3CF5L

Thiopeptide antibiotic thiostrepton bound to the large ribosomal subunit of deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Translational Regulation Via L11: Molecular Switches on the Ribosome Turned on and Off by Thiostrepton and Micrococcin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome/antibiotic
molecule keywords 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cf5L01
1W2BM 1S72N 3CD6N 1YJWN 3CC7N 1YI2N 4IOAL 1VQ8N 3G4SN 1Q82O 4WFAL 3G71N 4IO9L 3CXCM 4U67L 1Q7YO 5DM7L 1KC8O 1VQ5N 2ZJQL 1VQ9N 1M90O 4WFNL 1N8RO 3CPWM 1YITN 1K8AO 5GAHP 4WF9L 3CCJN 3J7ZO 3CF5L 4IOCL 2ZJRL 3PIOL 3CC4N 5JVGL 5H1SQ 1KQSM 3I55N 3CCUN 5GAEP 2ZJPL 4WFBL 3PIPL 1VQMN 1QVFM 1VQ4N 1Q81O 1QVGM 1K9MO 3DLLL 3CCQN 1JJ2M 1VQ7N 2QEXN 2OTJN 1VQ6N 1ILYA 3CCLN 5MLCQ 5HL7L 3I56N 3G6EN 3CCEN 5JVHL 3CCRN 3CMAN 5GAGP 1YHQN 1VQNN 1VQON 3CCMN 5GADP 3CC2N 1KD1O 4WCEL 5DM6L 1YJ9N 3CCSN 3CMEN 1YJNN 3CCVN 2QA4N 1K73O 1YIJN 1VQKN 2OTLN 1VQPN 1M1KO 1Q86O 1OVYA 1NJIO 3OW2M 4UY8O 1VQLN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CK1A 3C65A 2V7ZA 1W2BM 1WSFA 4RCHA 5KPRA 3HOTA 1BISA 3G71N 3K9KA 4FWQA 4CHOA 5CYMA 2Q1NA 2OZSA 4DTPA 3UE5A 5DM7L 3UKRB 1S6PA 1KCFA 1O1WA 1N34K 1HKCA 2O8FA 1NGGA 5C24A 2BGGA 3TPQA 1VSKA 3HTVA 5BRDA 4B8AB 2GWJA 1RBTA 3FZLA 4QS9A 3AVJA 3M6GA 4PL7A 3NVKA 3VQ6A 1KVAA 5K14A 1H1VA 1D4XA 4LD0A 4RW8A 5GAHP 4B9UA 4B1YB 2PY5A 4CEBA 1IBMK 3DXKB 1JXEA 4DR3K 4Z4FA 5HRPA 1YTUA 3A5LC 5AQJA 2ZM6K 4IO8A 4DSJA 1VRUA 4M41A 5H1SQ 1KQSM 1HKGA 1HUXA 3VTIA 2BH1A 2Y1JA 4QOZB 1D9DA 3V81A 1JCEA 2FSKA 1QSYA 2HBJA 3I8DA 1L5UA 3AY9A 2QWMA 3KK3A 4FLTA 1QVGM 1ASVA 3OTOK 1HQEA 4C8KA 4H0PA 1S1XA 3KK7A 2KKZA 1ILYA 3SBTA 2O8BA 3FFIA 3CJ1A 3SYZA 2I7PA 1CZBA 1KFDA 5BPMA 4BR7A 1TK8A 3AA5X 1QTMA 3NF9A 4CEFA 1QE1A 2E1ZA 2WOMA 2FF6A 3WXMB 4BRNA 5AQOA 1JL2A 3HSCA 3Q7CA 1S1UA 3CCMN 1ZBIA 5GADP 1WUAA 1NG9A 3SQ4A 4CJEA 2HNYA 4NCAA 4DSLA 2AP1A 2VG7A 3TAFA 3RMAA 1W0HA 2W40A 3ULEA 2NRZA 4L8RB 3C94A 3HZ6A 1WNSA 4A2BA 4E1NA 3KWGA 3K5MA 5GIOA 3DMJA 2P9PA 3DXMB 1CXUA 1QQNA 1Y64A 3OBWA 3PX4A 1S1TA 3SV3A 1Q82O 4O44A 2HNZA 2CH6A 2E4LA 2WTUA 3BZKA 2OYQA 4IO9L 3HL8A 4W5QA 2F8SA 4JI7K 4JV5K 2P9KB 3G10A 3HOSA 3ZT4A 3LALA 3SQ1A 4M7YA 2IDOA 2ASOA 1YITN 3DI6A 2GELA 4AHCA 3U3YA 1NGJA 1ATSA 2A42A 2A6AA 3AVAA 2V7YA 1ESVA 4JN4A 4BGBA 5C2DA 4BRLA 3NH2A 4IOCL 4C8OA 1RFQA 2BTFA 3WUHA 4F3OA 5I42A 3GG4A 4FLWA 1HR0K 5JMVA 4DQIA 3ZSXA 1J9AA 3FLCO 1JCFA 4ILGB 3HO1A 4I7FA 3EKUA 3D6RA 4CHZA 4CJ4A 5BR9A 4MDBA 4KI6A 1SS6A 4KTZA 3LM2A 4I6MA 4I9QA 4GNIA 4JI1K 4BRKA 4DV7K 4FWSA 3JYTA 4B3MK 4KHYA 5ELZA 2NRWA 4FJXA 4CJRA 3K59A 1YXQA 3VEYA 2UU9K 1A5VA 4NXMK 1C1AA 2P9NA 1BI4A 2DFEA 3MAQA 1S1WA 2YI1A 5AR0A 3ZETB 1HRHA 2G8FA 4H0YB 1YJNN 4CJTA 4DTUA 2PYLA 2P9LA 3RSEA 1TV6A 2FSJA 3ENBA 3CJ7A 4BC2A 1NJYA 3AO2A 4DR6K 3DRSA 3FE1A 4BDYA 3WEEB 4GVMA 4O8KA 3PO5A 1TKZA 2Z1GA 3H45C 4E7LA 3AO1A 3CD6N 4CJ3A 2Q36A 1GLFO 2HBMA 4JKGB 2YKNA 4CW7B 3WNFA 2G8UA 4KBOA 4A59A 4JKDA 5AZIB 4DB3A 5M1PA 4DS4A 1XC9A 2F8TA 1U45A 1ITGA 1JLEA 4FJ9A 3I33A 4DR2K 2QWLA 1Q8IA 3SUQA 1VQ5N 4CD3A 4BG9A 3V1QA 3T7ZA 4GW6A 3TARA 3DLRA 4E7IA 2RE2A 1IKWA 4BQLA 3CPWM 2AA4A 3IS9A 5J1EA 1RDAA 2PAVA 3ZSRA 4K0KK 4LFCK 1DT9A 3ZYYX 1NK9A 3SCXA 1OKJA 5AQNA 3CCJN 2FF3B 3VGKA 4DFJA 3O8MA 4NYFA 2V52B 2VG6A 3L2WA 1X9SA 2D0OA 4CZJA 3HRGA 3CCUN 5GAEP 4PHTX 3EN9A 3SI6A 3BF3A 1VQ4N 3TAPA 3OBYA 4CZHA 3UKUB 3J7AP 4EHUA 5KQ8A 5KGXA 1C0MA 2AJQA 4ILHA 3MDQA 3AVFA 4CJSA 3ZSVA 4AM6A 5JVHL 3CCRN 4FJLA 4JS4A 4FLVA 4DKWA 3KK1A 1JLCA 4JI5K 1GLEG 4FJKA 1S5JA 4CD1A 2G8HA 3MXJA 4CJ5A 1EO1A 1EKEA 1U47A 4DFMA 2R7YA 5B8HA 1LAVA 1IO2A 3BUZB 4EIAA 4BR0A 3OY9A 4K41A 4CGIA 4CVNE 2QWPA 1NK6A 2CGLA 4F9OA 3HPHA 3PY8A 4JKHA 4FJMA 3LDQA 3HM9A 1LWEA 5TKYA 3AVKA 4RG8A 3OS2A 2OTLN 1A5WA 2B6AA 3ZT3A 5LMUK 4HWIA 4BVOA 5DMRA 1CZAN 1OVYA 1GOAA 2QWOA 1NJIO 3O9SA 3TSQA 3I0SA 1HNZK 4F2SA 2PYJA 5AQHA 3CC7N 4BVPA 5LY3A 3G4SN 4M3YA 4LC9B 4PUOA 4J2DA 1RNHA 4NO7A 1B9FA 1NJZA 3CJBA 1VRTA 1NM1A 4JK8A 1HNVA 2Z1HA 3THXA 1L3SA 4OKEA 3ZT1A 1NWKA 1NKBA 3KD1E 4M63C 4FOEA 4OKKA 4DQSA 5LL6Z 5HROA 4CJFA 5LJWA 3NF7A 1QZ6A 4J8FA 4HCBA 4O5FA 1IBLK 3P1GA 2O8FB 1NGFA 4I9LA 1IH7A 4BRHA 3DLKA 2YHAA 4H0XB 3NCIA 3SJJA 3VA0A 2HVIA 3B6PA 3V9WA 4FW1A 4CEOA 3VEWA 4B3RK 5CYQA 4EFHA 1TKDA 5FROA 2HB5A 4OGCA 3DOLA 2HHQA 4PKIA 5FPEA 4MQ3A 2Y1IA 5AQQA 5KTQA 3AVHA 2F7TA 4W5OA 4HCCA 1TYQA 1RDDA 3ZT0A 3VENA 4BRFA 3FGUA 4FJNA 3R3LA 2P51A 1NK0A 4X66K 2O8BB 1MWMA 4C1NK 4YOYA 4A61A 3LP0A 1YJ9N 4BACA 3T19A 4DQPA 4CFCA 2J4RA 3LWMA 4YNQA 2IVNA 4QS7A 2A1RA 3W0LA 4B9VA 4Z4GA 3VQ7A 4M3RA 1BO5O 2HBKA 3A0IX 3Q7BA 4BC5A 1FXXA 4I2PA 4Z94A 1Q86O 5F0XA 4KB1A 1UA1A 4BR9A 4JNEA 4CBWA 4CZKA 1TGOA 3QNOA 3ULEB 1VQ8N 4B3TK 1DTTA 3ZX0A 1Q18A 2IOCA 3E01A 2YNIA 2F4VK 4RTFD 4X64K 3FZMA 1I3AA 3P38A 1WSJA 1E4FT 3ZSYA 3QICA 1J54A 1VSMA 4LF6K 3U4LA 2D0AA 2ZJQL 2G8IA 2HMIA 3OYGA 1GLDG 3OA9A 4ZTJA 1ZC6A 2VWBA 5IT9O 4BGAA 4AHRA 3WT0A 3C6UA 2P5OA 1K8AO 3QEIA 1XC3A 4QAGA 4IFVA 1EETA 3U8XA 3SBGA 1RILA 3H6EA 3J7ZO 2E8AA 3TWHA 4FWNA 3RMBA 1FKPA 3WXLA 4CZMA 4JD2A 5CHIA 1BCOA 3OYJA 2Q31A 2RPIA 4FLZA 3EE9A 3O1WA 3KKSA 1X3NA 3QFUA 2ZJPL 3HPOA 3PIPL 3QETA 2W41A 2D1KA 3HBTA 4YDUA 1ASWA 4XH5A 4B08A 1JJ2M 4BDZA 1VQ7N 2QEXN 4Z4IA 2FBVA 4DTXA 1WB9A 4KFBA 3PX0A 3NH0A 3AA2A 2Q0UA 2HHVA 2GEMA 3I56N 5FRNA 4OPHA 3MX2A 5AQTA 2YJEA 4I6MB 1KAXA 3KWIA 4GMJB 5EVZA 2VGMA 3DWLA 3ZX2A 3HM8A 1JLFA 4DV4K 3G25A 2QA4N 4DTRA 2P9NB 1RTJA 5F1XA 1BI4B 4CJWA 3THWA 1VQKN 1ZBFA 4B9MA 4EZ9A 3S3MA 4K43A 5AQZA 2YKMA 3MEDA 4H5NA 1TK0A 3OYBA 1J6ZA 2KTQA 3N4PA 4CZLA 2P9LB 3R8EA 3EYZA 5EOYA 3RSEB 3T1AA 1WLJA 3LZJA 3GBTA 4WQ4C 1FW6A 2YNHA 3ZSZA 3OYEA 3AVGA 3I8BA 1RBUA 2PBDA 2ZF5O 2IGIA 1HJRA 3HSTB 4M7XA 4DR7K 4FW2A 4CZFA 3OYHA 4YOVA 1NBWA 4DMNA 2B5JA 4WQ5C 4FCYA 3V9XA 5T7BA 2WONA 4Z4HA 5C15A 3MCAB 3VEOA 4TSXA 2NRXA 1RT3A 1YVNA 2HHSA 2P9SA 4PY5A 2KZMA 1RT7A 2H3GX 3CC4N 4ELUA 3QBWA 1YTAA 3TSUA 2ZQBA 5EU7A 4FWPA 4HHTA 3IRXA 1TK5A 3T69A 3L2RA 4NCGA 1V4TA 4DTOA 1QVFM 3K5LA 4BE2A 3RR8A 4AHVA 2HHWA 3QESA 5AQPA 5KQDA 4CEEA 1D5AA 4EP4A 4IZ9A 4X62K 5AQYA 3IAYA 1JKHA 2GUIA 3CHWA 4V19S 4BRDA 4B1WB 4KKOA 3CCEN 5TKWA 3L3VA 5BR8K 1I94K 2HBLA 5KRSA 2KFZA 4GKJK 1KLNA 4N56A 4O8UA 3V9UA 1NJXA 1WSGA 3JSMA 1IKYA 3ALYA 3KIOA 2NRTA 4E7KA 5J2NA 3J80O 3CCVN 4NLCA 3AVCA 3VQAA 4JKFA 4CJ7A 4RW7A 4IWVA 3RWUA 4CGHA 3SPYA 2KW4A 1UWBA 4DU4A 4E3SA 4M45A 3VF6A 4CEZA 4H4MA 2OPPA 4CCHA 4FSVA 2BUPA 3NGZA 4NXNK 4IOAL 1KRPA 4LF9K 1VSHA 3E9PA 1N5YA 4WFAL 3OYKA 4CHYA 3AA4A 1T8EA 3OYLA 4U67L 1J53A 4FLUA 2NRHA 3H3OB 1WSHA 1ATNA 4JYAK 1VK0A 3L4IA 4O5BA 1GLCG 1LV5A 3S9HA 1U6ZA 1JCGA 1EWQA 4CI6A 2VQEK 3DLGA 4CERA 2VG5A 3WXJA 2EX3A 2F9WA 3HVTA 1OVQA 5HRRA 4IG0A 2HF4A 1XQSC 3K58A 4H4OA 5AQVA 3SUPA 1IKXA 2RKIA 3THXB 1NLVA 1NGBA 3LDLA 1IKVA 3VQQA 2WUSA 5JVGL 4FJ7A 4JK7A 4O55A 3J7YP 5AJ3K 2FBYA 4CECA 4QCLA 2Z1IA 1EXQA 1VSJA 4JK9A 3F9MA 3O9UA 4O0IA 3GDQA 1JLGA 1BIZA 3U6FA 1B9DA 1DKGD 4BRIA 3MN6A 1GLAG 4WYBA 3FZKA 3G0ZA 3EL2A 3QIPA 1TL3A 1RT4A 2E2PA 2FC0A 2I5JA 3WNEA 3SAGA 1LAWA 3SAHA 4L3QA 4ICLA 4OGEA 3LDPA 4BRQA 3KLIA 3QEPA 4K8ZA 2HVHA 1IBKK 1XHXA 3AVLA 4KHQA 4HTLA 1QSSA 1S9EA 2GV9A 1K6YA 4KHWA 3QIOA 5J2QA 3O5BA 4BWJA 2B4JA 1X9JA 1TYQB 3C0BA 3V9SA 3H08A 4DR4K 4J2EA 3L4QA 2KQ2A 2E88A 3VOVA 3TAGA 2A5XA 1SL0A 3VGLA 4NYNA 1SKRA 1KAZA 1S22A 3VERA 4Z4EA 1R59O 3C6AA 4UY8O 3R9PA 3KD5E 3KLHA 4DF8A 4HUEA 4CF0A 1HLUA 4H8KA 1XUPO 3B6OA 1SL1A 1HNWK 1VSIA 5EY4A 3AVNA 1BQNA 3BGRA 2HHTA 3QDKA 3HVRA 1LW2A 3I0RA 1NOYA 2HMPA 5AQMA 3VQ9A 1N8RO 4FPAA 1L3UA 4PA1A 4DFKA 1KTQA 4CE9A 4BR5A 2Q97A 4E19A 2YCHA 3LP2A 1RTDA 1HJOA 5BREA 1NK8A 4N47A 2EWSA 4JKBA 4IEIA 3TTFA 1IV0A 1UAXA 3AVIA 1Y97A 3QB0A 3AGRA 1Z25A 3MMVA 1P90A 3NBPA 4PL8A 2X6NA 4WFBL 1BWFO 1Q81O 3LM9A 3SUOA 2D0PA 3DYAA 4H5WA 2D0CA 1VQ6N 3VQ4A 3TU5A 1YAGA 3ATVA 4JD2B 5FPNA 1SAZA 4CHNA 1BQMA 5ADXA 5HP1A 1NOZA 1HKBA 1BA0A 2Q2RA 3L8BA 3O08A 4JI8K 1KFSA 3HK2A 1HQUA 1C0UA 2QKKA 3K9JA 3M8QA 3VEXA 3CMEN 2O8CA 3SLCA 1C0GA 1Z26A 2FLOA 3VQBA 5AQGA 4C23A 5FDLA 5AQRA 4DQ8A 1WSIA 2ASPA 4ID5A 4OPAA 3EY1A 3AAQA 2CH5A 1KVCA 3K0SA 4JLHA 5D3GA 3JXUA 1NGCA 2QWNA 4BR2A 3W3DA 5C10A 3THWB 4FYDA 2IVOA 2E2OA 1ZBHA 3TAEA 4WQ4A 3LDOA 4A2AA 2XO7A 3CXCM 4DS5A 4KRFA 2IC3A 4LF7K 2XY8A 4HUGA 3L3UA 5SZTA 5J2MA 1U2VA 3ZEUA 1KC8O 4DF4A 4RW9A 3D0PA 1HMVA 3C7NA 3O4WA 3ZLJA 4I2QA 3PO4A 3DAWA 4EHTA 2QXFA 5M1FA 3CPEA 1NK5A 1QQOA 1HYSA 2DFFA 3CERA 3SMPA 4CHPA 3V4IA 1TL1A 4DUYK 1OH8A 2O4IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 1W2B M;  1S72 N;  3CD6 N;  1YJW N;  3CC7 N;  1YI2 N;  4IOA L;  1VQ8 N;  3G4S N;  1Q82 O;  4WFA L;  3G71 N;  4IO9 L;  3CXC M;  4U67 L;  1Q7Y O;  5DM7 L;  1KC8 O;  1VQ5 N;  2ZJQ L;  1VQ9 N;  1M90 O;  4WFN L;  1N8R O;  3CPW M;  1YIT N;  1K8A O;  5GAH P;  4WF9 L;  3CCJ N;  3J7Z O;  3CF5 L;  4IOC L;  2ZJR L;  3PIO L;  3CC4 N;  5JVG L;  5H1S Q;  1KQS M;  3I55 N;  3CCU N;  5GAE P;  2ZJP L;  4WFB L;  3PIP L;  1VQM N;  1QVF M;  1VQ4 N;  1Q81 O;  1QVG M;  1K9M O;  3DLL L;  3CCQ N;  1JJ2 M;  1VQ7 N;  2QEX N;  2OTJ N;  1VQ6 N;  1ILY A;  3CCL N;  5MLC Q;  5HL7 L;  3I56 N;  3G6E N;  3CCE N;  5JVH L;  3CCR N;  3CMA N;  5GAG P;  1YHQ N;  1VQN N;  1VQO N;  3CCM N;  5GAD P;  3CC2 N;  1KD1 O;  4WCE L;  5DM6 L;  1YJ9 N;  3CCS N;  3CME N;  1YJN N;  3CCV N;  2QA4 N;  1K73 O;  1YIJ N;  1VQK N;  2OTL N;  1VQP N;  1M1K O;  1Q86 O;  1OVY A;  1NJI O;  3OW2 M;  4UY8 O;  1VQL N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CK1 A;  3C65 A;  2V7Z A;  1W2B M;  1WSF A;  4RCH A;  5KPR A;  3HOT A;  1BIS A;  3G71 N;  3K9K A;  4FWQ A;  4CHO A;  5CYM A;  2Q1N A;  2OZS A;  4DTP A;  3UE5 A;  5DM7 L;  3UKR B;  1S6P A;  1KCF A;  1O1W A;  1N34 K;  1HKC A;  2O8F A;  1NGG A;  5C24 A;  2BGG A;  3TPQ A;  1VSK A;  3HTV A;  5BRD A;  4B8A B;  2GWJ A;  1RBT A;  3FZL A;  4QS9 A;  3AVJ A;  3M6G A;  4PL7 A;  3NVK A;  3VQ6 A;  1KVA A;  5K14 A;  1H1V A;  1D4X A;  4LD0 A;  4RW8 A;  5GAH P;  4B9U A;  4B1Y B;  2PY5 A;  4CEB A;  1IBM K;  3DXK B;  1JXE A;  4DR3 K;  4Z4F A;  5HRP A;  1YTU A;  3A5L C;  5AQJ A;  2ZM6 K;  4IO8 A;  4DSJ A;  1VRU A;  4M41 A;  5H1S Q;  1KQS M;  1HKG A;  1HUX A;  3VTI A;  2BH1 A;  2Y1J A;  4QOZ B;  1D9D A;  3V81 A;  1JCE A;  2FSK A;  1QSY A;  2HBJ A;  3I8D A;  1L5U A;  3AY9 A;  2QWM A;  3KK3 A;  4FLT A;  1QVG M;  1ASV A;  3OTO K;  1HQE A;  4C8K A;  4H0P A;  1S1X A;  3KK7 A;  2KKZ A;  1ILY A;  3SBT A;  2O8B A;  3FFI A;  3CJ1 A;  3SYZ A;  2I7P A;  1CZB A;  1KFD A;  5BPM A;  4BR7 A;  1TK8 A;  3AA5 X;  1QTM A;  3NF9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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