3CC2N

The refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution with rrna sequence for the 23s rrna and genome-derived sequences for r-proteins
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cc2N00
4WFBL 5MLCQ 3CC4N 1KQSM 1Q86O 4UY8O 1OVYA 2OTJN 3CPWM 1YHQN 1VQPN 3CXCM 5GAGP 1YJ9N 3CD6N 3CCLN 1NJIO 3CCMN 1VQ5N 3CF5L 4WF9L 2QEXN 4WFNL 1K73O 3CCUN 1ILYA 1QVFM 3CC7N 2QA4N 3CMAN 1W2BM 3CCQN 3CCRN 1VQ4N 1VQ7N 1VQNN 1Q82O 3CCSN 3G71N 3CCJN 3I55N 2ZJRL 3PIPL 1JJ2M 4WFAL 1YI2N 3G4SN 5DM7L 1VQ8N 1K8AO 1YITN 5H1SQ 5JVGL 5GAHP 1VQ9N 5HL7L 4U67L 3PIOL 3CMEN 1Q7YO 5GADP 3OW2M 1M1KO 1N8RO 1K9MO 1VQLN 1YJNN 1VQ6N 4IOAL 3CC2N 1M90O 1VQKN 3CCVN 4WCEL 1VQON 3I56N 1YJWN 1QVGM 1S72N 3G6EN 5GAEP 5DM6L 3DLLL 2OTLN 1YIJN 1KD1O 1Q81O 1KC8O 4IO9L 4IOCL 2ZJPL 3CCEN 1VQMN 2ZJQL 5JVHL 3J7ZO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CM6A 4DR4K 1HKBA 4CECA 5I42A 1RT5A 3K58A 1LW2A 4BQLA 3AVKA 5CYQA 4E89A 5JMVA 3IRXA 3OHRA 5AZJA 4FJKA 2V7YA 1RDBA 1RGIA 3HP9A 5BRHA 4N47A 1SL2A 2OYQA 1E3MA 4ILJA 3DOKA 1ZBHA 1UOCA 4DMNA 1GOCA 4N56A 3FZHA 3NFAA 2P9UA 2VQFK 5A2QO 1KLNA 4CEQA 3UB5A 2G8KA 4BR7A 3RR8A 4WFNL 1KSPA 5AQWA 4Z4GA 5TKWA 5JS1A 2NZTA 4LF7K 2HBLA 4FJNA 4BR2A 3OA9A 3KD1E 3SUNA 3FE1A 1XHZA 1IV0A 3G71N 3C6HA 3NDKA 1J6ZA 3DOLA 2P9NA 4BE2A 5C42A 4GV6A 1VQ8N 1NJZA 3RMBA 3Q7BA 4CHPA 3T1YK 5BRFA 3LANA 5AFUA 3AA4A 4DSIA 3RR7A 3ZETB 3C7NA 3HYFA 4CZGA 5ELZA 3KK2A 4J8FA 3PIOL 3R6MA 1IBLK 4OGCA 2YHBA 4CZIA 4H0OA 3HBTA 1M1KO 3HPHA 3OYJA 3OJUA 4LF9K 3SQ0A 3ID8A 3CC2N 2Q0UA 4OKKA 4BR9A 2UUBK 2IDOA 2OANA 3MX2A 3TR8A 1WAJA 3L0QA 1DGKN 2UXDK 4FWRA 2VCPA 4CD3A 3MEDA 4KPYA 1FK9A 1WSIA 5AQSA 5DM6L 2HBJA 4I6MB 3HT3A 4XH5A 4X66K 1GLLO 4C8KA 4CJ4A 3UKUB 5AQOA 4BR5A 5CYMA 3SQ1A 2Q97A 2V52B 1S9EA 1U48A 3R1XA 3QBXA 2E20A 1WBDA 3AGRA 1TKXA 1C1CA 3D2EA 4LH4A 4O8KA 3K57A 4JKEA 4B1YB 4BROA 2PY5A 4UQGA 1VSLA 3EZ5A 4F2SA 4OKEA 3ATVA 5M1PA 4H5TA 1G99A 3DJCA 1KAZA 1C1BA 5ADXH 2NRWA 1D9FA 4ELUA 5JLFA 1SL0A 3RSEB 4W5TA 3CPEA 4DB3A 1BIUA 1NMNA 3VQ8A 3SMPA 1BA0A 4J2DA 4FWQA 5LJWA 4DSEA 1EQYA 3WT0A 4DV4K 3OYLA 2AA4A 2IIRA 1OKJA 1W97L 3P31A 2KFZA 1MWKA 1QZ6A 2HNZA 1NJYA 4DR2K 3V4IA 1P90A 4CJWA 1W9HA 2YHWA 4GV9A 4KHPK 1L3TA 3NMUA 3DRRA 4Z4IA 2O8CB 4Z0UA 1NK9A 3O8MA 2XY6A 2IC3A 3TTCA 3HPOA 2P9KB 3EE8A 4BWMA 2QWPA 2KW4A 3R8EA 1QE1A 3EO3A 3FLCO 3LPTA 2A1SA 2V51B 3M5RA 3LL3A 1LWFA 3O3HA 3WXLA 3A8YA 2D5RA 1WBBA 2Z1JA 3LZJA 1EWRA 1GLDG 3LP1A 4EHUA 4KHYA 3OYDA 1VRTA 2KFNA 1D4XA 1SAZA 1QTMA 3PX4A 4K8ZA 1NK6A 5AQZA 3SJJA 1KCFA 4IO9L 1WSEA 4FWPA 4JKHA 3G10A 4E7KA 4AILC 4FLWA 1WSJA 1UA1A 1BHLA 2P9SB 3U3YA 3WNEA 2ITGA 4GMJB 4HCCA 1N5YA 1HYSA 4DU1A 1MA9B 4N76A 3GL1A 4YDUA 3CPWM 3TSQA 3SNNA 4DSKA 3AVFA 1GLCG 3NHGA 1R0AA 2A5XA 2NRRA 5EVZA 4CJPA 2QWQA 3O3GA 3Q7CA 3VOVA 2O4IA 4CF0A 2HW3A 3TAGA 4FK2A 1N32K 1EXQA 3C6AA 3M8PA 4DCHA 3VGLA 2E6LA 2PAVA 5AQKA 2D0OA 4M3UA 3DLBA 3CC7N 1EETA 4QOZB 3MN6A 4FO0A 1Y97A 2W41A 1NGGA 1Y64A 5JS2A 1LAWA 2FSJA 1REVA 3NH0A 3CJBA 3O9QA 3AVBA 5JLHA 4PUOA 3J81O 2GTDA 4CJVA 1EP4A 1J5OA 3QMLA 4DTXA 1C1AA 5EXWA 2ETJA 1U2VB 1ITGA 4W5NA 4AF1A 1RDCA 4A5BA 4FK0A 2BE2A 4BY9C 1NNEA 2VG7A 4JI5K 3ZCMA 3C95A 2E88A 3LAMA 3RMDA 5EOYA 4DTUA 2IVNA 4GW6A 4K41A 4JNEA 4BRPA 3LWLA 1S1VA 1BOTO 4LH5A 3U9ZA 1LAVA 1NKEA 1YJWN 1TK8A 3QICA 3DXKB 3K5LA 5F1XA 1RT6A 3ID6A 4IEEA 5AFUH 5CR4A 1HJOA 1L3UA 2Q31A 4H4MA 1TYQA 3QFPA 3PSFA 1NOYA 4FJ9A 1TAUA 4KH5A 4CFAA 4Z4CA 5IT9O 4B1UB 1BWFO 4BG9A 2O8BA 4O5FA 1BI4A 4O55A 2P9LA 3E9LA 4FJJA 4NCGA 4BGAA 1IG9A 4UY8O 3CQYA 3V9UA 5M1KA 3THXB 1U6ZA 1X3NA 1IBMK 4ZTJA 3G25A 3AVAA 4E0DA 1S22A 2DFHA 3CJAA 2IOCA 3A5NC 1BUPA 4FWSA 2B4JA 4OJRA 3CJ9A 3AAPA 3CJ1A 4EZ9A 4RW8A 5LL6Z 3SAHA 4BDPA 3QNOA 4CZFA 3ZT3A 4JI6K 3K5MA 3ULDA 1ASWA 2QWLA 1JCFA 1TKDA 4NB4A 3MCAB 2QEXN 1UWBA 4LSLA 1WN7A 4JKAA 2BDPA 2E2QA 3LM2A 1HYZA 3DRSA 3IG1A 4FJ5A 3A2FA 2QA4N 3PLAA 4DLGA 3QEIA 3C0BA 5KTQA 5C24A 4KTQA 4OKJA 2HBMA 3CCSN 4BRFA 5FRMA 5K14A 3QERA 3OYMA 1A5XA 1H1VA 3CETA 3OYFA 4FOIA 1Q9XA 4CGFA 1IJJA 3DMJA 4O44A 3UE5A 5AQRA 4FJ7A 4CHNA 1BGXT 1UA0A 3DM2A 4OPKA 3A5MC 4AQYK 4JI4K 3CG7A 5C25A 3LDPA 4E1MA 5E41A 2ZF5O 1NWKA 1ATRA 2YJFA 3VETA 1TUYA 4F2RA 5KQDA 4CF9A 4CK3A 4CHYA 3KLFA 4CIEA 2ZGYA 4DKWA 3K9JA 5CY4A 1QQMA 3VGKA 2QWNA 4H4OA 1RBSA 3VEWA 3O9RA 2JGUA 4I7FA 1TV6A 2NLXA 3O9TA 3HXMA 4IDKA 2VWKA 2IVOA 3OYIA 1J53A 3LP0A 3VQ5A 4KB0A 2P1JA 2NUBA 3BP8A 1X3MA 1VSFA 4KREA 2E5LK 2ZJPL 4B9LA 1ZBIA 4MO5A 3CCEN 4DFMA 3BDPA 2CGKA 3MAQA 3VQEA 4K25A 4A62A 3AVJA 5MLCQ 4KHUA 3MXIA 2O8FB 4FYDA 1A5VA 1WOQA 4KO0A 5I9EB 3VN5A 3FFIA 4YY3K 3NCIA 3KHYA 1L5UA 3HP6A 5KGWA 4IG3A 4CI6A 3THVA 4DR3K 2UYTA 4Q0BA 4KI4A 4YDUC 3SAFA 3OS0A 1VAZA 1D8YA 3SBTA 4ELVA 4M3WA 5ADXA 1EO1A 2GUPA 1MU2A 1F21A 2KTQA 3TAPA 2NRVA 3K5OA 1VSEA 3KK1A 3CMAN 1TGOA 3B6OA 3DLEA 3ENBA 2XY7A 4BVOA 2D4WA 1KVBA 5HRNA 4ZTFA 2XY8A 5AQXA 4NYNA 5LMNK 5AQQA 3VQ4A 4JS5A 3MECA 5AZIA 5CHIA 1CLQA 3CERA 1JJ2M 1ZBLA 5DM7L 5EU7A 2W40A 3KKSA 4BC3A 3H46O 3DXMA 4LFBK 2DFEA 4I9LA 4Z4HA 3V9ZA 1K8KA 3TAQA 1RBVA 3SMSA 4BRHA 3THWA 2UU9K 3HOSA 3QDKA 3VQ9A 4W5OA 4M42A 1NU0A 3KWGA 3L8BA 2B6AA 2VQEK 2FLOA 2Z1IA 5AQYA 1LV5A 3LDOA 3PV8A 3K2PA 4B08A 5FLXO 2GEMA 5SZTA 1KAXA 2E4LA 3L2RA 2G8UA 3ZLJA 4AHSA 2BGGA 2WUSA 5AQFA 2XHBA 1FKOA 1E4FT 1TUUA 3KWIA 3SLCA 3KIOA 3GOIA 4B9UA 4DQIA 1S3XA 1NGAA 3T1AA 1JLGA 3D2EB 3ZSYA 3H08A 2D0BA 3LM9A 1KAYA 4I2QA 3QEVA 4NCBA 1WUAA 4E19A 3NH1A 5IWAK 4B9VA 3CFOA 4HUGA 2P5OA 4PKIA 3T69A 1JLAA 2Q0RA 3VEYA 4CFDA 2WOMA 1Q8IA 4CW7B 3FGUA 3PSIA 1OH7A 2UXCK 1GLJO 3WEEB 1MWMA 4DTSA 3RRHA 1B92A 3ZSVA 4CHQA 2PFUA 2VWBA 3ZSZA 3VEVA 3MX5A 3DYAA 3DI6A 3CCJN 2HHVA 4BRMA 2CGJA 1OH6A 4FWMA 1HPMA 3T1HK 3QLHA 4KFBA 3AGKA 3VEZA 3VQPA 3ZSOA 1ASUA 5AQHA 2O8EA 5JVGL 4LF8K 3OYNA 1DKGD 4OPJA 4YOYA 4C8NA 1HLUA 4BE0A 4OO1J 5KRTA 4JKGB 3TANA 2RF2A 3JXUA 4R79A 4JHDA 4CHZA 2D0CA 4BACA 4H0XB 1I39A 3QEXA 2VGMA 3VPZA 4FOEA 2RE2A 5CE3A 3H1QA 4X64K 1N36K 5GIPA 1VQON 1O1WA 3VQBA 2EHGA 4CJUA 3G6EN 4Y1CA 1NOZA 1QHTA 4JD2A 4CK2A 4KKOA 3NF6A 1YIJN 4E7IA 1SV5A 3P4IA 2VWJA 4DF8A 1X9MA 2G8HA 3HSCA 2KHOA 4RG8A 3QIPA 4EP5A 4F3OA 3LDNA 2NNWA 2P51A 3HI0A 4BRQA 4EHTA 4WFBL 2IAJA 2HVIA 2ATQA 4CFCA 3F5TA 1XMQK 1HNXK 3OBYA 1T44A 4DQQA 1FW6A 4MLEA 5BRDA 3CM5A 4BRKA 3HZ6A 3P39A 2IGIA 4C1NK 5BR8K 4CD1A 1NGIA 4EAHD 4H0VB 4RW7A 1VSKA 4LF4K 2Z1GA 4O0IA 4AH9A 3ZSWA 1BL3A 3VQ7A 4FWLA 4M3YA 4BC2A 3QBWA 3IUCA 3D2FB 4DSLA 4O8UA 3WNHA 4CEBA 1BA1A 3E9PA 3QO9A 1YT3A 2F4VK 1ILYA 2HMPA 3G0ZA 3HVRA 4B3MK 4YOUA 4GVEA 3VF2A 3J80O 1DTTA 4H0TB 2R7YA 4L8RB 3KLGA 1W0HA 3LDSA 1VRUA 3ALYA 3I55N 2A3ZA 4ISFA 4H5VA 2YHYA 4W5QA 3CFRA 4CZMA 3BY5A 1RBRA 3NH2A 1K8AO 4OVLA 1LCUA 4G9ZA 1RT2A 3SJHA 1IBKK 1IKXA 3AA3A 4OLAA 2KZZA 1RTIA 4CE9A 4JRQA 3C6TA 1BG3A 4ILGB 4E7JA 4GVMA 4DR5K 1VQLN 3NBPA 3ZT0A 5KPRA 5KRSA 1YJNN 1VQ6N 2FBXA 2IS3A 2I5JA 1TL1A 3TI0A 1M90O 4J2BA 1VSDA 1IKWA 3M6GA 4MO4A 3ZT2A 2QWOA 5BR9A 4DR7K 4FWNA 1VHXA 4JK8A 3OJSA 3CHWA 2ASOA 3L4QA 4K43A 1WSHA 4Q5VA 4QS8A 2O8BB 2XO7A 3I8BA 4FJGA 2HHTA 4OGEA 4PKGA 2P9LB 4JKDA 1TKZA 1QSYA 4LFCK 4GNIA 1YTUA 1JXEA 2YCHA 5BPMA 3ZX2A 2ITMA 1U49A 2GELA 5C15A 1RT4A 4H5NA 4CF1A 1YAGA 4FW1A 2D0PA 4JS4A 4LSNA 1T6CA 1VSIA 3OTOK 5DMRA 1ZYQA 4EZ6A 1RT7A 1GOAA 1YTAA 3AA2A 1WLJA 4B9SA 4IZ9A 4JI0K 1X9WA 2JLEA 2YNFA 3TSUA 3CCMN 4HUEA 1RTHA 4GY2B 4HCBA 4DTMA 4H5WA 2FF3B 4GKJK 4N5SA 1HQEA 3THYB 4FZYA 3QEPA 1EKEA 1V4SA 4JI7K 4DR6K 4A57A 3OYBA 3SCXA 4KI6A 2G8FA 5FPNA 3O9UA 1BU6O 3ZETA 4OPHA 2ZJRL 4Y1DA 2KQ2A 3IKMA 4BREA 1DLOA 4O5BA 2YKNA 2QW9A 4IDHA 1Z6RA 3PUFA 4WFAL 3O9SA 1CZ9A 1SKWA 3VERA 3FFKB 4W5RA 3EYZA 3VTHA 2QKBA 4B3RK 3H3OB 2E8AA 3VENA 2VG6A 1HNZK 3MK6A 1Q7YO 2PBDA 1U04A 2PZSA 3AAQA 5HRRA 1J9AA 3SQ2A 4C8OA 3WXJA 4AM6A 4BRAA 4K42A 3QEWA 1BO5O 2RPIA 2QXLA 4DU4A 1TKTA 3J7YP 3JYTA 5M1OA 4CEEA 2ASPA 1IKYA 2WONA 4PWDA 3UKUA 2RHKA 4BG8A 5B8HA 3WXIA 1JL1A 5FPDA 4AHRA 2QK9A 4NXNK 3KJVA 4FPAA 4FXDA 3T19A 3ULEA 1RILA 2OZSA 1NLVA 4BVPA 3QFUA 3MN7A 2YJEA 3K59A 1NK0A 1SKRA 3P1GA 1KQSM 4FK4A 4KTZA 3NVMA 3LPUA 3V9SA 3HRGA 4OX9K 1T03A 3C6UA 3KKRA 3RSEA 4MFBA 3CCLN 1SL1A 1NJIO 2BUPA 3O1WA 5HBMA 4B8CA 2E1YA 3U4LA 1KFDA 1FJGK 2XRIA 4JV5K 4IXCA 4JKCA 2P9IB 4XH4A 3EE9A 3PY8A 2NRTA 4O0JA 1XMOK 1Q82O 1Z05A 5AQLA 3FZLA 5KI6A 3L2UA 4NLCA 3S9HA 1ZBSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WFB L;  5MLC Q;  3CC4 N;  1KQS M;  1Q86 O;  4UY8 O;  1OVY A;  2OTJ N;  3CPW M;  1YHQ N;  1VQP N;  3CXC M;  5GAG P;  1YJ9 N;  3CD6 N;  3CCL N;  1NJI O;  3CCM N;  1VQ5 N;  3CF5 L;  4WF9 L;  2QEX N;  4WFN L;  1K73 O;  3CCU N;  1ILY A;  1QVF M;  3CC7 N;  2QA4 N;  3CMA N;  1W2B M;  3CCQ N;  3CCR N;  1VQ4 N;  1VQ7 N;  1VQN N;  1Q82 O;  3CCS N;  3G71 N;  3CCJ N;  3I55 N;  2ZJR L;  3PIP L;  1JJ2 M;  4WFA L;  1YI2 N;  3G4S N;  5DM7 L;  1VQ8 N;  1K8A O;  1YIT N;  5H1S Q;  5JVG L;  5GAH P;  1VQ9 N;  5HL7 L;  4U67 L;  3PIO L;  3CME N;  1Q7Y O;  5GAD P;  3OW2 M;  1M1K O;  1N8R O;  1K9M O;  1VQL N;  1YJN N;  1VQ6 N;  4IOA L;  3CC2 N;  1M90 O;  1VQK N;  3CCV N;  4WCE L;  1VQO N;  3I56 N;  1YJW N;  1QVG M;  1S72 N;  3G6E N;  5GAE P;  5DM6 L;  3DLL L;  2OTL N;  1YIJ N;  1KD1 O;  1Q81 O;  1KC8 O;  4IO9 L;  4IOC L;  2ZJP L;  3CCE N;  1VQM N;  2ZJQ L;  5JVH L;  3J7Z O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CM6 A;  4DR4 K;  1HKB A;  4CEC A;  5I42 A;  1RT5 A;  3K58 A;  1LW2 A;  4BQL A;  3AVK A;  5CYQ A;  4E89 A;  5JMV A;  3IRX A;  3OHR A;  5AZJ A;  4FJK A;  2V7Y A;  1RDB A;  1RGI A;  3HP9 A;  5BRH A;  4N47 A;  1SL2 A;  2OYQ A;  1E3M A;  4ILJ A;  3DOK A;  1ZBH A;  1UOC A;  4DMN A;  1GOC A;  4N56 A;  3FZH A;  3NFA A;  2P9U A;  2VQF K;  5A2Q O;  1KLN A;  4CEQ A;  3UB5 A;  2G8K A;  4BR7 A;  3RR8 A;  4WFN L;  1KSP A;  5AQW A;  4Z4G A;  5TKW A;  5JS1 A;  2NZT A;  4LF7 K;  2HBL A;  4FJN A;  4BR2 A;  3OA9 A;  3KD1 E;  3SUN A;  3FE1 A;  1XHZ A;  1IV0 A;  3G71 N;  3C6H A;  3NDK A;  1J6Z A;  3DOL A;  2P9N A;  4BE2 A;  5C42 A;  4GV6 A;  1VQ8 N;  1NJZ A;  3RMB A;  3Q7B A;  4CHP A;  3T1Y K;  5BRF A;  3LAN A;  5AFU A;  3AA4 A;  4DSI A;  3RR7 A;  3ZET B;  3C7N A;  3HYF A;  4CZG A;  5ELZ A;  3KK2 A;  4J8F A;  3PIO L;  3R6M A;  1IBL K;  4OGC A;  2YHB A;  4CZI A;  4H0O A;  3HBT A;  1M1K O;  3HPH A;  3OYJ A;  3OJU A;  4LF9 K;  3SQ0 A;  3ID8 A;  3CC2 N;  2Q0U A;  4OKK A;  4BR9 A;  2UUB K;  2IDO A;  2OAN A;  3MX2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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