA 4CHYA 3DOKA 4DTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLBG 2GELA 3H45C 4CD3A 5EU7A 2QKKA 2OZSA 4BVOA 1FW6A 4XIUA 5A2QO 2G8WA 4B9NA 3AO5A 4QS7A 2FC0A 3DXKA 1TUYA 4GVMA 3OYDA 4WFNL 4FWQA 3WT0A 3HI0A 1NJZA 3L8BA 3HVRA 1I94K 2GUIA 4BWJA 3Q7CA 2OTLN 4DS4A 4F8RA 1JL2A 1OH7A 3D0PA 5CZ2A 4BWMA 4OGCA 4N56A 1SV5A 3O9QA 4DV7K 3BF3A 3Q7BA 1FKPA 4NXMK 4J2DA 1NJXA 4WFAL 1LV5A 4I6MB 3MX2A 2KQ2A 3O6WA 4HUEA 1KCFA 2GWJA 1Q81O 4DQ8A 1X9MA 5FRNA 2P9IB 4WYBA 1YTAA 2NRTA 3T69A 1VHXA 3MN7A 3OW2M 3AVBA 1BCMA 3VTHA 1VQ9N 4DTRA 1CZAN 3EO3A 3QNNA 1TGOA 4CHPA 4Z4HA 1N6QA 4MDBA 5FLXO 3UKUA 1JCFA 2A40A 3WQTA 3SJJA 2WONA 3O80A 4DV6K 3VQDA 3DM2A 1JLGA 2J4RA 2V51B 4KH5A 3G10A 1RDUA 3PX0A 2OPQA 1HKCA 1W2BM 2CH5A 1NOYA 4FWMA 4H8KA 4YY3K 3RMDA 4CGDA 2Q36A 4BE2A 2CGJA 2E20A 5I9EB 4DTUA 4RW7A 5KRTA 4I6MA 4E7HA 1YHQN 1GLLO 1WSIA 1WNSA 1TK5A 4BDZA 4OLBA 5AZIB 5FROA 1R59O 3ZSOA 5KGXA 4JNEA 4YOYA 3AV9A 4HVJA 1BU6O 4DSIA 4HCBA 3F73A 3L2QA 3V81A 4H5WA 5BREA 3UE5A 3SUPA 3NVMA 5AQJA 3I8BA 1FKOA 3WNFA 4FJ9A 4ICLA 2XY7A 3SBTA 3VQQA 4JD2A 3V9WA 2VGMA 1ZBHA 2E1ZA 4O4GA 2CGLA 3K5OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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