3AVNA

Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of hiv integrase in the ledgf binding site
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase identify new interactions at the LEDGF binding site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Recombination/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 52
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3avnA00
1I3AA 2HMIA 1IKYA 3RR7A 3SV3A 3SUPA 1WAFA 3LAKA 4C8OA 2GUIA 1BQMA 1HNVA 4CGDA 3G10A 5KGXA 5CYMA 4F3TA 1SKWA 1A5XA 2G8FA 1KTQA 3LZJA 1X1PA 1RBVA 1IH7A 2IDOA 1EX4A 3LWMA 4B9TA 2E6LA 3VA0A 3VQ4A 3OYCA 4E3SA 2Q3SA 2VWKA 3AV9A 3C95A 4OGEA 2VWJA 1Q9XA 3KD5E 3AA4A 4KREA 1XI1A 1K6YA 1KVAA 2P1JA 3PX4A 4KAZA 2YV0X 3HVRA 3AVGA 4CFAA 1X9WA 1IG9A 4J2EA 3AVFA 1HPZA 1KRPA 2XY6A 5HBMA 4DF4A 4FM1A 3TAFA 4KV8A 3TAEA 1T03A 4FK4A 1B9FA 3NBPA 4AHUA 1WSEA 3NF8A 4PWDA 2YKNA 4CFDA 1D5AA 4N5SA 4DTJA 2G8KA 4IG3A 1L3UA 3L2RA 1W9HA 3QIOA 3KLEA 2KTQA 1O1WA 3IG1A 1WNSA 4FLYA 2YNGA 1J9AA 3ZSWA 4N56A 4CGHA 4FJLA 1CXUA 4DFJA 4CJ3A 1NK9A 1VSLA 4IFVA 3DLEA 5HRNA 3L8BA 4O4GA 3OYEA 3AO3A 4EP4A 3K2PA 1JL2A 1QQCA 3L2WA 3PX6A 3B6PA 3I0SA 4M3TA 1YVUA 4O0IA 2FBXA 3V9XA 3OVNA 3DOLA 4FJ7A 3A2FA 2IGIA 4YFUA 1C0MA 2B5JA 2YKMA 1IKWA 1IO2A 4GVMA 1NKEA 1VSMA 3AVMA 4CFCA 3JSMA 5D3GA 3IS9A 2KFZA 4UQGA 1RT5A 3V4IA 1RTIA 4ID5A 1TKZA 1XWLA 4AHSA 4DF8A 5J2MA 4KHQA 3OYKA 1BIZA 2KW4A 2QK9A 1RTDA 1RILA 1KCFA 4E7IA 1SUQA 4CE9A 3OS1A 3L2VA 1Z25A 4MFBA 3HJFA 1WSJA 3SPZA 4FJIA 4FLZA 3SQ1A 1J5OA 4KHSA 2WOMA 1C0UA 4DTRA 1X9MA 2HVIA 2F96A 4CHQA 4AHTA 3EY1A 2GBZA 4FW1A 4FK0A 4FCYA 1A5VA 4KO0A 1RT7A 2DFHA 4CJPA 3FFIA 3DRPA 4ZHRA 2HW3A 4CCHA 1QE1A 2FBYA 5KGWA 3SCXA 3RR8A 1JLGA 3LALA 1JKHA 1FKPA 3TI0A 4B9NA 1LW0A 1RDDA 3F9KA 4M3XA 4E1NA 1NOZA 1TV6A 3BGRA 2XY7A 4OVLA 1JXEA 3HT3A 2VG5A 1BHLA 1WSFA 3QNNA 1FKOA 3NH1A 4KHUA 3SQ2A 3CFOA 3IAYA 2G8VA 4F2SA 1HYVA 4DQRA 4CF1A 4FJ5A 5KI6A 1RDBA 1U4BA 4RW9A 2QKKA 2QKBA 4I9LA 3LANA 1QSLA 4CJEA 3L2QA 2O4GA 1IKXA 1ASVA 2RN2A 3AA3A 4E7LA 3ZT2A 3DI6A 3T3FA 3OYGA 2HNYA 3NGYA 3SNNA 4KKOA 1LWCA 4F2RA 4DU1A 2ZE2A 4FJ8A 4TSXA 1VSEA 3O3HA 2OPRA 3C6UA 4LSNA 1RTHA 3M8QA 4I2QA 4LSLA 4CHYA 1Q9YA 3KD1E 1S6QA 3AVKA 1RCHA 3VQQA 3ZSOA 3T1AA 2G8UA 3PV8A 2YNFA 3WNGA 2XHBA 4GW6A 2EX3A 4ZTJA 4CJVA 3NFAA 4N76A 1SL0A 1VSKA 3VQ8A 3AVJA 4FZXC 2WONA 3AA5X 3NCIA 1C1AA 2I5JA 2BANA 1QTMA 4CHOA 2Y1IA 1NK7A 2AJQA 4DFMA 2PYLA 3SUNA 3C6TA 3ZSVA 3OY9A 4RW8A 4ZTFA 3DRSA 4OLAA 3RTVA 4OJRA 1J54A 4DQSA 4J2DA 1DLOA 3RRGA 2X74A 3OYIA 2A1SA 3KIOA 5T7BA 4W5QA 2VG7A 5HRPA 2QXFA 1JLEA 3CM5A 4O44A 3P1GA 4BWJA 3SV4A 3M8SA 3KTQA 5J2PA 4CIFA 5KRSA 1QSYA 3AVBA 1TKXA 4KPYA 1W0HA 4CJKA 3K59A 4DSFA 3VQ9A 3TR8A 4KFBA 4HUEA 1CZBA 5C25A 5HRRA 4Y1DA 1GOAA 4BDZA 4F4KA 3LP0A 4IDKA 3V6DA 4B9UA 1NK5A 2BE2A 4PY5A 2HHUA 3PX0A 1GOCA 4AHVA 4BWMA 3NGIA 4CEFA 4O0JA 4DTOA 4KHNA 4AH9A 1HNIA 1U45A 4O5BA 4FM2A 3JYTA 3MAQA 4Z4CA 2ZD1A 4FJNA 4E89A 4FJHA 4E7JA 2F8SA 1B92A 2OZSA 1ASWA 3TANA 3HP9A 3S3NA 2OPQA 4Q0BA 1ZBLA 4KRFA 1B9DA 2OPSA 4CGGA 2XY5A 1S1VA 5HRSA 1D9DA 4RW7A 3S9HA 3WNHA 2YNIA 1HRHA 1DTTA 5CY4A 3OYBA 3AVLA 4I7FA 4AHCA 3TWHA 2Z1GA 3V1OA 4Z4IA 3CQ8A 2KFNA 4DTPA 1FK9A 2ATQA 1G15A 3KLGA 3OYFA 4B9VA 1ZYQA 1RBRA 2P5OA 3SQ4A 3VQ7A 2G8WA 3UIQA 4CK2A 4OGCA 2G8HA 3QLHA 3OYMA 3QEWA 2X6NA 1BI4B 2B4JA 3HL8A 2O4IA 4FLWA 3IRXA 3KK1A 4DTUA 4CGIA 3PY8A 4QAGA 4OKKA 1X9SA 2OA8A 1T05A 4B08A 2D0CA 4C8NA 4Q5VA 1S9EA 5E41A 3QEPA 2ETJA 1U04A 4LY7A 3U6FA 3NH0A 1R0AA 2JLEA 3RWUA 1XHZA 4I9QA 3HPOA 2D5RA 2FC0A 4CJRA 1C1CA 2YNHA 3LAMA 4DSJA 2KZMA 4C8MA 3AO5A 4BE1A 1QHTA 3NGZA 1NK8A 1IKVA 4DMNA 3RRHA 1Q8IA 4CFBA 5CYQA 1DTQA 3D0PA 2OZMA 2IS3A 1NOYA 1FXXA 3OYJA 3MEDA 4OKJA 1JLBA 3I8DA 2F8TA 5SWMA 3K5NA 4CF2A 1TK0A 1ZBFA 1KVCA 3DOKA 2KZZA 1UWBA 1CXQA 1XHXA 3ISNC 2EHGA 1VRUA 3AA2A 3SI6A 4QCLA 3CG7A 5CZ2A 4N47A 4Z4FA 3OYHA 2LSNA 2IAJA 1D9FA 1KLMA 4DLGA 4FJXA 4CJSA 4JS4A 1SKRA 3KK3A 4CGFA 1KFSA 4Z4HA 1WSHA 3ZT4A 2VG6A 4NCGA 5DK5A 1ZBIA 4M41A 1NJYA 4HCCA 3K5MA 5JS1A 3HYFA 1F21A 4YNQA 4DTNA 1RT1A 3K5LA 3DYAA 2DY4A 4FJKA 3ZSXA 4CJWA 1JLCA 2IOCA 1EETA 1HQUA 1RBTA 1EP4A 1WSIA 3NHGA 2P51A 1KSPA 2HHWA 3G0ZA 4G1QA 3AVHA 3TAPA 2HNDA 4DQPA 1JLAA 4CIEA 4HUGA 2E4LA 1MU2A 4CF0A 4NCAA 1RT2A 4CIGA 4DS4A 2Y1JA 3SYZA 3VQ5A 3ULDA 1NJZA 1ZBUA 4KB0A 4Z4EA 3AO4A 3KJVA 4CECA 4CEEA 1TKDA 1TVRA 1ASUA 2D0AA 4DU3A 2RKIA 4BE0A 3V9ZA 3DRRA 3TAGA 1N5YA 4B8CA 1J53A 4NYFA 3HO1A 3TARA 1VSIA 3OJSA 5KRTA 3OYDA 4IKFA 3QERA 4OKEA 3RMCA 1TL1A 3NF6A 3K57A 1QS4A 1VRTA 4FLUA 4DTMA 4FK2A 3I0RA 4GMJB 1UA1A 3HK2A 1LWFA 3LPTA 3KKRA 5I42A 4DU4A 1HMVA 1LW2A 3SJJA 2HHQA 4DS5A 3V9UA 1L3VA 1HYZA 3V9WA 3DLBA 4Z4GA 3TABA 2HHXA 1NK4A 4ELUA 4M3WA 2XY8A 3AO2A 2OPPA 4ELVA 1BISA 4N41A 1S6PA 3U3YA 4B9SA 4DTXA 1YTUA 4H8KA 3NF9A 1U49A 1NK0A 4B3OA 3P83D 1LAVA 1TKTA 3QO9A 4HVJA 1JLQA 4KHWA 4LD0A 4CJ4A 4L8RB 1TAUA 3SUQA 3HPHA 3MXMA 4E7KA 3LWLA 3S3MA 4M3UA 2HVHA 4K8XA 4F8RA 4FM0A 4WE1A 2RPIA 3ZSQA 3DLHA 5FDLA 3VQDA 1UA0A 4KTWA 4CERA 4ID1A 4IBNA 3OJUA 5EU7A 1VSFA 3NF7A 3DMJA 3KLHA 1C0TA 4FLTA 2DFFA 2E6MA 3DLRA 2HHSA 4KTQA 1SV5A 1RDCA 3LDSA 3BDPA 3HVTA 2GV9A 2KQ2A 1CZ9A 3CFRA 4Z0UA 3PO5A 4CJTA 1VSHA 2NUBA 4FJMA 2B6AA 1VSJA 5C24A 1S1TA 4M3RA 4BACA 4PUOA 3VA3A 4KHYA 1A5WA 3NE6A 1SL1A 3LPUA 1BCOA 3VN5A 4KI6A 4E0DA 4E7HA 1U47A 1LWEA 1TL3A 1RT6A 3ZSRA 3WNEA 1BL3A 3LP3A 4IG0A 1S1WA 1UOCA 5CZ1A 3VQ6A 4W5RA 4DTSA 3HSTB 4HUFA 4DWIA 3HPGA 3THVA 3U3GA 5HLFA 2Z1IA 4BDYA 3AVCA 4KB1A 1JXBA 5KTQA 4BE2A 1KFDA 5HROA 1XC9A 1WSGA 1WLJA 3VQPA 4JLHA 3L2UA 4NCBA 4FZZA 4B8AB 4CHPA 4C8LA 1HYSA 5J2QA 3WNFA 2R7YA 3VQEA 3OYNA 3CM6A 4FLVA 3ZSZA 5HP1A 3AVIA 3CYMA 4J2BA 1REVA 5SZTA 3OYAA 4LH5A 3EZ5A 4IFYA 4CF8A 3S3OA 1ZBHA 3AO1A 1S1XA 4QOZB 3ZT3A 2YHBA 3O4QA 2BDPA 3OYLA 4RG8A 3KLIA 1SL2A 3KLFA 3QIPA 4DFKA 1L3TA 5DMRA 2ZQBA 1GOBA 4FYDA 4FVMA 2PYJA 1Y97A 4DSKA 1ITGA 3QEXA 5FRNA 5C42A 2FBTA 4PQUA 2X78A 2Z1JA 4DQIA 4ELTA 4CEOA 2W42A 1Z26A 4PA1A 2XO7A 3O4NA 3SUOA 3SQ0A 1T7PA 2DTUA 4I2PA 3QETA 3L3UA 3LP1A 1NKCA 1JL1A 1KLNA 1HQEA 2Z1HA 3MXJA 3QINA 4NYNA 5FRMA 3ZSYA 4DLEA 3D45A 3KKSA 4DSLA 3VQBA 3OS2A 1QSSA 4HTUA 1EXQA 3O3FA 4XIUA 4DSEA 4CHZA 3E01A 5J1EA 2HB5A 1RT3A 3LP2A 3M8PA 4E1MA 3NDKA 4R5PA 4M3YA 1NJXA 1HJRA 1VK0A 1S1UA 2JGUA 3TAQA 3DLGA 4HCBA 3SZ2A 1RDAA 3OS0A 3MEGA 4ICLA 4OPJA 1NKBA 2IC3A 4FJGA 4DQQA 4CJUA 3V9SA 4K8ZA 2DFEA 4AHRA 4Y1CA 2FBVA 1BIUA 3L3VA 3V1RA 4CJ5A 4OPKA 3M8RA 4HHTA 3C94A 1LV5A 3RMAA 3PUFA 4H4MA 4O55A 1YTAA 4FJJA 4CEDA 5I3UA 4BDPA 1BGXT 4FZYA 1S9GA 1I39A 1LAWA 3T19A 4CEBA 3F73A 4CEAA 1D8YA 3QESA 4CJLA 3LZIA 1TGOA 1RT4A 4M45A 1TK8A 1WAJA 3K58A 1RTJA 4JRQA 3K5OA 3QEIA 4LH4A 2HNZA 4OLBA 3ALYA 1UAXA 1NK6A 3ZT1A 3HP6A 3VQAA 1N6QA 4B9MA 4KI4A 3HM9A 4DG1A 1L3SA 4H4OA 3ASMA 3SPYA 3P5JA 4CESA 4FXDA 1CLQA 3EYZA 3NAEA 3QEVA 2BGGA 4W5NA 2X6SA 3PO4A 1JLFA 5K14A 4AILC 1WN7A 2OYQA 5FROA 2XRIA 4CF9A 4FLXA 1TK5A 3AVAA 2G8IA 3ITHA 2PY5A 2HHTA 1EKEA 3MEEA 1BI4A 4CGJA 4W5OA 4EZ6A 1NJWA 4DSIA 2D0BA 1RBSA 4M42A 2YHAA 3DLKA 3DM2A 3NH2A 3ZT0A 4B9LA 4CEQA 3MXIA 1SKSA 4CJQA 5J2NA 1S5JA 3RMBA 1C1BA 1BCMA 1YT3A 2P5GA 4CHNA 4CK1A 2HHVA 3TAMA 1L5UA 4C8KA 5JS2A 3KK2A 3B6OA 4JRPA 4FJ9A 2ITGA 1VSDA 4RW6A 4CEZA 3V1QA 3AVNA 3MECA 2PZSA 4W5TA 4F3OA 1KVBA 3HXMA 1U48A 1C6VA 3VQCA 2RF2A 4MQ3A 4EP5A 4EZ9A 3RMDA 4KTZA 4FW2A 3ZCMA 3O3GA 4CK3A 3V81A 4J2AA 1RBUA 4CJFA 1TAQA 4E19A 3QNOA 1BQNA 2A1RA 4DFPA 3CFPA 4RW4A 1T8EA 3H08A 4M3ZA 1RNHA 4JS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LF4K 4IXCA 2HMIA 3IUCA 3D7EO 1WAFA 3LAKA 4C8OA 2GUIA 4PKHA 1HNVA 4CGDA 4F3TA 2G8FA 4G9ZA 4CBWA 1RBVA 1IH7A 2IDOA 1EX4A 3LWMA 3OYCA 4E3SA 2Q3SA 4OGEA 3HOSA 3CETA 3KD5E 1KVAA 2P1JA 3O9TA 3HVRA 1IG9A 1BDGA 3CXCM 4KV8A 4PWDA 3NBPA 5ADXH 2YKNA 4DTJA 1VQ8N 4IG3A 4CD1A 3L2RA 4JI8K 5AQYA 2KTQA 2P9SB 4GY2B 1NGHA 5KPTA 2P9NB 5GIPA 3FZFA 4N56A 4FJLA 4DFJA 2EWSA 4CJ3A 3DLEA 3L8BA 2QWOA 3AO3A 4EP4A 3K2PA 1JL2A 3PX6A 4NXNK 1Q7YO 4XH5A 1YVUA 3OVNA 3CMAN 4YFUA 1OH7A 1IO2A 3EKSA 5AQRA 1NKEA 5ADXA 4DV3K 3JSMA 3IS9A 2VQEK 3V4IA 4JK9A 1XWLA 5GADP 1BIZA 2Q97A 3O9QA 3CJ1A 5ELZA 3WEEB 1WSJA 3SPZA 3FE1A 1YF5L 1J5EK 2WOMA 5GINA 5AQNA 4V19S 2GBZA 4JI3K 4FCYA 2DFHA 4CJPA 4NO7A 5KGWA 3ID6A 4AM7A 1H1VA 4A2BA 4BRFA 2P9PB 1TV6A 3BGRA 3MX2A 3M6GA 2VG5A 1BHLA 1WSFA 3QNNA 1FKOA 3NH1A 3ZX3A 4F2SA 2QKKA 4I9LA 1BA0A 1KD1O 1QSLA 5C2DA 3AA3A 3DI6A 2HMPA 2HNYA 3NGYA 1LWCA 4IJAA 2ZE2A 4TSXA 2GEMA 5AQKA 4LSNA 3M8QA 1Q9YA 3AVKA 2G8UA 2P9UA 3PV8A 3WNGA 2EX3A 2Q36A 4JKEA 3SBTA 2WONA 3AA5X 3NCIA 2BANA 3CCJN 1YITN 4BRCA 3OW2M 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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