3O3FA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 82
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3fA00
1XHXA 3NFAA 3EYZA 3OYFA 4DFPA 3AO3A 3DI6A 2VWJA 2VG5A 4LH5A 3ZSYA 3NH2A 3DOKA 3S9HA 4B9VA 2HHSA 1IH7A 3RR7A 1HYVA 1Z26A 4RW4A 3I8DA 1S1WA 2HB5A 4FJXA 1VSEA 3S3NA 3THVA 4DTSA 4DQQA 3AA5X 3D0PA 1UA1A 1RT6A 4DQRA 3QIOA 4KAZA 1SKSA 4J2AA 4J2BA 4E7IA 3AO5A 4FK0A 5HP1A 1YT3A 1X9WA 4CF0A 1C0TA 3VQAA 4CEAA 3O3GA 3KJVA 4KREA 1ZBUA 4FJHA 3I0RA 1TAQA 3IS9A 4BE0A 4M3UA 1YTAA 5J1EA 4AHTA 1W9HA 3V9SA 4ZTFA 3DYAA 1ASWA 1CLQA 3HXMA 1U49A 3OY9A 4H4MA 4KV8A 4FJIA 4E89A 3NGZA 3HP6A 4C8OA 1IO2A 2Z1HA 3AA4A 5E41A 1N5YA 4W5RA 1LV5A 4Z4HA 5T7BA 4OGCA 3V9WA 1Q9XA 3KK1A 2JGUA 4K8ZA 1F21A 3TI0A 3QESA 4E3SA 4DTJA 3LDSA 4HUEA 4BDZA 3DLGA 3SUQA 4GVMA 1CZ9A 2YHAA 4G1QA 4MQ3A 3VQDA 1NKCA 1NKBA 1D9FA 3NAEA 3AVFA 4CK2A 2ETJA 1KRPA 1RTIA 3P83D 5SWMA 1QSSA 4CF9A 5CYMA 2ZE2A 3NGYA 2RKIA 4N41A 1RDAA 1VSFA 4FZXC 5FROA 4FVMA 2AJQA 1B9DA 1VSLA 1D5AA 4OKKA 4J2DA 2D0AA 3QLHA 4E1NA 3TANA 2KQ2A 4HCBA 1VSDA 1C1AA 4OPKA 4HTUA 3LP2A 1NK0A 1NK8A 4NCBA 4O55A 4C8LA 2G8WA 3T19A 3WNEA 1GOCA 3C6TA 2OPSA 3HVTA 3AVJA 2E6LA 5HBMA 3OYLA 2P5GA 3RTVA 3EY1A 4W5OA 3SCXA 4NYNA 4KB0A 2ZD1A 3SUNA 1IKYA 2Q3SA 3V1QA 3M8RA 5KI6A 4BACA 4W5TA 1GOAA 2BE2A 2EHGA 3NF8A 4CGGA 4CHOA 4NCAA 1HYSA 3MAQA 2BGGA 2B6AA 4CFDA 5FRNA 3QINA 3AVNA 1BCMA 3KLGA 4CFAA 4DSEA 3V6DA 1YVUA 4N56A 4AHSA 3K5LA 4DFMA 4CJRA 3SV3A 3QEXA 3HSTB 3MXMA 4M3YA 2GBZA 4BDYA 1S1VA 1A5XA 4FLWA 1LAWA 3KKRA 3V9UA 4FJ8A 2KTQA 3MEDA 1XWLA 4KHUA 4AILC 3P1GA 5C25A 2X78A 4FZZA 2NUBA 4FW1A 1TK8A 4DF8A 2KFZA 4AHRA 2HHXA 2XO7A 3RWUA 2YNHA 3LZIA 3TAQA 3A2FA 4EP4A 4DSLA 1HNVA 2XY8A 3HM9A 1TVRA 2VWKA 3ZSXA 3ULDA 3QEWA 5D3GA 3RMDA 3V1RA 1L3VA 1N6QA 3VQ9A 2F8SA 3DOLA 1KFSA 2HHTA 2HMIA 4CJVA 4M41A 3HPHA 4CE9A 2O4IA 3VQ4A 1LWFA 1BIUA 3ZT0A 1RBUA 4IDKA 1XI1A 5HRSA 3O3FA 1NK7A 2PY5A 5JS2A 4Z4IA 3NE6A 4KO0A 2XY7A 3AA2A 2ATQA 2XY6A 3K5NA 1BI4B 4CJQA 4B9NA 4F8RA 5J2MA 3V9XA 4BDPA 3OYMA 4GMJB 4E7LA 3DLKA 3OVNA 1FXXA 4KTZA 3L2WA 3HYFA 3LZJA 1KLNA 4CJ5A 1EXQA 2XHBA 2B5JA 3AVHA 4DQSA 2Y1JA 2HVIA 3OYKA 3AVAA 4FLZA 5KGXA 4FK2A 4JRQA 1ASVA 2ITGA 2O4GA 4B8CA 3ZT3A 1RNHA 4M42A 4KHWA 3HO1A 4RG8A 4K8XA 3U6FA 5DMRA 1X9SA 1HJRA 4BE2A 3TAPA 2KFNA 3HT3A 4DG1A 1ASUA 1RILA 3O3HA 2IC3A 1ZYQA 1A5VA 1C6VA 1RCHA 3PX6A 1TKDA 4KI4A 4L8RB 3C94A 1D8YA 4IFVA 4NCGA 1WSFA 4LY7A 2X74A 3L3VA 4FK4A 3NH1A 3G0ZA 4DTUA 1BI4A 2G8HA 3AVMA 4ELVA 4CEFA 4DSJA 1BIZA 2GV9A 3NDKA 3CYMA 4AHVA 4CJ3A 5HRNA 2RF2A 3KLIA 3O4NA 4C8MA 3F73A 1JLFA 3MEEA 3OS0A 3V4IA 1HYZA 4CJEA 1LW0A 1X9MA 4GW6A 3KK2A 4FLVA 1VRTA 3EZ5A 3E01A 2D5RA 2F96A 3VQ6A 3QERA 4CEOA 4QAGA 2YNFA 4IFYA 5SZTA 1DTQA 2B4JA 3PX4A 2X6SA 2G8FA 4DQIA 1S9GA 4CGJA 4CEBA 4ZHRA 1UAXA 2FBYA 4CJUA 3SPYA 2YKNA 1WN7A 3VA0A 1HRHA 1RT2A 4OGEA 3ZT2A 1KLMA 3NF7A 2HVHA 1C1BA 1J54A 1RBSA 2LSNA 4DF4A 1NK5A 2DTUA 4FJJA 4CJSA 4CJWA 4FJKA 1NOZA 4B3OA 2IGIA 1TV6A 1FKOA 1WNSA 1KTQA 3NF9A 2X6NA 4N47A 5J2NA 1GOBA 1JXEA 1CXQA 1K6YA 4IG3A 4CJFA 4CFBA 1I39A 4DTRA 3S3OA 1TL3A 4M3XA 1RT3A 1QQCA 3I0SA 4IG0A 4RW9A 4CEDA 1U04A 1HQUA 2FC0A 3ASMA 4KTWA 3OYDA 1IKXA 2EX3A 3AVCA 5KRSA 4F3OA 3DRRA 1QSYA 4FJMA 5CYQA 3KD1E 4KB1A 1Q9YA 3PX0A 2P1JA 4DWIA 2I5JA 2KW4A 3HP9A 4CEQA 5CZ1A 1RDDA 3M8SA 2IAJA 1LWCA 4I2PA 5FDLA 2DFFA 3ZCMA 4FJ7A 4PY5A 1CXUA 3SUPA 3RMAA 3ISNC 4Z4CA 1RT7A 1JL1A 1WSEA 4OJRA 4CGDA 2OPQA 3JYTA 4OLAA 4W5QA 1RT5A 3ZT4A 4HUGA 4DU4A 1B9FA 3DM2A 3AVBA 3AO1A 4OPJA 3K5OA 1HMVA 3QO9A 3ITHA 1BL3A 4KTQA 5J2PA 2G8IA 4DQPA 3KLFA 4CJKA 4TSXA 3U3GA 3H08A 2D0CA 4BWJA 1VSHA 1EKEA 2YKMA 4Q5VA 3K58A 1SKRA 3LWMA 4DFJA 1TKXA 1BGXT 1Z25A 1S9EA 3ZSZA 1KVAA 1NK9A 4DFKA 3IG1A 3CFRA 1T03A 3NF6A 4ELUA 3ZSQA 1EX4A 4CJTA 3WNHA 4CK3A 4O0JA 3NHGA 4CCHA 4DTXA 3CM6A 1BCOA 3RRGA 4O4GA 1LAVA 2HHUA 4Z0UA 1QE1A 3SNNA 3LAKA 1BHLA 1VSKA 5I3UA 1QSLA 4CK1A 3PO5A 1TAUA 1RBVA 3L2UA 4FJGA 3NGIA 3QETA 5CY4A 4ELTA 3KIOA 1QHTA 4W5NA 4CHNA 4B9LA 3AVGA 4DU3A 3DLRA 3CM5A 1UWBA 3PY8A 2DY4A 3TAFA 5C24A 3TAMA 1G15A 2XY5A 1XHZA 4KHSA 3KD5E 4DTPA 3OJUA 3TAGA 3OYCA 4J2EA 3VN5A 1IG9A 1LWEA 1S1TA 1NKEA 3DLEA 3LP3A 1A5WA 3SQ2A 1U48A 4I7FA 3SI6A 3IRXA 3RMBA 2KZZA 1RDBA 2VG6A 2HNYA 1C0MA 1BQNA 4CGIA 1Y97A 2HNDA 1WSHA 3DRSA 3LP0A 4M3TA 1JLBA 4CF1A 3HK2A 5JS1A 4RW8A 4EP5A 1DTTA 1TL1A 1KSPA 2DFHA 4XIUA 4CHQA 1MU2A 3AVLA 4KHQA 4DS5A 4FM1A 4ID5A 4LSNA 3K2PA 4CJ4A 1U47A 4LH4A 4FJ5A 3AVKA 1RTDA 5HRPA 3UIQA 4Z4EA 4CFCA 2IS3A 3OYBA 4B9SA 3DRPA 3FFIA 3V81A 3QEVA 4DSKA 1I3AA 1UOCA 4CJLA 1EP4A 4JLHA 1NJWA 1TKTA 4B8AB 1IKWA 4E7JA 4FLUA 5KGWA 4I9LA 1RBRA 4E0DA 2YV0X 1RDCA 1JLCA 2W42A 2G8UA 1RTHA 3AA3A 4B08A 3CFOA 4CF8A 1KVBA 1ZBFA 5KRTA 4FLTA 1NJYA 4DLEA 4DLGA 1KVCA 1NJXA 1WSIA 1U4BA 3L8BA 3B6PA 2R7YA 1XC9A 2HNZA 1SL1A 4NYFA 3C6UA 4E7KA 3D45A 3MEGA 3RRHA 1SV5A 2JLEA 2PZSA 4KRFA 1RTJA 3LAMA 4WE1A 1ITGA 1J53A 4Y1DA 3PV8A 1L3UA 4FM0A 4Y1CA 1R0AA 4CECA 4KI6A 1VRUA 1L5UA 1S1UA 4FYDA 1NJZA 1RBTA 3QIPA 3VQPA 4B9MA 3OYGA 3K5MA 4YNQA 4H4OA 3T3FA 1FKPA 1J5OA 3M8PA 3OJSA 2OYQA 4H8KA 4BE1A 1KFDA 4QCLA 2KZMA 1S5JA 5HROA 5I42A 2RPIA 2XRIA 3ZSVA 2E4LA 2OPPA 4OKJA 4E19A 5C42A 3OS2A 3CFPA 3VQEA 4I9QA 3LANA 3HL8A 3KLEA 3V9ZA 4HCCA 3VQ5A 4CEZA 4FW2A 3LP1A 3KK3A 4KHNA 1ZBIA 5DK5A 3VQ7A 1EETA 3C95A 4CJPA 3SQ4A 4I2QA 4E7HA 1O1WA 2E6MA 4O44A 3U3YA 4FZYA 3AO4A 2HW3A 3K57A 3NBPA 5HRRA 3KLHA 3SQ1A 1JL2A 1C1CA 3ALYA 3ZT1A 1Q8IA 2RN2A 4IBNA 2YHBA 4ZTJA 1BISA 1HPZA 3DMJA 3WNFA 4M45A 1B92A 4JS5A 4FLYA 5J2QA 3OYIA 4RW7A 4Q0BA 1T7PA 4RW6A 3TWHA 3RR8A 2G8VA 2FBTA 4F3TA 4JS4A 3QNNA 4MFBA 2FBVA 2GUIA 4O5BA 4PUOA 4KHYA 4BWMA 1SL0A 1WAJA 2ZQBA 1SL2A 1CZBA 3ZSWA 1WSGA 3SQ0A 3MECA 4CEEA 3HVRA 2PYLA 2YNGA 4DTOA 3IAYA 4PQUA 2OA8A 1X1PA 4B9UA 4CF2A 1YTUA 4C8NA 1JLEA 3VQQA 3SJJA 4M3RA 4KPYA 3L3UA 3M8QA 3PUFA 4PA1A 4DTNA 5FRMA 1QS4A 4CIGA 1S6QA 4N76A 5EU7A 4OKEA 4FJ9A 3LALA 3BGRA 3T1AA 1U45A 1WAFA 3HJFA 5HLFA 1IKVA 4E1MA 4B9TA 3S3MA 1D9DA 4IKFA 2P51A 3LPUA 3OYJA 4OVLA 1TGOA 4CHYA 3RMCA 3CG7A 3WNGA 1ZBLA 3PO4A 4R5PA 2FBXA 3AO2A 4CHPA 4UQGA 4AHCA 3TAEA 2HHQA 4F4KA 3F9KA 3L2QA 1JXBA 2P5OA 4Z4GA 4Z4FA 1RT1A 3HPGA 4ICLA 3HPOA 2QKBA 4EZ9A 4CERA 4ID1A 2A1RA 1S1XA 4AH9A 4FJNA 2DFEA 1RT4A 3QEIA 3OYNA 3MXJA 1KCFA 3P5JA 1WSJA 1JKHA 3ZSOA 4FXDA 4C8KA 3O4QA 2OZSA 1L3SA 4AHUA 4DS4A 3VQ8A 1NK4A 2A1SA 1NOYA 4F2SA 4O0IA 3LPTA 4CGFA 5KTQA 3TABA 3TARA 1TKZA 3B6OA 1QTMA 1BQMA 1J9AA 3TR8A 3L2RA 1JLQA 3AVIA 1C0UA 3OYAA 2IOCA 3K59A 1VK0A 2YNIA 2Z1GA 3KKSA 2G8KA 1JLGA 4EZ6A 4CHZA 4DTMA 3QNOA 3SPZA 1S6PA 1SUQA 2QXFA 1UA0A 2QKKA 4M3WA 4PWDA 1VSMA 1HNIA 3BDPA 2BANA 3DLBA 3VA3A 1VSIA 1REVA 2VG7A 3G10A 3JSMA 1TK5A 2IDOA 4FCYA 3SV4A 1T8EA 5CZ2A 1W0HA 4FLXA 2HHWA 2OZMA 3AV9A 4FJLA 1TK0A 3DLHA 4CIFA 1VSJA 4OLBA 4DSIA 4HUFA 4KKOA 3VQBA 4CGHA 3L2VA 1ZBHA 4DU1A 3NH0A 3OYHA 3VQCA 4M3ZA 3KTQA 4KFBA 4N5SA 4DSFA 4CIEA 1SKWA 2Y1IA 3SYZA 4F2RA 2WOMA 1T05A 4LSLA 4CESA 3OS1A 4HHTA 2HHVA 3SZ2A 5K14A 1DLOA 2QK9A 2D0BA 3NCIA 3QEPA 3V1OA 2BDPA 2PYJA 2Z1IA 2F8TA 4LD0A 2OPRA 1LW2A 2Z1JA 4YFUA 3CQ8A 4JRPA 1WLJA 1HQEA 3LWLA 3MXIA 4FM2A 4HVJA 4QOZB 1JLAA 3OYEA 1FK9A 3ZSRA 2WONA 1NK6A 3SUOA 4DMNA 1L3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A40A 2RE2A 2VWJA 4B9VA 3ZSYA 4CZIA 1GLDG 3THVA 2EWSA 3QIOA 4E7IA 3AO5A 3CCJN 5AZJB 4CF0A 3KJVA 3O3GA 1IBLK 2QWQA 3H46O 2ZF5O 3I0RA 3IS9A 5J1EA 1W9HA 5HL7L 3HXMA 3OY9A 3D6RA 4E89A 3HP6A 1IO2A 2Z1HA 3AA4A 1N5YA 3BZCA 4ILHA 4JI5K 4XH5A 4OGCA 4MO4A 5JVHL 1F21A 3TI0A 4E3SA 4HUEA 2NRXA 3VEVA 1NGGA 3SUQA 1JCFA 2YHAA 4G1QA 1NKBA 3AVFA 2ETJA 3P83D 1QSSA 4JI8K 3AARA 2RKIA 2E88A 3E9PA 3UKUB 3N4PA 4BRGA 5GIPA 4HCBA 4HTUA 1N32K 2OTLN 1NK8A 4O55A 5DM6L 1M1KO 3BP8A 4C8LA 3WNEA 5JLFA 3C6TA 2E6LA 5HBMA 4H0OA 3EY1A 3ENOA 4WFNL 5AQTA 4W5OA 4LF5K 4PKIA 1ZC6A 3V1QA 3M8RA 4K42A 4W5TA 4CHOA 4DV6K 4NCAA 3EN9A 3MAQA 5FRNA 3AVNA 3KLGA 4CFAA 1YVUA 3G4SN 4K41A 4BDYA 4FLWA 3THXA 3V9UA 4EHTA 3MEDA 1XWLA 4KHUA 3FFKB 4FZZA 2KFZA 5BPMA 2XO7A 2YNHA 3A2FA 4EP4A 1HNVA 2E2QA 1CZAN 5D3GA 3RMDA 2O4IA 1Z05A 4JI4K 3GDQA 3C7NA 4BC3A 2PY5A 2XY7A 3KWGA 5AQZA 4CJQA 5J2MA 4GMJB 1KLNA 4H0TB 4CJ5A 3QMLA 2HVIA 3AVAA 4FK2A 2WC9A 4BRQA 2O4GA 4B8CA 3ZT3A 4BE2A 4QS7A 3DXKA 4BRMA 3O3HA 2IC3A 1A5VA 1RCHA 2PBDA 4KH6A 1OH8A 5KQDA 3PX6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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