3CMAN

The structure of cca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmaN00
3J7ZO 5DM7L 1VQ8N 1VQ6N 5H1SQ 1OVYA 1N8RO 3CCSN 4WCEL 1Q86O 1K73O 5GAEP 4WFBL 1W2BM 5GAGP 5GAHP 1YI2N 3PIPL 2OTLN 4WF9L 3CCMN 4WFNL 4IOCL 1VQ7N 3CCLN 1YHQN 3CCEN 3CC4N 2QEXN 3CC2N 5JVHL 3CCRN 4UY8O 3DLLL 2ZJRL 1KD1O 4IO9L 1YJWN 3OW2M 1Q81O 1VQ5N 2ZJPL 1K9MO 3I55N 3CXCM 1M90O 4U67L 3CCVN 2OTJN 1NJIO 1Q7YO 3CPWM 5JVGL 1VQ4N 3CCJN 3CC7N 1VQPN 4WFAL 1YITN 1YJNN 1VQLN 1KC8O 3CD6N 1KQSM 3I56N 1M1KO 1VQ9N 1ILYA 3PIOL 3G6EN 1Q82O 1QVGM 1VQKN 3G71N 3G4SN 3CF5L 1YJ9N 5HL7L 1VQNN 2ZJQL 5GADP 4IOAL 1VQON 1VQMN 1S72N 5MLCQ 1JJ2M 3CMAN 1QVFM 3CCUN 2QA4N 1K8AO 5DM6L 3CCQN 3CMEN 1YIJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWNA 1MU2A 3D7EO 4CJUA 4DF4A 3F9KA 1BCMA 2RHKA 1TKDA 4DFKA 4AHTA 4DS5A 2FBVA 1RBSA 2VWJA 1HNXK 3MEGA 2KFZA 2P9IA 5AQMA 2G8KA 4M7XA 1NK9A 3SJJA 2O8DB 1IBMK 2Y1IA 4CHNA 3SUQA 3LDLA 4FW2A 3SBGA 4B3RK 3LDNA 2P9KB 4C1NK 3BZCA 1ZBHA 3TWHA 4CEBA 4KB1A 4FWQA 1YJWN 4FJHA 2A41A 1KLMA 4H0TB 2HHSA 1TAQA 1REVA 4A62A 2Q2RA 4C8LA 1HMVA 4LF8K 3CXCM 3SQ4A 3QBXA 2VWBA 4FJ7A 1GLEG 1P90A 3E1YA 3AVIA 4CZLA 3MWTA 2P9PA 3C7NA 3QO9A 4AILC 4DTRA 4E1NA 4B9MA 4AM7A 3A2FA 4JRPA 5F1XA 2F8TA 1MWKA 4GV3A 1SKSA 3P39A 3UKRB 3SMSA 3RR8A 2HHWA 4CIEA 1LV5A 4HVJA 1LWCA 2YHBA 4FOEA 4DKWA 3V9UA 4DTPA 4RW9A 2YHYA 2DFFA 1LWFA 2KLAA 3NVMA 4IWVA 4MDAA 4DFJA 3MN5A 1YAGA 3RWUA 3T19A 3SZ2A 5HROA 2KQ2A 2NRTA 2O8FA 1D9DA 5KI6A 4KBOA 2F7TA 4Y1DA 3MN7A 3OY9A 3CJ9A 1NM1A 3ZETA 1FK9A 3VERA 1VHXA 1WAFA 4CJ5A 3KK7A 2Q36A 1NGEA 2NRHA 4KB0A 1S1WA 5I3UA 1BCOA 2UYTA 1QQOA 2FBXA 4JKFA 4DU4A 4CZJA 4G9ZA 4JHDB 1HKBA 2E6LA 3KHYA 5EOYA 1EKEA 1RT7A 5AQIA 4DTNA 2P9PB 3C7NB 2Q0RA 2WFBA 5AQUA 1W0HA 4B9SA 3EKSA 3D2FA 4IO8A 4DTXA 2ITMA 4BC3A 5C24A 3HP6A 4DCHA 1C1AA 3OYMA 1VQ7N 1YHQN 4LFAK 3M8QA 4MLHA 4CGIA 4YHHK 1KRPA 5J2NA 4FO0A 4B08A 4LF4K 3KWIA 4G1QA 3THYA 4DQPA 1ZBIA 4FJIA 1HX1A 3O80A 4B8CA 4CHPA 4F2SA 2P1JA 1HR0K 1L3TA 3EE8A 3U9DA 3V6DA 1QE1A 1IKVA 5KRSA 3LWMA 4IDKA 3VQBA 3VQPA 5AQOA 2HNZA 3RR7A 2ZGYA 4RWTA 2QTDA 4E0DA 2YHXA 1N33K 3NE6A 3CJBA 4E3SA 3BP8A 4CEEA 2QKKA 1JLEA 3HSTB 4FWOA 5C25A 2A1RA 4X66K 4ILGB 1VSHA 3H1VX 5CZ1A 3DRPA 3HRGA 3D2FB 3CQXA 4FWMA 3QEXA 1CZAN 3LANA 3P31A 5M1FA 1T6DA 1RT2A 1NGCA 2UXBK 4N56A 2HHQA 1NU0A 3M8SA 2E2QA 3CETA 4IJNA 4IEEA 2YNIA 3OTOK 1SZ2A 4DB3A 3QNOA 1LOTB 4FYDA 3MMVA 3ENHA 1DTQA 1UAXA 4GNIA 4ISGA 5E26A 4CGJA 4CCHA 3TU5A 1VRTA 1L5UA 3ID6A 4CJPA 3T3FA 1VQ8N 2UXCK 1X9WA 4O0IA 3FZHA 2HVHA 4CF8A 4IFYA 1WN7A 2QK9A 3HYFA 5AR0A 3VEVA 4YY3K 4ELTA 5K14A 4XH4A 1BISA 1EWRA 5BPMA 3O3HA 2HMIA 2OTLN 3VTHA 2QI2A 4DV4K 3MAQA 3CCEN 2QM1A 4CJRA 2DTUA 5BRHA 1TK0A 1OKJA 2ZQBA 4WE1A 3PX6A 2F96A 4KTZA 1RDUA 1OH7A 1GLBG 2BE2A 3AVLA 4BR0A 3C65A 4F4KA 1VAZA 3ATVA 1NGGA 1QS4A 2IS3A 3DLLL 4BE0A 1Z26A 1D5AA 1T44A 3AAQA 4BY9C 1JXEA 5AQPA 1K9MO 3THWB 1N5YA 1D8YA 3OVNA 5EY4A 4BWMA 3L3UA 2DPNA 1B9FA 3ZLJA 4FXDA 2O8CA 1L3SA 3AA4A 1ZBLA 5FPMA 1HNVA 1YITN 3WXJA 1YJNN 1J54A 4H5NA 4XIUA 4PY5A 2I7NA 3NH0A 3O9UA 3QIOA 4JKCA 4CJ3A 4CJVA 1ASUA 3WUHA 2IIRA 2YV0X 1N36K 4JI7K 4O5FA 2IC3A 4B3MK 2ASPA 3A5NC 4WQ4C 2NRRA 2P9NA 1XWLA 4CVNE 2P9SA 3LDSA 3HM9A 3FZFA 1C0MA 3CYMA 3IUCA 1GLDG 3E9LA 1A5VA 3ASMA 3AVNA 3VGLA 1RBVA 3VMFB 3O9RA 1VSDA 3TAMA 2P5GA 4LFCK 3QEIA 3WEEA 4DSFA 3L2WA 4E19A 2KZMA 1WSEA 5AZJB 1C0GA 5HRRA 3N4PA 2EWSA 3AA5X 3J8AA 3KWGA 3M6GA 5KTQA 2O8CB 3PSIA 4B8AB 4H0PA 4BRMA 4BRCA 3PV8A 4DR1K 4JV5K 3TR8A 3LM2A 3MK6A 2YX6A 5C42A 3AGKA 3CCMN 1LCUA 2HVIA 2QW9A 3DLGA 3N4QA 3IKMA 5T7BA 2HHXA 1BI4A 4IOXA 4I9LA 4CJQA 3RMCA 4CZMA 4MFBA 4PL8A 4BDPA 2P9NB 3OYEA 2P9SB 4IO9L 3OBYA 1TK8A 5HLFA 4CF2A 1C1BA 4NLCA 4BDYA 5BN8A 3LWLA 4CHQA 2CH5A 2UXDK 4FZZA 1HYSA 1VQ4N 1VQPN 4FWNA 5BN9A 2BDPA 4IDHA 3D45A 4FPAA 4IKFA 4CERA 3RMBA 4FLZA 3TAGA 4U7BA 1U2VA 4H0VB 1FKPA 2O8EB 1QVGM 1Q82O 1C0TA 3DXKA 4YOTA 3A0IX 1L3UA 3SAHA 5KPZA 1X9MA 1WSFA 4FJNA 3K59A 4CIFA 2UUBK 1QQNA 4O8UA 3VA0A 3HSCA 4KHUA 1X1PA 4K0KK 2D0AA 4J8FA 4CZHA 3C95A 4CBXA 1T03A 1BI4B 4EP4A 3C6HA 3D2EA 4H03B 4JS4A 5J2MA 1C1CA 2ZWHA 4N47A 3O9QA 4OJRA 4M3XA 4FK2A 1ATNA 4XEIA 3TAPA 4EZ6A 4AM6A 3K58A 3ATUA 2E2NA 4CK2A 1RTIA 3KKRA 3F9MA 2A40A 4FJJA 3SNNA 1WOQA 2UUCK 3K5OA 4MO5A 3E01A 2VQEK 2G8WA 1T6CA 1I39A 4IEIA 2G8VA 2D0PA 3PY8A 2O4GA 4IG3A 3O9SA 2W6KA 1HUXA 1U2VB 1C6VA 3NF9A 1SAZA 4WFNL 3E9PA 3T1YK 3ZEUA 3ISNC 4PQUA 1QZ6A 3H08A 2FXUA 3OYCA 2CGLA 3MN9A 2YI1A 3EY1A 3CIPA 4CJFA 4CBUA 3VA3A 2G8HA 1UOCA 3SQ1A 3DOKA 2YHAA 4A59A 1S22A 2PAVA 1NK7A 3T1HK 1WNSA 3VQCA 4X62K 4Z0UA 1Q9XA 1WSHA 2PBDA 4TSXA 3RTVA 1VSLA 4BR4A 3C6AA 3TI0A 1BO5O 5BR8K 3HM8A 4DSEA 1UA0A 1Q18A 5DK5A 1SL1A 3JAMO 3P83D 1OVQA 4B1ZA 2W6LA 4H0OA 3K5LA 1ILYA 1A5WA 2DY4A 4HTLA 1FXXA 3KLFA 2A3ZA 4JK8A 4BRQA 3CF5L 3R9PA 4BC2A 2V7ZA 3PO5A 1TGOA 5A2QO 5JLFA 2G8UA 5J2QA 1VSJA 1I94K 3FZLA 3L6QA 1X3MA 2V7YA 1TK5A 3VQ7A 4CI6A 2UU9K 5AFUA 3ZEUB 1ZBSA 3AVHA 2XO7A 4YOVA 3H45C 3SYZA 5KQ8A 3DYAA 2FSNA 4GVEA 4K42A 2ASMA 3OYNA 3LP2A 4JKAA 1VQMN 1Y97A 5TKWA 4OKKA 3LM9A 3EL2A 3CCUN 2GUIA 4DV1K 5DM6L 1XUPO 3QINA 5ADXH 5DM7L 3BZKA 1NGBA 3WNGA 4QAGA 5CHIA 2KKZA 3V81A 1BDGA 4O5BA 4CESA 1S6QA 3K5NA 3VGKA 2RN2A 4JI8K 3ZSRA 1RT5A 4AF1A 3B6OA 5AJ3K 2OZMA 3KZBA 3AVMA 4CFAA 2Y1JA 3IS9A 2WBNA 5GIPA 4IOCL 3CCLN 2KZZA 1JL2A 3SBTA 4IG0A 5IT9O 4FLYA 3OYLA 4FLXA 1DT9A 3Q7CA 4PKGA 3CC2N 3THXB 1KAZA 1EETA 3VF4A 4LF6K 1SQKA 4CGFA 1T8EA 1NOZA 3HXMA 3I8BA 3UKRA 3O4WA 4BR5A 2Q3SA 3M1FA 1VQ5N 2ZJPL 2I5JA 1JL1A 1QQMA 1NK8A 3K9JA 5J1EA 4AHRA 4I2PA 3ZSWA 4KKOA 4EAHD 1YUWA 4BGAA 3QESA 1LWEA 2D5RA 1CXUA 2BH1A 3AO3A 1U04A 3O4NA 4HTUA 4CJWA 1G15A 3O1WA 3VQAA 2P9UA 1E4FT 1C0UA 2AJQA 4CF0A 4BVOA 3R1XA 1U6ZA 2E6MA 4KH6A 3G4SN 3NHGA 2RE2A 1BOTO 3HTVA 4JHDA 4BRLA 4E7JA 2Q1NA 3GBTA 1HQEA 1S1TA 3HPOA 5GADP 1X9SA 1T3VA 3BF3A 1TKTA 3SCXA 4HUFA 4XH5A 1XHXA 2P51A 4A2AA 2R7YA 4JI5K 3TTCA 5AQRA 1S72N 1D9FA 3KIOA 3P38A 1EQYA 4CEFA 3BEXA 4H5VA 3HZ6A 4RCHA 2QA4N 2KTQA 5E84A 3VN5A 3VQ9A 2G8IA 4ID1A 1RILA 4GKJK 2D1KA 5FPEA 1QTMA 3H6EA 4A5BA 4WFBL 1W2BM 5BPLA 2P9UB 3OA9A 4PKIA 4JI2K 4R5PA 1MA9B 1IG9A 1GLFO 2QWOA 2WTUA 2PFUA 4WQ5C 4GKKK 5AQYA 2X74A 4DQ8A 2YNHA 2FF3B 3G25A 1X3NA 1NGHA 1RT6A 3MEEA 3NGYA 1JCGA 3A5LC 5JMVA 4BWJA 4NCGA 1S1UA 2CGKA 1RT3A 4YDUC 1TUUA 4NCBA 1P8ZA 4BRAA 3CPEA 3I55N 3HPHA 4J2BA 4KH5A 2BTFA 2HHVA 1WBBA 1VRUA 4JEPA 5FROA 3U6FA 3EE9A 1J5OA 1ITGA 1ESVA 5HBMA 3VQEA 3SUPA 2Z1HA 2PY5A 1KC8O 3I56N 1M1KO 3MEDA 1U49A 1SV5A 4PHTX 4C8NA 4I6MA 2V52B 2X6SA 3TABA 2IAJA 3ZSVA 5BRDA 2ZJQL 5KRTA 1FJGK 1SS6A 3TSQA 1ATRA 4FLUA 4CHZA 4KHYA 3K0SA 5LL6Z 3TTDA 4W5RA 2F4VK 1XHZA 4IOAL 1HYVA 2QXFA 3HK2A 4MQ3A 1BU6O 1EO1A 3FR0A 4BRGA 1WSJA 3LPUA 2FBTA 1DTTA 1S9GA 4FL9A 2X6NA 3HBTA 5C12A 2XHBA 3QDKA 3NFAA 4H0XB 2E4LA 4BG9A 4DFMA 1HQUA 4FM1A 3P5JA 4W5QA 4JI4K 3U9ZA 4BREA 1ASWA 3LP0A 2PZSA 3HI0A 1ZXOA 4JKBA 4KREA 1RBTA 3R6MA 4IJAA 2IGIA 1TVRA 3ENOA 4JK9A 5KQDA 3THWA 1Q9YA 1BIZA 4FWPA 3PIPL 1Z6RA 5JLHA 1BL3A 4FZXC 4FWSA 2D0BA 3MCPA 4I6MB 2W42A 3SQ2A 3NVKA 4B3OA 2VG5A 4YOYA 2AP1A 1EWQA 4J2EA 4DV2K 3FFIA 3V9SA 2E1YA 1NMNA 4KHWA 1EX4A 3SJHA 4WQ5A 1RTJA 1CXQA 1NKCA 1DLOA 3CHWA 4LF7K 5HRPA 3M3ZA 3BUZB 4QCLA 4KAZA 4A2BA 1GOCA 4DR6K 4DQQA 1JLGA 4HUEA 3QB0A 4OKEA 3VF6A 3CC7N 4YDUA 3VEZA 2OPPA 3EKUA 4X65K 4WFAL 3P1GA 1XQSC 4DR2K 4FJGA 3U4LA 4KHSA 1EXQA 1W9HA 4LH5A 5SZTA 3AO2A 3LL3A 1GLAG 4OPAA 4LF5K 4JAXA 4C8MA 1RTDA 3K9KA 4DR3K 4BC5A 5AZJA 4OLBA 3ZX2A 2ZF5O 5KGXA 1RCHA 3U3GA 3CG7A 3KLGA 3C94A 3QFUA 1BUPA 1WUAA 2OPQA 4PA1A 3JSMA 4BE2A 3RMDA 4DTUA 3BF1A 1LW0A 4CE9A 3QICA 3MXIA 4E7HA 3M8RA 3GE1A 4FJXA 3DLHA 1VSFA 4B9VA 2HBJA 3AO5A 1JJ2M 3CMAN 3S3NA 4PUOA 1QQCA 3QMLA 2HNDA 3VF2A 1QVFM 3DM2A 3FZKA 3IMXA 4H5WA 3W3DA 1JLCA 4BQLA 5AQXA 5AQHA 3S3OA 3ULDA 1JLBA 3CCQN 1YF5L 4B1UB 4X64K 1HJRA 1KAYA 5C15A 2JWLA 1TYQB 3D6RA 4CHOA 1RTHA 2W41A 3F73A 1K73O 2D0CA 2WUSA 3MXMA 5KPRA 3V1OA 5EX5A 5HRSA 3F2KA 3CJAA 4GV6A 1TUYA 1HPZA 3MCAB 3EZ5A 3ZSZA 3P4IA 3GG4A 4JKDA 3PUFA 4WF9L 2PYJA 2GEMA 5HOOA 3D0PA 1HNIA 1Y64A 4BE1A 2A5XA 4PKHA 3O9TA 4E7IA 1OH5A 2FSKA 4AHVA 1DGKN 2HBMA 5AQSA 2B6AA 2G8FA 4LSLA 4PL7A 2O8EA 4K8XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3J7Z O;  5DM7 L;  1VQ8 N;  1VQ6 N;  5H1S Q;  1OVY A;  1N8R O;  3CCS N;  4WCE L;  1Q86 O;  1K73 O;  5GAE P;  4WFB L;  1W2B M;  5GAG P;  5GAH P;  1YI2 N;  3PIP L;  2OTL N;  4WF9 L;  3CCM N;  4WFN L;  4IOC L;  1VQ7 N;  3CCL N;  1YHQ N;  3CCE N;  3CC4 N;  2QEX N;  3CC2 N;  5JVH L;  3CCR N;  4UY8 O;  3DLL L;  2ZJR L;  1KD1 O;  4IO9 L;  1YJW N;  3OW2 M;  1Q81 O;  1VQ5 N;  2ZJP L;  1K9M O;  3I55 N;  3CXC M;  1M90 O;  4U67 L;  3CCV N;  2OTJ N;  1NJI O;  1Q7Y O;  3CPW M;  5JVG L;  1VQ4 N;  3CCJ N;  3CC7 N;  1VQP N;  4WFA L;  1YIT N;  1YJN N;  1VQL N;  1KC8 O;  3CD6 N;  1KQS M;  3I56 N;  1M1K O;  1VQ9 N;  1ILY A;  3PIO L;  3G6E N;  1Q82 O;  1QVG M;  1VQK N;  3G71 N;  3G4S N;  3CF5 L;  1YJ9 N;  5HL7 L;  1VQN N;  2ZJQ L;  5GAD P;  4IOA L;  1VQO N;  1VQM N;  1S72 N;  5MLC Q;  1JJ2 M;  3CMA N;  1QVF M;  3CCU N;  2QA4 N;  1K8A O;  5DM6 L;  3CCQ N;  3CME N;  1YIJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QWN A;  1MU2 A;  3D7E O;  4CJU A;  4DF4 A;  3F9K A;  1BCM A;  2RHK A;  1TKD A;  4DFK A;  4AHT A;  4DS5 A;  2FBV A;  1RBS A;  2VWJ A;  1HNX K;  3MEG A;  2KFZ A;  2P9I A;  5AQM A;  2G8K A;  4M7X A;  1NK9 A;  3SJJ A;  2O8D B;  1IBM K;  2Y1I A;  4CHN A;  3SUQ A;  3LDL A;  4FW2 A;  3SBG A;  4B3R K;  3LDN A;  2P9K B;  4C1N K;  3BZC A;  1ZBH A;  3TWH A;  4CEB A;  4KB1 A;  4FWQ A;  1YJW N;  4FJH A;  2A41 A;  1KLM A;  4H0T B;  2HHS A;  1TAQ A;  1REV A;  4A62 A;  2Q2R A;  4C8L A;  1HMV A;  4LF8 K;  3CXC M;  3SQ4 A;  3QBX A;  2VWB A;  4FJ7 A;  1GLE G;  1P90 A;  3E1Y A;  3AVI A;  4CZL A;  3MWT A;  2P9P A;  3C7N A;  3QO9 A;  4AIL C;  4DTR A;  4E1N A;  4B9M A;  4AM7 A;  3A2F A;  4JRP A;  5F1X A;  2F8T A;  1MWK A;  4GV3 A;  1SKS A;  3P39 A;  3UKR B;  3SMS A;  3RR8 A;  2HHW A;  4CIE A;  1LV5 A;  4HVJ A;  1LWC A;  2YHB A;  4FOE A;  4DKW A;  3V9U A;  4DTP A;  4RW9 A;  2YHY A;  2DFF A;  1LWF A;  2KLA A;  3NVM A;  4IWV A;  4MDA A;  4DFJ A;  3MN5 A;  1YAG A;  3RWU A;  3T19 A;  3SZ2 A;  5HRO A;  2KQ2 A;  2NRT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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