3AVJA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avjA00
4CHNA 3TAFA 4NYNA 4LH5A 5HROA 1HNVA 2YV0X 2RF2A 3TI0A 4CK3A 1Q9YA 3DLBA 4DFKA 1IKVA 4DG1A 3AVJA 4DTUA 3KTQA 4KHWA 2B4JA 4AH9A 1RBSA 4W5QA 2KZZA 1D5AA 1C1AA 3LZJA 2DFEA 5SZTA 2HHWA 3TANA 1C6VA 1BGXT 4O0IA 4Z4HA 3TARA 3I0SA 4M45A 4OPKA 4LY7A 1RBVA 3C6UA 3CQ8A 1BQMA 3SV3A 2KQ2A 4IDKA 4FLZA 1L3UA 4AHUA 4DFMA 4DS4A 2VG5A 1JL1A 3L2UA 3RMBA 4IKFA 1BCOA 1VSJA 4MFBA 2XO7A 4BE0A 1I3AA 4CGDA 4IFVA 3RTVA 1RBRA 3OS2A 3P1GA 1NK5A 2G8UA 1TV6A 4DTMA 4CF0A 1RCHA 1QQCA 4CJPA 3O3HA 3K5LA 3NGIA 1SL2A 1KFDA 2HHVA 3HSTB 3EYZA 2HHSA 3RRGA 4B9NA 1SKWA 3DLKA 4FLVA 4KI6A 4ID5A 3NHGA 1S9EA 3B6OA 1WNSA 3OS0A 1S6QA 3NFAA 4GMJB 3ZT2A 2O4GA 3L3VA 3LP1A 3OYGA 4Z4IA 1JLCA 3ZT3A 4M3UA 1IG9A 4QOZB 2EHGA 3TAGA 2G8FA 2KFZA 3AVCA 1TKXA 3OYJA 4OGEA 1RTDA 4DSJA 3DLRA 3I0RA 4NYFA 3NH2A 1YVUA 3TABA 1TKZA 1RTHA 1S1TA 2IC3A 3DRRA 3AO3A 2E6MA 3T3FA 3VQ4A 4F8RA 2HHUA 1LWEA 4ZHRA 1T7PA 4J2DA 1KVAA 3NH1A 1JXEA 2X6NA 4B9UA 3AO2A 1VRUA 4CEEA 1UA1A 4WE1A 3QLHA 4RW8A 4JRQA 4K8ZA 3RMDA 3IG1A 4PA1A 4DQRA 1HNIA 2FC0A 1TAQA 4RW4A 3TAPA 1JLAA 3QESA 1HYVA 5J2PA 4CEBA 4CECA 2G8VA 2ZD1A 1RDDA 2OPSA 4OKEA 5DK5A 5KI6A 3AV9A 4E3SA 3DRSA 4BWMA 1XI1A 1KSPA 4KRFA 2HHXA 3VQBA 3KIOA 5JS1A 3KD5E 2XY8A 1BI4B 2OPQA 3F73A 3VQ5A 4FLXA 4DSEA 3LZIA 3ZT1A 4CFDA 1SKRA 1B9DA 5FRNA 3K59A 1RTJA 4Z4FA 1D9FA 4TSXA 2A1RA 4CK2A 1SKSA 4NCAA 1RT5A 4FJ5A 1JXBA 1QHTA 3OYLA 1CZBA 4DTJA 3PV8A 2KW4A 3U3GA 4DU1A 1NK0A 3NF9A 3NDKA 4DFPA 1BI4A 3CG7A 4DTXA 4E1NA 2KTQA 1JLBA 1KCFA 5C25A 3L2QA 5JS2A 2A1SA 5J2NA 1RNHA 3MXIA 4E7HA 1TK5A 3JSMA 4DQIA 3QEXA 1CXQA 4Q5VA 1EETA 1GOCA 3AA2A 4KB1A 4N76A 3CFOA 4F2RA 4C8MA 4I9LA 4FM0A 1WSHA 3NGYA 3ZT4A 3LWLA 4JLHA 4K8XA 3AA5X 4DLEA 3MEEA 4B08A 2FBTA 4CF1A 4Z4EA 4CF9A 4NCGA 1KFSA 3AVKA 4AHRA 3M8PA 3AA3A 1HQUA 3KD1E 3OYBA 3AVFA 1LV5A 4CERA 3VA3A 3RR8A 4B9SA 3MAQA 1SL1A 1D9DA 3HJFA 1HMVA 4RW6A 4OJRA 2Z1JA 2E6LA 1D8YA 4ZTFA 4KTZA 2Y1JA 2XY5A 1XHXA 2D0AA 4CIGA 3HPGA 5J2MA 4DLGA 4FYDA 3V4IA 3LALA 3SPZA 4FVMA 5J1EA 3OYHA 4ELVA 4Y1CA 3OYFA 2D0BA 4CEAA 3NH0A 1UWBA 1MU2A 2X6SA 3HL8A 4N41A 4CF8A 1BISA 1RT6A 3NF6A 4OPJA 3HP9A 1Q9XA 4KHSA 4CHPA 3MXMA 1LW2A 3SQ2A 1RDBA 4E19A 1LAWA 4FJKA 4W5NA 3V6DA 4DTOA 3MECA 3SV4A 4DTPA 1VK0A 3MEDA 5KGWA 4I9QA 3BGRA 4KFBA 2Z1HA 2OA8A 4IG3A 3VQDA 1TKDA 1NJYA 2Z1GA 3QNNA 1N5YA 1VSKA 1SL0A 3LPTA 4KHUA 2X78A 2YNHA 4H8KA 3SQ0A 4DQPA 4DTNA 4J2AA 4G1QA 1BIUA 1XWLA 3HXMA 4QAGA 4LSNA 3L2RA 4O4GA 3U3YA 4KHYA 5E41A 1S9GA 5CYQA 4FCYA 1WSEA 4B9TA 2XHBA 1TK8A 2G8HA 1BIZA 3AVLA 3AO4A 4DS5A 5FRMA 4AHCA 3H08A 2HNDA 1CLQA 3SQ4A 3ALYA 1L5UA 1J9AA 2HMIA 4L8RB 1W9HA 3VQAA 2OYQA 3KKRA 3KK3A 4LH4A 1RDAA 4ELUA 1JLQA 1HJRA 1JLFA 2ZQBA 4FW2A 3NF7A 4KTWA 2G8KA 3VQPA 4FJIA 1QS4A 3HPHA 1UAXA 1NKEA 3DLHA 1CZ9A 4CJ3A 3PX4A 3OJUA 4H4OA 4HTUA 1LW0A 4DWIA 4FJJA 3DOLA 3ZCMA 4CIEA 2YNFA 3E01A 4FK4A 1VSDA 4B3OA 3O3FA 1ASWA 2JLEA 4PUOA 2R7YA 4CK1A 4CEZA 2IOCA 4EZ9A 1JL2A 4BE2A 1IKWA 4W5TA 3LWMA 3K5NA 3V9SA 3SUNA 3SUPA 1XC9A 3HO1A 1ZBHA 3V9UA 1NK8A 1KTQA 2EX3A 3JYTA 3MXJA 4NCBA 2X74A 3ULDA 4J2BA 2Q3SA 4CEDA 4ELTA 4M42A 4FM2A 2RKIA 4CJQA 4YFUA 3SCXA 3AO5A 4FJXA 4KKOA 1XHZA 2PYJA 2D5RA 1YTAA 3V9XA 4BACA 1S1UA 4Z0UA 4C8NA 3HPOA 4BDYA 4E7KA 3P5JA 5HRRA 3HT3A 4DQSA 1NJZA 4CJKA 3KK1A 1KRPA 1FKOA 4CJFA 1YTUA 4RW7A 3PO4A 1KLMA 4FLWA 2ATQA 1RBTA 3S3MA 2I5JA 1DLOA 3L2VA 5C42A 2FBVA 4DU4A 1HQEA 3ZSRA 1J5OA 1ZBFA 4F4KA 3VA0A 4C8KA 4CJUA 2DY4A 4CFCA 2DFFA 5K14A 2PZSA 5I3UA 3SZ2A 4KO0A 4RW9A 3KJVA 3VQ8A 4HCCA 3VQQA 4FLUA 2XY6A 3OYCA 3AA4A 4DTRA 3UIQA 3WNEA 1G15A 1L3TA 1QE1A 3AVNA 3DOKA 2WOMA 4M3RA 4Z4CA 5HLFA 2QK9A 3ZSXA 4FW1A 3LP3A 3IS9A 2YHBA 3TAEA 2VG7A 3OYNA 4J2EA 4KHQA 3T1AA 3QEVA 4CF2A 4E7JA 1IKXA 1A5XA 2RN2A 1U04A 1Z25A 3ZSVA 3L8BA 1WAFA 3V81A 1RT2A 4CGGA 4E89A 2E4LA 2NUBA 3HM9A 3AO1A 1NK6A 3AVGA 1C0MA 3SUQA 2P1JA 4B8AB 4C8OA 2IGIA 1A5WA 1EKEA 3M8RA 3IRXA 4DQQA 3U6FA 3TWHA 4DSFA 2HW3A 4CEFA 1W0HA 2RPIA 3M8QA 4PQUA 4FLTA 2HNZA 5HRPA 5KTQA 2QKBA 4I7FA 3PX0A 2BE2A 3NF8A 4FM1A 1VSEA 1GOAA 4FXDA 3TR8A 1VSFA 2GUIA 3LAKA 1TL1A 4LD0A 3WNHA 4CJWA 4N5SA 3KLFA 4HHTA 1NJXA 4F3OA 4FJLA 4Q0BA 1EXQA 3K57A 2GV9A 4CEQA 3VQ9A 2YNGA 3KKSA 3P83D 2B6AA 5DMRA 3NGZA 3OYEA 4FJHA 4FJ8A 4HUGA 1X1PA 1ITGA 4JRPA 4DTSA 4M3YA 1QSLA 4M41A 1J54A 4DU3A 4EZ6A 2XRIA 5KGXA 1HRHA 4GVMA 2VWJA 4BDZA 1T8EA 2PYLA 2ZE2A 5FROA 4N56A 4OLAA 4DSKA 3QEPA 1X9WA 4XIUA 5FDLA 3G0ZA 1UA0A 2P5GA 4HUEA 4HVJA 4B9LA 1SUQA 3THVA 1WN7A 3K2PA 4B9VA 3A2FA 4ZTJA 3LANA 1VSMA 5KRSA 2OZSA 4B9MA 1IO2A 3V1RA 1U48A 2YNIA 4FK0A 4KI4A 3LAMA 2O4IA 3C95A 1ZBUA 1NOYA 4MQ3A 1C0TA 5J2QA 4DF4A 3SI6A 3V1QA 3AVHA 1NKBA 3OS1A 3NCIA 1NK4A 2XY7A 2BANA 1C1BA 3SUOA 4CHYA 4KAZA 4FJ9A 2LSNA 2B5JA 3DLEA 4CFAA 4DMNA 1X9MA 1N6QA 4M3ZA 3CM5A 4YNQA 3OJSA 3L2WA 3S3OA 4KPYA 2F8TA 1WAJA 4LSLA 3D0PA 2OZMA 2F96A 2QXFA 3K5OA 2GBZA 5CYMA 4GW6A 1HYZA 3NBPA 2HB5A 4OKKA 3ZSQA 4R5PA 4Z4GA 2HHTA 3O4QA 1TAUA 1UOCA 3F9KA 3VQ6A 4AHSA 3AVAA 3WNGA 3OYMA 2QKKA 4M3TA 1S5JA 4AHTA 1T03A 2DTUA 2F8SA 1O1WA 2VG6A 1RTIA 5CY4A 4HCBA 2OPRA 3PO5A 4KB0A 3KLIA 2YHAA 3AVIA 4CJLA 3V1OA 5C24A 3ZSOA 3I8DA 4O0JA 3TAQA 3QETA 1TK0A 2KZMA 4CHQA 1NOZA 4N47A 5HP1A 3S3NA 4CFBA 4FZYA 1ZYQA 2ITGA 3T19A 1L3VA 1YT3A 1R0AA 4BDPA 4H4MA 3EY1A 1BL3A 4JS5A 1U45A 1QSSA 4F2SA 2P51A 4FLYA 1C1CA 1SV5A 4DSLA 3HK2A 4CJEA 4CJ4A 4FJNA 1S6PA 4W5RA 1FKPA 4O5BA 3M8SA 1L3SA 3RR7A 3LP2A 3C6TA 2JGUA 1Q8IA 2YKMA 5SWMA 4HUFA 2YKNA 4KREA 1WLJA 3KLHA 3AVBA 1S1XA 1VRTA 2IAJA 3LPUA 1KVCA 4DSIA 1VSHA 1ASUA 3VQEA 4FK2A 2HVIA 3FFIA 3ASMA 4W5OA 3CFRA 5I42A 4CJVA 4M3XA 2WONA 4CJTA 2FBYA 1TVRA 4FZXC 3HP6A 4CJSA 3CYMA 3KLEA 3SYZA 3B6PA 3QEIA 1ZBLA 3WNFA 3K58A 2HHQA 1NJWA 1K6YA 3HYFA 3OYKA 4CHOA 1B9FA 5EU7A 4CGFA 3DRPA 3ZSYA 1RT3A 2Y1IA 2Z1IA 2FBXA 4CCHA 4PY5A 1Y97A 1JLEA 1IKYA 5CZ1A 4CHZA 1A5VA 5HRNA 1WSFA 4UQGA 3S9HA 4IFYA 3SPYA 3RWUA 4CJRA 3O4NA 4OLBA 3IAYA 4OGCA 1ASVA 4CESA 3KK2A 2BGGA 1EP4A 1NK9A 4F3TA 4CGJA 3RMAA 4CIFA 1LAVA 3D45A 3EZ5A 4OKJA 1J53A 4AILC 5CZ2A 1RDCA 1HYSA 4E1MA 4BE1A 1TGOA 3K5MA 1BCMA 4CE9A 1NKCA 3QINA 3RMCA 3ISNC 2G8WA 1CXUA 1EX4A 3VN5A 4QCLA 4KHNA 1Z26A 2VWKA 4FZZA 2OPPA 5D3GA 4OVLA 3HVRA 1DTTA 4FJMA 4M3WA 1TL3A 5KRTA 4C8LA 3QO9A 3LP0A 3C94A 3TAMA 5HRSA 3QNOA 3DYAA 3V9WA 3O3GA 3MEGA 1DTQA 1T05A 4KV8A 1U47A 1FK9A 3ZSWA 3HVTA 2HVHA 3DI6A 1X9SA 1F21A 1JLGA 1RT4A 1S1WA 3AVMA 4E7IA 3QERA 1KVBA 3SNNA 3NE6A 3G10A 3SJJA 3VQ7A 3RRHA 1RT7A 4IG0A 4EP4A 1QSYA 1JKHA 4E0DA 1B92A 3DLGA 5T7BA 4DFJA 2G8IA 3OYAA 2W42A 1QTMA 4I2PA 1RBUA 1TKTA 4Y1DA 4B8CA 1S1VA 1C0UA 2ETJA 2P5OA 1BQNA 4CGHA 3OY9A 1U49A 2IDOA 4EP5A 1KLNA 2AJQA 1WSGA 1WSIA 1VSLA 4I2QA 3ZT0A 4E7LA 1VSIA 3QEWA 1ZBIA 3DMJA 3KLGA 5HBMA 4BWJA 3ITHA 4CJ5A 3CFPA 4KTQA 2IS3A 3SQ1A 2BDPA 4ICLA 4AHVA 1WSJA 3NAEA 4O44A 1RT1A 4RG8A 2DFHA 3QIOA 2D0CA 2HNYA 1GOBA 4JS4A 4CEOA 1LWCA 4PWDA 4ID1A 3L3UA 4DF8A 1REVA 1LWFA 3CM6A 1HPZA 3DM2A 3QIPA 3PY8A 2PY5A 1RILA 3LDSA 4FJ7A 3PUFA 4IBNA 4O55A 1NK7A 3VQCA 2KFNA 1BHLA 3ZSZA 3BDPA 1I39A 3PX6A 3OYDA 3V9ZA 1IH7A 1U4BA 4CGIA 3OYIA 1FXXA 3OVNA 4FJGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CHNA 3TAFA 4YDUC 2YV0X 2RF2A 3TI0A 4DFKA 1IKVA 4DG1A 4DTUA 4AH9A 2A3ZA 4DV5K 2HHWA 1C6VA 1BGXT 1BDGA 4Z4HA 4O0IA 4YORA 1NGBA 3C6UA 2Q31A 1MDUB 2YX6A 2GUPA 4AHUA 1RGIA 5AQFA 4IKFA 4MFBA 4BE0A 2GTDA 3E1YA 3HTVA 3P1GA 4CZEA 1RCHA 4CJPA 3K5LA 1N36K 4BC2A 4YHHK 2HHSA 4B9NA 5AQVA 3LDOA 4GMJB 2O4GA 3L3VA 3EN9A 1JLCA 2FSKA 4H0XB 4B1ZA 3U4LA 1M1KO 3AVCA 3HRGA 4DSJA 3H46O 5BRHA 3DLRA 3DRRA 1RTHA 1S1TA 2HHUA 5B8HA 1LWEA 4JKGA 3NH1A 3LM2A 1JXEA 3ID6A 3QLHA 4JRQA 3L6QA 1TAQA 4NB4A 5CR4A 3QESA 1K8KA 3NMUA 4OKEA 2NRWA 4E3SA 3DRSA 4BWMA 2D0PA 3P4IA 4DSEA 1SKRA 4A2BA 4FLXA 3LZIA 4CFDA 3K59A 4Z4FA 2AA4A 3I56N 1SKSA 1RT5A 4FJ5A 1ZC6A 3OYLA 4F9OA 4DTJA 1OH5A 5KQ8A 2NRRA 1NK0A 3L4IA 1BI4A 4E1NA 2KTQA 1JLBA 5JS2A 2A1SA 1RNHA 3JSMA 4F2RA 4C8MA 3VTHA 4ISGA 1JCEA 1HKGA 3EE9A 3NGYA 3ZT4A 3E9OA 3UKUB 4JKCA 4LFAK 4Z4EA 4CF9A 5GINA 1KFSA 1HQUA 3AVFA 4A5AA 2YI1A 4B1XB 4ZTFA 4B1UB 4WFNL 3HPGA 2NNWA 3QFUA 3LALA 3SPZA 4ELVA 3NH0A 3MX2A 2ZGYA 1MU2A 4JK9A 1BISA 1RT6A 1Q9XA 5LJVA 4KHSA 3MXMA 2P9PB 5EOYA 4YOYA 2P9IB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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