3NF6A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf6A00
2G8FA 4DTJA 3KIOA 1BIUA 1QSLA 3QEXA 4O4GA 3I0RA 4O44A 1I39A 3VQDA 4CGDA 3OYDA 2AJQA 2B5JA 4BE1A 1BISA 4E7IA 2HVHA 2R7YA 3AVBA 2DFHA 3ITHA 3CFRA 1D9DA 1NJWA 1Z26A 4M45A 5FDLA 1NK9A 5HRNA 2BDPA 1KCFA 3ZCMA 4CJ4A 3SQ1A 4KAZA 1KRPA 4Z4EA 3AV9A 3LPTA 4BDPA 3KLIA 4M3ZA 1T03A 2Z1GA 2HNYA 3G0ZA 1EETA 4BDYA 2WOMA 1JLCA 3OYHA 3OYBA 2EHGA 3HPOA 1NKCA 4E1MA 2ITGA 4FLWA 3V1QA 4DU4A 1NKEA 2OPRA 2RN2A 5CZ1A 2Y1JA 3PV8A 3L2QA 3TANA 4O5BA 4KHQA 4CFDA 3KK2A 1RNHA 3CYMA 2D0BA 3QEIA 3M8PA 1ASUA 1JKHA 3VN5A 3F9KA 4E89A 4DSLA 4AH9A 2BE2A 2ZD1A 1CZ9A 3KLHA 3V81A 3AVFA 3A2FA 4CJKA 4PA1A 1TKTA 2XY5A 1JL1A 4ZHRA 3WNHA 1HNIA 1RBUA 2YNHA 4FLVA 4CJSA 3VA0A 1L3TA 4E19A 3C95A 4J2DA 4I9QA 3LAKA 3ASMA 4Y1DA 3OYCA 3RMBA 3LDSA 4CIEA 3AVHA 1T7PA 2P5OA 1D8YA 4FM2A 4AHCA 3B6OA 4K8XA 4N41A 1TK0A 1SKRA 1B9FA 3SQ4A 3H08A 1BGXT 1JXEA 4YFUA 4W5QA 3QEVA 2OZMA 4E1NA 4GW6A 2E6LA 4J2AA 4DQQA 3ZSRA 1NK5A 4CCHA 3ALYA 1NK6A 4E7LA 1QTMA 1TV6A 2P5GA 3VQ6A 2HHUA 3TI0A 3SI6A 4CEAA 3HYFA 5HLFA 3AVKA 3LAMA 2FC0A 4DG1A 1UAXA 1B92A 3NF7A 5J1EA 4C8MA 3L2VA 1RTJA 3OYIA 4B9UA 4HCBA 4B8CA 2HVIA 2W42A 2YKNA 4YNQA 4DU1A 2KZMA 2P51A 3MXMA 3HVTA 4RW9A 4KI4A 3O4QA 4CHPA 1WNSA 1WAFA 1VSEA 2RPIA 2X6NA 3KLFA 4DMNA 3AO3A 3QESA 1JLFA 2FBVA 3HM9A 1HQEA 5E41A 3LZIA 4FCYA 4HVJA 4JS5A 2HHSA 1UWBA 4CJFA 4RW6A 2X6SA 4O0IA 3SPZA 3C6TA 1RT7A 4KHYA 1K6YA 4J2EA 4FJKA 4OLBA 2E6MA 2DTUA 1BI4B 2YNIA 1LWCA 3BDPA 2O4IA 2Z1HA 3D45A 3TAMA 3UIQA 4FJNA 4M3WA 5C25A 3P83D 1ZYQA 4E7KA 4CEBA 4KFBA 4CGFA 2YKMA 3CM5A 3O4NA 4TSXA 4CJPA 1D5AA 4DTUA 1JLAA 5SWMA 4PQUA 4M3TA 1HJRA 5KGWA 4BDZA 5D3GA 2HHTA 3T1AA 1C1AA 3WNEA 1C1BA 3IAYA 3CM6A 4DTPA 3P1GA 4DFMA 3MEEA 3C6UA 4IDKA 3TR8A 4DFKA 4DTOA 1EXQA 1KVAA 4H8KA 2OZSA 4HCCA 3S9HA 5J2PA 4FJ7A 4FLXA 4ELUA 4JRPA 3THVA 4M41A 4KKOA 1EX4A 4DF4A 2KFNA 3CG7A 4AHUA 2QXFA 2B4JA 4H4OA 4AHSA 5HRSA 4LY7A 1FXXA 1RDCA 1VSIA 3O3HA 1SV5A 4EZ6A 4Y1CA 1MU2A 2VG5A 4F2SA 1TK8A 4FJXA 1L3VA 4CESA 3KD1E 4LH5A 3DM2A 3MXIA 4FJ8A 1T8EA 3OYGA 4CJRA 5DMRA 1WSIA 1C1CA 3HL8A 3PX6A 3DLRA 4CJEA 1KFSA 5FRNA 4CHQA 1LW2A 3SQ2A 1JLEA 1GOAA 4F3TA 3AO2A 3SUQA 1GOBA 1IKVA 3DI6A 4KB1A 3KJVA 3SUPA 1F21A 4H4MA 1WAJA 4KTZA 3L2WA 3TAFA 3MEDA 2PYLA 1HMVA 4CGHA 4I7FA 4FJHA 4CERA 5C24A 1J53A 4DWIA 2VG7A 2Q3SA 3SPYA 2WONA 1YVUA 1J9AA 4CECA 4M42A 4FZZA 1RT1A 3VQBA 1C6VA 1BQNA 2FBXA 1KVCA 1O1WA 3IS9A 3VQAA 1FKOA 3PUFA 4NYNA 4I2QA 3BGRA 1J54A 5KRSA 2F96A 3QEWA 1T05A 3OVNA 3K5NA 1RBSA 4DSFA 1VSLA 3FFIA 2GV9A 3NBPA 3DLBA 4CF8A 4CF1A 4DQIA 4IKFA 1CXUA 3DYAA 3MECA 2D0CA 3K5OA 5CYQA 3T19A 1X9WA 4B9MA 2G8IA 2YHBA 3ISNC 4F2RA 3ZSYA 3DOLA 4CEEA 3PO5A 1YTUA 4M3UA 1VRTA 3TARA 3OYEA 1TKZA 4FK2A 4FVMA 1KLNA 1TAUA 4DSIA 3EYZA 4FW1A 3SUOA 3AVIA 1Q8IA 5I42A 3S3NA 4KTWA 1BIZA 4PY5A 3NDKA 4OPJA 1ZBLA 3OS0A 2A1RA 4CJLA 3HXMA 3SV4A 4R5PA 1HQUA 2HMIA 4E0DA 4CGJA 3QERA 2HHVA 3M8SA 3ZSWA 4CF9A 3SUNA 3MAQA 5HROA 1U48A 3ZT3A 3ZT1A 2KQ2A 4KPYA 3NAEA 3O3FA 1QQCA 3V9WA 2QK9A 3LP0A 4RW7A 3RMDA 1KVBA 4XIUA 1Y97A 2HHWA 1FK9A 3QETA 5EU7A 2B6AA 2KFZA 1ZBHA 1VSMA 1I3AA 5JS2A 3LWLA 3MEGA 4KREA 3RWUA 2P1JA 1JLQA 1SUQA 3QIPA 1TGOA 3V9UA 4B9SA 4F3OA 3KKSA 4O55A 1L3SA 2RF2A 3SYZA 3AA4A 4LSNA 3NH0A 3NH1A 4DQSA 4DSJA 3IRXA 3ZT0A 3VQEA 1RBTA 1BHLA 3O3GA 3KK1A 3RMAA 4ZTFA 2OPQA 3C94A 1BL3A 2E4LA 3LZJA 3ULDA 3QNOA 4IFVA 1CLQA 1D9FA 2EX3A 1U45A 4BACA 3PX0A 4FK0A 1TVRA 3ZT2A 3F73A 4FM0A 1NK7A 3VQ5A 4HUGA 2O4GA 3V4IA 3OYLA 3WNFA 3KTQA 1EKEA 3IG1A 4CGGA 4HHTA 3HPHA 3V9SA 3V9XA 1RTIA 3DRRA 4FJIA 1S6QA 5FROA 3VQ9A 2F8SA 2KZZA 3E01A 3U3GA 5HBMA 4OJRA 3I8DA 1IKWA 4DLEA 4DS4A 4EZ9A 1VSHA 4W5NA 1L3UA 1KTQA 1TAQA 2KTQA 1X1PA 4Q0BA 3OYNA 4FW2A 1DTTA 4KB0A 4LD0A 4KV8A 4PUOA 2FBYA 1A5WA 4IFYA 1RCHA 1C0MA 4OGEA 4B8AB 2XO7A 3G10A 3V9ZA 5HP1A 3AO4A 3OYJA 4IG0A 4AHRA 4KHWA 4QCLA 4NCBA 4EP5A 3LP3A 4ELVA 1S9EA 4AHTA 1LAWA 2DFEA 2G8HA 4M3YA 2DY4A 1WSJA 4CK1A 1EP4A 4DQPA 1RDDA 2X78A 2HNDA 2XHBA 1Q9YA 1RDBA 2PYJA 4WE1A 5HRRA 4GMJB 3TABA 4CF2A 3V1OA 4AILC 3SNNA 5T7BA 3PO4A 1C0TA 1RTDA 4FXDA 4FJMA 4W5TA 1X9SA 1TKDA 3QIOA 3LALA 3TAGA 4JRQA 4C8OA 1JXBA 1NK8A 2D5RA 2HNZA 4Z4IA 4M3RA 3AVJA 1S1WA 3DLGA 1FKPA 4I2PA 3JYTA 1NOYA 4HUEA 4N47A 3VA3A 3V6DA 2F8TA 4B08A 4DTSA 4ID5A 4KHUA 4CHYA 3KK3A 4B9NA 2ETJA 1Z25A 2VG6A 5K14A 4L8RB 4Z4FA 5FRMA 4FLTA 1ASVA 1XHXA 4FYDA 3HPGA 2HHXA 4E7JA 4CEDA 3AA2A 1XWLA 3AVMA 4MQ3A 3LPUA 2HB5A 4JS4A 1S6PA 1WSFA 1SL1A 3DRPA 3AVAA 4C8KA 3M8RA 3JSMA 3SQ0A 3KLEA 1VRUA 1CZBA 5SZTA 4KTQA 4B9VA 3NH2A 4KI6A 4B9LA 1LW0A 4CEQA 4CIFA 3NF9A 5CYMA 3SZ2A 3AO5A 1UOCA 2IGIA 1X9MA 3DRSA 1U04A 3AVNA 4FJLA 1KLMA 1VSJA 3AVCA 4OKKA 1IKYA 3K57A 1RDAA 4CGIA 1HPZA 5DK5A 1REVA 4DF8A 3VQQA 3AVGA 2XRIA 3NF8A 4RW8A 5KI6A 4CFCA 3CQ8A 1SL2A 4RG8A 4E7HA 3NCIA 3RRHA 4C8LA 3SV3A 4FZYA 1W0HA 1N5YA 3KLGA 2DFFA 3CFOA 4F8RA 1ZBIA 4CK2A 4OPKA 3HP9A 1QE1A 4FLZA 1NK4A 2PY5A 2OPPA 4JLHA 1YTAA 4OLAA 4DTXA 1B9DA 4N76A 4BWJA 5KTQA 2I5JA 1R0AA 4QOZB 3NGZA 2Y1IA 1S5JA 1W9HA 4DTMA 3HK2A 2BGGA 5CY4A 2BANA 1BCMA 2Z1JA 3DOKA 3K2PA 3HSTB 1SL0A 1DTQA 1TL1A 4RW4A 2XY6A 3VQ4A 2G8UA 3K5LA 1RBVA 2LSNA 4CEFA 2Z1IA 3M8QA 3NGYA 4CHZA 3EZ5A 1N6QA 4I9LA 3PX4A 2YHAA 4KRFA 1WSHA 4BE2A 1JLBA 1JLGA 4DTRA 1NKBA 2QKBA 3DLHA 2IC3A 3KD5E 4NYFA 1RBRA 3NGIA 1Q9XA 4DFJA 3QO9A 1YT3A 1BCOA 2ATQA 3T3FA 4KHNA 4DLGA 2G8VA 1WN7A 3NHGA 3TAEA 2GUIA 2VWKA 4CIGA 3B6PA 3ZSQA 1WLJA 2FBTA 3I0SA 4CJ3A 1HRHA 4N5SA 3WNGA 1KSPA 4BE0A 1TK5A 1ZBUA 2XY7A 3K58A 1IH7A 4B9TA 5JS1A 3QLHA 1HYVA 4AHVA 2NUBA 1LWFA 3VQCA 4CE9A 3L3UA 4Z4CA 4CEZA 3QNNA 2OPSA 3EY1A 3OJSA 3AA3A 4CK3A 2KW4A 1LAVA 3TAPA 1LWEA 2A1SA 3U3YA 2YV0X 3LP2A 3NE6A 1RT3A 3HO1A 3AA5X 4MFBA 3DLEA 3VQ7A 4DSEA 3SCXA 4CF0A 4CJVA 4ICLA 1QHTA 1GOCA 4LH4A 4Z4HA 4G1QA 4ID1A 4IG3A 3AVLA 4W5RA 4HUFA 4FM1A 5C42A 5J2NA 4BWMA 4OKEA 1U47A 2ZE2A 1WSGA 3P5JA 2YNFA 4UQGA 4KHSA 1XC9A 1NJZA 4FJ5A 2RKIA 3L2RA 1S1TA 1VSDA 3NF6A 4QAGA 3OS1A 4CFAA 3RR8A 4OVLA 2IAJA 4M3XA 1IO2A 3ZSXA 1RT2A 4CHNA 3SJJA 1IG9A 4ZTJA 3PY8A 2YNGA 4W5OA 3QEPA 2XY8A 1HYSA 1VSKA 3OYKA 4K8ZA 4E3SA 3CFPA 3RR7A 3VQPA 1U49A 3V1RA 1ZBFA 2PZSA 3OYAA 1XHZA 4LSLA 3VQ8A 4CHOA 1RILA 2JGUA 1KFDA 4Z4GA 3L8BA 1S9GA 4CJ5A 4FLYA 4J2BA 4O0JA 2ZQBA 3KKRA 3HVRA 1NJXA 5KRTA 2OA8A 3DMJA 3LANA 4OGCA 1RTHA 3ZSZA 2IDOA 3RTVA 1QSYA 2G8WA 3OS2A 3RMCA 4DS5A 1BI4A 3S3OA 1G15A 4Z0UA 3OYMA 1S1UA 2IOCA 4DSKA 2GBZA 3U6FA 4FJ9A 2HW3A 1LV5A 1ASWA 3ZSOA 1RT5A 4FZXC 4CFBA 3OY9A 4FJGA 1A5XA 1VK0A 1WSEA 1C0UA 2D0AA 3S3MA 4HTUA 2X74A 1CXQA 2OYQA 5I3UA 4IBNA 1S1VA 3AO1A 1TL3A 4OKJA 1TKXA 3LP1A 1SKSA 4DQRA 4Q5VA 4DTNA 4CJTA 4CJUA 1NK0A 1BQMA 1SKWA 1RT4A 2QKKA 3ZT4A 3NFAA 4CJQA 2VWJA 5CZ2A 1NOZA 3L3VA 4DU3A 1VSFA 5J2QA 4ELTA 4C8NA 4CJWA 3OJUA 1UA0A 1HNVA 4DFPA 3HP6A 4NCGA 1XI1A 4F4KA 1U4BA 2JLEA 3QINA 4GVMA 5HRPA 1L5UA 2G8KA 1QSSA 4CEOA 4EP4A 3HJFA 5KGXA 4PWDA 3TWHA 5J2MA 2HHQA 4B3OA 4FLUA 1IKXA 3MXJA 1A5VA 3HT3A 4NCAA 3ZSVA 1HYZA 1S1XA 3K59A 1JL2A 4N56A 1QS4A 3TAQA 1UA1A 3L2UA 1DLOA 4FK4A 1ITGA 3DLKA 4FJJA 1RT6A 2IS3A 3OYFA 3K5MA 4KO0A 1NJYA 3RRGA 3LWMA 1J5OA 3D0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HUXA 3VEOA 1GLDG 3AGRA 1QSLA 1SS6A 2HVHA 2DFHA 4K0KK 5FDLA 2UXCK 1KCFA 2BUPA 3SQ1A 2HBLA 5M1KA 4DV6K 3CERA 2Z1GA 4BDYA 2E2PA 3OYBA 1NKCA 4FLWA 3V1QA 2VQFK 4KHQA 3KK2A 3QEIA 3M8PA 3JS6A 1JKHA 3VN5A 1HPMA 1Z05A 2ZD1A 3SBTA 1XQSC 1XUPO 4WF9L 4PA1A 3WNHA 4CZHA 4FLVA 1GLBG 4E19A 4LC9B 3T69A 4Y1DA 3FLCO 1D8YA 4AHCA 3H08A 4YFUA 3S41A 2E6LA 4CJ7A 4DQQA 4CCHA 5JMVA 3R8EA 3TI0A 3EO3A 3OYIA 2W42A 3O80A 3HVTA 4KI4A 1WAFA 2RPIA 3CXCM 3AO3A 3QESA 1JLFA 4BRLA 1DGKN 4JS5A 4CD3A 4O0IA 2X6SA 4KHYA 3C6TA 1RT7A 4OLBA 3J80O 3NVKA 4DHYA 4E7KA 4TSXA 4CJPA 4X65K 1OVYA 4M3TA 4CZKA 3CCVN 2IIRA 3FE1A 3LDPA 4WFNL 3T1AA 1NU0A 3VEYA 3CM6A 1RGIA 3C6UA 4IDKA 5HL7L 3PIPL 1K73O 1KVAA 4H8KA 3S9HA 4FJ7A 3THYA 3THWB 4IWVA 3ENHA 4KKOA 1YJWN 1K8KA 3CG7A 2QXFA 2B4JA 2P9LB 3O3HA 2HBKA 1MU2A 1XNRK 4F2SA 4FJXA 3I8BA 3RVCA 3ZEUA 3DLRA 1KFSA 4CHQA 1JLEA 2O8CA 1IKVA 1N36K 4H4MA 3TAFA 3GG4A 3G71N 3WXJA 3ZX3A 2Q3SA 2WONA 3MN6A 2GUPA 1J9AA 2CH5A 3SLCA 4FZZA 1O1WA 4NYNA 4I2QA 2W40A 2F96A 4DSFA 1RBSA 3FFIA 4DQIA 3NBPA 4CF8A 3MECA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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