3O4QA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain a182t in citrate buffer ph 6.2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
145
structure length
136
Chain Sequence
LGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords integrase
total genus 50
structure length 136
sequence length 145
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4qA00
1S6QA 4CFAA 4DLGA 5I3UA 1I39A 2YNHA 4C8LA 4N5SA 1RT3A 4CJFA 3PV8A 3SUQA 4EZ9A 3TWHA 1TKTA 3TAPA 2OZSA 3LP2A 3M8PA 3G10A 4PA1A 2VG6A 3AV9A 4F3OA 3OVNA 4B9LA 4C8MA 4W5RA 4FJ9A 4KKOA 3SUOA 1NK7A 1HQEA 3LAMA 4KAZA 2IAJA 4H8KA 3K59A 4Z4CA 1EP4A 2FBYA 2OPQA 5EU7A 3AVHA 4CGJA 3TANA 1Q9YA 2E6MA 3G0ZA 2B6AA 4JRPA 1TAUA 3ITHA 1RILA 1GOBA 4RW7A 3VQ7A 2VWJA 3CFPA 4LY7A 4DQQA 4CJRA 4ELVA 3KLFA 3DMJA 1RT7A 4J2DA 1SL2A 1FXXA 5HRPA 3DLEA 2Z1IA 1U48A 5FROA 1C1CA 2XHBA 3LP0A 4DQRA 3MEGA 4FJNA 1MU2A 4DTSA 1WSIA 3MXIA 3NGZA 1VSFA 4DFKA 1IG9A 3KLHA 1W0HA 1RDCA 3LDSA 1WLJA 1U4BA 2P51A 4EP4A 2QKKA 3RMDA 1U45A 4DFJA 4W5OA 3LP3A 3TR8A 5SZTA 2EX3A 3OYNA 4KHQA 4DSJA 1XHXA 4F4KA 3VQ4A 1C0TA 1KCFA 5KI6A 5T7BA 3OS0A 2BANA 4CK2A 4CF9A 1SKSA 4F8RA 3PY8A 1BQMA 1C0UA 3QINA 3DOLA 5JS2A 2HW3A 3LAKA 3S3MA 2HNZA 3KLEA 1Z25A 3LZJA 4E89A 1VSMA 1IKYA 3AO4A 5DMRA 2BE2A 3SQ1A 1RTIA 5FDLA 1LWCA 4FM0A 1WSHA 3HSTB 3LP1A 1TL3A 2A1SA 1RDAA 3T19A 4CJTA 3TAGA 3KJVA 4K8XA 2HHXA 3OYIA 2W42A 4Z4HA 1NOZA 2YHBA 2HHSA 1KFDA 1ZBUA 1HNIA 2YNIA 3KLGA 1LV5A 4BACA 1S9EA 4Q5VA 1NK5A 1NJXA 4E0DA 4M3RA 2ITGA 3V1OA 4FYDA 2IDOA 4CIFA 1U47A 1W9HA 4MFBA 1T03A 3NDKA 3HPOA 3SUNA 3ALYA 3NF8A 5CY4A 4CIEA 3TARA 4M42A 3K5MA 4ZTJA 4FLYA 2KQ2A 4CF8A 4DF4A 4F2RA 4CK3A 1FK9A 4FW2A 2HHUA 4OKJA 5CZ2A 3H08A 4KREA 3V1QA 2GV9A 2F8TA 4I2PA 5KGXA 3M8SA 4AILC 3P1GA 4NCBA 4ELUA 1UAXA 3KK3A 3CFOA 3RTVA 4FK0A 3HPGA 1J54A 1VSHA 2VWKA 1D9DA 3DLBA 4DSKA 4IKFA 3WNGA 3V9WA 1CZ9A 4DSFA 4CECA 4QAGA 4B9TA 1LW0A 3M8QA 5KTQA 4Z0UA 3O4QA 1IH7A 4IG3A 1XWLA 4CEAA 1RBSA 2FBVA 3CM5A 3M8RA 4FJGA 4YFUA 3NBPA 3RR8A 3LANA 4QCLA 1HPZA 4BDYA 3OJSA 4KHNA 3LPTA 4CJUA 1KSPA 4KTQA 4L8RB 3AO1A 2DFHA 4RG8A 1EX4A 1JL1A 1C1BA 3RR7A 3NF7A 4NYNA 4O0IA 2DTUA 4F3TA 3VQ8A 1ZBIA 4I9QA 1LAVA 3FFIA 3NH2A 1A5VA 2D0BA 3P83D 4EP5A 4TSXA 3K5LA 4OVLA 2ZD1A 1HNVA 4CGDA 3RMCA 1BI4B 3BDPA 1UWBA 3OYKA 4FLWA 4O0JA 1S6PA 4B08A 4OPJA 3O3FA 1JLEA 4DTNA 1Q9XA 4M3UA 2BGGA 3QLHA 4CJ4A 1KFSA 2OZMA 3AO5A 4AHTA 1QQCA 1QS4A 2XY8A 4KHYA 3JYTA 1C1AA 3PUFA 1JLCA 4Y1CA 1QE1A 4C8KA 2D0AA 4C8OA 4F2SA 4H4MA 4AH9A 1VSKA 3WNFA 4CJPA 1YTAA 2Q3SA 4KV8A 4LD0A 4CE9A 3AA2A 4JS5A 1RBRA 4DTMA 1NOYA 4KB0A 4J2AA 1HYVA 1ZBHA 4KHSA 4R5PA 3K57A 2IS3A 4DLEA 3PX6A 1O1WA 5CYQA 3PX0A 1NKCA 2OA8A 1LWEA 2KFZA 3BGRA 3VQEA 1JLQA 1C0MA 4HUEA 3SQ0A 3O4NA 4DQSA 1NK6A 3ZT4A 2KZZA 3OYMA 3CG7A 1SL0A 3KK2A 1WNSA 2IC3A 4BDZA 4CCHA 1T8EA 1TGOA 1BL3A 4FLXA 3TAQA 1RT4A 1DTTA 2OPSA 4CF0A 3EZ5A 4CIGA 3K5OA 4IBNA 3QEWA 2QXFA 2RN2A 1HYSA 4RW9A 2R7YA 4FZXC 3ZSRA 3L2RA 4OKEA 2YKMA 3QNOA 4CJQA 1JXEA 4M3YA 3I0RA 4C8NA 4J2EA 1BCMA 3U3GA 3OJUA 1RBVA 1VSJA 4CJEA 3QEVA 4LSLA 4CHQA 3VQPA 4OJRA 5KRTA 2X6NA 3DLHA 1RBTA 2VG7A 4AHVA 1Y97A 3HM9A 1EETA 1VSLA 1HRHA 4NYFA 4AHCA 3LPUA 4CHNA 4FLZA 2OPRA 3AVFA 1RT6A 1WSJA 4N47A 3OYHA 1RT1A 4DF8A 1U04A 3AA4A 4CGHA 4GW6A 5K14A 3HPHA 4FJHA 4CJ3A 1SKRA 3NF9A 1UA1A 3AA5X 2G8WA 3ZSXA 4MQ3A 1T7PA 2RPIA 3ZT2A 4CHZA 4HCCA 1WN7A 4CGFA 2X6SA 5SWMA 4E7KA 3TAEA 1L5UA 4CFCA 2P5OA 1S1UA 2PZSA 3MXJA 4KHWA 2QK9A 3OYBA 3DRRA 2HNDA 2XRIA 4B9NA 3K58A 4B3OA 3OYEA 4E7HA 3ZT1A 5HRSA 3V9ZA 3AVNA 4FJJA 3RRHA 3DI6A 3L8BA 2JGUA 4CEEA 4DFPA 5HBMA 3ZT0A 1ZYQA 1JXBA 4E1MA 4FLUA 4FLVA 3IAYA 4DQIA 3ULDA 4FZYA 4CJVA 3SJJA 3MXMA 2HMIA 3AVLA 4FCYA 3CYMA 4DTOA 1S1XA 1RDDA 1X9MA 4KI6A 1IKWA 1HJRA 2E4LA 4E1NA 3U6FA 1BISA 3L2WA 3KD1E 4E3SA 4H4OA 1QSYA 3ASMA 4DSEA 1RDBA 4J2BA 1SV5A 4KO0A 2ATQA 4IG0A 4CEOA 4FJMA 1EKEA 3OY9A 2QKBA 1TVRA 1UA0A 4ZHRA 4W5QA 4UQGA 4B8CA 2AJQA 2KZMA 4CGGA 1RCHA 3NGYA 5J2MA 4HCBA 1K6YA 2P5GA 1DLOA 5C25A 3A2FA 3E01A 4IFYA 4KB1A 4HUGA 1N6QA 2PYLA 3HP9A 1GOCA 4BE0A 3DLRA 3VQDA 3TABA 5I42A 3THVA 3ISNC 1WAFA 1TKZA 1J53A 3O3HA 1WSGA 3QIPA 1N5YA 3VQ6A 4FJKA 3TAFA 3V9XA 4DMNA 3I0SA 5KRSA 3EYZA 1S1WA 1X1PA 3HP6A 1I3AA 4KTWA 3D0PA 1B9DA 3HYFA 4JRQA 1X9WA 3AO3A 1JLGA 2HHVA 3K5NA 1RT5A 2WOMA 4Z4IA 3MEEA 1IKVA 1QSLA 3SQ2A 1KVCA 4CEZA 4CGIA 2Y1IA 1CLQA 1ASWA 1QTMA 4N76A 3B6OA 1U49A 2HNYA 2A1RA 2XY6A 2I5JA 3OYFA 3QIOA 3NE6A 3PX4A 3PO5A 4Z4GA 4CJWA 1RTDA 4FK2A 4CF2A 5DK5A 4O44A 2IGIA 4M3ZA 3L2VA 1UOCA 3KKRA 1TAQA 2KTQA 4DTJA 2YV0X 3RMAA 3B6PA 3NGIA 2G8KA 4B9MA 2G8IA 3ZT3A 4FXDA 4JLHA 3AVKA 3SZ2A 3HL8A 4DTRA 1NKBA 2ZQBA 3NH0A 3SCXA 3VA3A 4BE2A 3F73A 4RW6A 1CXQA 4OPKA 5D3GA 1L3UA 3SV4A 3KTQA 3UIQA 2WONA 1NK9A 4M3XA 1A5XA 2HHWA 1F21A 4RW4A 2VG5A 2RKIA 4O4GA 3EY1A 1IO2A 3HK2A 3VQ9A 5JS1A 3S3OA 2HVIA 1CXUA 4KTZA 1WSFA 3MECA 2ZE2A 3C95A 4CEBA 3OS1A 3OYDA 3DRSA 4DTXA 1BQNA 2GUIA 3SQ4A 3KLIA 1NJYA 2O4GA 2XY5A 2E6LA 1XI1A 4DSLA 2D5RA 4DS5A 2DFFA 2FBTA 4I7FA 4CHYA 4E7JA 4W5TA 3CFRA 4OLAA 4CJSA 4HHTA 4HTUA 4EZ6A 1KTQA 3VN5A 1ZBLA 4OLBA 4B9SA 1D5AA 2Z1JA 4LH5A 4FVMA 2XO7A 2PY5A 3AVAA 1NKEA 3SV3A 4KI4A 3L3VA 1JLAA 5FRMA 1YT3A 1TK5A 3OYGA 4M45A 1QHTA 1JL2A 1D9FA 3D45A 3LWMA 4E19A 4FK4A 2YNFA 1NK0A 3AO2A 2HB5A 3PO4A 3HVTA 1IKXA 4ICLA 3IS9A 4CJKA 4CJLA 2G8HA 4W5NA 1B92A 3ZSOA 3L2QA 1J9AA 3SPYA 3AA3A 3OYLA 1VSDA 4KHUA 1R0AA 3NFAA 3KIOA 1C6VA 1REVA 3VQQA 4KPYA 4YNQA 3V6DA 4O5BA 4FLTA 1JLBA 5HLFA 2DY4A 1GOAA 2BDPA 4IDKA 2RF2A 4CFBA 3CM6A 3IG1A 1JKHA 3RWUA 3VQBA 1HMVA 4O55A 1S5JA 5J2NA 1L3TA 4ID1A 4DQPA 3ZSZA 3QO9A 4BWMA 1NJWA 2YNGA 2Z1HA 4AHUA 3NAEA 4OKKA 4AHSA 4DSIA 3SNNA 1S1TA 3MAQA 3AVIA 5E41A 3ZSVA 3WNEA 4XIUA 4PUOA 3OS2A 1BIZA 2OPPA 3RRGA 1NK8A 3LZIA 5HRNA 3QEPA 5HP1A 1VSEA 1BHLA 3TI0A 4ZTFA 4HUFA 1TV6A 1HQUA 1Q8IA 3T3FA 1L3VA 4CK1A 1RNHA 3I8DA 1L3SA 4B9UA 3T1AA 4Z4FA 4QOZB 1WSEA 3ZCMA 1Z26A 1TK0A 4FJ5A 3HJFA 3F9KA 3V9SA 3KKSA 4GVMA 4ELTA 5J1EA 2B4JA 3RMBA 4JS4A 1SL1A 1ASVA 4OGEA 3VQAA 4Q0BA 3V4IA 2YHAA 1D8YA 4E7IA 4CF1A 4PY5A 4GMJB 1LW2A 4M3WA 2EHGA 4IFVA 3V9UA 3SPZA 2YKNA 1JLFA 2JLEA 4N41A 1ASUA 2HHQA 3L2UA 2Y1JA 4OGCA 3VQCA 1B9FA 2F8SA 3AVGA 2FBXA 4NCGA 2F96A 4B8AB 4BWJA 4RW8A 2OYQA 5CZ1A 3VQ5A 3HVRA 4M3TA 4N56A 1BIUA 2X74A 4PQUA 1RTJA 3QEXA 1FKPA 4DFMA 4DS4A 4CFDA 1TKXA 1SKWA 4FW1A 4I2QA 3TAMA 5C24A 1LAWA 1BGXT 2HVHA 3NF6A 3HO1A 4WE1A 2P1JA 3KD5E 4LSNA 4CJ5A 1YVUA 4DTUA 4DG1A 4FJLA 1KLMA 1VSIA 2GBZA 5KGWA 3V1RA 1ZBFA 1VRTA 2D0CA 4ID5A 4PWDA 4Y1DA 3OYAA 5FRNA 3O3GA 2KFNA 5HRRA 1FKOA 3K2PA 3SUPA 4BE1A 4CESA 5C42A 4KRFA 1KVBA 4NCAA 3DYAA 2FC0A 1J5OA 4Z4EA 1G15A 2KW4A 3S3NA 1HYZA 4HVJA 3DLGA 5HROA 4FZZA 4B9VA 3AVCA 3NCIA 4FM1A 3ZSQA 3NH1A 4FM2A 3QESA 1S9GA 2B5JA 3SI6A 4E7LA 5J2QA 2NUBA 4AHRA 3JSMA 3QETA 2G8FA 1TKDA 1VK0A 4I9LA 1TL1A 3OYJA 3QNNA 3AVJA 1VRUA 4KFBA 3HXMA 1ITGA 4FJ7A 4G1QA 2IOCA 2Z1GA 3IRXA 3ZSWA 3LWLA 3ZSYA 4K8ZA 2XY7A 3WNHA 4FJIA 1EXQA 1WAJA 4CHOA 1NJZA 4CHPA 1A5WA 4BDPA 1QSSA 1RTHA 1TK8A 3DOKA 4CEQA 4DU4A 2PYJA 3C6UA 1XC9A 1RBUA 4M41A 4DTPA 3S9HA 1S1VA 1NK4A 1KLNA 2G8VA 4DWIA 3P5JA 1T05A 4CEFA 2HHTA 2O4IA 4DU1A 1XHZA 2ETJA 4CERA 3OYCA 4DU3A 2DFEA 1BCOA 4CEDA 3AVBA 3DLKA 3VA0A 1X9SA 1YTUA 3U3YA 1LWFA 3DM2A 4FJ8A 3CQ8A 3SYZA 1BI4A 1KRPA 4FJXA 3QEIA 1KVAA 3AVMA 3DRPA 2LSNA 3L3UA 3C94A 3LALA 3MEDA 1CZBA 3QERA 5J2PA 5CYMA 3NHGA 1DTQA 3V81A 2X78A 3C6TA 3KK1A 2G8UA 1SUQA 3HT3A 4LH4A 1RT2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WYBA 5I3UA 4BRQA 1RT3A 3VF2A 2A42A 3TAPA 3LP2A 3M8PA 4PA1A 3VOVA 3AV9A 2UXBK 4BRLA 4JAXA 3SUOA 4M7YA 4KAZA 4Z4CA 2FBYA 2E6MA 4CBUA 2B6AA 2ASMA 3ZEUB 3ITHA 1GOBA 1X9JA 2D0OA 3H46O 4H0TB 1C1CA 3WXMB 4DQRA 3NGZA 1RGIA 1W0HA 4EP4A 3MCPA 3CCMN 2QKKA 3RMDA 1U45A 3IFRA 3LP3A 4JKHA 5JICA 4KHQA 5AFUH 4DSJA 4DV5K 4F4KA 3EKSA 3C65A 3ULEB 2QEXN 2BANA 4CK2A 4CF9A 5C0YA 2P9UA 3O9TA 3SMPA 4JNEA 3S3MA 1Z25A 3AO4A 3SQ1A 1WSHA 3HSTB 3T19A 3TAGA 2HHXA 2GTDA 3OYIA 3R3LA 2HHSA 1HJOA 4WFAL 4E0DA 4FWRA 4M3RA 3P39A 3VEZA 2O8DB 1T03A 1MA9B 3NF8A 5GIOA 4CIEA 4M42A 3H3OB 3LDPA 1XMOK 4KREA 3V1QA 2GV9A 5AQMA 2F8TA 3M8SA 4IOXA 3KK7A 1NJIO 4FK0A 1J54A 4IKFA 4CZIA 5FPNA 4Z0UA 3O4QA 4IG3A 3UKRB 4CEAA 1RBSA 5AQTA 3MMVA 3NBPA 4QCLA 4BDYA 3OJSA 3LPTA 1KSPA 4U67L 2DFHA 3RSEA 3RR7A 5AQKA 2A6AA 5KPTA 3VQ8A 1LAVA 3NH2A 3K5LA 4EP5A 4TSXA 5AQLA 2FF3B 3QLHA 4BG8A 4YOYA 4KHYA 1GLDG 3FE1A 4BREA 2WBNA 3FZKA 3PUFA 1JLCA 3OW2M 4H4MA 1U2VB 4CJPA 4KV8A 4DV1K 4CE9A 1NOYA 1RBRA 4J2AA 1ZBHA 2ZJPL 3K57A 5DM7L 1NKCA 2OA8A 1C0MA 1GLAG 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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