3EY1A

A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified dna visualized at high resolution
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
137
structure length
137
Chain Sequence
AKEEIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A conformational transition in the structure of a 2'-thiomethyl-modified DNA visualized at high resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 40
structure length 137
sequence length 137
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2008-10-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3ey1A00
4CGGA 4XIUA 3TAEA 1W9HA 3FFIA 4LD0A 1NOYA 5KGWA 1HNVA 1RT1A 3V4IA 4Z4FA 1JLFA 2E6MA 2IAJA 2ITGA 4RW9A 3AVFA 3VQCA 5HRPA 3OS1A 4JRPA 3SUPA 2BANA 4EZ6A 2ZQBA 3DOKA 3HM9A 5JS1A 3I8DA 4DTOA 2G8HA 1SUQA 3NDKA 4DTNA 3HL8A 4B9VA 4ELVA 1B92A 2Q3SA 4ZHRA 3MEEA 2QKKA 3IAYA 4I9QA 4N56A 1VSIA 1I3AA 3EZ5A 5FROA 3QESA 4PQUA 1QSSA 4I9LA 3VQBA 3ZSRA 1S1UA 4FLUA 2YNGA 2XRIA 5T7BA 4DU1A 2VG5A 2QK9A 3LDSA 4AHVA 2XHBA 3DLRA 1TAUA 1EP4A 3F9KA 3KK1A 3I0RA 2HNYA 2G8KA 1NK7A 2BDPA 1Z25A 3VQEA 3RWUA 4I7FA 4B9SA 4HCBA 3CYMA 1JLQA 3NF6A 4C8MA 1D8YA 3V9WA 4HUEA 4KV8A 3P1GA 3ZT4A 2B5JA 5I3UA 4J2AA 4FJ7A 4E3SA 4CEQA 1U04A 2EX3A 1C1CA 3AVGA 3DM2A 3OYAA 3OYDA 4C8LA 4E7IA 1X1PA 3TI0A 3PX4A 1Q8IA 2HNDA 4FZYA 3EY1A 1S1XA 4QAGA 2FBTA 1KVCA 2HB5A 4DFKA 1EXQA 3K57A 3ZT3A 4RW7A 2XY5A 4Z4EA 5FRMA 1BQNA 1RDAA 2OPQA 3L3VA 4YNQA 2YNHA 4UQGA 1BIZA 4DU4A 4DTUA 1D9DA 1KSPA 4DQIA 4CJEA 3AVMA 1LWEA 1Q9YA 1FK9A 3PO4A 3O4NA 4ZTFA 4OLBA 4LSNA 4FLVA 3ZSZA 1NK9A 1J53A 4QCLA 3P83D 3CFPA 2X74A 2ZD1A 3ZSQA 4DU3A 4O4GA 2KZZA 4GMJB 3NH1A 4KHSA 4AHSA 1BI4A 4CGHA 3O3FA 4CFBA 4HUFA 3LP0A 2DFFA 1T03A 4DSJA 2XY7A 2VWJA 1IO2A 5DK5A 1KRPA 4B9UA 2ZE2A 3QIOA 2WONA 4BE0A 4NCAA 4CJKA 2HW3A 1FKOA 1T05A 3O4QA 3MXIA 1CXQA 3IRXA 4IKFA 2A1RA 2I5JA 1TK5A 1NJZA 4KHWA 1DLOA 1XWLA 2GUIA 4M45A 4KHUA 3AVJA 3AVIA 4KB1A 5KGXA 1LW2A 3PV8A 2FBXA 3AO5A 1JLEA 3AV9A 2Z1HA 3NGZA 3M8RA 3L2UA 4DLEA 4FJGA 4CF2A 3LALA 4M41A 3ZSVA 4FM0A 4KI4A 1JL2A 1LAVA 3TAQA 3NHGA 3SYZA 4FK4A 1SKWA 4CF8A 3OJUA 5HLFA 3CFRA 1NJXA 4B9TA 2LSNA 4CEDA 1IKYA 4EP5A 3QEWA 1UA1A 1NKBA 1L3VA 4CJ3A 3OYGA 3KK3A 3TAFA 1RBRA 4O0JA 2IDOA 3AA5X 4OPJA 4FJXA 3AVCA 1KTQA 4CJRA 1ASWA 3RTVA 4O55A 4BE1A 3HK2A 4ICLA 2XO7A 4F8RA 1ZBUA 4H8KA 5HBMA 4I2QA 2YKNA 4KKOA 3SQ0A 4NYNA 4OGCA 2G8WA 1UAXA 2QXFA 3ZT0A 4CJWA 5C24A 3HJFA 4CJSA 4CFCA 1QE1A 1RT4A 1RILA 4KPYA 1TKXA 5HP1A 1ZBLA 1RTJA 3M8PA 3V1RA 3VA3A 3SQ4A 1RTIA 2P1JA 1JXEA 1EETA 1Z26A 3DLEA 1RBSA 1RBUA 2JGUA 1S9GA 1S1VA 1WAJA 5C42A 5J1EA 3NAEA 1T7PA 3C94A 4AHRA 1TK0A 1RT2A 3DLKA 3S9HA 1JLGA 2X6NA 1NK8A 4KFBA 4TSXA 4CK2A 1HYSA 4Z4GA 1GOCA 1LAWA 3KKRA 5CZ2A 3VQDA 3OYHA 4CGJA 4LH5A 3DLBA 2HHTA 3LP1A 2RKIA 3WNFA 3NH0A 1VSEA 4GW6A 1EKEA 4R5PA 4DFMA 3L8BA 3HVTA 1C6VA 3QNNA 2E4LA 4B8CA 3LWLA 4F2SA 5HROA 4HUGA 3NF9A 1NKCA 3SUQA 1UA0A 4NCGA 4CJ5A 4FM1A 2HNZA 3HVRA 2RF2A 4MQ3A 3OYMA 3SQ2A 2YHAA 4OLAA 4FK2A 4K8ZA 4CK1A 1TL3A 1UOCA 4AHUA 5KRSA 1RDDA 2E6LA 3SPZA 3QEIA 1VSHA 1WSFA 2P51A 2YNFA 3C95A 3K2PA 3OVNA 4CJ4A 4DS4A 3QERA 1NJWA 4FLWA 1CLQA 1GOBA 1S6PA 2D0AA 1S1WA 4DQQA 2XY6A 4ELTA 2HHUA 4BWJA 4CHPA 4M3RA 1U4BA 4NCBA 3AVBA 1ZBFA 4DTSA 3K5NA 1SL1A 4FJ8A 3AO1A 4DSFA 2Z1GA 3K5OA 3DOLA 4OKKA 1CZ9A 3OYKA 1QQCA 2HHQA 1JXBA 3AVKA 4OJRA 4DTRA 1U49A 1XI1A 4CGFA 3PX6A 4CJUA 3NH2A 3OYJA 3KLHA 4FLXA 3ZSOA 2G8VA 4B9NA 4M3ZA 4FXDA 3LP3A 4CFAA 3A2FA 1BIUA 2R7YA 2VG6A 3E01A 3LANA 1BQMA 1U45A 4DQSA 4N47A 4B08A 1QSLA 3VQAA 4CF0A 1EX4A 4KB0A 3PUFA 4KHQA 2O4IA 1REVA 4CEAA 4OKJA 2D5RA 4FJJA 5FDLA 1RDCA 1VSDA 2O4GA 2D0CA 4FM2A 1IG9A 2OA8A 3L2VA 4W5QA 4DF4A 3HPGA 3AO4A 3LAMA 3MECA 2OZMA 3QINA 3VQ8A 4M3UA 1RT3A 2YHBA 1L3UA 1BI4B 3DMJA 2EHGA 4O44A 3ZCMA 2FBYA 4OVLA 3SQ1A 3C6TA 3LP2A 1CXUA 3B6PA 4I2PA 1FXXA 1RNHA 4L8RB 4KAZA 4HVJA 4Y1DA 2G8IA 1C0TA 3QIPA 3U3GA 3WNGA 3QO9A 4CJVA 1X9SA 2G8UA 3NBPA 2PYJA 4AH9A 4FLYA 1R0AA 4BDYA 1WSHA 3K58A 4GVMA 3AVHA 3G0ZA 1VSKA 4IDKA 4DG1A 4E19A 1J5OA 3HP6A 4DQRA 3U6FA 1Q9XA 4ID5A 1KVBA 4DFPA 1NOZA 3JYTA 4IFVA 3THVA 1B9FA 1HRHA 4CK3A 4B3OA 2DFEA 1VK0A 3M8QA 3RR8A 2HVHA 3MXMA 3V6DA 4IBNA 3HYFA 3LAKA 3ULDA 3DRPA 3ZT2A 3M8SA 3RMAA 1JLBA 3F73A 1SL0A 4CJPA 4RW4A 3NGIA 3QEVA 2VG7A 1XHZA 3OYLA 1ZBHA 3V1OA 3SNNA 1HNIA 1XHXA 3T1AA 3K59A 1VSFA 3DRSA 3V9XA 1RT7A 5JS2A 1S6QA 3SJJA 3TABA 1WLJA 3AA2A 5HRNA 1S9EA 2IC3A 2OPSA 4CF1A 4FZXC 1BGXT 5J2QA 2OZSA 1MU2A 4IFYA 1C0MA 4RG8A 2Y1IA 2IS3A 4B8AB 4PWDA 4N41A 3C6UA 4E1MA 3HP9A 3VQ4A 3DLHA 4CJLA 4CIEA 5J2NA 2WOMA 3MXJA 4EZ9A 3QEPA 4CF9A 2GV9A 3KK2A 2PZSA 4CHNA 3LPUA 4ELUA 1RTHA 3QEXA 4HTUA 5FRNA 4FW1A 3NF7A 1TL1A 5SZTA 3IG1A 3TARA 1J54A 3KKSA 2F96A 5SWMA 1TKZA 1ZBIA 4OPKA 4M3TA 1YTUA 4KTQA 4Z0UA 4E7HA 1DTTA 3OYNA 3LZIA 3RR7A 3KLEA 4KTZA 3OYIA 3AVLA 1NK4A 3PY8A 4CEBA 3DLGA 2KZMA 1C0UA 1NKEA 3G10A 3ISNC 3ITHA 3CM6A 1ITGA 4CJTA 4E7LA 3AVAA 4FLTA 4DTPA 1FKPA 3U3YA 4DSKA 1HYZA 3HXMA 1KFDA 1IKVA 3V9SA 1DTQA 4IG3A 3CQ8A 1TK8A 2NUBA 4W5RA 1RTDA 4PUOA 4KRFA 4BDZA 1LW0A 3RMCA 2BE2A 4RW8A 1W0HA 4DWIA 2AJQA 1YT3A 2VWKA 1L3TA 4KREA 4FYDA 5CYQA 3L3UA 2KFNA 3NF8A 4G1QA 4WE1A 4M42A 3HPHA 4HCCA 1ASVA 3SI6A 2DY4A 3V9UA 1WSGA 4DTMA 1HMVA 4K8XA 4FJNA 4FZZA 3QETA 3SPYA 1D9FA 3SV4A 3VQ5A 4DF8A 4H4OA 4FJKA 1YTAA 3AO3A 3BGRA 2A1SA 2QKBA 3ZSXA 1JLAA 4KHYA 5KI6A 4CEFA 4CESA 5J2MA 2PYLA 1BL3A 4KHNA 3V81A 3VQQA 3SCXA 4F3OA 4CERA 2B6AA 4O5BA 4JS4A 4N76A 4J2EA 2BGGA 2X78A 4FJMA 2HHSA 4CCHA 4CEZA 2B4JA 1G15A 1QS4A 3DRRA 1SKRA 4CGIA 3OYFA 3B6OA 5EU7A 1KFSA 2P5OA 2KTQA 4FLZA 2IOCA 3O3HA 4FK0A 1RCHA 3ZT1A 5J2PA 4M3WA 1B9DA 4M3XA 1HJRA 1BCOA 3ZSYA 4CIFA 3L2WA 3UIQA 1X9MA 4ID1A 3VQ9A 4CE9A 1S1TA 1QHTA 1SV5A 1WSIA 3RMDA 4CHOA 3CG7A 5HRSA 3SUOA 3ALYA 2HVIA 4FVMA 1CZBA 1KVAA 4PY5A 3AA3A 3S3MA 3CM5A 3KLIA 3RMBA 1L5UA 3OYCA 2KW4A 2YKMA 4IG0A 3H08A 3MEDA 1SL2A 5K14A 3VQPA 4B9LA 4O0IA 1C1BA 2JLEA 3TANA 3D45A 3WNEA 1O1WA 4E89A 4C8KA 3AO2A 3MEGA 3BDPA 1GOAA 1LV5A 3HSTB 3S3OA 4KO0A 4YFUA 4DTJA 4JRQA 2OPPA 1LWFA 4DSEA 2W42A 3AVNA 1XC9A 2YNIA 1JLCA 2PY5A 1RT5A 3VA0A 4NYFA 2XY8A 4J2DA 2F8TA 2Y1JA 4DSLA 1C1AA 3KJVA 4E7KA 4BE2A 4RW6A 4CJFA 2GBZA 4LY7A 1D5AA 3VQ6A 3O3GA 3KLFA 3TWHA 4E7JA 4J2BA 3OY9A 1ZYQA 1RBVA 4F2RA 1VSJA 1IKWA 4FW2A 4H4MA 4MFBA 5HRRA 3VQ7A 4DS5A 4C8OA 4M3YA 4F4KA 3HO1A 1ASUA 4HHTA 2HHXA 2KFZA 2Z1JA 3OJSA 1SKSA 4CGDA 4EP4A 4AILC 1VRTA 3DYAA 3OYBA 1T8EA 3QLHA 1I39A 3EYZA 3T3FA 3TAPA 2DFHA 3NCIA 4CJQA 1QSYA 4DQPA 2DTUA 2RN2A 1TV6A 1UWBA 1JL1A 1Y97A 4CEOA 5C25A 4JS5A 4OKEA 5CY4A 3K5LA 5DMRA 4DTXA 1NK5A 4W5OA 1U48A 2HHVA 1NK6A 3HT3A 3L2QA 4W5NA 3RRHA 1VSLA 3LWMA 4DMNA 1WN7A 2ATQA 3I0SA 1RT6A 4KTWA 1IKXA 1JKHA 3KTQA 4QOZB 1TGOA 3AA4A 5KRTA 1WNSA 4BWMA 4E0DA 2P5GA 4PA1A 2ETJA 3SZ2A 4AHTA 2FBVA 1NJYA 3RRGA 1TVRA 2YV0X 4Q5VA 4Y1CA 2OYQA 3NFAA 4Z4CA 1TKDA 4Q0BA 4CHZA 4CHYA 3TR8A 1RBTA 3DI6A 3WNHA 3NE6A 4FJLA 3KD1E 3KLGA 1L3SA 3OYEA 3KIOA 4F3TA 4OGEA 4DLGA 2OPRA 4LSLA 1BCMA 4AHCA 3K5MA 2FC0A 5KTQA 5I42A 1A5VA 3ZSWA 1N6QA 2HHWA 4ZTJA 1BHLA 2F8SA 1YVUA 1WAFA 3P5JA 3VN5A 3D0PA 3PO5A 1IH7A 1WSEA 1BISA 4FJ5A 3CFOA 3QNOA 3MAQA 3PX0A 3KD5E 4Z4HA 3LZJA 1K6YA 1N5YA 4FJIA 3L2RA 4Z4IA 1KCFA 1RDBA 1HYVA 2KQ2A 1J9AA 2RPIA 4BACA 3NGYA 1NK0A 4FJ9A 1HQUA 3TAGA 3S3NA 3T19A 3HPOA 1X9WA 4C8NA 2HMIA 1KLNA 3JSMA 1A5XA 1HPZA 1A5WA 1WSJA 3LPTA 4JLHA 5CZ1A 3OS0A 2D0BA 3V1QA 4CIGA 4BDPA 2G8FA 4B9MA 5D3GA 1TAQA 4FCYA 3SUNA 1QTMA 4DSIA 4LH4A 2Z1IA 1VSMA 4CECA 4DFJA 3SV3A 1F21A 4CEEA 1LWCA 1KLMA 3OS2A 1S5JA 4CFDA 2X6SA 4FJHA 4E1NA 1VRUA 4CHQA 3V9ZA 4KI6A 1HQEA 2IGIA 3ASMA 5E41A 1TKTA 5CYMA 4W5TA 1U47A 3TAMA 3IS9A 4N5SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HNVA 1VQ4N 3TSQA 1GLJO 4Z4FA 5HRPA 4RW9A 3SUPA 3HM9A 4BC3A 3O9TA 4DTNA 1ATRA 1B92A 4ZHRA 1LOTB 2ZF5O 4B3TK 4I9QA 5FROA 3D6RA 4I9LA 3VQBA 3PIPL 3ZSRA 2XRIA 1DGKN 4DU1A 1TAUA 3KK1A 3I0RA 1Z25A 2D0OA 3NF6A 4C8MA 3V9WA 4HUEA 4FJ7A 3R3LA 1E4GT 4E3SA 4CEQA 4JD2A 4C8LA 4H5RA 2QTDA 2CGJA 3ENOA 3PX4A 3T1YK 3A5OC 4DFKA 3K57A 5GAGP 4M7XA 2YNHA 1BIZA 4DTUA 4CZHA 3SJHA 4OLBA 3FGUA 3ZSZA 1MDUB 4JV5K 2ZM6K 4A59A 3QDKA 2ZD1A 5FPEA 3L4QA 4GMJB 4KHSA 4AHSA 2P9LB 3O3FA 2NRVA 4CFBA 4DSJA 2DFFA 4DV2K 2VWJA 2ZE2A 2WONA 3L4IA 3MXIA 1CXQA 3IRXA 4IKFA 1YAGA 5GIPA 3THYA 3SAGA 3RVCA 3AVJA 4YDUA 3FE1A 5AFUH 2FBXA 3M8RA 3CCRN 5ADXH 4KBOA 4FJGA 4NXNK 4LFBK 2OCEA 4CF2A 4M41A 4B1UB 1JL2A 3ZX0A 3TPQA 5M1NA 4CF8A 2FXUA 3OJUA 5HLFA 3ATUA 4CEDA 4H0TB 2P9NA 1NKBA 1UA1A 1L3VA 4CJ3A 3OYGA 3KK3A 4FJXA 3AVCA 5IWAK 2FSNA 4O55A 4ICLA 2A40A 2WBNA 3I8BA 2G8WA 4PKIA 3ENHA 5C24A 1ESVA 3RSEB 4KPYA 1U2VA 3TU5A 1RTJA 3GE1A 3LDLA 2QA4N 2IVNA 4FWLA 1EETA 2JGUA 3FR0A 4K0KK 5J1EA 2NRHA 3DLKA 1NK8A 3F5TA 3E9OA 5CZ2A 4BQZA 3OYHA 3ID6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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