3O3GA

T. maritima rnase h2 in complex with nucleic acid substrate and calcium ions
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVDGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 81
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3gA00
4LSNA 1L3UA 3VQAA 3HP6A 1F21A 3AO2A 3V1RA 3K5LA 4Z4FA 4O0JA 1SKRA 1NK5A 1RDBA 1RCHA 3OYBA 4CGGA 5JS1A 5HP1A 1J54A 3HP9A 4M41A 4RW7A 1S9EA 4EZ9A 3M8RA 1KLNA 1C1BA 3LP1A 2HHXA 4CGFA 3OYMA 1QE1A 3QETA 4N41A 3TAQA 3MEEA 3OS1A 2BDPA 1RTIA 1LWFA 3MXIA 3EYZA 4B8CA 3JYTA 4DSFA 4J2BA 4BACA 3HPHA 4KB0A 1U4BA 2YNGA 2IOCA 2YV0X 4ICLA 3LP0A 4Y1DA 1XWLA 3TAMA 3ZT3A 1FXXA 3HO1A 4DSLA 1WSIA 3HPOA 4BWMA 4E1NA 3OJSA 2B4JA 2HW3A 1TL1A 4NCAA 1Z26A 4CGHA 3PX4A 4E89A 1RTHA 3VN5A 4O5BA 3DLHA 4BE0A 4EZ6A 5C25A 2Y1JA 4FM0A 1TKXA 3L2VA 3OYFA 4CJTA 4FJHA 4CIFA 1U45A 3RWUA 4CEAA 3V1OA 4G1QA 2WONA 3CFOA 4DTPA 2ZE2A 4B08A 3NHGA 4KKOA 2G8UA 1VRUA 1HQUA 4N47A 4I9LA 3LWMA 4B9UA 4F2SA 2HHTA 1BI4A 3AO4A 4CGDA 4FLWA 4B9VA 4DTJA 4FJ5A 2P1JA 4CHOA 3CG7A 4C8NA 4NYNA 3O3FA 4Z4EA 3OYIA 1BHLA 3IRXA 3U3YA 2RKIA 4I2PA 4KI4A 1RILA 1RNHA 3DLRA 1Q9YA 4HHTA 2QKBA 1I39A 1HYSA 3AVAA 3SNNA 1UA1A 3LPUA 3K5MA 3VA0A 4KHSA 3RTVA 5D3GA 1ZBHA 2E6LA 1KCFA 3HVTA 1RBUA 3ITHA 1SL1A 3IG1A 5J1EA 3KLHA 3S3OA 1J53A 4IG3A 1HYZA 1S6PA 1WAJA 2Z1JA 4CJVA 2HVIA 1WNSA 4KHNA 1RDDA 4L8RB 4FVMA 4DF8A 3TAGA 1QTMA 3ALYA 1CZ9A 3VQ6A 4PUOA 4CEOA 4DSJA 4Z4HA 3TAPA 1Z25A 1RT1A 2QK9A 4HTUA 1TKTA 4DMNA 1KFDA 4DLGA 3KD5E 1JL1A 3OS0A 5J2QA 1GOCA 3DLBA 1DTTA 2G8FA 1C6VA 5CZ2A 4CF0A 1GOBA 1HYVA 3C94A 1X9MA 1IH7A 1QSSA 1U47A 1WLJA 4M3XA 3ZSXA 1WN7A 1DTQA 1UAXA 4HUFA 2HHQA 4DFPA 1RT7A 3O4NA 4OKKA 3DOLA 1BIUA 3AVFA 4N76A 4KTZA 4DS5A 4IBNA 5FDLA 2OA8A 4M45A 4KHUA 1T8EA 4M3WA 3DLGA 1VSIA 2ATQA 1JXEA 2OPRA 1QSYA 1ZYQA 1QS4A 4AHTA 1R0AA 3LP3A 3K59A 4E19A 1HNVA 1NK9A 4DQSA 4NCBA 5KI6A 4CJKA 3P1GA 1ZBUA 3I8DA 3LZJA 4ZTJA 1BQMA 4IDKA 3VQ5A 3LZIA 4DTXA 3DRPA 3CFRA 4FM1A 5KRTA 3V9WA 3I0RA 3SJJA 4LH4A 1TAUA 3AVMA 4E1MA 1YT3A 1RT4A 1JLBA 1VRTA 3LPTA 4FLTA 3SV4A 4PQUA 4E7KA 1LAVA 3ULDA 3RR8A 4J2EA 4CHNA 5HRNA 3ZT0A 4B8AB 3MXMA 1X1PA 4FLUA 4F2RA 4QOZB 1HMVA 2HHSA 3BDPA 1ITGA 4KAZA 3THVA 2O4IA 2IDOA 2DFFA 3SQ2A 1RT2A 4OPJA 4BE2A 1X9SA 3DMJA 2HVHA 3BGRA 2P5OA 3VQ9A 1EX4A 3NDKA 2Z1HA 1HQEA 4PWDA 4CHQA 4DQQA 3SCXA 4W5QA 4OKJA 3RMAA 1SV5A 3HVRA 1IKWA 2X74A 3LAKA 3QEVA 2X78A 3QEXA 1KVAA 3ZT1A 3LWLA 3NE6A 3VA3A 4M3ZA 1D5AA 2EHGA 5I42A 1S1TA 4DU1A 3AA5X 5HROA 4E7IA 2G8VA 1NK8A 1S6QA 1B9FA 1FKPA 3OJUA 1RT6A 3MECA 3V1QA 3KK1A 4DTMA 2G8HA 4CHPA 1WSGA 4TSXA 1S9GA 1VSJA 3B6OA 1C0UA 5C24A 4PA1A 3ZT2A 4CESA 4CJSA 5T7BA 4B9NA 4ELUA 2FBXA 3AA3A 3ISNC 5CY4A 4BDPA 1D8YA 4FZYA 3SZ2A 3WNFA 4E7LA 3QESA 1JLAA 2KFZA 3DI6A 4GMJB 3CQ8A 4KO0A 1SKSA 3VQ4A 4FLYA 2XRIA 4DWIA 3NGZA 3DRRA 3HSTB 4CEQA 3WNEA 3OYJA 1CXUA 4DTOA 4F4KA 3KKSA 4ZHRA 2O4GA 2RF2A 3NF7A 3DLEA 2AJQA 1RBSA 2DTUA 3G0ZA 1JL2A 3FFIA 4CHYA 4CJRA 2QXFA 4CIGA 3K57A 4DTSA 3L2WA 3NH0A 5J2MA 4OLBA 1RBTA 4KB1A 2Z1GA 4AH9A 3LP2A 3AVLA 5CYMA 1CZBA 4CGJA 4W5RA 3RR7A 3L2UA 5E41A 1J9AA 4NYFA 3SPYA 3P5JA 4J2DA 4FLVA 2DFHA 2HNZA 4QCLA 1NKCA 3NF6A 5HRPA 3DYAA 2VWKA 1S1VA 1EXQA 4I7FA 3RRHA 1TK8A 2VG6A 1IO2A 3C95A 3U6FA 1NKBA 1NK7A 5FRNA 4Z0UA 3PV8A 4KPYA 1KRPA 3A2FA 4KV8A 3M8PA 2GBZA 4FJXA 4B3OA 3ZSOA 3ZSRA 4Z4GA 3KLGA 3E01A 3PX0A 1WSEA 3NAEA 3PUFA 4AHRA 2HMIA 4DSIA 4FJLA 1CXQA 4E0DA 3OYAA 4N5SA 3OYGA 3ZCMA 1SL0A 4J2AA 3SPZA 1RTDA 2PYLA 2G8KA 4CECA 4HCCA 3OYLA 4HCBA 3QEIA 1T7PA 3IAYA 3VQQA 1QQCA 3KIOA 1SUQA 1TL3A 4FCYA 3AA4A 1L3VA 1U04A 4RW8A 3VQDA 4OVLA 3SUQA 4FJNA 3QINA 2YNFA 4DFMA 1UOCA 2XY8A 4KI6A 2KFNA 5HRRA 3MEDA 4NCGA 1JLQA 3L3UA 1TGOA 4FLZA 3F9KA 5J2PA 4FJMA 3LAMA 1RDCA 3I0SA 3SYZA 3V9XA 1NK0A 2PYJA 4DTNA 5KTQA 3NFAA 4R5PA 3QEPA 1JLFA 1N5YA 4FK4A 4B9LA 1S1XA 3T1AA 1BIZA 2Z1IA 3AVCA 3VQBA 3OYDA 2R7YA 4CK2A 3ZSQA 4FW1A 3SUNA 1C1AA 4O44A 5CZ1A 2KQ2A 3ASMA 4RW6A 2ZQBA 4DSEA 3AVKA 4KREA 2Q3SA 5J2NA 1ASUA 3K58A 4OJRA 3VQCA 1RBRA 1UA0A 4KHYA 3O3HA 2EX3A 1J5OA 4QAGA 1A5WA 2OPPA 2D0BA 4YNQA 4JS4A 1D9FA 4M3YA 1NJZA 4K8ZA 1JLGA 2XHBA 3TR8A 3ZSYA 4CEFA 1DLOA 2XY6A 4CF9A 4W5OA 4CFDA 1B92A 3QO9A 3OYNA 3TARA 3AO5A 4C8MA 2OYQA 4BDZA 1VSHA 4DS4A 1VK0A 2F8SA 3CM5A 3NF9A 2PY5A 1K6YA 1XC9A 4JRPA 2X6NA 1YTUA 1CLQA 1G15A 1TVRA 4DTUA 4JS5A 1X9WA 3AVJA 4CFAA 1YVUA 3O3GA 3AO3A 2BGGA 4W5NA 1RBVA 4AHCA 1IKVA 3CYMA 4WE1A 4E7HA 3SUPA 3TAFA 3KLEA 2HNDA 3NCIA 1W9HA 2IGIA 3RMCA 4I2QA 3SV3A 4DU4A 3QERA 4F8RA 3HK2A 1HJRA 3NH2A 1HPZA 1BI4B 4DG1A 1C0TA 1NOZA 4DLEA 1LWEA 2FC0A 3SQ1A 4B9SA 1U48A 3KK2A 4LSLA 3MAQA 1EP4A 3NH1A 2VWJA 1BL3A 3OYKA 1D9DA 4E7JA 2QKKA 4FYDA 3NGIA 2IAJA 1S5JA 4FK2A 1BQNA 5CYQA 4K8XA 3AVGA 2A1RA 1LW0A 4H4OA 4B9TA 1HNIA 3VQEA 3V6DA 1VSLA 1VSMA 1S1UA 4Q5VA 2GUIA 5SZTA 4O55A 2B6AA 1TV6A 1KTQA 3V9UA 4KTQA 1LV5A 4CJ3A 4H4MA 2B5JA 3T19A 2P51A 4HUEA 2BANA 5KGWA 4AHUA 4CHZA 1NK4A 2KZZA 4OPKA 3QIOA 1FK9A 2D0CA 3LALA 4IFYA 4FW2A 2GV9A 2KZMA 3SQ4A 3AVHA 1NJXA 3RRGA 4FK0A 4CK1A 3OS2A 2HHWA 1WAFA 1ZBFA 2DFEA 4LY7A 4CERA 5FROA 4CEEA 3OY9A 4F3OA 3MEGA 1KVBA 3O4QA 4JRQA 3KJVA 3VQ7A 1IKXA 5JS2A 1Q9XA 4FJJA 4FJIA 3PO4A 1IKYA 2A1SA 2XY7A 2YKNA 3CM6A 3TWHA 1ZBLA 1QSLA 3L3VA 2F8TA 3TAEA 4O0IA 1EKEA 1BCMA 4CJLA 1KSPA 4FXDA 4C8OA 2YHAA 3WNHA 1NJWA 1VSEA 4CJEA 4FLXA 2YNIA 2D0AA 2HNYA 3K2PA 3AV9A 3HXMA 1XHZA 4Q0BA 3QIPA 3EZ5A 1TKZA 2E6MA 1QHTA 3HL8A 2ZD1A 4DQRA 3L2RA 3OYCA 1LAWA 2XY5A 4CE9A 1W0HA 4CJQA 3IS9A 5SWMA 2Y1IA 3MXJA 2YHBA 3K5OA 1REVA 3ZSVA 1GOAA 1XI1A 4O4GA 3L8BA 1KLMA 3OYHA 2BE2A 4EP5A 3B6PA 4KHWA 4UQGA 3HM9A 4CEBA 3F73A 2NUBA 2RN2A 3V9SA 3KKRA 3JSMA 4I9QA 1KVCA 3AVBA 1BISA 4IG0A 5HRSA 5HLFA 3OYEA 5DK5A 1T05A 4RW9A 1NOYA 3QNNA 2JGUA 1B9DA 3DLKA 3DOKA 2IC3A 3D0PA 5I3UA 4CEDA 4DQIA 4ELTA 2FBYA 1JKHA 1Y97A 3V81A 3S9HA 4C8LA 1NK6A 2OZMA 4FJ9A 3TI0A 3QLHA 3QEWA 1TAQA 3L2QA 3V9ZA 4KHQA 2YKMA 3KD1E 4PY5A 2OZSA 3KLIA 2F96A 3KTQA 4ZTFA 4N56A 1TK0A 2FBTA 1MU2A 3VQPA 2I5JA 4LH5A 3AVIA 2RPIA 2WOMA 1KFSA 3ZSWA 1BGXT 3S3NA 2HB5A 4CJ5A 1NKEA 3HJFA 3HT3A 3C6UA 3M8SA 1O1WA 4M3RA 4CGIA 4FZXC 3U3GA 3LDSA 2OPSA 1VSKA 2IS3A 2P5GA 4M3TA 3WNGA 4ELVA 1LW2A 4ID1A 4BWJA 1T03A 4DQPA 4GVMA 4MFBA 3NF8A 5KRSA 4Z4CA 3PX6A 1U49A 2JLEA 5C42A 4CJFA 2KW4A 4DFKA 1ASVA 1WSFA 3TANA 4CK3A 2G8WA 1HRHA 4CFBA 4Z4IA 2ETJA 1RDAA 4FJKA 3V4IA 4DTRA 4JLHA 4KTWA 3NBPA 4CJUA 1SL2A 1A5XA 1Q8IA 2X6SA 2VG7A 2YNHA 4FM2A 1FKOA 3KLFA 3HPGA 3T3FA 1JLEA 1VSDA 2D5RA 3EY1A 3TABA 3SQ0A 3UIQA 4W5TA 4AHVA 1TKDA 2PZSA 3SI6A 4FJGA 4EP4A 3AO1A 1JXBA 2ITGA 1ASWA 4HUGA 4DF4A 4MQ3A 3AVNA 4DU3A 4F3TA 3ZT4A 4M3UA 4XIUA 2G8IA 4Y1CA 2XO7A 1C1CA 4GW6A 4E3SA 4LD0A 4KRFA 1JLCA 4DFJA 4M42A 3ZSZA 4B9MA 1WSJA 3KK3A 4CFCA 4C8KA 4OGCA 3RMBA 1IG9A 4CIEA 1L3SA 4RG8A 1L5UA 1BCOA 1YTAA 3NGYA 4CEZA 3CFPA 4CCHA 1RT5A 5FRMA 5EU7A 2FBVA 1SKWA 5HBMA 4BE1A 3S3MA 4AHSA 4FJ7A 4FJ8A 1VSFA 2LSNA 1S1WA 2OPQA 3D45A 5KGXA 3K5NA 4BDYA 3QNOA 1L3TA 2HHVA 3H08A 1EETA 4CF8A 4IFVA 4DSKA 4IKFA 4OLAA 3DRSA 3RMDA 5K14A 1ZBIA 3P83D 3AA2A 4CJWA 4CF2A 1TK5A 3M8QA 4HVJA 3HYFA 2HHUA 3OVNA 4KFBA 2W42A 4RW4A 4ID5A 3PO5A 2E4LA 1LWCA 4OGEA 3SUOA 1NJYA 3DM2A 2DY4A 1RTJA 2VG5A 5DMRA 4FZZA 1WSHA 1N6QA 3PY8A 3G10A 3C6TA 4H8KA 2KTQA 1RT3A 1A5VA 3LANA 4CF1A 1UWBA 1C0MA 3VQ8A 4CJPA 4YFUA 4OKEA 4AILC 4CJ4A 1XHXA 1I3AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NO7A 3VQAA 1HNWK 4LFBK 4Z4FA 1SKRA 4CI6A 1NK5A 4OO1J 4CGGA 4JKGA 2PBDA 1J54A 3CETA 3HP9A 4M41A 3DXKA 3QICA 3MEEA 3OS1A 1OH8A 1U4BA 2IOCA 2A5XA 2HOEA 4DSLA 1BUPA 1WSIA 4E1NA 3HPOA 3QB0A 2UUCK 2GEMA 1KQSM 2ZF5O 4NCAA 1RTHA 4BE0A 1TKXA 3OYFA 3I56N 5IT9O 4CIFA 2D1KA 2ASPA 3ZEUB 4A2AA 3ZX2A 2G8UA 3BEXA 4I9LA 4C1NI 5I9EB 4B9UA 4F2SA 4BG8A 3DWLA 4DTJA 2WTUA 1NGEA 3M3ZA 3MWPA 4CHOA 1YI2N 4C8NA 3A8YA 5EVZA 4IO9L 4JI4K 4H0VB 1HYSA 3AVAA 3LPUA 1XMQK 3VEWA 2O8FA 3VTHA 2Q2RA 3L6QA 3ITHA 1V4SA 3C7NA 3KLHA 3S3OA 1GLBG 4IG3A 4FPBA 2Z1JA 3CF5L 3VEZA 2HVIA 5KPZA 1WNSA 4KHNA 3VENA 4DF8A 3FZHA 3P39A 1GLJO 3HSCA 4BR5A 2F7TA 2ZJQL 2QK9A 1TKTA 4MO5A 3KD5E 1S22A 4JKBA 1DTTA 3VGKA 2P9UA 5CZ2A 1VQ9N 3MDQA 1X9MA 4BRCA 2NRRA 4BRDA 4LF5K 2E2NA 1QSSA 3CJ7A 4M3XA 2ASMA 3E9OA 3CC2N 3O4NA 2GTDA 3DOLA 3AVFA 4DS5A 4KHUA 1ATNA 2Q31A 4M3WA 3CC7N 2ATQA 2OPRA 2FSKA 1QS4A 2FSJA 2UU9K 4DQSA 5KI6A 3LZJA 4LC9B 3LZIA 3DRPA 4FM1A 4LH4A 1ESVA 4PQUA 3LPTA 3SV4A 2UUBK 4J2EA 3ZT0A 1X1PA 2OCEA 3BDPA 1ITGA 3THVA 1JCGA 3TSPA 2DFFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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