3NF8A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf8A00
4FJHA 2HHXA 4BWMA 3OYEA 1XI1A 2Z1GA 1W9HA 4OVLA 3CQ8A 3OYDA 3ZSVA 4M3ZA 4NYFA 3OYKA 4B9LA 3SCXA 4CECA 1O1WA 1VSEA 4E0DA 4ZHRA 2BANA 5KGWA 3DLGA 2A1RA 2GUIA 2YKNA 4M45A 4FLXA 4ZTFA 3L2QA 2HW3A 1NK7A 1Q8IA 3ZSXA 4F4KA 2E4LA 3V4IA 3ZT3A 3AVIA 2HHSA 5KRSA 4CJTA 1ZBFA 5I3UA 4DLEA 5HRNA 1UA0A 3CG7A 1U47A 4CJKA 1NJZA 5FROA 4JS5A 1C1BA 3BDPA 5J2QA 4WE1A 3G10A 4Z0UA 3HM9A 4DTSA 5J2PA 2ETJA 3RRGA 2PYLA 3CYMA 1D9DA 1KLNA 3QO9A 3OYFA 2Z1JA 4CJEA 3HT3A 3LWMA 4AH9A 4Z4FA 1Z26A 3PO4A 1EP4A 4PQUA 1WSEA 1RBRA 2HNDA 1EXQA 3AO4A 3KLIA 4RW6A 1X9MA 4J2BA 2IOCA 4CJPA 3SNNA 4FXDA 4Z4IA 3WNHA 2WOMA 3L2UA 4R5PA 3H08A 2IAJA 3EZ5A 3VQ6A 4DU3A 4QOZB 1FKOA 3SZ2A 4W5OA 3VQ8A 2RPIA 4DF8A 2KTQA 2KFNA 3QEXA 2WONA 3KIOA 4DU1A 4DTOA 3DLBA 2Z1HA 1WSGA 3L3UA 3HP6A 1NOZA 3F9KA 4EP4A 3CM6A 4HHTA 3KD1E 4PUOA 1ZBIA 4DU4A 2FBVA 3ZSWA 4RW9A 3RMAA 2KFZA 4O0IA 3U6FA 1JLAA 3SQ4A 1QS4A 4CCHA 2G8VA 3K5OA 3QEWA 3C6TA 1C0UA 4DSLA 4FZYA 3MAQA 4CJFA 4FLTA 4DTMA 1Q9XA 2OA8A 3SQ0A 3V1QA 3K5MA 4ICLA 1C6VA 1YT3A 2ZD1A 3D45A 4O55A 1FK9A 4W5QA 4DS5A 3OYHA 3VQ9A 4M42A 3VQDA 1S9EA 4ID1A 4KO0A 4E89A 2F8TA 1CZBA 3TARA 1L3UA 1RBTA 3AA2A 4IG0A 3NH2A 3O4QA 3OJSA 4HUFA 4BE0A 1QSSA 3LDSA 2D5RA 2DFHA 2XY6A 2EX3A 4CEFA 4B9SA 3RTVA 2G8IA 3V1RA 3PX6A 3T3FA 1J54A 5SWMA 3OVNA 3SPYA 4Z4GA 1BHLA 3WNFA 1RNHA 4CEAA 1XC9A 2YV0X 1JLGA 1U4BA 4BACA 5C24A 2FBXA 4DMNA 4OGCA 2BDPA 5HRSA 1CZ9A 2P5OA 2XRIA 4CESA 4CFBA 1RBUA 1BIZA 3VA3A 3TAQA 1KTQA 3LAKA 3QNNA 3DRSA 1ZBLA 3O3HA 3C6UA 1KVBA 1NKCA 1D9FA 4KHWA 2HHUA 1S5JA 1VK0A 3AVFA 5C42A 4UQGA 4FJNA 2E6MA 1XWLA 1QE1A 1REVA 3LANA 1LAWA 1JXBA 1WN7A 4YNQA 2IGIA 3VQQA 1IKWA 3M8PA 4N47A 2R7YA 4FW1A 4AHTA 1CXQA 1XHXA 3QIPA 5EU7A 3S3NA 5SZTA 4KREA 2YHAA 3NF7A 4CFAA 3VQ4A 5E41A 3PV8A 3AA4A 4KTZA 3NGYA 4FLWA 2HMIA 4B9UA 4FJ9A 3OJUA 2HVHA 4KPYA 3O4NA 4B9VA 1NJWA 1VSFA 2KW4A 3NBPA 1WSFA 4DTRA 1N6QA 1QTMA 2HVIA 1ITGA 2QK9A 1I3AA 4AHRA 3NF9A 1U04A 1NK0A 5CYMA 4CHYA 3ZSYA 4TSXA 4FK0A 1HYVA 1KRPA 1Y97A 1I39A 2YHBA 4DQPA 2G8UA 4FJMA 4RW8A 4FLUA 4F3OA 4M3WA 5CZ2A 4OLBA 3ULDA 1HRHA 1S1TA 1RT3A 4CHPA 4M3YA 3O3FA 1J53A 3MEEA 3AV9A 1TKZA 1RTDA 3QEIA 4AHSA 2HHWA 1IKYA 3HVTA 2YNFA 3TWHA 4BE1A 4CEBA 4QAGA 2RKIA 2X78A 4YFUA 1SL1A 1RDCA 1WNSA 4PA1A 5KGXA 3SI6A 4FLYA 3CFRA 4Z4CA 1TVRA 1L3SA 1KFDA 3T1AA 2QXFA 3SQ1A 2D0AA 5HRPA 1CLQA 3HVRA 2KQ2A 4KTWA 3KLHA 4E7HA 5FRMA 2IC3A 5HBMA 2G8WA 4DSJA 1HYZA 4ID5A 2PY5A 3L2VA 1WSIA 2I5JA 5JS2A 4AILC 3M8QA 2A1SA 4HCBA 4DTPA 4DFPA 1IO2A 1B9DA 1SV5A 2RF2A 2QKBA 4B8CA 3SV4A 3T19A 1BL3A 3TAEA 4F2SA 1XHZA 3AO3A 4AHCA 2GV9A 4N5SA 2DY4A 1TAUA 3DI6A 3QINA 4BWJA 2OZSA 4DLGA 1JLFA 1JL2A 3P83D 1QHTA 2VG7A 1JLCA 1UAXA 2BE2A 2ZE2A 3IRXA 3LP2A 1JXEA 3LP1A 3KK1A 3V9ZA 3S3MA 4CJSA 1MU2A 3LPTA 3HPHA 3ZT1A 1LWCA 3V9WA 1QSLA 1C1CA 4FJKA 4CJQA 1VSMA 3SUPA 1U49A 1LV5A 1WAJA 4I7FA 3THVA 1BISA 4FZZA 3HJFA 4HUGA 3MXIA 4I9LA 1TL3A 2ITGA 3DRRA 3JSMA 3JYTA 3RWUA 3AO1A 1S1VA 1UA1A 3NF8A 4FM0A 4J2AA 1NOYA 3OYJA 4IKFA 1WSJA 1RDDA 3ZT4A 1TKXA 4DSIA 5FRNA 3RMBA 3AVMA 3VQBA 3IS9A 1L3VA 1RT6A 4CF0A 1KSPA 3O3GA 3G0ZA 4CIGA 4DTXA 2BGGA 3PX0A 3K5NA 4LSNA 3KK3A 4OKKA 4FLZA 4CFCA 1SKSA 4KFBA 4OKJA 4EZ6A 3V1OA 4Q0BA 2ATQA 4GMJB 1KLMA 1ZYQA 4OJRA 4K8ZA 2W42A 1C0TA 3NF6A 3AVKA 4GVMA 4FK2A 1BCOA 1VSLA 3DOLA 1NKEA 1HJRA 4C8LA 4N41A 5HROA 1TGOA 1LAVA 2G8FA 3PY8A 3EY1A 3ALYA 4H4MA 2FBTA 3B6PA 4KTQA 1JKHA 3NH0A 3M8SA 3C94A 3LP0A 4CEZA 3TI0A 2D0CA 1J9AA 1BCMA 1RT5A 4DG1A 2B5JA 1RDBA 1JL1A 1S9GA 4OPKA 3K58A 4E7LA 2Z1IA 4KKOA 4ELVA 1RBVA 2QKKA 5C25A 1S6PA 3DRPA 4W5NA 3HP9A 4JRPA 4IFVA 2G8KA 4NYNA 2PZSA 1VSDA 3TR8A 1T8EA 4IG3A 3V6DA 2O4IA 4B9NA 4KRFA 1C1AA 3NGIA 4CF1A 4BDPA 3DLRA 4QCLA 4C8OA 4H4OA 1N5YA 2B4JA 3TAMA 1YVUA 1BI4B 3B6OA 3IG1A 4PWDA 3OS1A 1NJYA 1JLQA 3CFPA 3BGRA 2XY5A 4KHNA 4CEEA 1LWEA 2VWKA 2X74A 3E01A 3HPGA 4C8NA 3KJVA 3S9HA 4KAZA 4K8XA 3OS0A 2XO7A 3WNGA 3NHGA 4Z4EA 4LD0A 1RT1A 3TAGA 2EHGA 1LW0A 4AHUA 4O5BA 4CJ4A 2DFEA 4IFYA 4B8AB 4JLHA 2X6NA 1RTHA 1A5VA 3EYZA 1K6YA 4CJ3A 3SJJA 1IKVA 4CGFA 4C8KA 3HPOA 1WAFA 3WNEA 3HXMA 4DF4A 3RR7A 1SL2A 4CHNA 4DFJA 1TKTA 2VG6A 3ZSZA 3C95A 4KV8A 3ZT0A 4CFDA 4FJXA 3AVGA 3TAFA 4G1QA 4NCGA 1BGXT 3AVBA 2HHQA 1HMVA 4EP5A 3LWLA 4I2PA 4CK2A 4BDZA 1UOCA 1NKBA 1YTAA 1TK5A 1RBSA 3QIOA 4ELTA 1X1PA 2Y1JA 2P51A 5JS1A 4DSFA 4B9MA 4CGDA 3V9UA 4HCCA 3KLFA 3HSTB 3QLHA 4ELUA 3AVLA 1CXUA 4N56A 4NCBA 3LP3A 1T05A 1KFSA 1VSHA 3OS2A 3RMCA 1KCFA 3IAYA 2JGUA 1UWBA 4NCAA 4F2RA 1ZBHA 1JLEA 3RRHA 4LSLA 1NK9A 1DTQA 3VA0A 1F21A 2JLEA 4CJ5A 1U48A 1ZBUA 3P1GA 4FW2A 3NAEA 4FJ5A 1D5AA 4KI6A 4KI4A 3M8RA 3DLHA 3A2FA 2VWJA 1GOAA 1VRTA 4BDYA 4DQIA 4CGIA 4M3XA 4CJVA 2HNZA 5DMRA 2Q3SA 3PX4A 2HHTA 3VQEA 3NFAA 1W0HA 1KVAA 1JLBA 3V9SA 1U45A 2XY8A 4J2EA 3HK2A 1HPZA 1ASUA 4FVMA 1B92A 1LW2A 4CERA 3SUNA 4CIEA 3L3VA 4CF9A 3NE6A 3L2RA 4IDKA 3MXJA 3QEVA 3DMJA 4RW4A 3PUFA 3LAMA 3KK2A 1NK5A 4CEDA 3AO2A 3MECA 4O0JA 3VQ5A 3AO5A 1HNVA 4PY5A 4OLAA 4DQQA 3SV3A 1RCHA 2IDOA 4HVJA 4CE9A 1BI4A 4Z4HA 2DTUA 1BQMA 5HRRA 4LH5A 1TL1A 2NUBA 5FDLA 3ZSOA 4Y1DA 4DS4A 2YNGA 3SUQA 1LWFA 4OPJA 4DFKA 4E7JA 4J2DA 2OPRA 4FJLA 1VSKA 4ZTJA 1G15A 4KHUA 3KD5E 4I2QA 1TKDA 2HB5A 4B3OA 4DFMA 3MEGA 4FZXC 3FFIA 1X9SA 1A5WA 4B08A 4CF8A 4M3UA 4FYDA 2O4GA 4GW6A 1Q9YA 3P5JA 1GOCA 3ASMA 3AVNA 4E1MA 5K14A 4KB0A 4XIUA 4L8RB 3AVJA 5KI6A 4RG8A 3VQCA 4JS4A 4CJUA 2DFFA 2FBYA 1RT4A 3ITHA 3OYMA 3MEDA 3TANA 4CJLA 4CIFA 1WSHA 1GOBA 1EX4A 4HUEA 1A5XA 4DTJA 4FCYA 4KB1A 3NH1A 3L8BA 1SL0A 1DTTA 2PYJA 1NK4A 1BIUA 1VSJA 1J5OA 1SUQA 3DLKA 3OYIA 3V81A 3AVCA 1QSYA 4M3RA 5J1EA 4O4GA 1ASWA 4MQ3A 2OYQA 3KKSA 4CJRA 3I0SA 4MFBA 3ZSRA 3QERA 3F73A 4FJJA 4IBNA 3CM5A 3PO5A 2D0BA 4Y1CA 5KTQA 3ZSQA 1IG9A 2LSNA 3U3GA 3TAPA 3DOKA 5J2MA 2XHBA 3K59A 3D0PA 4AHVA 4FLVA 2P5GA 4LY7A 3DLEA 4KHQA 5T7BA 4DTUA 4E19A 2B6AA 1X9WA 4BE2A 1FKPA 4DSKA 4HTUA 3K2PA 1HQUA 3HO1A 5D3GA 4CHZA 3QNOA 2HHVA 4CHOA 3OYBA 3LZIA 3U3YA 1FXXA 1TV6A 4FJ7A 4DQSA 3SQ2A 4DWIA 4CEQA 1EKEA 1SKRA 4Q5VA 4N76A 4FJ8A 4FM1A 3OY9A 1RTIA 5KRTA 1HQEA 1RT7A 4CGHA 1L3TA 2E6LA 3SPZA 4M3TA 3TABA 1DLOA 4W5TA 4E3SA 4F8RA 1RTJA 4FJIA 3DM2A 4CK1A 2KZZA 4EZ9A 3OYLA 1TK8A 1KVCA 3LPUA 3DYAA 4CHQA 3V9XA 2Y1IA 4OKEA 3KLGA 1EETA 4DSEA 1TAQA 3HYFA 3OYCA 4FJGA 3ZT2A 3AA5X 4B9TA 1T03A 3MXMA 3ISNC 3I8DA 4KHSA 1RT2A 1IH7A 4OGEA 2F96A 2OPSA 4C8MA 5CZ1A 3NCIA 2GBZA 2OPPA 4CEOA 3KTQA 1R0AA 5CYQA 2AJQA 1VRUA 2FC0A 5HP1A 2G8HA 1T7PA 4FK4A 2HNYA 2YNHA 1NK6A 3QESA 4F3TA 4CF2A 3CFOA 1RILA 3VQPA 1C0MA 2IS3A 4CGGA 1D8YA 3RR8A 1ASVA 1S6QA 5HLFA 1RDAA 2P1JA 3OYAA 3K5LA 3UIQA 3ZCMA 3NGZA 3L2WA 3NDKA 3SUOA 4KHYA 1NK8A 2OPQA 1NJXA 2OZMA 1B9FA 4FM2A 1TK0A 5DK5A 2YKMA 3VQ7A 3VQAA 5J2NA 3SYZA 4CJWA 4W5RA 3OYNA 1WLJA 4LH4A 4O44A 1VSIA 1HNIA 5I42A 3VN5A 4RW7A 4E7IA 2ZQBA 3S3OA 1SKWA 2KZMA 2XY7A 4CK3A 1L5UA 3KLEA 2F8SA 4E1NA 1S1UA 4DQRA 4CGJA 4E7KA 3I0RA 5CY4A 4H8KA 3QETA 3AVAA 2YNIA 3LALA 4DTNA 1HYSA 1S1WA 2X6SA 1BQNA 3KKRA 3OYGA 1YTUA 3AA3A 4JRQA 3QEPA 2VG5A 1IKXA 3RMDA 3HL8A 1QQCA 2RN2A 1Z25A 3AVHA 4I9QA 4M41A 3LZJA 3K57A 1S1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BWMA 3OYEA 1XI1A 1Q18A 3CCUN 1NLVA 3OYDA 4BR0A 4M3ZA 1VSEA 4ZHRA 1IV0A 3O80A 2YKNA 4IOAL 2O8CA 3V4IA 3CJ9A 4DLEA 1HNWK 4IOCL 3THWA 1E3MA 3E66A 1C1BA 4Z0UA 3HM9A 5BREA 3RRGA 2PYLA 3CYMA 1K9MO 1D9DA 3CIPA 1Z26A 2E20A 4B3RK 3VPZA 1RBRA 3AO4A 4YY3K 1X9MA 4J2BA 4CBWA 3HBTA 4IEIA 3WNHA 3DXKB 3L2UA 3ATVA 3UKUA 2I7NA 4QOZB 3SZ2A 3K9KA 2KTQA 3VQ8A 2RPIA 4DF8A 1VQMN 4DTOA 3L3UA 1NOZA 3CM6A 1QZ5A 3P38A 5AQJA 2QWPA 1NWKA 2KFZA 1NGJA 4H5TA 3A5NC 3SQ4A 1HKCA 3CJAA 1C0UA 1M1KO 1Q9XA 1C6VA 4W5QA 2VQEK 3VQ9A 4M42A 2F8TA 4BVOA 4HUFA 4IG0A 4ILGB 4BE0A 3G71N 3A0IX 1GLDG 4B9SA 3AGRA 3PX6A 3HOTA 3MN5A 2YJEA 1MDUB 5SWMA 4FWSA 3WNFA 4CEAA 1XC9A 3Q7BA 3QMLA 4B3MK 1O13A 4MLHA 4XH1A 1JCGA 2FBXA 5BR8K 4CFBA 1RBUA 1ZBLA 1KTQA 3W3DA 3QNNA 3DRSA 1D9FA 3ID6A 1NGBA 1X3NA 4UQGA 2E6MA 5FPMA 1REVA 5AQKA 3C7NB 1TUYA 4FW1A 4AHTA 2ZJPL 3NF7A 3PV8A 3VQ4A 4H5RA 4FLWA 1MA9B 3GE1A 4KPYA 1NJWA 2KW4A 1WSFA 2HVIA 4AF1A 3BUZB 3DAWA 3Q7CA 3HSCA 4CHYA 4JN4A 3SAHA 4FK0A 4XH5A 1KRPA 4DQPA 1Q82O 3JXUA 3DXKA 1NGHA 4OLBA 1HRHA 1RT3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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