3AVLA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avlA00
1Q9XA 3QEXA 2HVHA 3OYMA 3CG7A 2DTUA 1UA1A 3RRGA 1TV6A 1BQMA 2P1JA 4MFBA 4B9SA 3OJSA 1QSSA 2A1SA 2HNZA 2WONA 1ZBHA 4CJPA 4DFMA 1SUQA 2FBXA 4CGHA 1N6QA 4NYNA 3QETA 4FW1A 4YNQA 2D0CA 4B08A 3QERA 4JLHA 3OVNA 3KKSA 3C94A 3HO1A 2FBVA 3BGRA 4Z0UA 3NCIA 3QEPA 4B9TA 4CEZA 4OVLA 2NUBA 3O3GA 5HLFA 3TI0A 2VG6A 1BGXT 1S1WA 4FLZA 4ID1A 3SUPA 3L3UA 3V81A 3VQ8A 4CFBA 5T7BA 4H4OA 1TK8A 2RKIA 1C1CA 3C95A 5CZ1A 4B9MA 4AILC 5SZTA 1VRUA 3AA5X 3ALYA 3MEGA 2YKNA 4FJ9A 3TAEA 3NDKA 3LPTA 1LWCA 3VQBA 1BIZA 1JLAA 1RT2A 4RW8A 1A5VA 3RRHA 4PWDA 3NE6A 1TK0A 3HPOA 3UIQA 4FK2A 3CM6A 2GUIA 3BDPA 1JLFA 1WAJA 3P83D 4CEBA 3KK1A 1HPZA 4UQGA 4FLVA 4ELTA 4CJ3A 3QNNA 1KVBA 4LSLA 5HRRA 3WNFA 3EZ5A 4H8KA 1EKEA 2KFZA 3RR7A 4FJ8A 3SYZA 4DG1A 4J2DA 4E3SA 2R7YA 1VSDA 1S1XA 4FJ5A 1J9AA 1ZBUA 3AVHA 2HMIA 4KTWA 3CFPA 3SCXA 1HYZA 2VWKA 4DU1A 1TKXA 1VSEA 3AO1A 4BE1A 4B8CA 1S5JA 2OA8A 4MQ3A 3KLFA 4M3YA 2ATQA 3VQCA 3DMJA 3SNNA 4CGJA 1TAQA 1QQCA 4HVJA 4IFVA 2XY6A 2KTQA 3V1RA 4E7IA 2KW4A 3ISNC 1S1UA 4CIGA 4BWMA 2Z1HA 3D45A 4LH5A 4OKKA 3OYBA 5J1EA 5KTQA 3DOKA 1RNHA 4BWJA 3VA3A 1HYSA 2HNDA 5HRPA 1HQEA 1S1VA 4DTPA 4CF8A 3ITHA 4KHUA 4CFDA 3LWMA 4W5NA 1WSEA 3TAPA 2G8UA 1HMVA 1TKTA 4DS5A 1GOBA 1RT5A 4M3WA 4DTXA 5SWMA 3LP1A 1VK0A 4N5SA 4Z4EA 4CFCA 3KLIA 4KFBA 2ITGA 5CY4A 3PX0A 1C0TA 4DTRA 5C42A 3G0ZA 4C8NA 3RMCA 1J53A 1L3TA 2YNFA 3C6TA 3U3GA 4CEOA 4F2RA 3SQ1A 3V9WA 1SKSA 3NAEA 4GW6A 4CK3A 3M8SA 1L3SA 1W9HA 3VQ9A 3MXIA 4LD0A 2A1RA 2ETJA 4ELVA 2GV9A 5CYQA 3OJUA 1N5YA 1EETA 4C8LA 3DRRA 4NCAA 1B92A 3QIOA 1RDCA 1I3AA 3OYJA 1XWLA 2W42A 4CHNA 1DTQA 1KFSA 1Q9YA 3TANA 4IG0A 1WSFA 4FYDA 3HYFA 4FM1A 3SZ2A 4RW9A 2D0AA 1JLBA 2IDOA 4RW4A 3MXMA 3SUOA 3ZCMA 4FJHA 1T05A 4W5OA 4KB0A 5D3GA 4CGDA 2B4JA 2DFFA 3LP0A 2BE2A 1HNVA 4DSFA 3PX4A 2GBZA 4CJTA 2QXFA 5HRSA 1IO2A 4CJ4A 1TKDA 4FJLA 1IH7A 1SKWA 3RMBA 4CEQA 4R5PA 1IKXA 3LAMA 2HW3A 1U45A 3AVFA 1NOYA 1XHXA 3VQ6A 4KV8A 3S3NA 3OYHA 3TAGA 1WAFA 5DMRA 4F3OA 4ID5A 3HL8A 3PUFA 1IKYA 3O4NA 2G8KA 4FK4A 3AO5A 4KTZA 3S3MA 4K8XA 3NGYA 4NCGA 3V9SA 4Q0BA 4AHTA 3V9UA 3TAFA 3IRXA 4M3ZA 1O1WA 4CJRA 4KI6A 4DSEA 1RILA 1CXUA 1RT7A 3DRPA 3KK3A 4QAGA 3SV4A 1NJXA 3QNOA 4IFYA 1J5OA 3VQQA 4CE9A 1DLOA 3K2PA 4CF1A 4DS4A 1SL2A 1LAWA 4KAZA 2HHUA 5EU7A 4JS5A 1NK6A 1KVCA 4EZ9A 4CHYA 1Z25A 1BCMA 5HP1A 4IG3A 2ZD1A 5C24A 3LWLA 4BE0A 4RW6A 4HTUA 3CYMA 1L5UA 3H08A 2Y1IA 1J54A 3K57A 4CJWA 4DMNA 2HVIA 3KJVA 4FCYA 3HJFA 2OZMA 5KRTA 2QK9A 4F8RA 4E7KA 1C0UA 3V9XA 3OY9A 3DOLA 3B6PA 2I5JA 1RTHA 3K58A 3CFRA 1EX4A 2XRIA 3LZIA 3PX6A 5C25A 3PO4A 4DWIA 1KCFA 3LAKA 2EHGA 3G10A 4B9UA 2JGUA 1NJZA 4Z4IA 2OPSA 2QKBA 3AVGA 3NH1A 4KKOA 1VSMA 3VQPA 3KD1E 2HHQA 2X74A 1KFDA 3A2FA 1ZBFA 4H4MA 3U3YA 4DQRA 2O4GA 3KD5E 3ZT2A 4DSJA 1S1TA 2ZE2A 4CJVA 4O55A 3V4IA 2BGGA 1RDDA 3QEVA 3HSTB 1RDBA 2KQ2A 5FDLA 3VN5A 1RTJA 2G8WA 1W0HA 1QS4A 3D0PA 1LW0A 3VQ4A 3CQ8A 1KRPA 4ZHRA 3MEDA 4BDPA 4CJEA 4HHTA 3VQAA 4FXDA 3AVKA 1L3UA 5KRSA 1D8YA 3L2RA 4PQUA 4DSLA 5KGWA 2B5JA 4BE2A 3DLBA 4HUEA 3TABA 4AHCA 4CEEA 4KHNA 2OPRA 1YTUA 1WSIA 1BISA 5JS2A 4CHOA 3AO2A 1Q8IA 1SL0A 2KZZA 1C1BA 4W5QA 1VSKA 1T8EA 4OKEA 4KHSA 2OPQA 4DQSA 3SI6A 4DTMA 4E19A 3F73A 4OPJA 4DLGA 3MAQA 4O44A 1RT4A 3ZSQA 1VSIA 4IDKA 1FK9A 2P5GA 3O4QA 4GVMA 4EP4A 3OYKA 5HRNA 3TR8A 5CYMA 3S9HA 1LWFA 3HT3A 5FROA 1ASWA 4C8OA 3DRSA 4O5BA 1NK7A 3AO3A 3M8PA 3IS9A 5J2NA 2OZSA 3SQ0A 4HCBA 4B9VA 3ZSRA 2XY8A 2P51A 3KTQA 1T7PA 4O0JA 3RTVA 1VSJA 1VSFA 1YVUA 1BL3A 1HRHA 4C8MA 1WSGA 4EZ6A 1SV5A 2HB5A 3ZSVA 4JRQA 3KLHA 2IC3A 4HUFA 4FJ7A 4M3UA 4KO0A 3OS0A 1U04A 1MU2A 3AA4A 4O0IA 3AO4A 4FJNA 1R0AA 1FKPA 4BACA 3ASMA 2BANA 4FW2A 4CERA 4I9LA 1LAVA 3E01A 3IG1A 2DFEA 1JKHA 4CK1A 4JS4A 4CJFA 4M42A 1U47A 4F3TA 1GOAA 1QE1A 2YNHA 1B9DA 4CGGA 4YFUA 3AVBA 3SUQA 1SL1A 4ELUA 3NH2A 4C8KA 3IAYA 1K6YA 4IBNA 4Q5VA 4DSKA 1VRTA 4CHQA 1Y97A 3O3HA 2IAJA 2YNGA 3TWHA 1U49A 1RBSA 1RBRA 1UA0A 4G1QA 4DTSA 2G8HA 1JXBA 4LY7A 3QLHA 1WLJA 4CEAA 4CJQA 3SQ2A 1CLQA 3AVNA 3HPGA 3AVAA 4OKJA 3SPYA 1X9WA 3RMDA 4CJKA 4FJGA 4NCBA 1S6QA 2VWJA 1NK9A 1IG9A 4Z4CA 4CHZA 3L2QA 5E41A 1JLQA 5FRNA 3AA3A 3OYIA 1HYVA 4J2AA 4DF4A 4CJSA 4CJ5A 2F96A 3MXJA 4DU4A 1NOZA 1TL1A 1ZBLA 2YKMA 3P1GA 2HHSA 4CGIA 4DFKA 3L2VA 3L3VA 3V1QA 1RBVA 4KHWA 1JLCA 4CECA 4CEDA 4KRFA 4M41A 3CFOA 4CJLA 3HP9A 3ZT3A 3I8DA 1C6VA 4B3OA 3DLKA 2PY5A 4FLTA 3KKRA 1BHLA 3KLEA 4HCCA 4OLBA 5JS1A 1X9SA 1VSHA 3KIOA 4FLWA 1S6PA 3NF9A 1U4BA 4N41A 1JLGA 3F9KA 1RDAA 4I2PA 4PA1A 4AHRA 4CJUA 2IS3A 2YNIA 1NK8A 2G8IA 3OYDA 1NKEA 2G8VA 1TL3A 1RT1A 3TAMA 1X9MA 5K14A 2HNYA 4E0DA 1KLMA 4CIFA 3AVCA 3HXMA 4DF8A 4FZXC 1ITGA 4N56A 4B8AB 1NKBA 4M3TA 2AJQA 3ZSZA 1XHZA 3LALA 1A5XA 3VQEA 4AH9A 3SPZA 4KTQA 4J2BA 3O3FA 4RG8A 4OLAA 3ZSOA 2JLEA 3AV9A 1L3VA 4DQQA 1RTDA 2X6NA 3THVA 1WSHA 1JL2A 4O4GA 2RPIA 5KGXA 4Z4FA 3OYCA 2XHBA 1BI4B 1ASVA 3S3OA 1LWEA 2O4IA 1IKWA 4DFPA 3B6OA 2QKKA 4FLYA 4J2EA 3WNGA 4B9LA 2YHAA 3ZSWA 3LANA 2YHBA 5FRMA 3NF8A 3AVLA 3QINA 3WNHA 4CESA 4EP5A 3L8BA 3PO5A 1WNSA 4Z4GA 2HHXA 4DQPA 1Z26A 3DLGA 3K59A 4FJIA 1QHTA 5J2PA 1ZBIA 3NF7A 1HQUA 3CM5A 3DYAA 4I2QA 4LH4A 1FKOA 3ZSYA 4CK2A 1JXEA 3AVJA 1RTIA 4QOZB 2Z1IA 1CZ9A 1YTAA 3RMAA 3AA2A 2F8SA 1DTTA 2FBYA 4PY5A 3OYAA 1B9FA 3LDSA 2PZSA 4FM0A 3V6DA 1TAUA 3U6FA 2Z1JA 4FJJA 1ASUA 4LSNA 1S9EA 2HHTA 2Z1GA 3JYTA 4HUGA 4DFJA 1T03A 2KFNA 4CF0A 1KTQA 3M8RA 1BCOA 2E4LA 1ZYQA 4E1MA 3HVRA 3K5LA 4M3RA 3DI6A 1NJYA 4DTJA 1QSYA 4WE1A 4QCLA 1UOCA 5J2MA 3OS2A 1NK5A 3DLEA 3K5MA 3EYZA 1XI1A 4Z4HA 1SKRA 3QIPA 3SUNA 1GOCA 3OYLA 4E7LA 1KLNA 2F8TA 3WNEA 2IGIA 2PYJA 3DLHA 1CZBA 1IKVA 1LW2A 2LSNA 3OYGA 4OGEA 5I42A 4OJRA 4K8ZA 1NJWA 3TAQA 4F4KA 3NF6A 3LP2A 4FVMA 5I3UA 4N47A 4BDYA 3ZT0A 2PYLA 1RBUA 1WN7A 1BQNA 4CF9A 3NGZA 3OYEA 4CHPA 4XIUA 4AHVA 3KLGA 3DM2A 3KK2A 3QO9A 3VA0A 2YV0X 4E7JA 3ULDA 1TGOA 3QESA 3VQ5A 1KVAA 3ZT1A 3NHGA 3SV3A 3MECA 1A5WA 2IOCA 2RN2A 4DTNA 2VG5A 2WOMA 3C6UA 4NYFA 3ZT4A 4DTOA 3FFIA 4Y1CA 3T1AA 2P5OA 4N76A 5HBMA 3T19A 3SQ4A 4CFAA 4FZZA 1TVRA 4TSXA 4E1NA 4ICLA 1KSPA 2VG7A 4CEFA 3MEEA 3HP6A 4DU3A 4I9QA 1UWBA 4M3XA 3LP3A 4FJXA 2G8FA 4M45A 4OPKA 5CZ2A 4JRPA 1LV5A 1BIUA 4W5RA 4E7HA 4RW7A 3ZSXA 4CF2A 4AHUA 2E6MA 1REVA 3OYFA 4CGFA 4W5TA 2X78A 3JSMA 4BDZA 3QEIA 1U48A 3EY1A 1NKCA 2B6AA 3NGIA 3NH0A 4FK0A 2KZMA 4FLUA 3K5NA 2BDPA 3RR8A 2D0BA 2X6SA 2HHWA 1HJRA 3HM9A 3P5JA 1RCHA 1NK0A 3VQ7A 1FXXA 1TKZA 4FLXA 1D5AA 3K5OA 3LZJA 2OYQA 4KB1A 3DLRA 2FC0A 4ZTFA 1RT3A 4AHSA 1BI4A 4PUOA 4FJMA 2HHVA 4OGCA 1G15A 4KHYA 4Y1DA 3OS1A 3HK2A 2Y1JA 4KI4A 5KI6A 2XY5A 3SJJA 4DSIA 4FZYA 3LPUA 1RT6A 3T3FA 1C0MA 1S9GA 1VSLA 3I0RA 4E89A 1F21A 2DFHA 4FJKA 4L8RB 3NFAA 2ZQBA 2XO7A 2EX3A 5DK5A 4KHQA 3M8QA 3HPHA 1UAXA 2Q3SA 5J2QA 1X1PA 2FBTA 4GMJB 1EP4A 3NBPA 4KREA 3QEWA 3HVTA 4KPYA 4DQIA 3TARA 1YT3A 3V1OA 4ZTJA 4F2SA 1EXQA 4IKFA 1WSJA 3AVMA 4DTUA 1C1AA 4FM2A 3VQDA 1TK5A 1D9DA 3PV8A 1QTMA 1HNIA 2E6LA 2XY7A 1RBTA 4CCHA 4I7FA 3L2WA 2OPPA 3AVIA 4DLEA 1QSLA 3I0SA 3OYNA 1I39A 3V9ZA 1JL1A 2DY4A 1D9FA 1XC9A 5HROA 3PY8A 3L2UA 1NK4A 2RF2A 1CXQA 4B9NA 4CIEA 1JLEA 2D5RA 3RWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H6EA 3QEXA 4GVEA 2HVHA 3CG7A 4B1YB 1TV6A 1BQMA 4BY9C 4MFBA 2HNZA 4CJPA 4DFMA 1SUQA 2FBXA 4NYNA 3QETA 4B08A 3QERA 2JWKA 3C94A 5EXWA 4Z0UA 5F2RA 3H45C 4FWLA 1S1WA 3V81A 4H0XB 1TK8A 3NMUA 1C1CA 5CZ1A 4B9MA 2Q2RA 2P9KB 3AA5X 2FSJA 4FJ9A 2YKNA 3EZWA 1W2BM 1DEJA 4JK7A 4CZGA 3LPTA 1BIZA 1RT2A 3NE6A 3SAHA 2GUIA 1JLFA 1HPZA 4ELTA 4JK9A 3VEVA 3D2EB 2VCPA 2YHXA 1S1XA 2R7YA 3LDQA 3AVHA 4WFNL 3THXA 1KD1O 4YY3K 4IFEA 3KLFA 2ATQA 3DMJA 3SNNA 1TAQA 1QQCA 4E7IA 2KW4A 4FWQA 4ILHA 3U4LA 4CIGA 2P9PA 2Z1HA 1NJYA 4OKKA 2HNDA 1S1VA 4DTPA 1VQON 1GLCG 4OO1J 3QB0A 2G8UA 1HMVA 5AQPA 3H46O 1GOBA 1HKGA 5KQ8A 2GWJA 1G99A 4M3WA 2IIRA 3FZHA 4Z4EA 4YOUA 2GELA 3C6TA 3ATVA 3NAEA 2QXLA 3VQ9A 3AGRA 4LD0A 3U8XA 2GV9A 5LL6Z 3OJUA 1N5YA 4DR2K 1WBDA 3VGKA 1OH6A 3ENOA 3G6EN 1VQ5N 4IG0A 4BR7A 1X3MA 1JLBA 1NLVA 3SUOA 2V51B 4CGDA 2DFFA 3T1HK 2BE2A 1E4GT 4CJTA 1NGEA 2QXFA 2QWNA 3ZX0A 4R5PA 3LAMA 4C1NI 1U45A 1NJIO 3TAGA 5M1FA 4GKKK 1NMDA 4BC3A 4YOVA 1IKYA 5E84A 3O4NA 2G8KA 3AO5A 4K8XA 3S3MA 2QWMA 1VQPN 3IRXA 3LM9A 4FPBA 1K8KA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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