3O4QA

Crystal structure of the rous associated virus integrase catalytic domain a182t in citrate buffer ph 6.2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
145
structure length
136
Chain Sequence
LGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A crystal structure of the catalytic core domain of an avian sarcoma and leukemia virus integrase suggests an alternate dimeric assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
molecule tags Dna binding protein
source organism Rous sarcoma virus
total genus 50
structure length 136
sequence length 145
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3o4qA00
3VQDA 3L3UA 1BIZA 1S1XA 1A5WA 4LH4A 4DLGA 2HHQA 2IAJA 2BANA 4LH5A 1MU2A 3L8BA 4C8OA 4M3ZA 2HHXA 3O4NA 1HYZA 4CJVA 2X74A 2G8VA 4CCHA 3AVHA 3RWUA 1S6QA 5FROA 4BDYA 1RNHA 1J54A 1WSIA 3AO1A 3BGRA 3HYFA 3V1RA 4IFYA 3VQPA 3WNHA 4AHVA 4FLXA 4OGCA 1ZBFA 1HQEA 3CYMA 3DRRA 2I5JA 4TSXA 3BDPA 1IH7A 3AVFA 4DSJA 1KTQA 4O0IA 3ZSYA 3EY1A 2BGGA 4CJPA 4ELTA 3HO1A 4ID1A 3DLRA 1WNSA 1LW0A 1SL1A 1TL1A 1Z26A 4YFUA 3K5OA 2F96A 1IKVA 3TWHA 1D9DA 2KTQA 1NJWA 3QEWA 2IC3A 4HTUA 3K5NA 4CERA 4I2QA 4FM0A 3P1GA 4KHYA 2Y1JA 4CJLA 4CGGA 1F21A 3O3FA 1QHTA 4HCBA 4Z4HA 2B4JA 3ALYA 3RTVA 1A5XA 3RMDA 5D3GA 3NE6A 4CJSA 4CFBA 4B3OA 1TK8A 4CEFA 4MQ3A 3G0ZA 2P1JA 1XWLA 4JS4A 4FLVA 1W9HA 3NDKA 3HP6A 1JLCA 2G8FA 2G8UA 2ATQA 3OYHA 4NCAA 4O44A 2RF2A 3IS9A 1O1WA 4WE1A 1CZ9A 3SI6A 1D9FA 4KAZA 2YNGA 2ITGA 2Q3SA 4Y1CA 2BE2A 4I9LA 2KZZA 2IS3A 1QSYA 1WAJA 5SZTA 1RT6A 4KV8A 4JRQA 3AV9A 3OYNA 4KB1A 1BGXT 1C6VA 3AO3A 5HRPA 1DTQA 4B9SA 1Q9XA 3OS0A 1IKXA 3DRPA 1S6PA 4DTNA 1RT4A 3QLHA 4CFDA 1JKHA 3TAFA 4HVJA 3I0RA 4CK1A 3MEDA 1C0UA 3AO4A 3K5LA 4KTZA 4OVLA 3SJJA 4FJ7A 4M42A 4OLBA 4DFJA 4DQQA 3WNFA 4I7FA 3SV3A 3DLEA 2XY5A 4W5NA 1FK9A 3HSTB 1IKWA 2JGUA 1LAVA 4CEAA 4CJEA 3OYAA 4H4OA 1SUQA 3OYDA 3CQ8A 1CXUA 1EP4A 3TARA 3KKSA 3V9WA 3RMAA 4DQPA 4BE0A 3HK2A 3E01A 3F73A 4FLZA 4PQUA 2KFZA 3QEVA 4NYFA 4FVMA 1Y97A 1UA1A 1VSDA 3TAPA 5HBMA 3K57A 1ASVA 3ULDA 3HVRA 4F3TA 1TAQA 4FJNA 1S1WA 2XY7A 4IDKA 3O3GA 3FFIA 4BDPA 3S3OA 3DLHA 3MEGA 3QIPA 3L2RA 3QIOA 4FJIA 4NCBA 5I42A 2X6SA 4FJ5A 3OYLA 4H8KA 3OYBA 3TABA 4OKKA 1WSHA 1ZBHA 2IOCA 4RW9A 1TAUA 1GOCA 3LP3A 4FK4A 5K14A 3KK3A 1S1UA 4E7KA 3AVNA 1JLEA 4CGDA 3V9XA 3OS2A 3SPYA 3V9UA 1EXQA 1RTHA 4CE9A 2JLEA 4E3SA 3NH2A 3F9KA 1D8YA 1RT2A 3C6TA 4LSLA 1YT3A 3U3GA 1HNIA 3VQ4A 4DQIA 1VK0A 2Z1JA 1TK0A 3K5MA 4M41A 3L2QA 4O5BA 1C1BA 1L3SA 1Z25A 3VA0A 3AVCA 4EP4A 1KLNA 3DRSA 2FBTA 1JLAA 4IKFA 1KFSA 1KRPA 4QOZB 1RCHA 4KO0A 3VQAA 3VQCA 3V6DA 4PY5A 5KGXA 1NK8A 2Z1GA 2O4IA 4CF0A 2FBVA 3PUFA 1L3VA 2X6NA 2VWKA 3SUOA 4B9UA 4R5PA 3SQ4A 4M3RA 1FKOA 2W42A 4FZYA 5HRNA 1NK6A 2XHBA 3SQ2A 3SQ1A 3L3VA 4C8MA 3WNGA 4CIGA 4DSKA 4HCCA 5E41A 3ISNC 4N47A 3ZT0A 1B9DA 4DU4A 1T7PA 1UWBA 1WLJA 4CF9A 3CFRA 4H4MA 3U3YA 3QNOA 4LY7A 3DYAA 4FJHA 4KRFA 3KK2A 4ID5A 2P51A 2XRIA 3ZSXA 3M8SA 3C95A 4F8RA 4J2AA 2DTUA 4NCGA 3DOLA 2YHBA 4CFAA 5KI6A 4B8CA 4PA1A 4CEDA 3RRGA 1C1CA 1VSHA 5C24A 4B9LA 3OYIA 4DTMA 3TAQA 2QXFA 4CF2A 1U48A 1N5YA 4F4KA 3QEIA 3QETA 3LAMA 3VA3A 4OLAA 3HM9A 3DLKA 2YKNA 4AHRA 2E4LA 1BI4B 1RDCA 1BL3A 4QAGA 4M45A 3ASMA 4JRPA 3SUQA 2VG6A 1L3UA 2DFEA 4KHSA 4AHTA 4CJ5A 4RW4A 4KHWA 4IFVA 3VQBA 4OGEA 1NK0A 4DTPA 3A2FA 3K2PA 2YNFA 4KHNA 5KGWA 4CHYA 3SYZA 1RTIA 5C25A 3PV8A 1SV5A 3IRXA 2PZSA 3K59A 3MXJA 4B9VA 1X1PA 4CJRA 4DTJA 2G8IA 3B6OA 3DLGA 4AHCA 4B8AB 3VQQA 4E0DA 3JYTA 1ITGA 1IO2A 2PY5A 3PX0A 1WAFA 2OZSA 3OJUA 1TK5A 4FLUA 2P5GA 1TVRA 4GMJB 1X9SA 3NH0A 4DTOA 4Z4IA 3AO2A 3LP0A 1RTDA 1GOBA 4CEEA 4DF4A 5EU7A 3U6FA 1ASUA 1RDBA 4FK0A 3IAYA 2YHAA 2FBXA 5DK5A 1C0TA 3ZT4A 2G8HA 4DU3A 3LPUA 3AVAA 2OZMA 1SL0A 2HW3A 2RN2A 4E7LA 2A1RA 3KLFA 4DU1A 3PX6A 2HMIA 4FW2A 3B6PA 1TKZA 2VG7A 5HROA 1SKSA 3O4QA 4E1NA 3NGIA 1SKWA 4M3YA 2FBYA 4OKJA 4FCYA 4KI4A 5FRMA 2F8TA 4E1MA 4FW1A 4LD0A 3HVTA 3OYKA 1NK9A 3I8DA 1SL2A 4KHQA 4M3XA 2KW4A 2AJQA 1RBTA 3TAGA 2WOMA 3HP9A 1Q9YA 4Q5VA 3VQ7A 3NH1A 4OPJA 1HYSA 1NK7A 3OYCA 3EYZA 3QEXA 2P5OA 4MFBA 4DWIA 2XY6A 4N5SA 4CJQA 4FJ9A 2XY8A 2BDPA 1TL3A 4C8LA 2HHSA 4FJJA 1LW2A 1BCMA 1VSKA 3SPZA 3C94A 1S9EA 4UQGA 1CZBA 1NJZA 2HVIA 1RBRA 5FDLA 1EKEA 3HJFA 5CZ1A 3ZSWA 1REVA 4W5RA 4J2DA 1X9WA 4FK2A 1HPZA 4CIFA 3KLHA 1VSJA 3CFOA 3KIOA 4CJKA 1JL1A 3OY9A 4BDZA 3THVA 3MECA 1XHZA 2Z1IA 2EX3A 3V1OA 3SZ2A 4PUOA 1I3AA 4BWMA 4N76A 3O3HA 3QINA 1BQNA 1DTTA 1U47A 3PO5A 3ZT2A 1ZYQA 2KFNA 2HNZA 4FJKA 4L8RB 3AO5A 3VN5A 4I2PA 1J9AA 4EZ6A 1ZBUA 4LSNA 4BWJA 4FJGA 3KLIA 3OYFA 5J2MA 2KQ2A 3DMJA 3LWLA 3RMBA 1NKCA 1J5OA 1U45A 4M3TA 5CYMA 3VQ6A 3ZSQA 1QSSA 3LZJA 2G8KA 3M8PA 2ZQBA 1TKTA 3MXMA 2E6LA 1BQMA 3AVBA 3OJSA 3RMCA 3ZSRA 3NGZA 4KTWA 2OPPA 3WNEA 2RKIA 3RRHA 3MXIA 4J2BA 4CHOA 1BI4A 3VQEA 1JXBA 1IKYA 4W5TA 2X78A 4HHTA 3L2VA 1XC9A 1NJXA 1RDAA 2Y1IA 4DTXA 4FXDA 4HUEA 4E7JA 3DOKA 3HPOA 2RPIA 1U49A 4CGJA 3OS1A 5J2QA 1EX4A 3QEPA 3V9SA 4QCLA 2DY4A 4OKEA 2VWJA 4BE1A 1KSPA 1XHXA 3LP2A 3NF7A 2QKKA 2KZMA 1VSFA 1WSGA 2XO7A 2O4GA 3ZT3A 4CJUA 1QE1A 3AA4A 2B6AA 1RT3A 4CGHA 4CJ3A 1L3TA 4B9NA 4ELUA 3LWMA 1TGOA 4Y1DA 4E7HA 5FRNA 1JL2A 3L2WA 4KB0A 4FLTA 4CF1A 4Z4GA 3DI6A 4C8NA 3PO4A 4KKOA 3QNNA 3NFAA 4FZXC 4DQRA 3KTQA 4DS5A 4B9MA 2OA8A 1K6YA 3M8QA 4OPKA 1R0AA 4RW7A 4FJXA 4IG3A 4DSIA 1HMVA 3AA3A 3LP1A 3TR8A 4F2SA 4CIEA 4DFPA 3H08A 1WSFA 3AVMA 2D0CA 1EETA 4CEQA 1UOCA 1RT1A 3VQ8A 3ZSZA 3RR8A 3KD1E 4O0JA 4W5OA 2HHWA 4I9QA 1XI1A 1W0HA 3IG1A 1C1AA 5CZ2A 5CY4A 5HP1A 3HPGA 4ZHRA 3KLGA 4B08A 3AA2A 3AA5X 5J2PA 4FJMA 3CM5A 2QK9A 3HL8A 5SWMA 3NAEA 1RDDA 1IG9A 2YNHA 4AHUA 4C8KA 1NOYA 3LDSA 3OYJA 4FLYA 1N6QA 3CG7A 5C42A 3ITHA 1A5VA 1NOZA 2FC0A 4CK2A 4EP5A 3MEEA 2DFHA 1S5JA 5J1EA 1JLQA 1KCFA 3AVJA 4JS5A 4DTUA 4F2RA 2G8WA 1LAWA 3M8RA 3CM6A 1JLBA 4CF8A 5HRSA 1UAXA 1YTAA 1CXQA 2GBZA 1RT5A 1YVUA 4OJRA 1HNVA 3JSMA 1T03A 4ICLA 4AILC 3T19A 4E7IA 2B5JA 3SQ0A 3KKRA 3I0SA 4CHZA 3LANA 1RBUA 2ETJA 3KLEA 4M3WA 5CYQA 4N56A 3QO9A 1NKEA 1KVBA 5KRTA 3ZT1A 4DSEA 3OYGA 2IDOA 2ZD1A 3L2UA 2R7YA 3OYEA 3NGYA 4Z4CA 4DFKA 1GOAA 3NBPA 1JLFA 1DLOA 2OPRA 4DS4A 3SUNA 4PWDA 1KVAA 4FJ8A 4G1QA 3LZIA 3CFPA 2OYQA 2GUIA 3V81A 1S1VA 3TANA 3SV4A 3DM2A 5HLFA 1S1TA 1TV6A 3S3NA 1NKBA 3PX4A 1QTMA 4FJLA 1SKRA 5J2NA 4E89A 4FZZA 4CJWA 4HUGA 1NK4A 4J2EA 5I3UA 3SCXA 3D45A 2YKMA 5DMRA 2GV9A 2HHTA 2D0BA 2YV0X 1X9MA 1CLQA 1ASWA 3V1QA 2ZE2A 4CEOA 2OPSA 4DSLA 4KPYA 3DLBA 3OVNA 3G10A 2EHGA 1LWEA 4CHQA 4CHNA 3HXMA 1JLGA 1S9GA 3UIQA 1KFDA 1HJRA 3RR7A 3S9HA 1BCOA 4JLHA 5T7BA 1G15A 4DSFA 3P5JA 2D0AA 4FLWA 1HQUA 4RW8A 3K58A 3NF9A 1FKPA 3HPHA 3AVIA 4IBNA 1RT7A 3NHGA 4B9TA 4DF8A 1FXXA 1KVCA 2PYJA 2HB5A 5HRRA 1LWFA 3ZCMA 2Z1HA 1KLMA 3HT3A 1ZBIA 1BIUA 3LAKA 1RTJA 3KJVA 1QQCA 2HNDA 2NUBA 1B9FA 1Q8IA 3D0PA 4KTQA 4KHUA 4DG1A 1U04A 1WSJA 3MAQA 1WSEA 3PY8A 1QS4A 1HYVA 3OYMA 1L5UA 4AH9A 4CEBA 1LV5A 4DMNA 1VSLA 4CGIA 3VQ5A 1RBVA 4GW6A 4CEZA 3AVKA 4IG0A 4O4GA 1BHLA 4FM1A 3QESA 3S3MA 2HNYA 4ZTFA 1TKDA 4CHPA 4CGFA 4Z0UA 5KRSA 5KTQA 2QKBA 4CK3A 1VSEA 3KK1A 1JXEA 4Q0BA 3TAMA 3LALA 4KI6A 4CJ4A 4ZTJA 4RG8A 4BE2A 2IGIA 2HHUA 4DQSA 4HUFA 3TI0A 3T1AA 4DLEA 1HRHA 1VSIA 4F3OA 2D5RA 1VRUA 1LWCA 4AHSA 1B92A 1WN7A 4CESA 1T05A 4YNQA 3AVLA 3NCIA 1YTUA 3VQ9A 4FYDA 2YNIA 3P83D 4GVMA 4EZ9A 1BISA 3TAEA 4O55A 2WONA 3ZSVA 1U4BA 4K8ZA 2DFFA 1C0MA 5JS2A 4E19A 3C6UA 4K8XA 4DFMA 2OPQA 3KD5E 5JS1A 1J53A 4DTSA 4N41A 2VG5A 3AVGA 4Z4FA 1NK5A 1VSMA 1ZBLA 3LPTA 4CECA 1T8EA 3V9ZA 3QERA 3EZ5A 1I39A 1VRTA 4RW6A 1TKXA 4DTRA 1D5AA 1NJYA 4BACA 1RILA 4ELVA 3NF6A 4CFCA 3T3FA 2E6MA 4CJTA 3SUPA 1UA0A 4Z4EA 2F8SA 4KFBA 4CJFA 4KREA 3V4IA 1RBSA 3SNNA 2PYLA 4M3UA 2A1SA 2LSNA 4W5QA 3NF8A 4NYNA 2HVHA 4FM2A 1QSLA 2HHVA 4XIUA 3ZSOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L3UA 1S1XA 4O8KA 4LH4A 3QB0A 2HHQA 4LH5A 5BRDA 1MU2A 3IKMA 2GTDA 3NVMA 3H3OB 4CJVA 4CCHA 3O8MA 5FROA 1WSIA 1YUWA 4BVPA 1IG8A 4FLXA 3V1RA 4IFYA 3E9LA 1ZBFA 2W41A 3LDNA 1XMOK 3CCSN 3A8YA 3HO1A 1JCEA 3DLRA 2OTLN 3G25A 1SL1A 3T69A 3TWHA 2KTQA 4HTUA 4CERA 1VQMN 1XNQK 1E3MA 4CJLA 1OVQA 4Z4HA 1NGGA 1A5XA 1WUAA 1OH5A 3FGUA 4EFHA 1XWLA 2G8UA 3THWA 2G8FA 2CGLA 3OYHA 4NCAA 5I9EB 2YNGA 2HBMA 3CJ7A 3RSEB 2RE2A 4FL9A 4IXCA 1WAJA 5AQRA 5LMNK 1WB9A 5F1XA 3AV9A 3CJ9A 2F7TA 1BGXT 1C6VA 1YAGA 4BR4A 1Q9XA 3DRPA 3L0QA 5KPRA 4CFDA 1EO1A 1JKHA 1WBBA 4LFBK 4FJ7A 3SJJA 4OVLA 4I7FA 2XY5A 2Q31A 4MDAA 2E1ZA 2HOEA 4H4OA 3CQ8A 2KLAA 4BE0A 4PQUA 5LJWA 3TTFA 4DV6K 1VSDA 4JKDA 3TAPA 5BR8K 3ULDA 1T6DA 4F3TA 2UXBK 4IDKA 3O3GA 3N4PA 4BDPA 3EL2A 4UY8O 3MEGA 4BRFA 2IVNA 2WC9A 3QBWA 3VEZA 1XUPO 4H8KA 3OYLA 1NGIA 1KD1O 1GLDG 2IOCA 1TAUA 2F9WA 4DHYA 4FK4A 5K14A 4RCHA 3H1VX 4CE9A 3NH2A 1D8YA 3CQYA 4OPHA 4DV1K 3U3GA 3VQ4A 3ENHA 2O8EB 1TK0A 3ENBA 4M41A 4O5BA 3BUZB 3AVCA 3DRSA 5EXWA 2E88A 4X62K 5KGXA 2F4VK 1NK6A 3GE1A 3ZETA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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