3NF8A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf8A00
1ZYQA 1JLBA 4LSNA 3MAQA 3TAQA 3BDPA 4B9SA 1XHZA 2JGUA 1SKSA 4DWIA 3ALYA 1KVAA 3JSMA 1Z25A 1C0TA 4KKOA 4C8LA 4CGJA 4FLTA 1BQMA 4IFYA 4IG0A 4BE0A 4CHQA 3NCIA 1Q9YA 3THVA 1NJZA 1CZ9A 3ZCMA 1NKBA 3TAMA 4DF8A 4DSEA 3VQPA 1NK0A 2OPPA 5E41A 4JRPA 3RR7A 4Z4GA 4OKKA 4CIGA 1LAWA 3LPUA 3MEDA 1RDAA 3RWUA 5C25A 1ZBFA 4BWMA 3WNHA 4CE9A 1JXBA 4DTPA 2FBTA 3KD1E 4O0IA 3SCXA 3ASMA 4Q0BA 1C1BA 1JLAA 1RBUA 1J9AA 2D5RA 2Y1IA 1IKVA 3K5OA 3T19A 2HHXA 4G1QA 4CHZA 4CJSA 4DG1A 2E4LA 3VQBA 3P83D 3SV4A 5J2PA 3SUOA 3MXMA 2G8IA 4KHUA 3OYFA 1FKPA 4KTZA 4FM0A 3SPZA 1VRUA 3NE6A 4PA1A 4PUOA 3KJVA 2YNFA 3B6OA 4M3WA 3PUFA 1VSLA 4CIEA 1WNSA 2HVIA 4KTWA 1S9GA 4NYNA 4FJ5A 2B6AA 3AVLA 3VQ8A 5JS1A 1RT5A 2HNZA 4E1NA 3ULDA 3OYMA 3SUQA 3LPTA 4CF2A 4HUEA 3TI0A 1NK8A 4KV8A 5DK5A 1NOYA 1S1XA 4HCCA 2BE2A 3TAPA 4JRQA 4Z4FA 1RT3A 1TAQA 3VQEA 3ZT1A 3CYMA 4HUFA 1GOCA 4C8NA 4I9LA 3OYDA 1JL1A 3EY1A 4CFCA 1UA1A 4O5BA 1YTAA 4E7IA 5D3GA 4YNQA 1QSLA 3QEIA 3AO1A 3O3GA 1Q8IA 2BGGA 4GMJB 3TR8A 1S1VA 4LH4A 4B9MA 2B4JA 4B3OA 4DTNA 3LWLA 1HYSA 3IG1A 4H4OA 4FLYA 1HRHA 4XIUA 1X9MA 3C94A 4E3SA 4I9QA 4BDPA 2KFZA 4J2DA 4CJLA 3MXJA 3NBPA 1VSKA 2OPSA 1N6QA 4O0JA 3VN5A 3ZT2A 4AHCA 2VWJA 1ZBLA 4FJLA 1IKXA 1DTQA 3V1RA 4GVMA 2B5JA 3NFAA 3KIOA 4E1MA 3EYZA 4RW6A 1F21A 3ZSVA 1EETA 3AA4A 5KGWA 3AO2A 4N5SA 2EX3A 5J1EA 2OPQA 3DLGA 3QESA 2F8TA 4DQSA 4JS5A 1RTJA 1TK8A 1NJXA 1KFSA 4PY5A 1JL2A 2YKMA 1HNIA 3AVFA 5HROA 1NKCA 3NH2A 4FCYA 3DMJA 3NGIA 1K6YA 3QO9A 1TV6A 1D9DA 2XY8A 4E7KA 3LANA 2DFFA 3CFRA 3OYHA 4CHPA 4DTXA 1FXXA 4DU4A 1VSDA 2X74A 5JS2A 4FJIA 1WSGA 1KTQA 2GV9A 1RT6A 4DLGA 2X6SA 2ZD1A 2HNYA 1ITGA 3V9WA 2IAJA 3OJSA 2FC0A 2HNDA 3QNNA 1EP4A 2YKNA 4DFPA 2O4GA 4M3UA 1LWEA 1VSJA 1RTHA 4CHOA 1BGXT 4HTUA 1QQCA 4CFDA 3HPHA 3T3FA 4J2BA 2KQ2A 4YFUA 1DTTA 4CGIA 3K57A 1D9FA 2AJQA 3VQQA 3LZJA 1QHTA 4N76A 4B8CA 3BGRA 3OY9A 1RT4A 4J2EA 3T1AA 4CHYA 1T7PA 4B9UA 2O4IA 2OZSA 2KZMA 4UQGA 1BIZA 4O55A 4CF1A 4DTOA 3G10A 1RILA 4IG3A 4CJQA 1L3TA 3HPOA 1VSHA 2HHSA 4FLVA 5KTQA 1ZBUA 3SYZA 1X9WA 3O4NA 1T05A 4J2AA 4E7HA 1VSMA 4BACA 3CM6A 3RR8A 4DQIA 2RKIA 2KFNA 4DFJA 1JKHA 2RN2A 4RW4A 5DMRA 4F4KA 3SJJA 4DS4A 4DSJA 2Z1IA 1ZBHA 3G0ZA 3AO4A 4HUGA 3QNOA 1U45A 3RRHA 4LD0A 3OVNA 1G15A 3OS0A 1WN7A 4KO0A 1HQEA 4B9NA 4KTQA 1B9DA 4FM1A 1ZBIA 4GW6A 3ZSOA 1RTIA 4E19A 5KGXA 2GUIA 1SV5A 3HP9A 3M8PA 4W5RA 3VA3A 3HM9A 4KHNA 2KZZA 4CFBA 3AVAA 4CEQA 1QSSA 2PY5A 2QKKA 4H4MA 4E7LA 4Z4CA 3C6UA 3OYJA 3NAEA 4DS5A 4B8AB 2ZE2A 1T03A 4M3TA 1HJRA 2NUBA 2YHAA 4OLBA 3AVKA 4KI4A 1KLMA 2YNGA 1R0AA 1C0UA 1RBVA 4LY7A 3TABA 2HHUA 2PZSA 2OPRA 4DQPA 5C42A 3RMAA 2ETJA 1SKRA 3LP0A 1KVCA 1BCOA 4W5OA 4KREA 5HP1A 1KFDA 1UAXA 3AO3A 1FKOA 1NOZA 2HB5A 3WNGA 3SPYA 1L5UA 4B9VA 2D0CA 1REVA 4Q5VA 5CYMA 4B9LA 4K8XA 5KI6A 1B92A 5HBMA 1FK9A 1TL1A 3HO1A 3MECA 1IH7A 2A1SA 3TAGA 1NK9A 3OYKA 2QXFA 4FZZA 1VK0A 3MEEA 3ISNC 4AHTA 4CCHA 4M3ZA 5KRTA 4M3RA 3AVNA 4DU3A 4F3TA 1XHXA 1QS4A 3KLFA 4CECA 3F73A 4DQQA 4M3XA 2HHQA 1W9HA 4FZYA 4IFVA 3RMCA 3SQ4A 4CERA 3L2VA 3U3YA 3V9SA 2Z1HA 1I3AA 4E7JA 3V81A 4DMNA 2VWKA 3PV8A 3PX0A 3RTVA 3KK1A 4QOZB 4O44A 4I2QA 1NJWA 1VSIA 4KHQA 1YT3A 3O3HA 3ITHA 3UIQA 2F96A 3L3VA 3L2QA 3I0RA 3DI6A 4FLZA 1SUQA 1LV5A 3C95A 4Z4HA 1S1UA 3PX4A 1CXUA 2YNIA 4CESA 4CJTA 1J5OA 3SQ2A 1D5AA 1JLCA 1MU2A 1RBRA 4FW2A 1BIUA 1RDBA 3KK2A 2XY7A 4BDZA 1IKYA 3NF6A 3NH0A 2VG7A 2Z1GA 5SZTA 4DF4A 4FJNA 3HK2A 4KRFA 1L3SA 1B9FA 3DRRA 3PX6A 5I42A 2G8VA 4O4GA 3ZSRA 2KTQA 4BWJA 4FXDA 3S9HA 1T8EA 4EP4A 4Z4IA 3A2FA 1GOAA 4JS4A 3AVHA 3S3MA 1NK4A 3VQ9A 4AHRA 3H08A 3RMBA 1U48A 1L3VA 2OYQA 3OYGA 3OYLA 5J2MA 4RW9A 1NK5A 2P5GA 4F2RA 3OS2A 4FJ7A 4ZTJA 2HHWA 3HVTA 3M8QA 4RG8A 4CEAA 1A5WA 1VSFA 5J2NA 1HYZA 3VQCA 4CIFA 4PWDA 3IRXA 3QIPA 5FDLA 3I0SA 3ZSQA 1LAVA 3L8BA 1JLQA 2P51A 2VG5A 3V1QA 4CHNA 4N41A 4KFBA 3RMDA 3CQ8A 4KB1A 4L8RB 3AVCA 1WAJA 1U4BA 1D8YA 4C8MA 1O1WA 4ZTFA 1JXEA 1RT7A 4CEOA 4QAGA 3DLRA 1IG9A 4CFAA 3WNEA 4CGGA 4DTRA 4NCAA 1KCFA 2WONA 4NYFA 4DTSA 3TAFA 2WOMA 3TWHA 4KPYA 3DLEA 1KVBA 4CJVA 4CEEA 3HP6A 3C6TA 4MFBA 1TKTA 3F9KA 4OKJA 4CGHA 2DFEA 1IO2A 1I39A 4DFMA 3IAYA 3DRPA 4ZHRA 1VSEA 3FFIA 5SWMA 1SL0A 2DY4A 3K59A 1RT1A 3P5JA 1IKWA 2HMIA 3EZ5A 2BDPA 3OYBA 1RNHA 4CGFA 3ZT3A 3VQ6A 4CF0A 2JLEA 3HT3A 1SKWA 2ATQA 4NCGA 1LWFA 3B6PA 3KKSA 3OYNA 4B08A 3S3OA 4C8OA 4CJPA 1WSFA 1Z26A 4PQUA 2HHTA 2Q3SA 1KSPA 4CJRA 2LSNA 3VQ4A 2G8UA 3NH1A 4BDYA 1BISA 4HCBA 4Z4EA 4Y1CA 4CF9A 5EU7A 3NF9A 3WNFA 4DTMA 1U47A 2IDOA 4CJ3A 1C1AA 3DYAA 3SQ0A 1J53A 2FBXA 4CJ5A 5CZ1A 1NK7A 4KHYA 1JLEA 4CEDA 1ASUA 3ZSXA 4KB0A 3ZSZA 4BE1A 1XC9A 3DLBA 1UWBA 4E0DA 3KLGA 4TSXA 1WSJA 4WE1A 3DLHA 4W5NA 3SQ1A 2G8KA 1X1PA 3K2PA 2A1RA 3RRGA 1LW2A 1LW0A 2FBYA 3KLIA 3AVMA 1U49A 4FJXA 4B9TA 2IC3A 1Y97A 1SL1A 4FYDA 3KLEA 1WSHA 4IBNA 3OYEA 2G8WA 3QEPA 1HYVA 4OJRA 5I3UA 2QK9A 2PYLA 3L2UA 4ID1A 4FLUA 3D45A 3V4IA 4ELVA 1UA0A 1WLJA 5FRNA 4DSFA 3E01A 3AA5X 3V9ZA 3QEVA 4W5TA 3QEXA 3HJFA 3DM2A 3M8SA 4DTUA 3SI6A 4Y1DA 4CF8A 3ZSYA 2W42A 4FJ9A 1S6PA 3LP2A 3U3GA 1TGOA 4FLWA 4NCBA 2EHGA 4OLAA 2QKBA 4HVJA 2G8HA 1EX4A 3VQ5A 3O4QA 1ASVA 4ID5A 3QETA 4FVMA 2DTUA 2P5OA 1WSIA 4E89A 1S1WA 3K5LA 2OZMA 4DU1A 1C1CA 4R5PA 3OS1A 1C0MA 4FM2A 1NKEA 2VG6A 3V1OA 3VQAA 3CFOA 3LDSA 3SZ2A 4FK0A 2ZQBA 3VA0A 1N5YA 1QSYA 2RF2A 4FJJA 3LAKA 3L2RA 4DFKA 3SUPA 4IKFA 4FK2A 4M42A 4FJ8A 4RW8A 4ELUA 4C8KA 4N56A 2KW4A 2BANA 2XHBA 2YNHA 3LWMA 2XY5A 3AV9A 3OYAA 1WAFA 4QCLA 4FJMA 2D0BA 1S6QA 2HHVA 4H8KA 1BQNA 3JYTA 4FK4A 2P1JA 3NDKA 1CLQA 4LH5A 1JLGA 4DSLA 3DLKA 5KRSA 5CZ2A 4KHSA 1HQUA 3AA2A 3VQ7A 5HRSA 3HVRA 4OVLA 3OYIA 3SUNA 4CK1A 4CEBA 1ASWA 1KLNA 4LSLA 4OGCA 1S9EA 1CXQA 2OA8A 2PYJA 1HMVA 1CZBA 3HL8A 3L2WA 3NHGA 1TK0A 3K5NA 3PO5A 4FZXC 3LP3A 3L3UA 3AVGA 3OJUA 1HNVA 3OYCA 3QLHA 1KRPA 1TAUA 1HPZA 4F2SA 1RDCA 3NF7A 1RBSA 1W0HA 4DTJA 3IS9A 4ELTA 3KKRA 1RBTA 3CM5A 4CEZA 3AVBA 4DQRA 3DOKA 3NGZA 3KK3A 5J2QA 3HXMA 4OPKA 3QINA 3AVJA 1QE1A 4CJEA 3CFPA 3QEWA 2X78A 3QERA 3V9UA 3LP1A 4AHUA 3KD5E 4FW1A 1X9SA 3AVIA 1TKZA 2FBVA 1XWLA 1TKXA 3LALA 3VQDA 2XY6A 4F8RA 3HSTB 1BCMA 4EZ6A 2IOCA 4CK2A 4BE2A 3PO4A 1GOBA 4OKEA 3D0PA 3V9XA 1SL2A 4IDKA 5K14A 5HRPA 3SNNA 4KHWA 1EXQA 2X6NA 4M41A 1NJYA 2G8FA 4F3OA 4FJKA 5FROA 3ZSWA 3I8DA 2XO7A 4M3YA 4KAZA 3DOLA 3LZIA 1C6VA 1QTMA 2HW3A 3MXIA 1TL3A 3KLHA 4I2PA 3HPGA 3NF8A 4KI6A 1BHLA 3DRSA 1VRTA 5HRRA 4OGEA 1S5JA 4AH9A 4CGDA 5HRNA 1XI1A 4K8ZA 1NK6A 2F8SA 1WSEA 4RW7A 5FRMA 1RT2A 3AA3A 3K5MA 1DLOA 1J54A 3ZT4A 4EP5A 2Z1JA 3V6DA 4DSIA 2YV0X 3SV3A 4CJ4A 4FJGA 5T7BA 2D0AA 1A5VA 4CJWA 1TVRA 3LAMA 3U6FA 1TK5A 1U04A 3K58A 4FLXA 5C24A 4CJKA 4HHTA 4DLEA 4MQ3A 2YHBA 4JLHA 2R7YA 1RDDA 2IGIA 2E6MA 1TKDA 1RCHA 2HVHA 3S3NA 2XRIA 2Y1JA 4Z0UA 1JLFA 4I7FA 3PY8A 2GBZA 1BI4B 4AHVA 1Q9XA 3AO5A 5CYQA 1EKEA 2ITGA 4AILC 4W5QA 3P1GA 4CEFA 1BI4A 5HLFA 3O3FA 1A5XA 3TAEA 4DSKA 2RPIA 4OPJA 1L3UA 1RTDA 3TARA 3NGYA 4M45A 4CJUA 1LWCA 3MEGA 4EZ9A 5CY4A 4N47A 3HYFA 2I5JA 2IS3A 2E6LA 3CG7A 1S1TA 1BL3A 4FJHA 1UOCA 1YVUA 4ICLA 4CK3A 3QIOA 3ZT0A 4CJFA 3M8RA 3KTQA 1YTUA 3TANA 2DFHA 4AHSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LSNA 3TAQA 3THXB 1Z25A 5BPNA 4IFYA 3VMFB 3THVA 1CZ9A 2NNWA 2P9SA 3C6AA 2OPPA 3EE9A 3RR7A 4Z4GA 4CIGA 4B1WB 1M1KO 3RWUA 1ZBFA 3WNHA 2FBTA 1JCFA 1C1BA 1JLAA 4JI6K 3K5OA 3W3DA 5J2PA 3P83D 4ILJA 3KWIA 4X66K 4BRCA 3OYFA 4EFHA 4FM0A 3SPZA 3WQTA 3NE6A 3KJVA 4GV9A 4KH6A 3WXKA 3BZCA 2B6AA 1XQSC 2HMIA 3SUQA 3TI0A 4HCCA 4KV8A 3VGKA 3TAPA 4C23A 2A3ZA 1RT3A 1GOCA 3OYDA 1JL1A 3EY1A 4CFCA 1WB9A 5D3GA 1QHAA 1QQNA 2BGGA 3ENOA 3BF1A 3D2EA 4PKGA 5BR9A 4DTNA 2ZJPL 1HYSA 3C94A 4E3SA 3TTFA 4JN4A 4CJLA 3MXJA 1VSKA 4FOEA 3VN5A 3TU5A 3ZT2A 1ZBLA 3IMXA 4NXMK 2QI2A 3NFAA 2QWQA 3VETA 3G6EN 4PHTX 5J1EA 1S72N 2F8TA 4GKKK 2O8DA 2OTLN 1NJXA 2YKMA 3AVFA 3MDQA 1LCUA 3FFKB 1K6YA 2XY8A 3LANA 2DFFA 2IIRA 4DTXA 1VSDA 1KTQA 3J80O 2O8CB 1RT6A 5AQNA 3CQXA 2FC0A 4IZ9A 2YKNA 4DFPA 1RFQA 1VSJA 2CGLA 3FZKA 1NU0A 3K57A 2Q2RA 3VQQA 2V7ZA 3P4IA 4B8CA 3D2FB 3BGRA 4J2EA 4B9UA 4DV0K 3R6MA 1VQON 4O55A 4DV4K 2Q1NA 3G10A 4GKJK 4CJQA 4M63C 4BR0A 3HPOA 1IBMK 2HHSA 2YHXA 3KWGA 3JS6A 4J2AA 4WQ4C 1VSMA 4EAHD 4H0XB 4DQIA 2RKIA 4DFJA 5DMRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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