3K2PA

Hiv-1 reverse transcriptase isolated rnaseh domain with the inhibitor beta-thujaplicinol bound at the active site
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of HIV-1 reverse transcriptase with the inhibitor beta-Thujaplicinol bound at the RNase H active site.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Reverse Transcriptase
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3k2pA00
4KHSA 1B92A 4FCYA 3SJJA 1GOBA 1EXQA 1MU2A 1BL3A 4O0JA 5FRNA 4LH4A 3OYGA 2ZD1A 3HP9A 5DK5A 4LH5A 4G1QA 3V9XA 3KTQA 1HNVA 4OLAA 3PO4A 2OPQA 3KKRA 1KRPA 4KTWA 3LZIA 1CXUA 3K5LA 4B8AB 1S1TA 1WSEA 2EX3A 3NF9A 4W5OA 3HXMA 3SQ2A 1HPZA 1HMVA 2O4GA 3RR8A 1LWFA 3ALYA 3CM5A 3LP2A 1ZBLA 4CHZA 2FBTA 4RG8A 3OY9A 4N47A 4OPKA 3V9UA 3PO5A 1HQUA 2G8IA 4IG0A 4KI6A 5KGXA 4KO0A 5J2QA 3TAQA 1JLFA 4KB1A 4OPJA 1SKRA 3ZSYA 3K2PA 3SQ4A 1WSFA 3JSMA 4E1NA 4N5SA 1XHZA 3S9HA 1TK8A 4Z4CA 3TANA 4ELUA 4MQ3A 3VQ9A 1RT6A 4DQQA 3F73A 4ZTJA 1KTQA 1BI4A 4CESA 1U48A 1JLEA 4RW6A 1W0HA 5FRMA 3RTVA 4CHQA 3AVNA 2X74A 3SYZA 4FJGA 3NDKA 3V9WA 2YKNA 2PZSA 2X6NA 4FLUA 3SUPA 1D8YA 2E4LA 1TGOA 3KKSA 3SPZA 3LALA 3NF8A 4CF2A 2P5OA 2GBZA 1C1CA 3LP1A 1BIZA 3P1GA 5CZ2A 3AO1A 3QLHA 3ZSRA 3MAQA 3QEIA 1ZBFA 3KJVA 1NKBA 2DTUA 2IGIA 1A5XA 1TL3A 1WLJA 3LDSA 3IRXA 3V1OA 1S6QA 2HNDA 1S9GA 4O5BA 4FJJA 4O4GA 1TKXA 2KW4A 3M8SA 3TABA 3ZT0A 1SKWA 3CQ8A 5E41A 3V81A 1J9AA 2KZZA 4DLGA 4CEZA 4OGEA 1X9WA 1YVUA 1RBTA 3OYMA 1RT5A 4IG3A 3VA3A 2IDOA 4EZ9A 2OZMA 3NH0A 3KLGA 1T7PA 3WNGA 4FLWA 3DLHA 1VSKA 1RBUA 3OYBA 1TVRA 4CFCA 1HQEA 3HO1A 2KQ2A 3AVMA 4K8ZA 3V6DA 4M3RA 1VK0A 4AHRA 2VWKA 1SL0A 4O44A 2PY5A 4N41A 3P5JA 3G10A 3H08A 1X9MA 4I2QA 4CHPA 4Z4EA 3L2UA 1RDAA 4DFJA 3HPOA 3PX6A 3HT3A 1REVA 3NBPA 4IKFA 4LD0A 1RBRA 2IC3A 4DF8A 4HCBA 3RWUA 3OYAA 3ZT2A 1NKCA 1HYZA 2G8FA 2Q3SA 4CEEA 4FZYA 1JLCA 3ASMA 3TR8A 1FK9A 1IKWA 4N76A 1TK5A 1ASVA 1DTQA 3TAEA 3MEEA 3MXIA 1Z26A 5K14A 4HCCA 3CG7A 4CJPA 4B9LA 4FJ7A 2RPIA 4DMNA 3AVKA 5HROA 3SV4A 1KVBA 2D5RA 3HVRA 3LZJA 1L3UA 2KFZA 5KTQA 1LW2A 1RTIA 3DLKA 1A5WA 3VQ5A 2XY7A 4GW6A 1X1PA 3OYHA 5J2PA 2KTQA 4M3UA 4DTUA 1S5JA 2D0CA 4CJQA 1UA0A 3OJUA 3K59A 5DMRA 4JS5A 4J2EA 4B8CA 1NOZA 4W5TA 4B9UA 4FJIA 1T05A 2A1SA 5HRRA 3KD5E 2KZMA 1YTUA 1RTHA 3HPHA 1KLMA 5HRSA 3DRRA 1VSFA 4FLTA 1BCOA 2B5JA 3C95A 4AHUA 4YFUA 3OYFA 3LWLA 1VSJA 4FLVA 4FJHA 4ICLA 4ZHRA 4CHYA 2ZQBA 4R5PA 3E01A 3TAGA 3PV8A 1IG9A 1RDDA 2P51A 3QIOA 1Q9XA 4CGJA 1W9HA 4DLEA 3SNNA 3JYTA 3I8DA 4DFPA 3VQBA 1DTTA 4CK2A 3QNNA 3C94A 4FZXC 3RMDA 3D45A 4BDPA 3NGYA 4E7KA 1IO2A 2D0AA 3O4QA 3NCIA 1K6YA 4Q5VA 2E6MA 1TK0A 3DMJA 4M45A 1BIUA 1NJZA 1O1WA 2WOMA 1DLOA 1XC9A 1C0UA 1KVAA 3WNFA 2G8KA 4FK2A 4LSLA 5J2MA 4FW1A 1JL2A 3THVA 2GV9A 4FVMA 4CJ5A 3RMAA 4I2PA 2PYLA 1HNIA 1U04A 2DFHA 4CF9A 3FFIA 1T8EA 1VRUA 3HSTB 4OKEA 4E19A 4ELVA 1RBSA 4MFBA 2HHVA 4NCAA 4CEDA 2F96A 1L3SA 4FJ8A 1FXXA 4PA1A 3O3HA 3MEGA 4CEAA 4PY5A 1RILA 4CF0A 1RNHA 4B3OA 2YNHA 3V9ZA 3DM2A 4JS4A 1L3TA 2JLEA 4DSEA 3C6TA 1NK4A 3AVAA 4CFDA 2YNFA 4PUOA 1TKTA 2IS3A 4BACA 4C8LA 3EY1A 2P1JA 3AVLA 4FM0A 5KRSA 4I7FA 4XIUA 3HK2A 1U49A 4W5RA 4DTRA 1SUQA 4KV8A 3EZ5A 1JXBA 1FKPA 1S1VA 3CFOA 3IS9A 3S3NA 3QESA 5T7BA 4HVJA 2JGUA 1VSMA 4HTUA 3AA2A 3LP0A 5HP1A 5I42A 4DSLA 3I0RA 1EKEA 3AVJA 2BANA 2W42A 1EP4A 2QXFA 5KI6A 4CEQA 4FK0A 2WONA 3VQ8A 3TAFA 2O4IA 5C42A 4CIFA 2XY8A 2HHQA 3F9KA 4B9NA 3B6OA 4OLBA 1JXEA 4RW8A 2YHBA 4AH9A 2QK9A 3QEPA 4L8RB 3ZT1A 3QETA 3AV9A 2I5JA 2IOCA 4OVLA 2Z1HA 1N6QA 1RT2A 4CGFA 4E7HA 4CJVA 4RW7A 4DSJA 3MXMA 1D9FA 3AA3A 1NK6A 1WN7A 4FZZA 4H4MA 4F3OA 3OYLA 4KTZA 4B9SA 3V1RA 1YTAA 1BCMA 3HM9A 1WAFA 1HYSA 4LSNA 3CFPA 4CEFA 5J2NA 2X78A 3RRHA 3AVBA 3L2WA 4IFVA 4AHTA 1Q8IA 4DS5A 3LANA 5KGWA 3TARA 3KD1E 2YKMA 1IKYA 5FROA 1KCFA 4M3WA 4DQRA 4DSKA 4GMJB 2G8HA 4J2BA 4DF4A 2XHBA 1JLGA 3NH1A 1KVCA 3DYAA 5CZ1A 4C8NA 5HRPA 4UQGA 3L2QA 2YHAA 2AJQA 3ZSQA 2FC0A 5SWMA 2HMIA 3L8BA 5C24A 3KK2A 1C1AA 3OYDA 3K57A 4HUEA 3AO5A 4C8MA 1KSPA 4C8KA 4KFBA 4M42A 3L2RA 2VG5A 1QSLA 4H8KA 3QO9A 4DG1A 2LSNA 1J54A 1WSGA 3NE6A 2XY5A 1NK0A 3RR7A 2F8TA 3O3FA 3QEWA 1JKHA 4FK4A 1Y97A 3DLRA 4LY7A 1JLBA 4KREA 3S3OA 1KLNA 4DSIA 4O0IA 4DTSA 3TI0A 4FJLA 3KLFA 3RMCA 4Q0BA 4CEBA 4Z4GA 1SKSA 2Z1IA 3IAYA 4BWMA 1VSHA 1S1WA 3SUNA 4IDKA 2X6SA 1UA1A 4FYDA 3HVTA 4NCGA 3ZT4A 3KLEA 3K5MA 1TL1A 2DFEA 2OYQA 4DS4A 4DTMA 3A2FA 4B08A 4BDZA 4AILC 2HVHA 3CYMA 4Y1CA 4CK1A 4DQSA 1D9DA 2OZSA 1C6VA 1QQCA 1RDCA 2R7YA 1SV5A 3PX4A 3O4NA 3PY8A 4FJ9A 4NCBA 3DLEA 2HHSA 3QEVA 3SPYA 5EU7A 3ISNC 4KPYA 3VQ6A 4J2DA 2NUBA 3SI6A 3HP6A 4IFYA 3TAMA 4AHCA 4CJWA 5D3GA 4KAZA 1HJRA 1WSIA 4H4OA 4HUGA 4FXDA 1RT7A 4ELTA 1QSSA 3NF7A 3MECA 2P5GA 4DU1A 1CXQA 4M3YA 3VQ7A 3RRGA 4FLXA 4DQPA 1N5YA 3PUFA 4CEOA 4CHOA 2IAJA 4DFMA 3HPGA 4FW2A 1CZBA 1ZBIA 2YNGA 4NYNA 4CIEA 3L2VA 3V4IA 2OPRA 1IKXA 1XWLA 3AO2A 2HHWA 4IBNA 4E1MA 4KRFA 1IKVA 2VWJA 4KHNA 1LAVA 4E0DA 4CHNA 1ZYQA 1TV6A 2RF2A 3VN5A 1QE1A 4CGGA 1NJXA 1U47A 1HYVA 4Y1DA 2F8SA 3VQDA 3BGRA 3U3GA 4DTOA 3SQ1A 5JS2A 1Q9YA 1WNSA 3AO4A 1JLQA 3AVHA 4GVMA 3NAEA 1FKOA 1NK9A 4YNQA 3DLBA 5JS1A 4AHSA 2GUIA 3ZSVA 4J2AA 4FJXA 3T19A 1L5UA 4B9VA 1TAQA 3KIOA 1U4BA 4HHTA 5C25A 5FDLA 3HYFA 4CIGA 2BDPA 1QSYA 2G8UA 3AO3A 1BISA 2OPPA 4TSXA 4AHVA 1QHTA 3M8QA 4RW9A 3ZSOA 5CYQA 4F3TA 1J53A 1JLAA 1TKZA 2HB5A 3AA5X 3SQ0A 2OA8A 1RT3A 4QOZB 3K5OA 1F21A 3VQQA 2HHUA 2YV0X 4OKJA 4E7IA 1U45A 4CJUA 3OS2A 3QNOA 1C1BA 4ID1A 2DY4A 3ITHA 3QIPA 3LAKA 3KK1A 3D0PA 3RMBA 4F8RA 1J5OA 3DI6A 4CJTA 1A5VA 1S9EA 3AA4A 3M8PA 4O55A 1BI4B 4JRPA 2XY6A 1UOCA 2OPSA 3P83D 1EETA 4OGCA 3OYNA 3PX0A 3U6FA 4KTQA 3DOKA 3SUOA 3K58A 3KLIA 2D0BA 4BE1A 2PYJA 3CFRA 2Y1IA 1IH7A 1LW0A 4W5NA 4Z4HA 2B6AA 1X9SA 3OYKA 3L3UA 4BE0A 2KFNA 3VQAA 1ASUA 1I3AA 2EHGA 1KFDA 4K8XA 4PWDA 1HRHA 1CZ9A 2HNYA 1TAUA 4DTNA 3KK3A 3C6UA 3T3FA 3SCXA 2QKKA 1VSEA 3LPUA 4CJFA 3ZSXA 5CY4A 3ZSZA 4CJRA 1NJWA 4I9LA 5I3UA 1VSLA 1WSJA 2B4JA 1R0AA 4NYFA 1LAWA 4FLZA 1CLQA 2ATQA 3L3VA 1RT1A 4OKKA 1RTJA 4CGHA 2Z1JA 3V9SA 2QKBA 3OYJA 3OS1A 5CYMA 4M3TA 3OYEA 2HVIA 1C0TA 1S6PA 4CGDA 3QERA 2FBVA 5HLFA 4M3XA 3V1QA 3ZT3A 1UWBA 4E3SA 2ETJA 4CJ4A 3DLGA 3IG1A 1S1UA 2YNIA 3BDPA 3AVGA 4EZ6A 1BGXT 1NK8A 3T1AA 3HJFA 4DWIA 1T03A 1QTMA 4M41A 3HL8A 2XRIA 3TAPA 2HW3A 3ZSWA 4CF8A 1BQMA 4F4KA 4M3ZA 4FM1A 1XHXA 4KHYA 1LV5A 4CFAA 1RT4A 4WE1A 4FLYA 4C8OA 1BHLA 3DRPA 3DRSA 3MEDA 4HUFA 3NHGA 3KLHA 3VQCA 3U3YA 4CJSA 1G15A 3NFAA 4DTPA 1SL2A 1GOCA 4F2SA 3OYIA 1RTDA 2HHXA 4CJLA 2HNZA 4Z4IA 2FBXA 4CE9A 4JLHA 4B9TA 4I9QA 4W5QA 2DFFA 4BE2A 4CJKA 4DFKA 1EX4A 1VSIA 3OVNA 1LWCA 4KHQA 3QEXA 2BGGA 4N56A 3LP3A 1NK5A 4KKOA 1RDBA 2VG7A 4DU4A 4Z0UA 2ITGA 1ITGA 2ZE2A 3DOLA 1L3VA 3LPTA 4DU3A 1RCHA 1B9DA 2VG6A 1ZBHA 1UAXA 4CCHA 1VRTA 3AVFA 3MXJA 3WNHA 1ZBUA 4CGIA 1VSDA 3LAMA 4EP5A 4DQIA 4CF1A 1ASWA 4Z4FA 3ZCMA 2XO7A 4FJKA 2G8VA 1QS4A 3OJSA 1B9FA 4E7JA 2Y1JA 4CK3A 4DSFA 4CECA 3UIQA 3EYZA 1BQNA 4EP4A 4OJRA 4BDYA 4RW4A 1TKDA 2RN2A 4KHWA 1D5AA 4E89A 3NGIA 4CJEA 4BWJA 3G0ZA 3VQPA 4DTJA 4KI4A 1YT3A 1WAJA 3SUQA 5KRTA 3WNEA 1S1XA 3K5NA 5HBMA 4FJMA 5J1EA 3O3GA 4JRQA 1LWEA 4FJNA 1NK7A 1NKEA 1C0MA 1SL1A 1Z25A 1I39A 1GOAA 3VQEA 3VA0A 1KFSA 5HRNA 4KB0A 4KHUA 4DTXA 3LWMA 3B6PA 3M8RA 4FJ5A 3OYCA 1XI1A 2FBYA 3NH2A 1NOYA 2HHTA 4QCLA 4CJ3A 2Z1GA 3AVIA 3NF6A 4QAGA 3ULDA 2E6LA 3S3MA 3CM6A 3I0SA 3SZ2A 1NJYA 4FM2A 3OS0A 4ID5A 3SV3A 2A1RA 3QINA 4ZTFA 1WSHA 4CFBA 2BE2A 1RBVA 4PQUA 4E7LA 5SZTA 1JL1A 2RKIA 3NGZA 4B9MA 3VQ4A 4CERA 3TWHA 3AVCA 2G8WA 4F2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZF5O 3EN9A 3HZ6A 3LM9A 1GOBA 1MU2A 1YJ9N 4O0JA 3FZHA 5DM6L 2HBKA 3AGKA 3LDQA 1MDUB 4G1QA 1Z6RA 5H1SQ 3SQ2A 3HM8A 2O4GA 1ZBLA 3WXKA 4DR5K 3OY9A 4KI6A 3TAQA 2O8EB 1JLFA 3RSEB 3K2PA 1WSFA 2A5XA 3CCMN 4DQQA 4YOUA 1U48A 4X62K 1W0HA 1JJ2M 3G4SN 5EY4A 3SYZA 4MLEA 3ZLJA 4FLUA 3AY9A 3KKSA 4LFAK 3LALA 3SAGA 3NF8A 2UUAK 4KH6A 2P5OA 2G8KA 1BIZA 3MAQA 1S22A 3QLHA 1ZBFA 1A5XA 1TL3A 3IRXA 1S9GA 4H5RA 1TKXA 3TABA 3V81A 5E41A 4CEZA 4OGEA 1RBTA 3OYMA 1RT5A 3CIPA 3VA3A 3VMFB 4EZ9A 3NH0A 3WNGA 3OYBA 1OH7A 3CPEA 2V52B 1XC3A 1SL0A 3H08A 3I55N 4CHPA 4V19S 3CETA 3HT3A 1REVA 4LD0A 1DGKN 2G8FA 4JYAK 2JWKA 1FK9A 3O6WA 1HR0K 2VCPA 4JI7K 4Z94A 4JD2B 1OKJA 3AVKA 5JICA 1N36K 5FLXO 5KTQA 1RTIA 3DLKA 3OW2M 3MN5A 4DV2K 3CQXA 4H0XB 1X1PA 5J2PA 2O8BB 4B3RK 4FSVA 3K59A 4DUZK 5DMRA 1C0GA 1NOZA 4W5TA 4B9UA 4H5VA 4FJIA 3UKUA 1RTHA 1VSFA 1NGIA 4FLTA 2B5JA 4AQYK 4AHUA 5LMNK 4CHYA 3ZEUA 2P51A 1Q9XA 2WBNA 3QIOA 1W9HA 4DLEA 3MN7A 5IWAK 3JYTA 4DFPA 1KAXA 3EO3A 1DTTA 4IJAA 4CK2A 1ESVA 3NGYA 3SK3A 1QQOA 3W3DA 4K42A 3NCIA 1IBKK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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