3CMEN

The structure of ca and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Peptidyl-CCA deacylation on the ribosome promoted by induced fit and the O3'-hydroxyl group of A76 of the unacylated A-site tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
total genus 48
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3cmeN00
1VQPN 1K8AO 1JJ2M 1KD1O 1KC8O 2ZJPL 4WFNL 1ILYA 3CCRN 1M90O 1K9MO 5DM7L 4U67L 1M1KO 1N8RO 4IOAL 5JVHL 3CC7N 1QVGM 1YJ9N 5GAGP 3CPWM 1KQSM 1YITN 3I55N 4WFAL 4IO9L 4IOCL 2ZJRL 1Q86O 4WFBL 2QA4N 1VQ8N 1Q7YO 1VQMN 5HL7L 1VQON 4WF9L 3G4SN 2QEXN 5GAEP 1VQ4N 1YI2N 3PIOL 3PIPL 3OW2M 1VQ5N 3G6EN 1VQKN 4WCEL 3CCQN 1VQNN 3CCSN 3CCMN 2ZJQL 3CCVN 5H1SQ 3CCUN 5GADP 1YJWN 3CMEN 1VQ7N 3CC2N 5JVGL 3CCJN 3CCLN 4UY8O 3CD6N 2OTJN 3J7ZO 1YJNN 2OTLN 1VQ6N 1QVFM 1NJIO 1VQLN 1VQ9N 1YIJN 5MLCQ 1S72N 1Q81O 3CXCM 5DM6L 3G71N 5GAHP 1YHQN 3CF5L 3CCEN 3CC4N 1W2BM 1K73O 1OVYA 3CMAN 1Q82O 3I56N 3DLLL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QS4A 4RWTA 1BUPA 2YJFA 2ASOA 4OO1J 4EFHA 1K8AO 1DGKN 3OYAA 2JLEA 1ASVA 1IG8A 2ASMA 3LPTA 2Q31A 3SPZA 1J5OA 4FJKA 3SUPA 1T6CA 1RBTA 4FYDA 3G10A 3QIOA 3SAHA 3D0PA 1VSDA 3BUZB 5AQOA 3SV4A 4W5TA 3WNHA 1NK4A 3KKRA 2OPPA 3AVCA 4FM2A 3S3NA 4DB3A 3VPZA 1HQEA 4OPKA 4H0XB 5EXWA 1Q8IA 2WBNA 4CJRA 4CGIA 2PZSA 3EZWA 1W7AA 4DFKA 4PL7A 2GV9A 3VEVA 1T3VA 2ZGYA 5AQKA 3C94A 3MAQA 4U7BA 1HR0K 3GE1A 3THXB 2E4LA 1P90A 4JS4A 3NCIA 1E4FT 1HKGA 3UKUA 1VQKN 4LF9K 4OGCA 2B4JA 4F8RA 3DXKB 1GLBG 5EY4A 2UUBK 1L3UA 1HPZA 4CIEA 4KO0A 3J7AP 1J53A 2VQFK 2Q1NA 4K42A 1S1TA 1NM1A 2FF6A 2Q2RA 4XH5A 1NMNA 3GL1A 5JS2A 5GIOA 4BR4A 4LSLA 3F9MA 3V9UA 4DR1K 4IBNA 4CF8A 3J81O 3LZJA 4E1MA 3L3VA 4MFBA 5HP1A 1C0GA 3RR7A 1NJIO 4CK2A 1IBKK 2VG5A 1XHZA 1NBWA 3DLEA 4FWOA 4C1NK 3MXMA 3KLIA 2I7NA 3OYGA 3JAMO 4FWLA 2WONA 4CEOA 2YHBA 1U47A 1RDCA 3HP6A 3ASMA 5CHIA 3NMUA 1VSFA 1BWFO 1KFSA 4JKBA 5SZTA 3I8BA 4FJ5A 3HJFA 4RG8A 4Z0UA 2GELA 1BQMA 3AARA 3S3OA 1HJOA 3DLRA 3SCXA 2CH6A 1RBSA 4YOVA 1WAJA 4PKIA 5FRNA 3LAMA 4B9SA 3HPGA 1J9AA 1S1WA 4F3TA 3ZYYX 3OJSA 4PKGA 3N4QA 1RDWX 2O8EA 2AA4A 3L2WA 1NKBA 4C8KA 4JHDA 1OH5A 1X1PA 3KTQA 3VQ7A 1BGXT 4A57A 3TTCA 3KK1A 1D4XA 4AHRA 3AGKA 3CJBA 3SJJA 3MX5A 1NU0A 4B9VA 1KSPA 3K9JA 2ZE2A 1QZ5A 1WN7A 3B6OA 4M7YA 2QEXN 4GV6A 3ULDA 1HUXA 3S41A 2KTQA 2HBLA 3SAFA 4F9OA 1CXUA 1JL1A 4RW6A 3VF2A 2HHTA 4BVPA 4O5BA 1E4GT 4DSLA 4JI3K 2NNWA 3WT0A 3J8AA 4AHSA 1CXQA 2XY6A 4DR5K 1JLFA 3OBWA 3PO4A 3TANA 2OPRA 3C6UA 1KTQA 3EO3A 3O6WA 4DV0K 4NCGA 2HHSA 2PFUA 2UXCK 2NRZA 2P51A 3E9OA 4CGDA 1ATSA 1TGOA 1OKJA 2E88A 1HMVA 4LD0A 3OYKA 3ISNC 3CJ7A 3QINA 3NBPA 1WUAA 5BN9A 4H5VA 4BRFA 3KHYA 1S22A 4KTQA 3CF5L 4DTXA 3WXKA 1D8YA 3IG1A 5T7BA 4JKEA 1B92A 1BHLA 4B9QA 3OS1A 3RSEA 2YNGA 1QQCA 3B6PA 5CR4A 3HI0A 1DTQA 4CHPA 3LDOA 2CGJA 1DLOA 3AA5X 1BI4B 2DPNA 2HF4A 3U3GA 1GLJO 5KRSA 3RMAA 2FBVA 4HWIA 3HSTB 4BGAA 1HNXK 5A2QO 3OYHA 4BC5A 4FLUA 1KVBA 1MU2A 5ADXA 2Q36A 5CY4A 4M3RA 1EWQA 3T1YK 4Q5VA 4H5NA 3U3YA 3AY9A 1BIUA 4F2SA 1TV6A 3M8QA 4CZLA 2QWPA 3VF4A 2W41A 2O8CA 3KK2A 1VSLA 4FK2A 1JXBA 4H0YB 4B9NA 5AQTA 3QESA 4EIAA 5HRNA 3E1YA 3MXJA 2YHYA 1B9DA 1BISA 4CE9A 2GWJA 4W5QA 4LH5A 1TL1A 4JI6K 3AAPA 5KQDA 2QWLA 3EE9A 4K8ZA 5F1XA 1BO5O 4KHPK 1A5WA 2A41A 4CESA 3OW2M 1P8ZA 3FZKA 1EX4A 1L3TA 1QSLA 3O4QA 3OJUA 2RKIA 1EO1A 4B3OA 4DF4A 2ZJQL 3MDQA 2E2QA 2YI1A 4QAGA 3QEVA 3CMEN 3A0IX 4F4KA 3NF7A 2KKZA 1JLBA 4E3SA 1KRPA 3O1BA 1YJNN 2P9LB 3VETA 4PA1A 5BREA 3LZIA 4M42A 5F0XA 4BQZA 3PSFA 1LWFA 2QK9A 4CZHA 3RMCA 4DS5A 3PX4A 3L8BA 2RF2A 4A61A 3I0SA 5E26A 2HNDA 3ZT3A 5AFUA 2EX3A 2QWNA 4WQ5A 1NLVA 5J2MA 4CERA 3VN5A 1BOTO 4KKOA 5AQUA 2QKBA 2NRXA 3HRGA 3MEEA 1C0FA 2D1KA 2E1ZA 1IKXA 4ID5A 1WBDA 4B3MK 3OVNA 2Q0UA 4YDUA 1Q82O 5J2NA 1NGJA 3VEOA 3CYMA 4JNEA 2E5LK 3AAQA 5C0YA 1UWBA 2G8FA 2R7YA 3C7NA 4XEIA 1KC8O 4CZEA 2ZJPL 1ATNA 5AZIB 1RT7A 4YOWA 3V1QA 2FSNA 4DQRA 4FSVA 2JGUA 2Z1GA 5FPNA 3ZT0A 4YOYA 4ILJA 1N8RO 4IOAL 1HNWK 4PWDA 3TSUA 1CZ9A 4DS4A 2Y1IA 1JXEA 2GBZA 3AVIA 4LFBK 1GLLO 3MMVA 3PLAA 4ZTFA 3VGKA 4CHQA 4FVMA 2IVNA 4CJ7A 3AVMA 3HBTA 2A1SA 3ALYA 3OYDA 4OX9K 4EAHD 3KK7A 4FO0A 2ATQA 3H6EA 2BTFA 1NJYA 4DV5K 2HNZA 1X9WA 4I2QA 3MN9A 3EE8A 2YJEA 4GVMA 2HVHA 1NGBA 3KD1E 3G6EN 5BRDA 3SQ2A 1XMQK 4WCEL 3OYFA 4B1YB 4HUEA 4JK8A 4BRLA 2VWKA 1R0AA 4ZHRA 5I9EB 3THWB 2PBDA 1R59O 3SBGA 2UU9K 4DR7K 1C0MA 1SV5A 2Z1JA 3GBTA 3CC2N 1WSIA 4IXCA 4CJQA 3JSMA 1LV5A 1D9DA 5FPDA 3H1QA 2GWKA 4Q0BA 3DLKA 5LL6Z 3D7EO 1T6DA 3O3HA 3V9ZA 4CHNA 3ZSYA 3DMJA 3G0ZA 5AQFA 3KLFA 1YXQA 4K43A 4NB4A 1LOTB 5J1EA 3WUHA 3OA9A 4KHWA 4B3RK 1JLCA 1A5VA 3OYCA 3A5LC 4BC3A 4FJMA 1XC9A 4CJTA 1KCFA 1G99A 3MECA 4RCHA 3CIPA 3RVCA 3CMAN 1TKDA 3A5MC 3DXMB 4YFUA 3WNGA 4V19S 3SZ2A 1WSFA 2VCPA 4E89A 1K6YA 4BRPA 2HHQA 2PYJA 4FW2A 1M1KO 2NZTA 2P9UA 2XRIA 5CZ1A 2JWKA 1I39A 3HP9A 4KFBA 4CD1A 1LAWA 3GOIA 1U48A 4IFEA 3ZSRA 1YJ9N 4ICLA 5TKWA 2YHWA 1SKRA 3RRHA 1HYVA 3AV9A 3RWUA 4KREA 1ZBLA 4WYBA 3QEXA 4QOZB 1C6VA 4IO8A 2F8TA 1K8KA 1Z25A 3VMFB 1IKYA 4KAZA 3PUFA 3QFUA 4L8RB 2PAVA 4DTRA 1VK0A 1KAYA 2ZGZA 4OGEA 4E7JA 3M1FA 2VGMA 4FWNA 3TAEA 3LANA 2RHKA 4E7KA 2ZWHA 3W3DA 4E1JA 3QB0A 5AJ3K 4KHNA 4QS7A 2OZMA 5BR9A 1NK0A 3PIPL 3HTVA 1Q9YA 3U9ZA 2WC9A 4O8UA 3UKRB 5HLFA 5SWMA 4A62A 1EP4A 3L4QA 4DF8A 2QXFA 1EKEA 2Q3SA 1ZBUA 1WBBA 2HB5A 3MEGA 3R3LA 3NE6A 1UAXA 2BH1A 1JCGA 3NH2A 3DWLA 5AQJA 3LWLA 3TAPA 1VHXA 3N4PA 2G8VA 4JD2A 4DMNA 3HM8A 4DQ8A 5C24A 3K58A 4DFJA 3AVHA 1HYZA 1TVRA 2X6SA 5C10A 3VGLA 4LC9B 1YVNA 4N5SA 3CC4N 3VQQA 1W2BM 1IJJA 3LP3A 1TYQB 4CCHA 2VG6A 4FOIA 3THVA 1RT1A 3I56N 3PO5A 4AHUA 4ISFA 1N32K 3ZSWA 5C42A 4CZIA 3FZHA 1VQPN 3O9SA 2ZF5O 1XI1A 4FWSA 1E3MA 1M90O 4FLZA 3MWPA 4B9TA 4DTOA 3NGIA 3ZETB 4A5AA 1LW2A 4O55A 4FJIA 3AGRA 1ZBFA 3RR8A 2A6AA 1S9EA 4W5RA 4A2BA 5JLHA 4FZZA 3U4LA 1NK8A 3SUOA 4YORA 4IOCL 4KH5A 4BC2A 2RN2A 4C23A 3O1WA 3THXA 4DFMA 3P5JA 2KHOA 4JAXA 3L2QA 1WSJA 4DSKA 1BA1A 1W9HA 3DOKA 4FPBA 3O9TA 4BRKA 2FSKA 4DR6K 4Y1CA 2CGKA 3DXKA 1RTDA 4Z4EA 5KPZA 3TR8A 3SNNA 3PIOL 3EZ5A 1NOZA 1FKPA 5DK5A 3EY1A 3QO9A 4BR9A 1GLDG 5AQHA 3T1HK 4JV5K 4LFAK 4G1QA 3WNEA 2P9IB 3CQ8A 1SKWA 4ELTA 3KLEA 3FE1A 5AZJB 2KZZA 1V4SA 1C1AA 3CCJN 1NNEA 4B8AB 1VAZA 5AQSA 5M1KA 5IWAK 3IUCA 3TU5A 3IS9A 3TAQA 4CHZA 5J2PA 3VEZA 2FXUA 3H46O 4H5TA 4MQ3A 4CZFA 3JYTA 3EKSA 3C6HA 4DTJA 4AHTA 3O8MA 2HBMA 4BRGA 2BANA 1MWMA 4FLVA 5JMVA 3L2UA 3L2RA 3HPHA 3QFPA 2PY5A 2BE2A 1QQMA 1REVA 5C2FA 5KPRA 3LDQA 2P5GA 4PKHA 4BG9A 1KD1O 2IS3A 4H5WA 3VA3A 2KZMA 1FK9A 4BR0A 2F9WA 3H3OB 5HROA 4XIUA 2P9SB 3ZX2A 2HHUA 3VOVA 4X66K 4LF4K 2O8FB 3LDPA 4U67L 3VF6A 4AHVA 2OCEA 4R79A 3PSIA 2IC3A 4CFDA 4M3YA 3KLHA 4DV3K 3SQ0A 2I5JA 4LF8K 2OPSA 3VENA 4B9UA 1O1WA 3OTOK 3CQXA 3ZSZA 1HKBA 1JLQA 1VQ8N 4FLXA 3O9UA 4XH4A 2HSTA 3SLCA 3J80O 5E84A 1I94K 3AA3A 4E0DA 3NDKA 2X78A 3CG7A 1SL2A 4DLEA 1O13A 5M1NA 3V9SA 4WQ4A 3VGMA 4DCHA 3OYIA 4B9MA 4KB0A 2HHVA 1H1VA 1J6ZA 1NGIA 4OVLA 1NGFA 3F5TA 3AVKA 4IFVA 4FJGA 3CCSN 4JKCA 3KD5E 2HHWA 5FPMA 1IKVA 3BDPA 4YHHK 1YJWN 1TK5A 4EZ9A 1WNSA 3V1RA 1XUPO 3CCLN 4JEPA 1U4BA 4Z4IA 1EETA 2WUSA 1DKGD 3PX0A 1JCFA 1NK9A 3P1GA 1VQ6N 1SL0A 3M8PA 4BY9C 4FCYA 1YTUA 3SBTA 3C0BA 4DTSA 4CF0A 1Q81O 4CW7B 2LSNA 1WLJA 2QI2A 4CVNE 3O4NA 1ZBSA 1YHQN 1QSYA 2ASPA 2O8DB 1QQOA 1J5EK 4B1XB 1BI4A 4J8FA 3E66A 3KVGA 5FPEA 1NG9A 4E1NA 2OA8A 1X9JA 1KAXA 2P9KB 3IRXA 3MCPA 3KWIA 4ZTJA 2GUIA 3SUQA 2P9NB 3WXJA 3MK6A 2YHXA 4IKFA 3KJVA 2VWJA 5LJWA 4FJJA 3ENOA 3VQAA 4X62K 4FWRA 4NLCA 4H5RA 4CJSA 1WSHA 4LF5K 1Q9XA 5M1OA 2XY7A 1NK7A 4JI7K 4BREA 3AO4A 4DV2K 4J2BA 1NKEA 5JVHL 2F8SA 4DV6K 3LP1A 1RCHA 3M6GA 4B1ZA 4DQPA 3OY9A 3QICA 5TKYA 4L3QA 4XH1A 1NK5A 3HOSA 4Z4CA 3T1AA 4DQQA 1WAFA 2FLOA 5CZ2A 3EYZA 2E1YA 3SV3A 5HRSA 4H0VB 4O4GA 2IVPA 5M1FA 4O0IA 2G8UA 4DG1A 4FM0A 1QQNA 3V81A 1S6PA 5FDLA 4OPJA 5AQLA 1HNZK 3FFIA 1X9SA 3MEDA 4JI8K 5CYQA 2V7ZA 4IEIA 3OYNA 2FBXA 2P9LA 4BE1A 1HPMA 4UY8O 5JS1A 4KTZA 1Z6RA 4CGHA 1L5UA 4FJLA 3VQBA 3FZMA 1FKOA 3O5BA 3ZCMA 3IKMA 4H4MA 5LMUK 2O4IA 5MLCQ 4KRFA 4GVEA 3SMSA 3CFRA 3LL3A 3G71N 1T8EA 3RTVA 3H3NO 3CCEN 2W42A 4H0OA 5FLXO 1VSIA 1VRUA 4W5OA 3A5NC 1LCUA 4I7FA 1SZ2A 1DT9A 5AQIA 3HPOA 3SQ4A 3I0RA 4F3OA 5AZIA 5AQQA 1GLFO 3HYFA 2O8CB 3TAGA 1NWKA 1U49A 2OPQA 1JJ2M 4PY5A 4JKHA 3AO3A 2NLXA 1NGCA 3KKSA 3QBXA 4MLEA 3K5NA 1ESVA 4JKFA 3ZEUB 3CJ9A 3EL2A 4FLWA 3Q7CA 2DTUA 2QWQA 3ZT1A 4JKDA 1ZXOA 3SMPA 1XNRK 4LY7A 4CFCA 4M45A 4C8OA 3NH1A 1NGHA 1OH7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQP N;  1K8A O;  1JJ2 M;  1KD1 O;  1KC8 O;  2ZJP L;  4WFN L;  1ILY A;  3CCR N;  1M90 O;  1K9M O;  5DM7 L;  4U67 L;  1M1K O;  1N8R O;  4IOA L;  5JVH L;  3CC7 N;  1QVG M;  1YJ9 N;  5GAG P;  3CPW M;  1KQS M;  1YIT N;  3I55 N;  4WFA L;  4IO9 L;  4IOC L;  2ZJR L;  1Q86 O;  4WFB L;  2QA4 N;  1VQ8 N;  1Q7Y O;  1VQM N;  5HL7 L;  1VQO N;  4WF9 L;  3G4S N;  2QEX N;  5GAE P;  1VQ4 N;  1YI2 N;  3PIO L;  3PIP L;  3OW2 M;  1VQ5 N;  3G6E N;  1VQK N;  4WCE L;  3CCQ N;  1VQN N;  3CCS N;  3CCM N;  2ZJQ L;  3CCV N;  5H1S Q;  3CCU N;  5GAD P;  1YJW N;  3CME N;  1VQ7 N;  3CC2 N;  5JVG L;  3CCJ N;  3CCL N;  4UY8 O;  3CD6 N;  2OTJ N;  3J7Z O;  1YJN N;  2OTL N;  1VQ6 N;  1QVF M;  1NJI O;  1VQL N;  1VQ9 N;  1YIJ N;  5MLC Q;  1S72 N;  1Q81 O;  3CXC M;  5DM6 L;  3G71 N;  5GAH P;  1YHQ N;  3CF5 L;  3CCE N;  3CC4 N;  1W2B M;  1K73 O;  1OVY A;  3CMA N;  1Q82 O;  3I56 N;  3DLL L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QS4 A;  4RWT A;  1BUP A;  2YJF A;  2ASO A;  4OO1 J;  4EFH A;  1K8A O;  1DGK N;  3OYA A;  2JLE A;  1ASV A;  1IG8 A;  2ASM A;  3LPT A;  2Q31 A;  3SPZ A;  1J5O A;  4FJK A;  3SUP A;  1T6C A;  1RBT A;  4FYD A;  3G10 A;  3QIO A;  3SAH A;  3D0P A;  1VSD A;  3BUZ B;  5AQO A;  3SV4 A;  4W5T A;  3WNH A;  1NK4 A;  3KKR A;  2OPP A;  3AVC A;  4FM2 A;  3S3N A;  4DB3 A;  3VPZ A;  1HQE A;  4OPK A;  4H0X B;  5EXW A;  1Q8I A;  2WBN A;  4CJR A;  4CGI A;  2PZS A;  3EZW A;  1W7A A;  4DFK A;  4PL7 A;  2GV9 A;  3VEV A;  1T3V A;  2ZGY A;  5AQK A;  3C94 A;  3MAQ A;  4U7B A;  1HR0 K;  3GE1 A;  3THX B;  2E4L A;  1P90 A;  4JS4 A;  3NCI A;  1E4F T;  1HKG A;  3UKU A;  1VQK N;  4LF9 K;  4OGC A;  2B4J A;  4F8R A;  3DXK B;  1GLB G;  5EY4 A;  2UUB K;  1L3U A;  1HPZ A;  4CIE A;  4KO0 A;  3J7A P;  1J53 A;  2VQF K;  2Q1N A;  4K42 A;  1S1T A;  1NM1 A;  2FF6 A;  2Q2R A;  4XH5 A;  1NMN A;  3GL1 A;  5JS2 A;  5GIO A;  4BR4 A;  4LSL A;  3F9M A;  3V9U A;  4DR1 K;  4IBN A;  4CF8 A;  3J81 O;  3LZJ A;  4E1M A;  3L3V A;  4MFB A;  5HP1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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