3AVJA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avjA00
5FDLA 4MQ3A 3CYMA 1FKPA 1A5WA 4ID5A 3LDSA 3KD1E 1RT5A 1CXQA 4LSNA 1U4BA 4FXDA 1VSKA 2PYLA 2HNZA 3LZJA 3NHGA 3NE6A 4DTOA 3AVHA 1KTQA 1IH7A 1REVA 5C25A 4C8MA 4FJXA 1GOBA 4FLUA 2ZQBA 4O0IA 3PX4A 1N6QA 3A2FA 3O4NA 4FLXA 1WSGA 2KFZA 2KZMA 1RNHA 2HVIA 1ZBFA 1SV5A 3ZSOA 1TKZA 1ZBLA 1JLFA 4QAGA 3HT3A 2G8WA 1DLOA 4IKFA 4CJVA 3ITHA 5J2NA 2Y1IA 4E89A 1HYSA 1RBVA 4CEZA 3QEIA 4CCHA 1GOCA 4CEQA 4FJKA 1NKEA 3HXMA 4RW8A 3MECA 4DF8A 1L3SA 4AHTA 3I8DA 4Z4FA 3T19A 2D0BA 2DFFA 1XWLA 3KLFA 3F73A 4M3YA 3QIOA 4M41A 3K5LA 1WAJA 4BE2A 1NOYA 3KTQA 4F3TA 5KTQA 2F96A 4FYDA 1QSYA 2FC0A 3OYGA 3ZCMA 3VA3A 3NF9A 3NGZA 3M8RA 4HHTA 4DQSA 2F8TA 4XIUA 2QK9A 3SUNA 2O4IA 4OKEA 1S6QA 3M8QA 4RW7A 4E3SA 2G8VA 4J2BA 2HHXA 1KVAA 2YNIA 4GVMA 3CG7A 1JLBA 3KJVA 4DS4A 2PYJA 3MEDA 3K58A 4EP5A 3THVA 1TKDA 3SNNA 1JLAA 3VQEA 2HHQA 4KTWA 5E41A 3K57A 4GW6A 1ASVA 3TAGA 4Z4EA 3C95A 3TAMA 4PY5A 3OJUA 3PV8A 3LP0A 1S1XA 4CJ5A 4HCBA 3IRXA 1HYZA 4HUEA 2GV9A 1Z26A 4DLEA 3OJSA 4KHUA 3TAQA 1TKTA 3OYDA 1TK0A 1UA1A 3SPZA 1L5UA 1IKWA 5K14A 5EU7A 1R0AA 4DLGA 3KKRA 4LD0A 4CK1A 3DYAA 1NK0A 2HHUA 1LW2A 4LSLA 2P51A 4I9LA 4PA1A 3KLGA 3DLHA 4J2EA 3MEGA 5FROA 1J9AA 3VQQA 2FBTA 3HVTA 3SQ1A 1JXEA 2X74A 3SQ0A 1HJRA 3P83D 5DK5A 3OYJA 3DLBA 4CGFA 2YNGA 3O4QA 2XY6A 3HO1A 3RTVA 1O1WA 3DI6A 1JKHA 4CERA 3EY1A 1S5JA 2EX3A 4W5TA 3OYHA 4DTJA 1J5OA 4KHYA 3O3GA 4RW9A 3VQPA 4I9QA 4M3UA 1NOZA 4L8RB 1TK5A 1XHXA 1A5XA 1FKOA 1TK8A 1LW0A 4HTUA 1S9GA 3NH1A 1Q9XA 1VSJA 3QESA 1TGOA 2OZSA 3SQ2A 2IDOA 3S3NA 1QS4A 4OLBA 4FLTA 1C0UA 4IDKA 4AILC 3AV9A 2D0AA 3T1AA 2HHSA 4TSXA 3V6DA 4B9UA 2G8HA 1WSIA 1KCFA 3VQAA 3VQ4A 3DLRA 1RILA 3AVFA 2DFHA 3NF7A 3U6FA 1RDBA 3SZ2A 4DFMA 1S1WA 1CZ9A 4NCBA 3HPOA 4WE1A 2HNYA 3MEEA 1T05A 4B8AB 4F3OA 2BANA 4JS5A 4CGIA 1X9MA 4CJTA 1XI1A 4J2DA 1GOAA 3VQ8A 3OVNA 3BGRA 1NK7A 2OYQA 2OA8A 2QXFA 1L3UA 2BGGA 4Z0UA 1RDDA 5HRPA 3S3MA 1HNIA 3QNOA 1WLJA 3HK2A 4NCGA 2HHTA 3K59A 3TAPA 1N5YA 3RR8A 4M3RA 2KQ2A 1YT3A 1Y97A 2RN2A 2B5JA 4OGCA 2XRIA 5DMRA 3NFAA 4K8XA 4LH5A 1EX4A 1BIZA 1RTJA 4RW4A 4FJMA 4Z4GA 2KFNA 3I0RA 4FJ5A 1C0MA 1UA0A 1CZBA 4CF0A 5CZ2A 3V9WA 3VA0A 1SKRA 1NJYA 3L8BA 3RMBA 3RMDA 3V9ZA 2Y1JA 3ZT3A 4RW6A 1ZBHA 4CJEA 3HPHA 1LWEA 3KK3A 1RT3A 2IC3A 2Z1HA 3TAFA 4O55A 1NK8A 3RRHA 1IKYA 1JLQA 3ZT2A 3SUPA 2YNFA 3SCXA 1JLCA 4KHQA 1C1CA 1IKXA 3SYZA 4N76A 4N41A 4IG3A 4N5SA 3M8SA 3CFPA 3SPYA 4FJIA 3VQ5A 4KPYA 1HMVA 1VK0A 4K8ZA 1T03A 4B9NA 4ELUA 4CHZA 1RT4A 3KLEA 1ASWA 2G8UA 4DSLA 4I2PA 3VQBA 5JS2A 3V9UA 1KVBA 1BQMA 1EXQA 2VG7A 4CEBA 4E7IA 4BDPA 4E7KA 4B9TA 4ZHRA 2GUIA 4RG8A 1D9DA 4W5RA 4QOZB 2RPIA 3LANA 1FXXA 4CJKA 4Z4HA 1W9HA 2Z1IA 1XC9A 3MXMA 1NK5A 3PY8A 1VSMA 2O4GA 3ZT4A 3P5JA 4KKOA 3MXIA 2IAJA 2OPRA 4OPKA 4AHSA 3OY9A 3CQ8A 3OYBA 3HP6A 3DRRA 5HP1A 1D9FA 1KSPA 2PZSA 4DQPA 3ZT1A 1RTIA 1HRHA 2OPPA 2ETJA 3AA4A 3SV4A 1NJXA 3KLHA 4B9VA 3D0PA 4H4MA 1U49A 3ISNC 1DTQA 2JLEA 4CJ3A 1WNSA 3AVNA 4DSJA 4HUFA 4FJ9A 4BACA 4FLWA 4KTZA 4W5NA 4BE1A 3SV3A 1C0TA 1ZBUA 3L3UA 4DTNA 3U3YA 3B6PA 1HNVA 1NK4A 3HYFA 4DFJA 3TR8A 1UWBA 1JLGA 2WOMA 4B9MA 3WNFA 2YKMA 1W0HA 2XY7A 2B4JA 3LP1A 5HRRA 4CHYA 4IFYA 4C8NA 3S9HA 2F8SA 2HW3A 3PX0A 4AHVA 4W5OA 3KD5E 4CEAA 4CGJA 3U3GA 4ELVA 4E7JA 4FZXC 3KK1A 3C94A 4CEFA 2G8KA 2IOCA 1NJWA 3AVGA 3S3OA 4FJHA 4OLAA 2G8IA 1U48A 2HVHA 3TANA 1JL1A 3AVBA 3VQCA 4CF9A 2Z1JA 4Y1DA 4CJRA 1TAQA 1K6YA 3H08A 4C8OA 4M3ZA 1RT7A 4CECA 1T7PA 3LPUA 3OYNA 3AVMA 4NYFA 3L2UA 4FM0A 4N56A 1C1AA 1QQCA 3WNEA 1TL1A 3DLKA 3LWLA 3HVRA 3EYZA 4OKJA 2X6SA 2ZE2A 1XHZA 2XY8A 2HB5A 2OZMA 2DTUA 4O44A 3G0ZA 4ELTA 4CJPA 4FLZA 1WSFA 1SKSA 3OYCA 2YKNA 3LAKA 5D3GA 1SL2A 3OYEA 1IG9A 3DLGA 3VN5A 4F4KA 4O4GA 3NF8A 3NGIA 3VQ6A 1QSLA 1SUQA 1TL3A 4KB1A 4NYNA 3ZSYA 4KTQA 4YFUA 4B9LA 3LP3A 1IO2A 4FJGA 3OS2A 1HYVA 4Q0BA 1J53A 4B8CA 1HPZA 2IS3A 3ZSVA 3QLHA 2G8FA 4M3TA 5FRNA 1UOCA 1S1TA 4DF4A 1BI4A 1BQNA 2BE2A 4Q5VA 4Z4IA 4DTUA 3JYTA 4FJJA 4CE9A 3V4IA 4DSKA 3VQDA 5KRTA 1U45A 4CIGA 1ZBIA 1I39A 3L2QA 4BE0A 3L2WA 3NAEA 4FJNA 1NK6A 3RRGA 5J2QA 4CGDA 1VRTA 2IGIA 3MXJA 4E19A 1X9SA 1L3VA 4M3XA 2A1SA 5I42A 4FVMA 1S9EA 4CHPA 2WONA 4CIEA 3MAQA 4CIFA 4E1MA 1RT1A 3VQ7A 3NH0A 2DFEA 3DMJA 5I3UA 1SKWA 4C8LA 4O0JA 1G15A 4FLYA 3O3HA 3AVAA 4CJLA 1VSIA 1A5VA 3ZSXA 2LSNA 5HLFA 1RCHA 3VQ9A 4DU1A 4KI6A 4M45A 3DRPA 3NF6A 1RDAA 5SZTA 3NGYA 4DTXA 1BISA 1WAFA 4DQRA 4HUGA 4DFPA 3LALA 4UQGA 3ULDA 4CJUA 3SI6A 4F2RA 4OGEA 3AO1A 4CK3A 4R5PA 4DSEA 3DLEA 4M42A 3V81A 2KTQA 3I0SA 3B6OA 5KI6A 2YNHA 1S1VA 3EZ5A 3V9SA 5J1EA 4KFBA 3OS1A 1FK9A 3OS0A 1SL1A 3V1RA 4DMNA 1B9DA 2NUBA 3SUQA 3OYIA 1D5AA 4KV8A 1KLNA 2RKIA 4QCLA 1S6PA 1UAXA 1LWCA 4CEEA 3G10A 2W42A 3NCIA 2VG5A 4EZ9A 1F21A 4KAZA 5FRMA 1VSLA 3CM5A 1NKBA 3KLIA 3RMCA 3QNNA 4CJQA 1X9WA 4KRFA 1WN7A 1RTHA 3HP9A 1TKXA 3L2VA 4DSFA 1BCMA 4ID1A 3K5NA 3OYKA 4B9SA 1QSSA 1VSEA 4E1NA 4H4OA 5C24A 4DQIA 1BIUA 2ZD1A 1QTMA 3QERA 2VWJA 2ITGA 5KGXA 5HBMA 3M8PA 4YNQA 3NH2A 3HJFA 3QIPA 4FJ7A 3JSMA 4NCAA 1NKCA 4CEOA 2E6MA 1VSFA 3K5MA 3V1OA 2QKBA 1TAUA 2KZZA 5T7BA 3E01A 2OPSA 4FW2A 1Q8IA 2VWKA 3HM9A 3NBPA 4DWIA 4LY7A 2HHVA 4CEDA 1QHTA 1LWFA 4DU4A 3L3VA 1EKEA 5HROA 1U04A 3TARA 4DTMA 4KREA 3TI0A 2FBXA 4DG1A 4KHWA 3PO5A 3F9KA 3CM6A 4Y1CA 2X78A 4W5QA 1ASUA 4Z4CA 2E6LA 1LAVA 1RBUA 4IG0A 3UIQA 3OYMA 4H8KA 3AVJA 1RBRA 4BWJA 5C42A 2JGUA 3ASMA 4KHNA 4IFVA 4JS4A 1SL0A 2VG6A 2OPQA 4AH9A 1ZYQA 3QO9A 1I3AA 3ZT0A 3PUFA 1RT2A 4JRPA 4CHQA 1Q9YA 3D45A 4CGHA 3LP2A 1BHLA 2D0CA 4DQQA 4EP4A 1WSJA 1TV6A 4E7HA 1JXBA 4CFCA 3AVCA 3SJJA 4PWDA 2HHWA 4AHRA 1TVRA 3ZSWA 3LPTA 5CYMA 1YTAA 3ZSRA 3AO5A 3QINA 1LV5A 3HPGA 3TABA 3O3FA 3RR7A 1KFDA 3FFIA 4KI4A 1JLEA 3DOKA 1YTUA 5KRSA 2GBZA 4MFBA 4CFDA 1EETA 1JL2A 3RWUA 2D5RA 2KW4A 1Z25A 1NJZA 3AVIA 4FZYA 2XY5A 1VSHA 1YVUA 1WSHA 2P5GA 4J2AA 1S1UA 2P1JA 4CGGA 3KKSA 1X1PA 2Z1GA 3K2PA 4CK2A 4CJ4A 4DTPA 1HQUA 4G1QA 1KRPA 4KB0A 2HMIA 5J2PA 2DY4A 1VRUA 3DRSA 4FLVA 1QE1A 1RBTA 4ZTJA 3IAYA 4C8KA 1IKVA 2ATQA 4CJWA 5HRNA 3AO2A 3P1GA 4CJFA 4FM1A 2E4LA 1CXUA 1C6VA 3C6UA 4ICLA 5CZ1A 3LZIA 3AO4A 3K5OA 1RBSA 4CF1A 1U47A 1RDCA 3QEXA 1KVCA 2A1RA 3T3FA 3DM2A 4OPJA 3OYLA 3OYFA 1B92A 3AVLA 1KLMA 4DU3A 3LWMA 5JS1A 3ZSQA 3QETA 4E0DA 4OKKA 1ITGA 2RF2A 4AHCA 4KO0A 2P5OA 1LAWA 4M3WA 2BDPA 4BDYA 5J2MA 1L3TA 4F8RA 3SQ4A 1RTDA 1KFSA 1HQEA 3NDKA 4E7LA 4GMJB 4N47A 2XO7A 5KGWA 4DTRA 4PQUA 2X6NA 2YV0X 4DTSA 3IG1A 4CJSA 4I7FA 3V1QA 3TAEA 4EZ6A 3WNGA 4FK2A 2AJQA 1BL3A 3QEWA 4CHNA 3PX6A 4OJRA 4FM2A 1J54A 1NK9A 4DS5A 3AO3A 3HL8A 3ALYA 2QKKA 1CLQA 2FBYA 1BCOA 3TWHA 3QEPA 3V9XA 4BDZA 4F2SA 4AHUA 4I2QA 3BDPA 4HCCA 3AA2A 4FCYA 3SUOA 4FJLA 1RT6A 1C1BA 3WNHA 2YHAA 4IBNA 3CFOA 1MU2A 3L2RA 3PO4A 2FBVA 5SWMA 1VSDA 3AVKA 4BWMA 4DFKA 4HVJA 3CFRA 4KHSA 2Q3SA 1EP4A 1DTTA 4CF8A 3OYAA 3RMAA 3KK2A 1B9FA 2B6AA 5CY4A 4O5BA 4B3OA 2XHBA 4PUOA 3LAMA 4FZZA 4OVLA 4FK4A 2EHGA 4FK0A 1WSEA 5CYQA 3QEVA 3HSTB 2HNDA 3IS9A 2YHBA 4CHOA 1BI4B 4CF2A 1T8EA 4JLHA 4CFBA 3ZSZA 2PY5A 3DOLA 4JRQA 4DSIA 4LH4A 4B08A 4ZTFA 3AA5X 3C6TA 3AA3A 4CESA 2R7YA 2I5JA 5HRSA 1D8YA 4FJ8A 4CFAA 3KIOA 1BGXT 4FW1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MK6A 5GAEP 3F5TA 3M3ZA 1U4BA 3QBXA 2PYLA 3LZJA 1J5EK 3SJHA 3AVHA 2GTDA 1OKJA 3A5MC 4FLUA 3CCVN 1D4XA 3WEEA 2ASPA 4JN4A 2HVIA 5BRDA 1ZBFA 3ZSOA 5BREA 4B1WB 2ZGZA 4QAGA 1DLOA 4UY8O 1H1VA 3ITHA 1RBVA 4CEZA 2E5LK 1QQOA 4CCHA 2UXDK 1NWKA 2D1KA 3T19A 2FLOA 4BE2A 2UUCK 2FC0A 3DAWA 3ZCMA 4B3TK 4HHTA 3M8QA 3THYB 2G8VA 1U6ZA 3QICA 3U8XA 3CG7A 4BVOA 1N33K 1JCGA 4LFBK 2HHQA 4CZGA 3QMLA 4BRKA 3C95A 3TAMA 1S1XA 3HOTA 3IRXA 1CZAN 1HYZA 2GV9A 4DCHA 2JWKA 2HOEA 3OBWA 2PBDA 3ZEUA 1IKWA 3EZWA 3KKRA 1NK0A 3DYAA 1BOTO 2HHUA 4LSLA 2P51A 1NLVA 4DR4K 3KLGA 1VQON 3DLHA 5I9EB 4X62K 1K73O 3HVTA 1MWKA 1JXEA 3OYJA 5EOYA 5AQJA 2XY6A 4LF4K 3RVCA 4BQZA 3DI6A 1N8RO 4CERA 4GY2B 4DTJA 1SZ2A 2YCHA 3VQPA 5AQLA 4M3UA 4MDBA 3ULEA 1XHXA 3QESA 1TGOA 4JKHA 1KAZA 3SBGA 2P9UA 2IDOA 1QS4A 4OLBA 3A5OC 5AQUA 1O13A 4H5NA 4QS9A 2YHYA 2HHSA 1WSIA 3O6WA 3AVFA 3CCUN 2NRRA 3U6FA 3CCLN 3MEEA 4B8AB 2HF4A 2W6KA 4CJTA 4LF7K 1GOAA 4IEIA 2CGLA 4DR2K 4DKWA 3S3MA 3UE5A 5CE3A 2HHTA 4H5TA 2KQ2A 4OGCA 4K8XA 2XRIA 4LH5A 1BIZA 1RTJA 4FJMA 5CHIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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