3AVIA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3aviA00
1HYVA 3RMBA 1JLFA 4BE2A 1CXUA 4Y1CA 1S1UA 2IC3A 3TR8A 1D5AA 3CQ8A 3QNOA 4KTQA 2G8FA 3PY8A 4CGHA 1NKBA 1BISA 3P83D 2KW4A 1IKWA 3O4NA 5CZ1A 4CJRA 3LZIA 1NOYA 4JRQA 3EYZA 4KO0A 3RR7A 4KFBA 2E6MA 1TK0A 5FDLA 3HPOA 4DF8A 4AILC 4FLWA 3NF6A 4QAGA 1RTIA 4FJHA 4Q0BA 3VQPA 5J2QA 1L5UA 3DRPA 2YNHA 3F73A 4IKFA 4K8ZA 1KLMA 3ISNC 3DOLA 4M3XA 1NKCA 4FJGA 1RBVA 4FLUA 3DLHA 4W5TA 4I7FA 1UOCA 3FFIA 2DY4A 3DYAA 1SL0A 2HB5A 5I3UA 4H8KA 3L8BA 1KVAA 4OVLA 4GVMA 1LWCA 2KFZA 3DOKA 1ASWA 1S9GA 5E41A 1JL2A 3C6UA 3AA5X 3G0ZA 1RT6A 2OPSA 3AVBA 1RBRA 4NYNA 1QQCA 2D5RA 4DTMA 4JS4A 4F3TA 5CYQA 4FJJA 3AVKA 1U47A 3SQ0A 1C0TA 4LSLA 5CYMA 5C24A 4CGIA 4EP5A 3ZSYA 2VWJA 2PYLA 3VQ4A 3OYNA 4DTUA 1D9DA 4KHYA 4CJ3A 3AVGA 4HTUA 4KB0A 4J2BA 3L2QA 5JS1A 2OPPA 2HHUA 1X1PA 3SV3A 1C0MA 3K5MA 3MXIA 4CJPA 1HQEA 4OKKA 3OYIA 4XIUA 3ZSOA 4DU1A 3V9XA 1XHXA 3AV9A 4IDKA 4C8NA 2HHSA 4QCLA 4AHTA 3OJSA 2Y1JA 1B9DA 1VSDA 2Y1IA 3U6FA 4IG3A 4E7LA 1ZBHA 3TAFA 3ULDA 3K2PA 4FM0A 2QKBA 3RMDA 3AO1A 4CGFA 1Q9XA 4ELTA 5HRRA 3PO5A 5EU7A 1HMVA 3I0SA 4CJTA 3V81A 4C8MA 3HSTB 2Z1IA 4CGDA 3OYDA 3IAYA 4J2EA 4KHSA 4E1NA 1ASUA 3KJVA 3HP6A 4CK3A 1SL2A 4C8KA 2QK9A 3V1OA 4BDZA 4BE1A 4AHSA 2WOMA 4RG8A 3ALYA 1Z25A 2B6AA 2QXFA 3V6DA 3HJFA 3S3OA 2O4IA 3V4IA 3TARA 2W42A 4FYDA 4IG0A 4LSNA 1Q9YA 1Y97A 4CF9A 3VQAA 3EZ5A 3S9HA 3T19A 5DK5A 1RT1A 1L3TA 1S1VA 3SI6A 2X78A 3DI6A 1TKXA 4ID5A 5SWMA 4BWMA 4CIFA 3OYBA 4AH9A 2XY7A 1WAJA 2XY6A 3HK2A 4DWIA 2IGIA 3LPUA 4M3RA 2RKIA 1REVA 4Z4HA 3KLFA 4O5BA 3L2RA 4B9MA 1TV6A 4BACA 4EZ9A 1NK9A 1C1BA 4PUOA 3LP2A 2LSNA 3RRHA 1BI4A 1JLQA 3AA4A 4BE0A 3RR8A 4ELUA 3UIQA 4I9QA 2DFHA 1LW0A 1WAFA 1X9SA 1FKOA 1QSYA 3PX4A 4HVJA 5T7BA 3SPZA 4CF8A 2G8IA 4RW8A 4CHYA 1L3VA 2A1SA 1BL3A 1HNIA 3AVMA 3V9SA 3OS2A 2PYJA 2HHQA 1BQNA 2XRIA 2ITGA 3MEEA 4CHOA 3IRXA 3DLEA 4CF1A 2HNYA 4JS5A 4B9UA 4FK2A 4CHPA 4KHNA 1BHLA 1EETA 1NKEA 2D0AA 2EHGA 1TL3A 1SKSA 3OYJA 4OPKA 4F3OA 1IO2A 5HROA 1RBUA 4CHQA 2F8TA 4B8CA 4W5OA 1RT5A 3NAEA 3HXMA 3M8RA 5D3GA 3M8QA 1B9FA 3NF7A 4BDYA 2HHTA 5KGWA 5KRTA 1ZBFA 4K8XA 3OYHA 3CYMA 3SYZA 4DS5A 4NCAA 2VG5A 3CFRA 1F21A 4Q5VA 3H08A 1G15A 3KK1A 2VG7A 4O4GA 2I5JA 4DFMA 3M8SA 1EP4A 3NCIA 4C8OA 3BGRA 1NOZA 5KI6A 1UA0A 3SJJA 2KZMA 1VSIA 3V1RA 3AO4A 3AVAA 1LWEA 1YT3A 1NJWA 3OYAA 3TWHA 3U3YA 3LP0A 1RBTA 1R0AA 2D0CA 3NBPA 4ZHRA 2G8UA 3ZT1A 3AA3A 1WSFA 3OYLA 4FJ7A 1C0UA 4OLBA 1HJRA 4C8LA 4W5QA 3KTQA 3LPTA 2ETJA 3QEWA 2BANA 1UWBA 1SV5A 1X9MA 1KFDA 5HRNA 3LZJA 1KTQA 2YNFA 4NCGA 3C95A 4M45A 5KTQA 3NE6A 2E6LA 3VQ7A 3K58A 1KSPA 4DSLA 4CJQA 1VSJA 1VSFA 4L8RB 2FBXA 3A2FA 3AVIA 5J2PA 1O1WA 2GUIA 2XY8A 3TABA 3L2UA 3HT3A 4I2QA 4DFKA 4ZTJA 3SPYA 2OZSA 4FXDA 1DLOA 4LH5A 4OKEA 1BCOA 1LAWA 1TAQA 3P1GA 4CERA 4GW6A 3ZT2A 4CEZA 3TAMA 4F8RA 4HCBA 4DTJA 2HVIA 2PY5A 2WONA 1VSKA 4RW4A 4N5SA 4DTNA 1C1CA 3OS0A 4JRPA 4DLEA 4O0IA 1KRPA 3HVRA 2BDPA 4B9NA 4I9LA 2DTUA 1HNVA 5FROA 4FK4A 1RTDA 4KI6A 2X6NA 3U3GA 4E0DA 2HHXA 2IDOA 1CZBA 4HUEA 2BGGA 1NJZA 1KLNA 3WNFA 3HO1A 4Z4GA 1VSEA 4AHVA 1QHTA 4CGGA 1NK0A 4M3ZA 3AO3A 3QLHA 5C25A 3NH0A 2OPRA 1RCHA 3ZSRA 2XHBA 3K59A 1SKRA 4DQPA 2KTQA 4FJ8A 1XWLA 4KTWA 4E19A 2EX3A 4CFBA 5HRPA 4FJXA 4DS4A 2HHWA 3D0PA 3RRGA 1N5YA 4LY7A 3OYMA 3P5JA 5KRSA 1WNSA 4DLGA 3KD5E 4NYFA 3WNHA 1HYZA 2YNIA 4CJUA 2QKKA 3VA3A 3ZT0A 3G10A 4DMNA 1A5VA 3T3FA 2NUBA 3K5LA 3PX0A 1RDDA 1NJYA 5CZ2A 4FLVA 2F96A 3NHGA 4DF4A 3BDPA 3ZSVA 1XHZA 4M3YA 5HRSA 1TGOA 4B3OA 1L3UA 4FCYA 2OZMA 1KVBA 4HUGA 3TAGA 3I0RA 4N47A 1ITGA 3VA0A 3PUFA 1KFSA 3QEIA 3VQ5A 4B08A 4PA1A 2YNGA 3QNNA 5HP1A 4KPYA 4W5NA 4ELVA 4B9VA 1QSSA 3SNNA 2ATQA 3LP3A 4FLXA 4Z4IA 4CJWA 3L3UA 4FZYA 4Z0UA 4H4OA 4KKOA 4M3WA 4B9TA 1K6YA 2GV9A 1T05A 3SCXA 3ZCMA 4FVMA 4TSXA 2Z1GA 1FK9A 4BWJA 2O4GA 4AHRA 1Z26A 3LWLA 4UQGA 3B6PA 4IFVA 4CCHA 2HNZA 3IG1A 5JS2A 1T03A 4CEEA 3HPHA 3OYEA 3SQ4A 1UA1A 4KHUA 4FZZA 4F4KA 4FJNA 4KHQA 4O55A 1WSHA 2FBTA 3L2VA 1IG9A 4N76A 3V9WA 3AVLA 3OS1A 3AVCA 3O4QA 1ZBLA 4RW6A 3OY9A 2RF2A 4BDPA 1RDCA 1VRUA 4CK2A 3MXMA 1BI4B 3O3HA 3AVNA 1NK8A 3HL8A 4FW1A 1RDAA 1J53A 1MU2A 1DTTA 3VQBA 3AA2A 1W9HA 3DRRA 3VQ8A 3S3NA 3B6OA 3OYGA 4KI4A 1UAXA 4DQSA 1B92A 3SZ2A 3KIOA 3DMJA 4FK0A 4YNQA 4R5PA 2BE2A 1VRTA 2FC0A 1X9WA 2YKNA 3ZSZA 3O3FA 1C6VA 2B5JA 5KGXA 4CGJA 3EY1A 3ZT4A 1S6QA 4MQ3A 2Z1JA 3QERA 3TI0A 1LAVA 2GBZA 1RNHA 4CIGA 1ZBUA 1J54A 1D8YA 4CK1A 1A5WA 3DLKA 1FKPA 1EX4A 3AVJA 3MEDA 2X6SA 1SUQA 1BGXT 2ZE2A 4KTZA 4CJKA 4EZ6A 4HCCA 4FJ9A 2VWKA 3WNEA 2OYQA 4FJ5A 1QTMA 2HVHA 2JLEA 2IOCA 3NGIA 4LH4A 1RTJA 4CFAA 3CM5A 3MEGA 5J2MA 1S1XA 2G8VA 5FRNA 1GOCA 1VSLA 3CG7A 4NCBA 2X74A 4KV8A 3NF9A 2B4JA 3PV8A 3RMCA 3DRSA 1JKHA 4OJRA 1C1AA 4CJEA 3VQEA 4IFYA 1N6QA 2E4LA 1S5JA 3O3GA 1RTHA 1TKZA 4CJFA 3QINA 1WN7A 1I39A 1DTQA 1S1WA 4CESA 3AVHA 3QO9A 4CJLA 3LAMA 4YFUA 4KHWA 3HVTA 2D0BA 3ASMA 4I2PA 4N41A 1TK8A 3HYFA 2Q3SA 1NK7A 1LW2A 3NH2A 5J2NA 4DSEA 3KLEA 3CM6A 4DQIA 1SL1A 4E1MA 3LP1A 4FM2A 3RTVA 2IS3A 4FZXC 1HYSA 3VQCA 3LDSA 4E7KA 3AO2A 1WSEA 4RW7A 3VQDA 3SQ2A 2A1RA 2KFNA 4M41A 3C6TA 1WLJA 2RN2A 4FJKA 4E7IA 4CJ4A 3SUQA 3RMAA 3TAPA 4F2RA 3NGYA 3I8DA 3V9UA 4DTOA 1JL1A 1W0HA 1WSIA 3WNGA 1QE1A 3QIPA 4OGEA 1XI1A 4DSIA 3CFOA 4DSKA 2XY5A 4M42A 1WSGA 3V9ZA 1ZYQA 1S6PA 4CIEA 4FLZA 4B9SA 4CEFA 3VN5A 1VSMA 1YVUA 3ZT3A 3CFPA 3MAQA 3SV4A 4PY5A 1S1TA 4M3TA 1JLAA 3LANA 3K5OA 2FBVA 3HPGA 1RILA 2P1JA 5HBMA 1YTAA 4MFBA 4Z4CA 3ITHA 4FJIA 3KKSA 3ZSQA 1T7PA 2PZSA 3K5NA 2ZD1A 1KVCA 4O44A 1JLCA 1TVRA 4EP4A 4CEOA 3L2WA 3RWUA 1JLGA 1TKDA 1RT3A 2VG6A 1RDBA 4CJVA 1KCFA 4DSJA 4PQUA 3K57A 4OLAA 3T1AA 1JXEA 3F9KA 1BQMA 3QEXA 3NFAA 3DM2A 1BIZA 3V1QA 4AHUA 1BIUA 3HM9A 4ICLA 1D9FA 5SZTA 3OYKA 1TKTA 1VK0A 4Z4EA 3TAEA 1HRHA 2OA8A 4DQRA 4PWDA 1J9AA 4DTSA 3S3MA 4DG1A 2DFFA 4OKJA 3LAKA 3VQQA 1QS4A 1HPZA 4JLHA 4CFDA 1U48A 3HP9A 4AHCA 2KZZA 4QOZB 2FBYA 3KKRA 1Q8IA 1IKYA 4FJLA 2R7YA 3QESA 2IAJA 3QEPA 2G8WA 4DFPA 4CECA 4E89A 4O0JA 5CY4A 2ZQBA 4E7JA 4ID1A 2YHBA 1SKWA 5HLFA 4DTPA 4Z4FA 2RPIA 4W5RA 3VQ6A 4E3SA 1IKXA 3SUPA 1QSLA 1ZBIA 4CHNA 2G8HA 2P5OA 2DFEA 4CHZA 3IS9A 1NK6A 3NGZA 1WSJA 1JLEA 1JXBA 5DMRA 1J5OA 1TK5A 1NK5A 2AJQA 3KLGA 1CXQA 1TAUA 3NF8A 2HNDA 3E01A 4FJMA 4FLYA 2P51A 4CEDA 3AO5A 4DFJA 1U45A 4OGCA 1CLQA 1RBSA 1LWFA 4CEBA 2YV0X 3DLGA 3THVA 1IKVA 3ZSWA 3JYTA 3DLBA 1IH7A 5FRMA 3NH1A 3SQ1A 3QETA 4KREA 4IBNA 4WE1A 1RT4A 1EXQA 1EKEA 3QIOA 4DU4A 1GOBA 1FXXA 4CE9A 4CF2A 4RW9A 4B8AB 1RT7A 3L3VA 3OVNA 1ASVA 3QEVA 3KD1E 4CEAA 3PX6A 3KK2A 3MXJA 3AVFA 4HHTA 2P5GA 4KRFA 4DQQA 1U04A 4OPJA 2OPQA 3KK3A 2YHAA 4G1QA 2HMIA 4DTXA 1L3SA 4KAZA 1YTUA 3D45A 4Y1DA 4DU3A 1XC9A 2HW3A 1I3AA 3NDKA 3LALA 4CJ5A 3OYCA 4J2AA 3JSMA 2HHVA 4DTRA 1HQUA 5I42A 4FW2A 1CZ9A 4CFCA 4FM1A 1T8EA 4B9LA 3SUNA 3KLIA 3SUOA 4DSFA 4ZTFA 1U4BA 3PO4A 2XO7A 3TANA 4N56A 3ZSXA 3DLRA 5C42A 2F8SA 4H4MA 1GOAA 3MECA 4FLTA 3KLHA 1S9EA 4CJSA 4HUFA 2YKMA 3LWMA 3VQ9A 3TAQA 1LV5A 5J1EA 1BCMA 4KB1A 1JLBA 4F2SA 4GMJB 4CF0A 3OYFA 1NK4A 5K14A 1U49A 4J2DA 2KQ2A 2Z1HA 1TL1A 1A5XA 4LD0A 4CEQA 1NJXA 3M8PA 2G8KA 3OJUA 4E7HA 2JGUA 3C94A 1RT2A 1VSHA 4M3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXIA 3RMBA 1HR0K 4Y1CA 2IC3A 3T7ZA 1NGJA 3PY8A 2KW4A 5CZ1A 1NOYA 2NNWA 5ADXH 3EYZA 4LC9B 1HNZK 3HPOA 4AILC 1RTIA 4Q0BA 5JS1A 4IKFA 3F73A 4EFHA 4M3XA 1RBVA 4BRPA 1TYQB 2JWLA 2VGMA 4W5TA 2UUCK 4PL7A 4JI0K 3DYAA 2HB5A 5I3UA 4H8KA 3L8BA 1KVAA 2KFZA 1S9GA 2OPSA 4RWTA 3WQTA 1RBRA 4NYNA 3J80O 3A5OC 4MDBA 4LSLA 5C24A 2VWJA 3EKSA 2E1YA 4CJ3A 3AVGA 2OPPA 2HHUA 4UY8O 3K5MA 4CBUA 1HQEA 3DLLL 1X3MA 2QW9A 1ATNA 1GLLO 1XHXA 4H0PA 3M6GA 5BN9A 2Y1JA 2D0PA 3AGRA 3TAFA 4FM0A 4JEPA 2QKBA 3RMDA 3AO1A 4XH1A 4A2AA 3CCEN 1JCGA 3PO5A 5C12A 4LF6K 2ITMA 3HSTB 1IJJA 4CGDA 3IAYA 3CMAN 4E1NA 3KJVA 4MO5A 3VGLA 5ELZA 3CI5A 1BUPA 2WOMA 4RG8A 1NLVA 2QXFA 3V6DA 3CCLN 4LSNA 2Q1NA 1Y97A 3S9HA 3T19A 3WEEB 1L3TA 2X78A 3DI6A 1TKXA 5SWMA 3UKUB 3OYBA 4AH9A 1WAJA 3HK2A 4CVNE 4FWNA 3LPUA 2RKIA 4Z4HA 4O5BA 3L2RA 1NK9A 1K73O 4YOYA 3HM8A 4Z4IA 4BE0A 3CCQN 1KAZA 2V7YA 2DFHA 3P38A 2P9SB 2QEXN 1QSYA 1RDWX 4U67L 5FPMA 5AQJA 5T7BA 1ZC6A 3VGMA 4RW8A 1VQ9N 1L3VA 1NMDA 1GLJO 1BQNA 2XRIA 3IRXA 1Z6RA 3VGKA 1BHLA 1MWMA 2HSTA 4R79A 1TL3A 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4A2BA 4CGJA 2BUPA 3ZT4A 5BR8K 2P9KA 1LAVA 1DGKN 4GKJK 1D8YA 3J81O 4CJKA 3AVJA 4J2BA 4BG9A 1SUQA 5BPMA 2HVHA 2JLEA 4LH4A 4CFAA 3CM5A 3MEGA 1D4XA 1C0GA 3NF9A 3DRSA 1NG9A 1C1AA 2UYTA 3VQEA 1S5JA 4CESA 3QO9A 5BPNA 4DV0K 3QB0A 4DV6K 2BTFA 1TK8A 3DXMB 4N41A 2E8AA 3A8YA 4DQIA 3LP1A 3HOTA 3RTVA 2OTJN 1W97L 3VQCA 3SAFA 3AO2A 1BU6O 4FWPA 4M41A 5FPEA 2RN2A 4YDUC 4FJKA 4F9OA 1S72N 3NGYA 3V9UA 4DTOA 1WSIA 3K9KA 1XNQK 4FVUA 2A40A 1JJ2M 1XUPO 2BH1A 3G6EN 4CW7B 1VSMA 4OPHA 3T1HK 2GELA 4DKWA 4BR7A 4BQZA 2P1JA 1IV0A 1DT9A 3M3ZA 3KZBA 1YAGA 4O44A 4C1NK 3S41A 1K9MO 4NXNK 3EL2A 4WCEL 1RDBA 4B3SK 3F9KA 3CPWM 3QEXA 3NFAA 3DM2A 1BIZA 1NJIO 2A42A 3V1QA 3G25A 2YHXA 1Q86O 2P9PA 3OHRA 4Z4EA 1W2BM 3TAEA 4DQRA 1J9AA 4A59A 4DTSA 3ZX0A 3LAKA 3HP9A 4QOZB 1S22A 1IKYA 3QESA 2P9PB 1YXQA 1KXPA 2G8WA 4CECA 2ZJPL 4O0JA 2Q36A 1SKWA 5HLFA 3TPQA 4W5RA 3D7EO 5AQMA 4B1UB 3C7NA 1CXQA 4H0XB 5AQTA 4FJMA 2P9UA 2V7ZA 2E2NA 1YUWA 1CLQA 3O4WA 3O9RA 2YV0X 5BRHA 4DR3K 3C7NB 2A41A 3DLBA 1NWKA 1RT4A 1EXQA 1EKEA 4DU4A 4NLBA 2W41A 3ID6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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