3O4NA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain in mes buffer ph 6.0
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
141
structure length
133
Chain Sequence
QIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPASKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 47
structure length 133
sequence length 141
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4nA00
4Z4CA 5KGWA 4CGGA 1LWEA 4KAZA 1HYSA 1C1CA 4BDZA 2O4IA 1WSHA 4QAGA 3CFRA 1NOZA 4B9LA 4FJNA 3KJVA 3AVIA 3U3GA 3NGIA 4CE9A 4CHNA 4DTMA 2X74A 4OJRA 5J2MA 3TANA 1IH7A 3OJSA 2LSNA 1UWBA 3VQPA 2X6SA 1TV6A 2F8TA 4AHUA 1JLFA 2YKNA 2VG6A 1SKSA 3TI0A 3PV8A 4DS5A 4LD0A 1W0HA 4CESA 3QEVA 1ZYQA 2HHTA 4BE2A 3RMBA 4E7JA 4F2RA 2QK9A 5SWMA 1ZBLA 2PZSA 3L2RA 1RCHA 5KRTA 4RW8A 2BANA 4M3TA 2X78A 4KB1A 3HJFA 1NJYA 4Z4FA 4DU4A 3TAPA 1EETA 1L5UA 1QSYA 4CJSA 3RMCA 4CJQA 1QHTA 1J53A 3OS2A 3M8RA 3I8DA 1NOYA 4DFPA 1KFSA 3I0RA 5I3UA 1U47A 1Y97A 3OS0A 5EU7A 4MFBA 1RT1A 3AA2A 3AV9A 3DLKA 1X9WA 2HNZA 1D9DA 3TARA 2XO7A 3V1OA 3C6TA 1WSGA 1ZBHA 4CF8A 1QTMA 4CCHA 4FM1A 3HVTA 2E4LA 4CK1A 2IDOA 3NH1A 4AHVA 3ASMA 3KLIA 3RMDA 3AVAA 3LANA 2KW4A 4LH5A 1EP4A 1RDDA 3UIQA 4OGEA 5JS1A 4IG3A 2YV0X 3L2WA 3PO4A 3CM6A 1RT5A 4E7HA 4CIFA 4N41A 5HRPA 5D3GA 4RW9A 3QETA 3LP1A 1DLOA 3RRHA 3AA4A 1LWCA 3E01A 3JSMA 4KHUA 4M3ZA 4DSIA 4LY7A 3F73A 3L2VA 3ALYA 3B6PA 2VG5A 4ICLA 3CQ8A 4FJJA 4TSXA 2GBZA 1XHZA 3HO1A 1UA1A 2WONA 3KKSA 4FW1A 2KZZA 4M41A 3JYTA 4K8ZA 4XIUA 2B5JA 4CEQA 3NHGA 5KRSA 2KZMA 1D8YA 4FJMA 2OZMA 2KQ2A 3LALA 4I9LA 3NCIA 3V1QA 3SV3A 1TK8A 1D5AA 1SL2A 4DTJA 1ZBUA 2BDPA 2G8FA 3VQCA 4ZHRA 4FLTA 4E1NA 2Y1IA 4FK0A 1CZ9A 4KREA 3QIOA 4HHTA 1BL3A 1LWFA 3NF8A 4FLXA 3VQDA 5J1EA 1TK0A 4C8KA 3S3MA 1RTHA 3F9KA 3DOLA 5J2PA 4DU1A 4M45A 3PO5A 2B6AA 1XWLA 4N47A 4I7FA 3IRXA 4CGHA 4Z4GA 2IC3A 1L3SA 1JL1A 2P51A 3KLEA 4DLGA 2OPSA 2G8UA 4K8XA 4B9NA 4E19A 4E89A 1J9AA 5CYQA 3V9ZA 2XY5A 1KLNA 4Z4EA 4FJKA 3KD5E 1O1WA 1S5JA 4RW7A 3HP9A 1UAXA 4Z4IA 4DSFA 4AHCA 1L3TA 2G8VA 1VSFA 4KTQA 2R7YA 3SUOA 4DSLA 2HNDA 1WNSA 2FBYA 1ASWA 3S3NA 3I0SA 4ELTA 1A5VA 4E0DA 3SI6A 2PYLA 2OPRA 3WNEA 4E7KA 2E6LA 2DFEA 5FRMA 4CJTA 3MAQA 4CGFA 3NDKA 5HLFA 2ZE2A 3VQ5A 1EKEA 1HYVA 3NE6A 4KV8A 3VQQA 3MXJA 4QOZB 3V9UA 2QKKA 3O3FA 1Z26A 1CXUA 3V4IA 4CF1A 1JLCA 1SUQA 3VA0A 3SNNA 1NJWA 4DQRA 2YNIA 4CK3A 4QCLA 4M3XA 4CJKA 3OYHA 3NF6A 3ZT3A 3CFPA 3HVRA 4KI4A 4ID1A 3AVBA 3SQ1A 1VSIA 1LAVA 4IKFA 4E3SA 4W5QA 4CHQA 1JLEA 4O55A 2EHGA 3KLHA 3U3YA 3ZSVA 1QSLA 2FC0A 4H4OA 3MXIA 3VN5A 4IBNA 5J2NA 3S9HA 2G8KA 4KHYA 4DLEA 1X9SA 2I5JA 3ZCMA 3KK3A 2G8HA 3KK2A 2WOMA 4F8RA 1VSDA 4FM2A 4F3TA 1REVA 1LW0A 2JGUA 4CIEA 3NH2A 1GOCA 1JLAA 2OZSA 2GUIA 3ITHA 4CGDA 4FJ7A 2HHXA 1S1UA 3OYEA 1NK7A 1NKBA 4AHSA 3ZSOA 4FJGA 3DM2A 2G8IA 4KRFA 3VQ9A 4CJLA 1CLQA 2P5GA 3RR7A 3SQ4A 2F96A 3CG7A 1KVCA 1HQUA 4B8AB 3NF9A 4OLBA 4FM0A 1WAFA 2X6NA 1BIZA 1WLJA 2Z1HA 1S6PA 1RBRA 1NJXA 4FK4A 1BCMA 1KTQA 1ZBIA 3G10A 4B3OA 2D0CA 2FBTA 3V9WA 4DSJA 1XHXA 1NK6A 1F21A 1TK5A 3AVHA 4OKKA 3AVJA 1KLMA 2ATQA 4CEBA 1IKXA 4G1QA 1JXEA 3OYMA 3NAEA 3ULDA 4Z0UA 4DG1A 3C6UA 3ZT2A 1VSEA 1BGXT 4FJXA 3V6DA 1QSSA 4ELUA 3HSTB 3OVNA 3HPGA 3O4QA 1KVAA 4R5PA 3DLRA 4OLAA 5HRSA 1FKPA 4W5TA 4CJVA 4FLUA 4ZTFA 3VQEA 1HJRA 4H8KA 1YVUA 3LP3A 3OYBA 4DMNA 3SZ2A 2OA8A 4CF2A 2RPIA 3HPHA 4J2EA 4DTUA 2DTUA 1VSLA 3K57A 5HBMA 4AHRA 3AVGA 4Y1CA 4YFUA 3NFAA 4CEAA 1WSEA 3ISNC 4FW2A 4F3OA 1HYZA 2HHQA 3HL8A 4BACA 1RDCA 4N56A 3S3OA 3KKRA 2KTQA 4KHWA 3QO9A 3AVMA 3P83D 3SPYA 3NGZA 3ZT0A 1TL1A 1RBSA 1FXXA 3MEGA 1BQNA 1LAWA 1LW2A 1HQEA 4IG0A 5HRRA 3SV4A 3DLBA 2YNFA 1L3VA 3LZJA 5C24A 4C8LA 1IKVA 5HP1A 1RILA 1SKRA 4M42A 4FVMA 4FZXC 1NJZA 1S9EA 5CZ1A 4EZ6A 1RT2A 1U04A 5C42A 1TKDA 1HNIA 3C94A 4WE1A 3SCXA 1N6QA 1YT3A 4DQSA 5HROA 1S1TA 4FCYA 4O0JA 1TKXA 1IKYA 2QXFA 3KIOA 3SQ2A 1KCFA 1XI1A 2F8SA 1VRUA 4E7IA 4DTXA 3SPZA 3OYDA 4NYNA 4FJIA 3HT3A 4NCBA 1B9FA 4CFDA 4B9UA 3IS9A 5CZ2A 3RRGA 5FDLA 3LZIA 2RN2A 2A1SA 4ZTJA 4KO0A 3LAMA 4HVJA 1N5YA 4AHTA 1ZBFA 4O0IA 3NH0A 5SZTA 3V9SA 3RMAA 3QIPA 4CEEA 4CFBA 3HK2A 5HRNA 1S1VA 4CF9A 3KD1E 3ZSZA 3OS1A 1VSKA 3LDSA 4HUEA 4FJ8A 3G0ZA 4DF4A 4CGJA 2HVIA 2KFZA 1RNHA 3VQ8A 3OY9A 3AVLA 1K6YA 3ZSWA 4PQUA 1EXQA 3QERA 3DOKA 4I2PA 1FK9A 3P1GA 5CY4A 1SKWA 4O44A 3QEIA 2HB5A 3AA5X 4OPJA 4DTOA 3P5JA 1RT3A 1YTAA 3PX0A 3KLGA 3DI6A 4DWIA 4W5OA 1CXQA 1L3UA 3AO5A 3THVA 4M3YA 2IGIA 3AO2A 3T1AA 4HCBA 3PX4A 4FK2A 1QE1A 4DQQA 4B08A 4CEOA 4FJLA 1BHLA 4Q0BA 3OYLA 3AVNA 3AO4A 4FZYA 1U45A 1HRHA 2FBXA 1RDBA 1C0TA 1ASUA 1JLQA 1HMVA 3LPTA 2HW3A 1JLGA 4I9QA 3K5MA 3LAKA 4CJWA 1IO2A 4LSNA 1ITGA 3TAFA 2G8WA 3IAYA 1GOAA 3TR8A 4DTSA 4RG8A 3WNFA 3QEWA 4KHNA 5E41A 2B4JA 4C8NA 1UOCA 1RT7A 4Z4HA 3ZT4A 2YHBA 3KK1A 1DTTA 3CM5A 4JS4A 3SUQA 4M3UA 4AILC 4CJPA 1Z25A 4L8RB 3DMJA 1J5OA 1B9DA 2W42A 3SUNA 4CHZA 1VRTA 2FBVA 4KFBA 4KTZA 4DTRA 2Y1JA 2QKBA 4FLWA 1WAJA 4CEFA 1Q9YA 5DMRA 3ZSQA 1QS4A 3QNOA 1NK9A 4PY5A 4M3WA 3T3FA 3QEXA 2OPQA 3TAEA 1X1PA 3C95A 4NYFA 3L2UA 4KTWA 4DTNA 3K5NA 4HUGA 1JKHA 1WSFA 4CJUA 3EZ5A 3QLHA 3AVKA 2NUBA 3MEEA 3AO1A 1ASVA 5CYMA 4IFVA 4CHPA 3L3UA 3QESA 4HCCA 1C0MA 2ETJA 1MU2A 4CHOA 4W5RA 4B9VA 5FRNA 1WSIA 2OYQA 2ZD1A 4DTPA 3V9XA 4J2AA 3WNHA 4UQGA 1FKOA 3K58A 1TKZA 4BDYA 1LV5A 3KTQA 2XRIA 4KPYA 1NKCA 4KKOA 4DFKA 4OKJA 1A5XA 4B9SA 2IAJA 4GW6A 2HHVA 5T7BA 4RW4A 1RTDA 4EP4A 4N5SA 1T03A 1S1XA 2ITGA 4GVMA 4FYDA 3NBPA 4N76A 3D0PA 4KHQA 3DLGA 3BDPA 2E6MA 1U4BA 2DFFA 4DFJA 5KTQA 3KLFA 4ID5A 4B9MA 3PUFA 3ZT1A 1UA0A 1NK5A 2YNHA 4FLZA 2Z1IA 3AVFA 4HUFA 2D0BA 1RTIA 4OGCA 4DU3A 3DLHA 4ELVA 4I2QA 3TAQA 3OYFA 3EYZA 1JL2A 5KI6A 3OYAA 4DSKA 4PUOA 4CFCA 4OVLA 2RF2A 2GV9A 3VA3A 3OYIA 4CEDA 1C6VA 3O3HA 4JRQA 1IG9A 4JLHA 4IDKA 4LSLA 1T8EA 3MXMA 3ZSRA 3VQ7A 4CERA 3HPOA 3V1RA 4HTUA 5C25A 3U6FA 3V81A 4GMJB 2PY5A 1VSJA 1SL0A 1TVRA 3TWHA 4DF8A 1RT6A 4CJEA 4BWMA 3WNGA 3VQ6A 3PX6A 2ZQBA 1WSJA 4OKEA 2P1JA 2HNYA 1RT4A 4O4GA 4Y1DA 3TABA 1T7PA 1IKWA 3SJJA 1BI4B 2HVHA 4PA1A 1B92A 4CFAA 2PYJA 4BE1A 3M8QA 4C8MA 2DY4A 4CK2A 1RDAA 3RWUA 3QINA 1BQMA 1VK0A 4J2DA 3SQ0A 4IFYA 4B8CA 1W9HA 2Z1GA 4KI6A 1C0UA 1S9GA 1VSMA 1RBTA 2XY8A 4CJ5A 3DLEA 4FJHA 1BISA 4AH9A 3OYNA 2VG7A 2JLEA 3RTVA 2D0AA 4CHYA 4OPKA 4CECA 3AVCA 3HP6A 1S1WA 1S6QA 3CYMA 1TAQA 4RW6A 5FROA 3LWLA 1NK0A 1CZBA 1RBUA 2P5OA 1YTUA 1U48A 4BWJA 1SL1A 2AJQA 3A2FA 4CIGA 4NCGA 3AA3A 3PY8A 4PWDA 3K5OA 5JS2A 1C1BA 4CJ3A 4CF0A 1NKEA 1HNVA 3VQAA 5I42A 3ZSXA 3OYJA 3K5LA 4FXDA 3SUPA 1BIUA 3DRRA 2IS3A 3OYKA 4H4MA 3B6OA 4DSEA 4DQIA 3HM9A 3VQBA 4YNQA 4E1MA 4FJ9A 1J54A 1TGOA 4KHSA 4E7LA 3RR8A 1KRPA 4CEZA 4O5BA 3L3VA 3DRPA 1QQCA 3LP2A 4FLVA 1Q8IA 4M3RA 4DFMA 4KB0A 2YKMA 2YHAA 2HMIA 1HPZA 3H08A 1I3AA 3QEPA 4EZ9A 3OYCA 4BDPA 1RBVA 3LWMA 4F2SA 2IOCA 3OYGA 5K14A 3QNNA 1JLBA 1VSHA 2Q3SA 2KFNA 1DTQA 3OJUA 2DFHA 3O3GA 2XY6A 1GOBA 2EX3A 3VQ4A 1KSPA 4B9TA 3TAMA 2VWJA 4DQPA 2BGGA 3FFIA 2HHWA 1C1AA 3DYAA 3MECA 4CJ4A 1BI4A 1I39A 3ZSYA 2HHSA 3IG1A 4JS5A 4JRPA 1JXBA 1X9MA 2A1RA 4F4KA 3O4NA 4Q5VA 4C8OA 2BE2A 4DS4A 4FZZA 1KFDA 2YNGA 4BE0A 3T19A 1NK4A 4LH4A 2OPPA 3TAGA 1TL3A 1NK8A 4J2BA 1G15A 3NGYA 1T05A 3HXMA 3K59A 5J2QA 5KGXA 3EY1A 3K2PA 4CJFA 4EP5A 4FJ5A 4NCAA 3LP0A 3NF7A 1RTJA 2XY7A 4FLYA 1WN7A 3L8BA 1BCOA 1TKTA 1XC9A 2D5RA 3CFOA 1U49A 1D9FA 3SYZA 3D45A 1TAUA 2HHUA 4W5NA 3AO3A 4CGIA 3M8SA 3HYFA 4MQ3A 2XHBA 1R0AA 1A5WA 2VWKA 3M8PA 5DK5A 1SV5A 4CJRA 3L2QA 3DRSA 2RKIA 1EX4A 2O4GA 1KVBA 3BGRA 3LPUA 1Q9XA 2Z1JA 3MEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CGGA 1LWEA 1K73O 2O4IA 4ISFA 1XNQK 4QAGA 1NOZA 4B9LA 3KJVA 4KBOA 4CHNA 1HNXK 4OJRA 2WFBA 3OJSA 1TV6A 1BU6O 1JLFA 3TI0A 5AR0A 4LD0A 1W0HA 2HHTA 1N8RO 2HHHK 4GV6A 5SWMA 1ZBLA 1WUAA 5KRTA 3MX2A 4G9ZA 3SLCA 3SBTA 3HJFA 3TAPA 3ULEA 5BRHA 4CJQA 3OS2A 1NOYA 1Y97A 2E1ZA 1ZXOA 2HNZA 1D9DA 4HTLA 3TARA 3V1OA 4FM1A 3HVTA 2IDOA 3O5BA 4H0TB 4PKHA 1NLVA 1QQMA 4LH5A 4OGEA 4M7YA 3L2WA 3C0BA 2YX6A 4CIFA 3ZX0A 3E1YA 3RRHA 4MDAA 3AA4A 3E01A 3JSMA 4KHUA 4M3ZA 4Y0WA 3K0SA 3L2VA 5IT9O 4X66K 4XH5A 4JK7A 4LF7K 3SK3A 3JS6A 2WONA 3TTFA 3CCQN 3KKSA 4R79A 3IKMA 3NHGA 2H3GX 4FJMA 3V1QA 1TK8A 1D5AA 1J6ZA 2FSJA 1HX1A 5IWAK 5AQNA 4ZHRA 4FLTA 4FK0A 1CZ9A 3VF4A 4YOXA 4DR1K 3VGKA 4C8KA 4WQ5C 2IIRA 5J2PA 4NO7A 2P51A 4BG8A 1J9AA 3O9QA 1S5JA 5AFUH 1UAXA 4DSFA 1VAZA 4AHCA 4JKHA 1GLCG 3MN5A 2A6AA 1ZC6A 3BF1A 4ELTA 5C12A 4B9QA 3WNEA 2I7NA 3SAFA 2E6LA 2DFEA 5FRMA 4CJTA 4CGFA 5HLFA 4FWRA 3TTDA 3VQ5A 3MXJA 4DR4K 1Z26A 3CMAN 5JLFA 1JLCA 2P9PB 4DQRA 5FPEA 4QCLA 4CJKA 5KQ8A 3NF6A 1JCFA 4KI4A 3UB5A 2E1YA 2QWQA 1LAVA 4E3SA 2P9UA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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