3O4QA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain a182t in citrate buffer ph 6.2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
145
structure length
136
Chain Sequence
LGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
molecule keywords integrase
total genus 50
structure length 136
sequence length 145
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4qA00
4FLZA 5E41A 2DFFA 1NK4A 4C8OA 4FJLA 1KVAA 3VQ7A 1BCMA 4Z4FA 1JLGA 3FFIA 4CJLA 3O4QA 1U04A 3DLKA 4DU3A 4M3UA 4IG3A 3OY9A 1SL1A 1L3UA 4FJGA 3HO1A 4FK0A 4KV8A 3V9XA 3V9UA 1QSSA 3QIPA 3PX0A 2G8IA 1WSFA 1TL3A 3TAQA 4CF2A 1XHZA 3F9KA 3RR7A 4BE0A 3RTVA 4E7HA 3E01A 3S3MA 2VWKA 5HLFA 3DRPA 1JXEA 1RTJA 4CJWA 4CIFA 1T8EA 3AO1A 3OYNA 1EP4A 1C1AA 2IAJA 2Z1HA 1U48A 3U6FA 4H4MA 3DOLA 2VWJA 4ID1A 1NK8A 3ZSZA 4CEOA 4DQPA 3KK2A 1FKOA 3C95A 4KTWA 4CJPA 3DLBA 4DTJA 4FCYA 3WNFA 3C6UA 5CY4A 3V4IA 4DSIA 4KHYA 3VQ6A 4KREA 1IKVA 2JLEA 1NOYA 4B9LA 1BQNA 3HT3A 2B5JA 3SI6A 2HVHA 3V9ZA 3T1AA 4C8KA 3LDSA 3HP9A 3PY8A 4Z4IA 3C6TA 3SV3A 1SUQA 3V9SA 1A5XA 1UOCA 2FBYA 3OYGA 3AVKA 1BGXT 1RDAA 2RKIA 3K58A 4I2PA 2ETJA 4AHTA 3O3GA 3AVCA 1TK5A 1BI4B 4L8RB 3VA3A 3HVRA 3LAMA 5J2MA 4CESA 4ELUA 1JL2A 3DYAA 3UIQA 4ICLA 3O4NA 3S3NA 1Y97A 3B6PA 1B92A 1S9GA 3AVFA 3HPGA 4E89A 4DQQA 3HP6A 3OYBA 4QAGA 4AILC 2BANA 3A2FA 4DFMA 3QESA 4FZYA 2KW4A 3QIOA 4DTXA 1TK8A 1W9HA 2E4LA 2Z1IA 4Z4HA 5KRSA 4DFJA 3KK3A 4OLBA 3NGIA 3K5LA 4DSJA 3LP0A 1C1CA 4GVMA 4I9QA 4FJNA 4DSLA 1HQEA 5HROA 4PY5A 4LH5A 1RT4A 3DLHA 4HCBA 1HRHA 4N56A 2HHXA 1L5UA 2HHUA 4NCBA 4DU4A 5HRSA 3VQ5A 1TKTA 3QEIA 4KRFA 4DSFA 4ELVA 3K5OA 1EX4A 1R0AA 4C8LA 2VG6A 3ZSOA 1T7PA 1BCOA 3AVMA 1NOZA 1RT2A 4KKOA 2G8WA 1VSLA 3HXMA 4DS5A 3NF9A 4QOZB 3SUQA 3CQ8A 4LY7A 4O55A 3I0RA 4OKEA 4E7IA 4CGJA 4Z4GA 2P1JA 5CYMA 2PY5A 4OGEA 4ZTFA 3AVLA 3KIOA 4LSLA 4DMNA 2HNDA 2DFEA 1B9FA 4JS5A 5CZ1A 4CF9A 4NCGA 1YT3A 1ZBHA 2P5GA 3OYKA 1CZ9A 3KD1E 4M41A 2YV0X 1DLOA 3ALYA 3SQ0A 4OLAA 3JSMA 1VSMA 2ZD1A 1X1PA 3ASMA 4CFBA 2WONA 2XHBA 4GW6A 1HYVA 4M45A 3ZSXA 5JS2A 3LZJA 3T3FA 1MU2A 1W0HA 4B8AB 3V1OA 3AA2A 3NCIA 3SUNA 1NJXA 5HRRA 4FK2A 2A1RA 1LW2A 1Q8IA 3TR8A 4NYNA 3SQ1A 1VSEA 1S1TA 3LALA 4HUGA 1WAJA 1SL0A 1B9DA 5T7BA 4DTNA 1C6VA 4IBNA 5K14A 3QNNA 2XY6A 1T03A 1TKXA 4LD0A 3WNGA 3HJFA 5HBMA 4N47A 3MECA 4CEAA 3DM2A 3CG7A 5FRNA 1NKBA 2OPPA 4FJ5A 3V81A 5C25A 3S9HA 3SNNA 2XY8A 4J2BA 3QO9A 3V6DA 3RMAA 1GOAA 4MQ3A 2KTQA 3OYLA 1RBTA 4HVJA 3AO4A 4EP5A 3NH1A 2BDPA 1G15A 2RF2A 3ZT4A 4FW2A 4B9MA 1RTHA 4FJXA 2Y1JA 1JLAA 3JYTA 3H08A 1KVCA 3AVBA 4K8XA 2X78A 3LP3A 4OGCA 4CEBA 5KRTA 2F96A 3LPTA 3DI6A 4CIEA 4I9LA 4E1NA 2KZZA 4KHNA 4HCCA 4XIUA 1J9AA 4M3ZA 2DY4A 4DTSA 2ZQBA 2ATQA 4ID5A 1RT3A 4PA1A 4DS4A 2IOCA 2HHWA 4F3TA 2B4JA 3AVJA 2B6AA 1WSJA 3K2PA 2Z1GA 4OKKA 5FDLA 3I0SA 2P51A 4Z0UA 4CJ4A 4CJKA 5HP1A 4KB0A 1QSYA 4IFYA 2G8VA 1KLNA 3HK2A 1EETA 5CYQA 2XRIA 3L2VA 2RN2A 1Q9XA 1VSJA 1SKRA 1CXUA 4MFBA 4K8ZA 2P5OA 4CJ3A 3OS0A 1S5JA 4CJTA 3L2UA 4FK4A 2FC0A 1VSHA 2WOMA 4KTZA 1BIUA 5KTQA 4DSEA 4KHQA 2F8TA 1YTAA 4M3XA 4FLXA 2O4GA 1WLJA 4O0IA 2GUIA 1WN7A 4KHWA 4CJUA 1RBRA 4O4GA 1Z25A 3LANA 3OYCA 4HTUA 2O4IA 4AHSA 1JXBA 3VN5A 1JLQA 1QHTA 1TL1A 4O5BA 4W5QA 4RW9A 4BACA 4B8CA 1N6QA 4CGFA 2PYJA 4FJ8A 4CF1A 4WE1A 3U3YA 3SUPA 4FW1A 1S6QA 1S1UA 2D5RA 2Q3SA 1QTMA 3DLEA 3L8BA 1UAXA 3ZSRA 1TKDA 3P1GA 4FLWA 4CK2A 4IFVA 3VQPA 3NF6A 3ZT2A 3RRGA 4CHYA 1RDBA 3HL8A 4NYFA 2OZMA 4FZZA 3L2QA 4JRPA 2A1SA 3WNEA 4RW7A 3ZSVA 3RMDA 4BDPA 3SQ4A 1VRUA 2VG7A 2VG5A 2W42A 1WSHA 1CXQA 1A5WA 3HSTB 3NF7A 4KFBA 4HUFA 3QEVA 2Y1IA 3IAYA 1RILA 5KI6A 4KAZA 4CF0A 1QQCA 3SQ2A 4CHNA 4I7FA 3NAEA 2G8HA 1YTUA 1JLBA 1C1BA 1GOBA 2YNFA 3LP2A 2HVIA 4EZ6A 5FROA 1LWEA 3VQEA 3OJUA 3K5MA 4M42A 3WNHA 1LWCA 1D5AA 3NH0A 3SPYA 3TWHA 3OYDA 1KRPA 3QEPA 1UA1A 2D0CA 3ZCMA 4CE9A 3CM5A 3QNOA 3SJJA 3BDPA 1JL1A 4B9VA 4N5SA 3EYZA 3RWUA 4CFAA 2OYQA 3VQAA 4DQIA 4F4KA 4Z4CA 4FM0A 1NK6A 1HNVA 1VRTA 4BWMA 5EU7A 3KK1A 1KVBA 4F2RA 1L3VA 3VQCA 1RT6A 1RTIA 4J2DA 3HPOA 1C0MA 2YNHA 3OS2A 3CFRA 4AHUA 1GOCA 3OYFA 4G1QA 2OZSA 3ISNC 3NF8A 4N76A 2KFNA 3ITHA 3V1QA 3AVIA 2ZE2A 1HMVA 4JLHA 2QK9A 4DLGA 2X6NA 1KCFA 3KJVA 4HHTA 4B9TA 2BE2A 4J2EA 1IH7A 3LPUA 4CGGA 4RG8A 4AHCA 1HNIA 4FM2A 4ZTJA 4R5PA 4KTQA 1KFSA 1WAFA 3TI0A 2FBTA 1I39A 3QLHA 4CJQA 3CYMA 3RRHA 2IDOA 3TAPA 1HPZA 5KGXA 3RMCA 4PUOA 3OYEA 4O0JA 4C8MA 4CHZA 1RDCA 4J2AA 3VQ4A 5J2PA 1UWBA 3DMJA 4C8NA 4IKFA 1D8YA 1JKHA 1HYZA 1TV6A 1NKCA 2FBXA 1S9EA 1SV5A 3KKRA 1FXXA 4CFCA 2KFZA 1IO2A 1KLMA 2JGUA 2HB5A 4W5OA 2G8KA 3KLIA 2PYLA 5J1EA 4M3WA 4Q0BA 4KO0A 3L2WA 3NE6A 3D0PA 4DU1A 2G8FA 1LAVA 4IDKA 1UA0A 5D3GA 2BGGA 1CLQA 2XY7A 3KLFA 3F73A 4CJSA 2QXFA 3G0ZA 1RTDA 1HJRA 3VQDA 1SKWA 3QETA 4DSKA 4LH4A 4DTPA 1TAUA 4H4OA 4CFDA 4CERA 3LWMA 3TAEA 3KD5E 4TSXA 1U45A 1JLEA 1K6YA 1NK5A 4OKJA 3TAFA 4AH9A 4E0DA 4F3OA 3RMBA 4CK3A 4AHVA 4FJIA 4NCAA 1U49A 1D9DA 1TGOA 3AO2A 1O1WA 3MAQA 2YNIA 5C42A 4FJHA 3ULDA 2HHSA 4DQSA 3C94A 5CZ2A 4H8KA 3ZT0A 4DFKA 1RT5A 1NJYA 2OPSA 2HHTA 4LSNA 1DTQA 3BGRA 4Y1DA 5C24A 3QEWA 1BHLA 1X9WA 2HNYA 1A5VA 3M8PA 3I8DA 3SYZA 2YHAA 3MEDA 5J2QA 1S1VA 4RW4A 3NH2A 3NGYA 4CECA 1XI1A 3B6OA 4W5TA 3K59A 3SV4A 4BE2A 3D45A 5I42A 2G8UA 1RCHA 1ZBIA 1Q9YA 4PWDA 1F21A 1IG9A 1S1WA 4E1MA 2DFHA 2QKBA 1NK0A 3HYFA 3PV8A 2NUBA 3V9WA 4CIGA 1VSIA 3DRRA 3MXJA 4Q5VA 4CEDA 3L2RA 1XC9A 3IRXA 2OA8A 1ZBLA 4CHOA 4CJRA 4Z4EA 1XWLA 1ASVA 1BL3A 3HPHA 1BISA 4OJRA 5SZTA 3T19A 1WSIA 2QKKA 3VQBA 1J53A 2IC3A 1FKPA 3SUOA 1ASUA 3P5JA 4DTRA 3U3GA 3AV9A 3AVGA 1VSKA 3DOKA 4E7KA 3PO5A 4B3OA 5DK5A 4FZXC 3IG1A 3OYAA 2Z1JA 1JLFA 1QS4A 2XO7A 4OPKA 3QERA 2YNGA 1TKZA 3OYIA 1J5OA 4FLYA 1IKWA 3ZSYA 4E19A 3MEEA 1IKYA 2YKMA 1HYSA 4CJFA 4YNQA 3ZSQA 3OYHA 1N5YA 3KTQA 4CJVA 2IS3A 3AO3A 4CEFA 4UQGA 4CGIA 4JRQA 4F2SA 1RDDA 4CGHA 1EKEA 1BIZA 4I2QA 2X74A 4FLUA 1VK0A 3LWLA 1YVUA 1REVA 3M8RA 4FJJA 3NGZA 1LAWA 3SCXA 4FM1A 4FVMA 1EXQA 2I5JA 3OVNA 3NFAA 3TAMA 4HUEA 3AVAA 4DTMA 3EY1A 1RBVA 1WSGA 1QE1A 4CJEA 4EP4A 3PX4A 4PQUA 1ZYQA 1S1XA 1ZBFA 4CHPA 1NJZA 1HQUA 1KTQA 3VQQA 1IKXA 5SWMA 4FLTA 1LWFA 1RT1A 3M8QA 4FJ9A 2HMIA 4M3TA 2E6MA 2YKNA 4CK1A 4W5RA 2EHGA 1TK0A 3L3UA 1L3SA 4BE1A 4M3RA 1X9SA 4CF8A 1WSEA 1VSFA 3RR8A 3AVNA 2PZSA 4M3YA 2X6SA 2LSNA 4CEEA 4CEZA 1L3TA 4DF8A 4KI4A 1KFDA 4CCHA 3SPZA 3G10A 5DMRA 3EZ5A 2F8SA 2HHQA 3CFOA 3SZ2A 3LAKA 1U4BA 4O44A 4OPJA 1BI4A 3THVA 4DFPA 1T05A 3AA5X 3CFPA 1NK7A 5JS1A 1Z26A 4BDYA 3DLRA 1TVRA 4FLVA 3VA0A 4B9NA 3MXIA 3TABA 4ZHRA 1C0TA 2EX3A 3VQ8A 2FBVA 2DTUA 1CZBA 1SL2A 2YHBA 3O3FA 3OYMA 1ITGA 5HRNA 3S3OA 3KLEA 4CEQA 1ZBUA 4IG0A 4B08A 3P83D 2OPQA 4GMJB 4DF4A 3KKSA 2D0BA 3DLGA 3HVTA 4OVLA 1U47A 1X9MA 1VSDA 3NBPA 1RBSA 3ZSWA 5HRPA 2HW3A 2KZMA 3K5NA 3OJSA 3O3HA 3TARA 4RW8A 3PX6A 4YFUA 5FRMA 4DTOA 4E3SA 1NKEA 1NJWA 2AJQA 1DTTA 3HM9A 4JS4A 1XHXA 4DLEA 2KQ2A 4FJ7A 3NHGA 1WNSA 2HHVA 3DRSA 3V1RA 4BWJA 3OYJA 3M8SA 3TANA 2GBZA 3PO4A 4ELTA 4KHSA 1LW0A 3CM6A 3AVHA 4B9SA 4KPYA 2OPRA 4FYDA 4FJKA 3QINA 2D0AA 4BDZA 4KHUA 4E7JA 4B9UA 2XY5A 4FJMA 1LV5A 2GV9A 3PUFA 4DQRA 4CJ5A 1JLCA 4W5NA 1RBUA 2ITGA 3AO5A 1TAQA 3LP1A 4E7LA 1SKSA 2R7YA 4CGDA 1C0UA 3OS1A 4FXDA 4RW6A 1QSLA 1I3AA 4CHQA 3LZIA 4KB1A 2RPIA 2HNZA 1S6PA 4DTUA 1J54A 1KSPA 4AHRA 3AA3A 2E6LA 5KGWA 4Y1CA 1ASWA 3K57A 3AA4A 3KLHA 3TAGA 3MEGA 3VQ9A 3QEXA 1BQMA 3MXMA 4QCLA 5I3UA 3L3VA 1RT7A 1NK9A 4DWIA 4N41A 4KI6A 2IGIA 4F8RA 1FK9A 4DG1A 3ZT1A 1RNHA 3KLGA 3NDKA 3IS9A 5J2NA 1D9FA 3ZT3A 4EZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8OA 3VQ7A 1JLGA 4CJLA 4M3UA 1L3UA 4FK0A 4KV8A 4BG9A 1K8AO 2G8IA 4A57A 1WSFA 4M7YA 3ENBA 3RR7A 1XHZA 2VQEK 4BE0A 3S3MA 4CJWA 1IV0A 3IFRA 2AP1A 1KAYA 4DR1K 4KTWA 1T44A 3K0SA 4DTJA 1YUWA 3O08A 3G71N 4DSIA 3VQ6A 1IKVA 4B9LA 4LF7K 1BQNA 3Q7CA 3CJBA 3T1AA 5AZJA 4C8KA 3PY8A 3SV3A 1SUQA 3VMFB 2FBYA 4BQZA 3AVKA 3QFPA 3HOSA 2RKIA 2ETJA 4BVPA 1XNQK 3VA3A 3HVRA 4CESA 4ELUA 4LFAK 1MWMA 1Y97A 3B6PA 4E89A 4QAGA 3ENOA 2BANA 4AILC 3BF3A 3QIOA 1YVNA 1BDGA 1W9HA 3IDHA 3NGIA 3K5LA 4DSJA 3LP0A 3SMSA 2I7PA 5HROA 4PY5A 3DLHA 4HCBA 1VQ7N 1TKTA 2HF3A 4A5BA 3QEIA 1RGIA 4DSFA 1LCUA 1VQNN 3MCAB 1T7PA 1BCOA 3AVMA 1NOZA 4DS5A 4LFBK 4QOZB 1KAXA 1GLCG 4LY7A 4LF8K 2O8BB 5AQPA 4DMNA 2DFEA 3SJHA 3J7YP 4NCGA 3TSQA 4CZEA 3KD1E 2UU9K 4BR9A 4M41A 2YV0X 3SQ0A 1X3MA 4DCHA 2ZD1A 3P39A 4CFBA 4M45A 3DAWA 3VENA 3MN6A 1W0HA 4B8AB 2Q31A 3RSEA 1JJ2M 1E3MA 3NCIA 2A1RA 1MDUB 4FPBA 4WFNL 4JKGA 3FLCO 1VSEA 3LALA 4BRFA 4BRKA 1QVFM 4J2DA 3QNNA 4JKCA 3HJFA 4LD0A 5AJ3K 4PL7A 4N47A 3MECA 4K43A 1TYQA 2OPPA 4FJ5A 3VGMA 3V6DA 3RMAA 4MQ3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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