3D0PA

Insights into rna/dna hybrid recognition and processing by rnase h from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsdna complex
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
pubmed rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d0pA00
2GBZA 3THVA 1Q9XA 3NH0A 3MXMA 2XY7A 4DU3A 2XRIA 2JLEA 1SL0A 1JLQA 5FRNA 1BHLA 3AO3A 3NE6A 4FLVA 1SL2A 2E4LA 1RBTA 4Z4CA 4FK4A 1D5AA 4EP4A 2Z1IA 5KRTA 4FZXC 5CZ2A 4F2SA 1VSLA 4B8CA 1G15A 4CESA 3TANA 4L8RB 2KTQA 2VG6A 1JLGA 4CJFA 4LSLA 3HT3A 4OLAA 1C1AA 1JL2A 4I7FA 3VA0A 4NYFA 4B9UA 1TKTA 1A5XA 3OYGA 4LY7A 1WSFA 4OKKA 1ASUA 3D45A 3AVBA 4RW6A 2Z1GA 3M8PA 5DK5A 3L8BA 1L3SA 4Z4EA 4CF1A 3QLHA 1EX4A 4AHUA 4M3WA 3TABA 1W0HA 3PY8A 3KIOA 3QEWA 3SI6A 4DTPA 3AO2A 1HJRA 3LAKA 2IGIA 3SV4A 2XY5A 5HROA 3U3YA 1QSSA 1RT4A 2KQ2A 5I3UA 3IS9A 4M3ZA 5FROA 1WN7A 1DTTA 3AVFA 4CFBA 1KLMA 1NKBA 4ZHRA 3SUOA 2PYLA 4QOZB 3U6FA 1EETA 2P51A 2DFEA 1YTUA 4O0IA 1KCFA 3WNEA 2D0CA 2FBYA 1C0MA 1VSIA 3SQ2A 1N6QA 4Y1CA 1LV5A 3LP3A 2HNDA 4CJWA 3NH2A 1S1VA 4KO0A 2Z1HA 4FJKA 4W5NA 2X6SA 3SNNA 4CF2A 3WNHA 4PA1A 3MXIA 1S1WA 4IBNA 4NCGA 4EP5A 4DF8A 3DLHA 3K57A 3DLGA 4I9QA 4CJSA 4E1MA 1FKPA 3VQ8A 3ZSQA 4H4OA 3TAEA 1RTIA 1MU2A 1HNIA 4DTSA 3V9SA 4N41A 5KRSA 3OS1A 3LANA 4H4MA 2FBTA 3HPOA 3B6PA 1XHZA 1JLAA 3ZT3A 3PV8A 4FZZA 3EYZA 3RMCA 1ZBFA 2A1RA 4CIEA 4DLGA 1NOYA 4DQPA 4DFPA 4C8OA 3SJJA 2WONA 3AVMA 4DQIA 3KLIA 3OYLA 3LPUA 3HM9A 2EHGA 3CG7A 4N56A 3KD1E 3K5MA 4AHRA 1NJYA 3LP1A 3QEXA 1VSHA 5KI6A 3I0SA 4M41A 1S6PA 3ITHA 3K58A 4O0JA 1KLNA 2HNZA 4FLYA 2GV9A 3AO1A 4CIFA 4CJKA 3OYHA 4HUFA 3NGIA 1GOCA 3VQ6A 3AA5X 3PX0A 4M42A 2BDPA 2KFNA 4FLWA 3NBPA 3ASMA 1YTAA 4ID5A 1NK6A 3KLEA 4DSFA 1HQEA 3TR8A 3AVJA 1RT5A 2YNIA 3ZT4A 3KTQA 4CFAA 3HL8A 4CHOA 4ZTFA 2OZSA 1C6VA 2ITGA 1BQNA 4B08A 3HVTA 4CEZA 3K5LA 3S3NA 4C8LA 1JLCA 3QNOA 4FJ8A 2OZMA 4CF0A 1REVA 4CIGA 3PX4A 5KGWA 1VK0A 1ASVA 2D0AA 4OVLA 1WLJA 3D0PA 1U47A 2HHWA 4ZTJA 1VSMA 1SKWA 4FW2A 1VSJA 4TSXA 3VQQA 2Y1JA 2IC3A 5JS2A 1LWCA 4AHTA 1QSYA 3NF7A 1S1XA 1BIUA 1Z25A 4BDZA 3NHGA 3QESA 3OVNA 1TAUA 2E6LA 4KKOA 1TL3A 3JSMA 4CGHA 2HHTA 1S5JA 4H8KA 3NDKA 4DTOA 3NAEA 4M3TA 1TK0A 4CJ4A 3V81A 2WOMA 3OY9A 4AHSA 4CJQA 3VQBA 3KLGA 4OPJA 1Z26A 3HPGA 1K6YA 2NUBA 4HUGA 2QKKA 4AH9A 4C8KA 3QO9A 3AVGA 4B9VA 4KTQA 4J2BA 3L2UA 3DRSA 4Q5VA 3M8QA 3VQEA 1NK9A 4F3OA 4I2QA 4CEDA 3SUQA 1RTDA 1RBVA 1I39A 3KKRA 3OYJA 4W5TA 3L2WA 3AVKA 4KHNA 4J2AA 1RDBA 5FRMA 3KD5E 4EZ9A 4M3XA 4DS5A 4CGFA 1S1UA 4FLTA 3NF6A 1S1TA 2ATQA 3KK2A 3VQCA 1J54A 3ULDA 4EZ6A 1RBRA 4F8RA 1QQCA 4IKFA 3HSTB 4PY5A 4DG1A 2HHXA 1RT6A 1YT3A 1QSLA 3NFAA 3C6TA 4CHQA 1S6QA 5EU7A 3K59A 4DQQA 3OYIA 3DOLA 3AA4A 4FJ7A 4HVJA 4WE1A 1IH7A 2GUIA 3ZSYA 4CGIA 2W42A 2PYJA 5C25A 1HRHA 2RKIA 4FK0A 3JYTA 3CQ8A 1VRUA 4XIUA 4DLEA 1SL1A 2HHVA 1DTQA 3V1OA 2HVIA 4FZYA 2BE2A 4LH4A 3SUNA 2YHAA 2B6AA 3KK3A 1BGXT 1GOBA 1LW2A 3DLKA 3SV3A 3K5OA 1WSHA 4J2EA 4OKJA 1KFSA 1KTQA 4JS5A 2OPSA 2HW3A 2IOCA 1QHTA 4CEBA 3G10A 1U48A 4FJ9A 4M3UA 4R5PA 2F8TA 2HHUA 4DU1A 3CM6A 3KLFA 3ZSXA 4KI6A 4N76A 3SQ0A 3ZSOA 2RPIA 3LALA 3P5JA 4ELTA 1Y97A 1CXUA 4E19A 3QEVA 4KRFA 4CHZA 1U4BA 5D3GA 4N47A 3VQ9A 1U49A 4KFBA 3OYDA 1R0AA 1C0TA 4JLHA 2B5JA 4CJ3A 4CJPA 5KGXA 4B9SA 2FC0A 3IG1A 2P5OA 3V1QA 3ZCMA 4DMNA 3DMJA 4N5SA 3TI0A 1XI1A 2ZE2A 1IKXA 1EXQA 5HP1A 3ZT0A 4E1NA 3CYMA 3VQAA 3F73A 5J1EA 3PUFA 1RT3A 1UA0A 1ZBLA 4CE9A 4CHNA 1WSGA 3V9UA 3SUPA 3TWHA 1B92A 1RDAA 3QETA 3RMBA 1NKEA 4KHSA 3HXMA 1KVAA 3HP9A 3WNFA 4FK2A 4Z4FA 2LSNA 3HK2A 3E01A 3AVIA 3VQPA 5DMRA 3LZIA 3TAFA 2HHSA 3P83D 3SYZA 1NK8A 1RDDA 4CHYA 4DTMA 3NF8A 1F21A 3CFPA 4CEQA 4DSEA 1T03A 2HHQA 4CJUA 3OYMA 4BE1A 2DFFA 4FJ5A 4LD0A 1TVRA 1WSEA 1BQMA 3L3VA 2XHBA 5HBMA 4PQUA 4FJHA 3C95A 4NCAA 1JLEA 4IG0A 3P1GA 4DTJA 4HTUA 4FM1A 4LH5A 4IFVA 4CEEA 4YFUA 4CJRA 2YKNA 2G8VA 1KRPA 1LWFA 4B8AB 1RTHA 3C94A 1U45A 1X1PA 4CECA 4W5QA 1CZ9A 3V1RA 4CEAA 2Z1JA 4E7IA 1CLQA 3AV9A 4W5OA 5HRPA 1ZBHA 4JRPA 3RTVA 3OYFA 1RBSA 1VSEA 2AJQA 2DFHA 4CFDA 1TL1A 5J2PA 5E41A 1UWBA 4GW6A 3EZ5A 4E0DA 3B6OA 4ICLA 5CY4A 4E89A 3OYNA 1UOCA 3TAQA 1ZYQA 1N5YA 2O4IA 4FJXA 2OPPA 2HMIA 1QTMA 1ASWA 1BCMA 4BE2A 1BIZA 2G8FA 4FJMA 4CERA 1BCOA 1D8YA 3ALYA 4KTZA 4M3YA 4DSIA 4FW1A 1J9AA 4FLUA 1GOAA 3OS0A 1RT7A 3O4NA 5I42A 1A5VA 4KHYA 2Y1IA 1IO2A 1JXBA 4CFCA 4AILC 3UIQA 3DRPA 2D0BA 3RRGA 4Q0BA 3KK1A 3M8RA 5HRRA 4Z4HA 4BACA 3V6DA 1UA1A 3VQ5A 1T05A 2D5RA 4FJJA 1RDCA 3PO4A 2R7YA 4B9NA 3RR8A 4BDPA 2FBVA 2RN2A 2VG5A 5J2NA 4FM2A 3O3FA 4HUEA 3QIOA 4E7JA 1RNHA 3LZJA 3RRHA 3OYKA 2G8IA 2F96A 3TAGA 4Z0UA 4CCHA 4O55A 3K5NA 4FJLA 3TARA 1BL3A 4DQSA 4DTRA 5HLFA 1L3VA 3L3UA 1J5OA 4KV8A 5CZ1A 4E7HA 4AHVA 4NYNA 2F8SA 1FXXA 4FXDA 1KSPA 1KFDA 1JL1A 3LAMA 3OYEA 1NK0A 4C8MA 1A5WA 4BWMA 4CF8A 1VSFA 2QKBA 4KB0A 1SUQA 3BGRA 4Z4GA 1JLFA 4UQGA 4DSJA 4J2DA 3L2VA 4DWIA 1LW0A 4I9LA 4B9TA 2HVHA 4FJNA 5SZTA 1NOZA 1TV6A 3AVHA 1RILA 1YVUA 3VN5A 1X9WA 1RT2A 1CZBA 2QXFA 1S9GA 2YHBA 2ZD1A 3SZ2A 2EX3A 3VQ4A 3AVAA 2KFZA 1KVCA 3K2PA 3HP6A 4HHTA 2I5JA 4CK1A 4RW7A 4E3SA 3SQ1A 2G8KA 1TGOA 3AA2A 4KTWA 5HRSA 2G8HA 4ELVA 1CXQA 4MQ3A 2OPQA 4CF9A 1TKZA 2VWJA 3ZSZA 1B9DA 3V4IA 3L2QA 2QK9A 3AO5A 5K14A 3S3OA 5C42A 2XY8A 4JRQA 2YNHA 2ETJA 1RT1A 2XY6A 3MEGA 1L3UA 4O4GA 3M8SA 2HNYA 4CHPA 4CEFA 4FM0A 3AVLA 2P5GA 1XHXA 1FKOA 1SV5A 3SPYA 1RCHA 1NK4A 2G8UA 3RMDA 3VQ7A 4DTUA 2YNGA 5HRNA 3IAYA 5FDLA 3RMAA 4QCLA 1QE1A 4DF4A 3SQ4A 1C1BA 4C8NA 1NK7A 1L3TA 4ID1A 3I8DA 4FJIA 1EKEA 1B9FA 4M3RA 5KTQA 1NKCA 3S3MA 3HPHA 3SPZA 4CJEA 2RF2A 1IKYA 1C1CA 1FK9A 1J53A 4CEOA 3ZT1A 2X6NA 5T7BA 4OPKA 3ZSVA 2PZSA 3PO5A 3F9KA 3AVNA 1BI4B 3V9WA 2XO7A 1IKVA 4I2PA 3T1AA 3HJFA 1SKSA 1TKXA 3V9XA 1VSKA 1I3AA 4IFYA 3NF9A 4DFMA 3QEPA 3MEEA 3S9HA 1XC9A 1X9SA 4BWJA 3PX6A 2VWKA 3MEDA 5SWMA 3MAQA 2YV0X 1IKWA 2ZQBA 1IG9A 1X9MA 4KHQA 5JS1A 4KAZA 3ISNC 3OYAA 3MXJA 1HYSA 4CJ5A 3MECA 1HNVA 1ITGA 3OYBA 3I0RA 4FCYA 4KPYA 4PUOA 3FFIA 4E7KA 1KVBA 3OJSA 4PWDA 3LPTA 3RR7A 4DFKA 4LSNA 4FJGA 3SCXA 2OYQA 1HPZA 3LP2A 5J2QA 1HQUA 1TK5A 3DLBA 1O1WA 3ZSWA 2YNFA 3QERA 4KI4A 4K8ZA 3AVCA 4DSKA 3CFRA 1TAQA 4F2RA 3KJVA 3OS2A 3T3FA 4DU4A 4Y1DA 4Z4IA 1WNSA 2YKMA 3IRXA 4OKEA 4DS4A 1WSJA 4DTNA 1T7PA 3ZSRA 1NJZA 4DFJA 2Q3SA 3G0ZA 3LWMA 1JXEA 2IAJA 3O4QA 4KHUA 1WAJA 5CYMA 2BANA 4KHWA 4GMJB 2KZMA 4B9MA 4CJLA 2BGGA 4OLBA 1BI4A 3EY1A 3DI6A 3QINA 4M45A 1HYVA 3O3GA 4B3OA 1D9DA 1U04A 3QIPA 1QS4A 4O44A 4QAGA 5C24A 2G8WA 2OA8A 3TAPA 1L5UA 3NGZA 3DLRA 4GVMA 4DQRA 4NCBA 3LP0A 3LWLA 1T8EA 3VQDA 4JS4A 2DTUA 4OGEA 3NH1A 1TKDA 4BE0A 1W9HA 3AA3A 4HCCA 1DLOA 3DLEA 4B9LA 4DTXA 4CGDA 4FLXA 1VSDA 1ZBUA 3HVRA 4CJVA 1Q9YA 1HMVA 2A1SA 2B4JA 2IS3A 3QEIA 5CYQA 3ZT2A 2PY5A 1ZBIA 4O5BA 4OJRA 2JGUA 3H08A 3T19A 1VRTA 3AO4A 4IDKA 3TAMA 4G1QA 4YNQA 2O4GA 2KW4A 3CFOA 4F4KA 4OGCA 3BDPA 1BISA 1Q8IA 3CM5A 1SKRA 3OJUA 4MFBA 4RG8A 4RW8A 1LAWA 1WAFA 3L2RA 1EP4A 4ELUA 4E7LA 2DY4A 1JKHA 1D9FA 4KREA 1RTJA 3NGYA 1JLBA 1LAVA 4RW9A 4CJTA 1NJWA 4F3TA 2OPRA 1NK5A 1NJXA 5J2MA 1WSIA 4FLZA 1LWEA 3VA3A 1C0UA 4W5RA 4DSLA 2E6MA 1S9EA 3KKSA 2FBXA 4K8XA 3WNGA 4KB1A 1UAXA 4RW4A 2X78A 3DM2A 3V9ZA 4CGGA 4IG3A 4CK3A 3U3GA 4BDYA 4FYDA 2IDOA 2KZZA 3DYAA 3DRRA 4CGJA 4CK2A 3DOKA 3HYFA 3OYCA 1RBUA 3HO1A 3KLHA 3LDSA 2X74A 3RWUA 1XWLA 3A2FA 4AHCA 3O3HA 1HYZA 4FVMA 4HCBA 1TK8A 2P1JA 3QNNA 3NCIA 2VG7A 3C6UA 2HB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GBZA 3NH0A 2XRIA 3AO3A 2VQEK 1RBTA 5M1PA 2P9LA 3ZETB 4B8CA 3TANA 2VG6A 3LDLA 4A62A 3ID6A 2VCPA 4IOXA 4M7YA 3HT3A 1JL2A 3UKRB 1P8ZA 1A5XA 1OKJA 4LY7A 3HRGA 4OKKA 4DR7K 3AVBA 3M8PA 3IDHA 1L3SA 3WUHA 1EX4A 5BN8A 3R1XA 4DTPA 4EIAA 2XY5A 1QSSA 4M3ZA 3IS9A 5FROA 4IZ9A 1WN7A 3AVFA 3UKUA 4ZHRA 4JEPA 2O8EA 3U6FA 4WFBL 1YTUA 1C0MA 1EQYA 3EE8A 5AQHA 3SQ2A 1N6QA 4Y1CA 1LV5A 2A3ZA 4DR2K 4PA1A 3MXIA 1VHXA 3VESA 4EP5A 4DF8A 1Z6RA 2I7NA 4H0OA 3K57A 4I9QA 4FOEA 2IVPA 2F4VK 3JS6A 3ZSQA 4DTSA 4N41A 5IT9O 3O9RA 3CJ9A 3EYZA 3RMCA 4CIEA 4BY9C 3T1YK 2WONA 3SJJA 3T1HK 1NGGA 5F2RA 1VQ5N 3KD1E 3THWB 1NJYA 1VSHA 1S6PA 3ITHA 4O0JA 4CIFA 4CJKA 3VEZA 4JD2B 2GUPA 3VQ6A 3PX0A 5LJWA 3NBPA 1NK6A 1HLUA 1HQEA 3TR8A 3KZBA 3KTQA 2OZSA 3GOIA 1BQNA 3K5LA 1YIJN 1JLCA 3R6MA 1REVA 5KGWA 1ASVA 2GWJA 5DM7L 2D0AA 1WLJA 5LY3A 4FW2A 4TSXA 2IC3A 5EVZA 4AHTA 3NF7A 4FWOA 3FZKA 1TAUA 2E6LA 1TL3A 2HHTA 2ZF5O 4H8KA 4LC9B 3NDKA 4DTOA 1XMQK 1TK0A 3OY9A 1Z26A 5AQTA 5KPTA 4KTQA 3QO9A 3L2UA 3DRSA 4Q5VA 3M8QA 2E20A 3VQEA 3SUQA 2KHOA 4XEIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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