3AVMA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avmA00
4DFKA 1X1PA 3HSTB 5CZ2A 1DLOA 1NOZA 4KRFA 3AO3A 1EXQA 4GW6A 1WN7A 2IDOA 5KGXA 1Z25A 4H8KA 4CJSA 3SUPA 1J53A 2D0CA 4KTWA 3V9ZA 1EETA 3OYAA 4DQRA 4KAZA 1LWEA 2OPQA 3KK1A 3DLRA 3VQDA 5J1EA 2HHUA 1XHXA 3O4QA 1L3VA 3LAMA 4FW2A 3LDSA 4CERA 1ZBHA 2D0BA 4HCCA 4E7LA 2ZQBA 3WNGA 4W5QA 4TSXA 1NK0A 1WAJA 3TR8A 4DF8A 2PYJA 1N5YA 4OPKA 1BCOA 4DSJA 2HMIA 4PUOA 3I0RA 3AVNA 1GOCA 4CGJA 3E01A 3MEDA 4FLUA 3CM6A 4PA1A 4M41A 4CJ4A 3SV3A 4F4KA 4CK3A 4JS5A 4Z4HA 3AVIA 2XY6A 3KD1E 1TAUA 1JXBA 1LWFA 2OZMA 3KLEA 4KHUA 1D5AA 1QQCA 5C25A 1KFSA 4FJGA 4CJVA 1DTQA 4ID1A 1VRTA 1KCFA 4CECA 2PY5A 1BQNA 1SUQA 1JLCA 2B6AA 4O5BA 1TV6A 4MFBA 3IRXA 4CF2A 3VQ5A 1GOBA 2HHSA 2Y1JA 1TKXA 2RKIA 3LPTA 3QEIA 2PYLA 4FYDA 1HJRA 3NCIA 1B92A 2E6MA 4KFBA 2ETJA 1VSEA 2FBTA 2DFFA 1S1VA 3AO5A 3VQ8A 4DFMA 3U6FA 1TAQA 1XWLA 2Z1HA 3ZSYA 5J2MA 3V4IA 4CEAA 1N6QA 2QKBA 3HM9A 1CLQA 4CF9A 1TL1A 4J2BA 4O0JA 4FJ8A 4DTSA 3VQAA 3DLEA 1QSLA 4NCGA 4CHYA 4DTNA 3KTQA 2IAJA 4M3ZA 4CGGA 3VQEA 4CJKA 4DMNA 4OGEA 3K5MA 3B6OA 4CFAA 1UA1A 2VWKA 4HUFA 2XO7A 5DMRA 3DLKA 1SL2A 3V9XA 4QOZB 3RRHA 3QINA 4CHQA 1XI1A 1BGXT 3A2FA 3ZSXA 4JRPA 3MXIA 4B9MA 1TK8A 4DTUA 4OPJA 2DFHA 4UQGA 1I39A 3K57A 4CJLA 4M3WA 2IOCA 2XHBA 2F8SA 3ZSQA 1NK8A 1C1AA 3MXJA 4BACA 5J2QA 3WNFA 3HPOA 4CEZA 3VQ7A 3S3OA 1SL0A 4KHWA 1S1TA 2EX3A 2ATQA 4I2PA 4CGFA 4Q0BA 5CZ1A 3C6TA 4CJWA 3QNOA 4F8RA 3MXMA 3NBPA 4B9LA 1U4BA 1U48A 2OPRA 2DTUA 4OKKA 3QIPA 1VRUA 2HNZA 3IS9A 1XC9A 3VA3A 1Q9XA 2G8IA 4KO0A 3OYNA 4RW7A 1X9MA 2HNYA 4NCAA 4YNQA 1CZBA 3L2RA 4CF8A 3AVCA 1Y97A 3LPUA 3O4NA 4CHOA 3JYTA 3P1GA 3RMCA 5HROA 5SZTA 1X9SA 4FZZA 2GUIA 2E4LA 3NGYA 3LP3A 4OKEA 1S6PA 4HCBA 4Z4GA 1RNHA 3OYEA 4M42A 1JL1A 3SZ2A 4FW1A 4CFCA 4CIEA 5I3UA 1SL1A 4CGDA 4E19A 4DG1A 4I9QA 3OYCA 3O3FA 4FM1A 2Z1GA 4HTUA 2D5RA 5I42A 2OPPA 3DM2A 4JRQA 2HW3A 3QIOA 3THVA 2RPIA 1RTHA 1T03A 3ZT3A 4NYNA 1BL3A 4ICLA 1WSGA 2R7YA 4DTRA 3SJJA 3M8QA 3P83D 3QEVA 2I5JA 3V6DA 4CGHA 3IAYA 4JLHA 2YNGA 1EKEA 1WSHA 4FLZA 1NK4A 1BIUA 1NJXA 5EU7A 3CYMA 4KI6A 4KHYA 3CFOA 3PV8A 1NK7A 1HYSA 1RBRA 3SUQA 2QXFA 3PUFA 5KGWA 4ZTJA 3LP0A 4QCLA 3I0SA 4FCYA 1U47A 3ZSWA 3OJUA 1KVAA 3M8PA 2G8UA 2FBXA 1RTJA 3TAFA 4KI4A 2KZZA 4OLAA 3IG1A 1RDBA 5JS2A 3LANA 4CEQA 3LWMA 1KLMA 4H4OA 4W5RA 4M3XA 1WSIA 4KB0A 3VA0A 3ULDA 4MQ3A 3NE6A 2Z1JA 2VG7A 1HNVA 4DTPA 1NK6A 3HVRA 4C8OA 1QTMA 1IH7A 3HYFA 5CYMA 3ZT2A 2VWJA 1ASWA 2E6LA 3AVFA 1IKXA 1HQEA 1LWCA 1W0HA 3DYAA 2P1JA 3RMDA 4EZ9A 1RDAA 4K8XA 2XRIA 4M3UA 4WE1A 4CEFA 1J5OA 4FJKA 3UIQA 3SV4A 2HB5A 4KV8A 3SQ1A 1UA0A 3DLGA 1A5VA 1EP4A 2G8KA 4E7JA 3VQBA 3KK2A 1WLJA 1JLAA 4N76A 3SYZA 1HQUA 2GBZA 3S3MA 4CJTA 1CXQA 3KLFA 2KFNA 4W5OA 2P5OA 3ZT0A 4FJNA 3LP1A 1TKZA 1UWBA 4BWJA 1T05A 4IFYA 4B9VA 2D0AA 3SQ0A 4N56A 3EY1A 4Z4FA 4HVJA 3OS1A 4E3SA 3VN5A 2ZD1A 3TAEA 4J2AA 3VQQA 2ZE2A 3VQCA 4NCBA 2VG5A 4J2DA 4FXDA 2VG6A 3OVNA 1FKOA 1FXXA 3HL8A 3T1AA 1F21A 2LSNA 2GV9A 3HT3A 1NJWA 3OYJA 4DSIA 1S6QA 1WAFA 3NFAA 4DQPA 4AHUA 4C8LA 3AVGA 2WOMA 5HRSA 3TI0A 2YHAA 4E0DA 1ZBUA 4IKFA 3ZSZA 4BE0A 4JS4A 4RW9A 3L2UA 1JLGA 4FVMA 4C8NA 4KPYA 4CIGA 1ZBIA 1LAWA 1T7PA 2G8FA 3L8BA 1J9AA 4FLYA 4FJHA 4PY5A 3QO9A 1WSJA 3H08A 4B08A 4CHPA 4FM2A 4FK0A 3OYLA 4DQIA 1YT3A 3QLHA 4KHSA 5CYQA 1C0TA 4AILC 2FBYA 4DF4A 4CEDA 2A1RA 3NGIA 2OA8A 5JS1A 3T3FA 2O4GA 3LAKA 5SWMA 3NAEA 4DTOA 3TANA 1ZYQA 1JLEA 4ID5A 3T19A 4LY7A 3L2WA 4RW4A 1KTQA 3RMBA 4OLBA 3WNHA 2G8HA 4BDPA 1TL3A 2B5JA 4LH4A 3ZT4A 3QEPA 4LSNA 5KRTA 1HYZA 4CF1A 1KRPA 4F3OA 1GOAA 2HHXA 1JL2A 4EZ6A 4DWIA 4CIFA 1HRHA 4EP4A 3OS0A 4DFJA 2WONA 1T8EA 4O0IA 2XY8A 2Q3SA 1ZBLA 3OYFA 1L3UA 3NH0A 1TK5A 2HHWA 2G8WA 3OYGA 3DI6A 1VSDA 2X6NA 4DSEA 3RR7A 1KSPA 3D45A 1U49A 1TKDA 4LD0A 1QHTA 4DFPA 4DSKA 3OYMA 3CG7A 1QS4A 2QK9A 4M3YA 1L5UA 3ISNC 2YNHA 3ZCMA 1HMVA 4AHRA 4CJPA 1FKPA 3TARA 4OVLA 4I2QA 4KKOA 3HJFA 4FLWA 4L8RB 1DTTA 3ASMA 1BQMA 1SV5A 4O55A 4CK1A 2HHTA 1G15A 3K59A 1NJZA 4N41A 3RMAA 4PQUA 1BI4A 1JLFA 3DRSA 1WSFA 3KJVA 3DRRA 1VSLA 5KTQA 1TGOA 1VSHA 1RCHA 4OGCA 2X74A 1D8YA 1KLNA 4B9SA 1C0MA 3L2VA 3AA4A 1RDCA 1D9FA 1VSIA 4C8MA 2O4IA 1NJYA 4FLVA 3NH2A 3FFIA 4FJLA 3VQPA 3PX6A 3TWHA 2YKNA 3SCXA 1X9WA 1NKBA 1CZ9A 1VSMA 3LWLA 3VQ4A 1LW0A 3DRPA 3NF6A 1NKEA 4DSFA 1S1UA 1NKCA 3PY8A 4KB1A 3BDPA 1KVBA 3TAPA 3ZSRA 4DU3A 3QEWA 3AA5X 2EHGA 1BIZA 3L3VA 1RT1A 4RW6A 4K8ZA 2KFZA 4FZYA 3LALA 4M45A 2BGGA 3VQ9A 4CJQA 1U45A 3ZT1A 1D9DA 4E1NA 3SUNA 3C6UA 3S3NA 1RTIA 2HVHA 4IG3A 5HRNA 3HPHA 4C8KA 4IBNA 1NK5A 4AHVA 4CJ5A 3HVTA 2NUBA 4DS5A 1RBUA 4LSLA 3PO5A 4DS4A 4PWDA 1S1WA 4CEEA 3PX4A 3V9UA 3AVMA 3AV9A 1SKWA 3L2QA 3RRGA 3LP2A 4B9UA 1C1CA 5HRPA 2IGIA 3KLGA 3OYHA 4BE2A 1JLQA 4CK2A 1IO2A 3OYKA 2F8TA 2ITGA 1Z26A 4R5PA 1EX4A 1LV5A 2OYQA 4Q5VA 3CFPA 2JLEA 3AVBA 1SKSA 3I8DA 1CXUA 2YKMA 1TK0A 1UOCA 4FLTA 2BE2A 4CHNA 4YFUA 1SKRA 4BDYA 3CM5A 4AH9A 3TABA 4B9NA 4FJXA 4B8CA 3D0PA 5HBMA 3DLHA 1R0AA 4E7HA 5J2NA 2F96A 1VK0A 3KD5E 4DSLA 4E7IA 4KHQA 4B8AB 1K6YA 3TAMA 3L3UA 1IKWA 1RBSA 4CJRA 3OYDA 1I3AA 4N5SA 3K5LA 3ALYA 3K2PA 2RF2A 2HNDA 4BDZA 4CJUA 1NOYA 2BDPA 4Z4EA 4ZHRA 3KLIA 1S1XA 3V1OA 3WNEA 3ZSVA 3EZ5A 4E89A 4H4MA 3OYIA 4CFBA 3F73A 3QESA 4KREA 5J2PA 2YNFA 4IDKA 2G8VA 3DLBA 1O1WA 1BHLA 1ITGA 1HYVA 4DLEA 1VSJA 3AA2A 1RT4A 4Z4CA 4DQQA 2AJQA 1ASVA 1VSKA 2KTQA 2OPSA 4CEBA 4CJEA 1IKVA 3HXMA 3M8RA 4E7KA 4Z0UA 4DTXA 2KZMA 1RBVA 3HP6A 3LZJA 2DFEA 1Q9YA 2Z1IA 1NK9A 4HHTA 1TVRA 4FJMA 1S9EA 4CESA 4DTJA 3SUOA 2A1SA 5KI6A 3SNNA 1RILA 1QSSA 3DMJA 1YTAA 3C94A 4J2EA 3KKSA 2YHBA 1W9HA 3HP9A 4KTZA 4F2RA 2JGUA 3DOKA 3NF7A 4QAGA 1A5WA 4I9LA 4CEOA 3NGZA 1FK9A 3EYZA 3RTVA 3O3HA 4NYFA 4FLXA 3V1RA 1YTUA 4F2SA 3SQ4A 1RT7A 3AVJA 4CE9A 3PX0A 3KKRA 3VQ6A 1KVCA 3RR8A 1JLBA 1LW2A 1WSEA 3ITHA 1JXEA 2P51A 3QETA 3K5OA 4DU4A 4CFDA 4HUGA 1HNIA 5HLFA 3AO2A 3G10A 1S9GA 2PZSA 2QKKA 3MEGA 3C95A 1JKHA 5DK5A 3AVKA 5HP1A 4FJJA 3SPZA 2FBVA 3U3GA 2X6SA 3NF9A 4ELTA 2YV0X 4G1QA 4CHZA 4CCHA 4F3TA 4O44A 5HRRA 3V81A 3SPYA 3KLHA 4DLGA 4DTMA 3KIOA 4B3OA 2IS3A 4CGIA 3AO1A 2DY4A 3OYBA 1MU2A 3TAGA 4N47A 3DOLA 1L3SA 3S9HA 4DQSA 3V1QA 4AHTA 3K58A 2OZSA 3SQ2A 4FJ5A 1TKTA 4IG0A 3PO4A 2BANA 4Z4IA 1U04A 4KHNA 3OY9A 5C42A 1ZBFA 1VSFA 3U3YA 1UAXA 1L3TA 4RW8A 1RT3A 3KK3A 1RTDA 5D3GA 4I7FA 2X78A 5FROA 4GVMA 3M8SA 3AVLA 1WNSA 3F9KA 3QEXA 1BCMA 2HHVA 4FM0A 1REVA 4BWMA 4KTQA 1RDDA 3QNNA 3QERA 1ASUA 4XIUA 4M3TA 3RWUA 1S5JA 2YNIA 1BISA 3MEEA 1KFDA 3V9SA 3NH1A 1RT2A 3MECA 4RG8A 4W5TA 3NHGA 3AVAA 3TAQA 1C6VA 3HK2A 4M3RA 5E41A 3V9WA 2Y1IA 2FC0A 3OS2A 1IKYA 1RT6A 4Y1CA 5K14A 3CFRA 4ELVA 2HHQA 4Y1DA 3MAQA 4BE1A 5C24A 4ELUA 1HPZA 1B9FA 1LAVA 1QE1A 4CF0A 4CJ3A 3NF8A 3OJSA 3CQ8A 1XHZA 1A5XA 5CY4A 4B9TA 4FZXC 3HO1A 4AHSA 5FRNA 1YVUA 3AA3A 2RN2A 3BGRA 2B4JA 5FRMA 4IFVA 3HPGA 3LZIA 3JSMA 1J54A 2XY7A 1C1BA 3AO4A 1B9DA 3O3GA 1C0UA 1RT5A 4OKJA 3NDKA 2XY5A 4FJ9A 1QSYA 2IC3A 4O4GA 5KRSA 1Q8IA 4ZTFA 1IG9A 3ZSOA 4CJFA 3SI6A 3B6PA 4DU1A 4EP5A 5FDLA 2W42A 2KW4A 4FJIA 4FJ7A 4FK4A 2P5GA 4HUEA 3AVHA 4LH5A 1BI4B 4W5NA 4GMJB 3K5NA 4E1MA 4AHCA 2HVIA 2KQ2A 3P5JA 4FK2A 5T7BA 3G0ZA 4OJRA 1RBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DFKA 2IDOA 3QMLA 4CJSA 4JN4A 2ZJPL 3V9ZA 1VQON 1Y64A 1LWEA 2OPQA 3DLRA 5J1EA 1VAZA 4XEIA 4JI6K 2E20A 3O4QA 2A42A 3LAMA 2NRVA 1VQ7N 1ZBHA 3WNGA 4H0XB 4JKGA 1N5YA 4OPKA 4PUOA 5C2DA 2HMIA 2UUBK 4M41A 4PA1A 5ADXA 3K9KA 1TUUA 4YOTA 3AVIA 2XY6A 3KD1E 5BR9A 4X64K 1D5AA 1QQCA 4FJGA 4ID1A 1VRTA 4H03B 5LL6Z 2B6AA 1TV6A 4MFBA 4CF2A 3VQ5A 1SZ2A 3QEIA 4EFHA 4FYDA 3FFKB 4A2BA 3CCLN 1KXPA 4O5FA 1VQKN 2O8CB 1S1VA 3VQ8A 3VERA 1N6QA 3L0QA 5BRHA 4DTSA 4M3ZA 1SQKA 3U4LA 3K5MA 4DR2K 3B6OA 1UA1A 3VF6A 3WQTA 4BR0A 4IZ9A 2F7TA 3RRHA 4OPJA 2QWNA 4M3WA 3ZSQA 3MXJA 4CEZA 3S3OA 3GDQA 4KHWA 1S1TA 4CGFA 1OVQA 1FW6A 2UUCK 3QNOA 1U4BA 2DTUA 4C1NI 2O8EA 2QWOA 4KO0A 4RW7A 1CZBA 2P9UA 3AVCA 1Y97A 3O4NA 4CHOA 2A40A 4FZZA 4A61A 4G9ZA 2HBJA 3CI5A 4GV9A 4K41A 5I3UA 4CGDA 2O8DB 4E19A 3TSUA 2OPPA 2RPIA 1T03A 3P83D 3QEVA 3CJBA 1OH8A 1T44A 5EU7A 4KI6A 4CZGA 3SUQA 2I7PA 5EXWA 3LDLA 3PUFA 3I0SA 4FCYA 2G8UA 1EO1A 3OJUA 5AFUA 4OLAA 3ENOA 4GV3A 5IWAK 1OVYA 2QEXN 4H4OA 5JLFA 4KB0A 3THWB 3ULDA 2HOEA 3NE6A 3EO3A 4C8OA 3WXMB 3ATUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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