3AVLA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avlA00
4C8KA 1NK7A 3OJUA 4CHOA 1T8EA 1DLOA 4CJVA 4IDKA 3SUPA 4OLAA 1UOCA 4YFUA 4DSEA 4HCCA 3AO5A 1VSIA 3BGRA 2OPSA 3MEDA 4AH9A 1KTQA 2D0CA 3AVIA 4MFBA 1I3AA 4DFMA 1Y97A 3TAPA 2YV0X 3DLEA 4MQ3A 4B9TA 4F2RA 1VSDA 5C42A 4R5PA 4DSJA 2AJQA 3E01A 3KKSA 3CFOA 3SJJA 4CFBA 4DTMA 4OLBA 2B5JA 1KVBA 2VG5A 4F3TA 2BANA 2KTQA 1MU2A 4HUEA 3VN5A 3OYAA 3NCIA 3RMAA 1NJWA 3AVNA 3HPGA 4BWMA 1RT3A 2G8HA 2GUIA 1S6QA 3ZSZA 4DU1A 3NH1A 3RMDA 4FJGA 1RT4A 1KVCA 3V81A 3HO1A 3ISNC 2OYQA 4DG1A 4H8KA 4AHCA 3S3NA 3NHGA 3DLKA 2JGUA 3DOLA 3CFPA 3SPYA 5K14A 1JKHA 4CJFA 5HROA 4FJLA 4CJQA 4M41A 4KTWA 4KHWA 3C94A 2G8IA 3A2FA 3CG7A 1YTUA 4RW6A 3D45A 3QNOA 4CHPA 1R0AA 4EZ9A 1WAFA 3AA4A 3HPOA 2WOMA 1HMVA 4C8NA 1WLJA 4KFBA 4BDPA 3PX4A 4BWJA 4EP4A 1ITGA 4FM1A 2E6LA 3G10A 4CJLA 5SWMA 1D8YA 4DSIA 3V9ZA 4O0IA 1BCMA 3QERA 1VSFA 4KTZA 2ZQBA 4AHRA 1NJZA 1Q9XA 4K8XA 4DTSA 3VQBA 1L5UA 3KTQA 3B6PA 3VQ9A 3B6OA 3ZT3A 1CZBA 4CF1A 2XO7A 3M8RA 4HUFA 3V9WA 2LSNA 2DTUA 1HNIA 3KLGA 3HM9A 4LSNA 3M8QA 5HBMA 4FLWA 1YT3A 5J2PA 4N5SA 4F8RA 2VWJA 3QEIA 4CHYA 3QEXA 4Z4EA 2ITGA 1NKEA 4CJSA 4DQRA 3F9KA 1BQNA 1HQUA 4CJ5A 2KQ2A 3UIQA 4B08A 3VQ5A 1SL2A 1D5AA 3RRHA 3RR8A 2WONA 2YNHA 4FLUA 4E19A 1IH7A 3EZ5A 3OYJA 1HPZA 1A5XA 3V1QA 1S6PA 1TKZA 3VQ7A 1S1UA 3QIPA 4GVMA 3HPHA 1NK6A 3TARA 1N6QA 5JS2A 3NFAA 4BE1A 1Z26A 1WSHA 1NJXA 1WSEA 2NUBA 2A1SA 3VQCA 4KRFA 4E1NA 4W5NA 3LWLA 4FW1A 2OPRA 4NCGA 4J2DA 4O5BA 1RTJA 1A5VA 1U45A 2IGIA 4RW9A 3KIOA 2XY8A 4CJ3A 1S1XA 2O4GA 1TV6A 4DFKA 4FJNA 1I39A 2X74A 1KCFA 4ELTA 4FJMA 3HP9A 3DMJA 4FK4A 3SUOA 1K6YA 2Z1JA 1BIZA 5I42A 4BDYA 1LW0A 1NK9A 4DTJA 1RBTA 3TAMA 4FYDA 4FJJA 1SV5A 4FJ8A 5HP1A 4M3WA 4AHUA 1TKTA 4IG3A 1VRTA 3NF6A 4Z4CA 3OY9A 4DF4A 3K5NA 1IKWA 4GMJB 4CJPA 4B3OA 1S9GA 3L2RA 2FBTA 3S9HA 1CLQA 3ZSWA 3PO4A 3LP2A 3WNGA 4BE2A 3V9SA 1C0UA 2YNIA 4N56A 3NE6A 1ZYQA 1VSLA 4IBNA 4HUGA 1VRUA 2ATQA 3ZSXA 5T7BA 4FXDA 2EHGA 3QESA 3L8BA 4CJEA 2FBVA 4I9LA 2Z1GA 1ZBIA 1EXQA 3K5LA 2F96A 3I0RA 3V1OA 3HYFA 1BCOA 3LANA 3NH2A 4DU4A 2BDPA 3KLEA 1CXUA 5J2QA 3CFRA 1X9SA 3MECA 3SQ1A 1SKRA 1RTHA 1RCHA 2KFZA 1U47A 4CE9A 4ZHRA 2P5OA 1J9AA 3F73A 1LW2A 1S1VA 1JXEA 1LAVA 3D0PA 4FJHA 2BE2A 4PUOA 3KLFA 4KHQA 2FC0A 4M3ZA 4W5RA 1NJYA 3P1GA 1WSIA 4L8RB 5J2MA 5J1EA 1VSKA 2I5JA 4E7JA 3RWUA 3LDSA 1GOCA 3AVMA 2RN2A 3QINA 4CFAA 1QQCA 3NAEA 3K2PA 4JS4A 1GOAA 3SUQA 1HQEA 4ZTJA 1XWLA 3K5OA 5FROA 5KRTA 4DSKA 2GV9A 3I0SA 4CF0A 4CHZA 3VA0A 1UWBA 3ALYA 4I2PA 4M42A 1VSJA 2Y1IA 3AA2A 4FJ7A 2QK9A 3AVBA 4E7IA 4DQSA 1TVRA 1T03A 4CEQA 3HVRA 4RW4A 1IKXA 1X9MA 3AVKA 1KFSA 5J2NA 3U6FA 5D3GA 1YTAA 2OA8A 4OKKA 3KK3A 2IC3A 3BDPA 5JS1A 3ULDA 1KSPA 2YNGA 1RTIA 1RDBA 1GOBA 2ZE2A 3OYBA 3DLBA 4I2QA 1HYZA 1EETA 4KAZA 1L3VA 4M45A 1XHZA 4DTUA 1FXXA 1Q8IA 1S1TA 3QLHA 3AV9A 3LWMA 4FM0A 1SL1A 1TK8A 1KFDA 4UQGA 3L2QA 3VQDA 4JS5A 1VSEA 4FVMA 3SPZA 1C1BA 1ZBUA 3OJSA 4DTOA 4J2BA 1QS4A 1C1CA 3AO4A 1ASUA 3HSTB 2HHVA 4DTXA 4CJUA 2Q3SA 1W0HA 3AVLA 2RKIA 3ZT0A 4GW6A 1RT6A 3DOKA 3TAFA 2G8WA 5KI6A 4JLHA 3ZSRA 1X9WA 1XI1A 2PY5A 4QOZB 1JLFA 1RDDA 4E7HA 3RMCA 4CJWA 1L3UA 3CYMA 3VQPA 4OPKA 4FJIA 4PWDA 2W42A 2BGGA 2DY4A 1UAXA 2Y1JA 2PZSA 4QAGA 4F4KA 3M8PA 3ZT2A 4CFCA 3EYZA 4ID5A 4KHNA 3MEEA 3ITHA 4FZYA 2D0AA 4CERA 1TAUA 3DYAA 4DTPA 1WNSA 1UA0A 1RT2A 2E4LA 3TAEA 1O1WA 1TK5A 4KI4A 4LD0A 5HLFA 2D0BA 3T1AA 5CZ2A 3O4NA 2R7YA 4FLXA 4B8AB 2B4JA 2GBZA 1KLMA 1Q9YA 4DTRA 1ASWA 3V9XA 4CJRA 4HHTA 4Q0BA 5SZTA 1BHLA 3OS1A 2HHUA 4E1MA 4CEBA 3NF9A 4CK2A 4I9QA 4KREA 1IO2A 1RBSA 2IDOA 3KJVA 3T3FA 2X6SA 2HHWA 4ZTFA 4LY7A 3TWHA 4M3UA 4CF9A 4B9LA 4NYFA 1LWFA 3OYMA 1T05A 4I7FA 4FLVA 4E3SA 1LWEA 4M3TA 2OPPA 3ZSQA 3G0ZA 4KB1A 1HJRA 3V6DA 2HNDA 4CEOA 2A1RA 5HRSA 1VK0A 4DSLA 1QHTA 1L3SA 3HXMA 4FJ5A 3VQ4A 5HRNA 4B9VA 1L3TA 1U4BA 1QSSA 3C6TA 4OKEA 3KKRA 1HNVA 3H08A 4Y1DA 4KTQA 1NKCA 3JYTA 2YHAA 1QSYA 2IAJA 3P5JA 3ASMA 3FFIA 3IG1A 4IFVA 4DTNA 2VG7A 4BACA 4O44A 3OYKA 3TI0A 1NOYA 1LV5A 4DF8A 3JSMA 5E41A 4CK1A 4EP5A 5I3UA 3AVJA 4N41A 3AVGA 1JL2A 3IAYA 4CEDA 2G8KA 4FJ9A 1RDAA 3U3GA 3RR7A 3PV8A 1S9EA 1X1PA 1J54A 1C0MA 3NGIA 4C8MA 1D9DA 4DFJA 3SQ2A 1QTMA 4FZZA 4Z4FA 2Z1HA 1XHXA 2FBYA 4CGDA 4CF2A 4EZ6A 3T19A 1U48A 3HT3A 1U49A 4O55A 3I8DA 3VA3A 1NK8A 1QSLA 3KK1A 2XY7A 3OYGA 4IFYA 4ELVA 4CF8A 3LALA 3EY1A 3VQ8A 1C6VA 3NF8A 1BIUA 3HVTA 4Z4GA 1SUQA 4OJRA 1F21A 2XHBA 3TABA 3OVNA 5DMRA 5FRNA 1JLGA 3IS9A 1S5JA 3OYLA 3V9UA 2F8SA 1QE1A 4AHTA 2KZMA 2ZD1A 4CIEA 1BGXT 4IG0A 1WAJA 3KD5E 1JXBA 1ASVA 2QXFA 1RNHA 4DQQA 4J2AA 3PX6A 3OYFA 1WSFA 2X6NA 4J2EA 1RT5A 3OYIA 1YVUA 2XY5A 1EX4A 3OS2A 4LSLA 4DLEA 4OGCA 1TK0A 2DFFA 3C6UA 2VWKA 3L2UA 2OZSA 4CEEA 4M3XA 5KGWA 4W5QA 1JLBA 2DFHA 4CJKA 3LAKA 2F8TA 4N76A 2G8UA 4FK2A 4E7KA 1JLQA 3VQAA 5CYMA 5CYQA 4JRPA 3OYEA 3LZJA 4HVJA 2HHXA 3P83D 2KW4A 3CQ8A 1J53A 3DRRA 2YKNA 4Z0UA 3DLGA 2HNZA 3O3GA 4CGGA 1NK0A 3KLHA 4ELUA 1JLCA 3ZT4A 4CGFA 4W5TA 4JRQA 5KRSA 3IRXA 4OGEA 4KPYA 1G15A 2Z1IA 3LPTA 4CEZA 5KGXA 3SV4A 3S3MA 2HVIA 3DI6A 4FW2A 1REVA 3SYZA 4BDZA 1XC9A 2XRIA 1IKVA 2DFEA 3NBPA 1BQMA 1KRPA 4PY5A 2G8VA 1WN7A 2E6MA 3QIOA 5HRPA 4W5OA 4FM2A 1IG9A 3LP1A 2HHQA 4DQPA 4RW7A 4CECA 1TGOA 4C8OA 4Z4HA 4OVLA 3TR8A 2HNYA 4IKFA 3AA3A 1DTQA 4CEFA 4FK0A 2KZZA 3SV3A 3QETA 3SCXA 2YHBA 3NGZA 1TKXA 3CM6A 3AVCA 3TANA 3RMBA 1BI4A 4DWIA 1Z25A 4RW8A 2RF2A 1C1AA 1FKOA 4F3OA 4FZXC 4K8ZA 2IS3A 3MAQA 4AHSA 3O4QA 3ZSYA 4E7LA 1A5WA 2PYJA 4Y1CA 4DLGA 4H4OA 1HRHA 5EU7A 4NYNA 3U3YA 4F2SA 2O4IA 2HHSA 3KK2A 3QEWA 4DFPA 3MXMA 4YNQA 1JL1A 1NOZA 4DQIA 1B9DA 2PYLA 1LWCA 4FCYA 3O3FA 4FLZA 1KLNA 1B9FA 1BI4B 3CM5A 3K5MA 2KFNA 1RTDA 3ZT1A 3AVHA 3RTVA 3QEPA 3NH0A 3TAQA 3LZIA 4KKOA 1CXQA 1HYVA 1ZBHA 3QNNA 3SUNA 1FK9A 4B9SA 4E0DA 3SZ2A 2RPIA 4LH4A 4WE1A 3V1RA 2IOCA 3PO5A 1EP4A 4CEAA 1TAQA 3KLIA 4G1QA 4O4GA 2VG6A 5DK5A 3M8SA 4XIUA 1RBUA 2HMIA 4KHUA 4DS5A 1TKDA 4TSXA 2HB5A 1RT7A 3LP0A 2YKMA 3AO3A 4CGHA 4CHNA 4OPJA 4BE0A 4DS4A 3QEVA 4M3RA 4DU3A 3KD1E 2OPQA 1FKPA 1RBVA 2EX3A 4ID1A 3L2VA 3VQ6A 4HCBA 3OS0A 4CK3A 3DRSA 1RILA 1ZBFA 1W9HA 4B8CA 4CHQA 5KTQA 3MEGA 3OYHA 3NDKA 1U04A 4PA1A 1HYSA 2HW3A 3WNEA 4CIFA 2HVHA 3NF7A 4Z4IA 1BISA 1JLEA 1VSHA 3LP3A 1SL0A 3K59A 1T7PA 1RDCA 1NK5A 1S1WA 3QO9A 3SQ0A 3WNFA 4RG8A 1ZBLA 3WNHA 3S3OA 4FJKA 3PUFA 4CESA 4M3YA 3RRGA 1IKYA 3L2WA 4KV8A 3SQ4A 3OYDA 3ZCMA 3DM2A 3HK2A 2HHTA 3DLHA 1RBRA 3OYNA 3SNNA 4OKJA 3HP6A 3AO2A 4KI6A 3AVFA 3VQEA 2P1JA 5CZ1A 3AVAA 4N47A 1DTTA 3L3UA 4KO0A 4CGIA 3C95A 1CZ9A 4B9MA 4KB0A 1TL3A 3ZSVA 1N5YA 4FLTA 3O3HA 1TL1A 5C25A 2XY6A 4H4MA 4O0JA 2YNFA 3PX0A 2QKKA 2JLEA 4AHVA 1KVAA 3L3VA 4CJ4A 4C8LA 3NGYA 3DRPA 4DMNA 4B9NA 5FRMA 4CCHA 3LPUA 1J5OA 3AA5X 4HTUA 5C24A 3THVA 1UA1A 1RT1A 2P51A 4NCBA 3HL8A 2G8FA 3PY8A 2X78A 4QCLA 5FDLA 4FJXA 4PQUA 2ETJA 2P5GA 1EKEA 3K57A 1WSJA 4Q5VA 4CIGA 4AILC 4B9UA 1VSMA 2OZMA 1BL3A 3AO1A 4KHYA 3HJFA 1B92A 3VQQA 4E89A 2FBXA 3ZSOA 1NK4A 1D9FA 3MXJA 4ICLA 5HRRA 2QKBA 4DSFA 4LH5A 3V4IA 3MXIA 1WSGA 4CJTA 3DLRA 1C0TA 3TAGA 4NCAA 4CGJA 3K58A 5CY4A 4FLYA 3SI6A 1SKSA 3LAMA 2B6AA 3OYCA 4KHSA 1SKWA 1JLAA 2D5RA 4CFDA 1LAWA 1NKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRNA 4C8KA 2ZJQL 4XEIA 3FZFA 3THXB 4CJVA 2KHOA 4IDKA 3G71N 4HCCA 3MEDA 2OPSA 4G9ZA 2E2PA 1I3AA 4DFMA 1YHQN 5M1PA 2YI1A 3H45C 1VSDA 4R5PA 3E01A 1BU6O 3SJJA 4F3TA 2B5JA 1HLUA 2BANA 4H5NA 3VEVA 2HSTA 3NCIA 3ENOA 4BWMA 3BP8A 5F0XA 1S6QA 4DU1A 3NH1A 4FJGA 1RT4A 2P9KA 2WTUA 5K14A 3BY5A 5CHIA 1YITN 2E1ZA 2O8CB 3C94A 2G8IA 3A2FA 2FLOA 4RW6A 4IOCL 3T1HK 4A2BA 4MLEA 4HTLA 3AA4A 4BR4A 3PX4A 4EP4A 4ISGA 4CJLA 1D8YA 5KPZA 3V9ZA 3CJ1A 1VSFA 2P9NA 2ZQBA 1NJZA 1YXQA 2RE2A 3VQBA 4A2AA 3B6PA 3VQ9A 3ZT3A 1CZBA 4CJ7A 2XO7A 4HUFA 1HNIA 3KLGA 4N5SA 4B3RK 3QEIA 4C1NK 4Z4EA 3MCPA 2OTLN 5I9EB 1BQNA 2KQ2A 3CQYA 3VQ5A 1G99A 1NLVA 1S72N 4JYAK 4E19A 4JI0K 3OYJA 1A5XA 1TKZA 1S1UA 4GVMA 2YJEA 3TARA 4FPBA 4EFHA 5KPTA 3OA9A 3VQCA 2NUBA 4E1NA 1IV0A 1K8KB 4IFEA 4JKCA 1RTJA 4IJAA 3KIOA 1OVQA 4CJ3A 3CC2N 1TV6A 4DFKA 1OH8A 5AQVA 4XH4A 5HOOA 3DMJA 1XMQK 1K6YA 5EY4A 4OX9K 1SV5A 1LOTB 4FJ8A 4M3WA 4IG3A 3FR0A 3OY9A 1IKWA 3A0IX 1NGJA 1W2BM 1CLQA 4BVPA 4MDAA 1BA0A 4JKGB 4BE2A 4K25A 4JI6K 1C0UA 4DV2K 2YNIA 3UKRA 3O8MA 1IBLK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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