3LP3A

P15 hiv rnaseh domain with inhibitor mk3
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
131
structure length
131
Chain Sequence
SYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for the inhibition of RNase H activity of HIV-1 reverse transcriptase by RNase H active site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords p15
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 37
structure length 131
sequence length 131
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3lp3A00
1BCMA 1C0MA 4DSJA 4Y1DA 5CZ1A 1LWFA 3HVRA 5KGXA 4DSIA 2RN2A 3DM2A 4FLYA 3SV4A 3VQPA 3M8RA 1HYZA 3NFAA 1ITGA 3K5NA 4BE0A 4AILC 2G8FA 4JS5A 1S1WA 3DMJA 4LSLA 1VK0A 4O5BA 1RT2A 3C6TA 1J5OA 3L2WA 3THVA 1XHXA 2O4GA 3OYMA 2Z1HA 4FJ5A 4ZHRA 1TK8A 1ZBUA 2GV9A 3O3FA 3JYTA 2RF2A 4DWIA 3KD5E 3ZSVA 4GVMA 2VWKA 1Z25A 4JS4A 3PO4A 1FKOA 4CGGA 1R0AA 1L3VA 4KI6A 1KVAA 2DFFA 3B6OA 4DQPA 2HVIA 3QEIA 4DTPA 2IOCA 3VN5A 2DFEA 1RT6A 1TKZA 4KHSA 1ZBHA 4DTUA 4EP4A 3CYMA 1L3UA 3LZIA 4FJ9A 1EX4A 4DFPA 4RW8A 2PYJA 1QS4A 2OPRA 4H4OA 1U47A 3F73A 3C6UA 1KVBA 2XRIA 4Z4GA 1KTQA 4ICLA 1ZYQA 3LDSA 4DMNA 1ZBLA 1JL2A 3TAQA 1HPZA 4H4MA 3KLGA 3OYHA 3K5MA 4E3SA 3QNOA 1F21A 1JLGA 3AVJA 3ZT4A 4I9LA 1VSHA 3VQ8A 3HT3A 1QSYA 4AHCA 4N56A 1T7PA 3AV9A 4W5QA 4HUEA 1RILA 3MECA 3QO9A 2ZE2A 5J2MA 3RMDA 1QQCA 4M3UA 2QKBA 4CJQA 4CEFA 4KTZA 1Q9YA 3AA5X 1S1UA 1SL1A 2ETJA 4YFUA 1S9GA 4F2RA 3NGYA 3LAKA 5DMRA 3RTVA 1RDDA 4DTSA 3M8QA 2YKMA 4O0JA 4ZTJA 1X9MA 4B9TA 1IKXA 3A2FA 1HQUA 4OLAA 1HYSA 4IBNA 1GOBA 4HVJA 3HPOA 1DTQA 5J2NA 2PY5A 1ZBFA 4DSKA 4CEAA 3HXMA 3ULDA 4AHUA 4UQGA 3AA3A 3AVKA 5HP1A 2XY5A 4F8RA 4DSEA 4Q0BA 4M42A 4DS4A 4RW4A 1TL3A 4IG3A 4FLVA 1IKWA 4KTWA 3G10A 2FBXA 4CGDA 3TAGA 2FC0A 1FK9A 1RBVA 3C94A 4BACA 3ZSQA 1RTHA 5D3GA 4OGCA 2XY8A 3FFIA 3TR8A 4BDZA 4MQ3A 5C42A 3DLEA 4KFBA 3HP9A 3OS1A 4DTJA 4B8AB 1SUQA 1BGXT 3L2UA 1T05A 1WSFA 3KK2A 3SJJA 4KHQA 4N5SA 3HYFA 4CGHA 4AHRA 3E01A 3AVCA 3VQDA 4O0IA 1JL1A 3CFRA 1A5VA 2Z1JA 1CZBA 4M3YA 3V1OA 2Z1GA 1I39A 4F2SA 3HPGA 4CK3A 4PA1A 2G8KA 4RW6A 3ZSZA 1S1VA 4B08A 4J2BA 4FJKA 1JKHA 3WNGA 3SZ2A 4Z4FA 2JLEA 1WSIA 2E6LA 3V6DA 1JXBA 2RPIA 3NGIA 2Y1IA 2HVHA 3NH1A 3ZCMA 1RTJA 4M3ZA 3S9HA 1B9FA 3OS0A 4N47A 3NCIA 4HTUA 2PZSA 3V81A 1W9HA 1RT4A 4E7HA 3ISNC 4DTRA 1BISA 3O4NA 4B9SA 1VSIA 1WAJA 2IC3A 4MFBA 1C6VA 4XIUA 1UA1A 4FJMA 2AJQA 3TAMA 3VQ9A 3S3OA 2Z1IA 3LANA 3VA0A 2G8WA 3P83D 4N41A 3M8PA 5KGWA 3VQ5A 1NK9A 1QHTA 4KHNA 4O4GA 4E7JA 1ASUA 3NGZA 4KRFA 3H08A 4KB0A 3QESA 1WLJA 4FJJA 4C8NA 4DSFA 3HO1A 3QEVA 2YNIA 4LD0A 4CF1A 4FZYA 2XY7A 5CZ2A 1NOZA 1WSHA 3ZSXA 2G8VA 4HCCA 3HK2A 1TGOA 1TL1A 2B4JA 3HL8A 2F96A 1TV6A 4IKFA 3KIOA 5CY4A 1A5WA 1A5XA 2A1RA 4FW1A 1HYVA 4KHWA 3OS2A 4DF4A 4CEZA 1L3TA 5FROA 4CJ4A 1IG9A 1N6QA 5HBMA 2OPQA 2FBTA 3HPHA 4OVLA 3B6PA 4NCAA 3TANA 1VSFA 4Q5VA 4FLUA 2HHXA 3OYLA 3TI0A 1J54A 2PYLA 4ELVA 1Y97A 3RRGA 4FJLA 3QERA 4ID1A 4KPYA 3OYNA 4FVMA 3F9KA 4CE9A 1HQEA 3NH2A 2DTUA 1VSEA 1VSMA 4Z4HA 3OYBA 4CFAA 4DF8A 3MEDA 2IAJA 4BWJA 4W5RA 4ZTFA 2OPSA 4W5TA 3AO3A 1KRPA 1BL3A 2YNGA 3K5LA 2B6AA 3O3GA 4NYNA 1BHLA 1FKPA 1J9AA 5C24A 4J2EA 3SQ4A 4Z4EA 4DTMA 3V9SA 1S9EA 3BGRA 1S6QA 3QIPA 4RG8A 4E0DA 4WE1A 1WSGA 4CECA 3L8BA 3CQ8A 3VQ7A 4CJ3A 1RT7A 3AO2A 4CEQA 1BIZA 5JS2A 3ZT0A 1TKDA 3AA2A 4DTXA 1RTIA 1WN7A 4I2PA 1LW2A 3LP3A 4OKJA 3KK1A 1D9FA 3QLHA 2KTQA 3SCXA 1BI4A 1KLMA 4KHYA 3IAYA 4CHOA 4LH5A 1VSLA 2LSNA 3HSTB 3HP6A 1NOYA 1IKVA 4M3XA 1HNIA 2FBYA 1UA0A 4FJIA 2FBVA 3ZT1A 3KK3A 4PUOA 1X9WA 3VQ4A 4IDKA 5KRTA 1NKCA 4AHSA 2HB5A 4FJGA 2W42A 1RT3A 1TVRA 3SNNA 3K57A 4OJRA 1T03A 2D5RA 2HHVA 1BQNA 1S1TA 3LZJA 2F8TA 1JLBA 3OYEA 4W5NA 4CERA 1TK0A 3G0ZA 3CM6A 1JLFA 4HCBA 2OA8A 4CCHA 3K59A 3RMBA 4E7KA 1B9DA 3ZSOA 3PV8A 4B3OA 1SL0A 2HHQA 1QSLA 2JGUA 1NJWA 1JXEA 2YNFA 3MEEA 3V9WA 4C8KA 4FJXA 1NKBA 4J2DA 4DFMA 4PY5A 5FRNA 3HM9A 3I0RA 4DQRA 3NF8A 2KFNA 1LWCA 1REVA 2BE2A 3RR7A 2E6MA 5FRMA 4CF9A 3EZ5A 4BE1A 1U49A 3WNEA 1QSSA 4CEBA 4I9QA 1U45A 2P5OA 2OPPA 1YTUA 1RCHA 4DU1A 2NUBA 1VSDA 2IGIA 4CJSA 4E7LA 4CJEA 1NJYA 4KREA 1G15A 1YVUA 3D0PA 1VSKA 2ZD1A 2XHBA 4FM2A 1HMVA 4KAZA 3OYKA 2XY6A 3TABA 4JLHA 3SQ1A 2YHBA 1RTDA 3QEWA 4TSXA 1LWEA 1RNHA 3K5OA 2EX3A 4DFJA 3D45A 3VQAA 3V9ZA 3SPYA 3SUOA 1JLAA 4E89A 1YTAA 5HLFA 2G8UA 3DLBA 4KHUA 3IS9A 4CHQA 2X6SA 4FW2A 1VRUA 1SKRA 4FJ7A 1CXQA 1JLCA 4ID5A 4HUGA 1NJZA 3TARA 4DQQA 4Y1CA 2BANA 3OVNA 1LAVA 3PX0A 1NK8A 3L3VA 5CYMA 1NK5A 2RKIA 5J1EA 4C8OA 2QKKA 3OYAA 4CHPA 4PQUA 2P51A 2VWJA 3MXIA 3AVLA 4CJUA 3I8DA 2B5JA 3JSMA 1L3SA 3L2VA 1S6PA 4B8CA 4R5PA 1SKSA 4DU4A 3ASMA 3RMAA 2P5GA 3CFOA 1QTMA 1VRTA 3C95A 5FDLA 4DFKA 4FK4A 2HHUA 3TWHA 4CIFA 1CXUA 3NF6A 1C0UA 3PUFA 4LSNA 4CEEA 3PX6A 4CFCA 3OYJA 3O4QA 4CK1A 4GW6A 1SV5A 4EZ6A 4Z4CA 3DOKA 1WSEA 3HVTA 2YV0X 3NH0A 2GBZA 4CEOA 1RBSA 3BDPA 3AVGA 3ZSRA 3M8SA 5I3UA 4CFBA 2KQ2A 1EP4A 4QAGA 3RMCA 1J53A 3OYCA 2VG5A 3VQEA 2Y1JA 4G1QA 2BDPA 4OLBA 2ZQBA 5KI6A 1UAXA 4CJWA 3CM5A 5HRSA 4CFDA 3LWLA 5J2QA 1X9SA 1RDCA 1D8YA 2F8SA 3V4IA 3DLKA 3QEPA 3RRHA 3TAEA 4F4KA 4CJVA 4DQIA 2DY4A 4O55A 4CF2A 3AA4A 3T1AA 1LAWA 3NF7A 5HRPA 3VA3A 3OYDA 1KFSA 1T8EA 3KTQA 4DLGA 2QK9A 1WNSA 4CJTA 5KTQA 3SI6A 4M41A 1U48A 3MEGA 3HJFA 4E19A 3TAPA 4LH4A 3NAEA 3T19A 4L8RB 3OYFA 3OYGA 1JLQA 5HRRA 1N5YA 3LWMA 4LY7A 4FJNA 3ZT3A 4QOZB 2A1SA 5HRNA 2ATQA 1IO2A 3U3GA 3V1RA 1IKYA 1RT5A 3DI6A 3L2QA 4DTNA 4FXDA 4FM1A 1KSPA 4B9MA 1K6YA 3MXMA 4NYFA 3RR8A 3VQ6A 4CJRA 2KZMA 3K58A 3NE6A 3SUNA 4IG0A 4N76A 1SL2A 1RBUA 3DOLA 4E1NA 1XWLA 4FLZA 3AVIA 3KKRA 4IFVA 1LV5A 2HHWA 2KZZA 1BIUA 4M45A 1C0TA 5C25A 1YT3A 4NCGA 3NHGA 3OJUA 1TAQA 3VQCA 3AVHA 4FLXA 4CGFA 3AO4A 1TK5A 2WONA 2X6NA 1NK4A 1XC9A 3IG1A 4JRPA 2X74A 1TKXA 4OPJA 4CJKA 3T3FA 4IFYA 4I2QA 1DLOA 3SQ0A 4PWDA 3VQBA 4ELUA 4BE2A 1Q8IA 1D5AA 1U04A 1B92A 2HNDA 4HHTA 4F3OA 1JLEA 2HHSA 2YNHA 3AO5A 2O4IA 2D0AA 3CG7A 2HNZA 2VG7A 3AO1A 1RDAA 4ELTA 2I5JA 5HROA 3DLGA 4DS5A 1KLNA 1O1WA 2X78A 3AVAA 1NJXA 1NK6A 4KI4A 4CHNA 1I3AA 4BDYA 1XI1A 4CGIA 2G8HA 4F3TA 4B9VA 3RWUA 2Q3SA 4DG1A 2IS3A 5SZTA 3KLFA 1GOAA 4FZZA 4FYDA 4M3WA 3KLEA 2HNYA 3KD1E 4GMJB 1GOCA 3MAQA 4CF8A 4J2AA 3DRPA 4B9LA 3NF9A 4O44A 3EY1A 4DTOA 1ZBIA 3KKSA 4I7FA 1VSJA 1TAUA 2KW4A 2VG6A 3OYIA 2D0BA 4OKEA 1XHZA 1Q9XA 3DYAA 1BI4B 3P5JA 4W5OA 3NBPA 5CYQA 2HMIA 4KKOA 3S3MA 3QINA 4FK2A 4K8XA 4BDPA 4Z4IA 2HHTA 2HW3A 3CFPA 4BWMA 5SWMA 3SPZA 3LP0A 4RW9A 3SV3A 3I0SA 4FZXC 4YNQA 5K14A 2YKNA 4OKKA 3LPTA 3S3NA 1WAFA 4DLEA 1CZ9A 3AVFA 5I42A 4CJLA 4DU3A 3ALYA 1EKEA 4KTQA 4FLWA 4RW7A 4H8KA 4B9NA 2OYQA 4CIGA 2P1JA 4K8ZA 3PX4A 3ZSWA 2E4LA 3EYZA 4FCYA 1ASVA 1ASWA 1EETA 3SUQA 5JS1A 5EU7A 3LPUA 3KJVA 2G8IA 1UOCA 5DK5A 1C1BA 3L3UA 1C1CA 1RBRA 3V9XA 4FK0A 3V1QA 1Z26A 3K2PA 3OJSA 2R7YA 3AVBA 3DRRA 5E41A 1S1XA 4CJ5A 3KLHA 3DLHA 4EZ9A 4AHVA 4CHYA 2OZMA 4Z0UA 3V9UA 3QETA 4FJ8A 4FM0A 1C1AA 4E7IA 3IRXA 3PY8A 1KVCA 3QNNA 2D0CA 4M3TA 3QIOA 2YHAA 1RBTA 1WSJA 1CLQA 1RDBA 4EP5A 4DSLA 4CHZA 4OGEA 1IH7A 1QE1A 3LALA 3L2RA 3ZT2A 4E1MA 3LP2A 2XO7A 3NDKA 3AVNA 1LW0A 5T7BA 1KCFA 1MU2A 3KLIA 1W0HA 1HRHA 1U4BA 3TAFA 2DFHA 3ZSYA 4AH9A 3AVMA 2IDOA 1TKTA 2EHGA 3VQQA 4KB1A 1NK7A 2QXFA 4FLTA 1NKEA 4NCBA 1HNVA 4CIEA 1L5UA 4AHTA 3QEXA 3WNFA 3U6FA 4HUFA 1D9DA 1HJRA 4KO0A 4DQSA 4OPKA 3MXJA 4JRQA 3LP1A 4CESA 4CJFA 3SQ2A 1NK0A 1FXXA 3ITHA 3PO5A 1EXQA 4C8LA 2KFZA 3UIQA 3DRSA 4QCLA 2WOMA 3U3YA 3OY9A 2BGGA 3WNHA 1X1PA 3SYZA 3SUPA 5KRSA 3LAMA 1RT1A 2OZSA 1S5JA 1SKWA 4CF0A 1DTTA 4M3RA 4CJPA 1KFDA 4B9UA 1BQMA 2ITGA 4KV8A 3DLRA 3O3HA 1UWBA 2GUIA 4CGJA 1BCOA 4CK2A 5J2PA 4C8MA 4FJHA 4CEDA 3P1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BCMA 4Y1DA 4BRDA 4JAXA 1NGBA 2RN2A 1ITGA 3FZKA 3CCJN 1S1WA 4A61A 5EXWA 1VK0A 4O5BA 3Q7BA 1J5OA 2UXCK 4FJ5A 4BG9A 1ZBUA 4JI8K 4DWIA 3KD5E 4C1NI 4JS4A 3THWA 3PO4A 1L3VA 1VQLN 3C65A 2DFEA 1ZBHA 4JKGA 4EP4A 4YOXA 3PIOL 3QFPA 1HLUA 4MO4A 1U47A 2XRIA 1K8AO 5GADP 4ICLA 1IV0A 3LDSA 3TAQA 3OYHA 4E3SA 2V7ZA 3L0QA 2A40A 4I9LA 1QSYA 3VQ8A 3VEOA 2CGJA 1RILA 3MECA 4CZGA 1QQCA 4JKFA 2HBLA 3O9RA 1YI2N 3O5BA 2ETJA 4B3TK 2FXUA 1HYSA 5E26A 3HPOA 1DTQA 2E2QA 3CD6N 1HPMA 3HXMA 3ULDA 2HBMA 2WC9A 3L4QA 5HP1A 2O8CB 3G4SN 4IG3A 3WEEA 3E9PA 4CGDA 2DPNA 4K25A 2FC0A 1FK9A 4DB3A 1YJ9N 5D3GA 1JCEA 3LM2A 2XY8A 3FFIA 4BDZA 3IFRA 5C42A 4KFBA 4BY9C 3BZCA 1J5EK 3NMUA 3L2UA 1BGXT 1T05A 3KK2A 5AQVA 3E01A 3AVCA 3CFRA 2Z1JA 3VMFB 4M3YA 2Z1GA 4CK3A 3RVCA 1VHXA 3V6DA 2RPIA 4YDUC 2A6AA 4PHTX 3I33A 1QQOA 3RSEB 3S9HA 3NCIA 1HNZK 4MO5A 4DV7K 4LC9B 4E7HA 4DTRA 3LDPA 1IBKK 4IDHA 1D4XA 4BRIA 3TPQA 3S3OA 2QI2A 3GOIA 4DV6K 2G8WA 3M8PA 3H3NO 3VQ5A 4BR0A 5B8HA 3T1HK 5JLHA 3NGZA 4KRFA 1EWRA 4C8NA 3O6WA 3QEVA 2ZJRL 3H1QA 2P9KA 2G8VA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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