3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords p15
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
4B9VA 3VQ6A 1WAFA 4CJSA 4CEZA 4DSIA 2O4GA 4AHVA 3RR8A 1Z25A 4KB0A 2F8SA 4DU4A 1BI4B 1CZBA 2XY5A 4CESA 1B92A 1ASUA 3KLFA 3AO5A 1BI4A 3DRRA 5FDLA 4CGDA 1RDBA 1IH7A 2XY8A 1JXEA 2X6SA 4CJQA 3NDKA 4AHRA 3UIQA 4CK3A 3LANA 3OYCA 1VK0A 5JS2A 1Y97A 3RTVA 1UA1A 4JRQA 3AVHA 3D0PA 3S3NA 4Z4GA 3ZT0A 4FJ8A 2W42A 4O0JA 3U3GA 4N5SA 4DSEA 3QEIA 3LP3A 1S9EA 2KTQA 3HP9A 4RW7A 4K8ZA 4KI4A 1S5JA 2FBTA 1RTJA 3ZSRA 4B8CA 4DTPA 1D9DA 5K14A 3T1AA 2KZZA 4J2AA 1VRTA 1HYSA 1BQNA 3ZSVA 4I9QA 1JL1A 2FBYA 5J2PA 3QNNA 5DK5A 1VSJA 2Z1IA 2B4JA 1VSEA 4CHQA 4IDKA 2A1SA 1JLEA 5CYQA 3DM2A 4OVLA 3VQ8A 3L3VA 4CF1A 4FK0A 4HCCA 3RMBA 2DFHA 1UOCA 2YNGA 1NKBA 1NOYA 3PX0A 2VG5A 4FK2A 4BE0A 3LAMA 3VA0A 3QINA 1EETA 3RWUA 3S3MA 1VRUA 4DFJA 2HVIA 2Y1JA 4J2BA 1EX4A 3DRSA 4IFVA 3LWLA 1VSLA 3I0RA 5CZ2A 3OYEA 5T7BA 3EZ5A 3CM6A 3RR7A 4PWDA 5CZ1A 3VQEA 5SWMA 3LDSA 4IKFA 1SKSA 1I39A 4CEEA 4CF8A 4B9NA 1TKTA 2JLEA 1VSDA 4RW4A 4FLYA 4H4OA 3HT3A 2HHSA 1WSGA 2P1JA 4DSFA 1WLJA 5C25A 5HROA 2B6AA 5E41A 1NK4A 4KAZA 1TAQA 4E19A 3CFRA 2RN2A 4ICLA 4CGIA 3LP0A 4BE1A 3FFIA 2DTUA 1HNIA 3TAQA 3QERA 2HW3A 3U6FA 1Q8IA 4CCHA 3OVNA 4UQGA 1X1PA 4KTQA 3G0ZA 5EU7A 3TAEA 3RMCA 3NHGA 4DQRA 4HUFA 1UA0A 3DLHA 2I5JA 4Z4HA 1S1WA 1ASVA 3KKRA 4N41A 4PUOA 2JGUA 4W5TA 3DMJA 2QKKA 4E7LA 1GOCA 4OLAA 3ZSXA 3NBPA 4BWJA 4Q5VA 1C1BA 4CJTA 3VQDA 3NH1A 3PUFA 1U47A 1HRHA 3KK1A 4B9LA 3F73A 5J2NA 3HL8A 4KKOA 1W0HA 4CEQA 3OYHA 1NJYA 1LWCA 2G8HA 3LP1A 4CFCA 1WN7A 1IKWA 1RBSA 4KO0A 4DF8A 3SQ1A 1BIZA 1JLGA 4FJNA 3OJSA 3QESA 4KB1A 4MFBA 3AA5X 3DOLA 3RMDA 4ZTFA 3K5NA 2ZE2A 1C0UA 3L3UA 1XHXA 4O5BA 4ELUA 4LH5A 3V1RA 1SL2A 2DY4A 3ZT1A 3F9KA 1LAVA 5KI6A 2OZSA 2OZMA 1FXXA 2GUIA 1RILA 3TAFA 3KLIA 3VQCA 3KIOA 3HVRA 4DQQA 1TKDA 2HHWA 3VQ7A 4W5NA 2HNYA 1K6YA 1NK0A 4CGJA 4KPYA 4E7KA 4CERA 3V6DA 1XHZA 3NE6A 2Z1GA 4FK4A 3HO1A 5HBMA 2VWJA 1JLCA 2XO7A 4JRPA 4FLUA 3TAGA 3ASMA 2GV9A 4I2QA 1NK5A 1BL3A 4M41A 3HPGA 4OGEA 3QIPA 4KREA 1D8YA 1RT6A 3THVA 1J54A 2Z1JA 1KFDA 4FJ9A 4FM1A 3V1QA 4DG1A 1RDCA 2A1RA 1RT3A 2KW4A 4CF0A 1LWFA 1DLOA 3P5JA 4CK2A 3SPYA 3IG1A 4PA1A 3KLGA 3K5LA 5J2MA 1WSHA 3AV9A 3AA2A 4F2RA 1JL2A 4OPJA 4CEFA 4O44A 2IGIA 4HUEA 1J53A 4AHSA 1RT1A 4FM2A 2HVHA 4I7FA 4FJXA 4CHNA 1BHLA 1DTQA 2LSNA 4KI6A 1TKXA 4NCGA 4OKJA 3DOKA 3AVFA 1RT7A 1C1AA 4B3OA 1EXQA 4CEAA 2Z1HA 1RDDA 3TR8A 4XIUA 2HB5A 3NCIA 3OYLA 4QCLA 1RTHA 4BDYA 4OGCA 2Y1IA 2WOMA 4OKKA 3V9ZA 3QETA 4F2SA 3KJVA 3U3YA 4M3WA 3NFAA 4FJ5A 4JS5A 4DTSA 2HHTA 4EZ6A 3V9WA 3OYAA 1QQCA 4GW6A 4Y1DA 3MXMA 1TKZA 5SZTA 2HNDA 3K58A 1KLNA 3DI6A 3KLHA 3V9SA 3M8SA 2G8FA 3AVNA 3OYDA 4DSJA 2R7YA 1IKXA 2FBXA 3NGZA 4CEDA 2WONA 3SJJA 1QSLA 1VSIA 3DLKA 2E4LA 3A2FA 4I2PA 4CE9A 4OPKA 4EZ9A 2VG6A 1A5WA 1WSFA 3NGYA 1W9HA 1WNSA 3T19A 3PO5A 1JLFA 4F8RA 1NJZA 1NJWA 2G8WA 2OPRA 2YKMA 3D45A 3OS0A 4DTXA 1LW2A 4DQSA 3VQAA 1NKEA 4FJIA 4CEBA 1RBRA 4FZZA 1CXQA 1C0MA 1FKPA 3QEPA 1T03A 4HVJA 1ITGA 2ZD1A 3S9HA 1F21A 1RTIA 1IKVA 2KFZA 3ITHA 3DLEA 4QAGA 1BCMA 3ZT2A 4FCYA 1HYZA 1QE1A 1RTDA 2BGGA 3O3FA 3L2QA 3C6TA 5FRNA 1KVBA 2PYJA 4W5QA 4B8AB 3HP6A 3V9XA 1FKOA 3B6OA 1ZBFA 1HPZA 4CIEA 2HMIA 4NCBA 3ZCMA 3VN5A 4DTNA 4KHYA 3MEEA 4RW6A 1TK5A 4Q0BA 1BCOA 1REVA 4KHWA 3ULDA 4CGFA 3SYZA 1U4BA 1SKWA 1D9FA 3AA4A 4DTRA 1U45A 3IAYA 3OY9A 3JYTA 3RRGA 4C8NA 1KTQA 1VSKA 2HNZA 1U49A 2YHBA 1NJXA 1VSFA 3AO3A 1Q9YA 1GOAA 4O55A 3WNFA 5J2QA 3PV8A 4J2DA 4M3ZA 3IS9A 3DRPA 4NYFA 4CJ3A 3L2VA 3H08A 3KTQA 4FYDA 2BDPA 4DS5A 1KLMA 1D5AA 1S6PA 2BE2A 1L3VA 4DTUA 3LWMA 1JXBA 5JS1A 4W5OA 1NOZA 4ZHRA 3V4IA 4JS4A 4H4MA 1TK0A 1QSYA 1KRPA 4DQIA 2BANA 1SUQA 3SUPA 2VWKA 3CQ8A 1DTTA 4DFMA 1A5VA 2P51A 4AHTA 4ID5A 3AVCA 3AVLA 1ZBUA 3BGRA 3PO4A 4KHQA 4FW1A 3AA3A 3AO2A 4RG8A 3SV3A 1L5UA 2ITGA 3O4NA 4CFDA 1QTMA 2YNFA 1ZBIA 3PY8A 2EX3A 3DLRA 5C24A 4H8KA 3AVAA 2G8KA 4M3UA 3AVGA 3QNOA 1N5YA 2IOCA 4Z4IA 1C0TA 1HJRA 4FLZA 3HK2A 1HMVA 3I0SA 1BIUA 3OYJA 4FLTA 3NF7A 1WSEA 3SV4A 2ZQBA 1LAWA 3LAKA 5FROA 4M3XA 2F8TA 1KFSA 2FC0A 1LW0A 4GVMA 4ID1A 5KGWA 4LH4A 4FM0A 2XY7A 2QKBA 1L3SA 3SCXA 1ASWA 4CFBA 3QIOA 4OKEA 1T8EA 1X9SA 2Q3SA 2HHUA 4LD0A 4DLGA 4E7IA 1RBVA 4M3YA 4E89A 3LZJA 4DS4A 2HHQA 1QS4A 1QSSA 4I9LA 1BQMA 2E6LA 2PZSA 1TV6A 4IG0A 1QHTA 2OPPA 4B08A 3LZIA 4L8RB 4M42A 1UAXA 4IFYA 4O4GA 4DU3A 3ZSZA 1S9GA 3NF6A 3SNNA 3OS2A 1ZBLA 1HQEA 3CM5A 4C8OA 2QK9A 4FJJA 1MU2A 5DMRA 2KFNA 1RNHA 3QEWA 4CHPA 3NGIA 4FVMA 2XRIA 3ZSQA 3VQPA 4CJRA 4N56A 4FJ7A 3SQ0A 3WNEA 4FW2A 3RMAA 2IAJA 4TSXA 4FZXC 3TABA 2HHXA 3TAMA 4HTUA 2RF2A 4CJ4A 4DFKA 3VA3A 1KVCA 4DFPA 2ATQA 4CIFA 3VQQA 3O4QA 1J9AA 4CHYA 2QXFA 3JSMA 1S1UA 1C1CA 3CYMA 3DYAA 5HLFA 1YT3A 4CJEA 1SV5A 3CG7A 3SUQA 3CFPA 3C94A 3HPHA 3DLBA 4E7JA 4CIGA 4E7HA 3TARA 4FLVA 1N6QA 1IG9A 3AVKA 4KHSA 1TAUA 4CFAA 2KZMA 3QEXA 4M3TA 1T05A 4HUGA 4OJRA 1VSMA 3AO1A 4IG3A 3M8RA 2X74A 3EY1A 1TK8A 1JLBA 1CZ9A 3SUOA 4N76A 5HP1A 3CFOA 1KSPA 2YNIA 1VSHA 4E3SA 3VQ4A 4LSLA 3G10A 1FK9A 3AO4A 1B9FA 3I8DA 2IDOA 4CJPA 4N47A 4E1NA 3OS1A 4IBNA 4CGHA 3ZSWA 1Z26A 2RPIA 4NYNA 4B9UA 4FZYA 1JLQA 3L8BA 3ZSOA 4BE2A 1HYVA 4LSNA 4DU1A 4AILC 4PY5A 4MQ3A 3OYKA 2NUBA 2YNHA 4QOZB 4BDPA 1SL0A 3P1GA 3NAEA 4FLXA 4HCBA 5C42A 2GBZA 1RBTA 3LALA 4DSKA 2RKIA 1IO2A 4YFUA 3PX6A 3SI6A 5HRRA 4K8XA 2D5RA 4EP5A 1TL3A 5HRNA 3C6UA 4FLWA 4O0IA 2ETJA 3V81A 5I3UA 3QEVA 3V1OA 3B6PA 4DSLA 4J2EA 1IKYA 1UWBA 4F3TA 4FJKA 2D0AA 2F96A 3HSTB 3VQ5A 4CJVA 1NKCA 2P5GA 4CJLA 1YVUA 3P83D 4W5RA 1ZBHA 4CHZA 3K2PA 2P5OA 4WE1A 4Y1CA 1NK7A 2O4IA 3NH0A 4YNQA 3L2UA 5J1EA 1EP4A 1KVAA 1WSJA 3VQ9A 3HVTA 2D0CA 4KV8A 1RDAA 1SL1A 2IC3A 4R5PA 1X9MA 4FJLA 1WSIA 4RW8A 3L2WA 4DF4A 1BGXT 4DWIA 3PX4A 5FRMA 3K5OA 3OYMA 3SQ4A 3SQ2A 3TI0A 4BACA 1T7PA 4F3OA 4KRFA 1RBUA 2YHAA 1NK6A 4CJFA 3TWHA 4KTWA 1NK9A 3K5MA 3KD1E 4KFBA 4KHNA 3L2RA 4C8LA 3OYIA 3MXIA 3OYNA 1X9WA 2IS3A 3M8PA 4ELVA 2DFFA 5HRSA 4CF9A 3KD5E 1L3TA 4Z4FA 3HYFA 4HHTA 3SPZA 3LPTA 3AVIA 4FJGA 3ZT4A 4ZTJA 3MXJA 4CF2A 4NCAA 3NH2A 3BDPA 2OPSA 5CYMA 1RT5A 3MEGA 3RRHA 3TAPA 1U48A 4FJHA 4CJ5A 4B9TA 3KK2A 1O1WA 3HJFA 3WNGA 3TANA 4DTJA 3ZT3A 1CLQA 1LV5A 1J5OA 3LPUA 4CECA 4CJUA 1NK8A 4JLHA 3VQBA 5KGXA 3IRXA 4E1MA 4KHUA 1S6QA 2OA8A 3K59A 1L3UA 4DLEA 4FXDA 2D0BA 2KQ2A 3OYFA 4PQUA 3MAQA 4CJWA 4C8MA 1RCHA 1CXUA 3O3HA 3KLEA 3KKSA 1R0AA 1YTUA 1S1TA 1S1XA 2DFEA 4CGGA 4DTMA 3EYZA 1HQUA 3ALYA 1XWLA 2B5JA 1KCFA 3M8QA 3QLHA 4F4KA 3AVMA 1S1VA 3MEDA 1I3AA 4G1QA 3KK3A 1RT4A 2VG7A 4CHOA 5KTQA 1JLAA 2XHBA 4EP4A 1BISA 1TL1A 2EHGA 2G8VA 5HRPA 1XI1A 3AVJA 1WAJA 3S3OA 1Q9XA 1LWEA 4GMJB 4CJKA 4KTZA 4AH9A 4CEOA 3OYGA 1G15A 3T3FA 2YKNA 4DMNA 1U04A 3V9UA 2G8UA 3MECA 2AJQA 1TGOA 3QO9A 4E0DA 4BWMA 4FJMA 4RW9A 5CY4A 4ELTA 3ZSYA 3E01A 4OLBA 1XC9A 3HM9A 3NF9A 4DTOA 2PY5A 3NF8A 4LY7A 3DLGA 4M3RA 4C8KA 2OYQA 4M45A 4B9SA 3OYBA 3HXMA 1TVRA 2E6MA 4B9MA 4CK1A 1EKEA 1JKHA 3K57A 4BDZA 5KRTA 3LP2A 2HHVA 3WNHA 2OPQA 1YTAA 4AHCA 2XY6A 3ISNC 1B9DA 2PYLA 2X78A 2YV0X 1C6VA 3C95A 4AHUA 2G8IA 5D3GA 3AVBA 3O3GA 3OJUA 3SZ2A 1HNVA 2X6NA 4Z4EA 3SUNA 5KRSA 1SKRA 4Z4CA 4Z0UA 5I42A 1A5XA 2FBVA 4DQPA 1ZYQA 1GOBA 3HPOA 1RT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LOTB 4CEZA 1BI4B 5GADP 1IJJA 3AO5A 4DV5K 3EEQA 3DRRA 2V51B 1RDBA 1IH7A 3NDKA 4AHRA 4KH5A 4CK3A 1VQ9N 3OA9A 1EWQA 3D0PA 4O0JA 3GBTA 3HP9A 4FWMA 4K8ZA 1RTJA 3ZSRA 4CZMA 4LF6K 5E84A 4A5BA 2HBKA 3BY5A 1VRTA 4J2AA 1BQNA 1QZ5A 2FBYA 4JD2B 5J2PA 4YOWA 3QNNA 1KQSM 3SBTA 1VSEA 4CHQA 1XQSC 5AQHA 4CF1A 2UXCK 5AZIA 2DFHA 4BG8A 4JKGA 3PX0A 2VG5A 4FK2A 1W97L 3S3MA 1VRUA 3QMLA 3MWPA 2HMPA 4IFVA 5T7BA 4PKGA 4B1UB 3RR7A 3H1VX 4CF8A 4JKFA 4RW4A 5AQKA 4FLYA 4O5FA 4UY8O 2HHSA 5C25A 3OW2M 5AQLA 2B6AA 2HOEA 1TAQA 3H6EA 2CH6A 4H0XB 3CJCA 2HHHK 1FJGK 1Q8IA 3OVNA 1X1PA 4KTQA 1YIJN 4JI3K 4HUFA 1DGKN 1GLJO 4OPHA 3KKRA 2JGUA 3DMJA 3L0QA 5M1PA 2VWBA 4Q5VA 1C1BA 4BVPA 3PUFA 3KK1A 4B9LA 4MO5A 4CEQA 1NJYA 5HOOA 4I6MB 4BGAA 3O1BA 1RBSA 4DF8A 3CCUN 5GIPA 1JLGA 4FJNA 3OJSA 3QESA 4X66K 4R79A 1NNEA 4ELUA 1XHXA 2ZF5O 2OCEA 3V1RA 3H3OB 3ID8A 5KI6A 1LAVA 3ZT1A 3LDQA 2OZSA 4WCEL 4LF5K 4BGBA 3TAFA 4JI2K 3VQCA 3CPWM 4W5NA 1NK0A 4KPYA 1ZXOA 3NVMA 3VENA 3V6DA 1XHZA 3NE6A 2Z1GA 1OVQA 4JRPA 3TAGA 3ASMA 4AQYK 3P4IA 3EL2A 1D8YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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