3O4NA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain in mes buffer ph 6.0
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
133
Chain Sequence
QIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPASKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords integrase
total genus 47
structure length 133
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4nA00
2Q3SA 3KJVA 4DSLA 2HNDA 1NJZA 4E3SA 4RW8A 1HQUA 1LV5A 2FBYA 4OJRA 4AHCA 3QESA 1NK5A 3AVNA 4ZTJA 4GMJB 3TAQA 3K5OA 4CF1A 4Z4FA 1LWFA 4W5QA 3K58A 1RT3A 3DLRA 3SUOA 3U6FA 1TL3A 4IBNA 3ZT2A 3IAYA 4HHTA 3HJFA 2HNYA 3I0SA 4DQPA 5J2QA 1JL1A 4FLXA 3RRGA 3MAQA 3VQ7A 1CZBA 1I3AA 2WOMA 4Z0UA 1L3VA 4FJMA 3KK1A 1IO2A 3P5JA 2HHVA 3CQ8A 1B92A 4DF4A 3OYCA 4NCGA 1QTMA 4KB1A 1KVAA 2IAJA 1SL0A 1NJXA 4DTXA 4Z4HA 3HSTB 1NKEA 3CM6A 1S1VA 4DG1A 3I8DA 4FM1A 1QSSA 3L2UA 4C8KA 1IKYA 1D9FA 4OKEA 3ZSXA 2ITGA 4LH4A 4M41A 1JLQA 4H4MA 4CECA 3PX0A 1BCMA 2X6NA 4DFKA 1HNVA 1VSEA 2VWKA 3AVMA 5KRTA 2KFNA 2Z1GA 4Y1DA 1GOBA 1JKHA 3NF6A 4DTJA 3SQ2A 4AILC 1TK8A 4M3TA 4KKOA 4AHUA 4CFCA 1JXBA 3AO1A 3NCIA 4DTNA 3PV8A 3ASMA 4E1NA 4E7HA 3SUPA 2A1RA 1FKOA 2P5OA 4FJHA 1VRTA 3KK3A 1GOAA 3L2QA 1QE1A 3NGZA 2DFEA 3DM2A 1KFDA 3T1AA 3KKRA 3VQBA 2F8TA 1BHLA 4B9VA 3ISNC 1C6VA 4O4GA 4YFUA 2VG6A 1NOZA 1B9FA 4M3RA 5KGXA 4JRQA 1T8EA 3PY8A 2OPPA 3BGRA 3LP2A 3LALA 4F8RA 4M42A 2HHXA 2A1SA 2ZD1A 3K5MA 3K5LA 3K59A 4DQRA 4FJ5A 2Z1HA 4LH5A 1SUQA 3ZSVA 3SNNA 3D0PA 1NK8A 3KLGA 4KREA 2Y1JA 3LDSA 4JLHA 3LAMA 2RKIA 5T7BA 4CGFA 3RMAA 4CFAA 3SYZA 4K8ZA 3SQ1A 2Y1IA 3DLEA 2P5GA 1HJRA 3ZSWA 3KK2A 4KHSA 2E6MA 4DU4A 1XHZA 1EKEA 3ALYA 3KIOA 2DTUA 4KHUA 4HUGA 2BDPA 3K57A 3DRSA 1TGOA 3QERA 4GVMA 3VQEA 1ZBHA 2JLEA 2OZMA 4LY7A 2G8UA 3O4NA 4FLUA 3MXJA 3DLBA 4B9SA 4KHQA 1VSDA 3I0RA 4E7JA 4Z4EA 1JLFA 3VQCA 3KLFA 4CJRA 4FLTA 4KTZA 2P51A 4O0JA 2IOCA 3SQ0A 4Q0BA 4DFJA 3VA3A 2EX3A 1FXXA 4FXDA 2KZMA 5FROA 2HHSA 4WE1A 3RRHA 3TI0A 1U47A 4CEEA 2PZSA 3AA4A 2D5RA 4EP5A 4Q5VA 2KTQA 3OVNA 3LP0A 2W42A 2R7YA 3TAPA 1X9WA 4IDKA 2XO7A 3QLHA 3OYBA 4TSXA 4ELUA 1VSHA 2HB5A 4BE2A 4G1QA 1RT2A 3RR8A 3OYGA 1LAVA 1R0AA 4CJPA 4FK0A 1K6YA 1Y97A 1SKRA 2GV9A 1U04A 4CJKA 5E41A 3T19A 1DTTA 4FLYA 4H4OA 2IS3A 4DU3A 2G8IA 1HQEA 3NF8A 4FZYA 1S9GA 2FBTA 4I2QA 3QEVA 1D9DA 5JS1A 4ZHRA 1T05A 1JL2A 1WAFA 4CGHA 2PYJA 3F9KA 3TABA 3OJSA 3CFOA 3LZIA 4CF2A 3V9ZA 3M8PA 1VSKA 1Q8IA 3RMBA 4FVMA 4M3WA 5CYQA 1IKWA 2IDOA 4CEFA 3MEEA 4I7FA 4M3ZA 2RPIA 4B8AB 4F2SA 3QEIA 2I5JA 1NK6A 3M8QA 4CJVA 4ELTA 3OS1A 1RT1A 4DSKA 3LZJA 4HCBA 1S9EA 1JLBA 4LD0A 4CGJA 4KHNA 3WNFA 1DTQA 1HYVA 3AVLA 1VSMA 2BANA 4J2EA 3DMJA 4CJ3A 4CJFA 4KRFA 4NCAA 2PYLA 4AHRA 1ZBLA 4W5RA 4DSEA 4I9LA 2XHBA 1SKWA 4C8LA 4HCCA 4KAZA 3LPTA 4W5OA 2YV0X 3V9SA 3TAFA 1NKBA 4EZ6A 2AJQA 4ZTFA 2XRIA 1BIZA 1QS4A 3VQ4A 2KW4A 4RW7A 4LSNA 4M3UA 4B8CA 1RCHA 3QINA 1RTHA 2X6SA 4CJTA 4M3YA 5J2PA 2KFZA 4ID5A 3HO1A 4LSLA 4BE0A 3PX4A 3IG1A 3NGIA 4DFMA 1JLGA 4CHNA 1S6PA 3KLIA 4IG0A 2OPQA 1BL3A 4KTWA 4DMNA 1LWCA 4RW9A 3ZT3A 3TARA 4OLAA 4DWIA 3KD1E 2ETJA 4H8KA 1F21A 3JYTA 1WSEA 3OJUA 4F4KA 1JLEA 4BWJA 4FM2A 4DF8A 3SQ4A 3HP9A 4RW6A 3V1RA 3ZSQA 1SL1A 1Z26A 1XC9A 3MXMA 3QIOA 4EZ9A 2HVIA 4B9UA 5CYMA 1RDBA 4B9NA 1U49A 4ID1A 3OYEA 3NE6A 4CF0A 3VQ5A 3TANA 1BIUA 3C6UA 4DFPA 4CEAA 4EP4A 1WNSA 3U3YA 4CEDA 1W9HA 3AVBA 4CGGA 1RILA 3WNHA 4IKFA 2Z1IA 4J2DA 3C6TA 3PUFA 3BDPA 4FJ8A 4NCBA 2P1JA 3QIPA 4FJXA 4IFVA 4DS5A 3RMDA 3VQ6A 1L3TA 4KHYA 3RR7A 3LWMA 3U3GA 2B6AA 2VWJA 2XY8A 4FJ9A 2PY5A 4L8RB 4DTRA 5C42A 4CE9A 1JXEA 1RDCA 5EU7A 1UOCA 1BQMA 2B4JA 4YNQA 3VA0A 4FJGA 1HRHA 1RTIA 3G0ZA 3NDKA 4Y1CA 1WSFA 4DQSA 1VSJA 3ZCMA 5HP1A 4Z4GA 3OYNA 3HVRA 4FK4A 3AVAA 1RBVA 2E4LA 4DSFA 5D3GA 1C0UA 3JSMA 5K14A 3AVIA 3K2PA 5HLFA 2G8HA 4OPJA 3DOLA 3S3OA 2BE2A 1Q9XA 4CCHA 2D0CA 3OYIA 3AA2A 3V1OA 1L5UA 1TAUA 4CJLA 4CEBA 1NJWA 3OYDA 1S6QA 1VSIA 3P1GA 5FRMA 4DLEA 4FJ7A 2QK9A 3MECA 3V9WA 3IRXA 3P83D 1DLOA 3CG7A 4CERA 4F2RA 5DMRA 1RTJA 1D5AA 3SJJA 1HYSA 3EZ5A 2YHBA 3OYAA 1JLCA 2HNZA 3DYAA 3LPUA 1BGXT 3O4QA 4O44A 4CK3A 3AV9A 3DRPA 3KTQA 3SI6A 4O55A 3V1QA 1RBSA 1BCOA 3HL8A 3CFPA 1WSHA 3NF7A 4UQGA 1TVRA 3OY9A 4DU1A 4KB0A 1ITGA 4IG3A 1FKPA 2OPSA 4E7IA 1RT4A 4BWMA 1WLJA 1KVCA 1U48A 3HP6A 3QNOA 3AVCA 4CHPA 1UA0A 2VG5A 2YKMA 4B08A 4DTSA 4KPYA 4CGDA 4JS5A 2YNIA 1VSLA 3PO4A 1NOYA 4OKKA 1S5JA 3UIQA 3HM9A 2OA8A 4O5BA 1NJYA 1XHXA 3ZSRA 3DRRA 3SCXA 4RW4A 1REVA 4KHWA 4C8MA 4CEOA 1RDDA 2XY6A 3TR8A 4J2AA 4C8OA 3TAEA 2HHQA 3ZSOA 1YTUA 1TKDA 2HHTA 1HNIA 5KTQA 2GUIA 3FFIA 4GW6A 4CJSA 3H08A 4E7KA 1ZYQA 2XY5A 1W0HA 2G8FA 3SV4A 1TL1A 1RNHA 1T03A 4QAGA 2HHWA 1IKXA 3SZ2A 4FW1A 3HPOA 1BQNA 2DFHA 1RBRA 3WNEA 4DQQA 3L3VA 1B9DA 1C1AA 1NK0A 4CHQA 1YVUA 3RWUA 1J53A 1VRUA 1J54A 2ZE2A 4IFYA 4E89A 2NUBA 4PWDA 1RTDA 2EHGA 4CFDA 4CK1A 3L2VA 4JRPA 3KKSA 1EP4A 3EY1A 2RN2A 5HRNA 3RMCA 3DLGA 3VQ8A 1HMVA 3AO5A 3WNGA 1X9SA 4DSJA 1C1BA 1KSPA 1S1XA 3HXMA 3EYZA 1L3SA 1ASUA 1LW0A 3MEDA 3QEXA 2KQ2A 2WONA 1KRPA 1XI1A 3OS2A 2GBZA 4DTPA 3LP1A 4FCYA 4FJKA 1BI4B 4E7LA 1I39A 5C25A 1NKCA 1A5WA 1J9AA 2F96A 3AO2A 4ICLA 1U4BA 4E1MA 4QCLA 3SPZA 4W5TA 3HVTA 1JLAA 3TAGA 3QEPA 1UWBA 2ZQBA 3QO9A 4AHTA 5SZTA 1SL2A 3HK2A 1EX4A 1A5XA 1LW2A 3AVFA 3AVGA 2RF2A 3AVHA 2IC3A 2BGGA 1CZ9A 4E19A 2FC0A 2X74A 2YHAA 1TAQA 3DI6A 2D0BA 1SKSA 4BE1A 1EETA 3S9HA 4FJJA 4N47A 4N76A 3ZT0A 4CIGA 1D8YA 3VQ9A 2DFFA 2OYQA 4I9QA 4I2PA 2XY7A 3THVA 4DTMA 2O4IA 3NFAA 4FJNA 1UAXA 3S3MA 2B5JA 5FDLA 3VQPA 5HRSA 3L3UA 1N5YA 4B9LA 3VQDA 1Q9YA 4FZXC 1WN7A 4B9MA 2QXFA 4CJEA 3PX6A 2LSNA 3OS0A 4FLZA 4JS4A 1KTQA 4CK2A 4O0IA 1WSJA 1VK0A 3B6PA 1LAWA 4C8NA 2QKKA 1YTAA 1X9MA 3CYMA 4RG8A 3LP3A 1IKVA 4B3OA 4CF8A 4QOZB 3B6OA 4DLGA 1CLQA 1RBTA 3DOKA 5KRSA 1TK0A 3ZT1A 5KGWA 3NH0A 1RT6A 2YKNA 5DK5A 5I3UA 3A2FA 2F8SA 4CHZA 1QSYA 1U45A 1IH7A 1TKZA 3VN5A 5J2NA 3C95A 1TK5A 1QSLA 2D0AA 2E6LA 3AO4A 4HVJA 2Z1JA 4CJWA 3O3HA 3K5NA 1RT7A 4KV8A 4CEZA 1YT3A 5HROA 5J1EA 4M3XA 5FRNA 1TKXA 3KD5E 3V81A 2G8KA 2YNHA 2G8VA 3M8RA 3OYKA 4N5SA 3M8SA 1WSGA 1N6QA 3OYFA 4OKJA 3QEWA 1TKTA 4BDPA 1CXQA 4OGEA 3V4IA 1LWEA 4HUFA 2HVHA 4FLVA 4DTOA 1ZBIA 4BDZA 5C24A 1NK7A 3T3FA 1ASWA 1QQCA 1ZBFA 4FM0A 3PO5A 4PUOA 1ASVA 2HHUA 4R5PA 4FK2A 3SV3A 2OPRA 4CIEA 3VQQA 3OYMA 3CFRA 4B9TA 3MXIA 1NK9A 2ATQA 5SWMA 4DSIA 1EXQA 4KO0A 4M45A 4CEQA 3KLEA 4ELVA 4F3TA 1J5OA 5KI6A 3V6DA 2VG7A 4Z4IA 1S1WA 4AHVA 2QKBA 5CZ2A 1CXUA 3TAMA 4FZZA 1S1UA 2YNFA 3NF9A 4HTUA 3HPHA 1GOCA 4CIFA 1MU2A 1TV6A 4HUEA 4BACA 1RBUA 2YNGA 1RT5A 3NHGA 4CFBA 1SV5A 4CF9A 3KLHA 3SUQA 3OYHA 2G8WA 5HBMA 3ZSZA 1KLNA 1WSIA 3ZT4A 4KTQA 2HW3A 1KVBA 1BI4A 4NYFA 1KCFA 3LWLA 2JGUA 1KLMA 3LAKA 3DLKA 4N41A 2FBXA 1VSFA 2O4GA 3E01A 3NH1A 3F73A 3OYLA 3HYFA 1ZBUA 3MEGA 3L8BA 1BISA 3V9UA 4KFBA 3NAEA 4PA1A 1RDAA 3DLHA 4FW2A 4KI6A 2IGIA 3CM5A 4CJ4A 4FYDA 3L2WA 1Z25A 4PY5A 2DY4A 3O3GA 3G10A 1WAJA 4AH9A 3OYJA 3ULDA 4E0DA 4MQ3A 2HMIA 3ITHA 1HPZA 3NGYA 1C0MA 5HRPA 1L3UA 1IG9A 1NK4A 3TWHA 4DQIA 3AVKA 1C0TA 2KZZA 3NBPA 3D45A 3V9XA 1T7PA 2X78A 3LANA 3AO3A 4CHYA 3QETA 3QNNA 3SPYA 2FBVA 1XWLA 4OLBA 4W5NA 3VQAA 4DS4A 4OGCA 3NH2A 5JS2A 4CJ5A 3HPGA 3HT3A 5HRRA 4XIUA 4OPKA 4NYNA 3C94A 4OVLA 3L2RA 5J2MA 1UA1A 3IS9A 4MFBA 4FJIA 1O1WA 5I42A 3ZSYA 4J2BA 5CY4A 1A5VA 1QHTA 1HYZA 4FJLA 4PQUA 3SUNA 1KFSA 2OZSA 3RTVA 1G15A 1X1PA 1FK9A 3AA3A 1S1TA 4CHOA 4Z4CA 4N56A 3O3FA 4CJQA 3S3NA 3AA5X 4KI4A 4FLWA 4K8XA 4AHSA 4F3OA 5CZ1A 4BDYA 4CGIA 4CESA 4CJUA 3AVJA 4DTUA 1C1CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NJZA 1HQUA 3UB5A 4AHCA 3QESA 3AVNA 3VF2A 3K5OA 4CF1A 4Z4FA 3SUOA 3U6FA 4RCHA 4FPBA 3HJFA 2HNYA 4FLXA 1NBWA 3CCRN 3VQ7A 4BRKA 4FJMA 4DF4A 5E26A 4PKHA 1U2VA 3BEXA 3VOVA 2IAJA 2F9WA 1NGBA 3OBWA 1KAYA 1NKEA 1S1VA 3I8DA 2W6LA 1IKYA 4OKEA 4DV5K 1JLQA 3TTFA 3OW2M 4DHYA 2ZGZA 3PX0A 1Q81O 2FLOA 1HNVA 5GINA 5KRTA 2Z1GA 5AQVA 3SQ2A 1JKHA 3CC7N 4M3TA 3I55N 4AHUA 4DTNA 3PV8A 3ASMA 1XMOK 2P5OA 2A1RA 3THXB 1C0GA 3VQBA 4AF1A 3ISNC 2A42A 2VG6A 3GDQA 3R8EA 4M3RA 4JRQA 2OPPA 3LP2A 4F8RA 4H0YB 4M42A 2OANA 2A1SA 3K5MA 4IO8A 2E20A 3H46O 1SUQA 1GLJO 3D0PA 1NK8A 3KLGA 4KREA 2RKIA 3GG4A 5T7BA 3CC2N 2UUBK 2Y1IA 2P5GA 3D2FB 5AQIA 3WUHA 4DU4A 3MDQA 3HBTA 5GAGP 2DTUA 4KHUA 5BPNA 3K57A 1N8RO 3VQEA 3E9LA 2JLEA 5M1OA 2G8UA 2BTFA 3O4NA 4FLUA 4B9SA 3BP8A 5GAHP 4C1NK 4WQ5C 4E7JA 1JLFA 1NLVA 3CC4N 2P51A 3J7YP 3VEOA 1R59O 4PKIA 5AZIB 3VA3A 4FXDA 5FROA 4V19S 3AA4A 2D5RA 3KK7A 2W42A 2HMPA 2CH5A 2ZWHA 5AQKA 4TSXA 3ID6A 4B3SK 2HB5A 3OHRA 2VQFK 4MDBA 3RR8A 3RSEB 4E1JA 4FK0A 1K6YA 2GV9A 5E41A 3CXCM 4FLYA 2ZGYA 1S9GA 1D9DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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