3NF7A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf7A00
2RKIA 4KFBA 1C6VA 2HNDA 3LP2A 2KFNA 2XO7A 4JS5A 1O1WA 1RCHA 4O0JA 1VSLA 3OYEA 3K58A 1NJYA 3V9ZA 4AHRA 4E7IA 1QHTA 1C0MA 1TAUA 3NAEA 4JS4A 1YTAA 1U47A 4UQGA 1L3VA 4OLBA 2G8HA 4PQUA 1S9EA 4RW6A 3OYHA 3V1RA 3T19A 5C25A 3MXMA 3K5MA 1QTMA 4O5BA 1BCMA 2ZE2A 1I3AA 2XRIA 3TABA 1WSHA 4K8ZA 1ZBLA 4I9QA 4AHUA 1XHXA 3QIPA 4E7JA 4HCBA 4PUOA 1RBUA 3ZSWA 4M3WA 4NCAA 1REVA 3V81A 1TL1A 3G0ZA 3PX0A 4J2EA 1J53A 4KHYA 4DFJA 3DLRA 4FJKA 4LH4A 2EX3A 3TR8A 3OS1A 3K2PA 3KIOA 3OYMA 1ASWA 4I2PA 4I7FA 3QINA 2HHUA 3C95A 1KCFA 1HQUA 4ELVA 1T7PA 1JLCA 1RT6A 4CFCA 1UWBA 3K5NA 4HUGA 2YNGA 3NGYA 1TK8A 1C1AA 1KSPA 1JLBA 2OPQA 3MEGA 4IFVA 1RBVA 3I8DA 1IG9A 4B9VA 1HYSA 3KKSA 3QO9A 1VRTA 4ELUA 5KI6A 3NH1A 4O44A 4FM2A 1SL0A 3SUPA 4Q0BA 4CEOA 3L2QA 4KB0A 3AO5A 4EZ9A 4CGDA 1KFSA 2OPRA 3OVNA 1WSEA 3OYBA 2F8SA 3L2VA 4DQIA 4CJFA 4R5PA 5D3GA 4CESA 2QKBA 2KFZA 3KLFA 2YNHA 4AHVA 1L3SA 4FJXA 1RDBA 4F3TA 3HP6A 3DMJA 4CJKA 2VG7A 4FK0A 1KVCA 3EZ5A 4ICLA 4DTNA 1UA1A 1LV5A 3DOLA 3SJJA 3U3GA 4Z4EA 3SQ1A 3RR8A 3VQAA 4OKKA 4CEAA 2D0AA 4B9MA 4CGIA 4H4OA 2R7YA 1RTIA 4CJLA 3SI6A 3L2UA 3ZSOA 3U3YA 2GV9A 4FJ7A 2LSNA 4FM1A 3ISNC 1LW2A 1VSEA 3NDKA 4DTUA 4CK2A 5SZTA 2W42A 1IKXA 3C94A 4CEQA 1KVAA 3KK3A 4CK3A 4QOZB 4W5TA 4C8KA 3AVLA 3VQPA 2XY5A 3QLHA 3CFRA 4KHWA 1U48A 4RW7A 1IKYA 1NJXA 4FVMA 4K8XA 4M3XA 1VSJA 2HB5A 3L2RA 3QETA 5HRSA 1SL1A 1SL2A 4OKEA 2RN2A 4J2AA 3NBPA 3SQ4A 4FK4A 3KLIA 2IAJA 4IG0A 5T7BA 4DSJA 4M3TA 3AVGA 2X6NA 4CHQA 3MEEA 3DRSA 4DQPA 4FJ8A 4CERA 4B9UA 1JXEA 3TANA 4ZTFA 1RT2A 5FDLA 1VK0A 1SV5A 4E7KA 3AA4A 3QEVA 1L5UA 4FW2A 3HK2A 1YT3A 3DLGA 2G8WA 3DYAA 2OYQA 4B9TA 1NK7A 4W5OA 2FBVA 3NHGA 4CECA 3OYJA 4FLXA 1JLAA 3OYGA 4E7LA 4DS5A 4FJNA 1WAJA 3VQCA 4FJJA 3L3VA 1UAXA 1Z26A 4CJ5A 2YV0X 2HVIA 4F2RA 3V9XA 2YKMA 4HCCA 4BE0A 1RTDA 3IRXA 4DQQA 2VG6A 4CFDA 3AVMA 2G8VA 2BDPA 4BACA 4DSKA 1WNSA 4KB1A 3ALYA 2JLEA 3O4QA 3AO4A 4QCLA 4IFYA 4I2QA 3AVAA 2QXFA 3OY9A 4DMNA 4LH5A 1ASVA 1ZBUA 4YNQA 1L3UA 1Q8IA 1QSYA 5HRPA 1FK9A 4KHUA 1CXUA 2RPIA 3DRPA 5C42A 5KTQA 3ZCMA 5E41A 3QEIA 3SCXA 3DLHA 1J54A 5J2MA 1R0AA 4CGJA 1FXXA 4E0DA 3HL8A 4M45A 1ZYQA 2FBTA 4EP5A 3S9HA 3PO5A 4FJ5A 3BDPA 1TK5A 4CJPA 1GOCA 4KV8A 4J2DA 1RT7A 3HVRA 4DLGA 3ZSRA 4CJ4A 4DTOA 1J5OA 4C8OA 3TWHA 1EKEA 3SQ2A 3PV8A 3RRHA 2ZD1A 3QESA 4E89A 1C1BA 4WE1A 3NF6A 4OPJA 1X9MA 2Y1JA 4DSEA 1RDDA 4N56A 5DK5A 4Y1DA 4CGGA 1RNHA 1VSDA 4L8RB 3AA5X 1RT5A 3MXJA 2OA8A 4Z4HA 2X78A 4PA1A 4C8MA 1X9WA 2XY6A 3ULDA 3AO2A 4HUFA 1TAQA 4HHTA 1TKDA 3LPUA 4EZ6A 2ETJA 2HMIA 3V6DA 3V1QA 4W5RA 3HM9A 4FW1A 1LW0A 5J1EA 4CF8A 2HHSA 2DTUA 4KTWA 2IGIA 4N5SA 3SPYA 2HHQA 1DLOA 2PZSA 4ZHRA 2G8IA 1NKBA 1KLMA 4MQ3A 4OJRA 1NOYA 4TSXA 3I0SA 4CF2A 5SWMA 3TAMA 4CEZA 4CHNA 4EP4A 1A5VA 5DMRA 4O0IA 1XC9A 4CJQA 3S3MA 4FLZA 5FRNA 4CGHA 1ZBFA 4C8NA 1MU2A 4HUEA 4Z4GA 4Z4FA 1S6PA 3VQ9A 1HRHA 1B92A 1Q9XA 2YNIA 2KTQA 4RW8A 3SZ2A 3HYFA 4CJRA 3ASMA 1UA0A 1NK0A 3NH2A 5HLFA 4DTSA 3NFAA 1CLQA 2IDOA 3PX6A 5CZ2A 1VSKA 3S3NA 1W0HA 3O3FA 1N6QA 3K57A 2ITGA 2X74A 2VWJA 4M3ZA 1HMVA 2BANA 5HBMA 4DTMA 1DTQA 3AA3A 4I9LA 1TKTA 3RTVA 4AHTA 4OGCA 1LWCA 1S1WA 1W9HA 5I3UA 4FZXC 2Y1IA 4CFAA 3KTQA 2FBYA 1XHZA 1ZBHA 2YHAA 3AV9A 3KJVA 2KW4A 3B6OA 3LAMA 3QEWA 3HT3A 1ZBIA 1F21A 1I39A 2WOMA 3KKRA 3K59A 3SV3A 2OZSA 4KTZA 4KHSA 3AO1A 4M41A 4OGEA 4CEDA 3DOKA 4DSLA 3RMDA 1NK8A 3O3HA 1TV6A 2XHBA 4OLAA 3LDSA 4DFPA 5CY4A 4OKJA 3CFPA 4N41A 4Z0UA 4AH9A 3PX4A 3M8PA 4AILC 2OPPA 2D0CA 4FJMA 1RTHA 3LAKA 2HHWA 3HXMA 1RBTA 4DTRA 5HP1A 1HYZA 3MECA 3HPOA 3DM2A 4DU4A 3OYLA 3CQ8A 1Q9YA 3L3UA 4FJHA 3K5LA 4LD0A 4CJVA 1B9FA 3PO4A 3HO1A 3F9KA 3M8QA 3OJUA 4M42A 1G15A 1KLNA 4KRFA 3VQ6A 4W5QA 3ZSZA 2G8FA 3I0RA 4LSLA 3ZSVA 1LWEA 4FZYA 4DTXA 5J2NA 4CIGA 1QSLA 1IO2A 4M3UA 1D8YA 1TL3A 3DI6A 3AA2A 1DTTA 2QK9A 3WNFA 4DU3A 4CJSA 1QS4A 4ID5A 4DTJA 4JRQA 3SUNA 2P5OA 3QNOA 2HW3A 1X1PA 3B6PA 2OZMA 1BISA 1S5JA 3ZSYA 4B8CA 2DFHA 5HROA 4B9LA 3UIQA 3RR7A 1IKWA 3VQDA 1JLFA 3AVNA 4DSFA 3AVHA 3RRGA 3LP0A 4CEFA 4FCYA 4CJEA 2D0BA 3EY1A 1HNVA 3NCIA 3VQ4A 2GBZA 1BL3A 1WSFA 2IS3A 3F73A 1BQNA 3QIOA 4FLTA 4O4GA 4ZTJA 4Z4IA 3NF7A 1BCOA 2NUBA 1KVBA 3LP1A 3LZIA 4DFKA 3KK1A 3HPGA 5K14A 4JRPA 4CJUA 1BI4A 2YHBA 5KGXA 2QKKA 1WSIA 4GVMA 4CF1A 4IG3A 4DLEA 1NJWA 1N5YA 3V9WA 1WLJA 2E4LA 1HJRA 4CJTA 4J2BA 1WSJA 4BWJA 1KFDA 1JXBA 2IC3A 4FK2A 4DQSA 4DG1A 4E19A 1U49A 1YTUA 1JLGA 3LPTA 4B8AB 4CEEA 3OYIA 3ZT1A 1NK4A 3QERA 1UOCA 1SUQA 1TGOA 4KO0A 4HVJA 4KHNA 4IDKA 1SKRA 2FC0A 2RF2A 3AVFA 3OYKA 3V1OA 1NKEA 5FRMA 1EXQA 1BIUA 2O4GA 2PY5A 2HHTA 3VQBA 4CJ3A 3LALA 1JLQA 1QE1A 4RW9A 4RW4A 1Y97A 3T3FA 4E7HA 3HVTA 3KLHA 1S1XA 1S1TA 3D45A 3CM5A 5J2QA 4FLVA 4PWDA 3NF9A 3PUFA 1ASUA 4BDYA 5HRRA 4CF9A 1U45A 4KI4A 2EHGA 1T8EA 3QEXA 3BGRA 1RBSA 1RTJA 1K6YA 3WNEA 4B08A 2G8KA 4F8RA 2Z1JA 1GOAA 4O55A 4CIFA 3KK2A 3V9SA 2HNZA 3ZT4A 3IAYA 1XWLA 2E6MA 1RT1A 4H8KA 5FROA 4OVLA 5EU7A 3MAQA 1D9DA 1QQCA 4BE1A 4C8LA 4NCBA 2HHXA 1J9AA 2PYJA 4DF4A 3S3OA 4GMJB 2FBXA 3RWUA 3CYMA 2KZMA 1RDCA 3OYFA 3QEPA 3KD5E 2AJQA 1ITGA 1NJZA 3ZSXA 4BDZA 4QAGA 1NK6A 3LWMA 1EX4A 3G10A 1D5AA 4CHOA 3U6FA 3P5JA 2XY8A 2D5RA 3A2FA 3MEDA 4G1QA 4GW6A 2HVHA 1BGXT 3HPHA 3ZSQA 3H08A 4M3RA 3WNGA 1SKWA 3SV4A 4E3SA 2A1RA 3HJFA 1TVRA 3V9UA 3NH0A 4JLHA 2KQ2A 3AVIA 1KRPA 3K5OA 4KAZA 1IH7A 1Z25A 4CGFA 4CHZA 3OJSA 2ATQA 3HSTB 2E6LA 1BIZA 3NF8A 3VQQA 3OYNA 3OYDA 4HTUA 3TAFA 3TAGA 4DFMA 4DWIA 1HPZA 3AVCA 3O3GA 2ZQBA 4CCHA 2DY4A 3CM6A 4IBNA 4BE2A 3HP9A 4B9SA 4F4KA 2B4JA 4FLWA 4B9NA 3RMBA 1BHLA 1RT3A 1A5WA 3LWLA 4DQRA 2Q3SA 1S1VA 1NOZA 3DRRA 2Z1GA 1EP4A 2F96A 4N47A 2JGUA 4YFUA 1VSMA 5J2PA 2IOCA 5CZ1A 4KPYA 3VQ8A 1BQMA 3OS0A 2A1SA 3PY8A 3IG1A 1C0UA 3P83D 3JYTA 3OS2A 4DS4A 2X6SA 3IS9A 3DLBA 4ELTA 1T05A 3NE6A 1TKXA 3VA0A 4DTPA 3L8BA 3OYCA 4FLUA 3V4IA 1NK5A 1JL1A 1VSHA 2P51A 4FM0A 2B6AA 2VWKA 1D9FA 1RBRA 4B3OA 4AHSA 3C6UA 3SPZA 1GOBA 1HQEA 4E1NA 3FFIA 1JKHA 1WN7A 3LZJA 2O4IA 5JS1A 1TKZA 4RG8A 3ZT0A 4CIEA 1LAVA 2G8UA 3VN5A 4KREA 3M8SA 5I42A 2WONA 4W5NA 3SQ0A 3ITHA 2I5JA 1CZBA 1CXQA 4DU1A 1HYVA 2Z1IA 1HNIA 1T03A 1XI1A 4FJGA 4ID1A 3SUQA 4KTQA 4NYNA 4Y1CA 3QNNA 4CHPA 3DLKA 1C0TA 3VQ7A 4N76A 4E1MA 4XIUA 3NGIA 1WAFA 3TARA 3C6TA 1VRUA 4CEBA 3MXIA 1JLEA 1A5XA 3T1AA 3KD1E 4FJIA 1WSGA 4NCGA 2YKNA 4F3OA 1RILA 4FZZA 4KI6A 3WNHA 5JS2A 3DLEA 3VA3A 4CE9A 4DSIA 3KLGA 3TI0A 4H4MA 5CYMA 4FJ9A 2KZZA 1LAWA 3O4NA 3TAQA 1NK9A 2VG5A 3L2WA 1JL2A 2DFEA 3AVBA 1FKPA 5C24A 3THVA 1U4BA 1QSSA 1EETA 3CG7A 3EYZA 4KKOA 1RDAA 4CJWA 2DFFA 3M8RA 2HHVA 4KHQA 1RT4A 5KGWA 3ZT3A 4BDPA 2F8TA 4BWMA 3E01A 4LSNA 4Q5VA 3RMAA 1BI4B 4FXDA 4FYDA 3VQ5A 3TAEA 1IKVA 1TK0A 3NGZA 1NKCA 1CZ9A 4CHYA 1X9SA 1SKSA 1YVUA 2OPSA 1VSFA 4Z4CA 1U04A 3JSMA 3CFOA 1B9DA 1S6QA 3ZT2A 3VQEA 4CF0A 3OYAA 3SYZA 4DF8A 4MFBA 2XY7A 3SUOA 2P5GA 4M3YA 4PY5A 5KRTA 5HRNA 3P1GA 2PYLA 3KLEA 1S1UA 3AO3A 5CYQA 1L3TA 4FLYA 3LANA 4F2SA 2BGGA 2BE2A 2P1JA 1FKOA 3SNNA 1VSIA 2HNYA 4AHCA 1C1CA 1LWFA 1S9GA 2YNFA 2Z1HA 4CFBA 4LY7A 2B5JA 4CK1A 3AVKA 3TAPA 4IKFA 1KTQA 3RMCA 3AVJA 3D0PA 4OPKA 4FJLA 5KRSA 4NYFA 3LP3A 2GUIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DUZK 3MN7A 1BUPA 1RCHA 3CC2N 1NJYA 1JCFA 3P38A 1QHTA 3VERA 4JS4A 1L3VA 3BF3A 2QTDA 1S9EA 4EFHA 3E9LA 3LM9A 5GAEP 4A2AA 4QS8A 4MO4A 3O9SA 4I9QA 1XHXA 4M3WA 1JCGA 3ZSWA 3SBGA 4BR9A 3V81A 3HOSA 1TL1A 3G0ZA 3PX0A 4LH4A 2O8FB 2EX3A 4B3MK 4I2PA 4I7FA 5AR0A 1KCFA 3DXMB 3O1WA 3QBXA 3UKRB 4B9QA 5B8HA 1UWBA 2YNGA 1C1AA 4IFVA 2OPQA 3F9MA 3LDQA 4F9OA 1HYSA 2BH1A 5KI6A 4O44A 4KBOA 1NG9A 4Q0BA 1M1KO 1FW6A 2NNWA 2UYTA 4CGDA 1KFSA 3OYBA 1WSEA 2F8SA 4CJFA 4R5PA 1NNEA 4CESA 2QKBA 2KFZA 4AHVA 4X62K 1RDBA 4BREA 4IOXA 3HP6A 2VG7A 1KVCA 1UA1A 4DTNA 4ISFA 4E1JA 3SJJA 4Z4EA 3SQ1A 3RR8A 2D0AA 1Z05A 2AA4A 1K8KA 3SI6A 3MN9A 3ZSOA 3VEXA 4FM1A 1YAGA 3ISNC 4DV0K 4DTUA 1SZ2A 2VGMA 1VQNN 3BP8A 4X64K 2W6LA 2YX6A 3E1YA 3VENA 1IKYA 2ZGYA 4M3XA 3H45C 3CCJN 1VQPN 1NMNA 4FK4A 2X6NA 4KHPK 3DRSA 4DQPA 4FJ8A 5LY3A 1JXEA 3TANA 1IV0A 1VK0A 4A59A 4E7KA 1L5UA 3QEVA 3H6EA 1YT3A 4GV3A 3NHGA 2FBVA 4FLXA 4FJNA 4DHYA 4DS5A 1WAJA 3L3VA 3OHRA 1UAXA 4ISGA 3VTHA 3V9XA 2OTJN 2YKMA 2VG6A 2E20A 4G9ZA 1WNSA 4JI5K 4IFYA 4BG8A 3OY9A 4BRHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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