3NF9A

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nf9A00
2YNHA 3LWMA 1WNSA 2BGGA 1TKDA 2JGUA 2Y1IA 1UOCA 4ZHRA 3CM5A 1XHZA 3U3GA 3ZSOA 3ALYA 1WAFA 1HQEA 1IKWA 3SQ2A 2F8TA 3EZ5A 4CIFA 1RT4A 2O4GA 1NK6A 4KI4A 1RBTA 1ASVA 1T8EA 5C25A 2OZMA 3VQCA 2Z1HA 3D45A 3NGIA 2G8KA 1CXQA 4O5BA 3TAGA 4NCGA 4LSLA 2VWJA 3C6UA 4DQRA 3OYGA 4HTUA 3K57A 1KFDA 1D5AA 1RBVA 4FVMA 3HL8A 1XI1A 2RPIA 2E4LA 2KTQA 5CZ2A 3ZSZA 3NHGA 1RDBA 4E7HA 1RDCA 2DFEA 4HCCA 1LW0A 4IBNA 3K58A 4DFKA 1D9FA 3DMJA 2QKKA 3T19A 1RT5A 4CF1A 4J2AA 3HPHA 5J2NA 1BISA 1JLBA 5DMRA 4I2QA 4DQSA 4BDPA 3MEEA 5HRRA 3VA0A 4HVJA 1SL2A 1QE1A 3U6FA 3ASMA 4I9QA 3TAFA 1C1AA 2FBXA 4FM0A 4DSEA 1L3SA 1N6QA 1KVAA 4DU3A 4C8MA 3LPUA 5FDLA 1VSJA 2ETJA 3ZSRA 1FKOA 3RR7A 4B9NA 4FYDA 4O0JA 4MFBA 4W5QA 3KIOA 4IG0A 3MECA 4E7KA 3QO9A 3LPTA 4AHTA 3NH0A 4F2SA 4NCBA 4ICLA 4KKOA 4RW9A 1TAQA 4CJQA 4HHTA 2RF2A 1S6PA 4K8ZA 3SPYA 1D9DA 4J2DA 4FJ8A 2NUBA 3C95A 3I8DA 2B6AA 2HHSA 1BGXT 1ITGA 2P1JA 3ITHA 3OS2A 3AA3A 3ZSYA 4JRQA 3AV9A 1IKYA 4G1QA 1LV5A 4DS5A 1ZBLA 4FK2A 3V1RA 4AHRA 3B6OA 3T3FA 4BE2A 1JL1A 4KV8A 1J54A 3LP3A 2XO7A 3NBPA 4CEBA 2Q3SA 1N5YA 1A5VA 3AVAA 4CEEA 5KGWA 1NJWA 1GOBA 3SUPA 3DRPA 1HYZA 3S3MA 3G10A 3IG1A 1BL3A 1JKHA 4Y1CA 3AVCA 2A1SA 1IG9A 4M3UA 1HPZA 3RRGA 3P1GA 4OKKA 3OYIA 1QTMA 2ZE2A 3CFOA 4E1NA 1KVCA 3VQQA 4PQUA 1SUQA 3AVBA 1KRPA 1NK0A 2HHUA 3AVKA 3SCXA 4KHUA 2EHGA 4KHWA 4DTPA 1VSLA 3OYLA 5CYMA 2IC3A 1QHTA 4JLHA 3JYTA 1QS4A 1BIZA 4CK1A 3I0SA 4WE1A 4CIGA 4FCYA 4DFPA 1U49A 3CM6A 3VA3A 4C8LA 4FJGA 1RBRA 3HVRA 4FJXA 4Z4EA 4DF4A 1SL0A 1TL3A 1X1PA 4N76A 1C0TA 1SL1A 4DU1A 4LD0A 2GV9A 3CFRA 3SJJA 4CFDA 3AVJA 3SUOA 1REVA 1XHXA 2QKBA 4F3TA 4KHYA 1TVRA 5FROA 3O3FA 1I39A 1W9HA 4Y1DA 1VRTA 1D8YA 4DSKA 3OYJA 3MEGA 1NOYA 1SKRA 2PYJA 1Y97A 1QSLA 1MU2A 4DTJA 3ISNC 3L2UA 3HXMA 1BIUA 1VSMA 3VN5A 3DRRA 4JRPA 2PYLA 4M3RA 3T1AA 4W5TA 2X74A 4JS4A 5SZTA 3SV4A 3VQDA 4KHSA 4AHCA 4CJVA 3AA4A 1X9WA 3TAMA 3NE6A 3LZJA 4FJ5A 3IRXA 4IKFA 3K5LA 3OYAA 1RT2A 4KAZA 4AH9A 2B5JA 1S9EA 1K6YA 1BI4B 3FFIA 1LWEA 5HRSA 2HHWA 3QIPA 1JLFA 4HUEA 1HYVA 4CERA 1NKBA 4B9MA 4KREA 3DI6A 3UIQA 1WSIA 4CHNA 1S5JA 3KK2A 3LALA 4HUFA 4QOZB 3AO1A 4N41A 1HRHA 2KFNA 2E6LA 3MXIA 4C8NA 4DTMA 1TKTA 3KLGA 1TKZA 3TABA 4KHQA 1S1TA 5KRSA 1KVBA 1TK8A 4M3XA 2KZMA 3AVNA 4CHZA 1NJXA 3F9KA 3DLBA 3ZT4A 1ASWA 3SUNA 4OGEA 4CHYA 1NKEA 4IFYA 3DLGA 4CGIA 3OYFA 4CHPA 4RW4A 3M8RA 1A5WA 3AA5X 1U4BA 3NH1A 3CG7A 3PY8A 1JLCA 3LP2A 4FM2A 4Z4IA 4CGGA 4F4KA 1IO2A 1J5OA 2LSNA 1G15A 4CIEA 4ZTFA 1ZBUA 1RT7A 4E89A 1DLOA 4CGFA 4FLTA 1JLGA 5HLFA 3KK1A 1C0UA 1W0HA 4I7FA 3V9XA 3NF8A 4OPJA 3KTQA 1RTJA 3K59A 4FZZA 3LANA 3LP0A 3NGZA 4CJ4A 1U45A 2YHBA 3LP1A 4OKEA 4DF8A 1JL2A 4CF2A 3V6DA 1EP4A 4OKJA 3SYZA 4C8KA 2XY7A 3PX0A 1RBSA 1R0AA 2ZD1A 1YTUA 1ZYQA 3A2FA 1BCMA 3IS9A 3NAEA 4DTUA 4FK4A 4CJFA 4JS5A 1X9MA 5J1EA 3V81A 4CJWA 4M3ZA 4F2RA 4CF0A 3QEPA 3TR8A 3AVHA 4M45A 1CLQA 3QIOA 1RBUA 4HCBA 4FLVA 4KTWA 2WOMA 4CF8A 4CFCA 4BDYA 2VWKA 1TKXA 2YHAA 3DM2A 4OGCA 3RRHA 2RN2A 4B9TA 4DQIA 3OVNA 1VSFA 2EX3A 3DLKA 4DTOA 5FRMA 4FJHA 2DFHA 3M8PA 3JSMA 3MXJA 3VQ6A 1UWBA 3WNHA 4GVMA 3QEVA 1WN7A 3EY1A 5EU7A 3HP6A 1NJZA 2IOCA 1S6QA 1WSJA 2WONA 3CYMA 3OJUA 4FZYA 1XC9A 2QK9A 3TAPA 2B4JA 1KLMA 1VK0A 3AVMA 4B8CA 5HRPA 2ITGA 2RKIA 1LW2A 3ZT2A 4CEQA 4CJSA 4E19A 1FXXA 1NK5A 1NK4A 2OPRA 2YKNA 4GMJB 5HRNA 3OYCA 3OYHA 3NDKA 4CGHA 3QEIA 3PX4A 1JXEA 5KGXA 3RMCA 3KD1E 1BI4A 4CEZA 1HNVA 3QLHA 4OLBA 5CY4A 4CJ3A 4CF9A 4PUOA 4RW8A 3M8QA 3OYDA 4B08A 5DK5A 4GW6A 4CJ5A 1YT3A 3HSTB 2PZSA 4DWIA 1EXQA 3VQEA 3TI0A 1O1WA 2Z1GA 4O0IA 2OA8A 4NCAA 2XY5A 1GOAA 4FLUA 3SQ1A 1VRUA 3ZCMA 3RWUA 4FJNA 4KO0A 4KHNA 1L5UA 1WLJA 1J9AA 1BQMA 3DLEA 3KKSA 3O4NA 2HHVA 4ELUA 4AILC 1U04A 2F8SA 4FXDA 3ZSQA 3OJSA 1TK5A 2A1RA 3U3YA 4QCLA 1Q9XA 5KI6A 4CEFA 3OYBA 3MXMA 1YTAA 4FLYA 1QSSA 1RT1A 3PO5A 3LAMA 4CECA 3K5NA 5J2PA 4DG1A 4FJ7A 1S9GA 2D0AA 4CFAA 1T03A 4R5PA 2DTUA 2X6SA 4DSJA 3D0PA 2YNGA 3ULDA 3NF6A 1RT6A 1TGOA 1EETA 2ATQA 2GUIA 5KRTA 3L2QA 4DLEA 5JS2A 4FZXC 3WNGA 4N56A 1CZBA 1Q8IA 1HJRA 3IAYA 2HW3A 1B9FA 2P5OA 2HVIA 3VQPA 4E3SA 4YFUA 3OYKA 2R7YA 4M41A 3VQAA 1HYSA 3AVGA 3RMAA 5C24A 2VG6A 3KLEA 4DSFA 3QERA 3TAQA 1YVUA 1FK9A 3KKRA 3VQBA 4KTQA 1LAVA 1I3AA 2HNDA 4ID1A 2OPPA 4MQ3A 4CFBA 1GOCA 4Z4CA 2HVHA 3K5OA 3TARA 1U48A 4KI6A 3KLIA 3S9HA 1NK7A 1CZ9A 4AHSA 2FC0A 1EX4A 2Z1JA 4CJUA 4KPYA 4FW2A 1S1XA 4O4GA 3SI6A 2DFFA 2VG7A 1L3TA 4KRFA 3V9WA 4FJIA 3HJFA 4CJEA 1TV6A 3B6PA 3WNFA 4HUGA 1NK9A 4B9UA 3C94A 3TAEA 3NH2A 4Z4GA 3PX6A 4RW7A 3NF7A 3AO4A 4KB0A 4W5NA 4H4OA 1Z25A 1HMVA 3EYZA 4FJMA 1VSIA 1VSDA 1S1VA 4F3OA 1BCOA 2YNIA 4M42A 3MEDA 5SWMA 1NJYA 5I3UA 2HNYA 4FJJA 3SQ0A 2D5RA 2HHTA 3SQ4A 4ELTA 4YNQA 4NYFA 1F21A 4DFMA 3AVLA 1LWCA 2PY5A 3OY9A 2I5JA 4H8KA 1ZBHA 2HMIA 4DTNA 3L3UA 3RR8A 2IDOA 4Z0UA 3S3NA 5HROA 2OYQA 4CCHA 3HP9A 3OYEA 2FBYA 3LDSA 4O55A 3KJVA 2O4IA 3HT3A 4O44A 2Z1IA 4I9LA 4FM1A 1UA0A 4CEAA 3V1OA 4DTSA 3ZSWA 4DMNA 3PV8A 2G8VA 4B9SA 4J2EA 3AVFA 4DQQA 2OPQA 2VG5A 2X78A 5C42A 3C6TA 4B8AB 2JLEA 3OYNA 5HP1A 3KLFA 4ELVA 3CFPA 3TANA 1KSPA 3I0RA 3PO4A 4FLZA 1KFSA 1DTQA 4CEOA 1X9SA 3CQ8A 1VSHA 1ZBFA 4KTZA 4CESA 3ZT3A 4CJKA 3AO3A 1B92A 4DTRA 3QEXA 3SNNA 4BWMA 2G8WA 1A5XA 2FBTA 4FJLA 3HYFA 4CK2A 3V9SA 3L2WA 3THVA 3NF9A 2BE2A 2D0CA 2XY8A 4Z4HA 3OS1A 1WSFA 3V9ZA 3SPZA 4FK0A 3P83D 4E7IA 3AVIA 4CGJA 4BE0A 1TL1A 4AHUA 3KK3A 3RTVA 4DS4A 4B9VA 3ZT0A 5T7BA 3VQ4A 3OS0A 1T05A 2KZZA 4XIUA 4DSLA 3LAKA 3BGRA 4Q0BA 1VSEA 3DRSA 3QEWA 1WSHA 3E01A 3ZSXA 3L8BA 2XRIA 2IAJA 4E7LA 3AA2A 4FW1A 3KLHA 3OYMA 1QQCA 3VQ7A 4OLAA 4F8RA 4AHVA 1ZBIA 2YV0X 3AO5A 1RT3A 1Z26A 1RDAA 3VQ9A 3HVTA 1SV5A 4CHOA 4BE1A 3KD5E 4K8XA 4PA1A 5D3GA 4FLXA 2HB5A 1WSEA 1RTHA 3O4QA 2DY4A 1WSGA 4IDKA 1IKXA 1S1UA 2G8IA 4E1MA 1LAWA 3O3GA 2E6MA 2KQ2A 2X6NA 2ZQBA 4CJTA 4KFBA 2QXFA 4CHQA 5CYQA 2W42A 1ASUA 1B9DA 4IG3A 2HHQA 5J2MA 2KW4A 4CJLA 3QNOA 1IH7A 4DFJA 3QNNA 2P51A 4KB1A 4DTXA 1SKSA 1SKWA 3NFAA 1JLQA 4N47A 1JLAA 1JLEA 4DU4A 4L8RB 1JXBA 1NKCA 4C8OA 4E0DA 3H08A 4RG8A 2HNZA 5KTQA 4CGDA 4NYNA 1RCHA 4DSIA 3RMBA 1U47A 1KCFA 3SV3A 1C0MA 2FBVA 4EP5A 5I42A 4BDZA 2XHBA 4RW6A 1BQNA 4EP4A 3ZSVA 1NK8A 1Q9YA 4EZ9A 4J2BA 1EKEA 5CZ1A 2HHXA 3LZIA 4CJRA 1KTQA 4ZTJA 4M3TA 3NGYA 1CXUA 3NCIA 3G0ZA 2YNFA 1RNHA 4CJPA 3K5MA 5J2QA 3PUFA 3DLHA 4OVLA 4BWJA 3LWLA 3DLRA 3HPGA 5E41A 1L3VA 4M3WA 2KFZA 3L2VA 3DOLA 4OJRA 3BDPA 3HPOA 4B9LA 4CE9A 2F96A 3DYAA 3VQ5A 3V9UA 2D0BA 3DOKA 4IFVA 1T7PA 4EZ6A 4PWDA 1HNIA 3AO2A 1XWLA 4TSXA 3V1QA 3K2PA 4CK3A 3P5JA 5HBMA 1S1WA 2P5GA 4DLGA 4FLWA 2OZSA 1BHLA 4M3YA 1RTDA 4Z4FA 5JS1A 4H4MA 4CEDA 4OPKA 1NOZA 4LH5A 1DTTA 3F73A 1QSYA 2BDPA 1HQUA 1C1BA 4FJKA 1IKVA 4E7JA 3QESA 3QETA 2XY6A 1RTIA 1C6VA 3WNEA 4N5SA 3HO1A 1VSKA 2Y1JA 3L2RA 1RILA 4BACA 1J53A 2G8HA 3L3VA 1TAUA 2IS3A 4QAGA 5K14A 4B3OA 1FKPA 2OPSA 3SUQA 4PY5A 3VQ8A 3M8SA 1UA1A 1L3UA 2BANA 2GBZA 4LSNA 3V4IA 1TK0A 4ID5A 3ZT1A 4Q5VA 3MAQA 4LH4A 4LY7A 1LWFA 3TWHA 2YKMA 3SZ2A 3S3OA 4DQPA 3HK2A 1C1CA 1KLNA 4FJ9A 4W5RA 3O3HA 3RMDA 2G8UA 1WAJA 3QINA 2G8FA 5FRNA 2AJQA 4I2PA 1UAXA 2IGIA 4W5OA 4UQGA 1RDDA 3HM9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H1VX 3LWMA 1WNSA 1Q7YO 3TSQA 3FFKB 2Y1IA 1UOCA 1XHZA 3ZSOA 1HQEA 1IKWA 2F8TA 3EZ5A 1RT4A 2O4GA 3MN6A 5C25A 3WQTA 1VAZA 3D2EB 4NCGA 4LSLA 2VWJA 3C6UA 3OYGA 4C1NK 3SAGA 3HL8A 1RDUA 1DKGD 2HBMA 5C10A 4NXNK 3ZSZA 1RDBA 1RDCA 2DFEA 1LW0A 1V4SA 4FL9A 4J2AA 4B3MK 1BISA 2HHHK 1NGCA 3MEEA 4HVJA 3ZX0A 1QE1A 1NG9A 3UKUA 2VCPA 2BTFA 4DU3A 2ETJA 3ZSRA 4FYDA 4CVNE 4W5QA 3KIOA 2Q0RA 3CCEN 4XH5A 3LL3A 4RW9A 3TSPA 4BRNA 4CJQA 4HHTA 4K8ZA 4BG8A 3J7ZO 1D9DA 2B6AA 3IFRA 2QEXN 5LL6Z 4BRKA 1ITGA 3ITHA 4DS5A 3T3FA 4H03B 3LP3A 4CEBA 3SUPA 3DRPA 1HYZA 1TYQA 3IDHA 1BL3A 1JKHA 2A1SA 4IZ9A 2O8CA 4M3UA 1I94K 4R79A 2UUCK 3LDLA 5AQQA 1QTMA 2ZE2A 1X9JA 3AVBA 2EWSA 1NK0A 2HHUA 2J4RA 2O8BB 1W97L 4CK1A 3J7YP 4CIGA 5FPDA 4DFPA 4C8LA 4K42A 2OANA 3HVRA 1SL0A 1SL1A 3MN9A 3E9LA 4LD0A 1ILYA 1HKGA 3SUOA 1REVA 2FLOA 4F3TA 4H5RA 5FROA 2P9KA 1D8YA 3AAPA 4ISFA 5GIPA 5ADXH 4IXCA 1QSLA 1IG8A 1VSMA 4ILGB 5BR9A 4JRPA 3T1AA 1YHQN 3AAQA 4JS4A 3J7AP 4OPHA 4WF9L 4AHCA 4CJVA 2QA4N 3TAMA 3DLLL 3C7NB 2FF3B 3CCMN 1YJNN 1T44A 3G71N 4AH9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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