3O3HA

T. maritima rnase h2 d107n in complex with nucleic acid substrate and manganese ions
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
GIDELYKKEFGIVAGVDEAGRGCLAGPVVAAAVVLEKEIEGINDSKQLSPAKRERLLDEIMEKAAVGIGIASPEEIDLYNIFNATKLAMNRALENLSVKPSFVLVNGKGIELSVPGTCLVKGDQKSKLIGAASIVAKVFRDRLMSEFHRMYPQFSFHKHKGYATKEHLNEIRKNGVLPIHRLSFEPVLELLTDDLLREFFEKGLISENRFERILNLLGARKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H2 in Complex with Nucleic Acid Reveal the Mechanism of RNA-DNA Junction Recognition and Cleavage.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna-rna hybrid
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords Ribonuclease HII
total genus 80
structure length 222
sequence length 222
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2010-07-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o3hA00
3OYAA 1QSLA 2DTUA 4DSEA 3K58A 3ZSQA 2Z1IA 3VQPA 1HRHA 4Q0BA 2OZMA 4CF8A 4FJHA 4DU4A 3KKRA 3QIOA 1SUQA 1C0TA 4CJ5A 2ZQBA 4Q5VA 3RMBA 2YKMA 4DTJA 3P1GA 1TV6A 4CIGA 1ZBLA 1J9AA 1TVRA 4H8KA 3OYGA 1KRPA 4KREA 4RW6A 5CY4A 4AHCA 2FBVA 4CHNA 2YKNA 4GVMA 3SUPA 3MXMA 4ELVA 3PO4A 4CGGA 5HRNA 3QEWA 4FJ9A 4CHQA 3HM9A 4KHSA 4OLBA 3ZT3A 2WONA 3OVNA 1NK8A 2RKIA 4E89A 1WAJA 1U48A 4JRQA 3NHGA 1KVAA 1RBUA 1QQCA 1RTJA 1DTQA 2VWKA 3JYTA 1S5JA 4BDZA 3B6OA 1U45A 3AVBA 5CYMA 4OLAA 2FBTA 3NH1A 1HJRA 2QXFA 2P1JA 3ZSYA 1UA0A 3RMAA 4OJRA 4FW1A 4Z4EA 2OZSA 4IFVA 4Z0UA 3WNEA 4I2PA 4J2DA 4Z4IA 4M3YA 3SJJA 2B4JA 4B08A 1JLBA 3OYEA 1N6QA 3E01A 1JKHA 3VQDA 3K5NA 4NCBA 4ID5A 3NF8A 2DFEA 4CESA 3OYHA 3DOLA 5JS2A 4CHZA 1TK5A 1KSPA 4C8KA 3K5MA 2BDPA 2GV9A 4E1MA 1YVUA 1TL3A 3IS9A 1WLJA 2G8KA 1NKCA 4J2AA 1TAQA 3C6UA 3OY9A 2JGUA 5KTQA 4CK3A 4RW8A 3V9WA 4BDPA 2ZE2A 3MAQA 1I39A 1RCHA 3ITHA 3VQCA 3SV3A 1L5UA 1ZBIA 1VSMA 1KVCA 3AO4A 3OS0A 4FJLA 1D8YA 1TKDA 3HP9A 1Q9YA 3ZCMA 1F21A 3O3GA 1NJYA 1SL1A 2FBXA 2FC0A 3VQ6A 3O3HA 4OGCA 3QIPA 3PX0A 3BDPA 3KTQA 3PO5A 3K5LA 3L2RA 4O44A 1NJZA 5EU7A 3CYMA 3LDSA 1L3SA 4DTXA 4KTQA 4O55A 4B3OA 4OGEA 4CEQA 3V9XA 2F96A 2ITGA 2DFFA 4CFAA 3AA4A 3U6FA 3VQ5A 3HSTB 1QSYA 3KJVA 3S3MA 1O1WA 1DLOA 4CEFA 4FCYA 4LD0A 3EY1A 5D3GA 1EXQA 3AVCA 4EP4A 3OYFA 4BDYA 1L3TA 4OKJA 3DRSA 1NOZA 2ZD1A 2VWJA 1RBSA 2IOCA 4DU3A 2Y1JA 4N47A 4FZZA 1IO2A 2HVHA 1SKWA 3SQ2A 3HPGA 3KLIA 3VN5A 1FXXA 1VSIA 4DF8A 4KPYA 1NK7A 1WN7A 4FLTA 1UAXA 3LP3A 3KLHA 2HMIA 4LY7A 3K59A 1LAVA 1D9DA 2P5OA 4N41A 4E7IA 2YHAA 4CIEA 4DSLA 4HHTA 3RTVA 4HUFA 3M8QA 4CJEA 1NK0A 1TKXA 1CXUA 5C25A 1REVA 4ZTFA 2VG7A 4C8LA 2YNHA 3SI6A 3AO2A 4DSJA 3LWLA 4W5NA 4DTOA 2HHSA 3AO3A 4ELTA 4ZHRA 4Z4FA 1HMVA 3QEVA 2B5JA 5CYQA 4B9VA 2GUIA 1L3UA 1WSGA 4M3UA 3OYJA 4MFBA 3QO9A 4IG3A 3SYZA 4CK1A 4W5QA 1WSIA 1VSEA 3TR8A 3CQ8A 4CJSA 3NAEA 2Q3SA 4KTZA 4CK2A 4DSIA 5T7BA 2HNYA 2BGGA 1RT5A 5C42A 2D0CA 4M41A 3C6TA 2Z1HA 1S1VA 5SZTA 4CFBA 4B9TA 4DMNA 4IBNA 3UIQA 1I3AA 4CGFA 3ZSZA 4EZ9A 1T7PA 3DLHA 1Z26A 4DTSA 3C94A 4Z4CA 2KZMA 5JS1A 4DFJA 1YT3A 1LAWA 4FJ7A 5KRTA 1BI4B 4E0DA 4J2EA 5SWMA 4AHUA 3ALYA 4FLYA 3QEXA 4FZXC 1RT4A 1TK8A 3DRPA 1ZBUA 1RDDA 1FKPA 4CJTA 4IFYA 3F9KA 4ICLA 4FLZA 4E7JA 5J1EA 3RR7A 1IKYA 2YNIA 3VQ9A 3T19A 4Y1CA 4DS5A 3T3FA 1GOAA 3KLFA 4HUGA 3V6DA 2XY6A 3RRGA 1IKWA 3P83D 1UWBA 1NK4A 2PYLA 1BIZA 4FM2A 1QSSA 4FJJA 3SUQA 2QKKA 4BWMA 4FM1A 3TAQA 3SZ2A 1JLCA 1TL1A 4FLWA 3SQ4A 4CJUA 2DFHA 3AVFA 1S1XA 1BCOA 1S1UA 3EYZA 3TARA 1LWEA 4GW6A 2XO7A 2HHXA 4OVLA 3D0PA 4KAZA 3DYAA 3AVAA 1JLEA 1J53A 3CFOA 4FLXA 3WNHA 4KI6A 1EKEA 4FJXA 4HCCA 4O0JA 1JLAA 2DY4A 4PY5A 5I42A 4XIUA 3TAGA 4R5PA 4DTRA 2YV0X 1QHTA 4AHTA 4CE9A 3DM2A 3RWUA 4CJQA 1VRTA 3HK2A 1X1PA 3ZSRA 5HP1A 4QOZB 4CGIA 2ATQA 3QEPA 2HHUA 3I0RA 3M8SA 4OPJA 4N5SA 1BL3A 3O4NA 1XC9A 4YNQA 2F8TA 4FJ5A 5FROA 3LZJA 3SPYA 3L2UA 3K5OA 4AILC 1EETA 3S9HA 3TI0A 4NYNA 4DTPA 4Z4HA 4EZ6A 3V9SA 3SPZA 3G0ZA 3IG1A 3V81A 4CJFA 4LH5A 2A1RA 5HLFA 4CF1A 2XY7A 2KTQA 3NF7A 3MXIA 5E41A 1LWCA 4CEAA 3SCXA 4CGJA 3NBPA 4E3SA 3HT3A 4JS4A 3OYCA 3MXJA 1SL0A 1S6QA 2Z1GA 5KI6A 1C1BA 4CEEA 3LP2A 4CF0A 3OYBA 3S3OA 4AHVA 4CJ3A 4O0IA 4W5OA 1ASWA 4DFMA 1HNIA 3AA2A 3DOKA 4MQ3A 2A1SA 1GOCA 3VA3A 1J54A 4M45A 3PY8A 2Z1JA 1LW0A 3DLKA 3SQ0A 5KGWA 3ASMA 4M3TA 1NOYA 2R7YA 3NGYA 3VQEA 3KD1E 3SNNA 3QNNA 4G1QA 1CZ9A 4CHOA 3KLGA 3KK2A 1HYVA 3OYDA 3AVMA 4AHRA 4E1NA 4HCBA 3DLRA 4RW9A 3H08A 4CECA 3CM6A 2IGIA 1C0MA 4FLVA 1IKVA 2E6LA 3M8PA 1BI4A 4F4KA 4FJKA 4PWDA 2X74A 4CJPA 3OJUA 4DU1A 1XWLA 3LPUA 1JLQA 4UQGA 3ULDA 5J2NA 3HVTA 3LP1A 1QS4A 2BE2A 2G8WA 1KLNA 2HNDA 1WSFA 3HPOA 3V1OA 2IS3A 3JSMA 5HRSA 1UA1A 4OKEA 2XHBA 1NJXA 1WSEA 3DLGA 3HYFA 3IRXA 2LSNA 1B9DA 3I8DA 1XI1A 3EZ5A 4BE2A 3VQ8A 4CEBA 4C8MA 1G15A 4WE1A 1NKEA 4B8CA 3LAKA 4CFDA 4CEDA 2HVIA 1D9FA 1VRUA 1ASVA 3HO1A 4FVMA 1YTAA 3CG7A 3RMDA 1NK6A 1U04A 3HJFA 3QETA 3S3NA 3L2VA 1SL2A 3LALA 3OJSA 4F2SA 3F73A 2P51A 1RILA 4CEOA 4FJMA 1FK9A 1RT1A 3P5JA 4H4OA 1JXBA 1RBRA 5J2PA 4KV8A 5FDLA 5HBMA 3CFRA 2X78A 1X9SA 1RTHA 3NH2A 5DK5A 4PUOA 1BHLA 1HQUA 3AVNA 2D0BA 4JLHA 3VQAA 1RDBA 3AVKA 3C95A 4BE0A 3OYLA 3RRHA 4DF4A 1LV5A 2PZSA 4K8ZA 4OPKA 1ASUA 2B6AA 3FFIA 4PQUA 1HYSA 1IKXA 4EP5A 3HXMA 4F3OA 4K8XA 1CLQA 2HHVA 1XHXA 3HVRA 3V9UA 1RDCA 5KRSA 1N5YA 3M8RA 3DLBA 4KHWA 4FK2A 2EX3A 2OA8A 2KZZA 1RNHA 4CHPA 4CJRA 1U49A 2KFNA 1IH7A 3L3VA 3WNFA 1RBVA 4CCHA 4CHYA 4FYDA 1KVBA 4CJVA 1UOCA 3RMCA 3AVGA 3TAEA 3ZT0A 3V1QA 2G8HA 1EP4A 3L3UA 3NF9A 4W5RA 4KI4A 3DLEA 3TWHA 4DQQA 4J2BA 4E19A 2E4LA 4CJLA 1RBTA 4CJKA 3AVJA 1XHZA 2G8IA 3O3FA 3AA5X 3ZT4A 1BIUA 3VA0A 3V9ZA 3QINA 3OS1A 3L2QA 2G8FA 3AVLA 3HP6A 2D5RA 1S1WA 3LZIA 4HUEA 4CJ4A 3TABA 1WAFA 2JLEA 3TANA 4ELUA 1ZBHA 4DFKA 1TAUA 4M3WA 3OYKA 4GMJB 2OYQA 3U3GA 3WNGA 4CFCA 4CEZA 3AA3A 3KIOA 3CFPA 3PX6A 4DSKA 1L3VA 4FJNA 3THVA 2HHTA 2O4GA 3MEEA 1T03A 3QEIA 4FK4A 3SUOA 4QCLA 1C6VA 1NK9A 1RT3A 2ETJA 1X9WA 4FM0A 3LP0A 1C1CA 3NGIA 1LW2A 2VG5A 4DQRA 3KK1A 4DTMA 1KLMA 2KW4A 3DMJA 2IDOA 1S9GA 1R0AA 2KFZA 4Z4GA 4F3TA 4I7FA 4OKKA 4E7LA 3D45A 1S9EA 4KB1A 2X6SA 2G8VA 1BGXT 1MU2A 1Z25A 4I9QA 3B6PA 4CF2A 4FJIA 3ISNC 4I2QA 1S1TA 4M42A 4E7HA 4B9MA 3AO1A 3CM5A 4O4GA 4B9SA 4F8RA 5CZ1A 4KO0A 5J2MA 3NGZA 4DQSA 3VQ4A 1T05A 2P5GA 2YHBA 4HVJA 1BQMA 4B8AB 5CZ2A 2Y1IA 1K6YA 1VSHA 3KKSA 4H4MA 3L8BA 4KHNA 1YTUA 1W9HA 4NCGA 1GOBA 4CGDA 2HHWA 2GBZA 3DRRA 1ITGA 3OYNA 4ID1A 2E6MA 4L8RB 3ZSWA 1D5AA 1C1AA 4FJ8A 1SV5A 1JXEA 1JLGA 2OPSA 3V1RA 1HPZA 3AVIA 2G8UA 1VK0A 3G10A 1Q8IA 5C24A 1W0HA 3SUNA 4FXDA 2YNGA 1JL1A 1TKZA 4KHQA 2F8SA 4PA1A 3K2PA 1RT6A 2FBYA 2RPIA 4O5BA 4TSXA 3VQ7A 3NDKA 4N76A 1QE1A 4KHUA 3HL8A 2HHQA 1WSHA 4JRPA 3QLHA 1TKTA 2PY5A 2WOMA 4IDKA 4W5TA 4CF9A 4CGHA 4RW4A 1JLFA 2OPQA 4DWIA 3TAPA 2RF2A 2KQ2A 2VG6A 1C0UA 3NE6A 1KFSA 4KKOA 3K57A 1QTMA 5FRMA 5I3UA 1VSJA 1RTIA 4CERA 4NCAA 5K14A 3OS2A 1U47A 4M3XA 5HRRA 3NFAA 3RR8A 3O4QA 4IKFA 4NYFA 5DMRA 4LH4A 2IC3A 4F2RA 3AVHA 1J5OA 2AJQA 2NUBA 4BWJA 4DTNA 1ZYQA 4Y1DA 3NCIA 1WNSA 4LSLA 3NH0A 1B92A 5HROA 3BGRA 3SV4A 3NF6A 1A5XA 2W42A 1SKRA 1BCMA 4IG0A 1RDAA 4AHSA 5KGXA 1Q9XA 1NKBA 3L2WA 2XY5A 4ZTJA 3AO5A 4N56A 4CIFA 4FW2A 1A5VA 4FLUA 1KTQA 1HYZA 1HNVA 2XRIA 4JS5A 4AH9A 1TK0A 3OYMA 4KTWA 3I0SA 2X6NA 3ZSOA 4BE1A 4DQIA 3IAYA 3T1AA 1TGOA 4DLEA 3LWMA 2D0AA 2IAJA 4RG8A 4M3RA 1KCFA 3ZSVA 1SKSA 1HQEA 1VSLA 2EHGA 2RN2A 3MECA 3VQQA 4B9LA 2OPRA 5J2QA 3LANA 1Y97A 4DTUA 3LPTA 3VQBA 4HTUA 3U3YA 1IG9A 4KHYA 1LWFA 4DG1A 1BQNA 1JL2A 2O4IA 4KRFA 1CXQA 1X9MA 4RW7A 2HB5A 5HRPA 4LSNA 2QK9A 4CJWA 2XY8A 3MEDA 1EX4A 4KFBA 2HW3A 4E7KA 3AV9A 3LAMA 3QNOA 1RT7A 2HNZA 4B9UA 1KFDA 2YNFA 3ZSXA 3OYIA 4QAGA 1RT2A 3V4IA 4I9LA 3TAMA 4DFPA 4BACA 3TAFA 4M3ZA 2PYJA 1A5WA 3PUFA 4YFUA 1NK5A 1B9FA 4KB0A 4FJGA 4FK0A 3PV8A 1WSJA 2OPPA 1DTTA 1FKOA 1CZBA 1BISA 4B9NA 3KD5E 2QKBA 1S6PA 2BANA 4DLGA 3QESA 1U4BA 4DSFA 1ZBFA 4FZYA 3QERA 1RTDA 4DS4A 3KLEA 1VSFA 3PX4A 3SQ1A 4C8OA 3ZT2A 1VSKA 3KK3A 4DQPA 1VSDA 1NJWA 1T8EA 3DI6A 5FRNA 2I5JA 3A2FA 3HPHA 3MEGA 3ZT1A 4C8NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYAA 1Q81O 1QSLA 3J81O 1EO1A 1E4GT 3K58A 3EL2A 2Q0RA 2HOEA 3KKRA 4B1UB 4CJ5A 1ZBLA 2YKMA 4DTJA 1KRPA 3LDPA 5LMNK 1QZ6A 3M3ZA 3D2FB 2E8AA 4JI6K 4ELVA 3N4PA 2QWOA 4E1JA 3PO4A 3M1FA 4KHSA 1IBMK 1NK8A 5FLXO 1WAJA 1KVAA 1S22A 1V4TA 4GY2B 1DTQA 4BDZA 2F7TA 3B6OA 3AVBA 4OLAA 2FBTA 4JI4K 5AQFA 3CCQN 3F2KA 3SLCA 3EKSA 3G6EN 4JKEA 1KAYA 4Z0UA 1GLLO 3WNEA 4I2PA 4U67L 1N6QA 4B08A 3OYEA 1JCGA 3K5NA 2QXLA 4CESA 3CETA 4C8KA 3MK6A 3K9JA 1YVUA 3VEZA 1TL3A 3VESA 3C6UA 3QBWA 1YXQA 3V9WA 2ZE2A 1KVCA 4FJLA 1D8YA 3HP9A 1G99A 3PX0A 2FC0A 1GLEG 1Q18A 3CYMA 2NRVA 4A57A 3V9XA 1KC8O 5ELZA 2P9UB 5C15A 3VQ5A 4Z94A 4LF6K 1KXPA 3KJVA 2V51B 3S3MA 1O1WA 2QI2A 4BDYA 2VWJA 4FZZA 2IOCA 4MO5A 3WT0A 1GLDG 3KLHA 4FPAA 3VGMA 3THWA 2E1ZA 1LAVA 1R59O 4E7IA 2ZGZA 4HHTA 4DV4K 4BVOA 4HUFA 4BR0A 4CJEA 1N8RO 1REVA 4NXMK 4YHHK 4ELTA 1YJ9N 4Z4FA 4LF4K 3QEVA 1C0GA 3OYJA 4CK1A 3NAEA 2Q3SA 4KTZA 4CK2A 2I7NA 2HNYA 1RT5A 2O8CA 3C6TA 3OA9A 3NMUA 5SZTA 4CFBA 1I3AA 4LF5K 1IG8A 1Z26A 3P31A 3IFRA 5B8HA 1NGAA 3C94A 5KRTA 3FZFA 5SWMA 4AHUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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