3O3FA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and magnesium ions
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HII
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
total genus 82
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3fA00
3O3GA 4KB0A 3ITHA 2KW4A 4C8LA 3VQBA 4KHYA 3ZSVA 1NK7A 3DRPA 3KKRA 3OYFA 4DTMA 4DTXA 4F2SA 3DLHA 1Y97A 1WLJA 2ETJA 4JLHA 4LY7A 3CQ8A 1KVAA 4CFBA 3QNNA 3QEXA 1UWBA 3L2QA 1HYSA 1VRUA 1CLQA 1UOCA 3LWLA 3MXMA 1QTMA 1EKEA 4CEQA 2PZSA 3SCXA 2XO7A 1DTTA 1JXBA 1EX4A 1QQCA 1F21A 1RBRA 2WONA 4CFAA 1ITGA 4DMNA 3NH1A 4CJRA 2B6AA 1RDCA 4CJEA 4E7LA 1CZBA 1YTAA 2HNDA 4DSIA 3HPGA 4E1MA 3THVA 3VQ9A 4O0JA 1HJRA 3S9HA 1LV5A 4DU1A 4CJFA 4CJTA 4R5PA 2G8HA 5KGWA 1L3TA 1DLOA 1JXEA 3K5OA 2FBVA 4CHQA 2DY4A 1C1AA 3KLEA 2P51A 1RTHA 4IFYA 4YNQA 3AVMA 1BIUA 1T7PA 4ELVA 2BGGA 4F3TA 3QNOA 4CEOA 4CGDA 5CYMA 3NGZA 4OVLA 4CF2A 4M45A 2HHTA 3KK1A 3DLRA 3HVRA 4ELTA 3DOLA 3SQ0A 5FRMA 1SV5A 4EP4A 1WNSA 1VSIA 1G15A 4BE1A 4DSJA 1R0AA 2IGIA 4HUFA 1HMVA 1QHTA 5HRPA 5SZTA 3L2UA 1FXXA 1BI4B 4M3RA 3VQ5A 3QETA 1XHZA 1N6QA 4M3UA 3HYFA 1S1WA 4E7KA 4AILC 1BQNA 4QOZB 2OYQA 1JKHA 4E7HA 1S1XA 3EYZA 4E7IA 3RMCA 4Z4HA 3RR7A 3NF8A 3K2PA 1JLBA 1RT1A 2BDPA 4K8XA 4E0DA 4FLXA 3RWUA 2Y1IA 1U49A 3TAGA 1ASUA 3AVNA 4FM1A 3T19A 1RTIA 1B9DA 4H4MA 4RW8A 4DQQA 4IBNA 4CIGA 4DTJA 4FJJA 4W5RA 1LWFA 3QESA 4XIUA 3HP6A 4ELUA 1T8EA 4IKFA 1MU2A 4KHSA 2DTUA 3AA5X 3OS2A 1REVA 1S9GA 4HTUA 1VSDA 1K6YA 4FM2A 4K8ZA 3BDPA 3HSTB 4HUEA 3UIQA 4FJIA 4FK4A 2D0AA 1VSHA 4B8AB 4CIEA 4CJPA 4CIFA 3TAQA 1C1CA 1JLAA 4CF1A 4J2AA 4KB1A 1DTQA 2E6LA 1JLGA 3HP9A 3ULDA 1WSIA 3NGIA 4QCLA 4DTNA 4FYDA 3OS1A 3QLHA 2OZSA 4AHSA 4ZHRA 3H08A 1KVBA 4DSEA 3DLEA 4PQUA 4DTOA 3SUQA 2D0CA 3OYDA 4FLUA 4PUOA 2RPIA 3IAYA 1EETA 1TGOA 1HQUA 2FBTA 3U6FA 4IG0A 4FZZA 1YT3A 1T05A 2FBXA 3AVCA 4CESA 4I9LA 4I2QA 3OYIA 3V81A 4CF8A 4DTRA 2HVHA 2HW3A 4CECA 5HBMA 3I0SA 2HMIA 4JRQA 1JL2A 4DU3A 4CGFA 3V1OA 4Z4CA 1QE1A 2HB5A 3E01A 1NK4A 1S6QA 2OPQA 3V1RA 4CHOA 4J2BA 4PWDA 3AVIA 1Q9XA 3MXJA 4CEAA 5KI6A 3SPZA 5I42A 2LSNA 4KTZA 4CJUA 4ID5A 1BCMA 2B5JA 3V9SA 1NK9A 1JLQA 2YNFA 4ZTFA 4DLGA 4TSXA 3HPOA 5FDLA 3TI0A 1NKCA 3ZSRA 3C95A 2XY6A 1SKSA 3K59A 1L3SA 2G8VA 3K57A 4FM0A 1B92A 3VQCA 1RT2A 3MEEA 4EP5A 3O3FA 3NE6A 4E3SA 1NJYA 1SKRA 4FJKA 3A2FA 1L3VA 3ZCMA 3BGRA 3VQEA 3ZT4A 4CGHA 3RTVA 4Y1DA 4DFPA 3QEIA 1TK5A 2KTQA 3ZSOA 4HCCA 3WNEA 4RW4A 1SL1A 5KTQA 4HHTA 3RRHA 1S1TA 3RRGA 3CM6A 2HHUA 1IG9A 2HNZA 2G8WA 1BL3A 3HL8A 2G8FA 1SUQA 1KSPA 5JS2A 3T3FA 1TVRA 2Z1IA 3LANA 2YNIA 1A5WA 3OYHA 3PY8A 3LPUA 3KIOA 2O4GA 1ZBFA 2I5JA 3ASMA 3AVLA 4C8NA 4CEZA 3JSMA 1ZYQA 2DFEA 3CFPA 2E4LA 4CFCA 1ZBLA 1NK5A 4FJLA 3P5JA 4IDKA 1U48A 4RW7A 4OPJA 3G0ZA 1FK9A 2GV9A 1JLFA 1NKBA 3HJFA 4N76A 3OY9A 3CG7A 1BCOA 2P1JA 1J53A 3DRSA 3SPYA 1U45A 2KFZA 3HPHA 3SQ2A 1I3AA 3PV8A 4B3OA 4KRFA 3S3OA 3OYLA 1LWCA 1X9MA 3MAQA 2DFHA 3AO5A 3CM5A 4N5SA 1B9FA 3LPTA 4FVMA 4CJLA 4DQSA 1XC9A 3SV4A 4C8KA 3KLHA 3L8BA 4OKJA 3OVNA 4FW1A 3NHGA 4CF9A 3RMBA 4OKEA 1NKEA 4CHZA 2ZE2A 3M8SA 3LDSA 1EP4A 2D0BA 3AVBA 2VG6A 4B9TA 1WN7A 2OA8A 4LSNA 2Z1HA 1FKOA 4F3OA 3D0PA 1C0TA 1TL3A 5HRRA 4DFKA 2YNHA 4O5BA 1NK8A 4FK2A 5J2PA 2O4IA 3IS9A 5FRNA 3AVHA 2IAJA 3KKSA 4DG1A 1O1WA 2JLEA 3K5MA 1CZ9A 1HNIA 3AO1A 1RDAA 3M8PA 5SWMA 2YNGA 3AA2A 3NCIA 4LH5A 1N5YA 3KK3A 3K58A 1UA0A 1RT5A 3TAEA 1SKWA 3NFAA 4FCYA 3ZT1A 4FJ9A 2IDOA 4FJGA 1RTJA 1W9HA 2ATQA 3K5LA 1S1VA 2ITGA 2GUIA 3NBPA 3NF7A 4QAGA 3SQ4A 4Q0BA 2X6NA 4N56A 4G1QA 1KTQA 4DSLA 5DK5A 2G8IA 2F8TA 1IO2A 3VQDA 4NCAA 1IKXA 4M42A 2VG5A 2YHBA 3VQ7A 2PY5A 4DU4A 4DS4A 2P5GA 4Z4EA 1GOCA 4LH4A 2W42A 4AHUA 4B9MA 3PX4A 1VSJA 3LAKA 4UQGA 3F73A 4KI6A 3LZIA 3EZ5A 4IFVA 3KLGA 4CHYA 4FJ7A 1JLCA 3L3VA 4F8RA 1RCHA 3I0RA 1RNHA 1ZBIA 5HLFA 3SZ2A 4CCHA 2XHBA 1VSFA 4DTUA 3L2RA 1J54A 1HYVA 2FBYA 1RILA 1Z26A 2OPPA 5K14A 5J2MA 3HT3A 1WSGA 3DMJA 1BI4A 3KLIA 1WSEA 4OLAA 3HVTA 3WNHA 3NF9A 4FXDA 2IC3A 3KK2A 5DMRA 1KFDA 4DWIA 1S6PA 3OJUA 3LAMA 3SQ1A 2XRIA 3AVAA 4OLBA 3DLGA 1RBSA 3DI6A 2VWJA 2DFFA 3OYJA 1RBVA 1FKPA 4RW9A 1WSFA 3IG1A 1C0MA 3AVGA 3TAPA 3SUPA 3AO2A 3FFIA 3NGYA 3S3NA 3HXMA 1YTUA 3SUOA 4B08A 1VSLA 3MEGA 2KZZA 3LP1A 2QKKA 3CFOA 2HNYA 4E89A 4M3TA 2Y1JA 3D45A 1QS4A 1Q8IA 4B9SA 1ASVA 4CF0A 1JL1A 4FLTA 4FLZA 3RMDA 4BWMA 2XY8A 1C1BA 3OYAA 3S3MA 4B9VA 4DFJA 5HRNA 1NJXA 4O0IA 4DFMA 3QEPA 2IOCA 4Z4GA 4KFBA 2RN2A 4GW6A 4CJ5A 1C6VA 1IH7A 3VA3A 1GOAA 4DSFA 1X9WA 3ZSQA 1WAFA 2PYLA 1VK0A 4MFBA 4OPKA 1TKZA 1NJZA 3V9ZA 4CK2A 2HHXA 1WAJA 3TR8A 1TV6A 4AHRA 1XI1A 3DRRA 1D9DA 4FJXA 4KHQA 4B9LA 5EU7A 3U3YA 1Z25A 5E41A 4PY5A 3G10A 3NH0A 1TKXA 4KKOA 3V9XA 1JLEA 4CEFA 4EZ6A 3OS0A 1YVUA 3C94A 5KGXA 4E7JA 1UA1A 3CYMA 4ICLA 4M3XA 3HK2A 2B4JA 4Q5VA 3OYKA 4M3YA 2OZMA 1RT3A 4N47A 4FJ5A 3VQAA 3LP0A 1IKWA 4DQIA 3AA4A 2X74A 2R7YA 1XWLA 4W5QA 4RW6A 1SL2A 4J2EA 3QEVA 4DF8A 3QIPA 5T7BA 4C8OA 1L5UA 2Q3SA 4W5TA 2G8UA 1C0UA 4KV8A 3TWHA 4CK1A 1UAXA 4H4OA 2YHAA 4RG8A 3O4NA 5CY4A 4CJ3A 4YFUA 3QIOA 4JS4A 3SYZA 4OJRA 1KFSA 3LZJA 1D5AA 1TAQA 1NOYA 4F4KA 3QEWA 3VQ6A 4W5OA 3V9UA 4E19A 3P1GA 1QSLA 5HROA 3DLBA 1LW0A 3VQ4A 4CEDA 3C6TA 4BDYA 2YV0X 3AV9A 4J2DA 3AO4A 3TARA 2HHVA 2X6SA 4LD0A 3NH2A 3MECA 4CERA 3V6DA 5C42A 3AVKA 3KD5E 4JS5A 2WOMA 1HPZA 2EX3A 4KI4A 3ZSYA 4CJVA 2G8KA 1RDBA 1I39A 5HP1A 4HVJA 4FJ8A 2OPRA 3OYNA 3QERA 4BDPA 4KTQA 2HHQA 4OGCA 3DLKA 4FZXC 1TAUA 4DF4A 1S5JA 1QSYA 2YKMA 4FW2A 3PX6A 1NK6A 4CHPA 4I9QA 1KLNA 1A5VA 4ID1A 3EY1A 5J2NA 1J9AA 1LAVA 3MXIA 3LP2A 4EZ9A 4Z0UA 4Z4FA 1WSHA 4CHNA 3T1AA 2RF2A 3HM9A 4B9UA 4FLYA 3KD1E 2KQ2A 3V4IA 2FC0A 3ZT3A 1T03A 1TKTA 3O3HA 5CYQA 4DS5A 3AO3A 3KLFA 3OYMA 2ZQBA 1TL1A 3SI6A 1BQMA 4C8MA 4GMJB 2Z1JA 3K5NA 5JS1A 1HNVA 4DTPA 3AVFA 4NYFA 2PYJA 4DQRA 1SL0A 4CJWA 4FLWA 3DYAA 4JRPA 1QSSA 1KRPA 4KHNA 2BANA 2QK9A 1RBUA 1S1UA 4B8CA 5I3UA 1RBTA 4M3ZA 1XHXA 4DQPA 1TKDA 4CK3A 3QO9A 3U3GA 1TK0A 4AHVA 5FROA 1BGXT 4CJKA 4Z4IA 2XY5A 3PX0A 1ASWA 4AHTA 4CEBA 3OYBA 4GVMA 3KJVA 2BE2A 4MQ3A 3OJSA 3CFRA 1BIZA 2YKNA 4F2RA 4KAZA 1VRTA 3ZSWA 3PUFA 4CEEA 1VSEA 3SV3A 4DTSA 3TABA 4FK0A 5C25A 4AH9A 2QXFA 3OYEA 3QINA 1RTDA 1LAWA 3IRXA 3P83D 4NCBA 3RMAA 4CE9A 3M8QA 2ZD1A 1IKVA 5J1EA 3VA0A 1GOBA 3PO5A 2JGUA 2XY7A 3SUNA 4NCGA 3MEDA 3V9WA 1RDDA 5KRSA 4OKKA 5CZ1A 1D9FA 1RT7A 3L3UA 4ZTJA 4WE1A 5J2QA 4CGGA 1LW2A 3AA3A 3RR8A 1WSJA 4N41A 1KCFA 3VQQA 4M3WA 1S9EA 4CJ4A 2A1SA 3VQPA 3O4QA 1KLMA 4Y1CA 1A5XA 4I7FA 2Z1GA 3LP3A 1U4BA 2KZMA 1BISA 2RKIA 2VG7A 1NK0A 1TK8A 1ZBUA 2VWKA 4CJQA 1EXQA 2F8SA 4E1NA 1LWEA 3JYTA 4FJMA 4O4GA 1L3UA 1IKYA 4B9NA 4O44A 4DSKA 5D3GA 1HYZA 3I8DA 3SNNA 2F96A 3PO4A 4FJNA 2HVIA 3C6UA 1CXUA 3ZT2A 1CXQA 3HO1A 3ZSXA 4KHWA 2E6MA 5KRTA 1U47A 1BHLA 3DM2A 3F9KA 5HRSA 1VSKA 2A1RA 2HHWA 3LALA 3LWMA 2X78A 1RT4A 4BWJA 1ZBHA 5C24A 4FJHA 3V1QA 3OYGA 3B6PA 4KTWA 2D5RA 5CZ2A 3TAMA 4CGIA 2NUBA 4LSLA 2IS3A 4AHCA 2P5OA 1KVCA 3DOKA 2QKBA 3ISNC 4HUGA 1Q9YA 1D8YA 3KTQA 2GBZA 3TAFA 3AVJA 2EHGA 4BE2A 4KPYA 1J5OA 2HHSA 4KREA 3WNGA 4DLEA 3VN5A 1VSMA 1U04A 3L2WA 3B6OA 4IG3A 3ZT0A 3SJJA 4HCBA 3NDKA 4BACA 4L8RB 3WNFA 4NYNA 4H8KA 4I2PA 3L2VA 2OPSA 1X9SA 1HRHA 1NJWA 4CGJA 4KHUA 3NAEA 3NF6A 4PA1A 3TANA 1W0HA 4M41A 4CFDA 4FZYA 2KFNA 4FLVA 1NOZA 4O55A 3VQ8A 4BE0A 1X1PA 4OGEA 4W5NA 4KO0A 4BDZA 3ALYA 3ZSZA 1HQEA 1RT6A 3M8RA 4CJSA 2AJQA 3OYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KB0A 4LF6K 3VQBA 4JN4A 4YOTA 4CZGA 4XEIA 2FSJA 4LY7A 3L2QA 1HYSA 4PKGA 2UYTA 1UOCA 3MXMA 3MK6A 3SBGA 3O9TA 4JD2B 2YJEA 3O1BA 1JXBA 1F21A 2WONA 1ITGA 4E7LA 1C0GA 1LV5A 1Q18A 2PFUA 2FBVA 4YDUC 2DY4A 1RTHA 5AQGA 2O8CA 3AVMA 1GLAG 1HPMA 1E4FT 5E84A 3DLLL 4OVLA 3DLRA 1SV5A 4BE1A 2NRHA 1HMVA 1QHTA 3R9PA 5SZTA 1BI4B 3VQ5A 1OH6A 1N6QA 3DXKB 3HYFA 3CETA 4AILC 3LL3A 3RR7A 4Z4HA 2V7YA 4M7XA 1RT1A 1D4XA 4FLXA 1M90O 1U49A 3CCJN 3TAGA 3AVNA 3EEQA 1HKGA 4RW8A 4CIGA 4DTJA 4LFCK 4IDHA 4W5RA 1BUPA 4ELUA 3CI5A 1T8EA 2FXUA 3PIOL 3TSPA 1REVA 4JK9A 1N34K 4NB4A 3UIQA 4X62K 1C1CA 4CF1A 3OHRA 4J2AA 5LMNK 2E6LA 5M1PA 3ID6A 4DTNA 4FYDA 4BQZA 4AHSA 2P9IA 1KVBA 2PBDA 3OYDA 1EETA 1XMQK 1HQUA 4O8UA 1GLDG 3P31A 4RCHA 2FBXA 3OYIA 2W6LA 1T6CA 4DTRA 3CCEN 2HVHA 4RTFD 4JV5K 3I0SA 1IG8A 1RDWX 4JRQA 4BR7A 5GIOA 2HB5A 3T7ZA 3ZX0A 4CHOA 4PWDA 3C7NA 1Q9XA 5KI6A 5BPLA 2NZTA 3SPZA 4ID5A 2B5JA 3V9SA 3P38A 3TI0A 2QWLA 3C95A 2XY6A 2F7TA 4FM0A 1B92A 3SBTA 3A5OC 3VENA 3NE6A 4YOUA 3U4LA 1BA1A 4FJKA 4BRKA 5BRDA 2GEMA 3C6AA 5TKYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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