3D0PA

Insights into rna/dna hybrid recognition and processing by rnase h from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsdna complex
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
EEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Ribonuclease H
publication title Insights into RNA/DNA hybrid recognition and processing by RNase H from the crystal structure of a non-specific enzyme-dsDNA complex.
pubmed rcsb
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-05-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3d0pA00
3PX6A 4Z4HA 4FJXA 3C94A 1Z25A 3DRRA 3OJSA 2DTUA 4Q0BA 4ICLA 2YHAA 4CJEA 5KGXA 2BE2A 4KHSA 4I2QA 3EZ5A 3SUNA 1Z26A 4H8KA 3ZSYA 4K8ZA 4PWDA 2OPQA 3RR7A 4CJQA 2AJQA 2VWKA 1JLGA 3AVBA 4IBNA 1C1CA 5FDLA 5SZTA 2OPRA 4PUOA 1RBUA 3RMDA 4CHYA 3LAMA 3LPTA 1U45A 4LSNA 3CFRA 3AVIA 3LZIA 2HB5A 4ID5A 1TKDA 3KD5E 4E3SA 3AA5X 4AHTA 2A1RA 4CGJA 1U47A 1C0UA 3ALYA 4FK2A 4O55A 2DFHA 1YTAA 3C95A 3CQ8A 4C8OA 1TAUA 4DU4A 3VQ6A 1C0MA 3K5OA 3KK1A 1NK9A 3RWUA 3KJVA 1VRTA 3CM6A 4AHSA 3V1OA 4FJ8A 4RW9A 2F96A 3C6UA 3D0PA 3ISNC 2KQ2A 4FW2A 3ZSZA 1TAQA 4IFYA 5C42A 3V4IA 1S9EA 4DQRA 1IKWA 1D5AA 3RMBA 3I0RA 1RBTA 4DTPA 1S1TA 2R7YA 2GV9A 2IAJA 4KRFA 4CK3A 3HP9A 5KGWA 4W5QA 4KI4A 3OYFA 1TV6A 3ZCMA 3QEWA 3ZT1A 3LP2A 1ZBHA 1HNIA 2FC0A 1B9DA 4MFBA 2QK9A 3L3VA 4KFBA 1TK0A 2YNIA 3HL8A 2G8HA 4M45A 3OYMA 2XHBA 1BISA 1UOCA 4E7JA 1SUQA 3TAGA 3ZSRA 4BACA 1BCOA 3G0ZA 3ZSXA 3SCXA 1NK5A 3L8BA 5KTQA 4I2PA 3NGIA 3QETA 4YNQA 4Z4EA 2PY5A 1JKHA 4DLGA 1Q9XA 4B9VA 2ZQBA 1J54A 4DS5A 4FXDA 3WNEA 3L2QA 1NOYA 4JRQA 3VQ4A 4CHPA 3OYHA 2WOMA 4BE0A 4FLYA 4ZTJA 1KRPA 4C8KA 2KFNA 3EY1A 2KW4A 5KRSA 1FKOA 1RT2A 1IO2A 2IS3A 1C6VA 4OLAA 1ASWA 3LP3A 2BDPA 2KFZA 1DTQA 4GW6A 2G8WA 2E4LA 3L3UA 3OS1A 3CFPA 2VWJA 3AVGA 2X6NA 2GBZA 1HQEA 2EHGA 3S3OA 5CYQA 1LWEA 1XC9A 4DFJA 5FRNA 1LV5A 1S1UA 3HO1A 4O4GA 1XHXA 4BWMA 1CXUA 4KI6A 2OYQA 3VQPA 3T1AA 2HW3A 3L2RA 3SV4A 1RTIA 3NF6A 1RCHA 3O3HA 3AO5A 4CEEA 1DLOA 1GOBA 3NHGA 1LAVA 1BI4B 4BWJA 4N56A 1RDCA 4B9SA 4HCCA 3VQDA 3AO4A 4KV8A 4FZXC 3ZT4A 2BGGA 1VK0A 4HUFA 3ZSQA 4F4KA 4CEZA 4E7LA 3NH2A 4ELUA 3AVHA 1TK5A 4Z4IA 1YT3A 1G15A 3M8RA 2X78A 3DLGA 1NK8A 3K5LA 4M3TA 4FW1A 2FBVA 5E41A 3NH1A 3OY9A 4HUGA 3G10A 1IKVA 4CF0A 1L5UA 2P5GA 5DMRA 4OKKA 3P1GA 1D9FA 1EP4A 2E6MA 3LP0A 5C24A 3RTVA 3V9WA 3ITHA 1SV5A 1SL2A 3K5NA 1BQNA 1CXQA 3AVCA 4DMNA 4FLTA 4KHWA 4JS4A 3DLRA 3QLHA 2ATQA 4DSFA 3PY8A 2G8UA 1X9MA 1NKCA 4B9NA 2P1JA 1T05A 2KTQA 1KCFA 1JLBA 3VN5A 4CESA 4M41A 4E7IA 4EZ6A 1IG9A 3FFIA 2I5JA 4NYNA 4CEAA 3LWLA 2XY5A 2D0CA 4CJFA 1C0TA 2OA8A 2P5OA 3DI6A 1HYZA 1NJXA 1SKSA 2HHTA 2HNZA 4DG1A 4RW6A 2Y1IA 4OPKA 3CYMA 3DLBA 3TARA 3S9HA 3LPUA 2JLEA 4Z0UA 3KIOA 1XI1A 1NK7A 1ZBIA 1WSIA 2HHVA 4FJLA 1Q8IA 4I7FA 4DTOA 1YVUA 3HYFA 3ZSWA 4ZHRA 4F2RA 1LWFA 4OVLA 4DTRA 4CF1A 3KKRA 5CY4A 1L3TA 5FRMA 1ASUA 2FBXA 5J2QA 4OPJA 3QEIA 4FLVA 3SUPA 3LDSA 3VQCA 3AA2A 4N76A 3HPGA 1BIZA 4DTJA 5CZ1A 4DFPA 1RT4A 3O4QA 3OYEA 2DFFA 4W5RA 3L2VA 2D0BA 4FZZA 3OVNA 3B6PA 3QEXA 4JLHA 4DLEA 3V9ZA 1VSMA 1WN7A 3AA4A 3PX4A 4EP5A 3QEVA 4CEOA 1NJZA 1RDAA 5KRTA 4HVJA 1UWBA 2X74A 3DOLA 4LY7A 4NCGA 3RRGA 4FJIA 4G1QA 3WNHA 1QTMA 1TKTA 2YNFA 1XHZA 1Y97A 4J2EA 3V9UA 1WSEA 4KTWA 5HRRA 4M42A 3OYJA 4R5PA 4O0JA 5KI6A 3AVKA 4E7KA 2HHWA 4EZ9A 4RW8A 4CECA 1MU2A 2VG5A 2YHBA 4LH4A 3OYNA 3HP6A 4DSKA 2NUBA 2OZSA 3HK2A 4CFBA 3KK3A 4E0DA 3HPOA 3AVFA 4E89A 4E19A 3KLFA 4BE2A 4DF8A 3TAPA 3RMCA 2Z1IA 4DFKA 2QKBA 3SQ4A 2RF2A 3D45A 3PV8A 4FCYA 3OJUA 4QCLA 1RDDA 1TKXA 3P83D 1B92A 1JXBA 1NOZA 5HROA 4PY5A 3QEPA 4RW7A 4CFAA 2XY8A 1ASVA 1WAJA 3ZSVA 3V1QA 4B08A 4BDZA 3AO3A 1ZBUA 3B6OA 1HPZA 1GOAA 3OYGA 3K59A 4IKFA 1RBRA 2LSNA 2RPIA 3HPHA 1HYVA 3ZT3A 2KZMA 4FLWA 1TVRA 1EETA 1VSLA 4RW4A 3NAEA 1QS4A 1RDBA 4KHYA 2IGIA 4B3OA 1ZBFA 1HJRA 2XO7A 1KLMA 3SQ2A 3KD1E 2ETJA 3NF7A 4J2DA 1S6QA 4FJKA 3H08A 4MQ3A 4AH9A 4CJ3A 4FJMA 1EKEA 3CG7A 1IKXA 3DYAA 3LALA 1TK8A 3V6DA 4QAGA 2Y1JA 1KVBA 4CERA 3SPZA 3AVAA 2XY7A 3KLGA 4HCBA 1LAWA 4CJSA 4CJRA 3C6TA 1NKEA 3L2UA 1WSHA 3V9SA 4M3YA 4FM2A 2RKIA 1QSYA 1S9GA 3KK2A 1RT3A 4DS4A 4KREA 1NK6A 3QO9A 3HJFA 1RILA 1D8YA 3OYCA 2GUIA 4CGIA 1RTHA 3NDKA 4B8CA 1RBVA 4QOZB 3SUOA 1S1XA 1CZBA 1L3SA 3F9KA 4FK4A 1RT7A 3VQEA 3CFOA 3RMAA 3V1RA 1UAXA 3HVRA 1BQMA 3SPYA 4Z4GA 4PQUA 1BI4A 1A5WA 3ASMA 2Z1JA 1TL3A 1BCMA 2X6SA 4IDKA 3QNNA 3TAEA 3OYDA 4CCHA 3VQBA 3PX0A 1WSFA 4E1NA 3LP1A 3E01A 3O4NA 4AILC 1N5YA 4E1MA 1QSSA 1HMVA 4JS5A 2HMIA 1JLQA 2IOCA 4OGEA 3SJJA 3OYKA 3JSMA 4FM0A 4DTNA 4C8MA 3AVNA 4W5OA 1BHLA 2YV0X 3LANA 4E7HA 4Q5VA 5EU7A 4CJUA 4HHTA 4NCBA 4W5NA 3SI6A 1QHTA 1CZ9A 4ID1A 1YTUA 4DU1A 1DTTA 3SNNA 4CGFA 1U04A 4O44A 4H4MA 2QKKA 4CFDA 3MXIA 3DLHA 4CJTA 3UIQA 1WSJA 2DY4A 3MXMA 2FBYA 1JLCA 1UA1A 4FK0A 3NFAA 3SQ1A 3MEGA 4TSXA 4CIEA 1F21A 3QNOA 2G8VA 1A5XA 1L3VA 4NCAA 4CGDA 5DK5A 1W9HA 4BDYA 4OJRA 4FVMA 2OPSA 3SV3A 1WNSA 5CYMA 4M3XA 3IRXA 5SWMA 1U49A 1T03A 4ELVA 4DTSA 4Z4CA 4UQGA 2O4GA 4DSEA 3K5MA 3OYAA 4CJVA 3PUFA 4B9LA 4F8RA 1VSDA 3VQ8A 3HSTB 4KB0A 1NJWA 4KHQA 1IKYA 1C1BA 3DRPA 4JRPA 1KVCA 3VA0A 2HNYA 4CK1A 3O3FA 2B6AA 4DQPA 4C8NA 1JLEA 4FM1A 1JL2A 3TR8A 4N5SA 3SQ0A 4OGCA 3AO2A 1BIUA 1IH7A 4CHOA 1X9WA 1QSLA 2HVHA 2Z1GA 4CHZA 5HP1A 3OYLA 1XWLA 1T8EA 4GVMA 3I0SA 1JLAA 1HNVA 3MAQA 3F73A 4BE1A 4DFMA 4CF8A 1NJYA 2ZD1A 1X1PA 1JXEA 3WNFA 4AHVA 3OS0A 2HHXA 2VG7A 4OKJA 1S5JA 4DWIA 3KLHA 3JYTA 1FXXA 2JGUA 1B9FA 3AVMA 3VA3A 3SUQA 1ZBLA 2XRIA 4Y1CA 3TAQA 3S3MA 2G8KA 4N47A 1QE1A 1KFSA 2YKMA 3RR8A 4FJ7A 2EX3A 4FJJA 2W42A 4CK2A 4DTMA 4KTQA 1S6PA 3LAKA 4KB1A 1VRUA 1N6QA 2YNHA 3NGYA 4DQSA 5J2MA 3THVA 4KTZA 4CGHA 2FBTA 3DLKA 1RT6A 3U6FA 1VSIA 4PA1A 3ZT2A 4FJ5A 2KZZA 4M3ZA 1C1AA 4CIFA 3LZJA 4Z4FA 1SKRA 5HBMA 5I3UA 1K6YA 1UA0A 3SZ2A 3AA3A 4DSJA 3TWHA 4F3OA 1WSGA 2VG6A 3V81A 3EYZA 2A1SA 4CIGA 3T19A 2BANA 3CM5A 4M3RA 3AV9A 1CLQA 3I8DA 4FZYA 1FKPA 4ZTFA 1D9DA 3DM2A 2IC3A 1A5VA 3IS9A 5JS1A 3NE6A 3KLEA 3VQ7A 3VQQA 5HLFA 1L3UA 3VQ5A 4B9TA 4CJ4A 1KTQA 4I9LA 4C8LA 2ITGA 1SL0A 3DOKA 3T3FA 2OZMA 3U3YA 4DU3A 4NYFA 1QQCA 2G8FA 4I9QA 4GMJB 5C25A 1VSEA 4FJ9A 1HRHA 3NBPA 1U48A 1T7PA 4L8RB 3M8PA 4DQQA 4HTUA 1ZYQA 2Z1HA 3NF9A 4RG8A 4CEFA 2DFEA 4CHQA 3OYBA 2PYJA 1TKZA 4B8AB 3NCIA 5JS2A 4LD0A 2B5JA 4FJHA 1JL1A 2PZSA 2HHUA 1W0HA 1S1WA 1BL3A 4DTUA 2G8IA 4CEDA 4F3TA 2IDOA 3ZSOA 4LH5A 4KHNA 3HT3A 3HM9A 1RTDA 4FLZA 3QIPA 1RNHA 3M8SA 4DSIA 4J2AA 4M3WA 3U3GA 3WNGA 4M3UA 4IG3A 2D0AA 1WLJA 3O3GA 1I39A 1I3AA 4XIUA 3ULDA 3M8QA 3TAMA 1NKBA 4WE1A 1NK0A 1TL1A 1Q9YA 1BGXT 2E6LA 1NK4A 4H4OA 3VQ9A 5FROA 3OS2A 3ZT0A 3BGRA 3K57A 3QESA 1JLFA 4CF2A 1VSFA 3NH0A 2HHQA 4KPYA 3KLIA 4B9MA 4AHUA 2YKNA 1FK9A 4CJ5A 4O0IA 4B9UA 4OLBA 4AHRA 2XY6A 4LSLA 3RRHA 3QINA 4CGGA 3NGZA 4FLXA 1ITGA 2PYLA 4CJKA 3OYIA 2D5RA 1LWCA 3QIOA 3IG1A 4CJWA 4YFUA 4FYDA 4CEBA 3AO1A 4CEQA 4CJPA 3TABA 4BDPA 4IFVA 4FJNA 4CFCA 4HUEA 2HHSA 3SYZA 3KKSA 4CF9A 1VSJA 4FLUA 2QXFA 2O4IA 3DRSA 5I42A 1J9AA 4CHNA 2HNDA 3NF8A 4EP4A 5J1EA 3MXJA 4DF4A 2B4JA 3KTQA 3AVJA 2F8TA 3A2FA 1SL1A 4KAZA 1VSKA 4W5TA 1R0AA 3MEEA 1J5OA 1VSHA 5D3GA 1J53A 2OPPA 4KKOA 4ELTA 4J2BA 4KO0A 1EXQA 5CZ2A 1HQUA 4CE9A 5HRNA 3TAFA 5HRPA 3TI0A 4N41A 3K2PA 1LW2A 1LW0A 4AHCA 3K58A 1GOCA 3TANA 5J2NA 3P5JA 2RN2A 3VQAA 4FJGA 4KHUA 1KVAA 3HVTA 5T7BA 1X9SA 3MECA 4IG0A 3QERA 4K8XA 3V9XA 2Q3SA 2YNGA 1SKWA 1S1VA 1EX4A 1RBSA 5K14A 3PO4A 3BDPA 1KLNA 4Y1DA 4F2SA 1KFDA 4CJLA 1O1WA 1TGOA 3DMJA 3L2WA 2F8SA 5HRSA 1WAFA 2HVIA 4DSLA 1REVA 3AVLA 3DLEA 1U4BA 1HYSA 1RT5A 2P51A 1KSPA 4DQIA 1RT1A 2WONA 4OKEA 3MEDA 3LWMA 3HXMA 3IAYA 3PO5A 5J2PA 1RTJA 2ZE2A 4DTXA 4O5BA 3S3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DRRA 4I2QA 3T7ZA 3SJHA 2O8BA 1JJ2M 3RR7A 2AJQA 2VWKA 1JLGA 3ENOA 5SZTA 2OPRA 3BP8A 3RMDA 2F4VK 3D2EA 4CHYA 3LAMA 4KBOA 2VCPA 2FF6A 3AVIA 3THYB 3H1VX 4B1ZA 1OH6A 4ID5A 2W6LA 1TKDA 3KD5E 1Q82O 5EX5A 4CGJA 5KPRA 3C95A 1NK9A 4CI6A 2A42A 3CCLN 3ATVA 4JK7A 3ISNC 4FW2A 2QWRA 3ZSZA 4X66K 4X64K 2O8FB 4JEPA 1RBTA 4DTPA 1S1TA 2R7YA 3UKUA 2VWBA 4KRFA 3J80O 5ELZA 4KI4A 3A8YA 1V4SA 1XNQK 3LP2A 1ATNA 2CH6A 1TK0A 1NGBA 2FXUA 3ZSRA 4H0PA 3IKMA 5KTQA 3L8BA 1T6CA 3QETA 2OTJN 4ISGA 1T3VA 4DKWA 2PY5A 1GLBG 2ZQBA 4FXDA 3L2QA 4B3MK 1NOYA 2VYPA 1E4FT 3WEEA 3VQ4A 3F2KA 4C8KA 3EY1A 5KRSA 4BR0A 1MWKA 1C6VA 2GWJA 2NRZA 2G8WA 3L3UA 3E9LA 3E9PA 3IDHA 4JI6K 1K8KA 3EL2A 5FPNA 2D1KA 4QS7A 1TUUA 2KKZA 4BWMA 3VQPA 1RCHA 4Y0WA 4CEEA 1RDCA 4B9SA 4HCCA 4JKDA 4CZMA 1KXPA 4Z4IA 4V19S 2HBLA 5ADXA 3DLGA 3VGKA 4M3TA 4FW1A 5E41A 5FPEA 3MN9A 3VF6A 1XUPO 1IJJA 2ZM6K 4FWQA 1SV5A 3K5NA 1BQNA 3VTHA 1CXQA 4JS4A 4DSFA 4I6MA 3CXCM 2KTQA 3CQYA 1JLBA 1OH5A 4EZ6A 1IG9A 4CEAA 2XY5A 1VQLN 2OA8A 1C0TA 1HLUA 1QVFM 3EZWA 3U4LA 4DG1A 2HF3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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