3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Bovine immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
1WNSA 1WAJA 4PY5A 2EX3A 1S6QA 4CJKA 3CFOA 4Z4EA 3LP3A 3TAGA 1WSFA 4LSLA 3UIQA 4ID1A 1VSLA 1RDAA 3TR8A 4FJLA 2HHVA 1JXEA 4CJUA 3U3GA 3AVIA 1ZBIA 4BE2A 4F3TA 2OZSA 4FZZA 1NJXA 4ZTJA 4FJKA 1SUQA 4N41A 2P51A 1HYZA 1NJYA 4J2DA 1BHLA 1XI1A 3D45A 2FBVA 1LAVA 3SUPA 1MU2A 3D0PA 3L3UA 2Z1HA 1KFDA 2Q3SA 4IFYA 4PA1A 4DFMA 2XO7A 1NOZA 4CK1A 4FLYA 1Y97A 3AVBA 4B9NA 3SJJA 1XHXA 3KJVA 3QEXA 2QK9A 3M8RA 2PZSA 3KD5E 4N47A 5CZ1A 2XY5A 2GBZA 3NH1A 4KREA 2KZZA 3C94A 3DLEA 1U04A 3KKRA 4CJQA 2DFHA 2IS3A 3AVKA 4OGCA 4M45A 3DI6A 5KGWA 3HSTB 3TABA 3S3NA 4B9TA 2ITGA 4BE0A 4HCBA 3M8QA 3NDKA 2B6AA 3DLRA 4I9LA 1U49A 4CECA 3NHGA 4OLBA 4MFBA 4FLTA 3B6OA 3SZ2A 2D0BA 3EY1A 3V9WA 3DRSA 2ATQA 4OKKA 1J53A 2YKMA 4M3WA 1TL1A 2E6LA 3KK3A 3OJUA 4C8NA 3KD1E 3AVAA 4N5SA 1W9HA 1NJZA 3KIOA 4DSEA 2BANA 4KHSA 3SUNA 3HK2A 4EZ9A 2X78A 2HHTA 3SPYA 1WSHA 3ZSZA 4B8CA 2XY6A 4CIFA 4CHNA 4OGEA 2G8HA 4DLEA 3VQ5A 4O0IA 4JS5A 3CM6A 2G8FA 1QSLA 2YKNA 1D9DA 5FDLA 3L2VA 3RMBA 1T7PA 4CGHA 4CF9A 3WNHA 3OYDA 1TK5A 4R5PA 1C1BA 4BE1A 3K58A 1ASUA 4CJEA 4Z4HA 4BDZA 1U45A 4W5RA 2D0CA 1JL1A 4FVMA 4FK2A 3K5OA 2G8UA 2X74A 3ZT0A 3NF6A 1I39A 1X1PA 4YNQA 4AHVA 2FBTA 1LV5A 1KTQA 4DS5A 1JLGA 3S3OA 1RT3A 3HPGA 4CF8A 1S5JA 5K14A 4DTMA 3NBPA 3SUQA 1A5WA 4NCAA 1KLNA 1LW0A 4KHUA 3MEEA 2VG5A 3NF7A 4JS4A 1F21A 1HJRA 3DLHA 4DFJA 3SQ4A 3TAPA 4Z4IA 4ICLA 4RW8A 4OPKA 2ZQBA 4DSLA 1RDDA 4PWDA 1N5YA 3KLIA 2OPSA 2OPQA 3OYAA 3O4QA 4FM1A 1BISA 4DTUA 2A1SA 4M3XA 4Q5VA 4CEEA 4B9SA 4CEQA 4DTRA 4CGGA 3V4IA 4O4GA 3K57A 2HB5A 2I5JA 4CERA 3SUOA 4ZHRA 1TGOA 5CYMA 4W5OA 1HYVA 2JGUA 2X6SA 2YNIA 1EKEA 1Q9XA 4E7KA 2G8KA 2ZE2A 3C6UA 1RBUA 4CEFA 2E6MA 3O4NA 3V1OA 4CFCA 4HHTA 2HVIA 1XC9A 3V1RA 1IKXA 4FM0A 3SQ1A 1IG9A 3KTQA 3K5NA 1RTDA 1JLFA 3NE6A 4M42A 2VG7A 4DG1A 4OKJA 4OKEA 3NCIA 1NKEA 3LWLA 3K5LA 1LAWA 4BDPA 4F8RA 2YNHA 1KLMA 4KTQA 1ASWA 4XIUA 1KRPA 1JLQA 5DMRA 1TAQA 5HBMA 4DQRA 4FJ8A 5HRSA 4NCGA 1C0MA 3K5MA 5D3GA 3KLHA 3DMJA 3DRPA 1J54A 3NH0A 3THVA 1CLQA 5CY4A 3ZSOA 1SKWA 1D9FA 3CG7A 3LDSA 1NK0A 2RPIA 4FLXA 4NYFA 4CFBA 5JS2A 4DMNA 2F8SA 1LWFA 1TKXA 2GUIA 4YFUA 4FLUA 4DFKA 3LALA 1SL2A 1TV6A 2QKKA 3QEPA 1QQCA 4J2AA 1NJWA 2G8WA 3OYEA 4ELTA 4CHOA 4CIGA 2F96A 3OYLA 4FLVA 1NKBA 3T19A 1EETA 4GMJB 4RG8A 4KAZA 3AO2A 4CIEA 1L3VA 5C42A 2IAJA 5I42A 4KTWA 3QINA 4HUFA 3MXIA 3OS1A 1RT7A 4GW6A 3PX4A 1U4BA 4KHNA 3KLFA 1RT2A 4N56A 1BQNA 1CZBA 2LSNA 1KVCA 4E0DA 2XRIA 2KZMA 2FBXA 4OVLA 3TAFA 4CE9A 4IG0A 5HROA 4ELUA 4J2EA 4DTPA 1HPZA 3SYZA 3H08A 1VSJA 3AVMA 3AO3A 2FBYA 3VQ9A 3HM9A 1TKDA 4DF8A 2ETJA 2HNDA 3C95A 3IS9A 3AVFA 1BQMA 3LP2A 3P5JA 3S9HA 1U47A 4OPJA 3OYKA 1QSYA 3PO5A 4QOZB 5HLFA 4KO0A 1SV5A 3OJSA 3TAEA 3RR8A 3KK1A 4DTNA 2YNGA 4M3ZA 3SQ2A 1XWLA 4CF2A 1RCHA 1SL1A 1HQUA 2P5OA 3MAQA 3ZT3A 3IRXA 2DTUA 5SWMA 3NF9A 4DF4A 2DFFA 1HMVA 2RF2A 3VN5A 3SQ0A 3OVNA 2VWJA 1SKRA 4CHPA 4B3OA 1JLBA 1C6VA 1DTQA 1CXQA 3EZ5A 1ZBLA 1Q9YA 1VK0A 3LPTA 3MEGA 2G8VA 3VQAA 2Y1JA 3OYCA 5HRRA 1DTTA 4DQSA 3ZT2A 5J1EA 4M3TA 3VQ7A 2NUBA 3F73A 3DLBA 1RTHA 4H8KA 3HPHA 3RR7A 1W0HA 4KFBA 1NKCA 4E1MA 4CJLA 3DLGA 2X6NA 2VWKA 1A5XA 3LAKA 3ALYA 1DLOA 2P5GA 4CJ3A 1TKZA 3V9ZA 3V9XA 4AHCA 4CJRA 1HNIA 5FROA 4CJPA 2D0AA 4AH9A 4OJRA 4B9VA 2HHUA 1VSIA 4FZXC 2P1JA 3VA3A 2HHQA 4CESA 3AA5X 3WNGA 3LP1A 2OPRA 5FRNA 5KI6A 1JLEA 1WSEA 2EHGA 3B6PA 3AVGA 4DU3A 4DSFA 4KV8A 4F2SA 4CHYA 4CJSA 3V81A 4Y1DA 4KB0A 1FKPA 1D5AA 3AVLA 1VRTA 2IOCA 3RMAA 1IKWA 2B5JA 3PUFA 1NK8A 1N6QA 1HYSA 5EU7A 4KPYA 4JLHA 2YHAA 3AVNA 1RDBA 1C0UA 4LY7A 3ZSRA 4DTXA 2PY5A 4FJ9A 1KSPA 4F4KA 4E7JA 1VSDA 4RW7A 1JLAA 1WN7A 1TVRA 3PV8A 3PX6A 3QETA 1TL3A 3QNOA 4I7FA 4O5BA 3HP6A 4B9LA 4CEBA 4DTJA 1UOCA 3KKSA 3SV4A 4H4MA 3V1QA 4CGFA 1X9MA 2OYQA 3AA4A 1O1WA 3KLGA 4CHQA 2XY8A 5HRNA 5J2PA 2HHWA 3LWMA 3CM5A 3OYNA 4CCHA 1VSMA 4CHZA 1QSSA 1B92A 4I2QA 3RMCA 3SNNA 2JLEA 1I3AA 3VQ6A 4CF1A 4GVMA 3ZCMA 1REVA 1BL3A 1KVBA 2XY7A 1LWCA 3VQ8A 4JRQA 1G15A 3OYBA 2BE2A 3VQQA 5HP1A 4ZTFA 4NYNA 4CJFA 4O0JA 1ZBFA 3OYJA 2B4JA 4DWIA 1JKHA 3M8PA 3HT3A 4Z4GA 4QAGA 3WNEA 4FJMA 3DOKA 3NF8A 2YHBA 3LZJA 4O55A 4AILC 4CEOA 3ISNC 3O3HA 3BDPA 2KFNA 2HVHA 4BWJA 4C8KA 4ID5A 4LH5A 4Z0UA 1U48A 2KFZA 4E89A 3PX0A 3P83D 5KTQA 3AO1A 1UA1A 1S1TA 3SI6A 4WE1A 4EZ6A 4C8OA 4K8XA 4O44A 1YTUA 2RN2A 4M3RA 1CXUA 1A5VA 3AVJA 3NGZA 1UA0A 3ASMA 5CZ2A 4F3OA 1BIZA 4CGIA 4AHRA 2OA8A 1KVAA 5KRSA 1X9WA 4FK4A 2IGIA 3OY9A 3ULDA 1ZYQA 3DLKA 1NK5A 4IG3A 3MEDA 1FKOA 4B08A 3I0RA 4FZYA 1BI4A 3VQPA 1NK6A 2ZD1A 1S1VA 2WOMA 1BGXT 3RWUA 1L5UA 3QESA 1L3TA 3OYHA 3EYZA 4FLWA 2RKIA 5KRTA 4CEZA 1EP4A 4G1QA 5KGXA 3M8SA 4CJ5A 1L3SA 2KW4A 3VQBA 3E01A 1EX4A 1NK9A 4CGJA 2DFEA 4DQPA 2QKBA 3QEIA 3QLHA 3O3FA 1QE1A 4DTSA 3WNFA 4EP5A 1TK0A 3SV3A 3AA3A 4KHYA 2VG6A 1S1UA 4I2PA 1BCMA 3F9KA 4LD0A 3K59A 4Z4CA 4DS4A 3NGYA 4FJ7A 4AHUA 2GV9A 4RW4A 3TWHA 4DSIA 2HHXA 4FW1A 1T05A 4DTOA 2BGGA 3MXJA 4KHWA 1RTJA 1WLJA 2A1RA 4OLAA 1X9SA 3SPZA 3A2FA 3RMDA 3L2QA 1T03A 1RT1A 3QIOA 3U3YA 1J9AA 5C25A 4CJ4A 3TAQA 5E41A 3I0SA 4KTZA 4LH4A 4N76A 3AA2A 4CJWA 2R7YA 1RBSA 2Z1JA 4CFDA 3ZSXA 3PY8A 4E7LA 3NAEA 3KK2A 5J2MA 4TSXA 3T1AA 4F2RA 1B9FA 3ZSYA 4B9MA 1FK9A 3OS0A 1HQEA 1JXBA 4L8RB 5J2QA 4E1NA 1YT3A 3RTVA 4NCBA 3VQ4A 4DLGA 1Z25A 3OYGA 2Z1GA 3FFIA 3QO9A 2HHSA 3V6DA 4CFAA 3T3FA 1UAXA 1KFSA 3CYMA 4CF0A 2OZMA 4Z4FA 4CK3A 4BDYA 3ITHA 4DQIA 2OPPA 1RTIA 4EP4A 4W5TA 3JYTA 4KKOA 1SL0A 2W42A 1IKYA 3SCXA 4BACA 1VSFA 1QS4A 2WONA 3OYFA 1S9EA 3NGIA 1C1CA 2PYLA 3TI0A 3HXMA 3L2UA 1IH7A 3K2PA 3QIPA 2QXFA 2BDPA 4HVJA 3QEVA 5C24A 1SKSA 4KRFA 1KCFA 3OYIA 1LW2A 1FXXA 4FJ5A 4CJVA 1NK4A 1CZ9A 2KQ2A 1S1WA 2HNYA 4DQQA 4ELVA 2AJQA 2D5RA 3QERA 5JS1A 3HYFA 4RW9A 1TAUA 1WSJA 1VSEA 4IFVA 3LANA 2Y1IA 4HUEA 1BCOA 3S3MA 4FK0A 1HNVA 4DSKA 1C0TA 1GOBA 4KHQA 5FRMA 5I3UA 3MXMA 3HL8A 4CEDA 3HPOA 4DU4A 3AVHA 3DM2A 5HRPA 3G10A 4FCYA 1NK7A 4KI6A 4IKFA 1S1XA 4MQ3A 1L3UA 4CEAA 1WSIA 4M3UA 1VSKA 4PQUA 2YV0X 3HO1A 3TAMA 4QCLA 4M3YA 3C6TA 2O4GA 3AVCA 1EXQA 3ZT4A 3ZSVA 3DYAA 4AHSA 3KLEA 4Q0BA 4Y1CA 4JRPA 3HP9A 3QNNA 1QHTA 3LZIA 4DSJA 4FJGA 5CYQA 3V9SA 3ZT1A 3VA0A 4BWMA 3QEWA 2PYJA 4KB1A 3VQDA 4FJIA 2XHBA 1J5OA 4FW2A 4I9QA 3MECA 3HVTA 1ITGA 4J2BA 4W5NA 3NH2A 3TANA 3OYMA 4CJTA 3LPUA 1JLCA 1BIUA 1B9DA 3O3GA 2YNFA 1NOYA 2HW3A 2F8TA 3LP0A 2O4IA 3G0ZA 4B9UA 4DU1A 1RBRA 4DFPA 1JL2A 3JSMA 4FJNA 4LSNA 4C8LA 2DY4A 2IC3A 1VSHA 1GOCA 4H4OA 4E19A 4IBNA 3OS2A 3AO5A 1D8YA 4FLZA 1RBTA 4CGDA 2HMIA 3U6FA 3HJFA 1RT6A 3L3VA 3I8DA 3NFAA 1TKTA 1WSGA 3L2RA 4HUGA 4PUOA 3L8BA 1RT4A 1GOAA 4AHTA 2G8IA 4E3SA 1S9GA 3CQ8A 4UQGA 1WAFA 1T8EA 1QTMA 3CFRA 5DK5A 1IKVA 1RT5A 5T7BA 4FXDA 1S6PA 3HVRA 2E4LA 4B8AB 2IDOA 3CFPA 1RILA 1XHZA 3VQCA 3PO4A 3IG1A 1BI4B 3AO4A 1Q8IA 5J2NA 4FJHA 3BGRA 1RNHA 3ZSQA 5SZTA 3RRHA 4K8ZA 4W5QA 2Z1IA 4HTUA 3V9UA 4KI4A 4IDKA 1UWBA 4RW6A 4M41A 3TARA 3L2WA 3VQEA 3LAMA 4FJXA 1HRHA 3DRRA 1K6YA 1Z26A 1IO2A 1VRUA 2FC0A 4E7HA 1C1AA 2HNZA 3AV9A 1ZBHA 1RBVA 1RDCA 1YTAA 2KTQA 1LWEA 4FM2A 3RRGA 3IAYA 1YVUA 3P1GA 4HCCA 1ASVA 4CK2A 1ZBUA 3ZSWA 4E7IA 4FYDA 1R0AA 3DOLA 4C8MA 1TK8A 4FJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WNSA 1WAJA 1BOTO 3SMSA 1S6QA 1MDUB 5AQTA 1WSFA 4ID1A 1VSLA 1RDAA 3TR8A 5BPLA 1DGKN 1JXEA 1ZBIA 4F3TA 2OZSA 4FZZA 1U2VB 4N41A 5CHIA 2P51A 4KH5A 1BHLA 3MN5A 1EWRA 3G4SN 4DFMA 2IIRA 1KFDA 2Q3SA 4ISEA 4FLYA 1Y97A 1XHXA 1QVFM 1QQMA 3KJVA 3M8RA 3KVGA 4N47A 5CZ1A 2XY5A 4NXMK 3CC2N 1RDWX 3S3NA 4B9TA 2NLXA 5AZIA 3J81O 4FLTA 3SZ2A 4A5BA 1GLBG 2E6LA 3OJUA 3OW2M 4N5SA 3OTOK 1HNWK 4KHSA 4NB4A 4EZ9A 2HHTA 2E2NA 1K8KB 4CHNA 4DLEA 4O0IA 1T6DA 3THWB 3HTVA 2G8FA 3PSFA 4M7YA 5TKYA 3RMBA 4IJNA 4JAXA 1C1BA 4CJEA 4BDZA 2QWNA 1U45A 4W5RA 1YXQA 1JL1A 3SBTA 1MWMA 2G8UA 2X74A 1HJOA 3ZT0A 1X1PA 3P31A 1KTQA 1LV5A 3S3OA 1RT3A 4DTMA 3NBPA 2OANA 2VG5A 3J7ZO 2O8BA 3DLHA 3FGUA 3SQ4A 4M63C 1CZAN 3MN7A 4DSLA 3SAHA 1N5YA 3O4QA 4DTUA 1BISA 2A1SA 2WUSA 4BRPA 2YHXA 3AAQA 4CEQA 1C0GA 4CGGA 2CH5A 4O4GA 2HB5A 3CI5A 2I5JA 4DV7K 2P9LB 4W5OA 1EKEA 2ZE2A 1RBUA 4HHTA 2E6MA 3O4NA 4JKDA 3E1YA 1KC8O 3F2KA 1NKEA 3Q7CA 5AR0A 4B9QA 4BDPA 2GX9A 1KLMA 2HBKA 1KRPA 1JLQA 5DMRA 5HBMA 4BRMA 4FJ8A 2D0OA 3K5MA 4WQ5A 5AJ3K 4JI0K 1T3VA 1XC3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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