3KKRA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form i
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
152
structure length
152
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTKYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 152
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kkrA00
4RW7A 4F3TA 1J5OA 2WONA 3AVGA 2FBVA 3AVCA 2Z1JA 3OYIA 4CJ3A 2O4IA 1QSLA 4C8KA 3SUQA 2DY4A 2D0CA 5KI6A 4AHSA 3QEIA 1HQEA 1EKEA 3NF9A 2PYLA 1TVRA 2OA8A 1HNVA 4DQSA 4DLGA 2YKMA 3K5OA 2A1SA 1BCMA 4I7FA 4F2RA 2VWKA 4OJRA 5J2QA 1TV6A 5HRNA 3AO3A 1VSDA 3AVNA 3NF7A 5FDLA 3HP6A 4H8KA 4B9NA 4N41A 4M3YA 1NKEA 3QIOA 3L3VA 3T19A 3OY9A 3SJJA 4DWIA 3KTQA 1A5WA 4FLYA 1D9DA 4HUFA 1XWLA 1S1XA 5CY4A 3THVA 2VG6A 4B9UA 3LAMA 3M8QA 1ZBUA 4M41A 3OYAA 3NGIA 1L3TA 3TR8A 1RT4A 1X9MA 4OLAA 3DRRA 4CEOA 4CK1A 4CJKA 1LW2A 4M3XA 4CJ5A 1NK8A 4CGDA 1NOZA 4M3RA 4CFAA 1J9AA 1DLOA 3SUOA 1NJZA 5FRMA 4B9SA 3SPZA 2P1JA 4F8RA 2IS3A 3V9ZA 1G15A 3MEGA 4LY7A 4CGJA 1RILA 1MU2A 2P5OA 4EP5A 4CGGA 3OJUA 1QSYA 1JKHA 4R5PA 3OYFA 3K5NA 1DTTA 1QSSA 3C94A 3P83D 5KTQA 1BHLA 1KVCA 3NF8A 1SV5A 4CK3A 3PUFA 5JS2A 3TARA 4DSLA 4FM0A 3DLEA 1TK8A 3O4QA 4O5BA 4CEZA 3NE6A 1UA0A 2G8VA 4F4KA 5FRNA 2KZZA 3P1GA 4HCCA 3OJSA 4DU1A 1X9WA 3SYZA 4BDYA 4E1NA 1D9FA 4DQPA 3HSTB 4DU3A 1CXUA 4FJ8A 1WSIA 3DLHA 2B5JA 1BI4A 4BDZA 4E7IA 1EP4A 1HQUA 3AVHA 2IAJA 2KZMA 4M3ZA 1C0MA 3V9SA 4QAGA 4CEQA 1XHZA 4FLXA 5HP1A 1NJXA 3RR8A 1ASVA 1JXEA 2IGIA 4B9TA 3LPUA 3AO4A 3QEVA 1T03A 1GOCA 1SKWA 3TAQA 1X9SA 3QNNA 4FZZA 1BL3A 1WNSA 1XI1A 3V6DA 4FJ7A 1C6VA 1LAWA 4DQIA 2HW3A 3O3HA 1BI4B 3I0RA 3C6TA 3HVRA 3DM2A 3VQQA 2W42A 1NK0A 4Z4EA 2B4JA 4KFBA 3QIPA 1YVUA 1NK6A 3KLIA 1ZBLA 4Y1CA 4Z4GA 1RTHA 1TK5A 4YFUA 2Y1IA 2QK9A 4DTSA 4FXDA 2X6SA 3PV8A 5CYMA 3H08A 2FBXA 3KD5E 4CFDA 1X1PA 1BQNA 1GOBA 5CZ2A 4B8AB 1HYVA 5C25A 3RTVA 4EZ6A 3SQ0A 4BDPA 3OYLA 1C1CA 3PX6A 4DQRA 3PX4A 2OPQA 1HNIA 4ELUA 3C6UA 4Z4FA 4ID5A 1L3UA 4QOZB 2WOMA 1GOAA 4CEEA 3DOLA 1A5VA 1EXQA 4CHQA 2BANA 1J53A 1TKTA 2ITGA 2D0BA 4NCGA 3HPOA 1T8EA 4DTUA 1T7PA 2G8KA 4FK4A 2YNIA 5EU7A 1RCHA 5J1EA 3RMDA 4FJMA 4CFCA 4OGEA 3V1RA 4KHWA 3ZSZA 4O55A 4CF2A 4AHVA 1A5XA 1RTJA 4W5TA 4AHRA 2OZSA 3K58A 3F73A 1S1TA 3VQCA 4LH5A 4LD0A 4B9LA 4CJPA 3I0SA 2VG5A 1NK4A 2YKNA 1VSEA 3ISNC 1JLAA 1WSJA 4YNQA 4W5OA 4BE0A 5HLFA 2O4GA 4DMNA 4QCLA 2GUIA 1REVA 1LWFA 4NYNA 4DS4A 3DLBA 3HJFA 3B6OA 2PZSA 1IKXA 3HVTA 4KO0A 3AO2A 3HK2A 3VQBA 3LWMA 3MAQA 4DTMA 3VQAA 4I2PA 2QXFA 4E0DA 1RT1A 2KW4A 1S9EA 4CIGA 3DRSA 4ZTFA 1VSFA 4ZHRA 4FJJA 1HYSA 2P5GA 4F2SA 4CGHA 3QEWA 1TL3A 1BQMA 4C8OA 1RTDA 3LWLA 4HVJA 1CXQA 2HHUA 4LH4A 3K59A 3ZT4A 1U04A 3DRPA 1RTIA 4FLZA 3VQ8A 4CIEA 4FLTA 4DSEA 2HVIA 4CIFA 4KI6A 4M3TA 3VQ6A 2BDPA 2ATQA 4RG8A 4DQQA 2D0AA 4CJQA 3KLHA 1ITGA 4FLVA 4FK2A 3L2RA 3LP2A 4BACA 4CGIA 1I39A 4DG1A 4JS4A 3L2VA 1XC9A 3CM5A 1ASUA 2NUBA 2DFEA 2Z1IA 4OGCA 4CJVA 3TANA 2B6AA 3QETA 1FXXA 1UOCA 2G8UA 1QQCA 3HXMA 4FJHA 3LANA 2FBTA 5SWMA 3RRGA 4FVMA 5JS1A 2DFFA 2YHBA 1SL1A 3DLGA 1HYZA 4KRFA 3S9HA 4HUGA 1NK9A 1RT2A 4OPKA 1NJYA 4NYFA 3KD1E 2XY6A 2P51A 4CJLA 4FJXA 1LW0A 3HPHA 3RMCA 3U6FA 3V1QA 3ULDA 4MQ3A 1DTQA 5J2NA 3UIQA 3HL8A 1JXBA 2PY5A 3S3MA 3KJVA 4FZXC 1NK7A 5E41A 5DMRA 2Y1JA 1KRPA 3IAYA 1S1WA 4CF1A 1CZ9A 4LSLA 1S1VA 1IO2A 3ITHA 3WNFA 2XY5A 1NK5A 4FJKA 3RMAA 2XHBA 4Z4HA 3CFRA 3O3FA 2D5RA 4KTZA 3K57A 4LSNA 1Q8IA 4IG3A 3V9UA 1ZYQA 3KLFA 4FJ5A 2HHVA 1JLBA 3ZSRA 2G8HA 3RR7A 1TKXA 5KGXA 5FROA 3BDPA 1Z25A 4E7KA 4CESA 1YTAA 4PQUA 1RDBA 3VQ7A 3DLRA 2QKKA 4M42A 4PY5A 3VQ9A 3SI6A 4KKOA 1QE1A 2HHXA 3AVBA 2XY7A 1NOYA 4BWJA 5I42A 4N5SA 4O0JA 1D8YA 4IKFA 2HHTA 1ASWA 2XY8A 4TSXA 1R0AA 3PY8A 2KFNA 1TAQA 4KHSA 4I9LA 4O4GA 3AA5X 3HO1A 1FK9A 4AILC 5HBMA 4UQGA 4CJRA 3NH0A 1L5UA 3KLEA 3K5LA 1SKSA 1ZBFA 2F8TA 2RN2A 1W9HA 1O1WA 4CF9A 4FW2A 2YV0X 1L3SA 4CF0A 4KB0A 3QEPA 4OKKA 2OPSA 5KRTA 5J2PA 2YNFA 3AO1A 4CHZA 3L8BA 4ICLA 4B9VA 1SL2A 4B9MA 4CJEA 4BE2A 1S1UA 4W5RA 1VSMA 3NF6A 3KK3A 3NHGA 1N5YA 3KK2A 3TABA 4CK2A 4FJGA 3L3UA 4EZ9A 3T3FA 3M8SA 5KGWA 1HPZA 3LAKA 4IG0A 1JLCA 1JLFA 3SUPA 5I3UA 3OYNA 1WSHA 2YNGA 3VN5A 4CEBA 3HPGA 4RW6A 2E4LA 1TAUA 3CFPA 2AJQA 3ZT0A 2JLEA 1KFDA 3ZSWA 3L2WA 4Z4CA 4C8MA 3HM9A 4IDKA 2JGUA 4O44A 4OLBA 1N6QA 4N76A 4CGFA 2DTUA 1RT7A 1LV5A 3JSMA 2A1RA 3E01A 4IBNA 4E7HA 5T7BA 3LP0A 2IC3A 3OVNA 3RMBA 3TWHA 1IG9A 3PO5A 3V4IA 3IRXA 2LSNA 1HMVA 4JLHA 4E19A 1WSGA 3VA3A 3IS9A 3KIOA 1IKYA 1WSEA 2KQ2A 4AHTA 2I5JA 4CERA 3AA3A 3OYKA 4J2DA 2HHQA 1Y97A 2RF2A 4W5NA 1IKVA 4RW8A 3QO9A 3VQDA 4OKJA 3SPYA 3AVLA 4DSJA 4H4MA 3VA0A 1JLGA 1F21A 1WAFA 1K6YA 1TGOA 3T1AA 1Z26A 3VQPA 3ZT1A 3SZ2A 2ZD1A 4CJ4A 1KFSA 5CYQA 3LPTA 1C1AA 4DTOA 4CECA 4I9QA 5C42A 3QESA 2XO7A 1I3AA 4CEAA 4DLEA 4E7LA 4FZYA 3CG7A 3U3YA 3D0PA 4M3UA 5D3GA 3A2FA 3AA2A 4AH9A 2XRIA 3CM6A 4G1QA 4GMJB 2OYQA 4XIUA 3V9WA 1ZBHA 3MEEA 3M8RA 4J2BA 2OPRA 4N56A 4MFBA 4RW4A 4DFKA 4KHUA 3AVFA 1LWEA 3OYDA 1EX4A 3TAFA 4HHTA 1TKDA 5HROA 4ID1A 2QKBA 2Q3SA 2YNHA 3HYFA 3MXMA 2G8IA 4Q5VA 4KHNA 3NAEA 1SKRA 3OS2A 3NFAA 4DSFA 3VQ4A 1Q9XA 3LP1A 3CFOA 3LP3A 3WNEA 3OYEA 3IG1A 3L2UA 1BCOA 2EX3A 1U49A 2RKIA 4Z4IA 1RBTA 2IDOA 3DLKA 3AVAA 1L3VA 4L8RB 1TK0A 1RT6A 1WN7A 3LDSA 4M3WA 3DOKA 1S9GA 3QLHA 3AO5A 1NJWA 1C0TA 1VSHA 3VQEA 1QTMA 4B3OA 2KFZA 3NGYA 2F96A 2FBYA 4PA1A 3QERA 4GVMA 4O0IA 3AV9A 3OS1A 4Q0BA 1VRUA 4CEFA 1T05A 2DFHA 3PX0A 4DS5A 4FJ9A 4KREA 4E1MA 4KHYA 3KKSA 3ZSOA 4FW1A 1YT3A 1LWCA 4OPJA 2ZQBA 4DF4A 3I8DA 3KLGA 2ZE2A 3DI6A 1RNHA 3SQ2A 4PUOA 3AA4A 4H4OA 3EYZA 3HT3A 2HNZA 2GBZA 3ZCMA 3ZSYA 4KI4A 1Q9YA 1WAJA 4CCHA 1RT5A 1D5AA 2OZMA 4KV8A 4CJUA 1KCFA 3CYMA 3L2QA 4FYDA 1KSPA 4CHNA 4DFMA 4I2QA 2GV9A 4RW9A 1U47A 1VSJA 1UAXA 4FM2A 3RWUA 3OYGA 4DFPA 1RBSA 1RDCA 5DK5A 3ZT3A 3OYJA 1BIUA 3AVIA 4DTRA 5HRPA 4DTNA 2BGGA 1HJRA 3QINA 1U4BA 1ZBIA 2HMIA 4IFVA 4W5QA 3MEDA 1KVBA 2YHAA 4HUEA 4AHCA 2E6MA 3TI0A 4PWDA 3G0ZA 4KTQA 1JL2A 1FKOA 3TAPA 1FKPA 4GW6A 4AHUA 4FJIA 1HRHA 1YTUA 1BISA 3V9XA 1B9DA 1VK0A 3TAGA 3ZSXA 4CFBA 4DF8A 1RT3A 1B92A 1JLQA 3OYMA 4DTJA 4FJNA 2ETJA 1CZBA 2VG7A 3WNHA 5KRSA 1WLJA 4J2AA 3WNGA 2HNYA 4DSIA 3S3OA 4KTWA 3NH1A 1KLNA 2BE2A 4BWMA 4OVLA 1J54A 3NGZA 1QS4A 4JRQA 1RDDA 3SQ1A 3KKRA 4FLUA 3AVKA 1S5JA 1KVAA 4JRPA 5J2MA 1QHTA 4E3SA 4CE9A 1W0HA 2HB5A 4CJWA 4CHYA 4F3OA 2X74A 1RBRA 4FM1A 3V1OA 4ELVA 2Z1HA 4DTPA 3K2PA 1BGXT 3ALYA 3SNNA 4BE1A 3ZSQA 1RDAA 2G8WA 1LAVA 1XHXA 3ASMA 3SCXA 1IH7A 3SQ4A 1S6PA 3OYBA 4CJFA 3B6PA 3NCIA 2EHGA 3JYTA 2F8SA 3NBPA 3OS0A 4DSKA 4Z0UA 1VSLA 2KTQA 3OYHA 4FK0A 2HHWA 1U48A 3VQ5A 4HCBA 3F9KA 3LALA 1VSKA 4CHPA 4C8LA 4WE1A 3TAEA 4CF8A 3LZJA 3MXIA 1VSIA 3BGRA 4ZTJA 4KHQA 2HHSA 5C24A 3ZSVA 3QEXA 4OKEA 3QNOA 3M8PA 3SV3A 3RRHA 3DMJA 3SV4A 1TL1A 3V81A 1C1BA 1BIZA 3O4NA 4IFYA 2VWJA 4E7JA 1KTQA 3EY1A 4HTUA 1JL1A 2X6NA 4NCAA 1CLQA 3MXJA 2R7YA 2FC0A 5CZ1A 2RPIA 3HP9A 1VRTA 1SUQA 1RBUA 4ELTA 3AVJA 3G10A 4NCBA 1SL0A 3K5MA 4K8XA 1IKWA 4N47A 4DTXA 3NH2A 4K8ZA 3FFIA 3EZ5A 1WSFA 3AVMA 5HRRA 4B08A 3O3GA 3LZIA 1U45A 4CJSA 1UWBA 3SUNA 2PYJA 2X78A 2Z1GA 3ZT2A 2OPPA 4C8NA 3U3GA 4B8CA 4CJTA 1S6QA 5K14A 4CHOA 3OYCA 1UA1A 1RBVA 4E89A 2HVHA 3D45A 3NDKA 1NKBA 4EP4A 1NKCA 2IOCA 3PO4A 4M45A 1C0UA 3CQ8A 4FCYA 4DFJA 1JLEA 4KPYA 3TAMA 1TKZA 4KAZA 4Y1DA 3MECA 4J2EA 4FJLA 2G8FA 2HNDA 1B9FA 1KLMA 4FLWA 4CEDA 3DYAA 5SZTA 4KB1A 3KK1A 2E6LA 1EETA 3C95A 3S3NA 5HRSA 4DU4A 3P5JA 4JS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9SB 1J5OA 3AVCA 2Z1JA 3CCLN 4CJ3A 3O1WA 2DY4A 5KI6A 3QEIA 1HQEA 1EKEA 1HNVA 4DQSA 2A1SA 4OJRA 4R79A 3NF7A 5FDLA 1NKEA 2UUBK 4FLYA 1I94K 1RDUA 4M41A 1U2VA 1X9MA 4OLAA 2A3ZA 4CEOA 3SBTA 1NGHA 3CC4N 3VF4A 1DLOA 2IS3A 1G15A 4CGJA 1RILA 3VGKA 3N4QA 2P5OA 3I33A 4CGGA 3CCUN 5GIPA 1QSYA 1K8KA 1JKHA 3G25A 2P9KA 1U2VB 3C94A 3P83D 3TSPA 1KVCA 3NF8A 4QS7A 5KTQA 4CK3A 1VQ6N 2O8CA 4ILJA 1ZBSA 3H45C 2KZZA 2VWBA 2G8VA 4HCCA 3CCEN 1K8AO 3SYZA 4BDYA 5KPTA 4U7BA 1K8KB 2B5JA 3NMUA 2O8CB 4YOXA 3AVHA 1E3MA 3R6MA 2KZMA 1XMOK 1C0MA 4H03B 2I7PA 1JXEA 2QWQA 3QFPA 3QEVA 4IO8A 4FZZA 4V19S 1JCGA 5C15A 1C6VA 1LAWA 5AQTA 5BRDA 4CZMA 2UXDK 3HVRA 3DM2A 3VQQA 4C1NI 3CPEA 3VERA 2VYPA 2HMPA 3KVGA 3LDPA 5CYMA 2UXBK 3PX6A 4BC2A 2OPQA 4BRDA 1L3UA 5GAEP 4QOZB 2WOMA 5KPRA 1A5VA 1T8EA 1T6CA 2D0BA 4YDUC 1K9MO 1NGIA 1OH7A 2HBJA 2YNIA 5J1EA 1LCUA 4CFCA 3CHWA 4OGEA 5AQIA 4W5TA 2OZSA 5AFUA 4LH5A 3F2KA 3I0SA 1HLUA 1NU0A 2I7NA 4BE0A 3MN5A 2F9WA 1VQ9N 1LWFA 2PZSA 4KO0A 3MX2A 2P9IA 3MAQA 4DTMA 3VQAA 3O9TA 4I2PA 1OH8A 1RT1A 2KW4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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