3H08A

Crystal structure of the ribonuclease h1 from chlorobium tepidum
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
144
structure length
139
Chain Sequence
EKTITIYTDGAASGNPGKGGWGALLMYGSSRKEISGYDPATTNNRMELMAAIKGLEALKEPARVQLYSDSAYLVNAMNEGWLKRWVKNGWKKPVENIDLWQEILKLTTLHRVTFHKVKGSDNPYNSRADELARLAIKEN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure, stability, and folding of ribonuclease H1 from the moderately thermophilic chlorobium tepidum: comparison with thermophilic and mesophilic homologues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Chlorobaculum tepidum
molecule keywords Rnh (Ribonuclease H)
total genus 47
structure length 139
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3h08A00
1NJYA 2E4LA 5HRNA 3MXJA 1HNVA 3AO3A 1RDDA 4CHZA 3CFRA 1HNIA 3SZ2A 2F8SA 4CJEA 5KRSA 4EZ6A 3KK1A 1KLMA 3HL8A 2YNGA 3LAKA 3M8QA 3NGYA 5T7BA 4OKKA 1SL2A 3RR7A 3DLRA 1VSIA 4E0DA 4DF4A 4GMJB 4DF8A 1L3VA 1J9AA 4PQUA 4XIUA 1QHTA 3NH1A 3EY1A 3HT3A 4DQSA 1B92A 1L3UA 2P5OA 4F3OA 2B5JA 4FJ5A 2OZMA 4BACA 4RW8A 4FLTA 2RPIA 1SL0A 1HYSA 2OPQA 3NFAA 5C24A 3KTQA 1KTQA 4KTWA 1NJXA 2Y1IA 1HQEA 4Z4IA 1HJRA 4DSKA 3PX4A 1I39A 3MAQA 3RMAA 1RNHA 1VRUA 5HBMA 3SPZA 4FJXA 4DFPA 5KTQA 3KIOA 1RCHA 4RW6A 4I2QA 1VK0A 4DSEA 1X9SA 3OJSA 3TWHA 2DTUA 1Y97A 3WNFA 1X1PA 4BDYA 4C8OA 1RBVA 3F73A 1TL1A 3LP0A 1BI4A 1R0AA 4DMNA 3K59A 3ZSRA 4CJ3A 3DLKA 5HRRA 1KVCA 3IRXA 3SV3A 4OLBA 3L3VA 3VQ7A 4FLUA 1HMVA 2I5JA 2A1RA 1X9WA 4CJUA 3S3OA 1D9DA 4YFUA 4B9VA 2OPSA 1VSHA 1CZBA 4E19A 3AA2A 4NCAA 3VQAA 1ASVA 2HNDA 4CJWA 3NF9A 3MEGA 1EP4A 2B6AA 4LH4A 4DTXA 1J5OA 4NCGA 4ELTA 4M3UA 3B6PA 2G8UA 2XO7A 2BANA 3VN5A 2QKKA 1S6QA 3ASMA 4CEEA 1XHZA 1FXXA 3NAEA 2R7YA 5C25A 4CEQA 3JSMA 3M8PA 4B9LA 4Z4EA 2DFEA 4EP4A 1JLAA 4KI6A 5C42A 4DQIA 2HVIA 3AO4A 3SQ1A 1C1AA 5FDLA 4KB0A 1UA1A 5K14A 3VA0A 1QQCA 1S1TA 3ISNC 2XHBA 3O3HA 2HMIA 3AV9A 4FJNA 1YTAA 4CK3A 3WNHA 1JLEA 1D9FA 4FK0A 2G8FA 2P51A 1QE1A 2ATQA 1EKEA 2D5RA 3AVCA 4JRPA 5CZ1A 4CHQA 2HB5A 1S9GA 1RTJA 3PX6A 1NK8A 3ZCMA 4IG0A 3K5LA 5SZTA 3TANA 2EX3A 4OKJA 5CYQA 4BE1A 3SQ4A 1TKXA 4FJ7A 3WNGA 3NBPA 1KCFA 2FBVA 1J54A 2GBZA 4OJRA 3ZSXA 2HHWA 3AVFA 2ZE2A 4IBNA 4LD0A 2G8HA 4DTJA 3HVTA 4RW9A 4N56A 1IG9A 4ID1A 3LALA 4J2DA 4F8RA 4UQGA 3OYAA 3ZT2A 5I42A 2Z1JA 4MQ3A 1DTQA 4CGFA 4FLYA 4DTSA 4DTUA 3T1AA 3UIQA 2HNZA 2G8KA 1WN7A 2OPPA 4KI4A 3H08A 5JS1A 3LWLA 2HHTA 3ZSWA 4YNQA 2X78A 4G1QA 1Q8IA 1Z26A 3NGIA 3NCIA 4HUEA 1QSLA 3KD1E 4FZYA 1BIZA 4DFMA 3PO4A 2YNFA 4ELVA 3EYZA 4KB1A 3SPYA 4F2RA 1NOZA 3RWUA 1B9DA 4KAZA 3QEWA 3QNNA 1JLGA 1CXQA 1YT3A 3MXMA 1U45A 1RTDA 4B9MA 2DY4A 4JS4A 3LPUA 1U47A 4FW2A 1RT3A 2FC0A 2KFNA 3CFOA 3HO1A 3SQ0A 1GOCA 3AVKA 1KFDA 2G8WA 3TR8A 3MEEA 3KLEA 3OYBA 3THVA 1IH7A 3TAGA 4JRQA 2BGGA 1O1WA 4M45A 2PYLA 3HM9A 4CF0A 1NK6A 4I2PA 4BDZA 2F96A 3SYZA 4ZTJA 4FVMA 4KKOA 1RT1A 4N41A 1NKBA 1VSKA 3D45A 2Z1HA 2FBYA 4CFCA 5HRPA 4HCBA 1TGOA 1IKWA 3OYIA 1WSIA 1NK4A 1ZBLA 1WLJA 3QNOA 4F2SA 2OZSA 5J1EA 4OPKA 4OLAA 3QIPA 4FJKA 4CJRA 3CYMA 3A2FA 4E89A 5HROA 4BWJA 3D0PA 4FCYA 4DTRA 2VG5A 4CEDA 1RT7A 2PYJA 4CK2A 5JS2A 5DMRA 3KLFA 4FM2A 3SI6A 5E41A 3SV4A 4Z4FA 3ZT4A 2ETJA 1WAFA 4CF2A 3AVGA 3VQQA 1TL3A 1XHXA 1TVRA 1ZBUA 4DLEA 2DFHA 4KREA 4DTPA 1C0UA 4TSXA 2Z1IA 3AO1A 3OYMA 1HQUA 1LAVA 4B3OA 1CLQA 4DS4A 3VQ9A 3VQBA 2VG6A 1TK8A 1RT4A 4M41A 4W5QA 3K5OA 4DQQA 1EX4A 4IFYA 3TAFA 1DLOA 4Z4GA 1VSFA 3OYCA 3PY8A 1RBSA 1D5AA 3L2UA 1B9FA 1F21A 2YNHA 4CJSA 4HUFA 4B9SA 4FZXC 1VSJA 2GUIA 4B9NA 1RT2A 2ZQBA 4O55A 1WNSA 1I3AA 5CZ2A 1GOBA 4CJ5A 3K57A 4M3RA 1S9EA 3NH2A 3OS0A 4FJ9A 1U4BA 3MEDA 4AHUA 1NKEA 3LP2A 1YTUA 3OYFA 3SCXA 3V1QA 1HYVA 4R5PA 4FJ8A 4FK2A 4IFVA 1Q9XA 3AVHA 3C95A 4KV8A 1HRHA 2Z1GA 3ITHA 4CE9A 4CIFA 3TAEA 2Q3SA 3NH0A 4AHSA 1QSSA 3ZT3A 4KTQA 3TAQA 1CZ9A 1KVAA 4CGIA 1FK9A 3G0ZA 4W5OA 1UOCA 4KO0A 4DTOA 1JXEA 1L3TA 4OGEA 2YKMA 1KRPA 2RF2A 2PY5A 4FJMA 4DLGA 4M3ZA 5KRTA 2XY6A 4CCHA 3P83D 4O0IA 3AVMA 3V81A 3AO2A 2OYQA 3OYJA 1TAQA 3QIOA 3AVLA 3RRHA 1UWBA 4FLXA 3QEXA 2O4IA 4CJVA 3KKSA 4M3WA 5HRSA 3ZSQA 1VSLA 2LSNA 3V9UA 4DS5A 1SL1A 1LWFA 2KFZA 4KHUA 1BQMA 3SUNA 3AVNA 1LV5A 3ZSYA 4PWDA 3TAPA 3L3UA 4CHOA 1JL1A 2VWJA 5J2PA 1MU2A 4CFBA 4FJJA 1U48A 3P1GA 4N47A 4JLHA 2IC3A 3O3GA 4L8RB 1X9MA 3QO9A 2JGUA 3PX0A 4I9QA 3MXIA 4CK1A 1TK5A 5KGXA 3SUQA 1T03A 3NF8A 1SKWA 3VQ4A 3SUOA 3AA4A 2QXFA 3ULDA 2P1JA 3PUFA 4ZTFA 3HP6A 2KZMA 1D8YA 1QS4A 3E01A 1HPZA 3CM5A 4AHRA 2D0AA 3HSTB 4CGHA 4RG8A 4J2AA 5HP1A 2A1SA 3U3GA 3LP3A 3V1OA 1C1CA 5FRNA 3DOLA 4B9TA 3U3YA 3HXMA 3S3NA 1FKOA 1VSMA 4E7IA 3L2VA 3LZJA 2PZSA 4KRFA 1FKPA 4CEBA 4DQPA 1JLFA 5KI6A 1KFSA 1K6YA 3AO5A 1IKVA 3OY9A 4CHPA 3DMJA 4AHTA 1G15A 1W9HA 3OYGA 2D0BA 3OVNA 3I0SA 5SWMA 4KHYA 3OS2A 1EXQA 5EU7A 4IKFA 4O5BA 3OYNA 2WOMA 2IGIA 4M3YA 3DLBA 3AA3A 2EHGA 4DWIA 4Y1CA 3RR8A 2OPRA 3O3FA 4GW6A 3CFPA 1JLQA 4BDPA 4W5NA 5J2QA 3RRGA 3HJFA 3QEIA 4HUGA 1TK0A 1T7PA 2QK9A 1RTHA 1ZYQA 4QOZB 1WSJA 4O0JA 3IS9A 4KHQA 4NYNA 1JL2A 1KSPA 4W5RA 3EZ5A 4FJIA 4E3SA 4DTNA 1TKTA 2RN2A 2HHQA 1XWLA 4CGDA 2W42A 3V6DA 2Y1JA 3HYFA 3ZT1A 4B8CA 2HHXA 4CERA 2X6SA 4KHWA 4CESA 1J53A 4LY7A 4DG1A 3DRPA 3V1RA 3I8DA 1Q9YA 3M8RA 3NE6A 1NJWA 3RMBA 2XY8A 2WONA 1WSEA 1JLCA 5CYMA 4K8XA 2FBTA 1A5XA 4Z4CA 2GV9A 4ELUA 1C1BA 3SUPA 1KVBA 2YNIA 2AJQA 1BQNA 4FYDA 3ZSVA 1TAUA 1RT5A 1S5JA 2G8VA 2IS3A 4CFAA 4HHTA 3L2WA 4CEFA 4DU4A 1VSDA 1C0MA 3V4IA 4LSLA 1UAXA 3C94A 5I3UA 4B08A 3VQ8A 3P5JA 2X74A 3LDSA 4OGCA 4CJFA 3TARA 2P5GA 2YKNA 1SKRA 4CF9A 4NCBA 4M3XA 3DM2A 3DLHA 3O4QA 4FK4A 3PO5A 4CF8A 1A5VA 1S1VA 4Q5VA 4N5SA 4B9UA 1ZBIA 2F8TA 3KJVA 2VG7A 3VQPA 3KLHA 4JS5A 4QAGA 4H4MA 3NHGA 1EETA 4Y1DA 4AILC 4C8KA 2KTQA 3OYKA 1RDBA 1TKDA 4WE1A 2HHVA 2KQ2A 5HLFA 4C8NA 4EP5A 1S6PA 4BWMA 3HP9A 4CECA 4HCCA 1LWCA 4CF1A 3QETA 4HVJA 3K58A 3SJJA 4OVLA 2HHSA 3G10A 4DSLA 3VQ5A 3T19A 4BE0A 4DFJA 3S9HA 2QKBA 2IOCA 2IAJA 3CM6A 4CHYA 4DSJA 3DRSA 3OYHA 3NF7A 4FM0A 4CJQA 3RMCA 3OS1A 1LAWA 1XI1A 2YHAA 1WSGA 1NK0A 2XRIA 4CIGA 3L2QA 4EZ9A 1T8EA 4DSIA 3U6FA 3K5MA 1IKXA 3PV8A 3LP1A 3QEVA 2HVHA 1LW0A 1NK7A 1ZBFA 4CJPA 4E1NA 2JLEA 2XY7A 3V9WA 1RILA 4AHCA 5FRMA 2D0CA 3C6TA 3OYDA 5J2MA 2G8IA 2KZZA 3WNEA 4FXDA 3VQ6A 1GOAA 2FBXA 3M8SA 3DLGA 4E7HA 4GVMA 4FW1A 1IKYA 2BDPA 4CJ4A 4E1MA 4C8LA 4CEZA 4OKEA 1RBTA 2DFFA 4I7FA 3DRRA 4ID5A 3TAMA 3KK2A 1NOYA 4F3TA 2E6MA 4W5TA 1QSYA 1ZBHA 2E6LA 2NUBA 3AVAA 3QLHA 3VA3A 4PA1A 4I9LA 1BCMA 2VWKA 3BDPA 1L3SA 4PUOA 3QINA 3KLGA 4MFBA 4CGJA 4CJLA 4RW7A 4LSNA 3KK3A 4J2BA 1BIUA 4Z4HA 4N76A 5DK5A 1QTMA 3CG7A 3LPTA 4FLZA 1REVA 5KGWA 4DFKA 4HTUA 2B4JA 3IAYA 4DU3A 3MECA 1NKCA 1RT6A 1TKZA 2ITGA 2OA8A 4H8KA 1VRTA 1HYZA 1BI4B 1RBUA 3DI6A 2O4GA 3LWMA 4DTMA 4J2EA 2XY5A 1Z25A 4Q0BA 4DSFA 4M42A 3AA5X 1LW2A 3O4NA 1RDAA 1LWEA 3K2PA 1ASUA 3BGRA 3TABA 1L5UA 4QCLA 4FLVA 3VQCA 4CHNA 1NJZA 3S3MA 3L8BA 4CEAA 4ZHRA 3F9KA 3HPOA 4M3TA 4ICLA 1ITGA 4C8MA 3QEPA 1N5YA 4FJGA 3KD5E 3VQEA 4PY5A 3QERA 3DOKA 4AH9A 4IDKA 3ALYA 4IG3A 2BE2A 3HPGA 4CIEA 3OYEA 1WAJA 4DQRA 1NK5A 3RMDA 3V9SA 4CEOA 2X6NA 2YV0X 3V9XA 4KHNA 1U04A 1IO2A 3HK2A 1JKHA 1W0HA 4FJLA 4LH5A 1VSEA 3NF6A 1UA0A 5J2NA 3B6OA 2KW4A 3FFIA 3OYLA 4E7JA 1ASWA 3QESA 4CFDA 1JLBA 5CY4A 1BL3A 3DYAA 3LANA 1S1UA 1XC9A 4RW4A 3TI0A 1RDCA 3ZSZA 3SNNA 4KPYA 3DLEA 3HVRA 1BISA 1DTTA 3NDKA 4E7KA 1NK9A 4BE2A 5D3GA 2HHUA 1WSHA 3VQDA 4E7LA 3T3FA 1BCOA 1TV6A 1U49A 3HPHA 4O4GA 4FZZA 3I0RA 4FM1A 1BHLA 3KKRA 2ZD1A 3L2RA 4F4KA 4KHSA 2HW3A 1BGXT 3OJUA 1C0TA 3CQ8A 1WSFA 1A5WA 4Z0UA 1S1WA 4OPJA 1RTIA 2RKIA 1C6VA 3JYTA 1CXUA 2YHBA 4B8AB 2HNYA 3AVJA 3IG1A 4H4OA 3ZT0A 3AVBA 3LAMA 3ZSOA 1JXBA 4CJTA 4NYFA 4K8ZA 4FLWA 3LZIA 4AHVA 3V9ZA 3SQ2A 4KTZA 1RBRA 4CJKA 3RTVA 1SKSA 3NGZA 4KFBA 4O44A 1SUQA 1N6QA 1YVUA 1S1XA 4DU1A 4CGGA 1KLNA 3AVIA 3K5NA 1SV5A 2IDOA 1T05A 3KLIA 5FROA 3C6UA 4FJHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFBL 1NJYA 3NVMA 1X3MA 3CFRA 4CJEA 4EZ6A 1IJJA 3KK1A 1BG3A 4EFHA 1VSIA 4DF4A 4K41A 3UKUA 1NMDA 1L3VA 1J9AA 4PQUA 1B92A 2B5JA 3MCPA 4BACA 5AQSA 5C24A 3MN5A 1NJXA 2Y1IA 4Z4IA 1HJRA 3MX2A 3MAQA 1ATRA 4WFAL 2VCPA 3QFPA 3UE5A 5KTQA 3GE1A 4CZIA 2Q0UA 4GY2B 1X1PA 4BDYA 1Q18A 3SK3A 4CJ3A 4BQLA 1JCGA 3R6MA 5BRFA 4FLUA 4QS8A 4YFUA 3AA2A 4WQ5A 4LF5K 5FPDA 1YUWA 1EP4A 4ELTA 4BGBA 3WXIA 2QKKA 1XHZA 3OW2M 5BR9A 3CJAA 3M8PA 4BRFA 4DQIA 2HVIA 3AO4A 1ATSA 2YI1A 4KB0A 3VA0A 1QQCA 4FJNA 1HUXA 2JWKA 3CPEA 4DR1K 3H1QA 1QE1A 2ATQA 3JAMO 3AVCA 2HB5A 1S22A 4DB3A 4DCHA 1TKXA 1KCFA 2GELA 1Q81O 1KC8O 4O5FA 3VGLA 4N56A 2QA4N 3THXA 4FL9A 5I42A 2Z1JA 3FFKB 3UIQA 4KBOA 2HNZA 5BPLA 1NGEA 2G8KA 1WN7A 5CE3A 5DM6L 3H08A 3O1WA 1N34K 4YNQA 3WUHA 4LF4K 4G1QA 3KD1E 2J4RA 5AQMA 2GWKA 4DFMA 4KB1A 3EYZA 4F2RA 1B9DA 4H0VB 1RTDA 4JS4A 1RT3A 3CFOA 1SS6A 1GOCA 3AVKA 1ZXOA 3MEEA 1IH7A 5ADXH 5CHIA 3EKUA 4JI4K 1VQ4N 4BRDA 2D0OA 3MK6A 1VSKA 2FBYA 4YOXA 1NBWA 4LF8K 4BR2A 1WLJA 3DXMB 3PSIA 2OZSA 3QIPA 1KAXA 3CYMA 4YOTA 4BWJA 1RT7A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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