3KKSA

Crystal structure of catalytic core domain of biv integrase in crystal form ii
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
GSHLWQMDNTHWNKTIIWVAVETNSGLVEAQVIPEETALQVALCILQLIQRYTVLHLHSDNGPCFTAHRIENLCKYLGITKTTGIPYNPQSQGVVERAHRDLKDRLAAYQGDCETVEAALSLALVSLNKKRGGIGGHTPYEIYLESEHTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Integrase
publication title Crystal structures of catalytic core domain of BIV integrase: implications for the interaction between integrase and target DNA
pubmed doi rcsb
source organism Bovine immunodeficiency virus
total genus 47
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-11-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kksA00
3KKSA 4N47A 1S1UA 3O4NA 1RBRA 4J2EA 2P1JA 1JLEA 3PO5A 2X74A 3IS9A 3KK2A 1R0AA 1WNSA 1TV6A 4HUGA 1IKWA 1RBTA 3C6UA 4M3ZA 3ITHA 3HK2A 1TKDA 1C1CA 2VG6A 3ASMA 3G0ZA 4F3TA 2HW3A 3KLHA 3OYFA 1MU2A 3T19A 4DU1A 3B6PA 1RTHA 3QNNA 4GMJB 3I8DA 1RTDA 3NH1A 4TSXA 4BACA 3V9UA 1JL2A 1I39A 1Z25A 3FFIA 3HL8A 3ZT4A 4ZTFA 1D8YA 4DQIA 4KTWA 4DTMA 3BDPA 4KV8A 3M8PA 1XI1A 4E3SA 4Z4IA 3TAGA 3SV4A 3QEPA 1JLQA 3TAEA 2EHGA 2Q3SA 4FJ7A 1A5XA 4RW7A 3V9WA 3DLRA 4H8KA 2FBTA 4CFAA 3NF7A 2HHTA 2ZE2A 3L2RA 1T05A 1X9MA 3HPHA 3P83D 4NYNA 1BISA 2P5OA 1S1XA 5T7BA 1QE1A 1RT5A 1Y97A 4DMNA 2JGUA 4FK0A 3HO1A 1XC9A 4DTUA 4CF9A 2R7YA 4QOZB 3SQ1A 3D45A 4E7LA 3OYKA 2Z1JA 4GW6A 1J53A 1RILA 5J2PA 1S1VA 3AA2A 3LP2A 1RBUA 4B8CA 3HP6A 3K58A 4HTUA 3I0SA 3OJUA 1QS4A 4DU3A 2FBVA 1KVCA 4CJ5A 4AILC 4W5TA 4DWIA 1RDDA 1TL3A 4CFCA 3PY8A 3VQ7A 1YTUA 1TKZA 1KRPA 4I9QA 3AO3A 3VA0A 3ZT3A 1RT6A 2OPPA 3OYCA 3NGIA 5FDLA 1B92A 1TKXA 3DRSA 2HNDA 3IG1A 3V4IA 4I7FA 3MEDA 2G8WA 1EETA 3DLBA 4KPYA 4DLGA 3RTVA 4OPJA 1LV5A 4CEFA 4FXDA 3TAFA 5EU7A 1RDAA 3RRHA 4B9VA 2XY7A 1HRHA 1N5YA 2WONA 1NJYA 4JLHA 2Z1IA 4BWJA 5KGXA 3H08A 4NYFA 2VWKA 3RMBA 2YKNA 2D0AA 2RF2A 3G10A 4H4MA 4CHNA 3C94A 4EZ6A 5D3GA 1BQMA 3PX4A 4DTRA 2IS3A 3TWHA 2OZSA 3SJJA 1XHZA 4FJKA 1WLJA 3SUQA 3KLGA 3CG7A 1FXXA 1TGOA 1WN7A 4CGGA 1SKRA 1Q9YA 1VSMA 4CFBA 4DS5A 2EX3A 4CJQA 3NF6A 4HCCA 5DMRA 3OS1A 4KFBA 3VQEA 2E6LA 2BANA 4ELTA 3HVRA 4K8XA 1LW2A 2WOMA 2DTUA 4IDKA 3PUFA 2GV9A 1VSIA 3ZSXA 1WSFA 4ID5A 4CF0A 2FBXA 4CFDA 3NF8A 4E19A 3S3NA 1NKEA 3VQ6A 4AHVA 4B3OA 4CGJA 2HHSA 2W42A 1KSPA 4KB0A 4W5NA 4LSNA 3HT3A 4Z4GA 1G15A 3AO5A 4FW1A 1UAXA 1L3UA 1BGXT 3AV9A 2G8IA 2YNFA 3NDKA 4BE2A 2LSNA 1VRTA 1W0HA 3HXMA 1BI4B 3T3FA 2DFEA 3TI0A 1U48A 3NHGA 1U4BA 3QEIA 1NKBA 3ZSVA 4O0JA 4CEEA 4CK2A 4OVLA 3QESA 1UA0A 1KLMA 1ZBUA 3VQ8A 4N5SA 1J9AA 3TANA 4ZHRA 1ZBLA 1IKVA 4CHZA 4IKFA 1VSHA 3OY9A 4BE1A 2OA8A 3LPUA 1VSLA 2X6NA 3CFRA 2HVHA 4BDZA 1QTMA 4CHYA 5HRNA 3EYZA 1K6YA 3AO1A 1T03A 4FLUA 1EP4A 4HHTA 4N56A 3DOKA 3VQ9A 3A2FA 3OYDA 3SYZA 1RTJA 3DLGA 4CJWA 4QAGA 3KLEA 3QEWA 5HROA 1NK7A 4KTQA 3CYMA 3ZSRA 1XHXA 3HPGA 1T7PA 1CZ9A 5K14A 4AHRA 1NK6A 3HP9A 4FLYA 3M8SA 1RBSA 3RWUA 3THVA 4K8ZA 3HPOA 2PY5A 4O55A 2HHUA 3TR8A 1NK8A 3PO4A 4FJ5A 3ZSZA 1HJRA 1LAVA 4CJTA 3ISNC 4RG8A 4RW9A 4CJKA 3JSMA 4JRPA 5KRSA 1CLQA 1TVRA 4KHUA 5FRMA 2GUIA 3NE6A 4PWDA 2AJQA 3OYJA 3OYNA 2G8UA 2QK9A 3SUPA 1EKEA 3DRRA 2OPQA 4C8OA 1TK0A 3K5OA 3QEVA 5HP1A 4FK4A 3WNHA 2VG5A 4FM0A 2HVIA 3V1QA 3ZSYA 4DQPA 3F9KA 1HPZA 3DMJA 3NF9A 1Q9XA 2DY4A 4KHSA 1SL0A 3E01A 3WNGA 3HJFA 4W5OA 1O1WA 4Z0UA 2YKMA 3OYGA 1HYZA 3LWLA 4CERA 4OLAA 1SV5A 1EXQA 1RCHA 4DQRA 4FW2A 2BGGA 4E7IA 2QKBA 4FM2A 4IFVA 1BCOA 2NUBA 1B9FA 3MAQA 3MXMA 3CM6A 3OYAA 4CEAA 4B9MA 3CM5A 3K2PA 3ULDA 4DTPA 1KVBA 4I9LA 3LAMA 3OS2A 3I0RA 1WAJA 1VSKA 1U47A 4KI4A 1F21A 5J1EA 4G1QA 4CHOA 3AVGA 1SL1A 3QO9A 4ZTJA 1TK5A 4F4KA 3K5LA 3SV3A 4DTJA 1HMVA 1KCFA 2E4LA 2KW4A 4CJLA 5HRPA 4DQSA 3HVTA 3LDSA 5J2QA 3RMAA 1X9WA 1DLOA 1DTQA 1QSSA 4CEQA 5FRNA 3VQ5A 5CYMA 2ZQBA 1WSGA 3OYLA 4CGDA 4YNQA 4FJJA 1JLCA 4C8NA 4FJLA 3AO2A 4H4OA 4FCYA 3K5NA 3DRPA 4FZZA 2B4JA 3QINA 3SQ2A 1IO2A 1S9GA 4LY7A 3VA3A 3DLHA 1WSEA 4FJMA 1WSHA 2D0BA 3QERA 2I5JA 4E89A 4CCHA 3V6DA 1L3TA 2IAJA 1WSIA 2QXFA 4DSJA 4FJ9A 2HHQA 4C8LA 4CJEA 1JLAA 1VK0A 1KFSA 1A5WA 4DFJA 2X78A 3AVFA 4JS5A 4DQQA 1SUQA 1D9DA 4YFUA 4OKEA 1D9FA 4J2AA 4F2RA 3U6FA 1Q8IA 3DM2A 4PQUA 1RTIA 4B9UA 2ETJA 4AHUA 3LZIA 4HVJA 4N76A 4M3UA 1FKOA 1S1TA 1ZBIA 3SQ4A 1GOAA 2YHAA 3LANA 3VQBA 5KRTA 1TL1A 1XWLA 4OJRA 4DS4A 2JLEA 1CZBA 3SZ2A 3S9HA 1SKWA 4CE9A 1HYSA 3AVJA 4CF1A 4E1MA 4DF4A 1UOCA 3SNNA 1GOCA 4Q0BA 1B9DA 4ICLA 3NGYA 1LW0A 3T1AA 4BDYA 4DLEA 2D0CA 1U49A 2G8FA 4CEOA 4AH9A 2Z1HA 4F2SA 3ZT0A 4DTSA 3TABA 4M3XA 3V9XA 4Y1DA 3QNOA 1JLGA 4DTOA 5I3UA 4OLBA 4CJPA 4DSLA 1JXEA 3O3FA 3TARA 4CJ3A 1NK0A 4B9NA 4LSLA 1KVAA 3LP1A 3KD1E 4FJIA 1I3AA 1ASWA 1RT2A 5HBMA 2RPIA 5JS2A 4CJUA 1BHLA 2GBZA 2XO7A 3V9ZA 4B9TA 1BIZA 4FZXC 3SCXA 3AVLA 4B9LA 1FKPA 4FLXA 3BGRA 1BIUA 1HNIA 3M8QA 5CYQA 4J2DA 5DK5A 4CEBA 3KJVA 4CECA 2P51A 3NH2A 1TKTA 1WSJA 4BE0A 3VQQA 3O3HA 2HHVA 1REVA 2KZMA 4DSKA 3C95A 2IDOA 4WE1A 3K59A 3OS0A 2KTQA 3KLIA 1SKSA 4M3WA 3NBPA 2DFHA 2A1RA 1LWFA 2OZMA 3LWMA 1IKYA 4M45A 3RR8A 2YHBA 1LWCA 5HRSA 1QQCA 3QIPA 4M3RA 2HNYA 5I42A 1RDCA 2KQ2A 1C1BA 4Y1CA 3V1RA 3O4QA 4CF2A 3OJSA 4M3YA 1LAWA 3SPYA 5C42A 2PZSA 4Z4FA 3ZT1A 1CXUA 1QHTA 1IKXA 4NCGA 3AA5X 1BL3A 4CGHA 3TAMA 3L2UA 3F73A 3PX0A 3O3GA 2HMIA 1YVUA 4KHNA 2XY5A 3ALYA 2PYJA 4B8AB 1YT3A 2ZD1A 3MEGA 3V1OA 4CK3A 1T8EA 4DTNA 4MQ3A 4CIEA 4CHQA 1TAQA 3AVAA 3VQ4A 2FC0A 1S6QA 4CIGA 3KLFA 2BE2A 4DG1A 4DF8A 3WNEA 1X9SA 1NJXA 4PA1A 3VN5A 3ZSOA 5HRRA 1L3SA 1S5JA 3EY1A 3ZCMA 2E6MA 2O4IA 3ZSQA 4CJRA 4Z4HA 4B08A 3DLKA 2DFFA 1IG9A 4W5RA 3AVBA 2G8VA 4F8RA 2G8KA 5SWMA 3D0PA 4IFYA 2HB5A 4KRFA 4ID1A 3VQAA 2OPSA 3MXJA 4NCAA 3AVMA 4O5BA 5J2NA 4FJ8A 4XIUA 4FJNA 5KGWA 4KI6A 4M41A 4M42A 1NOZA 4LH5A 4CEZA 3SUOA 5HLFA 1BQNA 1HQEA 2A1SA 3PX6A 3AO4A 4LD0A 3S3MA 4KHYA 1YTAA 1RT7A 4FLWA 4OGCA 3U3GA 1NKCA 3CFOA 4Q5VA 1C0UA 3HM9A 4KAZA 5FROA 3QIOA 4CJ4A 2F96A 4C8MA 1U45A 1NOYA 3DOLA 1EX4A 4CESA 3K57A 2O4GA 3KTQA 4CHPA 1C0MA 4RW6A 1NK5A 4PUOA 1D5AA 2Z1GA 4IG0A 4DFKA 3V9SA 3L3VA 4F3OA 3LPTA 1JKHA 4E7JA 3LZJA 1J5OA 3NH0A 1SL2A 1BI4A 4ELVA 2KFNA 2F8TA 3QLHA 4KO0A 4OKJA 1WAFA 1ITGA 4IG3A 4Z4CA 1RT4A 3S3OA 4FZYA 3TAPA 4CK1A 4IBNA 4EP5A 4HUEA 3DLEA 1J54A 1Z26A 2XRIA 1UA1A 2YNGA 4FK2A 2F8SA 2Y1IA 4KTZA 4O0IA 4CJFA 3JYTA 3HSTB 1RBVA 3AVHA 2Y1JA 1ZBHA 4GVMA 1X1PA 5C24A 3AVKA 3L2WA 3AVIA 4MFBA 3CFPA 2YNIA 4FYDA 3MECA 4EP4A 3KKRA 4DFMA 1IH7A 3P5JA 1JL1A 3CQ8A 3KK1A 1HNVA 4E7KA 4Z4EA 4DSFA 4O4GA 1JXBA 4LH4A 3VQPA 2YNHA 3LP0A 2OPRA 2IGIA 4RW8A 1ASVA 4FLZA 1GOBA 5KTQA 3L3UA 1CXQA 3L8BA 3DYAA 3QEXA 2KZZA 1RNHA 1JLBA 2YV0X 4I2QA 3RMCA 1NK4A 2D5RA 2BDPA 2KFZA 1UWBA 1DTTA 1C6VA 2XY8A 1NJZA 1W9HA 3EZ5A 4KHQA 1JLFA 3NGZA 1VSDA 2B6AA 4UQGA 3RMDA 4PY5A 1HYVA 1S6PA 3AVNA 5SZTA 4R5PA 1ASUA 3MXIA 2OYQA 4AHSA 3B6OA 4W5QA 3HYFA 3U3YA 3RRGA 4KKOA 1L3VA 1NK9A 3LP3A 2P5GA 4J2BA 3IAYA 4B9SA 3TAQA 1VSEA 1A5VA 4CJVA 3KIOA 4N41A 4I2PA 5J2MA 5CZ1A 4DSEA 4FM1A 1ZYQA 3SI6A 4CEDA 1VSJA 4DSIA 3L2QA 3NCIA 4EZ9A 3AVCA 4OGEA 3VQCA 3V81A 1KLNA 1RT3A 4FJGA 1QSYA 3IRXA 4FJXA 5E41A 3ZT2A 4E7HA 4QCLA 4CGIA 3VQDA 1LWEA 2FBYA 3MEEA 4RW4A 4BWMA 2B5JA 4FVMA 2XY6A 2PYLA 1TAUA 1C1AA 2XHBA 3DI6A 4FLVA 3SQ0A 1VRUA 2RN2A 5JS1A 5CY4A 1N6QA 3NAEA 2HHWA 1NJWA 1L5UA 3NFAA 4FLTA 3OYIA 3SPZA 1BCMA 3LAKA 1S1WA 4OPKA 1VSFA 3OYMA 3C6TA 1KFDA 3P1GA 1FK9A 4JRQA 3PV8A 3K5MA 4CIFA 4CJSA 4BDPA 3OVNA 2VWJA 4DTXA 1HQUA 2HNZA 4CF8A 2QKKA 3UIQA 3L2VA 4DU4A 3AA3A 4KB1A 3ZSWA 4KREA 2X6SA 5KI6A 4HUFA 4DFPA 1TK8A 2G8HA 3KD5E 1S9EA 1KTQA 4ELUA 1U04A 4AHTA 2ITGA 1C0TA 3WNFA 4AHCA 2RKIA 2IC3A 4CGFA 3LALA 4KHWA 1QSLA 1RDBA 2VG7A 4E1NA 4JS4A 3RR7A 4C8KA 3SUNA 4HCBA 3QETA 3M8RA 1RT1A 4O44A 4NCBA 1ZBFA 4M3TA 5CZ2A 2ATQA 3KK3A 4L8RB 4OKKA 3AA4A 3OYHA 2IOCA 4E0DA 4FJHA 2HHXA 3OYEA 5C25A 3OYBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P1JA 1Z05A 3PO5A 2X74A 1R0AA 1WNSA 4U67L 1TKDA 3WEEA 1C1CA 2VG6A 3ASMA 4KBOA 1T44A 5EXWA 4GVEA 4DU1A 1RTHA 3I8DA 1RTDA 3V9UA 1Z25A 2Q0RA 3FFIA 4DQIA 1Q18A 4DTMA 3SMSA 3TSQA 4JKEA 5AQXA 5HOOA 4BVOA 2ZM6K 3HI0A 4RW7A 3DLRA 4HWIA 4CFAA 3NF7A 4DR2K 3ENBA 2YX6A 4JI4K 4BQZA 1T05A 1BISA 1S1XA 3P4IA 1RT5A 5AQGA 4B1ZA 4CF9A 3ID8A 3OYKA 1KAXA 5AQZA 5CHIA 1NMNA 4A5BA 5EVZA 3UKRB 5J2PA 3OTOK 3CCLN 3BZKA 3K58A 3I0SA 1QQOA 1QS4A 1NLVA 4CJ5A 4AILC 3D7EO 4W5TA 1TL3A 4I9QA 3VTHA 3VPZA 2OPPA 1BOTO 3BP8A 3IG1A 3DLBA 4KPYA 3RTVA 3D2EB 3TAFA 4B9VA 1N5YA 1RDUA 5BREA 3QDKA 2Z1IA 4BREA 1W7AA 1WUAA 3ZX0A 3RMBA 2D0AA 3D2FB 1YITN 2RF2A 3G10A 4EZ6A 5D3GA 3SJJA 3KLGA 3CG7A 4LFBK 2PBDA 1GLAG 5DMRA 3OS1A 2P9IA 4YDUC 1XHZA 2FBXA 4B3OA 3S3NA 3WT0A 2BTFA 3VQ6A 2HHSA 2NRZA 4KB0A 2QW9A 3LM2A 2D1KA 2A3ZA 1Q7YO 1L3UA 3AV9A 1BI4B 1U48A 3NHGA 3QEIA 3ZSVA 4O0JA 2HMPA 3QESA 4N5SA 3TANA 4CHZA 4IKFA 1VSHA 2OA8A 1YI2N 1P8ZA 2CGLA 2HVHA 3EYZA 3AO1A 4DV2K 1M1KO 4N56A 2UU9K 4KH5A 3TSUA 3HRGA 2UYTA 1NK7A 3ZSRA 5KPRA 5AZJB 3AAQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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