3NFAA

Structural basis for a new mechanism of inhibition of hiv integrase identified by fragment screening and structure based design
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for a new mechanism of inhibition of HIV-1 integrase identified by fragment screening and structure-based design
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nfaA00
1NK6A 4H4MA 4DFMA 1U49A 2G8FA 2HHWA 2G8VA 4E7IA 1TKXA 4CK3A 3NDKA 1WAFA 4PWDA 1TVRA 1J9AA 5CYQA 3QEVA 3LZJA 4CGIA 3MXIA 2HMIA 4KHQA 3DM2A 5J1EA 2KZZA 4KFBA 3K5NA 5HBMA 3DLGA 4DU1A 1RT7A 2XHBA 3QETA 3B6PA 4F3TA 5HROA 1VSLA 2IOCA 2OA8A 4KTWA 1C1CA 1QE1A 3OJSA 3VQEA 2PYJA 4HUGA 1XC9A 3K57A 2X78A 1X1PA 3NE6A 5HP1A 1BCOA 1JLEA 3AO5A 4M41A 3MEEA 3NHGA 4CEDA 3HP9A 4IFVA 2YKMA 2D5RA 3K2PA 4I7FA 4H8KA 4PY5A 1ZBLA 1VRUA 3THVA 1WAJA 4DSIA 4RW8A 4CJTA 3OYJA 4KREA 3NAEA 2OYQA 5FRNA 4CGFA 1ASWA 2A1SA 3PO5A 3L2UA 4KB1A 1RDDA 4O5BA 4O44A 3ZSWA 1KTQA 2HHVA 2HHQA 3SPZA 3RTVA 2QK9A 5CZ2A 2B6AA 4E19A 4E7LA 4E0DA 4KB0A 4CJFA 1BIZA 4B9TA 2G8IA 1RTHA 3P5JA 3AVLA 1RTJA 2G8HA 4AHVA 3KD5E 1CLQA 1C6VA 1LAVA 3OJUA 4FJGA 1VSHA 4LSNA 5KTQA 2XO7A 3S3MA 2P5GA 1X9SA 1DLOA 4B9NA 1B92A 3KD1E 5EU7A 5J2NA 1TKZA 2YNHA 2HHTA 3TANA 2ETJA 1QSSA 1WSFA 1QSLA 4DQPA 4I9LA 1ZBUA 3AVCA 4C8LA 4M42A 3CFPA 1A5XA 3JYTA 3LPTA 2IS3A 1KSPA 1N6QA 3CFOA 4FJ7A 4F2SA 4ZTFA 4DLGA 1K6YA 2VG6A 3MXJA 1N5YA 1LWEA 3SQ1A 2E4LA 2DTUA 3RMDA 1J54A 4M3TA 4DFKA 3DMJA 4AH9A 4CJ5A 3BDPA 4JS4A 4CJPA 4B9UA 4BDPA 2HVIA 1A5VA 1DTTA 2D0AA 4FM1A 3QERA 4FZZA 2IC3A 4CFAA 3C94A 3CM6A 5CY4A 3SQ0A 3KK3A 2FC0A 1FKOA 3ISNC 1TKTA 1VSDA 1TGOA 3NF8A 5K14A 3PX0A 3PO4A 1L3SA 4O55A 4FJHA 4XIUA 3U3YA 4RW9A 4WE1A 4EP5A 4KPYA 4FK4A 3O3HA 5CYMA 3U3GA 4TSXA 1TL3A 4NYNA 4FLVA 2XY5A 1KFSA 4B9VA 4KI6A 1KVCA 4B8AB 4DQIA 4CF0A 3SQ2A 5FROA 3V6DA 3L2RA 1RILA 2O4GA 4W5TA 4CGJA 5I3UA 1D9DA 1LWCA 1I39A 3SYZA 1RT5A 3LPUA 2Z1HA 3MXMA 1SKWA 3VQ9A 3HT3A 4FJMA 3CYMA 3DOLA 1JLCA 3OS0A 1HMVA 4PQUA 1BHLA 3T19A 4FW2A 4FJ8A 2VG7A 4Z4HA 3RR8A 4FLWA 4W5OA 3PV8A 3PX6A 4CHOA 1T7PA 2DY4A 1RT1A 4DTXA 1Y97A 1RCHA 3ZSVA 3V81A 4OGEA 4FJ5A 2RF2A 4CF2A 2XRIA 3SJJA 3RWUA 1TAUA 1T8EA 3I0RA 3RR7A 1W0HA 4I9QA 3NF6A 4DQRA 4W5RA 4N41A 4DTOA 2OPSA 2YNFA 4FLYA 3QIPA 4FCYA 1U48A 4FZYA 1WLJA 5SWMA 1HQEA 3KLFA 3A2FA 5C24A 4QAGA 4BDYA 3QEXA 4KKOA 1UA0A 4F4KA 1ZBFA 1LAWA 3AV9A 3AVKA 4H4OA 4O0IA 3OVNA 3AO1A 4AHRA 1VSFA 4IG0A 4NCAA 3OYHA 4UQGA 1BQMA 4DTMA 5I42A 1SL0A 4BE0A 4I2QA 1S1XA 3HO1A 5HLFA 3ZT0A 4KO0A 3K59A 1YTUA 3ZT3A 3ZSOA 3KK1A 4BACA 3C6UA 1NKEA 2VWJA 3ULDA 2YNGA 1S9GA 3U6FA 4MQ3A 2Z1IA 1B9DA 4O0JA 4M45A 3HM9A 4CHNA 2Z1GA 3I0SA 3ZSXA 4Z4GA 3K5MA 2BDPA 4N56A 3AVIA 3VN5A 1L5UA 4JRQA 3TAFA 2ITGA 3LP3A 1KRPA 3M8PA 3T3FA 1JKHA 2E6MA 4OKEA 4AILC 1EETA 2HW3A 1WSHA 3ALYA 4FLTA 4BDZA 1NK5A 4FLZA 2X6NA 2P5OA 3NFAA 1W9HA 3QO9A 3OYKA 3SV4A 4KHUA 4FJLA 4FM2A 1T03A 4C8KA 1BCMA 3LAMA 4CHPA 2QKKA 4Q5VA 3OYEA 3HXMA 1RT2A 2BE2A 2D0BA 4OLAA 2P1JA 4EP4A 3VQ4A 2HNZA 2X6SA 3K5LA 3TWHA 4FYDA 2KTQA 1KCFA 3S9HA 2Q3SA 3M8SA 1KLMA 4DTJA 1EKEA 2BGGA 3V4IA 1I3AA 3E01A 4F3OA 4KV8A 4CJ3A 3HPGA 1D8YA 4DTPA 4CEEA 2HNDA 3RMCA 1SKSA 3NF7A 4NCGA 1WSGA 1VSMA 1VRTA 1VSEA 3ITHA 3VQDA 3AO3A 3OYCA 4E3SA 4FVMA 1ASUA 3AVHA 3ZT2A 3TAQA 4DQQA 3M8QA 1WNSA 4DSEA 4ELVA 3NH2A 1D5AA 4OKKA 3V9UA 3G0ZA 3OYLA 4E89A 3OYGA 2LSNA 4GVMA 1NKBA 1C0UA 4FXDA 2OPRA 4CEZA 3EZ5A 3TI0A 4K8XA 1C0TA 4Y1DA 4L8RB 4KTQA 1GOCA 2I5JA 2HHSA 4YFUA 3EYZA 4LH5A 1KVBA 1REVA 1ASVA 2DFEA 2YHBA 4FLUA 1S1WA 4FJKA 3CQ8A 1S1TA 3AO2A 1SV5A 1S1VA 3QIOA 4CF9A 3OS2A 3LP1A 1ZBHA 3AVBA 2FBXA 5KRSA 3DLBA 1S5JA 4M3UA 4FJ9A 3CG7A 1IO2A 4CJRA 1RT6A 2DFHA 3NCIA 4QCLA 3RRHA 2G8KA 1RT3A 1RTDA 1IKVA 5HRNA 3AVGA 1KFDA 1MU2A 3AVFA 4B8CA 4CIEA 3F73A 3KJVA 3VQPA 3I8DA 3NGZA 1A5WA 4PA1A 4R5PA 3AVMA 4F8RA 4E7KA 1YTAA 1YT3A 1HRHA 4CIGA 4KHWA 2WONA 4DTNA 5J2PA 2PY5A 5E41A 4CEQA 1Z25A 2KW4A 4MFBA 3HVTA 4Z4FA 1LWFA 4E7HA 5KGWA 1BIUA 2BANA 3AA2A 2KQ2A 3VQ8A 1BI4A 1NJWA 4M3ZA 1D9FA 3DI6A 4GW6A 1NJXA 4DTSA 3DYAA 5DMRA 4RG8A 4CHZA 3ZCMA 3DLEA 3IG1A 4G1QA 4CIFA 3P1GA 4IBNA 3KLEA 5J2MA 1UAXA 4RW7A 4Z0UA 5SZTA 1C1AA 4ICLA 3S3OA 3P83D 4HUEA 3QEWA 4HCBA 3WNHA 1TKDA 4CK2A 3MAQA 2IAJA 4ELTA 4E1MA 4CEOA 4CJLA 4CF8A 1LW2A 3JSMA 3TARA 4DF8A 4BWMA 3RMBA 3VA0A 4DMNA 1RBTA 1HYZA 4BE2A 1JLAA 3O4QA 1R0AA 3LALA 4EZ9A 4CEFA 1NJYA 1JLFA 3BGRA 1J53A 2W42A 4I2PA 3OYIA 4DSKA 4CHQA 2KFNA 1KVAA 3VQ5A 4E7JA 3SUPA 1XHXA 1NOZA 3QEPA 5HRPA 1S6PA 3NH0A 4KHNA 1Q9XA 1SUQA 3V9ZA 3HJFA 3KLGA 1RDBA 1Z26A 1NK4A 5HRRA 4CE9A 1BQNA 1VK0A 4KHSA 3VA3A 3KKSA 3KLHA 5C42A 3AA5X 3ZSQA 4AHSA 4CECA 1T05A 4EZ6A 2F8SA 4LSLA 4FK0A 1TV6A 1B9FA 4CJWA 1RNHA 4N76A 3QESA 5CZ1A 2RPIA 5FRMA 3LWLA 1U45A 4CFBA 4K8ZA 2XY7A 5FDLA 1KLNA 3PY8A 4DWIA 4QOZB 4LH4A 4HVJA 3SQ4A 3L3UA 3LANA 3DRSA 1SL1A 4CJUA 4FK2A 1VSKA 4AHUA 4CK1A 3QNOA 2PYLA 1BL3A 1S6QA 1TK0A 3O3GA 1ZYQA 3KTQA 2JLEA 2XY6A 5HRSA 3ZT1A 3K5OA 3ZSZA 4DSFA 1VSJA 3OYNA 3IRXA 5JS1A 3AVAA 1U47A 1JLQA 1HNVA 4CJ4A 4OLBA 1XHZA 3H08A 3NH1A 1U4BA 2ZE2A 4CFDA 2FBVA 4E1NA 4DSLA 3TAEA 4GMJB 3L3VA 4O4GA 4OJRA 3L2WA 3QNNA 4CERA 1WSJA 1CZ9A 5C25A 1QQCA 4CEBA 3KK2A 3G10A 4KHYA 1UOCA 3DRRA 3KKRA 3TAMA 4N5SA 2G8UA 1JL1A 1QS4A 3OYMA 3S3NA 3OYDA 3DOKA 4FM0A 1FKPA 4LY7A 4IKFA 4CJSA 4DQSA 1HYSA 1UA1A 1NJZA 1EX4A 4DS4A 3ZSRA 4AHCA 4W5QA 4CESA 3SZ2A 1IG9A 4JS5A 2O4IA 3C95A 2JGUA 3HVRA 4IFYA 4FW1A 1F21A 3HL8A 3MEGA 2HVHA 2OPPA 1HJRA 4AHTA 3QLHA 3QEIA 2QXFA 1Q9YA 2EX3A 4C8NA 1NKCA 1BI4B 1WSEA 4DU4A 3WNEA 2HHXA 1RTIA 2IDOA 3CM5A 3VQQA 3KIOA 1LW0A 4KI4A 4IG3A 1X9WA 2RKIA 3NF9A 2ZD1A 2ZQBA 3IS9A 4KRFA 4B08A 2ATQA 3NBPA 4M3RA 1QSYA 2OZSA 3WNFA 1IKXA 2YHAA 4RW6A 1GOBA 1NK9A 4DU3A 3DLRA 1FK9A 3OYFA 3DLHA 4JRPA 1SKRA 4CJEA 1S9EA 4ZTJA 4CGDA 3OYAA 1CZBA 3HPOA 4LD0A 3L2VA 4C8MA 2OPQA 3SUNA 3TAGA 1RBUA 5T7BA 3QINA 1BISA 3M8RA 4NYFA 4DSJA 3VQ6A 4CEAA 4YNQA 1S1UA 3F9KA 3VQAA 3SV3A 1IH7A 1JLBA 4BE1A 3PX4A 3AO4A 3HP6A 1L3UA 5KGXA 5JS2A 4CGGA 3SNNA 1FXXA 4HCCA 3K58A 2FBTA 4M3XA 3OY9A 3B6OA 1CXQA 1RDAA 3V1OA 2G8WA 2GBZA 1NK7A 4DLEA 3AVNA 1QHTA 3HSTB 4OGCA 4B9SA 4C8OA 1JL2A 1VSIA 3LAKA 4B9MA 1JXBA 3PUFA 2E6LA 3WNGA 3RRGA 3ZSYA 3V9XA 1ZBIA 3VQCA 4JLHA 1RBRA 2QKBA 1HPZA 3V1RA 4F2RA 1UWBA 1ITGA 4BWJA 1NOYA 2VG5A 3LDSA 1C0MA 3EY1A 2YKNA 1U04A 4J2DA 3KLIA 4ID1A 3T1AA 3C6TA 2YNIA 1G15A 1JXEA 1Q8IA 4Z4CA 4HUFA 1QTMA 2YV0X 2AJQA 5KI6A 3LWMA 3AA4A 3DLKA 2X74A 3NGIA 4FJJA 5DK5A 4J2EA 4FJNA 4Z4EA 4KAZA 4DFJA 4DF4A 2PZSA 4M3YA 3RMAA 3HYFA 4OKJA 2VWKA 4NCBA 1C1BA 1DTQA 1TL1A 2DFFA 2Y1IA 2Z1JA 3SI6A 2NUBA 1LV5A 2IGIA 3HPHA 3AA3A 1CXUA 2B4JA 2D0CA 3MECA 4CJQA 4CHYA 3VQ7A 3L2QA 3LP0A 4DS5A 5KRTA 1NK8A 4CFCA 1J5OA 4Y1CA 3L8BA 4CJKA 4FJXA 3O3FA 4Z4IA 1XWLA 4N47A 3V1QA 4DTRA 2EHGA 3SCXA 2R7YA 3ZT4A 1NK0A 2XY8A 1BGXT 1X9MA 2P51A 4M3WA 4OPJA 3SUQA 4CCHA 3MEDA 4J2AA 2FBYA 1O1WA 1RBVA 4Q0BA 4DG1A 1RBSA 3LP2A 3TABA 3OYBA 4HTUA 4CJVA 2F96A 4J2BA 4ELUA 2GUIA 1L3VA 2KZMA 2F8TA 3NGYA 1EP4A 4FJIA 3SPYA 4OPKA 3OS1A 3LZIA 1TK5A 4DTUA 2RN2A 3AVJA 4ZHRA 1L3TA 2HHUA 1IKYA 4IDKA 4KTZA 2OZMA 1HQUA 5D3GA 4ID5A 4OVLA 1IKWA 2B5JA 2A1RA 4CGHA 3V9WA 2HB5A 3FFIA 4FZXC 4CF1A 4RW4A 2KFZA 3ASMA 3SUOA 1SL2A 1TK8A 2WOMA 3O4NA 1EXQA 3CFRA 1WN7A 3TR8A 3D0PA 4HHTA 4B9LA 1HNIA 4W5NA 1WSIA 3V9SA 3D45A 1TAQA 1JLGA 1RT4A 3VQBA 4DFPA 5J2QA 1YVUA 3IAYA 2HNYA 1RDCA 3UIQA 3HK2A 4B3OA 2GV9A 3DRPA 2Y1JA 3TAPA 1XI1A 1GOAA 1HYVA 4PUOA 4FLXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZXOA 4BGBA 3ZETA 4CZMA 2G8FA 4Y0WA 1TKXA 3MN9A 2VWBA 5TKYA 2F9TA 1C0FA 5CYQA 3MXIA 5J1EA 4KFBA 5HBMA 1RT7A 1S72N 3QETA 4F3TA 5HROA 3EO3A 1BDGA 4L3QA 3OJSA 3ATVA 3F2KA 1X1PA 3VERA 2HBKA 1BCOA 5AQZA 3AO5A 1NGAA 5AQOA 3MEEA 3SK3A 2WBNA 3K2PA 5ADXH 4H8KA 2P9UA 1ZBLA 5GIPA 5CE3A 3HM8A 4CJTA 3CC7N 1N8RO 1ZBSA 4BG8A 4CGFA 4KRFA 2GX9A 4KB1A 5E26A 4JYAK 1J5EK 4B9TA 1BIZA 2G8IA 3AARA 1I94K 1RTHA 3P5JA 1IBMK 3OJUA 5KTQA 5FPEA 2XO7A 3NVMA 4JKHA 1MWMA 3KD1E 4LF8K 1X3MA 3HZ6A 1ATNA 5J2NA 2HHTA 3TANA 4DQPA 4BRLA 4I9LA 3AVCA 4M42A 3LPTA 4BGAA 5M1KA 1GLEG 4FJ7A 1HPMA 1JCEA 1N5YA 2DTUA 3SQ1A 3HRGA 3CHWA 4JI8K 3WUHA 3BDPA 2ZGZA 4JS4A 4CJPA 4B9UA 3A5NC 3TSQA 3QERA 3DLLL 2IVPA 3CM6A 5CY4A 4X65K 3KK3A 1TGOA 3PO4A 5K14A 3LM2A 3O08A 4IZ9A 4XIUA 4IO9L 2EWSA 2W6KA 4FK4A 3VETA 5CYMA 1R59O 2GWKA 4B8AB 1N36K 4DQIA 5FROA 2O4GA 3Q7BA 4CGJA 5I3UA 1S3XA 1I39A 1Y64A 5AQXA 3LPUA 4JHDB 5KQ8A 1HKBA 3ZX0A 3VQ9A 3HT3A 1JLCA 3T19A 4LFCK 4CVNE 2VG7A 4Z4HA 5BR9A 1GLFO 4FLWA 1QZ5A 3PV8A 3PX6A 5AQJA 1T7PA 1RT1A 1Y97A 3ZSVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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